Master Biologie, agrosciences

Cette UE est suivie par l'ensemble des  étudiants des 5 parcours de la mention BAG (M1 BIIPME, M1 A3DD, M1 AMAQ, M1 MB et M1 PFAA)

Programme :

Outils bibliographiques (recherche références bibliographiques/accès ressources numériques via ENT/organisation des références bibliographiques dans un manuscrit (Mendeley/Zotero). 2h TD 

Consignes de rédaction d’un rapport et mise en forme d’un jeu de données. 2h CM 

Biostatistiques. 6h CM et 4h TD 

Vulgarisation scientifique (articles, vidéo). 4h TD 

Bioéthique. 4h CM 

 Rédaction d’une fiche de synthèse (faire un résumé et définir les objectifs à partir des documents fournis). 4h TD 

 Communications orales et communications affichées (Poster). 4h TD 

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Cette UE est suivie par l'ensemble des  étudiants des 5 parcours de la mention BAG (M1 BIIPME, M1 A3DD, M1 AMAQ, M1 MB et M1 PFAA)

Programme :

Cours magistraux (22h) 

Détection, localisation et quantification de cellules (bactériennes, fongiques, végétales dont OGM), toxines, résidus pesticides, métabolites …. en utilisant des techniques de chromatographie, transcriptomique, protéomique et métabolomique, NGS, microscopie et des outils bio-informatiques. 

Analyse des flux de matière au sein d’organismes vivants et/ou écosystèmes (réseau trophique, pollution…) via des isotopes stables comme traceurs ou indicateurs 

Travaux dirigés (10h) 

Illustrations des thèmes du cours sous formes d’exercices et d’analyses de données de publications. 

Travaux pratiques (8h) 

Extraction de composés d’emballages plastiques et mesure par HPLC (4h) 

Détection d’OGM (4h) 

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Programme :

Introduction à l’économie des secteurs alimentaires et agronomiques : analyse économique du secteur alimentaire et analyse économique de la consommation et des comportements alimentaires. 14h CM 

Innovation (PI, brevet). 4h CM 

Intervention Vitagora sur les métiers en IAA. 2h CM

Médias et IAA. 4h CM 

Connaissances des entreprises (coopératives – fermes – industries) et des modes de distribution (circuits courts). 4h CM 

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L'anglais est un outil indispensable pour la communication scientifique. Cette UE vise à améliorer les capacités à comprendre et à communiquer des informations scientifiques. Les techniques permettant une communication orale claire et efficace seront travaillées ainsi que du lexique/de la grammaire utiles pour la communication scientifique. 

Programme

Lecture et synthèse d'articles de recherche et de vulgarisation. 

 Entraînement à la présentation orale d'informations scientifiques devant un groupe. Les techniques pour optimiser la communication orale. 

 Rappel de lexique et de grammaire permettant de communiquer des informations scientifiques. 

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Cette UE est suivie par l'ensemble des  étudiants des 5 parcours de la mention BAG (M1 BIIPME, M1 A3DD, M1 AMAQ, M1 MB et M1 PFAA)

Programme :

Le développement durable et l’alimentation durable : historique, enjeux, opportunités. 

 Introduction à la responsabilité sociétale des entreprises (RSE). 

 Introduction à la Qualité : réglementation (les bases du paquet hygiène, les guides et organisation de contrôle), gestion des non-conformités, retrait-rappel produit, contrôle qualité versus assurance qualité.  

 Les enjeux de la biodiversité et agroforesterie. 

 Agroécologie : de l’écologie scientifique à l’ésotérisme. 

 Le dérèglement climatique. 

 L’économie du secteur agroalimentaire. 

 Les Filières agricoles et agro-alimentaires. 

 Présentations des autorités sanitaires françaises et européennes. 

 Travaux dirigés : 

Le développement durable et l’alimentation durable  

 Travaux pratiques : 

Fresque Agri’Alim 

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Le management d’une action se définit comme l’activité permettant de faire fonctionner ensemble la conception et l’exécution d’un objectif à atteindre, pour obtenir le résultat attendu sous des contraintes de délais, d’objectifs, de ressources. L’objectif du module est d’aboutir à une action concrète ou la mise en place d’une preuve de concept/faisabilité dans le domaine des agrosciences (microbiologie, alimentation, production végétale, procédés,…). 

Cette UE est suivie par l'ensemble des  étudiants des 5 parcours de la mention BAG (M1 BIIPME, M1 A3DD, M1 AMAQ, M1 MB et M1 PFAA)

Programme :

Cours magistraux (10h) 

Lignes directrices pour la conception d’un projet expérimental et/ou d’une action de communication scientifique. (2h) 

Les évolutions de la notion de gestion de projet prenant en compte les exigences actuelles d’agilité de réactivité. (2 h) 

Les étapes liées à la gestion de projet (conception, planification, réalisation, terminaison) avec présentation d’outils associés (PERT, GANTT, QQOQCCP…) et organisation RH associée en logique projet. (4 h) 

Intégration des enjeux du développement durable dans la conduite d’une action (projet expérimental, action de terrain ou une action de communication). (2h) 

Travaux dirigés (20h) 

Accompagnement à la conception et à la réalisation d’une action (projet expérimental, action de terrain ou une action de communication). Ecriture d’une synthèse bibliographique, d’un protocole ou d’un plan d’action et communication (orale ou affichée) d’une action (projet expérimental, action de terrain ou une action de communication). 

Travaux pratiques (10h) 

Management d’une action (projet expérimental, action de terrain ou une action de communication). 

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Suite à des stress abiotiques (températures, carences, excès, etc…), des réponses adaptatives sont mises en place par les plantes, signe de l’extrême plasticité du monde végétal. Ces adaptations seront -elles suffisantes et rapides pour répondre aux enjeux climatiques ? Pour avoir quelques clés de réponse, cette UE vise à la compréhension de ces mécanismes et des voies de signalisation sous-jacentes, à différentes échelles d’étude :du champ à la cellule

Programme :

Cours magistraux (22h)

Introduction aux changements globaux (2h)
Les notions de rendement, de stress et de réponses (2h)
La sélection variétale (2h)
Températures froides et chaudes (4h) : notions de résistance, adaptation/acclimatation, les modifications métaboliques de la perception à la signalisation
Stress hydrique (6h)
Stress salin (2h)
Carences en éléments minéraux (4h)
Travaux dirigés (8h)
Préparation des TP et analyse des résultats
Travaux pratiques (10h)
Réponse aux stress : analyses macroscopique et cellulaires notions de rendement, de stress et de réponses (2h)

La sélection variétale (2h)
- Températures froides et chaudes (4h) : notions de résistance, adaptation/acclimatation, les modifications métaboliques de la perception à la signalisation
- Stress hydrique (6h)
- Stress salin (2h)
- Carences en éléments minéraux (4h)

Travaux dirigés (8h)
Préparation des TP et analyse des résultats

Travaux pratiques (10h)
Réponse aux stress : analyses macroscopique et cellulaire

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L ’objectif de cet enseignement est de présenter l’état global des connaissances actuelles sur le microbiote intestinal et l’impact de l’alimentation sur celui-ci. Le microbiote intestinal est une partie intégrante du corps humain et remplit de nombreuses fonctions nécessaires à l’homéostasie de celui-ci. De nombreuses pathologies chez l’Homme sont associées à des perturbations de cet écosystème microbien, ce qui en fait une cible pour des interventions nutritionnelles et/ou thérapeutiques. L'ensemble de ces sujets de société est abordé dans ce cours.  

Programme :

Cours Magistraux 

Dynamique du microbiote intestinal chez l’Homme (4h) 

Les techniques d’analyses et leurs biais (4h) 

Rôles du microbiote sur le métabolisme énergétique de l’Homme (4h) 

Impact de l’alimentation sur le microbiote (4h) 

Maladies associées au microbiote et stratégies nutritionnelles et thérapeutiques d’intervention (4h) 

Travaux Dirigés (6h) 

Analyse critique d’un produit d’une entreprise découlant des connaissances acquises sur le microbiote. 

Analyse d’un article scientifique publié dans l’année en cours. 

Travaux Pratiques (16h) 

Etude du microbiote chez la souris 

Initiation à l’analyse de données de séquençage 

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Dans leur environnement, les plantes, cultivées ou non, sont en permanence en interaction avec de nombreux microorganismes qui ont un effet bénéfique ou délétère sur leur santé et donc sur la production végétale. Le but de ce module est de donner aux étudiants une connaissance globale des différents types de relations plantes-microorganismes (gradient du parasitisme au mutualisme) ainsi que des mécanismes cellulaires et moléculaires sous-jacents

Cet enseignement est mutualisé  entre le M1 BIIPME et M1 MB

Programme

Cours magistraux (24h) 

-Concepts généraux relatifs à la phytopathologie et à la résistance (immunité) des plantes. 

-Signalisation dans les différents types d’interaction plantes microorganismes. 

-Fonctionnement de l’interface biotrophe. 

-Résistance systémique acquise. 

-NO, ROS et composants anti-microbiens. 

-Immunité déclenchée par les effecteurs ; immunité déclenchée par les PAMPs. 

-Des fossiles aux génomes : évolution et devenir des IPM (gradient mutualisme-pathogène). 

Travaux dirigés (5h) 

Discussions autour de la mise au point de protocoles innovants et pertinents. Analyses des résultats de TP. 

Entrainement à la présentation orale. 

Travaux pratiques (21h) 

Analyses cellulaires et moléculaires d‘interactions multitrophiques. Confrontation d’une plante de façon isolée ou simultanée à une/des interaction(s) pathogène(s) ou mutualiste(s). 

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Depuis leur apparition, il y a plus d’un milliard d’années, les végétaux n’ont cessé d’évoluer et de se diversifier sous l’effet de changements aléatoires de leurs génomes exposés à la pression de la sélection naturelle.  

Les enseignements prodigués décriront les mécanismes à l’origine d’innovations au sein des génomes végétaux en termes de contenu et d’organisation. 

Avec la révolution néolithique, l’innovation génétique chez les végétaux est devenue principalement le fait de la sélection artificielle mise en œuvre par les agriculteurs, puis, plus récemment, par les agronomes. 

Les enseignements présenteront les conséquences génétiques de la domestication des espèces végétales ainsi que les méthodologies mises en œuvre pour créer de nouvelles variétés culturales. 

Programme :

Cours magistraux (24h) et Travaux dirigés (12h) 

-Dynamiques génomiques 

Evolution des génomes nucléaires, chloroplastiques et mitochondriaux. 

Eléments transposables et plasticité génomique. 

Notions d’épigénomes. 

-Innovation génétique par la sélection 

Relation génotype – phénotype (variations qualitatives, quantitatives, interaction génotype – environnement). 

Modes de reproduction et schémas de sélection. 

Génétique des populations et de la domestication. 

F-statistics de populations d’espèces agronomiques. 

Sélection assistée par marqueur et sélection génomique. 

Notion d’holobionte, d’hologénome et interactions génotype - microbiote - environnement. 

-Innovation génétique par la transformation 

Transgénèses nucléaire et chloroplastique. 

Petits ARN non codants, répression génique et technologie VIGS. 

Edition génomique. 

Travaux pratiques (14h) 

TP1 : Les étudiant.e.s réaliseront différentes étapes clés de l’inactivation d’un gène par édition CRISPR-Cas9 chez le tabac. 

TP2 : Sélection artificielle de microbiotes améliorant la croissance des plantes. 

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Le sol est un élément fondamental sur Terre, assurant de nombreux services pour nos sociétés, de la croissance de nos cultures à la dépollution de l’environnement. Compartiment assurant le recyclage de la matière organique morte et ainsi l’alimentation de l’intégralité des écosystèmes terrestres, les sols abritent une grande biodiversité, l’une des plus grande sur Terre. Les microorganismes du sol représentent les maillons fondamentaux du bon fonctionnement de nos sols, et sont la clef de voute des réseaux trophiques qui s’y organises. Ce module vous apportera les notions fondamentales et opérationnelles pour comprendre et valoriser le fonctionnement des sols, à travers sa diversité biologique. 

Programme

Cours magistraux (20h) 

-Introduction à la biologie des sols, la biodiversité endogée et services écosystémiques. 

-Concepts et méthodes de base d'écologie microbienne du sol. 

-Flux d'énergie dans les réseaux trophiques. 

-L'agroécologie : une approche plus durable de l'agriculture. Ingénierie écologique. 

-Le sol face au changements globaux : réchauffement climatique, perturbation anthropogénique et bioremédiation des sols, biocontrôle de ravageurs telluriques. 

-Pédologie : les différentes propriétés d'un sol. 

Travaux dirigés (10h) 

-Travail sur articles. 

-Séminaire de clarification et d'approfondissement. 

-Analyse de jeu de données de diversité moléculaire de microorganismes en relation avec des différents types de gestion agricole. 

Travaux pratiques (10h) 

-Détermination de la biomasse moléculaire dans le sol. 

-Sortie sur terrain (Ca-SYS). 

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Cours mutualisé avec les parcours Master 1 BIIPME, AMAQ, A3DD, PFAA, MB

L'anglais comme outil d'insertion professionnelle. Cette UE vise à donner aux étudiants des compétences spécifiques en anglais qui pourraient s'avérer utiles à l'approche de l'entrée dans la vie active. 

Programme :

-Rédiger un CV et une lettre de motivation en anglais. 

 -Préparation et passage d'un entretien en anglais : parler de soi et de ses expériences de façon à se mettre en valeur. 

-Rédiger un mail professionnel. 

