Master Biologie-santé

La connaissance de l’entreprise comporte un focus sur le créateur d’entreprise suivi d’une présentation du processus de création d’entreprise innovante sur les volets modèle économique, technique, juridique, économique et financier. La présentation d’un modèle « ouvert » du fonctionnement de l’entreprise est assurée à travers l’exemple de l’écosystème régional, national et européen d’appui juridique, technique, financier… en faveur de la création et du développement de l’entreprise. Des séminaires de cadres en entreprises ou en laboratoires de recherche traiteront de différents contextes professionnels ou d’études complexes, parfois imprévisibles qui nécessitent des approches stratégiques nouvelles et une grande adaptabilité. Des visites d’entreprises dans le domaine des biotechnologies, de la santé et de la nutrition permettront de découvrir différents types d’entreprises du tissu socio-économique régional. L'anglais est un outil indispensable pour la communication scientifique. Ce module d’anglais vise à améliorer les capacités à comprendre et à communiquer des informations scientifiques. Les techniques permettant une communication orale claire et efficace en anglais seront travaillées.

Programme :

Cours magistraux

Le porteur du projet + le processus de création d’entreprise (analyse de l’environnement, construction d’une stratégie, montage juridique, formalités de création)

Focus sur les entreprises à fort potentiel de croissance (Start-up), présentation d’exemples régionaux

Présentation de l’écosystème de la start-up

Présentation de l’Europe de la recherche et de l’innovation

Travaux dirigés :

Lecture et synthèse d'articles de recherche et de vulgarisation en anglais

Rappel de lexique et de grammaire permettant de communiquer des informations scientifiques en anglais

Séminaires portant sur des études de cas en entreprises ou en laboratoire de recherche

Répartition des visites d’entreprises

Travaux pratiques :

Entraînement à la présentation orale d'informations scientifiques en anglais devant un groupe. Les techniques pour optimiser la communication orale

Visites d’entreprises en petits groupes d’étudiants

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Le but de ce module est de donner aux étudiants les connaissances théoriques et pratiques des outils et méthodes permettant l’étude de différentes molécules (protéines, acides nucléiques, seconds messagers…) dans un contexte biologique donné (stress oxydant, apoptose, signalisation…). Il donne des bases importantes pour participer à la conception et la réalisation d’études ou d’expériences scientifiques visant à identifier des mécanismes sous-jacents de processus physiologiques et/ou pathologiques chez l’homme ou l’animal

Programme :

Cours magistraux (16 h) :

1- Les ondes électromagnétiques (4h) - Spectroscopie UV, visible, Infrarouge - mécanismes de l’absorption, de l’émission - les chromophores intrinsèques, extrinsèques – Applications : dosages spectrophotométriques UV, visible. 2- La fluorescence (7h) Principes - spectres d’excitation, d’émission - les fluorophores intrinsèques, extrinsèques - transfert de fluorescence - Applications: utilisation de sondes fluorescentes pour - le dosage du calcium libre intracellulaire (sondes Indo, Fura, aequorine, caméléons), -la localisation subcellulaire des protéines par fusion à la GFP, -l’expression de gènes rapporteurs en utilisant différents types de protéines fluorescentes ou luminescentes, -les interactions protéine/protéine (techniques FRET et BRET), -la détection de processus apoptotiques -la mesure de la fluidité membranaire (FRAP) 3- La radioactivité (3h) - les radionucléides et les différentes émissions radioactives - les processus de désintégration, la décroissance radioactive - exemples d’utilisation de radioisotopes en biologie (compteur à scintillation, autoradiographie et phosphorimager) 4- La PCR quantitative en temps réel (q-RT-PCR, 2h).

Travaux dirigés :

Exercices d’application aux techniques d’HPLC, à la microscopie confocale (variants de la GFP et dérivés), à la spectrophotométrie, la spectrofluorimétrie et la radioactivité.

Travaux pratiques

Thèmes abordés en fonction de la pré-orientation M2 choisie : travaux pratiques permettant d'utiliser des techniques appliquées à la physiologie animale et à la biochimie, biologie cellulaire et moléculaire.

Etude des spectres de différents chromophores - Biotinylation de protéines et dosage/détection de la biotine par spectrofluorimétrie et chimioluminescence - Recherche des conditions optimales de séparation par HPLC de petites molécules biologiques – Microscopie à fluorescence.

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 Le management de projet se définit comme l’activité permettant de faire fonctionner ensemble la conception et l’exécution d’un objectif à atteindre, pour obtenir le résultat attendu sous des contraintes de délais, d’objectifs, de ressources. Pour ce faire, les organismes structurent leur organisation et adaptent leurs règles de fonctionnement à partir et autour des projets à réaliser. » Cette approche en mode projet implique alors de repenser le fonctionnement de l’entreprise en « mode projet » notamment en termes d’agilité et de structuration. Cette UE comporte 3 types d’enseignements : Management de Projet (MP), Design d’expériences et Biostatistiques (DEB), Management de projet expérimental et/ou de communication scientifique (MPECS). Mise au point d’une expérience pilote ou mise en place d’une action de communication scientifique et session poster.

Programme :

Cours magistraux :

Lignes directrices pour la conception d’un projet expérimental et/ou d’une action de communication scientifique (MPECS)

Les évolutions de la notion de gestion de projet prenant en compte les exigences actuelles d’agilité de réactivité (MP)

Les étapes liées à la gestion de projet (conception, planification, réalisation, terminaison) avec présentation d’outils associés (PERT, GANTT, QQOQCCP…) + organisation RH associée en logique projet  (MP)

Le concept d’innovation et les spécificités liées à la gestion d’un projet d’innovation (focus sur les outils de créativité (5M, Design thinking…)  (MP)

Biostatistiques : principaux tests utilisés en sciences expérimentales. Présentation et prise en main de R (DEB,)

Travaux dirigés :

Projet 1 : Préparation et organisation d’une visite d’entreprise par les étudiants dans une logique gestion de projet. Les étudiants (groupe de 4-10 étudiants) gèrent la collecte d’informations sur l’entreprise/son secteur d’activité et assurent la préparation de la visite d’entreprise. Le recours à des outils type QQOQCCP présenté en CM est préconisé. Restitution des visites d’entreprises  (MP)

Projet 2 : Conception d’un projet expérimental (type séance de travaux pratiques) et/ou d’une action de communication scientifique (incluant Biostats) (MPECS + DEB)

Travaux pratiques :

Management d’un projet expérimental et/ou d’une action de communication scientifique (MPECS)

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La génomique est consacrée aux techniques d'étude du génome entier, l’analyse transcriptomique aux techniques d'analyse d'ARNm et du niveau d'expression des gènes dans un tissu. La protéomique se concentre sur la composition des protéines dans un tissu et la métabolomique étudie les produits métaboliques. La plupart de ces facettes sont abordées tant d’un point de vue théorique que pratique au cours de cet UE. L’intelligence artificielle apparait comme un outil d’aide à la décision quant on traite de « big data ». Des exemples de sa pertinence dans ce cadre-là seront proposés.

Programme :

Cours magistraux :

- Génomique : nouvelles techniques de séquençage à haut débit, détection de polymorphismes, diagnostic moléculaire des maladies

- Analyse de transcriptomique : de l'échantillon à l'analyse des données

- Protéomique : Spectrométrie de masse, électrophorèse 2-D, identification à grande échelle des protéines et de leurs modifications post-traductionnelles, protéomique quantitative

- Puces à protéine, Interactomique et Métabolomique

- Introduction à l’intelligence artificielle et ses applications dans le domaine de la Biologie Santé

-Les techniques d’immunoprécipitation de chromatine, de Re-Chip, de DNA Chip-Seq

-La lipidomique à travers la quantification d’un lipide emblématique du choc septique : le LPS

Travaux dirigés :

Analyse d’articles scientifiques (en petit groupe de 2 à 4 étudiants) traitant de méthodes de screening à haut débit et restitution à l’oral (présentation) de l’essentiel du message à retenir.

Analyse de métadonnées protéomiques et transcriptomiques par des logiciels informatiques ad hoc

Travaux pratiques :

Analyse de profils de modifications post-traductionnelles (degré d’acétylation en fonction de différents traitements dont la Trichostatine A) des protéines cellulaires (histones et non-histones) par western-blot utilisant un anticorps primaire de révélation Pan-Lysine acétylées. 

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Les processus de signalisation intra- et inter-cellulaires sont au cœur du fonctionnement des organismes et impliquent de nombreux acteurs et mécanismes, telles que les interactions moléculaires, les modifications post-traductionnelles, la translocation ou encore la dégradation sélective de protéines. Ces connaissances sont essentielles à la compréhension fine des processus physiologiques comme pathophysiologiques abordés lors du second semestre de M1 en M2 Biologie Santé.

Programme :

Cours magistraux

- Introduction présentant les liens d’interdépendance qui existent entre l’environnement extracellulaire, la surface cellulaire et la signalisation intracellulaire et les conséquences qui en découlent telles que la différenciation et la mort cellulaire.

- Les récepteurs membranaires : classification, mise en évidence et critères d’identification, techniques de mesure des affinités ligands-récepteurs, mécanismes d’activation et de désensibilisation.

- L’environnement membranaire : fluidité membranaire et microdomaines lipidiques.

- Les différents types de signaux : hormones et autres molécules informatives.

- Les seconds messagers : AMPc, calcium, monoxyde d’azote, formes réactives de l’oxygène et de l’azote, médiateurs lipidiques et leurs cibles cellulaires.

- Les éléments des voies de transduction : protéines G, phospholipases, protéines kinases et phosphatases, guanylate cyclase ; exemples de transduction du signal chez les mammifères et chez les plantes.

- Signalisation et prolifération/mort cellulaire, contrôle du cycle cellulaire et adhérence cellulaire.

Travaux dirigés :

Exercices relatifs aux cours, à la préparation et à l’exploitation des données des travaux pratiques.

Travaux pratiques :

Etude de voies de signalisation moléculaires et cellulaires déclenchées par des stress biotiques ou abiotiques dans des lignées cellulaires animales: culture cellulaire, imagerie cellulaire par immunofluorescence, fractionnement subcellulaire et immunoblotting, cytométrie en flux, analyse des métabolites par HPLC.