 -Vocabulaire et grammaire utiles pour le CV et pour un entretien en anglais. 

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Selon le projet professionnel de l’étudiant, un stage de 2 mois dans un laboratoire de recherche ou dans une entreprise permettra d'acquérir des compétences professionnelles dans le développement d'un projet scientifique ou dans la gestion d’un projet de Recherche et Développement ou dans la mise en place d’une démarche d’assurance qualité ou de développement durable : étude bibliographique, expérimentations, rédaction d’un mémoire, présentation des résultats, travail en équipe.

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Cours mutualisé avec les parcours Master 1 A3DD, AMAQ, BIIPME, MB et PFAA

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Cours mutualisé avec les parcours des M1 BIIPME, AMAQ, A3DD, MB et PFAA

L’objectif de cet enseignement est de sensibiliser les étudiants à l’économie et à la gestion des entreprises qui donnent un cadre aux activités d’une entreprise. Le but de l’UE est d’apporter des bases permettant aux étudiants de dialoguer et d’interagir de manière efficace avec les services concernés par ces activités. Elle peut également fournir des clés pour les étudiants se destinant à l’entrepreneuriat.  

Programme :

-Comptabilité analytique : 4h CM + 8h TD 

 -Marketing stratégique : initiation aux concepts de marketing B to B et B to C : 12h CM 

 -Gestion des RH : Rôle du service Ressources Humaines, Appréhension de la gestion des relations dans les fonctions de management : 10h CM + 4h TD 

 -RSE (responsabilité sociale des entreprises) et éthique en entreprises agro-alimentaires : 12h CM 

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Cours mutualisé avec les parcours des M1 BIIPME, AMAQ, A3DD, MB et PFAA

De nombreux produits d’origine naturelle chez les plantes sont valorisés dans les industries pharmaceutiques, cosmétiques ou agro-alimentaires notamment en phytoprotection. Il est donc important de savoir reconnaitre ces métabolites secondaires et leurs particularités physicochimiques et de choisir intelligemment la meilleure façon de les extraire et les analyser avant qu’ils puissent être valorisés. 

Programme

Cours magistraux (10h) 

-Les différentes classes de métabolites secondaires et leurs particularités structurales (4h). 

-Diverses méthodes d’extraction, de purification, d’identification et d’analyse appropriées aux métabolites secondaires (3h). 

-Exemples de molécules ayant inspiré ou étant utilisées comme produits pharmaceutiques, cosmétiques ou agro-alimentaires (3h). 

Travaux dirigés (2h) 

Préparation et interprétation des travaux pratiques 

 Travaux pratiques (38 h) 

Sélection d’une plante riche en saponines (classe de métabolites secondaires) afin de les extraire, les purifier et les analyser dans une optique de valorisation ultérieure. Notion de fractionnement bioguidé. 

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Cet enseignement présentera des outils et méthodologies utilisés en recherche dans les domaines de la génétique et génomique, de l’étude des protéiques, des biotechnologies en biologie et particulièrement en sciences végétales  

Programme :

Cours magistraux (23h, dont 11h mutualisées M2 SCM) 

Manipulation et étude des gènes et du génome  

-Génomique et métagénomique  

-Genome editing  

-Gene silencing  

-Génétique inverse focalisée sur le Tilling  

Phylogénie  

Expression hétérologue chez la levure 

Méthodes d’étude des protéines 

-Nouveaux défis de la protéomique  

-Outils d’analyse du trafic membranaire 

-Interactions protéiques  

Techniques élémentaires d'analyse de flux de C et de N  

Taxonomie conventionnelle et moléculaire  

Travaux dirigés (15h) 

Exercices sous forme d’analyse de données de publications sur thèmes de CM 

Planification d’expériences, modèles cellulaires et plantes 

Visite de plateformes : 4PMI, DimaCell, Génosol 

Ateliers d’analyses de flux C & N  

Travaux pratiques (12h) 

Expression hétérologue chez la levure 

Taxonomie moléculaire  

TILLING et identification de mutations ponctuelles 

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Tout au long de leur vie, les plantes font face à de nombreux stress, à la fois biotiques, abiotiques et développementaux, qui entrainent leur acclimatation perpétuelle. Ces mécanismes passent par de nombreuses modifications du fonctionnement de la cellule, des tissus et des organes végétaux. 

Dans cette UE, les réponses physiologiques des plantes seront étudiées de façon intégrative à l’échelle de la cellule à l’écosystème en passant par les tissus et les organes.  

Programme :

Cours magistraux (26h) 

Présentation des différents compartiments de la cellule végétale et de leurs fonctions :  

• Plastes  
• Vacuole  
• Réticulum Endoplasmique  
• Trafic vésiculaire et Cytosquelette  
• UPR  
• Autophagie  
• PCD  
• Accumulation des réserves protéiques  

Physiologie des tissus et organes : 

• Transportome  
• Structure/Fonction de l’assimilation du carbone 
•  rhizodéposition  
• Transports xylémiens et architecture racinaire

Travaux dirigés (16h) 

En se basant sur des analyses de documents scientifiques ou au cours de « TD inversés », la réponse aux stress sera intégrée à différentes échelles de la cellule à l’écosystème : 

• Mise en réserve (albumen vs cotylédon vs tubercule) 
• Les plantes face aux virus 
• Mobilisation réserves/transportome 
• Modification du transport xylémien et de l’architecture racinaire en réponse aux facteurs environnementaux 

   

• Travaux pratiques (8h) 

  • TP : RE/UPR 
  • TP : Fragmentation cellulaire et analyse de l’activité des compartiments cellulaires 

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En plus de l’utilisation historique de la production végétale en alimentation, la valorisation non alimentaire des productions agricoles devrait permettre, à terme, de tirer de la matière végétale les richesses aujourd'hui fournies à partir de sources comme le pétrole. Pour cela les mondes agricole, de l'industrie et de la recherche unissent leurs efforts. Carburants, fibres, huiles, solvants, teintures, résines, protéines, produits chimiques spécialisés, produits pharmaceutiques, tous ces produits sont peu ou prou d’origine agricole. Ces produits présentent nombre d’avantages par rapport à des produits semblables d’origine différente. Ce module donne un aspect élargi des applications existantes ou en développement du secteur végétal

Programme :

Cours magistraux (32h) 

Filière céréale (mutualisé AMAQ) 

Biogaz 

Biotechnologies des algues 

Ethnopharmacologie  

Pharmacognosie 

Utilisation de plantes et microorganismes dans des sols pollués : phytomanagement 

Biotechnologies des champignons 

Production/culture végétale en masse 

Biotechnologie et production de lipide

Travaux dirigés (18h) 

Présentation par des industriels et anciens étudiants du master B2IPME 

Visite des plateformes Methanov (plateforme d'expertise pour développer les projets de méthanisation en voie sèche ou bien en voie liquide) & Agronov (Pôle d'innovation en Agroécologie) 

Le végétal en milieu urbain 

Fruits : production et santé 

Quand les plantes inspirent l’innovation 

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Suite à des interactions biotiques (pathogènes ou bénéfiques) ou abiotiques, des voies de signalisation finement régulées se mettent en place au sein des cellules végétales et entre cellules. Cette UE vise à la compréhension de ces voies de signalisation, à différentes échelles d’étude : de l’organisme aux molécules.

Programme :

Cours magistraux (30h) 

Les acteurs de l’immunité végétale  

Signalisation de stress abiotiques et interactions plantes-microorganismes  

Signalisation entre et intra- cellules  

Signalisation brassinostéroïdes  

Résistance systémique acquise  

Régulation de l’activité membranaire  

Neuro-signalisation végétale  

Signalisation nucléaire  

Homéostasie protéique  

Journey through the green body of a plant 

Régulation du métabolisme du soufre 

Homéostasie du fer 

Signalisation Redox 

Travaux dirigés (6h) 

Préparation des TPs et analyse des résultats 

Travaux pratiques (14h) 

TP Microscopie membrane (3h) 

TP Electrophysiologie végétale (4h) 

TP signalisation stress biotique (tabac-cryptogéine, observation macroscopique et WB MAPK phosphorylées, 7h) 

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Stage (5 à 6 mois) 

 Le stage d’une durée de 5 à 6 mois donne lieu à un rapport écrit et à une soutenance orale devant un jury. Le stage est validé par une note évaluant le rapport écrit, l’appréciation du maître de stage, l’exposé oral et la réponse aux questions. La moyenne de ces notes constitue la note de stage

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Travail personnel

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Cette UE est suivie par l'ensemble des  étudiants des 5 parcours de la mention BAG (M1 BIIPME, M1 A3DD, M1 AMAQ, M1 MB et M1 PFAA)

Programme :

Outils bibliographiques (recherche références bibliographiques/accès ressources numériques via ENT/organisation des références bibliographiques dans un manuscrit (Mendeley/Zotero). 2h TD 

Consignes de rédaction d’un rapport et mise en forme d’un jeu de données. 2h CM 

Biostatistiques. 6h CM et 4h TD 

Vulgarisation scientifique (articles, vidéo). 4h TD 

Bioéthique. 4h CM 

 Rédaction d’une fiche de synthèse (faire un résumé et définir les objectifs à partir des documents fournis). 4h TD 

 Communications orales et communications affichées (Poster). 4h TD 

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Cette UE est suivie par l'ensemble des  étudiants des 5 parcours de la mention BAG (M1 BIIPME, M1 A3DD, M1 AMAQ, M1 MB et M1 PFAA)

Programme :

Cours magistraux (22h) 

Détection, localisation et quantification de cellules (bactériennes, fongiques, végétales dont OGM), toxines, résidus pesticides, métabolites …. en utilisant des techniques de chromatographie, transcriptomique, protéomique et métabolomique, NGS, microscopie et des outils bio-informatiques. 

Analyse des flux de matière au sein d’organismes vivants et/ou écosystèmes (réseau trophique, pollution…) via des isotopes stables comme traceurs ou indicateurs 

Travaux dirigés (10h) 

Illustrations des thèmes du cours sous formes d’exercices et d’analyses de données de publications. 

Travaux pratiques (8h) 

Extraction de composés d’emballages plastiques et mesure par HPLC (4h) 

Détection d’OGM (4h) 

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Programme :

Introduction à l’économie des secteurs alimentaires et agronomiques : analyse économique du secteur alimentaire et analyse économique de la consommation et des comportements alimentaires. 14h CM 

Innovation (PI, brevet). 4h CM 

Intervention Vitagora sur les métiers en IAA. 2h CM

Médias et IAA. 4h CM 

Connaissances des entreprises (coopératives – fermes – industries) et des modes de distribution (circuits courts). 4h CM 

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L'anglais est un outil indispensable pour la communication scientifique. Cette UE vise à améliorer les capacités à comprendre et à communiquer des informations scientifiques. Les techniques permettant une communication orale claire et efficace seront travaillées ainsi que du lexique/de la grammaire utiles pour la communication scientifique. 

Programme

Lecture et synthèse d'articles de recherche et de vulgarisation. 

 Entraînement à la présentation orale d'informations scientifiques devant un groupe. Les techniques pour optimiser la communication orale. 

 Rappel de lexique et de grammaire permettant de communiquer des informations scientifiques. 

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Cette UE est suivie par l'ensemble des  étudiants des 5 parcours de la mention BAG (M1 BIIPME, M1 A3DD, M1 AMAQ, M1 MB et M1 PFAA)

Programme :

Le développement durable et l’alimentation durable : historique, enjeux, opportunités. 

 Introduction à la responsabilité sociétale des entreprises (RSE). 

 Introduction à la Qualité : réglementation (les bases du paquet hygiène, les guides et organisation de contrôle), gestion des non-conformités, retrait-rappel produit, contrôle qualité versus assurance qualité.  

 Les enjeux de la biodiversité et agroforesterie. 

 Agroécologie : de l’écologie scientifique à l’ésotérisme. 

 Le dérèglement climatique. 

 L’économie du secteur agroalimentaire. 

 Les Filières agricoles et agro-alimentaires. 

 Présentations des autorités sanitaires françaises et européennes. 

 Travaux dirigés : 

Le développement durable et l’alimentation durable  

 Travaux pratiques : 

Fresque Agri’Alim 

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Le management d’une action se définit comme l’activité permettant de faire fonctionner ensemble la conception et l’exécution d’un objectif à atteindre, pour obtenir le résultat attendu sous des contraintes de délais, d’objectifs, de ressources. L’objectif du module est d’aboutir à une action concrète ou la mise en place d’une preuve de concept/faisabilité dans le domaine des agrosciences (microbiologie, alimentation, production végétale, procédés,…). 

Cette UE est suivie par l'ensemble des  étudiants des 5 parcours de la mention BAG (M1 BIIPME, M1 A3DD, M1 AMAQ, M1 MB et M1 PFAA)

Programme :

Cours magistraux (10h) 

Lignes directrices pour la conception d’un projet expérimental et/ou d’une action de communication scientifique. (2h) 

Les évolutions de la notion de gestion de projet prenant en compte les exigences actuelles d’agilité de réactivité. (2 h) 

Les étapes liées à la gestion de projet (conception, planification, réalisation, terminaison) avec présentation d’outils associés (PERT, GANTT, QQOQCCP…) et organisation RH associée en logique projet. (4 h) 

Intégration des enjeux du développement durable dans la conduite d’une action (projet expérimental, action de terrain ou une action de communication). (2h) 

Travaux dirigés (20h) 

Accompagnement à la conception et à la réalisation d’une action (projet expérimental, action de terrain ou une action de communication). Ecriture d’une synthèse bibliographique, d’un protocole ou d’un plan d’action et communication (orale ou affichée) d’une action (projet expérimental, action de terrain ou une action de communication). 

Travaux pratiques (10h) 

Management d’une action (projet expérimental, action de terrain ou une action de communication). 

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Suite à des stress abiotiques (températures, carences, excès, etc…), des réponses adaptatives sont mises en place par les plantes, signe de l’extrême plasticité du monde végétal. Ces adaptations seront -elles suffisantes et rapides pour répondre aux enjeux climatiques ? Pour avoir quelques clés de réponse, cette UE vise à la compréhension de ces mécanismes et des voies de signalisation sous-jacentes, à différentes échelles d’étude :du champ à la cellule

Programme :

Cours magistraux (22h)

Introduction aux changements globaux (2h)
Les notions de rendement, de stress et de réponses (2h)
La sélection variétale (2h)
Températures froides et chaudes (4h) : notions de résistance, adaptation/acclimatation, les modifications métaboliques de la perception à la signalisation
Stress hydrique (6h)
Stress salin (2h)
Carences en éléments minéraux (4h)
Travaux dirigés (8h)
Préparation des TP et analyse des résultats
Travaux pratiques (10h)
Réponse aux stress : analyses macroscopique et cellulaires notions de rendement, de stress et de réponses (2h)

La sélection variétale (2h)
- Températures froides et chaudes (4h) : notions de résistance, adaptation/acclimatation, les modifications métaboliques de la perception à la signalisation
- Stress hydrique (6h)
- Stress salin (2h)
- Carences en éléments minéraux (4h)

Travaux dirigés (8h)
Préparation des TP et analyse des résultats

Travaux pratiques (10h)
Réponse aux stress : analyses macroscopique et cellulaire

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L ’objectif de cet enseignement est de présenter l’état global des connaissances actuelles sur le microbiote intestinal et l’impact de l’alimentation sur celui-ci. Le microbiote intestinal est une partie intégrante du corps humain et remplit de nombreuses fonctions nécessaires à l’homéostasie de celui-ci. De nombreuses pathologies chez l’Homme sont associées à des perturbations de cet écosystème microbien, ce qui en fait une cible pour des interventions nutritionnelles et/ou thérapeutiques. L'ensemble de ces sujets de société est abordé dans ce cours.  

Programme :

Cours Magistraux 

Dynamique du microbiote intestinal chez l’Homme (4h) 

Les techniques d’analyses et leurs biais (4h) 

Rôles du microbiote sur le métabolisme énergétique de l’Homme (4h) 

Impact de l’alimentation sur le microbiote (4h) 

Maladies associées au microbiote et stratégies nutritionnelles et thérapeutiques d’intervention (4h) 

Travaux Dirigés (6h) 

Analyse critique d’un produit d’une entreprise découlant des connaissances acquises sur le microbiote. 

Analyse d’un article scientifique publié dans l’année en cours. 

Travaux Pratiques (16h) 

Etude du microbiote chez la souris 

Initiation à l’analyse de données de séquençage 

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Cours mutualisé avec les étudiants des parcours  M1 AMAQ, PFAA, A3DD

Cette unité d’enseignement a pour objectif de donner aux étudiants les bases scientifiques nécessaires pour appréhender les futurs challenges en matière de qualité gustative et nutritionnelle des aliments. Il s’agit aussi d’appréhender la complexité du comportement de l’individu lorsqu’il est confronté à un choix alimentaire. 

Programme :

Bases de la nutrition : (16 h CM) 

-Couverture des besoins, sources alimentaires en glucides, lipides, protéines et fibres alimentaires.  

-Besoins normaux, besoins spécifiques en eau, minéraux et vitamines.  

-Enquêtes alimentaires. 

 Déterminants du choix alimentaire :  (10 h CM, 4h TD, 2h TP) 

-Rôle de la mémoire et des apprentissages : préférences alimentaires et aversions conditionnées (2h CM) 

-Rôle des émotions : exemple de l’impact du stress chronique sur l’alimentation (2h CM) 

-Le circuit de la récompense : de l’appétence pour le gras et le sucre…à l’addiction (2h CM) 

-La représentation mentale de l’aliment et modulation cognitive des choix (2h CM) 

-Rôle des signaux chimiosensoriel olfacto-gustatifs : exemple de l’alliesthésie et du rassasiement sensoriel spécifique (2h CM) 

 -TP (2h) : illustration du fonctionnement de la mémoire 

-TD1 : exposé sur un thème au choix 

-TD2 : analyse d’articles et documents scientifiques 

 Évaluation sensorielle : (8h CM, 10h TP) 

-Introduction à l’évaluation sensorielle (2h CM, 2h TP) 

-Tests de discrimination (2h CM, 4h TP) 

-Tests descriptifs (2h CM) 

-Tests hédoniques (2h CM, 4hTP) 

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Cours mutualisé avec les  parcours M1 AMAQ, M1 PFAA, M1 A3DD et M1 MB

Cette unité d’enseignement porte sur des domaines d’activités en Agro-Alimentaire : procédés de transformation et de production des aliments, physicochimie des aliments, et toxicologie alimentaire). 

Programme :

Procédés (10h CM et 6h TD) : 

-Introduction aux procédés alimentaires, Opérations unitaires, diagrammes de fabrication 

-Lois de transferts (matière, chaleur) et réacteurs 

-Conservation des aliments et des microorganismes (froid et déshydratation) 

-Technologies innovantes de décontamination microbienne (Hautes pressions, Champs électriques, UV…) 

Physico-chimie (10h CM, 8h TD et 1h TP) : 

-Introduction à l’aliment complexe. 

-Structure et fonctionnalité des principaux constituants d’un aliment (polysaccharides, protéines, lipides). 

-Etat physique et activité d’eau : (détermination, prédiction et évolution). 

-Texture des aliments (fluides, gels, pâtes). 

-Réaction de Maillard : 

-Analyse et interprétation des résultats expérimentaux  

-Visite d’une plateforme - outils de caractérisation de différents aliments (calorimétrie, rhéologie, spectroscopie, diffusion de lumière, RMN, …) 

Cours mutualisé avec les parcours M1 MB, M1 AMAQ, M1 PFA, M1 A3DD

Toxicologie (10h CM et 6h TD) : 

-Les différents dangers en matière d’alimentation en Industries agroalimentaires (substances non intentionnelles, contaminants de l’environnement : dioxines, métaux lourds, mycotoxines, migrants d’emballage…). 

-Les valeurs toxicologiques de références : critères de sécurité chez l’Homme– réglementation. 

-Les matériaux au contact des denrées alimentaires. 

-Identification d’un effet toxique - génotoxicité. 

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Programme :

Cours magistraux : 

-Physiologie de la nutrition & approche “santé globale”. 

-Impacts des modes de production (bio, conventionnel, agroécologie,…) et des procédés technologiques (procédés de conservation & conservateurs, cuisson-extrusion, additifs,…) sur la qualité nutritionnelle et la santé. 

-Régimes alimentaires et conduites diététiques : effet santé et impact environnemental. 

-Coût de l’alimentation durable. 

 Travaux dirigés : 

-Méthodologie pour une enquête sur les pratiques en alimentation durable. 

-Analyse critique d’enquêtes sur le lien alimentation et santé. 

 Travaux pratiques : 

-Conception et réalisation d’une enquête sur les pratiques alimentaires durables. 

-Analyse des données recueillies. 

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Cours mutualisé avec les parcours Master 1 BIIPME, AMAQ, A3DD, PFAA, MB

L'anglais comme outil d'insertion professionnelle. Cette UE vise à donner aux étudiants des compétences spécifiques en anglais qui pourraient s'avérer utiles à l'approche de l'entrée dans la vie active. 

Programme :

-Rédiger un CV et une lettre de motivation en anglais. 

 -Préparation et passage d'un entretien en anglais : parler de soi et de ses expériences de façon à se mettre en valeur. 

-Rédiger un mail professionnel. 

 -Vocabulaire et grammaire utiles pour le CV et pour un entretien en anglais. 

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Selon le projet professionnel de l’étudiant, un stage de 2 mois dans un laboratoire de recherche ou dans une entreprise permettra d'acquérir des compétences professionnelles dans le développement d'un projet scientifique ou dans la gestion d’un projet de Recherche et Développement ou dans la mise en place d’une démarche d’assurance qualité ou de développement durable : étude bibliographique, expérimentations, rédaction d’un mémoire, présentation des résultats, travail en équipe.

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Cours mutualisé avec les parcours Master 1 A3DD, AMAQ, BIIPME, MB et PFAA

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Cours mutualisé avec les parcours des M1 BIIPME, AMAQ, A3DD, MB et PFAA

L’objectif de cet enseignement est de sensibiliser les étudiants à l’économie et à la gestion des entreprises qui donnent un cadre aux activités d’une entreprise. Le but de l’UE est d’apporter des bases permettant aux étudiants de dialoguer et d’interagir de manière efficace avec les services concernés par ces activités. Elle peut également fournir des clés pour les étudiants se destinant à l’entrepreneuriat.  

Programme :

-Comptabilité analytique : 4h CM + 8h TD 

 -Marketing stratégique : initiation aux concepts de marketing B to B et B to C : 12h CM 

 -Gestion des RH : Rôle du service Ressources Humaines, Appréhension de la gestion des relations dans les fonctions de management : 10h CM + 4h TD 

 -RSE (responsabilité sociale des entreprises) et éthique en entreprises agro-alimentaires : 12h CM 

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Cours mutualisé avec les parcours des M1 BIIPME, AMAQ, A3DD, MB et PFAA

De nombreux produits d’origine naturelle chez les plantes sont valorisés dans les industries pharmaceutiques, cosmétiques ou agro-alimentaires notamment en phytoprotection. Il est donc important de savoir reconnaitre ces métabolites secondaires et leurs particularités physicochimiques et de choisir intelligemment la meilleure façon de les extraire et les analyser avant qu’ils puissent être valorisés. 

Programme

Cours magistraux (10h) 

-Les différentes classes de métabolites secondaires et leurs particularités structurales (4h). 

-Diverses méthodes d’extraction, de purification, d’identification et d’analyse appropriées aux métabolites secondaires (3h). 

-Exemples de molécules ayant inspiré ou étant utilisées comme produits pharmaceutiques, cosmétiques ou agro-alimentaires (3h). 

Travaux dirigés (2h) 

Préparation et interprétation des travaux pratiques 

 Travaux pratiques (38 h) 

Sélection d’une plante riche en saponines (classe de métabolites secondaires) afin de les extraire, les purifier et les analyser dans une optique de valorisation ultérieure. Notion de fractionnement bioguidé. 

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Le management de la qualité est une démarche qui permet l’amélioration continue des processus, des produits et des services d’une entreprise afin de satisfaire ses clients. Cette unité d’enseignement a pour objectif de présenter la mise en œuvre d’un système de management de la qualité efficace et performant. 

Programme :

Cours magistraux (36h) 

Programme :

Management de la qualité 

HACCP 

Norme ISO 22000 

Référentiels IFS/BRC 

Formation théorique à l’audit 

Travaux dirigés (8h) 

HACCP : mise en pratique de la méthodologie afin de comprendre les notions et d’établir un plan de maitrise des dangers pertinent. 

Audit interne : exercices pour comprendre et assimiler la méthodologie de l’audit : traduire des exigences en questions, formuler des questions ouvertes, savoir rédiger un écart, savoir coter un écart. 

Norme environnementale ISO 14001 

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La responsabilité sociétale des entreprises (RSE) est l’intégration par les entreprises de préoccupations sociales, économiques et environnementales (les piliers du développement durable) à leurs activités. Cette unité d’enseignement a pour objectif de présenter le concept général de RSE et ses applications dans le contexte du secteur agro-alimentaire. Les fondamentaux de la RSE 

Programme :

Pilotage et reporting interne 

Pilotage et reporting externe 

Présentation d’un outil d’auto-évaluation de démarche RSE 

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Les contraintes démographiques et sociétales associées aux progrès scientifiques et techniques ont considérablement modifiées les pratiques de production et de consommation des produits alimentaires en France et dans le monde. Par conséquent, le secteur agroalimentaire est à la croisée d’enjeux économiques et environnementaux. La prise en compte de ces enjeux et de ces contraintes est à l’origine de l’établissement des normes visant à encadrer et à améliorer les pratiques du secteur. Cette unité d’enseignement vise donc à présenter les enjeux économiques et environnementaux liés à l’activité du secteur agro-alimentaire. 

Programme :

Droit de l’environnement

 Loi Egalim

 Normes (énergie, santé et sécurité) et labels

Enjeux environnementaux (impacts humains, biodiv des sols, intrants)

Histoire des pollutions et des enjeux énergétiques

Economie de l’environnement

Economie et santé

Economie circulaire et circuits-courts

Achats responsables

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La production agricole, la transformation agro-alimentaire et la consommation des produits alimentaires ont un impact sur l’environnement. Les enseignements de cette UE permettront de présenter et de se former à des outils pour analyser le cycle de vie d’un produit et pour calculer un bilan carbone. Des solutions pour réduire les impacts environnementaux seront discutées dans cette UE. 

Programme :

Procédés alimentaires durables

Analyse de cycle de vie

Bilan carbone

Eco-conception

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La transition alimentaire durable se définit comme une évolution des pratiques de production et de consommation des aliments pour plus de respects de la santé humaine, de l’environnement, des différences culturelles et du bien-être animal. Cette unité d’enseignement abordera le lien entre l’alimentation durable et la santé selon une démarche globale. 