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Le stage permet à l’étudiant d’approcher le monde professionnel dans un laboratoire public (CNRS, INSERM, INRAE, CHU, ou associés) ou privé (laboratoire de recherche et développement de l’industrie pharmaceutique, l’industrie agro-alimentaire ou autre).  Au cours de ce stage d’initiation, l’étudiant devra appliquer ses connaissances en participant à la réalisation d’une mission en relation avec ses objectifs de Master 2.  L'anglais comme outil d'insertion professionnelle. Cette UE vise à vous apprendre des compétences spécifiques en anglais qui pourraient s'avérer utiles à l'approche de l'entrée dans la vie active.

Le stage d’une durée de huit semaines est effectué en début d’année civile (Janvier et Février).

Le site de stage se situe en entreprise ou laboratoire de recherche (privé ou public) en France ou à l’étranger dans le domaine général des Sciences de la Vie (fondamentales ou appliquées).

Le stage fait l’objet d’une convention entre l’université de Bourgogne et l’entreprise ou laboratoire d’accueil de l’étudiant. La recherche de stage doit être faite par l’étudiant le plus tôt possible. Il s’agit d’une procédure individuelle nécessitant de préparer un CV, une lettre de motivation, un entretien…

Une aide et des renseignements pourront être obtenus par l’étudiant auprès du tuteur de l’équipe pédagogique.

Le stage fait l’objet d’un rapport écrit de vingt pages qui doit respecter les modalités de la fiche d’instructions fournie par l’enseignant responsable des stages. Le rapport en deux exemplaires doit être remis dans les délais impartis.

Préparation et passage d'un entretien en anglais : parler de soi et de ses expériences de façon à se mettre en valeur.

Rédiger un mail professionnelle.

Vocabulaire et grammaire utiles pour le CV et pour un entretien en anglais.

Par ailleurs, chaque étudiant devra faire une soutenance orale de son stage devant un jury composé de membres de l’équipe pédagogique du master. Cette soutenance est publique sauf avis de confidentialité. Après les soutenances orales, le jury attribuera à chaque étudiant une note définitive tenant compte de l’ensemble du travail de l’étudiant (rapport écrit, rapport bibliographique, oral, réponses aux questions du jury, appréciation du maître de stage).

 Rédiger un CV et une lettre de motivation en anglais.

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Formation complémentaire du module de l’UE 1 « connaissance de l’entreprise ». Elle comporte un focus sur des aspects techniques du fonctionnement de l’entreprise (approche qualité, RSE, financement…) mais également des enseignements sur la conduite d’un programme d’innovation intégrant la prise en compte des aspects scientifiques, juridiques, économiques et financiers. A travers un cas concret porté par les étudiants, ils deviennent acteurs-pilotes du projet (partie TD).

Cours magistraux :

L’innovation

L’intelligence économique

L’approche réglementaire (focus Santé)

Le processus qualité (focus santé)

L’approche RSE

La valorisation et le transfert de technologies

La propriété industrielle

L’approche marketing et commerciale

L’internationalisation de l’entreprise

Le financement de projets innovants, l’analyse financière de l’entreprise

Modèle d’affaires et Plan d’affaires

Travaux dirigés  :

Cas pratique de création d’entreprise virtuelle

Constitution de groupes-projet (5-6 étudiants)

Focus sur les aspects idéation-créativité, intelligence économique, faisabilité technique, propriété industrielle, analyse marché, approche commerciale, financement lié au développement d’un concept innovant dans le domaine Santé proposé par les étudiants.

Ecriture d’un business plan présentant le modèle économique lié au projet et à la création de l’entreprise type Start-up.

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Avec l’essor actuel du génie génétique, les biotechnologies permettent d’intervenir directement sur les gènes des organismes vivants pour en modifier les propriétés. Ces diverses technologies sont utilisées dans de nombreux secteurs, de la recherche à l’industrie, notamment dans les domaines de l’agriculture et de la santé.

Programme :

Cours magistraux :

- Intérêt du clonage nucléotidique par la technologie Gateway vs clonage traditionnel (2h)

- Production de protéines recombinantes à visée thérapeutique, utilisée en recherche scientifique, ou dans le secteur agro-alimentaire chez différents hôtes (cellules procaryotes et eucaryotes, cellules d’insecte) (4h)

- Transgénèse animale pour la production de protéine recombinante à activité biologique d’intérêt clinique) (1h)

- Technologies liées aux ARNs :

-       Le monde des ARN interférents (siRNA, shRNA, LncRNA, miRNA) et son impact sur le transcriptome ; intérêt de l’utilisation de certains miRNA circulants comme biomarqueurs de l’évolution de certaines pathologies chez l’homme (3h)

-       Vaccins à ARN messager, ARN thérapeutiques (2h)

- Production et modification de cellules immunitaires (exemple de CAR-T (/B/NK) cells) et des cellules souches pluripotentes induites (IPS): des outils pour la recherche et le développement de nouvelles thérapies (médecine régénérative, immunothérapie) (2h)

- Edition de gène : technologie Crispr-Cas9 (2h)

- Analyse spatio-temporelle de l’expression génétique in vivo - détermination spatio-temporelle de l’activation d’un promoteur in vivo et in vitro (1h)

Travaux dirigés :

Construction d’ADN recombinant,

Recherche d'amorces pour la PCR, sous-clonage et ligation, mutagénèse dirigée, transfection stable et transitoire.

Souris ou plantes transgéniques, knock-out, exemples de thérapie génique.

Utilisation de marqueurs polymorphes pour identification génétique.

Méthodes d’étude des interactions ADN-Protéines et tests fonctionnels en transfection

Travaux dirigés :

Construction d’ADN recombinant,

Recherche d'amorces pour la PCR, sous-clonage et ligation, mutagénèse dirigée, transfection stable et transitoire.

Souris ou plantes transgéniques, knock-out, exemples de thérapie génique.

Utilisation de marqueurs polymorphes pour identification génétique.

Méthodes d’étude des interactions ADN-Protéines et tests fonctionnels en transfection

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Le but de ce module est de donner aux étudiants une connaissance avancée des analyses bioinformatiques nécessaires à tout biologiste : alignement de séquences multiples, annotation génomique, navigateurs de génomes et analyse de la structure tridimensionnelle des protéines. Ce module donne des bases importantes pour tout étudiant désirant poursuivre son cursus par un M2.

Programme :

Cours magistraux :

Annotation génomique et programmes de prédiction de gène

Alignements multiples de séquences biologiques, motifs et domaines protéiques

Bases de données génétiques et projet ENCODE

Structure tridimensionnelle des biomolécules : analyse et prédiction des structures secondaires et tertiaires des protéines

Travaux dirigés :

Apprentissage des logiciels d'annotation génomique

Apprentissage à l’utilisation des serveurs web et logiciels d’alignement multiple de séquence :

Comparaison de séquences et alignements multiples

Les outils de conception et d’analyse des motifs protéiques et de structure 3D

Principe du clonage in silico d'un fragment d'ADN avec logiciel en libre accès

L'outil bioinformatique pour l'analyse de données de PCR quantitative

Travaux pratiques

TP clonage virtuel d'un fragment d'ADN pour réaliser l’expression hétérologue d’une protéine fusionnée à un tag (4h).

TP conception et analyse de motifs protéiques et analyse de structure 3D (4h)

TP d’évaluation des compétences acquises (4h)

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L’immunologie est la partie de la Biologie qui concerne l’étude des mécanismes de défense de notre organisme contre des agents étrangers ou dangereux pour notre organisme, comme des organismes pathogènes ou cellules tumorales. Ce module a comme but de traiter les mécanismes de pathologies infectieuses, le cancer ou les maladies auto-immunes, comprendre les réponses immunitaires liées et présenter des immunothérapies, prophylaxies ou diagnostics basés sur ces connaissances.

Cours magistraux :

Rappels des bases

Réponse humorale

Design d’anticorps et anticorps thérapeutiques et applications

Cellules dendritiques et applications

Virus, tropisme cellulaire : HIIV, influenza, coronavirus et développement de vaccins (atténué, inactivé, à sous-unité, à ADN/ARN, et les adjuvants)

Immunothérapies de maladies auto-immunes

Relations système immunitaire et cancer : réponses anticancer, échappement tumoral, immunothérapies ciblées (TIL, anticorps thérapeutiques, CAR T/NK cells)

Travaux dirigés :

-Préparation et correction d'exercices réalisés à partir d'articles scientifiques, sur des thèmes variés (vaccination, immuno-oncologie, bioingénierie des anticorps,..)- Rappels et précisions sur les modèles expérimentaux, techniques cellulaires, moléculaires, omiques utilisées. 

-Présentations autour de différents thèmes d’actualité d’articles récents de la littérature scientifique. Chaque étudiant présente des résultats expérimentaux d’un article, la démarche scientifique, le protocole mis en place, l’analyse des résultats et leur interprétation au sein des données de la littérature, un débat est proposé à la suite des exposés.

-Présentation des pipelines de biochtechs françaises et internationales

Travaux pratiques :

Etude de cellules de l’immunité et de lignées tumorales

Préparation et caractérisation des sous-populations cellulaires immunitaires chez la souris. Activation de cellules immunitaires et induction de la mort cellulaire de cellules tumorales. Analyse par cytométrie en flux. Phénotypage.

Mise en évidence de l’effet immuno-modulateur de la chimiothérapie.

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L’objectif de ce module est d’apporter aux étudiants des connaissances et des compétences dans le domaine des biothérapies et de la dimension industrielle de la bioproduction de médicaments innovants, mais aussi des tests de ces biomédicaments par la recherche clinique. Le domaine des dispositifs médicaux sera présenté avec ses aspects réglementaires. Enfin, un focus sera mis sur l’utilisation de l’intelligence artificielle en santé et ses évolutions futures en lien avec la médecine personnalisée.

Programme :

Cours magistraux :

Biothérapie – Biomédicaments innovants

Bioproduction : Systèmes de production Preuves de concept, Essais pilotes, mise en Production – Scale‑up

Utilisation des cellules végétales/plantes transgéniques pour la production de molécules d'intérêt pharmaceutique

Recherche Clinique (présentation, réglementation, les métiers…)

Dispositifs médicaux (présentation, réglementation)

Intelligence Artificielle en santé – Médecine personnalisée

Travaux dirigés :

Application de l’utilisation des cellules végétales /plantes transgéniques en bioproduction.