Programme :

Alimentation durable : enjeux politiques

 Alimentation et santé

Enjeux de santé selon les populations (âge, sexe, pathologies, CSP,…) 

Déterminants des choix alimentaires 

Amélioration nutritionnelle : Démarches collectives et individuelles 

Prévention & éducation nutritionnelle : acteurs, programmes nationaux de santé publique, résultats, approches critiques 

Etiquetage, Informations nutritionnelles, scores et indicateurs 

Rôles des acteurs de la filière alimentaire : approches factuelles et critiques 

Risques et opportunités de la transition alimentaire. Approche globale. 

Transition alimentaire : approches sociologiques, scientifiques et politiques

 Communication et sociologie de l’alimentation

 Bien-être animal : de la science aux labels 

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Cette unité d’enseignement a pour objectifs de fournir des outils pour gérer et mener à bien un projet de groupe et de présenter le résultat de projets citoyens dans le cadre de la transition alimentaire.  

Programme :

Accompagnement au changement

 Projet de terrain

Conduite de projet et suivi méthologique

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Pour les étudiant.e.s en formation initiale : Stage de 5 à 6 mois au semestre 4.

Pour les étudiant.e.s en alternance (contrat de professionnalisation ou en apprentissage) : alternance de périodes à l’Université pour les enseignements et en entreprise ou association au semestre 3, temps plein en entreprise ou association au semestre 4 (jusqu'à la fin du contrat).

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Cette UE est suivie par l'ensemble des  étudiants des 5 parcours de la mention BAG (M1 BIIPME, M1 A3DD, M1 AMAQ, M1 MB et M1 PFAA)

Programme :

Outils bibliographiques (recherche références bibliographiques/accès ressources numériques via ENT/organisation des références bibliographiques dans un manuscrit (Mendeley/Zotero). 2h TD 

Consignes de rédaction d’un rapport et mise en forme d’un jeu de données. 2h CM 

Biostatistiques. 6h CM et 4h TD 

Vulgarisation scientifique (articles, vidéo). 4h TD 

Bioéthique. 4h CM 

 Rédaction d’une fiche de synthèse (faire un résumé et définir les objectifs à partir des documents fournis). 4h TD 

 Communications orales et communications affichées (Poster). 4h TD 

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Cette UE est suivie par l'ensemble des  étudiants des 5 parcours de la mention BAG (M1 BIIPME, M1 A3DD, M1 AMAQ, M1 MB et M1 PFAA)

Programme :

Cours magistraux (22h) 

Détection, localisation et quantification de cellules (bactériennes, fongiques, végétales dont OGM), toxines, résidus pesticides, métabolites …. en utilisant des techniques de chromatographie, transcriptomique, protéomique et métabolomique, NGS, microscopie et des outils bio-informatiques. 

Analyse des flux de matière au sein d’organismes vivants et/ou écosystèmes (réseau trophique, pollution…) via des isotopes stables comme traceurs ou indicateurs 

Travaux dirigés (10h) 

Illustrations des thèmes du cours sous formes d’exercices et d’analyses de données de publications. 

Travaux pratiques (8h) 

Extraction de composés d’emballages plastiques et mesure par HPLC (4h) 

Détection d’OGM (4h) 

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Programme :

Introduction à l’économie des secteurs alimentaires et agronomiques : analyse économique du secteur alimentaire et analyse économique de la consommation et des comportements alimentaires. 14h CM 

Innovation (PI, brevet). 4h CM 

Intervention Vitagora sur les métiers en IAA. 2h CM

Médias et IAA. 4h CM 

Connaissances des entreprises (coopératives – fermes – industries) et des modes de distribution (circuits courts). 4h CM 

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L'anglais est un outil indispensable pour la communication scientifique. Cette UE vise à améliorer les capacités à comprendre et à communiquer des informations scientifiques. Les techniques permettant une communication orale claire et efficace seront travaillées ainsi que du lexique/de la grammaire utiles pour la communication scientifique. 

Programme

Lecture et synthèse d'articles de recherche et de vulgarisation. 

 Entraînement à la présentation orale d'informations scientifiques devant un groupe. Les techniques pour optimiser la communication orale. 

 Rappel de lexique et de grammaire permettant de communiquer des informations scientifiques. 

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Cette UE est suivie par l'ensemble des  étudiants des 5 parcours de la mention BAG (M1 BIIPME, M1 A3DD, M1 AMAQ, M1 MB et M1 PFAA)

Programme :

Le développement durable et l’alimentation durable : historique, enjeux, opportunités. 

 Introduction à la responsabilité sociétale des entreprises (RSE). 

 Introduction à la Qualité : réglementation (les bases du paquet hygiène, les guides et organisation de contrôle), gestion des non-conformités, retrait-rappel produit, contrôle qualité versus assurance qualité.  

 Les enjeux de la biodiversité et agroforesterie. 

 Agroécologie : de l’écologie scientifique à l’ésotérisme. 

 Le dérèglement climatique. 

 L’économie du secteur agroalimentaire. 

 Les Filières agricoles et agro-alimentaires. 

 Présentations des autorités sanitaires françaises et européennes. 

 Travaux dirigés : 

Le développement durable et l’alimentation durable  

 Travaux pratiques : 

Fresque Agri’Alim 

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Le management d’une action se définit comme l’activité permettant de faire fonctionner ensemble la conception et l’exécution d’un objectif à atteindre, pour obtenir le résultat attendu sous des contraintes de délais, d’objectifs, de ressources. L’objectif du module est d’aboutir à une action concrète ou la mise en place d’une preuve de concept/faisabilité dans le domaine des agrosciences (microbiologie, alimentation, production végétale, procédés,…). 

Cette UE est suivie par l'ensemble des  étudiants des 5 parcours de la mention BAG (M1 BIIPME, M1 A3DD, M1 AMAQ, M1 MB et M1 PFAA)

Programme :

Cours magistraux (10h) 

Lignes directrices pour la conception d’un projet expérimental et/ou d’une action de communication scientifique. (2h) 

Les évolutions de la notion de gestion de projet prenant en compte les exigences actuelles d’agilité de réactivité. (2 h) 

Les étapes liées à la gestion de projet (conception, planification, réalisation, terminaison) avec présentation d’outils associés (PERT, GANTT, QQOQCCP…) et organisation RH associée en logique projet. (4 h) 

Intégration des enjeux du développement durable dans la conduite d’une action (projet expérimental, action de terrain ou une action de communication). (2h) 

Travaux dirigés (20h) 

Accompagnement à la conception et à la réalisation d’une action (projet expérimental, action de terrain ou une action de communication). Ecriture d’une synthèse bibliographique, d’un protocole ou d’un plan d’action et communication (orale ou affichée) d’une action (projet expérimental, action de terrain ou une action de communication). 

Travaux pratiques (10h) 

Management d’une action (projet expérimental, action de terrain ou une action de communication). 

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Selon le projet professionnel de l’étudiant, un stage de 2 mois dans un laboratoire de recherche ou dans une entreprise permettra d'acquérir des compétences professionnelles dans le développement d'un projet scientifique ou dans la gestion d’un projet de Recherche et Développement ou dans la mise en place d’une démarche d’assurance qualité ou de développement durable : étude bibliographique, expérimentations, rédaction d’un mémoire, présentation des résultats, travail en équipe.

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Suite à des stress abiotiques (températures, carences, excès, etc…), des réponses adaptatives sont mises en place par les plantes, signe de l’extrême plasticité du monde végétal. Ces adaptations seront -elles suffisantes et rapides pour répondre aux enjeux climatiques ? Pour avoir quelques clés de réponse, cette UE vise à la compréhension de ces mécanismes et des voies de signalisation sous-jacentes, à différentes échelles d’étude :du champ à la cellule

Programme :

Cours magistraux (22h)

Introduction aux changements globaux (2h)
Les notions de rendement, de stress et de réponses (2h)
La sélection variétale (2h)
Températures froides et chaudes (4h) : notions de résistance, adaptation/acclimatation, les modifications métaboliques de la perception à la signalisation
Stress hydrique (6h)
Stress salin (2h)
Carences en éléments minéraux (4h)
Travaux dirigés (8h)
Préparation des TP et analyse des résultats
Travaux pratiques (10h)
Réponse aux stress : analyses macroscopique et cellulaires notions de rendement, de stress et de réponses (2h)

La sélection variétale (2h)
- Températures froides et chaudes (4h) : notions de résistance, adaptation/acclimatation, les modifications métaboliques de la perception à la signalisation
- Stress hydrique (6h)
- Stress salin (2h)
- Carences en éléments minéraux (4h)

Travaux dirigés (8h)
Préparation des TP et analyse des résultats

Travaux pratiques (10h)
Réponse aux stress : analyses macroscopique et cellulaire

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L ’objectif de cet enseignement est de présenter l’état global des connaissances actuelles sur le microbiote intestinal et l’impact de l’alimentation sur celui-ci. Le microbiote intestinal est une partie intégrante du corps humain et remplit de nombreuses fonctions nécessaires à l’homéostasie de celui-ci. De nombreuses pathologies chez l’Homme sont associées à des perturbations de cet écosystème microbien, ce qui en fait une cible pour des interventions nutritionnelles et/ou thérapeutiques. L'ensemble de ces sujets de société est abordé dans ce cours.  

Programme :

Cours Magistraux 

Dynamique du microbiote intestinal chez l’Homme (4h) 

Les techniques d’analyses et leurs biais (4h) 

Rôles du microbiote sur le métabolisme énergétique de l’Homme (4h) 

Impact de l’alimentation sur le microbiote (4h) 

Maladies associées au microbiote et stratégies nutritionnelles et thérapeutiques d’intervention (4h) 

Travaux Dirigés (6h) 

Analyse critique d’un produit d’une entreprise découlant des connaissances acquises sur le microbiote. 

Analyse d’un article scientifique publié dans l’année en cours. 

Travaux Pratiques (16h) 

Etude du microbiote chez la souris 

Initiation à l’analyse de données de séquençage 

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Cours mutualisé avec les étudiants des parcours  M1 AMAQ, PFAA, A3DD

Cette unité d’enseignement a pour objectif de donner aux étudiants les bases scientifiques nécessaires pour appréhender les futurs challenges en matière de qualité gustative et nutritionnelle des aliments. Il s’agit aussi d’appréhender la complexité du comportement de l’individu lorsqu’il est confronté à un choix alimentaire. 

Programme :

Bases de la nutrition : (16 h CM) 

-Couverture des besoins, sources alimentaires en glucides, lipides, protéines et fibres alimentaires.  

-Besoins normaux, besoins spécifiques en eau, minéraux et vitamines.  

-Enquêtes alimentaires. 

 Déterminants du choix alimentaire :  (10 h CM, 4h TD, 2h TP) 

-Rôle de la mémoire et des apprentissages : préférences alimentaires et aversions conditionnées (2h CM) 

-Rôle des émotions : exemple de l’impact du stress chronique sur l’alimentation (2h CM) 

-Le circuit de la récompense : de l’appétence pour le gras et le sucre…à l’addiction (2h CM) 

-La représentation mentale de l’aliment et modulation cognitive des choix (2h CM) 

-Rôle des signaux chimiosensoriel olfacto-gustatifs : exemple de l’alliesthésie et du rassasiement sensoriel spécifique (2h CM) 

 -TP (2h) : illustration du fonctionnement de la mémoire 

-TD1 : exposé sur un thème au choix 

-TD2 : analyse d’articles et documents scientifiques 

 Évaluation sensorielle : (8h CM, 10h TP) 

-Introduction à l’évaluation sensorielle (2h CM, 2h TP) 

-Tests de discrimination (2h CM, 4h TP) 

-Tests descriptifs (2h CM) 

-Tests hédoniques (2h CM, 4hTP) 

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Cours mutualisé avec les  parcours M1 AMAQ, M1 PFAA, M1 A3DD et M1 MB

Cette unité d’enseignement porte sur des domaines d’activités en Agro-Alimentaire : procédés de transformation et de production des aliments, physicochimie des aliments, et toxicologie alimentaire). 

Programme :

Procédés (10h CM et 6h TD) : 

-Introduction aux procédés alimentaires, Opérations unitaires, diagrammes de fabrication 

-Lois de transferts (matière, chaleur) et réacteurs 

-Conservation des aliments et des microorganismes (froid et déshydratation) 

-Technologies innovantes de décontamination microbienne (Hautes pressions, Champs électriques, UV…) 

Physico-chimie (10h CM, 8h TD et 1h TP) : 

-Introduction à l’aliment complexe. 

-Structure et fonctionnalité des principaux constituants d’un aliment (polysaccharides, protéines, lipides). 

-Etat physique et activité d’eau : (détermination, prédiction et évolution). 

-Texture des aliments (fluides, gels, pâtes). 

-Réaction de Maillard : 

-Analyse et interprétation des résultats expérimentaux  

-Visite d’une plateforme - outils de caractérisation de différents aliments (calorimétrie, rhéologie, spectroscopie, diffusion de lumière, RMN, …) 

Cours mutualisé avec les parcours M1 MB, M1 AMAQ, M1 PFA, M1 A3DD

Toxicologie (10h CM et 6h TD) : 

-Les différents dangers en matière d’alimentation en Industries agroalimentaires (substances non intentionnelles, contaminants de l’environnement : dioxines, métaux lourds, mycotoxines, migrants d’emballage…). 

-Les valeurs toxicologiques de références : critères de sécurité chez l’Homme– réglementation. 

-Les matériaux au contact des denrées alimentaires. 

-Identification d’un effet toxique - génotoxicité. 