Intelligence artificielle : applications dans le domaine de la santé

Recherche clinique

Visites de sites de production de molécules d’intérêt thérapeutique

Travaux pratiques : Application de l’un des thèmes vu en CM et TD

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La connaissance de l’entreprise comporte un focus sur le créateur d’entreprise suivi d’une présentation du processus de création d’entreprise innovante sur les volets modèle économique, technique, juridique, économique et financier. La présentation d’un modèle « ouvert » du fonctionnement de l’entreprise est assurée à travers l’exemple de l’écosystème régional, national et européen d’appui juridique, technique, financier… en faveur de la création et du développement de l’entreprise. Des séminaires de cadres en entreprises ou en laboratoires de recherche traiteront de différents contextes professionnels ou d’études complexes, parfois imprévisibles qui nécessitent des approches stratégiques nouvelles et une grande adaptabilité. Des visites d’entreprises dans le domaine des biotechnologies, de la santé et de la nutrition permettront de découvrir différents types d’entreprises du tissu socio-économique régional. L'anglais est un outil indispensable pour la communication scientifique. Ce module d’anglais vise à améliorer les capacités à comprendre et à communiquer des informations scientifiques. Les techniques permettant une communication orale claire et efficace en anglais seront travaillées.

Programme :

Cours magistraux

Le porteur du projet + le processus de création d’entreprise (analyse de l’environnement, construction d’une stratégie, montage juridique, formalités de création)

Focus sur les entreprises à fort potentiel de croissance (Start-up), présentation d’exemples régionaux

Présentation de l’écosystème de la start-up

Présentation de l’Europe de la recherche et de l’innovation

Travaux dirigés :

Lecture et synthèse d'articles de recherche et de vulgarisation en anglais

Rappel de lexique et de grammaire permettant de communiquer des informations scientifiques en anglais

Séminaires portant sur des études de cas en entreprises ou en laboratoire de recherche

Répartition des visites d’entreprises

Travaux pratiques :

Entraînement à la présentation orale d'informations scientifiques en anglais devant un groupe. Les techniques pour optimiser la communication orale

Visites d’entreprises en petits groupes d’étudiants

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Le but de ce module est de donner aux étudiants les connaissances théoriques et pratiques des outils et méthodes permettant l’étude de différentes molécules (protéines, acides nucléiques, seconds messagers…) dans un contexte biologique donné (stress oxydant, apoptose, signalisation…). Il donne des bases importantes pour participer à la conception et la réalisation d’études ou d’expériences scientifiques visant à identifier des mécanismes sous-jacents de processus physiologiques et/ou pathologiques chez l’homme ou l’animal

Programme :

Cours magistraux (16 h) :

1- Les ondes électromagnétiques (4h) - Spectroscopie UV, visible, Infrarouge - mécanismes de l’absorption, de l’émission - les chromophores intrinsèques, extrinsèques – Applications : dosages spectrophotométriques UV, visible. 2- La fluorescence (7h) Principes - spectres d’excitation, d’émission - les fluorophores intrinsèques, extrinsèques - transfert de fluorescence - Applications: utilisation de sondes fluorescentes pour - le dosage du calcium libre intracellulaire (sondes Indo, Fura, aequorine, caméléons), -la localisation subcellulaire des protéines par fusion à la GFP, -l’expression de gènes rapporteurs en utilisant différents types de protéines fluorescentes ou luminescentes, -les interactions protéine/protéine (techniques FRET et BRET), -la détection de processus apoptotiques -la mesure de la fluidité membranaire (FRAP) 3- La radioactivité (3h) - les radionucléides et les différentes émissions radioactives - les processus de désintégration, la décroissance radioactive - exemples d’utilisation de radioisotopes en biologie (compteur à scintillation, autoradiographie et phosphorimager) 4- La PCR quantitative en temps réel (q-RT-PCR, 2h).

Travaux dirigés :

Exercices d’application aux techniques d’HPLC, à la microscopie confocale (variants de la GFP et dérivés), à la spectrophotométrie, la spectrofluorimétrie et la radioactivité.

Travaux pratiques

Thèmes abordés en fonction de la pré-orientation M2 choisie : travaux pratiques permettant d'utiliser des techniques appliquées à la physiologie animale et à la biochimie, biologie cellulaire et moléculaire.

Etude des spectres de différents chromophores - Biotinylation de protéines et dosage/détection de la biotine par spectrofluorimétrie et chimioluminescence - Recherche des conditions optimales de séparation par HPLC de petites molécules biologiques – Microscopie à fluorescence.

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 Le management de projet se définit comme l’activité permettant de faire fonctionner ensemble la conception et l’exécution d’un objectif à atteindre, pour obtenir le résultat attendu sous des contraintes de délais, d’objectifs, de ressources. Pour ce faire, les organismes structurent leur organisation et adaptent leurs règles de fonctionnement à partir et autour des projets à réaliser. » Cette approche en mode projet implique alors de repenser le fonctionnement de l’entreprise en « mode projet » notamment en termes d’agilité et de structuration. Cette UE comporte 3 types d’enseignements : Management de Projet (MP), Design d’expériences et Biostatistiques (DEB), Management de projet expérimental et/ou de communication scientifique (MPECS). Mise au point d’une expérience pilote ou mise en place d’une action de communication scientifique et session poster.

Programme :

Cours magistraux :

Lignes directrices pour la conception d’un projet expérimental et/ou d’une action de communication scientifique (MPECS)

Les évolutions de la notion de gestion de projet prenant en compte les exigences actuelles d’agilité de réactivité (MP)

Les étapes liées à la gestion de projet (conception, planification, réalisation, terminaison) avec présentation d’outils associés (PERT, GANTT, QQOQCCP…) + organisation RH associée en logique projet  (MP)

Le concept d’innovation et les spécificités liées à la gestion d’un projet d’innovation (focus sur les outils de créativité (5M, Design thinking…)  (MP)

Biostatistiques : principaux tests utilisés en sciences expérimentales. Présentation et prise en main de R (DEB,)

Travaux dirigés :

Projet 1 : Préparation et organisation d’une visite d’entreprise par les étudiants dans une logique gestion de projet. Les étudiants (groupe de 4-10 étudiants) gèrent la collecte d’informations sur l’entreprise/son secteur d’activité et assurent la préparation de la visite d’entreprise. Le recours à des outils type QQOQCCP présenté en CM est préconisé. Restitution des visites d’entreprises  (MP)

Projet 2 : Conception d’un projet expérimental (type séance de travaux pratiques) et/ou d’une action de communication scientifique (incluant Biostats) (MPECS + DEB)

Travaux pratiques :

Management d’un projet expérimental et/ou d’une action de communication scientifique (MPECS)

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La génomique est consacrée aux techniques d'étude du génome entier, l’analyse transcriptomique aux techniques d'analyse d'ARNm et du niveau d'expression des gènes dans un tissu. La protéomique se concentre sur la composition des protéines dans un tissu et la métabolomique étudie les produits métaboliques. La plupart de ces facettes sont abordées tant d’un point de vue théorique que pratique au cours de cet UE. L’intelligence artificielle apparait comme un outil d’aide à la décision quant on traite de « big data ». Des exemples de sa pertinence dans ce cadre-là seront proposés.

Programme :

Cours magistraux :

- Génomique : nouvelles techniques de séquençage à haut débit, détection de polymorphismes, diagnostic moléculaire des maladies

- Analyse de transcriptomique : de l'échantillon à l'analyse des données

- Protéomique : Spectrométrie de masse, électrophorèse 2-D, identification à grande échelle des protéines et de leurs modifications post-traductionnelles, protéomique quantitative

- Puces à protéine, Interactomique et Métabolomique

- Introduction à l’intelligence artificielle et ses applications dans le domaine de la Biologie Santé

-Les techniques d’immunoprécipitation de chromatine, de Re-Chip, de DNA Chip-Seq

-La lipidomique à travers la quantification d’un lipide emblématique du choc septique : le LPS

Travaux dirigés :

Analyse d’articles scientifiques (en petit groupe de 2 à 4 étudiants) traitant de méthodes de screening à haut débit et restitution à l’oral (présentation) de l’essentiel du message à retenir.

Analyse de métadonnées protéomiques et transcriptomiques par des logiciels informatiques ad hoc

Travaux pratiques :

Analyse de profils de modifications post-traductionnelles (degré d’acétylation en fonction de différents traitements dont la Trichostatine A) des protéines cellulaires (histones et non-histones) par western-blot utilisant un anticorps primaire de révélation Pan-Lysine acétylées. 

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Les processus de signalisation intra- et inter-cellulaires sont au cœur du fonctionnement des organismes et impliquent de nombreux acteurs et mécanismes, telles que les interactions moléculaires, les modifications post-traductionnelles, la translocation ou encore la dégradation sélective de protéines. Ces connaissances sont essentielles à la compréhension fine des processus physiologiques comme pathophysiologiques abordés lors du second semestre de M1 en M2 Biologie Santé.

Programme :

Cours magistraux

- Introduction présentant les liens d’interdépendance qui existent entre l’environnement extracellulaire, la surface cellulaire et la signalisation intracellulaire et les conséquences qui en découlent telles que la différenciation et la mort cellulaire.

- Les récepteurs membranaires : classification, mise en évidence et critères d’identification, techniques de mesure des affinités ligands-récepteurs, mécanismes d’activation et de désensibilisation.

- L’environnement membranaire : fluidité membranaire et microdomaines lipidiques.

- Les différents types de signaux : hormones et autres molécules informatives.

- Les seconds messagers : AMPc, calcium, monoxyde d’azote, formes réactives de l’oxygène et de l’azote, médiateurs lipidiques et leurs cibles cellulaires.

- Les éléments des voies de transduction : protéines G, phospholipases, protéines kinases et phosphatases, guanylate cyclase ; exemples de transduction du signal chez les mammifères et chez les plantes.

- Signalisation et prolifération/mort cellulaire, contrôle du cycle cellulaire et adhérence cellulaire.

Travaux dirigés :

Exercices relatifs aux cours, à la préparation et à l’exploitation des données des travaux pratiques.

Travaux pratiques :

Etude de voies de signalisation moléculaires et cellulaires déclenchées par des stress biotiques ou abiotiques dans des lignées cellulaires animales: culture cellulaire, imagerie cellulaire par immunofluorescence, fractionnement subcellulaire et immunoblotting, cytométrie en flux, analyse des métabolites par HPLC.