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Cours mutualisé avec les parcours M1 AMAQ, M1 MB et M1 PFAA

L’adaptation des microorganismes à leur environnement est une des clés de leur survie. L’objectif de cet enseignement est de présenter les mécanismes d’adaptation permettant aux bactéries de survivre dans des contextes parfois drastiques. Les connaissances sont appliquées à l’utilisation de bactéries bénéfiques ou pathogènes dans les conditions délétères rencontrées dans l’industrie alimentaire. Dans le contexte de la sécurité sanitaire de aliments, l’accent est mis sur la connaissance des bactéries pathogènes retrouvées dans les aliments ainsi que sur les mécanismes de pathogénicité mis en jeu. 

Programme

Cours magistraux (24h) 

-La réponse aux stress des microorganismes 

-Les bactéries lactiques 

-Les biofilms bactériens 

-Les bactéries pathogènes alimentaires 

Travaux dirigés (8h) 

-Analyse de documents relatifs aux sujets traités en CM. 

-Entrainement à la rédaction et à la présentation orale. 

 Travaux pratiques (18h) 

-Etude de la destruction thermique d’une souche modèle. 

-Etude de populations au sein de biofilms mono ou multi-espèces et de leur résistance à des stress chimiques. 

-Identification d’espèces bactériennes contaminant les aliments par des méthodes de microbiologie classique et de biologie moléculaire. 

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Cours mutualisé avec les parcours Master 1 BIIPME, AMAQ, A3DD, PFAA, MB

L'anglais comme outil d'insertion professionnelle. Cette UE vise à donner aux étudiants des compétences spécifiques en anglais qui pourraient s'avérer utiles à l'approche de l'entrée dans la vie active. 

Programme :

-Rédiger un CV et une lettre de motivation en anglais. 

 -Préparation et passage d'un entretien en anglais : parler de soi et de ses expériences de façon à se mettre en valeur. 

-Rédiger un mail professionnel. 

 -Vocabulaire et grammaire utiles pour le CV et pour un entretien en anglais. 

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Selon le projet professionnel de l’étudiant, un stage de 2 mois dans un laboratoire de recherche ou dans une entreprise permettra d'acquérir des compétences professionnelles dans le développement d'un projet scientifique ou dans la gestion d’un projet de Recherche et Développement ou dans la mise en place d’une démarche d’assurance qualité ou de développement durable : étude bibliographique, expérimentations, rédaction d’un mémoire, présentation des résultats, travail en équipe.

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Cours mutualisé avec les parcours Master 1 A3DD, AMAQ, BIIPME, MB et PFAA

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Cours mutualisé avec les parcours des M1 BIIPME, AMAQ, A3DD, MB et PFAA

L’objectif de cet enseignement est de sensibiliser les étudiants à l’économie et à la gestion des entreprises qui donnent un cadre aux activités d’une entreprise. Le but de l’UE est d’apporter des bases permettant aux étudiants de dialoguer et d’interagir de manière efficace avec les services concernés par ces activités. Elle peut également fournir des clés pour les étudiants se destinant à l’entrepreneuriat.  

Programme :

-Comptabilité analytique : 4h CM + 8h TD 

 -Marketing stratégique : initiation aux concepts de marketing B to B et B to C : 12h CM 

 -Gestion des RH : Rôle du service Ressources Humaines, Appréhension de la gestion des relations dans les fonctions de management : 10h CM + 4h TD 

 -RSE (responsabilité sociale des entreprises) et éthique en entreprises agro-alimentaires : 12h CM 

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Cours mutualisé avec les parcours des M1 BIIPME, AMAQ, A3DD, MB et PFAA

De nombreux produits d’origine naturelle chez les plantes sont valorisés dans les industries pharmaceutiques, cosmétiques ou agro-alimentaires notamment en phytoprotection. Il est donc important de savoir reconnaitre ces métabolites secondaires et leurs particularités physicochimiques et de choisir intelligemment la meilleure façon de les extraire et les analyser avant qu’ils puissent être valorisés. 

Programme

Cours magistraux (10h) 

-Les différentes classes de métabolites secondaires et leurs particularités structurales (4h). 

-Diverses méthodes d’extraction, de purification, d’identification et d’analyse appropriées aux métabolites secondaires (3h). 

-Exemples de molécules ayant inspiré ou étant utilisées comme produits pharmaceutiques, cosmétiques ou agro-alimentaires (3h). 

Travaux dirigés (2h) 

Préparation et interprétation des travaux pratiques 

 Travaux pratiques (38 h) 

Sélection d’une plante riche en saponines (classe de métabolites secondaires) afin de les extraire, les purifier et les analyser dans une optique de valorisation ultérieure. Notion de fractionnement bioguidé. 

Voir la page complète

Le management de la qualité est une démarche qui permet l’amélioration continue des processus, des produits et des services d’une entreprise afin de satisfaire ses clients. Cette unité d’enseignement a pour objectif de présenter la mise en œuvre d’un système de management de la qualité efficace et performant. 

Programme :

Cours magistraux (36h) 

Programme :

Management de la qualité 

HACCP 

Norme ISO 22000 

Référentiels IFS/BRC 

Formation théorique à l’audit 

Travaux dirigés (8h) 

HACCP : mise en pratique de la méthodologie afin de comprendre les notions et d’établir un plan de maitrise des dangers pertinent. 

Audit interne : exercices pour comprendre et assimiler la méthodologie de l’audit : traduire des exigences en questions, formuler des questions ouvertes, savoir rédiger un écart, savoir coter un écart. 

Norme environnementale ISO 14001 

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La responsabilité sociétale des entreprises (RSE) est l’intégration par les entreprises de préoccupations sociales, économiques et environnementales (les piliers du développement durable) à leurs activités. Cette unité d’enseignement a pour objectif de présenter le concept général de RSE et ses applications dans le contexte du secteur agro-alimentaire. Les fondamentaux de la RSE 

Programme :

Pilotage et reporting interne 

Pilotage et reporting externe 

Présentation d’un outil d’auto-évaluation de démarche RSE 

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Les aliments sont pour la plupart non stériles et constituent de bons milieux pour le développement des microorganismes. La qualité microbiologique des aliments peut ainsi être rapidement altérée si la croissance des microorganismes n’est pas parfaitement inhibée par des facteurs adéquats. Cette unité d’enseignement a pour objectif de présenter les maladies d’origine alimentaire, les différents réservoirs de pathogènes alimentaires, les voies de contaminations des aliments, les mécanismes de pathogénie, les techniques de maîtrise et de détection des microorganismes pathogènes ainsi que les procédures de nettoyage/désinfection. 

Programme :

Cours magistraux (20h) 

Le risque microbiologique alimentaires :  

-comment l’ingestion d’un aliment peut-elle provoquer une maladie d’origine microbienne ? 

-quels sont les moyens permettant la maîtrise des microorganismes pathogènes durant la transformation et la conservation des aliments ? 

-comment les microorganismes peuvent-ils engendrer un risque pour la sécurité des aliments malgré les moyens de maîtrise mis en place ? 

-quelles sont les techniques de détection des microorganismes dans les produits alimentaires ? 

-comment assurer l’hygiène dans l’industrie agro-alimentaire ? 

Travaux dirigés (10h) 

Mise en situation et préparation d’exposés

Travaux dirigés (10h) 

Mise en situation et préparation d’exposés

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Cours magistraux (16h) 

Méthodes chimiques pour le contrôle qualité : 

-Méthodes chromatographiques de contrôle 

-Méthodes spectroscopiques de contrôle 

-La métrologie dans les industries agroalimentaires 

 Statistiques utilisées en contrôle qualité. 

Travaux dirigés (6h) 

Méthodes chromatographiques 

Méthodes spectroscopiques 

Métrologie 

Travaux pratiques (28h) 

Détection des fraudes : 

Etude de cas concret et méthodologie de détection de fraudes dans des aliments tels que le miel, le jus d’orange, le thé et le vin. 

 Validation de méthodes : 

-Impact des paramètres de chromatographie sur le résultat (débit, phase mobile, phase stationnaire, nature de la colonne). 

-Limite de détection, limite de quantification, répétabilité, reproductibilité… 

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Programme :

Cours magistraux (36h) 

Toxicologie alimentaire : 

-Identification des dangers dans les procédés alimentaires (biologique / allergénique / chimique / physique) 

-Évaluation des risques alimentaires et processus de gestion 

-Évaluation et gestion des risques liés aux allergies alimentaires 

-Evaluation des risques des emballages de contact alimentaire 

Qualité nutritionnelle des aliments : 

-Besoins – Pertes – Utilisation, Apports Nutritionnels Conseillés (ANC) 

-Apports Journaliers Recommandés (AJR) – étiquetage nutritionnels – nutriscore – allégations Santé 

-Epidémiologie nutritionnelle / PNNS / pathologies liées à l’alimentation dans les pays industrialisés / prévention / éducation nutritionnelle / alimentation et précarité 

-Besoins nutritionnels spécifiques : enfants, personnes âgés, sportifs 

-Impact des procédés de transformation et de conservation sur la qualité nutritionnelle des aliments : acides gras trans, nitrosamines, amines hétérocycliques, altérations des vitamines, édulcorants,… 

 Qualité des matières premières : 

-viande 

-lait 

-eau 

Travaux dirigés (27h) 

Visite du Dertech 

Visite d’une fromagerie 

Mémoire bibliographique 

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Stage sur l'année

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Travail personnel encadré

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Cette UE est suivie par l'ensemble des  étudiants des 5 parcours de la mention BAG (M1 BIIPME, M1 A3DD, M1 AMAQ, M1 MB et M1 PFAA)

Programme :

Outils bibliographiques (recherche références bibliographiques/accès ressources numériques via ENT/organisation des références bibliographiques dans un manuscrit (Mendeley/Zotero). 2h TD 

Consignes de rédaction d’un rapport et mise en forme d’un jeu de données. 2h CM 

Biostatistiques. 6h CM et 4h TD 

Vulgarisation scientifique (articles, vidéo). 4h TD 

Bioéthique. 4h CM 

 Rédaction d’une fiche de synthèse (faire un résumé et définir les objectifs à partir des documents fournis). 4h TD 

 Communications orales et communications affichées (Poster). 4h TD 

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Cette UE est suivie par l'ensemble des  étudiants des 5 parcours de la mention BAG (M1 BIIPME, M1 A3DD, M1 AMAQ, M1 MB et M1 PFAA)

Programme :

Cours magistraux (22h) 

Détection, localisation et quantification de cellules (bactériennes, fongiques, végétales dont OGM), toxines, résidus pesticides, métabolites …. en utilisant des techniques de chromatographie, transcriptomique, protéomique et métabolomique, NGS, microscopie et des outils bio-informatiques. 

Analyse des flux de matière au sein d’organismes vivants et/ou écosystèmes (réseau trophique, pollution…) via des isotopes stables comme traceurs ou indicateurs 

Travaux dirigés (10h) 

Illustrations des thèmes du cours sous formes d’exercices et d’analyses de données de publications. 

Travaux pratiques (8h) 

Extraction de composés d’emballages plastiques et mesure par HPLC (4h) 

Détection d’OGM (4h) 

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Programme :

Introduction à l’économie des secteurs alimentaires et agronomiques : analyse économique du secteur alimentaire et analyse économique de la consommation et des comportements alimentaires. 14h CM 

Innovation (PI, brevet). 4h CM 

Intervention Vitagora sur les métiers en IAA. 2h CM

Médias et IAA. 4h CM 

Connaissances des entreprises (coopératives – fermes – industries) et des modes de distribution (circuits courts). 4h CM 

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L'anglais est un outil indispensable pour la communication scientifique. Cette UE vise à améliorer les capacités à comprendre et à communiquer des informations scientifiques. Les techniques permettant une communication orale claire et efficace seront travaillées ainsi que du lexique/de la grammaire utiles pour la communication scientifique. 

Programme

Lecture et synthèse d'articles de recherche et de vulgarisation. 

 Entraînement à la présentation orale d'informations scientifiques devant un groupe. Les techniques pour optimiser la communication orale. 

 Rappel de lexique et de grammaire permettant de communiquer des informations scientifiques. 

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Cette UE est suivie par l'ensemble des  étudiants des 5 parcours de la mention BAG (M1 BIIPME, M1 A3DD, M1 AMAQ, M1 MB et M1 PFAA)

Programme :

Le développement durable et l’alimentation durable : historique, enjeux, opportunités. 

 Introduction à la responsabilité sociétale des entreprises (RSE). 

 Introduction à la Qualité : réglementation (les bases du paquet hygiène, les guides et organisation de contrôle), gestion des non-conformités, retrait-rappel produit, contrôle qualité versus assurance qualité.  

 Les enjeux de la biodiversité et agroforesterie. 

 Agroécologie : de l’écologie scientifique à l’ésotérisme. 

 Le dérèglement climatique. 

 L’économie du secteur agroalimentaire. 

 Les Filières agricoles et agro-alimentaires. 

 Présentations des autorités sanitaires françaises et européennes. 

 Travaux dirigés : 

Le développement durable et l’alimentation durable  

 Travaux pratiques : 

Fresque Agri’Alim 

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Le management d’une action se définit comme l’activité permettant de faire fonctionner ensemble la conception et l’exécution d’un objectif à atteindre, pour obtenir le résultat attendu sous des contraintes de délais, d’objectifs, de ressources. L’objectif du module est d’aboutir à une action concrète ou la mise en place d’une preuve de concept/faisabilité dans le domaine des agrosciences (microbiologie, alimentation, production végétale, procédés,…). 