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Le stage permet à l’étudiant d’approcher le monde professionnel dans un laboratoire public (CNRS, INSERM, INRAE, CHU, ou associés) ou privé (laboratoire de recherche et développement de l’industrie pharmaceutique, l’industrie agro-alimentaire ou autre).  Au cours de ce stage d’initiation, l’étudiant devra appliquer ses connaissances en participant à la réalisation d’une mission en relation avec ses objectifs de Master 2.  L'anglais comme outil d'insertion professionnelle. Cette UE vise à vous apprendre des compétences spécifiques en anglais qui pourraient s'avérer utiles à l'approche de l'entrée dans la vie active.

Le stage d’une durée de huit semaines est effectué en début d’année civile (Janvier et Février).

Le site de stage se situe en entreprise ou laboratoire de recherche (privé ou public) en France ou à l’étranger dans le domaine général des Sciences de la Vie (fondamentales ou appliquées).

Le stage fait l’objet d’une convention entre l’université de Bourgogne et l’entreprise ou laboratoire d’accueil de l’étudiant. La recherche de stage doit être faite par l’étudiant le plus tôt possible. Il s’agit d’une procédure individuelle nécessitant de préparer un CV, une lettre de motivation, un entretien…

Une aide et des renseignements pourront être obtenus par l’étudiant auprès du tuteur de l’équipe pédagogique.

Le stage fait l’objet d’un rapport écrit de vingt pages qui doit respecter les modalités de la fiche d’instructions fournie par l’enseignant responsable des stages. Le rapport en deux exemplaires doit être remis dans les délais impartis.

Préparation et passage d'un entretien en anglais : parler de soi et de ses expériences de façon à se mettre en valeur.

Rédiger un mail professionnelle.

Vocabulaire et grammaire utiles pour le CV et pour un entretien en anglais.

Par ailleurs, chaque étudiant devra faire une soutenance orale de son stage devant un jury composé de membres de l’équipe pédagogique du master. Cette soutenance est publique sauf avis de confidentialité. Après les soutenances orales, le jury attribuera à chaque étudiant une note définitive tenant compte de l’ensemble du travail de l’étudiant (rapport écrit, rapport bibliographique, oral, réponses aux questions du jury, appréciation du maître de stage).

 Rédiger un CV et une lettre de motivation en anglais.

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Formation complémentaire du module de l’UE 1 « connaissance de l’entreprise ». Elle comporte un focus sur des aspects techniques du fonctionnement de l’entreprise (approche qualité, RSE, financement…) mais également des enseignements sur la conduite d’un programme d’innovation intégrant la prise en compte des aspects scientifiques, juridiques, économiques et financiers. A travers un cas concret porté par les étudiants, ils deviennent acteurs-pilotes du projet (partie TD).

Cours magistraux :

L’innovation

L’intelligence économique

L’approche réglementaire (focus Santé)

Le processus qualité (focus santé)

L’approche RSE

La valorisation et le transfert de technologies

La propriété industrielle

L’approche marketing et commerciale

L’internationalisation de l’entreprise

Le financement de projets innovants, l’analyse financière de l’entreprise

Modèle d’affaires et Plan d’affaires

Travaux dirigés  :

Cas pratique de création d’entreprise virtuelle

Constitution de groupes-projet (5-6 étudiants)

Focus sur les aspects idéation-créativité, intelligence économique, faisabilité technique, propriété industrielle, analyse marché, approche commerciale, financement lié au développement d’un concept innovant dans le domaine Santé proposé par les étudiants.

Ecriture d’un business plan présentant le modèle économique lié au projet et à la création de l’entreprise type Start-up.

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Avec l’essor actuel du génie génétique, les biotechnologies permettent d’intervenir directement sur les gènes des organismes vivants pour en modifier les propriétés. Ces diverses technologies sont utilisées dans de nombreux secteurs, de la recherche à l’industrie, notamment dans les domaines de l’agriculture et de la santé.

Programme :

Cours magistraux :

- Intérêt du clonage nucléotidique par la technologie Gateway vs clonage traditionnel (2h)

- Production de protéines recombinantes à visée thérapeutique, utilisée en recherche scientifique, ou dans le secteur agro-alimentaire chez différents hôtes (cellules procaryotes et eucaryotes, cellules d’insecte) (4h)

- Transgénèse animale pour la production de protéine recombinante à activité biologique d’intérêt clinique) (1h)

- Technologies liées aux ARNs :

-       Le monde des ARN interférents (siRNA, shRNA, LncRNA, miRNA) et son impact sur le transcriptome ; intérêt de l’utilisation de certains miRNA circulants comme biomarqueurs de l’évolution de certaines pathologies chez l’homme (3h)

-       Vaccins à ARN messager, ARN thérapeutiques (2h)

- Production et modification de cellules immunitaires (exemple de CAR-T (/B/NK) cells) et des cellules souches pluripotentes induites (IPS): des outils pour la recherche et le développement de nouvelles thérapies (médecine régénérative, immunothérapie) (2h)

- Edition de gène : technologie Crispr-Cas9 (2h)

- Analyse spatio-temporelle de l’expression génétique in vivo - détermination spatio-temporelle de l’activation d’un promoteur in vivo et in vitro (1h)

Travaux dirigés :

Construction d’ADN recombinant,

Recherche d'amorces pour la PCR, sous-clonage et ligation, mutagénèse dirigée, transfection stable et transitoire.

Souris ou plantes transgéniques, knock-out, exemples de thérapie génique.

Utilisation de marqueurs polymorphes pour identification génétique.

Méthodes d’étude des interactions ADN-Protéines et tests fonctionnels en transfection

Travaux dirigés :

Construction d’ADN recombinant,

Recherche d'amorces pour la PCR, sous-clonage et ligation, mutagénèse dirigée, transfection stable et transitoire.

Souris ou plantes transgéniques, knock-out, exemples de thérapie génique.

Utilisation de marqueurs polymorphes pour identification génétique.

Méthodes d’étude des interactions ADN-Protéines et tests fonctionnels en transfection

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Le but de ce module est de donner aux étudiants une connaissance avancée des analyses bioinformatiques nécessaires à tout biologiste : alignement de séquences multiples, annotation génomique, navigateurs de génomes et analyse de la structure tridimensionnelle des protéines. Ce module donne des bases importantes pour tout étudiant désirant poursuivre son cursus par un M2.

Programme :

Cours magistraux :

Annotation génomique et programmes de prédiction de gène

Alignements multiples de séquences biologiques, motifs et domaines protéiques

Bases de données génétiques et projet ENCODE

Structure tridimensionnelle des biomolécules : analyse et prédiction des structures secondaires et tertiaires des protéines

Travaux dirigés :

Apprentissage des logiciels d'annotation génomique

Apprentissage à l’utilisation des serveurs web et logiciels d’alignement multiple de séquence :

Comparaison de séquences et alignements multiples

Les outils de conception et d’analyse des motifs protéiques et de structure 3D

Principe du clonage in silico d'un fragment d'ADN avec logiciel en libre accès

L'outil bioinformatique pour l'analyse de données de PCR quantitative

Travaux pratiques

TP clonage virtuel d'un fragment d'ADN pour réaliser l’expression hétérologue d’une protéine fusionnée à un tag (4h).

TP conception et analyse de motifs protéiques et analyse de structure 3D (4h)

TP d’évaluation des compétences acquises (4h)

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L’objectif de ce module est d’apporter aux étudiants des connaissances et des compétences dans le domaine des biothérapies et de la dimension industrielle de la bioproduction de médicaments innovants, mais aussi des tests de ces biomédicaments par la recherche clinique. Le domaine des dispositifs médicaux sera présenté avec ses aspects réglementaires. Enfin, un focus sera mis sur l’utilisation de l’intelligence artificielle en santé et ses évolutions futures en lien avec la médecine personnalisée.

Programme :

Cours magistraux :

Biothérapie – Biomédicaments innovants

Bioproduction : Systèmes de production Preuves de concept, Essais pilotes, mise en Production – Scale‑up

Utilisation des cellules végétales/plantes transgéniques pour la production de molécules d'intérêt pharmaceutique

Recherche Clinique (présentation, réglementation, les métiers…)

Dispositifs médicaux (présentation, réglementation)

Intelligence Artificielle en santé – Médecine personnalisée

Travaux dirigés :

Application de l’utilisation des cellules végétales /plantes transgéniques en bioproduction.

Intelligence artificielle : applications dans le domaine de la santé

Recherche clinique

Visites de sites de production de molécules d’intérêt thérapeutique

Travaux pratiques : Application de l’un des thèmes vu en CM et TD

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L’immunologie est la partie de la Biologie qui concerne l’étude des mécanismes de défense de notre organisme contre des agents étrangers ou dangereux pour notre organisme, comme des organismes pathogènes ou cellules tumorales. Ce module a comme but de traiter les mécanismes de pathologies infectieuses, le cancer ou les maladies auto-immunes, comprendre les réponses immunitaires liées et présenter des immunothérapies, prophylaxies ou diagnostics basés sur ces connaissances.

Cours magistraux :

Rappels des bases

Réponse humorale

Design d’anticorps et anticorps thérapeutiques et applications

Cellules dendritiques et applications

Virus, tropisme cellulaire : HIIV, influenza, coronavirus et développement de vaccins (atténué, inactivé, à sous-unité, à ADN/ARN, et les adjuvants)

Immunothérapies de maladies auto-immunes

Relations système immunitaire et cancer : réponses anticancer, échappement tumoral, immunothérapies ciblées (TIL, anticorps thérapeutiques, CAR T/NK cells)

Travaux dirigés :

-Préparation et correction d'exercices réalisés à partir d'articles scientifiques, sur des thèmes variés (vaccination, immuno-oncologie, bioingénierie des anticorps,..)- Rappels et précisions sur les modèles expérimentaux, techniques cellulaires, moléculaires, omiques utilisées. 

-Présentations autour de différents thèmes d’actualité d’articles récents de la littérature scientifique. Chaque étudiant présente des résultats expérimentaux d’un article, la démarche scientifique, le protocole mis en place, l’analyse des résultats et leur interprétation au sein des données de la littérature, un débat est proposé à la suite des exposés.

-Présentation des pipelines de biochtechs françaises et internationales

Travaux pratiques :

Etude de cellules de l’immunité et de lignées tumorales

Préparation et caractérisation des sous-populations cellulaires immunitaires chez la souris. Activation de cellules immunitaires et induction de la mort cellulaire de cellules tumorales. Analyse par cytométrie en flux. Phénotypage.

Mise en évidence de l’effet immuno-modulateur de la chimiothérapie.

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UE obligatoire pour les étudiants n'ayant pas suivi les UE1 (préparation à la vie professionnelle) et UE3 (Management de projet scientifique) du M2 Biologie-santé de l'Université de Bourgogne. Les 18h de "connaissances de l'entreprise" et les 16 de "Management de projet" sont mutualisées avec le M1 Biologie santé, le M2 BIIPME et M2 NS (mention sciences des aliments)

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Cette préparation au TOIC optionnelle est proposée dans le cadre du M2 MIB mais n'est pas prise en compte dans l'évaluation pour l'obtention du master

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La connaissance de l’entreprise comporte un focus sur le créateur d’entreprise suivi d’une présentation du processus de création d’entreprise innovante sur les volets modèle économique, technique, juridique, économique et financier. La présentation d’un modèle « ouvert » du fonctionnement de l’entreprise est assurée à travers l’exemple de l’écosystème régional, national et européen d’appui juridique, technique, financier… en faveur de la création et du développement de l’entreprise. Des séminaires de cadres en entreprises ou en laboratoires de recherche traiteront de différents contextes professionnels ou d’études complexes, parfois imprévisibles qui nécessitent des approches stratégiques nouvelles et une grande adaptabilité. Des visites d’entreprises dans le domaine des biotechnologies, de la santé et de la nutrition permettront de découvrir différents types d’entreprises du tissu socio-économique régional. L'anglais est un outil indispensable pour la communication scientifique. Ce module d’anglais vise à améliorer les capacités à comprendre et à communiquer des informations scientifiques. Les techniques permettant une communication orale claire et efficace en anglais seront travaillées.

Programme :

Cours magistraux

Le porteur du projet + le processus de création d’entreprise (analyse de l’environnement, construction d’une stratégie, montage juridique, formalités de création)

Focus sur les entreprises à fort potentiel de croissance (Start-up), présentation d’exemples régionaux

Présentation de l’écosystème de la start-up

Présentation de l’Europe de la recherche et de l’innovation

Travaux dirigés :

Lecture et synthèse d'articles de recherche et de vulgarisation en anglais

Rappel de lexique et de grammaire permettant de communiquer des informations scientifiques en anglais

Séminaires portant sur des études de cas en entreprises ou en laboratoire de recherche

Répartition des visites d’entreprises

Travaux pratiques :

Entraînement à la présentation orale d'informations scientifiques en anglais devant un groupe. Les techniques pour optimiser la communication orale

Visites d’entreprises en petits groupes d’étudiants

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Le but de ce module est de donner aux étudiants les connaissances théoriques et pratiques des outils et méthodes permettant l’étude de différentes molécules (protéines, acides nucléiques, seconds messagers…) dans un contexte biologique donné (stress oxydant, apoptose, signalisation…). Il donne des bases importantes pour participer à la conception et la réalisation d’études ou d’expériences scientifiques visant à identifier des mécanismes sous-jacents de processus physiologiques et/ou pathologiques chez l’homme ou l’animal

Programme :

Cours magistraux (16 h) :

1- Les ondes électromagnétiques (4h) - Spectroscopie UV, visible, Infrarouge - mécanismes de l’absorption, de l’émission - les chromophores intrinsèques, extrinsèques – Applications : dosages spectrophotométriques UV, visible. 2- La fluorescence (7h) Principes - spectres d’excitation, d’émission - les fluorophores intrinsèques, extrinsèques - transfert de fluorescence - Applications: utilisation de sondes fluorescentes pour - le dosage du calcium libre intracellulaire (sondes Indo, Fura, aequorine, caméléons), -la localisation subcellulaire des protéines par fusion à la GFP, -l’expression de gènes rapporteurs en utilisant différents types de protéines fluorescentes ou luminescentes, -les interactions protéine/protéine (techniques FRET et BRET), -la détection de processus apoptotiques -la mesure de la fluidité membranaire (FRAP) 3- La radioactivité (3h) - les radionucléides et les différentes émissions radioactives - les processus de désintégration, la décroissance radioactive - exemples d’utilisation de radioisotopes en biologie (compteur à scintillation, autoradiographie et phosphorimager) 4- La PCR quantitative en temps réel (q-RT-PCR, 2h).

Travaux dirigés :

Exercices d’application aux techniques d’HPLC, à la microscopie confocale (variants de la GFP et dérivés), à la spectrophotométrie, la spectrofluorimétrie et la radioactivité.

Travaux pratiques

Thèmes abordés en fonction de la pré-orientation M2 choisie : travaux pratiques permettant d'utiliser des techniques appliquées à la physiologie animale et à la biochimie, biologie cellulaire et moléculaire.

Etude des spectres de différents chromophores - Biotinylation de protéines et dosage/détection de la biotine par spectrofluorimétrie et chimioluminescence - Recherche des conditions optimales de séparation par HPLC de petites molécules biologiques – Microscopie à fluorescence.

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 Le management de projet se définit comme l’activité permettant de faire fonctionner ensemble la conception et l’exécution d’un objectif à atteindre, pour obtenir le résultat attendu sous des contraintes de délais, d’objectifs, de ressources. Pour ce faire, les organismes structurent leur organisation et adaptent leurs règles de fonctionnement à partir et autour des projets à réaliser. » Cette approche en mode projet implique alors de repenser le fonctionnement de l’entreprise en « mode projet » notamment en termes d’agilité et de structuration. Cette UE comporte 3 types d’enseignements : Management de Projet (MP), Design d’expériences et Biostatistiques (DEB), Management de projet expérimental et/ou de communication scientifique (MPECS). Mise au point d’une expérience pilote ou mise en place d’une action de communication scientifique et session poster.

Programme :

Cours magistraux :

Lignes directrices pour la conception d’un projet expérimental et/ou d’une action de communication scientifique (MPECS)

Les évolutions de la notion de gestion de projet prenant en compte les exigences actuelles d’agilité de réactivité (MP)

Les étapes liées à la gestion de projet (conception, planification, réalisation, terminaison) avec présentation d’outils associés (PERT, GANTT, QQOQCCP…) + organisation RH associée en logique projet  (MP)

Le concept d’innovation et les spécificités liées à la gestion d’un projet d’innovation (focus sur les outils de créativité (5M, Design thinking…)  (MP)

Biostatistiques : principaux tests utilisés en sciences expérimentales. Présentation et prise en main de R (DEB,)

Travaux dirigés :

Projet 1 : Préparation et organisation d’une visite d’entreprise par les étudiants dans une logique gestion de projet. Les étudiants (groupe de 4-10 étudiants) gèrent la collecte d’informations sur l’entreprise/son secteur d’activité et assurent la préparation de la visite d’entreprise. Le recours à des outils type QQOQCCP présenté en CM est préconisé. Restitution des visites d’entreprises  (MP)

Projet 2 : Conception d’un projet expérimental (type séance de travaux pratiques) et/ou d’une action de communication scientifique (incluant Biostats) (MPECS + DEB)

Travaux pratiques :

Management d’un projet expérimental et/ou d’une action de communication scientifique (MPECS)

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La génomique est consacrée aux techniques d'étude du génome entier, l’analyse transcriptomique aux techniques d'analyse d'ARNm et du niveau d'expression des gènes dans un tissu. La protéomique se concentre sur la composition des protéines dans un tissu et la métabolomique étudie les produits métaboliques. La plupart de ces facettes sont abordées tant d’un point de vue théorique que pratique au cours de cet UE. L’intelligence artificielle apparait comme un outil d’aide à la décision quant on traite de « big data ». Des exemples de sa pertinence dans ce cadre-là seront proposés.

Programme :

Cours magistraux :

- Génomique : nouvelles techniques de séquençage à haut débit, détection de polymorphismes, diagnostic moléculaire des maladies

- Analyse de transcriptomique : de l'échantillon à l'analyse des données

- Protéomique : Spectrométrie de masse, électrophorèse 2-D, identification à grande échelle des protéines et de leurs modifications post-traductionnelles, protéomique quantitative

- Puces à protéine, Interactomique et Métabolomique

- Introduction à l’intelligence artificielle et ses applications dans le domaine de la Biologie Santé

-Les techniques d’immunoprécipitation de chromatine, de Re-Chip, de DNA Chip-Seq

-La lipidomique à travers la quantification d’un lipide emblématique du choc septique : le LPS

Travaux dirigés :

Analyse d’articles scientifiques (en petit groupe de 2 à 4 étudiants) traitant de méthodes de screening à haut débit et restitution à l’oral (présentation) de l’essentiel du message à retenir.

Analyse de métadonnées protéomiques et transcriptomiques par des logiciels informatiques ad hoc

Travaux pratiques :

Analyse de profils de modifications post-traductionnelles (degré d’acétylation en fonction de différents traitements dont la Trichostatine A) des protéines cellulaires (histones et non-histones) par western-blot utilisant un anticorps primaire de révélation Pan-Lysine acétylées. 

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La couverture des besoins alimentaires représente la quantité d’aliments ingérée chaque jour, aussi bien en termes de quantité que de qualité. Pour comprendre comment s’établissent ces besoins, il est nécessaire d’appréhender les différentes composantes qui permettent d’établir des valeurs de références. Ainsi, la dépense énergétique, les aspects métaboliques simples ainsi que l’état physiologique ou pathologique sont des éléments essentiels qui sont étudiés durant ce cours. Par ailleurs, la notion de couverture des besoins pour répondre à cette demande est étudiée à travers les différentes sources alimentaires et leur contenu en nutriments.

D’autre part, une partie sur les enquêtes alimentaires, leur intérêt et leur méthodologie est aussi abordé afin d’introduire cette notion aux étudiants.

Enfin, Une partie des cours magistraux est consacrée aux systèmes olfactifs et gustatifs qui jouent également un rôle clé dans la nutrition en participant à la détection et à l’évaluation des nutriments pour finalement influencer les choix alimentaires.

Programme :

Cours magistraux  :

Mesures des différents compartiments de l'organisme et des dépenses d'énergie, besoins normaux et besoins en fonction de l'âge ou d'états physiologiques particuliers. Couverture des besoins, sources alimentaires en glucides, lipides, protéines et fibres alimentaires. Besoins normaux, besoins.

Les systèmes gustatif et olfactif. Rôles des stimuli olfactifs et gustatifs dans la prise alimentaire

Travaux dirigés :

- Exposés sur des thèmes de nutrition et d'alimentation proposés par les enseignants ou les étudiants en relation avec le cours et l’actualité)

- Travail sur les enquêtes alimentaires. Méthodologie, intérêt, enseignements.