Cette UE est suivie par l'ensemble des  étudiants des 5 parcours de la mention BAG (M1 BIIPME, M1 A3DD, M1 AMAQ, M1 MB et M1 PFAA)

Programme :

Cours magistraux (10h) 

Lignes directrices pour la conception d’un projet expérimental et/ou d’une action de communication scientifique. (2h) 

Les évolutions de la notion de gestion de projet prenant en compte les exigences actuelles d’agilité de réactivité. (2 h) 

Les étapes liées à la gestion de projet (conception, planification, réalisation, terminaison) avec présentation d’outils associés (PERT, GANTT, QQOQCCP…) et organisation RH associée en logique projet. (4 h) 

Intégration des enjeux du développement durable dans la conduite d’une action (projet expérimental, action de terrain ou une action de communication). (2h) 

Travaux dirigés (20h) 

Accompagnement à la conception et à la réalisation d’une action (projet expérimental, action de terrain ou une action de communication). Ecriture d’une synthèse bibliographique, d’un protocole ou d’un plan d’action et communication (orale ou affichée) d’une action (projet expérimental, action de terrain ou une action de communication). 

Travaux pratiques (10h) 

Management d’une action (projet expérimental, action de terrain ou une action de communication). 

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Suite à des stress abiotiques (températures, carences, excès, etc…), des réponses adaptatives sont mises en place par les plantes, signe de l’extrême plasticité du monde végétal. Ces adaptations seront -elles suffisantes et rapides pour répondre aux enjeux climatiques ? Pour avoir quelques clés de réponse, cette UE vise à la compréhension de ces mécanismes et des voies de signalisation sous-jacentes, à différentes échelles d’étude :du champ à la cellule

Programme :

Cours magistraux (22h)

Introduction aux changements globaux (2h)
Les notions de rendement, de stress et de réponses (2h)
La sélection variétale (2h)
Températures froides et chaudes (4h) : notions de résistance, adaptation/acclimatation, les modifications métaboliques de la perception à la signalisation
Stress hydrique (6h)
Stress salin (2h)
Carences en éléments minéraux (4h)
Travaux dirigés (8h)
Préparation des TP et analyse des résultats
Travaux pratiques (10h)
Réponse aux stress : analyses macroscopique et cellulaires notions de rendement, de stress et de réponses (2h)

La sélection variétale (2h)
- Températures froides et chaudes (4h) : notions de résistance, adaptation/acclimatation, les modifications métaboliques de la perception à la signalisation
- Stress hydrique (6h)
- Stress salin (2h)
- Carences en éléments minéraux (4h)

Travaux dirigés (8h)
Préparation des TP et analyse des résultats

Travaux pratiques (10h)
Réponse aux stress : analyses macroscopique et cellulaire

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L ’objectif de cet enseignement est de présenter l’état global des connaissances actuelles sur le microbiote intestinal et l’impact de l’alimentation sur celui-ci. Le microbiote intestinal est une partie intégrante du corps humain et remplit de nombreuses fonctions nécessaires à l’homéostasie de celui-ci. De nombreuses pathologies chez l’Homme sont associées à des perturbations de cet écosystème microbien, ce qui en fait une cible pour des interventions nutritionnelles et/ou thérapeutiques. L'ensemble de ces sujets de société est abordé dans ce cours.  

Programme :

Cours Magistraux 

Dynamique du microbiote intestinal chez l’Homme (4h) 

Les techniques d’analyses et leurs biais (4h) 

Rôles du microbiote sur le métabolisme énergétique de l’Homme (4h) 

Impact de l’alimentation sur le microbiote (4h) 

Maladies associées au microbiote et stratégies nutritionnelles et thérapeutiques d’intervention (4h) 

Travaux Dirigés (6h) 

Analyse critique d’un produit d’une entreprise découlant des connaissances acquises sur le microbiote. 

Analyse d’un article scientifique publié dans l’année en cours. 

Travaux Pratiques (16h) 

Etude du microbiote chez la souris 

Initiation à l’analyse de données de séquençage 

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Dans leur environnement, les plantes, cultivées ou non, sont en permanence en interaction avec de nombreux microorganismes qui ont un effet bénéfique ou délétère sur leur santé et donc sur la production végétale. Le but de ce module est de donner aux étudiants une connaissance globale des différents types de relations plantes-microorganismes (gradient du parasitisme au mutualisme) ainsi que des mécanismes cellulaires et moléculaires sous-jacents

Cet enseignement est mutualisé  entre le M1 BIIPME et M1 MB

Programme

Cours magistraux (24h) 

-Concepts généraux relatifs à la phytopathologie et à la résistance (immunité) des plantes. 

-Signalisation dans les différents types d’interaction plantes microorganismes. 

-Fonctionnement de l’interface biotrophe. 

-Résistance systémique acquise. 

-NO, ROS et composants anti-microbiens. 

-Immunité déclenchée par les effecteurs ; immunité déclenchée par les PAMPs. 

-Des fossiles aux génomes : évolution et devenir des IPM (gradient mutualisme-pathogène). 

Travaux dirigés (5h) 

Discussions autour de la mise au point de protocoles innovants et pertinents. Analyses des résultats de TP. 

Entrainement à la présentation orale. 

Travaux pratiques (21h) 

Analyses cellulaires et moléculaires d‘interactions multitrophiques. Confrontation d’une plante de façon isolée ou simultanée à une/des interaction(s) pathogène(s) ou mutualiste(s). 

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Cours mutualisé avec les  parcours M1 AMAQ, M1 PFAA, M1 A3DD et M1 MB

Cette unité d’enseignement porte sur des domaines d’activités en Agro-Alimentaire : procédés de transformation et de production des aliments, physicochimie des aliments, et toxicologie alimentaire). 

Programme :

Procédés (10h CM et 6h TD) : 

-Introduction aux procédés alimentaires, Opérations unitaires, diagrammes de fabrication 

-Lois de transferts (matière, chaleur) et réacteurs 

-Conservation des aliments et des microorganismes (froid et déshydratation) 

-Technologies innovantes de décontamination microbienne (Hautes pressions, Champs électriques, UV…) 

Physico-chimie (10h CM, 8h TD et 1h TP) : 

-Introduction à l’aliment complexe. 

-Structure et fonctionnalité des principaux constituants d’un aliment (polysaccharides, protéines, lipides). 

-Etat physique et activité d’eau : (détermination, prédiction et évolution). 

-Texture des aliments (fluides, gels, pâtes). 

-Réaction de Maillard : 

-Analyse et interprétation des résultats expérimentaux  

-Visite d’une plateforme - outils de caractérisation de différents aliments (calorimétrie, rhéologie, spectroscopie, diffusion de lumière, RMN, …) 

Cours mutualisé avec les parcours M1 MB, M1 AMAQ, M1 PFA, M1 A3DD

Toxicologie (10h CM et 6h TD) : 

-Les différents dangers en matière d’alimentation en Industries agroalimentaires (substances non intentionnelles, contaminants de l’environnement : dioxines, métaux lourds, mycotoxines, migrants d’emballage…). 

-Les valeurs toxicologiques de références : critères de sécurité chez l’Homme– réglementation. 

-Les matériaux au contact des denrées alimentaires. 

-Identification d’un effet toxique - génotoxicité. 

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Cours mutualisé avec les parcours M1 AMAQ, M1 MB et M1 PFAA

L’adaptation des microorganismes à leur environnement est une des clés de leur survie. L’objectif de cet enseignement est de présenter les mécanismes d’adaptation permettant aux bactéries de survivre dans des contextes parfois drastiques. Les connaissances sont appliquées à l’utilisation de bactéries bénéfiques ou pathogènes dans les conditions délétères rencontrées dans l’industrie alimentaire. Dans le contexte de la sécurité sanitaire de aliments, l’accent est mis sur la connaissance des bactéries pathogènes retrouvées dans les aliments ainsi que sur les mécanismes de pathogénicité mis en jeu. 

Programme

Cours magistraux (24h) 

-La réponse aux stress des microorganismes 

-Les bactéries lactiques 

-Les biofilms bactériens 

-Les bactéries pathogènes alimentaires 

Travaux dirigés (8h) 

-Analyse de documents relatifs aux sujets traités en CM. 

-Entrainement à la rédaction et à la présentation orale. 

 Travaux pratiques (18h) 

-Etude de la destruction thermique d’une souche modèle. 

-Etude de populations au sein de biofilms mono ou multi-espèces et de leur résistance à des stress chimiques. 

-Identification d’espèces bactériennes contaminant les aliments par des méthodes de microbiologie classique et de biologie moléculaire. 

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Cours mutualisé avec les parcours Master 1 BIIPME, AMAQ, A3DD, PFAA, MB

L'anglais comme outil d'insertion professionnelle. Cette UE vise à donner aux étudiants des compétences spécifiques en anglais qui pourraient s'avérer utiles à l'approche de l'entrée dans la vie active. 

Programme :

-Rédiger un CV et une lettre de motivation en anglais. 

 -Préparation et passage d'un entretien en anglais : parler de soi et de ses expériences de façon à se mettre en valeur. 

-Rédiger un mail professionnel. 

 -Vocabulaire et grammaire utiles pour le CV et pour un entretien en anglais. 

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Selon le projet professionnel de l’étudiant, un stage de 2 mois dans un laboratoire de recherche ou dans une entreprise permettra d'acquérir des compétences professionnelles dans le développement d'un projet scientifique ou dans la gestion d’un projet de Recherche et Développement ou dans la mise en place d’une démarche d’assurance qualité ou de développement durable : étude bibliographique, expérimentations, rédaction d’un mémoire, présentation des résultats, travail en équipe.

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Cours mutualisé avec les parcours Master 1 A3DD, AMAQ, BIIPME, MB et PFAA

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Cours mutualisé avec les parcours des M1 BIIPME, AMAQ, A3DD, MB et PFAA

L’objectif de cet enseignement est de sensibiliser les étudiants à l’économie et à la gestion des entreprises qui donnent un cadre aux activités d’une entreprise. Le but de l’UE est d’apporter des bases permettant aux étudiants de dialoguer et d’interagir de manière efficace avec les services concernés par ces activités. Elle peut également fournir des clés pour les étudiants se destinant à l’entrepreneuriat.  

Programme :

-Comptabilité analytique : 4h CM + 8h TD 

 -Marketing stratégique : initiation aux concepts de marketing B to B et B to C : 12h CM 

 -Gestion des RH : Rôle du service Ressources Humaines, Appréhension de la gestion des relations dans les fonctions de management : 10h CM + 4h TD 

 -RSE (responsabilité sociale des entreprises) et éthique en entreprises agro-alimentaires : 12h CM 

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Cours mutualisé avec les parcours des M1 BIIPME, AMAQ, A3DD, MB et PFAA

De nombreux produits d’origine naturelle chez les plantes sont valorisés dans les industries pharmaceutiques, cosmétiques ou agro-alimentaires notamment en phytoprotection. Il est donc important de savoir reconnaitre ces métabolites secondaires et leurs particularités physicochimiques et de choisir intelligemment la meilleure façon de les extraire et les analyser avant qu’ils puissent être valorisés. 

Programme

Cours magistraux (10h) 

-Les différentes classes de métabolites secondaires et leurs particularités structurales (4h). 

-Diverses méthodes d’extraction, de purification, d’identification et d’analyse appropriées aux métabolites secondaires (3h). 

-Exemples de molécules ayant inspiré ou étant utilisées comme produits pharmaceutiques, cosmétiques ou agro-alimentaires (3h). 

Travaux dirigés (2h) 

Préparation et interprétation des travaux pratiques 

 Travaux pratiques (38 h) 

Sélection d’une plante riche en saponines (classe de métabolites secondaires) afin de les extraire, les purifier et les analyser dans une optique de valorisation ultérieure. Notion de fractionnement bioguidé. 

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Que ce soit dans des environnements naturels (microbiote intestinal) ou lors de leurs utilisations en biotechnologies (production fromagère), les microorganismes peuvent vivre en communautés plus ou moins complexes. Afin d’étudier ces communautés microbiennes et de caractériser individuellement les propriétés de ces microorganismes, il est nécessaire de combiner une grande variété de méthodes de biologie moléculaire, de biochimie, d’immunologie ou bien encore de microscopie. De plus ces méthodes doivent être sélectionnées et adaptées en fonction des contraintes liées au type de prélèvements à analyser

Programme :

Cours magistraux (20h) 

Cours introductifs sur le choix des méthodes (2h) 

Méthodes de séquençage nouvelle génération (NGS) (4h) 

Protéomique et métabolomique (4h) 

Méthodes de microscopies avancées (super résolution, microscopie électronique et microscopie à force atomique) (4h) 

Analyse single cell (2h) 

Méthodes culturales innovantes (culturomics)(4h) 

ours magistraux (20h) 

Cours introductifs sur le choix des méthodes (2h) 

Méthodes de séquençage nouvelle génération (NGS) (4h) 

Protéomique et métabolomique (4h) 

Méthodes de microscopies avancées (super résolution, microscopie électronique et microscopie à force atomique) (4h) 

Analyse single cell (2h) 

Méthodes culturales innovantes (culturomics)(4h) 

Travaux pratiques (20h) 

Visite de plateformes du campus dijonnais (4h) 

Mini-projet en laboratoire (16h) 

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Cours magistraux (24h) 

Programme :

Cours introductifs sur les écosystèmes microbiens en biotechnologies (2h) 

Différents modes de conduites d’un bioprocédé (4h) 

Stratégies de scale-up (4h) 

Dimensionnement de bioréacteurs (4h) 

Les fermentations liquides, semi-solides et solides (biofilms) (6h) 

Suivie des paramètres de croissance et métabolique (4h) 

Travaux dirigés (6h) 

Mini-projet de dimensionnement d’un bioprocédé (6h).