- Etude des différentes méthodes de la dépense énergétique

Travaux pratiques:

Mesure du quotient respiratoire chez la souris dans différentes situations nutritionnelles ou pathologiques (Jeune, diabète...).

Analyse de données, découverte de techniques de mesures non invasives de mesure de la dépense énergétique.

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Le stage permet à l’étudiant d’approcher le monde professionnel dans un laboratoire public (CNRS, INSERM, INRAE, CHU, ou associés) ou privé (laboratoire de recherche et développement de l’industrie pharmaceutique, l’industrie agro-alimentaire ou autre).  Au cours de ce stage d’initiation, l’étudiant devra appliquer ses connaissances en participant à la réalisation d’une mission en relation avec ses objectifs de Master 2.  L'anglais comme outil d'insertion professionnelle. Cette UE vise à vous apprendre des compétences spécifiques en anglais qui pourraient s'avérer utiles à l'approche de l'entrée dans la vie active.

Le stage d’une durée de huit semaines est effectué en début d’année civile (Janvier et Février).

Le site de stage se situe en entreprise ou laboratoire de recherche (privé ou public) en France ou à l’étranger dans le domaine général des Sciences de la Vie (fondamentales ou appliquées).

Le stage fait l’objet d’une convention entre l’université de Bourgogne et l’entreprise ou laboratoire d’accueil de l’étudiant. La recherche de stage doit être faite par l’étudiant le plus tôt possible. Il s’agit d’une procédure individuelle nécessitant de préparer un CV, une lettre de motivation, un entretien…

Une aide et des renseignements pourront être obtenus par l’étudiant auprès du tuteur de l’équipe pédagogique.

Le stage fait l’objet d’un rapport écrit de vingt pages qui doit respecter les modalités de la fiche d’instructions fournie par l’enseignant responsable des stages. Le rapport en deux exemplaires doit être remis dans les délais impartis.

Préparation et passage d'un entretien en anglais : parler de soi et de ses expériences de façon à se mettre en valeur.

Rédiger un mail professionnelle.

Vocabulaire et grammaire utiles pour le CV et pour un entretien en anglais.

Par ailleurs, chaque étudiant devra faire une soutenance orale de son stage devant un jury composé de membres de l’équipe pédagogique du master. Cette soutenance est publique sauf avis de confidentialité. Après les soutenances orales, le jury attribuera à chaque étudiant une note définitive tenant compte de l’ensemble du travail de l’étudiant (rapport écrit, rapport bibliographique, oral, réponses aux questions du jury, appréciation du maître de stage).

 Rédiger un CV et une lettre de motivation en anglais.

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La physiologie de la nutrition est l'étude des processus physiologiques impliqués dans la transformation, l'absorption et l'utilisation des nutriments par l'organisme. C’est une discipline clé pour comprendre les effets des différents nutriments sur la santé et pour élaborer des stratégies nutritionnelles efficaces pour prévenir et traiter les maladies chroniques. Ce module présente la façon dont les nutriments sont absorbés et transportés à travers le corps, comment ils sont métabolisés pour fournir de l'énergie et des matériaux de construction pour les cellules, et comment ils affectent la fonction des différents organes et systèmes.

Les effets d’une consommation excessive ou insuffisante de nutriments sur le risque de maladies chroniques telles que le diabète, l'obésité, les maladies cardiovasculaires et certains types de cancer sont également abordés.

Programme :

Cours magistraux

Digestion et absorption des aliments. Utilisation métabolique des aliments, rôles, dysfonctionnements et pathologies.

Nutrition dans différentes situations physiologiques : nutrition de la personne âgée et du sportif, jeûne thérapeutique.

Physiologie de la prise alimentaire de l’homme, Physiologie des rythmes alimentaires, Troubles nutritionnels (boulimie, anorexie, NES, etc.) 

Travaux dirigés :

Préparation des TP (élaboration du protocole expérimentale)

Travaux pratiques :

Etude des dérégulations du métabolisme glucido-lipidique induites par un facteur nutritionnel (régime hyperlipidique) chez la souris.

Mesure de la tolérance au glucose et de la sensibilité à l’insuline (OGTT, ITT) Techniques opératoires, prélèvement d’organes, analyse des paramètres sanguins (glucose, triglycérides, cholestérol, lipoprotéines), dosage des triglycérides hépatiques, mesure de l’activité et de l’expression d’enzymes de la néoglucogenèse et de la lipogenèse. Calculs, interprétations et analyse statistique de l’ensemble des résultats. Compte-rendu sous forme d’une communication scientifique orale.

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Très souvent, le potentiel santé d’un aliment est défini en examinant sa composition en nutriments. 

Cette vision purement « nutritionnelle » de l’alimentation n’est pas mauvaise mais incomplète, elle ne prend pas en compte tous les liens entre aliment et santé. Au cours de cet enseignement, les liens entre aliments et santé seront abordés, avec comme fil conducteur la recherche de la preuve scientifique permettant d’alléguer une valeur santé précise pour un aliment. 

Programme :

Cours magistraux :

Bases scientifiques concernant la valeur santé des Aliments

Concept d’Aliment santé, composition, les mécanismes biologiques à l’origine de l’effet de ces aliments. 

Les preuves scientifiques : évaluation de l’efficacité, notions de danger et de risque

Les bases pour l’utilisation des allégations nutritionnelles,

Les outils permettant d’évaluer la qualité nutritionnelle d’un aliment.

Quelques exemples d’aliments santé : les margarines et les phytostérols, le lycopène et les produits à base de tomates, propriétés santé des fibres.

Les innovations alimentaires et l’alimentation santé ; les biotechnologies et l’alimentation et d’autres en fonction d’informations nouvelles.  

Travaux dirigés :

Analyse de documents permettant de justifier des propriétés santé des aliments.

Relation science et réglementation

La preuve scientifique, les outils d’aide. 

Le risque pour le consommateur, l’animal, l’utilisateur et l’environnement.

Travaux pratiques :

Analyse de la composition de certains aliments gras (chromatographie)

Détermination expérimentale et comparaison avec les étiquetages.

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Cette UE balaye tous les aspects de l'Endocrinologie (Métabolisme, Neuroendocrinologie, Reproduction).  Elle incluse une introduction générale à l’anatomie fonctionnelle du système endocrine et à la signalisation hormonale et est complétée par des notions plus spécifique du fonctionnement hormonale.  Des TD illustrant les CM et permettant une réflexion autour de certaines problématiques est proposée.  Des TP permettent un regard expérimental sur le fonctionnement hormonal. 

Programme :

Cours magistraux :

Le système endocrine :

les glandes, les cellules, les hormones.

Mécanismes d’action des hormones.

Le système hypothalamo-hypophysaire : neuroendocrinologie

La fonction thyroïdienne

La fonction pancréatique, les diabètes

Le contrôle du métabolisme phospho-calcique

La lactation

Hormones, croissance et développement 

Les surrénales, l’HTA

Cancer et endocrinologie

Les perturbateurs endocriniens

Travaux dirigés :

Diabètes et auto-immunité

Hormones et rythmes biologiques

Hormones et dopage

Regards sur la vitamine D

Les hormones du « bonheur »

L’épiphyse et ses sécrétions

Travaux pratiques :

Réponses métaboliques et mécaniques aux hormones :

Conséquences métaboliques d’une sur- ou sous-expression hormonale : diabètes

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Les régulations métaboliques par les nutriments seront abordées selon une approche intégrative (du gène à l’organe et à l’organisme entier), Les études d’associations gènes-nutriments  permettront de mettre en lumière plusieurs gènes de prédisposition aux maladies multifactorielles (résultant de facteurs génétiques, environnementaux et de leurs interactions) comme par exemple l’obésité ou le diabète de type 2 Le but ultime de la génomique nutritionnelle et de la nutrigénomique est de proposer une nutrition optimale personnalisée afin de préserver ou d’améliorer la santé en utilisant le maximum d’informations génétiques, phénotypiques, médicales et nutritionnelles et de fournir des conseils spécifiques en matière d’alimentation saine pour une santé durable.

La nutrition personnalisée est applicable à la gestion alimentaire des personnes atteintes de pathologies spécifiques ou avec un besoin nutritionnel particulier mais également aux personnes en bonne santé.

Programme :

Cours magistraux :

1- Régulation du cycle cellulaire par des nutriments, Importance des nutriments dans la modulation de l'activité cellulaire. Nutriments comme facteurs de croissance (polyamines leur rôle dans l'évolution/régression de différentes pathologies (cancérogenèse, immunité…).  Concept de pharmaco nutriments.

2-. Modèles animaux transgéniques. Recombinaison homologue, édition de gènes et troubles métaboliques. Perspectives/conséquences de l'application de la transgénèse d'un point de vue alimentaire, écotoxicologique et environnemental

3-. Interactions gènes-nutriments :  Régulation de l'expression des gènes par les nutriments-Nutrigénique -Nutrigénomique. Génétique et prise alimentaire Epigénétique et Nutrition. Nutrition personnalisée.

Travaux dirigés :

Analyse de la bibliographie récente concernant les domaines abordés en cours.

Travaux pratiques :

A partir d’articles de vulgarisation scientifique, construire les mécanismes scientifiques permettant de confirmer ou d’infirmer les données.

Restitution au groupe sous forme orale

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La prise alimentaire est l’une des 4 fonctions physiologiques primaires qui assure la survie de l’individu. Des structures neurobiologiques contrôlent la prise alimentaire via des états de motivation. Il est bien établi que l’intégrité neuro-anatomique de l’hypothalamus (avec ses Centres de la faim et de la satiété), est un élément clés du cerveau végétatif et est nécessaire au parfait déroulement de l’acte alimentaire. L’axe cerveau – intestin et vice versa est impliqué dans la régulation de différents pathologies du comportement alimentaire.

Programme :

Cours magistraux (30h)

-Définir la prise alimentaire ; homéostasie physiologique et comportementale ; rythmicité des prises alimentaires ; facteurs physiologiques de régulations (signaux digestifs etc..)