Travaux pratiques (20h) 

Visite d’usine (4h) 

Utilisation d’un fermenteur (16h) 

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Les aliments sont pour la plupart non stériles et constituent de bons milieux pour le développement des microorganismes. La qualité microbiologique des aliments peut ainsi être rapidement altérée si la croissance des microorganismes n’est pas parfaitement inhibée par des facteurs adéquats. Cette unité d’enseignement a pour objectif de présenter les maladies d’origine alimentaire, les différents réservoirs de pathogènes alimentaires, les voies de contaminations des aliments, les mécanismes de pathogénie, les techniques de maîtrise et de détection des microorganismes pathogènes ainsi que les procédures de nettoyage/désinfection. Programme :

Cours magistraux (20h) 

Le risque microbiologique alimentaires :  

-comment l’ingestion d’un aliment peut-elle provoquer une maladie d’origine microbienne ? 

-quels sont les moyens permettant la maîtrise des microorganismes pathogènes durant la transformation et la conservation des aliments ? 

-comment les microorganismes peuvent-ils engendrer un risque pour la sécurité des aliments malgré les moyens de maîtrise mis en place ? 

-quelles sont les techniques de détection des microorganismes dans les produits alimentaires ? 

-comment assurer l’hygiène dans l’industrie agro-alimentaire ? 

Travaux dirigés (10h) 

Mise en situation et préparation d’exposés.

Travaux pratiques (18h) 

Analyse microbiologique d’un aliment et identification de souches bactériennes par méthodes biochimiques et moléculaires. 

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Un certain nombre de microorganismes (bactéries, champignons, eucaryotes unicellulaires) sont utilisées en alimentation humaine et animale. L’utilisation de ces microorganismes est strictement encadrée d’un point de vue réglementaire afin de s’assurer de l’innocuité de leur utilisation. Obtenir l’autorisation de l’utilisation d’une nouvelle espèce de microorganisme pour l’alimentation humaine ou animale est une étape très difficile pour les entreprises de ce secteur.  

Programme :

Cours magistraux (28h) 

Les différentes applications de microorganismes en alimentation humaine et animale. Importance économique (6h) 

Microorganismes, alimentation et développement durable (2h) 

Cadre réglementaire de l’utilisation des microorganismes en alimentation et santé (10h) 

Les organismes génétiquement modifiées (4h) 

Probiotiques en santé humaine/animale (6h) 

Travaux dirigés (6h) 

Veille bibliographique sur de nouveaux microorganismes d’intérêt pour l’agroalimentaire (6h). 

Travaux pratiques (10h) 

Propriétés immunomodulatrices de probiotiques (10h) 

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La grande diversité des microorganismes (eubactéries, archées, champignons ou bien encore protistes) s’accompagne d’une variété immense de réactions chimiques pouvant être catalysés par ceux-ci. De plus la capacité de certains de ces microorganismes à survivre et se développer dans des environnements extrêmes (températures, pressions, acidité) font qu’ils peuvent réaliser ces réactions dans des environnements physicochimiques variés. Ces microorganismes représentent donc un potentiel enzymatique énorme pour transformer des déchets et/ou des co-produits dans différents domaines d’applications 

Programme :

Cours magistraux (24h) 

Diversité enzymatique des microorganismes dans différents environnements (corps humains, composteurs, sol, etc…) (6h) 

Apport du génie génétique pour optimiser les activités de microorganismes (4h) 

Valorisation en agroalimentaire (4h) 

Utilisation de microorganismes comme source d’énergie (méthanisation/biogazs/biocarburants) (4h) 

Travaux dirigés (6h) 

Analyse d’articles pour identifier des approches innovantes de valorisation de déchets/coproduits par l’utilisation de microorganismes. 

Bioremédiation par les microorganismes (centrales d’épuration, recyclages des plastiques) (6h) 

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Travail personnel encadré

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Cette UE est suivie par l'ensemble des  étudiants des 5 parcours de la mention BAG (M1 BIIPME, M1 A3DD, M1 AMAQ, M1 MB et M1 PFAA)

Programme :

Outils bibliographiques (recherche références bibliographiques/accès ressources numériques via ENT/organisation des références bibliographiques dans un manuscrit (Mendeley/Zotero). 2h TD 

Consignes de rédaction d’un rapport et mise en forme d’un jeu de données. 2h CM 

Biostatistiques. 6h CM et 4h TD 

Vulgarisation scientifique (articles, vidéo). 4h TD 

Bioéthique. 4h CM 

 Rédaction d’une fiche de synthèse (faire un résumé et définir les objectifs à partir des documents fournis). 4h TD 

 Communications orales et communications affichées (Poster). 4h TD 

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Cette UE est suivie par l'ensemble des  étudiants des 5 parcours de la mention BAG (M1 BIIPME, M1 A3DD, M1 AMAQ, M1 MB et M1 PFAA)

Programme :

Cours magistraux (22h) 

Détection, localisation et quantification de cellules (bactériennes, fongiques, végétales dont OGM), toxines, résidus pesticides, métabolites …. en utilisant des techniques de chromatographie, transcriptomique, protéomique et métabolomique, NGS, microscopie et des outils bio-informatiques. 

Analyse des flux de matière au sein d’organismes vivants et/ou écosystèmes (réseau trophique, pollution…) via des isotopes stables comme traceurs ou indicateurs 

Travaux dirigés (10h) 

Illustrations des thèmes du cours sous formes d’exercices et d’analyses de données de publications. 

Travaux pratiques (8h) 

Extraction de composés d’emballages plastiques et mesure par HPLC (4h) 

Détection d’OGM (4h) 

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Cette UE est suivie par l'ensemble des  étudiants des 5 parcours de la mention BAG (M1 BIIPME, M1 A3DD, M1 AMAQ, M1 MB et M1 PFAA)

Programme :

Le développement durable et l’alimentation durable : historique, enjeux, opportunités. 

 Introduction à la responsabilité sociétale des entreprises (RSE). 

 Introduction à la Qualité : réglementation (les bases du paquet hygiène, les guides et organisation de contrôle), gestion des non-conformités, retrait-rappel produit, contrôle qualité versus assurance qualité.  

 Les enjeux de la biodiversité et agroforesterie. 

 Agroécologie : de l’écologie scientifique à l’ésotérisme. 

 Le dérèglement climatique. 

 L’économie du secteur agroalimentaire. 

 Les Filières agricoles et agro-alimentaires. 

 Présentations des autorités sanitaires françaises et européennes. 

 Travaux dirigés : 

Le développement durable et l’alimentation durable  

 Travaux pratiques : 

Fresque Agri’Alim 

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Le management d’une action se définit comme l’activité permettant de faire fonctionner ensemble la conception et l’exécution d’un objectif à atteindre, pour obtenir le résultat attendu sous des contraintes de délais, d’objectifs, de ressources. L’objectif du module est d’aboutir à une action concrète ou la mise en place d’une preuve de concept/faisabilité dans le domaine des agrosciences (microbiologie, alimentation, production végétale, procédés,…). 

Cette UE est suivie par l'ensemble des  étudiants des 5 parcours de la mention BAG (M1 BIIPME, M1 A3DD, M1 AMAQ, M1 MB et M1 PFAA)

Programme :

Cours magistraux (10h) 

Lignes directrices pour la conception d’un projet expérimental et/ou d’une action de communication scientifique. (2h) 

Les évolutions de la notion de gestion de projet prenant en compte les exigences actuelles d’agilité de réactivité. (2 h) 

Les étapes liées à la gestion de projet (conception, planification, réalisation, terminaison) avec présentation d’outils associés (PERT, GANTT, QQOQCCP…) et organisation RH associée en logique projet. (4 h) 

Intégration des enjeux du développement durable dans la conduite d’une action (projet expérimental, action de terrain ou une action de communication). (2h) 

Travaux dirigés (20h) 

Accompagnement à la conception et à la réalisation d’une action (projet expérimental, action de terrain ou une action de communication). Ecriture d’une synthèse bibliographique, d’un protocole ou d’un plan d’action et communication (orale ou affichée) d’une action (projet expérimental, action de terrain ou une action de communication). 

Travaux pratiques (10h) 

Management d’une action (projet expérimental, action de terrain ou une action de communication). 

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Suite à des stress abiotiques (températures, carences, excès, etc…), des réponses adaptatives sont mises en place par les plantes, signe de l’extrême plasticité du monde végétal. Ces adaptations seront -elles suffisantes et rapides pour répondre aux enjeux climatiques ? Pour avoir quelques clés de réponse, cette UE vise à la compréhension de ces mécanismes et des voies de signalisation sous-jacentes, à différentes échelles d’étude :du champ à la cellule

Programme :

Cours magistraux (22h)

Introduction aux changements globaux (2h)
Les notions de rendement, de stress et de réponses (2h)
La sélection variétale (2h)
Températures froides et chaudes (4h) : notions de résistance, adaptation/acclimatation, les modifications métaboliques de la perception à la signalisation
Stress hydrique (6h)
Stress salin (2h)
Carences en éléments minéraux (4h)
Travaux dirigés (8h)
Préparation des TP et analyse des résultats
Travaux pratiques (10h)
Réponse aux stress : analyses macroscopique et cellulaires notions de rendement, de stress et de réponses (2h)

La sélection variétale (2h)
- Températures froides et chaudes (4h) : notions de résistance, adaptation/acclimatation, les modifications métaboliques de la perception à la signalisation
- Stress hydrique (6h)
- Stress salin (2h)
- Carences en éléments minéraux (4h)

Travaux dirigés (8h)
Préparation des TP et analyse des résultats

Travaux pratiques (10h)
Réponse aux stress : analyses macroscopique et cellulaire

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L ’objectif de cet enseignement est de présenter l’état global des connaissances actuelles sur le microbiote intestinal et l’impact de l’alimentation sur celui-ci. Le microbiote intestinal est une partie intégrante du corps humain et remplit de nombreuses fonctions nécessaires à l’homéostasie de celui-ci. De nombreuses pathologies chez l’Homme sont associées à des perturbations de cet écosystème microbien, ce qui en fait une cible pour des interventions nutritionnelles et/ou thérapeutiques. L'ensemble de ces sujets de société est abordé dans ce cours.  

Programme :

Cours Magistraux 

Dynamique du microbiote intestinal chez l’Homme (4h) 

Les techniques d’analyses et leurs biais (4h) 

Rôles du microbiote sur le métabolisme énergétique de l’Homme (4h) 

Impact de l’alimentation sur le microbiote (4h) 

Maladies associées au microbiote et stratégies nutritionnelles et thérapeutiques d’intervention (4h) 

Travaux Dirigés (6h) 

Analyse critique d’un produit d’une entreprise découlant des connaissances acquises sur le microbiote. 

Analyse d’un article scientifique publié dans l’année en cours. 

Travaux Pratiques (16h) 

Etude du microbiote chez la souris 

Initiation à l’analyse de données de séquençage 

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Cours mutualisé avec les étudiants des parcours  M1 AMAQ, PFAA, A3DD

Cette unité d’enseignement a pour objectif de donner aux étudiants les bases scientifiques nécessaires pour appréhender les futurs challenges en matière de qualité gustative et nutritionnelle des aliments. Il s’agit aussi d’appréhender la complexité du comportement de l’individu lorsqu’il est confronté à un choix alimentaire. 

Programme :

Bases de la nutrition : (16 h CM) 

-Couverture des besoins, sources alimentaires en glucides, lipides, protéines et fibres alimentaires.  

-Besoins normaux, besoins spécifiques en eau, minéraux et vitamines.  

-Enquêtes alimentaires. 

 Déterminants du choix alimentaire :  (10 h CM, 4h TD, 2h TP) 

-Rôle de la mémoire et des apprentissages : préférences alimentaires et aversions conditionnées (2h CM) 

-Rôle des émotions : exemple de l’impact du stress chronique sur l’alimentation (2h CM) 

-Le circuit de la récompense : de l’appétence pour le gras et le sucre…à l’addiction (2h CM) 

-La représentation mentale de l’aliment et modulation cognitive des choix (2h CM) 

-Rôle des signaux chimiosensoriel olfacto-gustatifs : exemple de l’alliesthésie et du rassasiement sensoriel spécifique (2h CM) 

 -TP (2h) : illustration du fonctionnement de la mémoire 

-TD1 : exposé sur un thème au choix 

-TD2 : analyse d’articles et documents scientifiques 

 Évaluation sensorielle : (8h CM, 10h TP) 

-Introduction à l’évaluation sensorielle (2h CM, 2h TP) 

-Tests de discrimination (2h CM, 4h TP) 

-Tests descriptifs (2h CM) 

-Tests hédoniques (2h CM, 4hTP) 

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Cours mutualisé avec les  parcours M1 AMAQ, M1 PFAA, M1 A3DD et M1 MB

Cette unité d’enseignement porte sur des domaines d’activités en Agro-Alimentaire : procédés de transformation et de production des aliments, physicochimie des aliments, et toxicologie alimentaire). 

Programme :

Procédés (10h CM et 6h TD) : 

-Introduction aux procédés alimentaires, Opérations unitaires, diagrammes de fabrication 

-Lois de transferts (matière, chaleur) et réacteurs 

-Conservation des aliments et des microorganismes (froid et déshydratation) 

-Technologies innovantes de décontamination microbienne (Hautes pressions, Champs électriques, UV…) 

Physico-chimie (10h CM, 8h TD et 1h TP) : 

-Introduction à l’aliment complexe. 