-Axe hypothalamo-hypophysaire et prise alimentaire ; neurones de 1er et 2ème ordre et leurs réponses aux stimuli et signalisation ;

-Niveaux de réserves (glucostat, aminostat, lipidostat) ; niveau de réserves (ischimètre) ;

- Adipokines & prise alimentaire ; ontogénèse du système hypothalamo-hypophysaire ; ghréline et GH ;

-Alliesthésie ; aversion du comportement alimentaire ; troubles de l'alimentation/étiologie ;

-Conduites addictives alimentaires ; Syndrome de « Pica »

-Pathologies et comportement alimentaire ; stress & comportement alimentaire ; corticothérapie ;

-Régime alimentaire et phénomènes de faim, de rassasiement et de satiété.

Travaux dirigés:

Le but de ces TD est de développer une interaction directe entre l’enseignent et l’élève. Les TD sont réalisés dans une forme d’exposé. Les étudiants présentent, en binômes, les articles des synthèses (français ou anglais), comportant les thèmes de cours. Exemple de thèmes : adipocytes & inflammation ; nouvelles cibles thérapeutiques de la prise pondérale ; anorexies mentales & complications… 

Travaux pratiques

- Effets des corticoïdes sur le comportement alimentaire (test de licking)

 - Effet satiétogène du glucose (ICV) ou d’autres agents tels que l’insuline ou la cholécystokinine chez le rat

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L’innovation
-L’intelligence économique 
-L’approche réglementaire 
-L’approche RSE 
-La valorisation et le transfert de technologies 
-La propriété industrielle 
-L’approche marketing et commerciale 
-L’internationalisation de l’entreprise
-Le financement de projets 
-Modèle d’affaires et Plan d’affaires 

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L’objectif de cet enseignement est de reprendre et approfondir les notions d’équilibres nutritionnels chez les sujets sains dans différents états physiologiques (la nutrition de l’enfant à l’adolescent, lors de la grossesse ou de l’alaitement ou chez le sportif). Sont abordés non seulement l’alimentation et ses déterminants physiologiques, mais aussi les déterminants psychologiques et l’activité physique qui conditionnent les dépenses énergétiques. L’évaluation de l’effet du milieu socioéconomique sur la santé nutritionnelle humaine sera appréhendé. Par ailleurs, seront abordés dans ce module l’optimisation de l’alimentation des animaux de rente pour le bien-être et la santé de l’Homme ainsi que celle des des animaux de compagnie, qui doit appropriée afin de garantir leur santé dans un contexte où ils sont eux aussi victimes de maladies de pléthore. 

Cours magistraux (50h)

Partie A- Nutrition Humaine (NuH) (40h CM)

Equilibre nutritionnel et santé

Catégories de nutriments et leur importance

Besoins énergétiques

Vitamines et minéraux

Régimes restrictifs

Politique de santé en nutrition

Comportement d’achat/évaluation des choix et des comportements alimentaires

Partie B- Nutrition Animale (NuA) (10h CM)

Nutrition des animaux de rente (bien nourrir l’animal pour la santé et le bien-être de l’Homme (sécurité, santé, saveur), booster la reproduction ou améliorer la production)

Nutrition des animaux de compagnie : miroir des attentes en alimentation humaine (comprendre la nutrition des animaux de compagnie et son rôle dans leur santé, état du marché « Petfood » en France, tendance à la naturalité, diversification des circuits de distribution).

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L’objectif de cet enseignement est d’aborder les différentes composantes économiques, sociales environnementales et de santé publique de l’alimentation. En effet, la France est confrontée à divers défis multiples : économique, avec un enjeu d’autonomie alimentaire ; économique et social avec un vieillissement de la population et de la population agricole en particulier ; environnemental, car l’agriculture et l’alimentation constituent une source non négligeable de gaz à effet de serre et de pollutions diffuses ; de santé publique, avec un taux d’obésité et de maladies métaboliques à un niveau historiquement élevé, et à des modes de production agricole qui ont contribué à l’émergence de nouvelles préoccupations liées aux contaminants chimiques.

Cet enseignement a également pour but de faire mieux connaître les effets du vieillissement pour agir précocement et efficacement. En effet, Les malades âgés et fragiles, à risque élevé de dépendance ou dépendants, sont de plus en plus nombreux. Cette formation présente les stratégies d‘évaluation et de prise en soins de ces patients afin d’améliorer leur état de santé par des interventions nutritionnelles et thérapeutiques adaptées.

Programme :

Cours magistraux (50h)

Partie A- Nutrition Saine et Durable (NSD) (34h CM)

Risques émergents et sécurité alimentaire

Technologie alimentaire et évaluation des risques

Relation environnement/santé/nutrition

Contaminants alimentaires et santé

Ressources halieutiques et santé

Compléments alimentaires et aliments enrichis

Novel foods : aliments du futur, freins et leviers

Transition alimentaire

Partie B- Nutrition et vieillissement (NuV) (16h CM)

Nutrition : modification avec l’âge

Causes et conséquences de la dénutrition chez la personne âgée

Besoins nutritionnels de la personne âgée

Relevés alimentaires

Ostéoporose – maladie d’Alzheimer et troubles nutritionnels

Alimentation et pathologies cancéreuses au cours du vieillissement

Chûtes au cours de l’avancée en âge

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Les nutriments jouent des rôles fonctionnels importants dans l’organisme, et sont particulièrement impliqués dans certaines physiopathologies - anomalies ou maladies pouvant affecter le fonctionnement normal de l’organisme. La détection de l’information nutritionnelle procède de mécanismes complexes. L’étude des différentes voies impliquées dans ce processus tant au niveau périphérique (tractus digestif) que du système nerveux central (cerveau) est la première étape de la compréhension de l’impact des nutriments sur l’organisme. Leur devenir et leurs régulations sont ensuite importants à connaître dans des organismes sains ou malades. Les nutriments lipidiques peuvent être fortement impliqués dans la prévention ou le traitement de maladies métaboliques telles que l'hypercholestérolémie, l'athérosclérose, l'obésité, le diabète de type 2, les maladies dégénératives, ainsi que de certaines formes de cancer. Divers aspects des interactions entre les nutriments, leur signalisation et ces différentes pathologies seront abordés. 

Détection et Métabolisme (26h)

Cours Magistraux (14h)

Thématiques abordées : Processus de détection de l'information nutritionnelle

Remontée de l'information par voie nerveuse, humoral, ou par effet direct au niveau cérébral des principales classes de nutriments. Effets d’une exposition à une alimentation déséquilibrée sur la détection de certains nutriments.

TD (12h)

Illustration des thématiques abordées sous forme de travaux de groupe

Lipides et risques physiopathologiques (24h)

Cours Magistraux (24h)

Thématiques abordées : métabolisme des acides gras ;et impact sur les maladies cardiométaboliques, les pathologies oculaires. Acides gras et cancer. Signalisation lipidique.

Ces thématiques seront abordées par des conférences de spécialistes, et au travers d’analyse d’articles scientifiques.

Les enseignements auront une durée de 2h

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Les nutriments peuvent exercer des effets différents sur la santé de l’homme selon la manière dont il est nourri. Différentes situations (conditions de pléthore, dénutrition, jeûne…) seront abordées où l’on analysera l’impact de certains nutriments De même, seront abordées les interactions entre certains nutriments et différentes pathologies, en tant que facteurs de risques ou de complication, ou au contraire dans la prise en charge des patients. L’implication de certaines molécules naturelles dans le ciblage de médicaments sera abordée. Ces différentes approches font émerger les notions de médecine et de nutrition personnalisées. Par ailleurs, nous viserons à identifier certains risques émergents pour la santé de l’Homme, et aborderons différents aspects de leur gestion.

Cours Magistraux (12h) : Exemples de Thématiques abordées : Effets de certains nutriments en conditions de pléthore. Impact santé des produits ultratransformés Point sur les complémentations alimentaires et aliments fonctionnels. Nitrites et santé. Aliments fermentés. Adaptation au jeûne…

TD (12h) : Illustration des thématiques abordées sous forme de travaux de groupe

(*) Nutrition et pathologies (CM 36h)

Exemples de liens entre des nutriments spécifiques et certaines pathologies. Prise en charge nutritionnelle des patients dans différents contextes physiopathologiques. Dénutriition.

(**) Lipoproteins and drug delivery (CM 24h)

Module en anglais mutualisé avec le M2 Innovative drugs. Rôle des lipoprotéines dans la vectorisation de médicaments

(**) Risques Emergents et Qualité Nutritionnelle (CM 8h, TD 4h)

Exemples de thèmes abordés : risques émergents pour la sécurité de l'alimentation humaine. Evaluation des risques liés à la contamination et santé des consommateurs. Allergènes et santé. Micropolluants et santé

Ces thématiques seront abordées par des conférences de spécialistes, et au travers d’analyse d’articles scientifiques.

Les enseignements auront une durée de 2h

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Le module professionnalisation doit permettre aux étudiants de développer des compétences professionnelles liées aux domaines socio-économiques de la nutrition, que ce soit dans le contexte de la recherche et développement ou du conseil. Il vise à préparer les étudiants à l'entrée dans la vie professionnelle en leur proposant des outils de connaissance de l’entreprise, de communication et de marketing, en les formant à l’anglais scientifique du domaine, et en leur offrant une expérience professionnelle concrète via des projets en lien avec leur formation et en les sensibilisant aux enjeux et aux exigences du monde du travail. 

Anglais (20h)

Cours Magistraux (10h) :

Acquisitions de la terminologie de l’anglais scientifique dans le domaine de la Nutrition santé, des expressions techniques et d’un style de rédaction clair et concis, utilisés pour communiquer des résultats de recherche, publier des articles scientifiques, présenter des conférences et échanger des informations entre scientifiques du monde entier.

TD (10h) : Mise en pratique sous forme de travaux de groupe

Projet de terrain ou de recherche (durant semaines d’alternance pour les non-alternants)

Projets de groupes en lien avec des partenaires du domaine, ou organisation d’un colloque scientifique, ou gestion de la communication du Master

# Conduite de projet et suivi méthodologique (TD 100h)

Boîte à outils (TD 10h)

Dispense de méthodes et approfondissements complémentaires à la demande, en lien avec l’actualité scientifique

(*) Connaissance de l’entreprise : communication (CM 12h, TD 8h)

Comment communiquer efficacement à l'oral, en utilisant un langage clair et précis, en écoutant activement et en posant des questions pertinentes.

Communication non verbale pour renforcer le message et transmettre des émotions.

Comment rédiger des courriels, des rapports et des présentations claires et concises, en utilisant un langage professionnel et adapté au public concerné.

(*) Marketing (CM 12h, TD 8h) : approches des outils clé de marketing en entreprise du domaine de la nutrition, avec pour but l’étude des besoins, attentes et comportements des consommateurs en vue de leur proposer des produits ou des services adaptés.