-Structure et fonctionnalité des principaux constituants d’un aliment (polysaccharides, protéines, lipides). 

-Etat physique et activité d’eau : (détermination, prédiction et évolution). 

-Texture des aliments (fluides, gels, pâtes). 

-Réaction de Maillard : 

-Analyse et interprétation des résultats expérimentaux  

-Visite d’une plateforme - outils de caractérisation de différents aliments (calorimétrie, rhéologie, spectroscopie, diffusion de lumière, RMN, …) 

Cours mutualisé avec les parcours M1 MB, M1 AMAQ, M1 PFA, M1 A3DD

Toxicologie (10h CM et 6h TD) : 

-Les différents dangers en matière d’alimentation en Industries agroalimentaires (substances non intentionnelles, contaminants de l’environnement : dioxines, métaux lourds, mycotoxines, migrants d’emballage…). 

-Les valeurs toxicologiques de références : critères de sécurité chez l’Homme– réglementation. 

-Les matériaux au contact des denrées alimentaires. 

-Identification d’un effet toxique - génotoxicité. 

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Cours mutualisé avec les parcours M1 AMAQ, M1 MB et M1 PFAA

L’adaptation des microorganismes à leur environnement est une des clés de leur survie. L’objectif de cet enseignement est de présenter les mécanismes d’adaptation permettant aux bactéries de survivre dans des contextes parfois drastiques. Les connaissances sont appliquées à l’utilisation de bactéries bénéfiques ou pathogènes dans les conditions délétères rencontrées dans l’industrie alimentaire. Dans le contexte de la sécurité sanitaire de aliments, l’accent est mis sur la connaissance des bactéries pathogènes retrouvées dans les aliments ainsi que sur les mécanismes de pathogénicité mis en jeu. 

Programme

Cours magistraux (24h) 

-La réponse aux stress des microorganismes 

-Les bactéries lactiques 

-Les biofilms bactériens 

-Les bactéries pathogènes alimentaires 

Travaux dirigés (8h) 

-Analyse de documents relatifs aux sujets traités en CM. 

-Entrainement à la rédaction et à la présentation orale. 

 Travaux pratiques (18h) 

-Etude de la destruction thermique d’une souche modèle. 

-Etude de populations au sein de biofilms mono ou multi-espèces et de leur résistance à des stress chimiques. 

-Identification d’espèces bactériennes contaminant les aliments par des méthodes de microbiologie classique et de biologie moléculaire. 

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Cours mutualisé avec les parcours Master 1 BIIPME, AMAQ, A3DD, PFAA, MB

L'anglais comme outil d'insertion professionnelle. Cette UE vise à donner aux étudiants des compétences spécifiques en anglais qui pourraient s'avérer utiles à l'approche de l'entrée dans la vie active. 

Programme :

-Rédiger un CV et une lettre de motivation en anglais. 

 -Préparation et passage d'un entretien en anglais : parler de soi et de ses expériences de façon à se mettre en valeur. 

-Rédiger un mail professionnel. 

 -Vocabulaire et grammaire utiles pour le CV et pour un entretien en anglais. 

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Selon le projet professionnel de l’étudiant, un stage de 2 mois dans un laboratoire de recherche ou dans une entreprise permettra d'acquérir des compétences professionnelles dans le développement d'un projet scientifique ou dans la gestion d’un projet de Recherche et Développement ou dans la mise en place d’une démarche d’assurance qualité ou de développement durable : étude bibliographique, expérimentations, rédaction d’un mémoire, présentation des résultats, travail en équipe.

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Cours mutualisé avec les parcours Master 1 A3DD, AMAQ, BIIPME, MB et PFAA

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Cours mutualisé avec les parcours des M1 BIIPME, AMAQ, A3DD, MB et PFAA

L’objectif de cet enseignement est de sensibiliser les étudiants à l’économie et à la gestion des entreprises qui donnent un cadre aux activités d’une entreprise. Le but de l’UE est d’apporter des bases permettant aux étudiants de dialoguer et d’interagir de manière efficace avec les services concernés par ces activités. Elle peut également fournir des clés pour les étudiants se destinant à l’entrepreneuriat.  

Programme :

-Comptabilité analytique : 4h CM + 8h TD 

 -Marketing stratégique : initiation aux concepts de marketing B to B et B to C : 12h CM 

 -Gestion des RH : Rôle du service Ressources Humaines, Appréhension de la gestion des relations dans les fonctions de management : 10h CM + 4h TD 

 -RSE (responsabilité sociale des entreprises) et éthique en entreprises agro-alimentaires : 12h CM 

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Cours mutualisé avec les parcours des M1 BIIPME, AMAQ, A3DD, MB et PFAA

De nombreux produits d’origine naturelle chez les plantes sont valorisés dans les industries pharmaceutiques, cosmétiques ou agro-alimentaires notamment en phytoprotection. Il est donc important de savoir reconnaitre ces métabolites secondaires et leurs particularités physicochimiques et de choisir intelligemment la meilleure façon de les extraire et les analyser avant qu’ils puissent être valorisés. 

Programme

Cours magistraux (10h) 

-Les différentes classes de métabolites secondaires et leurs particularités structurales (4h). 

-Diverses méthodes d’extraction, de purification, d’identification et d’analyse appropriées aux métabolites secondaires (3h). 

-Exemples de molécules ayant inspiré ou étant utilisées comme produits pharmaceutiques, cosmétiques ou agro-alimentaires (3h). 

Travaux dirigés (2h) 

Préparation et interprétation des travaux pratiques 

 Travaux pratiques (38 h) 

Sélection d’une plante riche en saponines (classe de métabolites secondaires) afin de les extraire, les purifier et les analyser dans une optique de valorisation ultérieure. Notion de fractionnement bioguidé. 

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Les enseignements de cette UE sont délivrés à l'Université de Mayence en Allemagne

This module aims to bring all students to a unique experimental and technical level. Here essential basic techniques will be taught and trained to prepare the students to work in a modern microbiological, molecular biological and biotechnological lab. The conceptual design of the course is to teach the methods in logical order “from gene to protein”. In the accompanying lecture, the theoretical background of the techniques are taught, which are then trained and applied in the experimental part of the module. In the accompanying seminar a scientific correlation to the methods is drawn. Programm :

Lectures (21h) 

Introduction to and theoretical background of advanced laboratory techniques. 

Tutorials (10,5h) 

Data analysis. 

Practice (84h) 

Training of basic methods and lab skills in a modern microbiological, molecular biological and biotechnological lab.: 

Design of oligonucleotid primers 

Polymerase chain reaction (PCR) 

Molecular biological cloning strategies  

Genetic manipulation of microorganisms 

Overproduction of proteins, fermentation 

Purification of proteins, chromatography 

SDS-PAGE, Western blot 

Enzymatic reactions 

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Les enseignements de cette UE sont délivrés à l'Université de Mayence en Allemagne

In this module, comprehensive knowledge of biomolecular interactions is imparted. Biomolecular interactions play a central role in almost every cellular process. These can be interactions from protein to protein, but also from protein to DNA, antibody antigen, lipid to protein or protein to low molecular weight substances such as secondary messengers, hormones or drugs. It is therefore of crucial importance in biology, medicine and biotechnology to analyse and quantify these processes. The aim of this module is therefore to give an overview of the different methods used in modern biology to study and quantify various biomolecular interactions. The functioning as well as the application possibilities of the methods will be explained in an eLecture using video clips, animation films and software applications. The learning success can be checked by the students in small quizzes. In an accompanying seminar, in which the students prepare and present a scientific lecture, selected techniques that have been successfully applied in current research are then discussed. Finally, the module contains an exercise in which a selection of techniques are trained, including the high-end technique of surface plasmon resonance spectroscopy. 

Programm :

Lectures (21h) 

Biomolecular interactions of protein/protein; protein-DNA, protein-lower molecular substances; quantification of interactions. 

Tutorials (10,5h) 

Seminar "Biomolecular interactions". 

Practice (84h) 

Laboratory work on biomolecular interactions of protein/protein; protein-DNA, protein-lower molecular substances; quantification of interactions. 

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Les enseignements de cette UE sont délivrés à l'Université de Mayence en Allemagne

In this module, students will acquire the basic knowledge required to study the physiological function of proteins in filamentous fungi. These organisms are manipulated with molecular biological methods, e.g. to generate mutants in which genes have been inactivated. With these "loss-of-function" mutants it should then be possible to conduct further experiments. For example, components of signal recognition and signal transmission can be specifically switched off to investigate whether the organisms are still able to adapt to changing environmental conditions. Such studies are not only of interest for understanding the adaptability and ecology of eukaryotic microorganisms, but also for the investigation of the molecular basis of host-pathogen interactions, host recognition, differentiation, propagation and vitality of fungi. The aim of the module is to give students a profound insight into methods and basics of modern molecular biology and physiology laboratories.  

Besides the lecture, the module includes a practical part in which "loss-of-function" mutants are generated in filamentous fungi for use in physiological studies. Current molecular biological methods are taught and applied. In addition to the exercises, the students will give lectures on current topics of molecular physiology in fungi. 

Programme :

Lectures (21h) 

Physiological function of proteins in filamentous fungi; introduction to methods. 

Tutorials (10,5h) 

Current topics of molecular physiology in fungi. 

Practice (84h) 

Training in molecular manipulation of higher/filamentous fungi; molecular biological methods of the modern microbiological lab, physiological studies. 

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This module provides an in-depth understanding of the adaptation of microorganisms to changing environmental conditions. Microorganisms are rarely in their optimal growth conditions and must therefore constantly adapt. Their circulation in different environments (soil-food-human continuum) requires the implementation of adaptation mechanisms allowing them to resist to sometimes drastic conditions. 

The objective of this module is therefore to detail the adaptation mechanisms available to microorganisms at the molecular and physiological levels, based on examples taken from different fields, with in particular the study of the adaptation of probiotic bacteria to the gastrointestinal tract or the establishment of resistance to antibiotics with the consequences on health The capacity to adapt to the environment will also be studied in the context of bioremediation. 

The teaching will be divided into lectures allowing the students to acquire fundamental notions. Then, the acquired knowledge will be applied to the realization of theoretical and experimental projects, allowing the students to acquire important technical skills. 

Programm :

Lectures (20h) 

Stress response and adaptation (6h). 

Oxidative stress (2h). 

Structural microbiology (2h). 

Adaptation of soil microorganisms to biodegradation and resistance to different xenobiotics (2h). 

Tutorials (8h) 

Analysis of articles (writing and oral presentation). 

Practice (20h) 

Stress response and adaptation studied using microbiological methods and molecular biology. 

Microbial ecology of soil systems disturbed by heavy metals (2h). 

Antibiotics and alternatives (4h). 

Transfer of antibiotic-resistant pathogenic bacteria between animals, the environment and humans (2h). 

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In this module comprehensive knowledge of the complexity of microbial interactions with relevance to plant and animal health, as well as within microbial communities, is imparted with a focus on (i) control of biofilms and (ii) signalling in interactions between microorganisms and their host (from parasitism to mutualism). The microorganism–microorganism or microorganism–host interactions are essential for microorganisms to establish in a variety of different environments. The aim of this module is therefore to give an overview of the different aspects of microbial interactions as well as methods used in modern biology to study them. The learning success can be checked by the students in small quizzes. In an accompanying seminar, in which the students prepare and present a scientific lecture, selected top ten papers reporting advances in the field are then discussed. Finally, the module contains practical works in which different microbial interactions are addressed. 

Programm :

Lectures (20h) 

Principles of microbial interactions; biofilms and aggregates as persistence strategies of bacteria in environments; Control and promotion of biofilms; Inter-kingdom signalling: communication in the gradient of interactions from mutualism to parasitism; Interactions between microorganisms and their hosts (host-microorganism interaction mechanisms, immune responses); repertoire of techniques used to study microbial interactions. 

 Transversal theme with Module " Microbial diversity and microbial circulation in ecosystems ": Alternative therapies of microbial diseases (phage therapy, antagonistic or probiotic bacteria…). 

Tutorials (8h) 

Analysis of articles (writing and oral presentation). 

Analysis of results obtained during practice (writing and oral presentation). 

Practice (20h) 

Impact of double symbiosis on host. 

Study of bacterial biofilms and their role in bacterial adaptation. 

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The students will acquire practical and theoretical competences in microorganism diversity and phylogeny. They will use current methods available to analyze taxonomic and functional diversity of different groups of microorganisms in the environment, including soil, the human body and food. They will be able to assess the roles of microorganisms in ecosystem function and dysfunction as well as their movement among and within habitats. 

Programm :

Lectures (20h) 

Stress response and adaptation (6h). 

Oxidative stress (2h). 

Structural microbiology (2h). 

Adaptation of soil microorganisms to biodegradation and resistance to different xenobiotics (2h). 

Microbial ecology of soil systems disturbed by heavy metals (2h). 

Antibiotics and alternatives (4h). 

Transfer of antibiotic-resistant pathogenic bacteria between animals, the environment and humans (2h).

Tutorials (8h) 

Analysis of articles (writing and oral presentation). 

Practice (20h) 

Stress response and adaptation studied using microbiological methods and molecular biology. 

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Programm :

Tutorials (15h) 

 -Project management basics; tools to conduct a literature review such as websites to search articles and software to organize a bibliography; writing a. 

-Visits of research institutes, enterprises or technical platforms. 

-Protecting and commercializing an invention: patents, startups. 

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