(*) Management (20h) :

Notions de base portant sur les techniques de direction, d'organisation et de gestion de l'entreprise, le management opérationnel, ou le management de projet.

Les enseignements auront une durée de 2h

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stage de 6 mois à partir de janvier pour les étudiants en formation initiale

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La connaissance de l’entreprise comporte un focus sur le créateur d’entreprise suivi d’une présentation du processus de création d’entreprise innovante sur les volets modèle économique, technique, juridique, économique et financier. La présentation d’un modèle « ouvert » du fonctionnement de l’entreprise est assurée à travers l’exemple de l’écosystème régional, national et européen d’appui juridique, technique, financier… en faveur de la création et du développement de l’entreprise. Des séminaires de cadres en entreprises ou en laboratoires de recherche traiteront de différents contextes professionnels ou d’études complexes, parfois imprévisibles qui nécessitent des approches stratégiques nouvelles et une grande adaptabilité. Des visites d’entreprises dans le domaine des biotechnologies, de la santé et de la nutrition permettront de découvrir différents types d’entreprises du tissu socio-économique régional. L'anglais est un outil indispensable pour la communication scientifique. Ce module d’anglais vise à améliorer les capacités à comprendre et à communiquer des informations scientifiques. Les techniques permettant une communication orale claire et efficace en anglais seront travaillées.

Programme :

Cours magistraux

Le porteur du projet + le processus de création d’entreprise (analyse de l’environnement, construction d’une stratégie, montage juridique, formalités de création)

Focus sur les entreprises à fort potentiel de croissance (Start-up), présentation d’exemples régionaux

Présentation de l’écosystème de la start-up

Présentation de l’Europe de la recherche et de l’innovation

Travaux dirigés :

Lecture et synthèse d'articles de recherche et de vulgarisation en anglais

Rappel de lexique et de grammaire permettant de communiquer des informations scientifiques en anglais

Séminaires portant sur des études de cas en entreprises ou en laboratoire de recherche

Répartition des visites d’entreprises

Travaux pratiques :

Entraînement à la présentation orale d'informations scientifiques en anglais devant un groupe. Les techniques pour optimiser la communication orale

Visites d’entreprises en petits groupes d’étudiants

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Le but de ce module est de donner aux étudiants les connaissances théoriques et pratiques des outils et méthodes permettant l’étude de différentes molécules (protéines, acides nucléiques, seconds messagers…) dans un contexte biologique donné (stress oxydant, apoptose, signalisation…). Il donne des bases importantes pour participer à la conception et la réalisation d’études ou d’expériences scientifiques visant à identifier des mécanismes sous-jacents de processus physiologiques et/ou pathologiques chez l’homme ou l’animal

Programme :

Cours magistraux (16 h) :

1- Les ondes électromagnétiques (4h) - Spectroscopie UV, visible, Infrarouge - mécanismes de l’absorption, de l’émission - les chromophores intrinsèques, extrinsèques – Applications : dosages spectrophotométriques UV, visible. 2- La fluorescence (7h) Principes - spectres d’excitation, d’émission - les fluorophores intrinsèques, extrinsèques - transfert de fluorescence - Applications: utilisation de sondes fluorescentes pour - le dosage du calcium libre intracellulaire (sondes Indo, Fura, aequorine, caméléons), -la localisation subcellulaire des protéines par fusion à la GFP, -l’expression de gènes rapporteurs en utilisant différents types de protéines fluorescentes ou luminescentes, -les interactions protéine/protéine (techniques FRET et BRET), -la détection de processus apoptotiques -la mesure de la fluidité membranaire (FRAP) 3- La radioactivité (3h) - les radionucléides et les différentes émissions radioactives - les processus de désintégration, la décroissance radioactive - exemples d’utilisation de radioisotopes en biologie (compteur à scintillation, autoradiographie et phosphorimager) 4- La PCR quantitative en temps réel (q-RT-PCR, 2h).

Travaux dirigés :

Exercices d’application aux techniques d’HPLC, à la microscopie confocale (variants de la GFP et dérivés), à la spectrophotométrie, la spectrofluorimétrie et la radioactivité.

Travaux pratiques

Thèmes abordés en fonction de la pré-orientation M2 choisie : travaux pratiques permettant d'utiliser des techniques appliquées à la physiologie animale et à la biochimie, biologie cellulaire et moléculaire.

Etude des spectres de différents chromophores - Biotinylation de protéines et dosage/détection de la biotine par spectrofluorimétrie et chimioluminescence - Recherche des conditions optimales de séparation par HPLC de petites molécules biologiques – Microscopie à fluorescence.

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 Le management de projet se définit comme l’activité permettant de faire fonctionner ensemble la conception et l’exécution d’un objectif à atteindre, pour obtenir le résultat attendu sous des contraintes de délais, d’objectifs, de ressources. Pour ce faire, les organismes structurent leur organisation et adaptent leurs règles de fonctionnement à partir et autour des projets à réaliser. » Cette approche en mode projet implique alors de repenser le fonctionnement de l’entreprise en « mode projet » notamment en termes d’agilité et de structuration. Cette UE comporte 3 types d’enseignements : Management de Projet (MP), Design d’expériences et Biostatistiques (DEB), Management de projet expérimental et/ou de communication scientifique (MPECS). Mise au point d’une expérience pilote ou mise en place d’une action de communication scientifique et session poster.

Programme :

Cours magistraux :

Lignes directrices pour la conception d’un projet expérimental et/ou d’une action de communication scientifique (MPECS)

Les évolutions de la notion de gestion de projet prenant en compte les exigences actuelles d’agilité de réactivité (MP)

Les étapes liées à la gestion de projet (conception, planification, réalisation, terminaison) avec présentation d’outils associés (PERT, GANTT, QQOQCCP…) + organisation RH associée en logique projet  (MP)

Le concept d’innovation et les spécificités liées à la gestion d’un projet d’innovation (focus sur les outils de créativité (5M, Design thinking…)  (MP)

Biostatistiques : principaux tests utilisés en sciences expérimentales. Présentation et prise en main de R (DEB,)

Travaux dirigés :

Projet 1 : Préparation et organisation d’une visite d’entreprise par les étudiants dans une logique gestion de projet. Les étudiants (groupe de 4-10 étudiants) gèrent la collecte d’informations sur l’entreprise/son secteur d’activité et assurent la préparation de la visite d’entreprise. Le recours à des outils type QQOQCCP présenté en CM est préconisé. Restitution des visites d’entreprises  (MP)

Projet 2 : Conception d’un projet expérimental (type séance de travaux pratiques) et/ou d’une action de communication scientifique (incluant Biostats) (MPECS + DEB)

Travaux pratiques :

Management d’un projet expérimental et/ou d’une action de communication scientifique (MPECS)

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La génomique est consacrée aux techniques d'étude du génome entier, l’analyse transcriptomique aux techniques d'analyse d'ARNm et du niveau d'expression des gènes dans un tissu. La protéomique se concentre sur la composition des protéines dans un tissu et la métabolomique étudie les produits métaboliques. La plupart de ces facettes sont abordées tant d’un point de vue théorique que pratique au cours de cet UE. L’intelligence artificielle apparait comme un outil d’aide à la décision quant on traite de « big data ». Des exemples de sa pertinence dans ce cadre-là seront proposés.

Programme :

Cours magistraux :

- Génomique : nouvelles techniques de séquençage à haut débit, détection de polymorphismes, diagnostic moléculaire des maladies

- Analyse de transcriptomique : de l'échantillon à l'analyse des données

- Protéomique : Spectrométrie de masse, électrophorèse 2-D, identification à grande échelle des protéines et de leurs modifications post-traductionnelles, protéomique quantitative

- Puces à protéine, Interactomique et Métabolomique

- Introduction à l’intelligence artificielle et ses applications dans le domaine de la Biologie Santé

-Les techniques d’immunoprécipitation de chromatine, de Re-Chip, de DNA Chip-Seq

-La lipidomique à travers la quantification d’un lipide emblématique du choc septique : le LPS

Travaux dirigés :

Analyse d’articles scientifiques (en petit groupe de 2 à 4 étudiants) traitant de méthodes de screening à haut débit et restitution à l’oral (présentation) de l’essentiel du message à retenir.

Analyse de métadonnées protéomiques et transcriptomiques par des logiciels informatiques ad hoc

Travaux pratiques :

Analyse de profils de modifications post-traductionnelles (degré d’acétylation en fonction de différents traitements dont la Trichostatine A) des protéines cellulaires (histones et non-histones) par western-blot utilisant un anticorps primaire de révélation Pan-Lysine acétylées. 

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Les processus de signalisation intra- et inter-cellulaires sont au cœur du fonctionnement des organismes et impliquent de nombreux acteurs et mécanismes, telles que les interactions moléculaires, les modifications post-traductionnelles, la translocation ou encore la dégradation sélective de protéines. Ces connaissances sont essentielles à la compréhension fine des processus physiologiques comme pathophysiologiques abordés lors du second semestre de M1 en M2 Biologie Santé.

Programme :

Cours magistraux

- Introduction présentant les liens d’interdépendance qui existent entre l’environnement extracellulaire, la surface cellulaire et la signalisation intracellulaire et les conséquences qui en découlent telles que la différenciation et la mort cellulaire.

- Les récepteurs membranaires : classification, mise en évidence et critères d’identification, techniques de mesure des affinités ligands-récepteurs, mécanismes d’activation et de désensibilisation.

- L’environnement membranaire : fluidité membranaire et microdomaines lipidiques.

- Les différents types de signaux : hormones et autres molécules informatives.

- Les seconds messagers : AMPc, calcium, monoxyde d’azote, formes réactives de l’oxygène et de l’azote, médiateurs lipidiques et leurs cibles cellulaires.

- Les éléments des voies de transduction : protéines G, phospholipases, protéines kinases et phosphatases, guanylate cyclase ; exemples de transduction du signal chez les mammifères et chez les plantes.

- Signalisation et prolifération/mort cellulaire, contrôle du cycle cellulaire et adhérence cellulaire.

Travaux dirigés :

Exercices relatifs aux cours, à la préparation et à l’exploitation des données des travaux pratiques.

Travaux pratiques :

Etude de voies de signalisation moléculaires et cellulaires déclenchées par des stress biotiques ou abiotiques dans des lignées cellulaires animales: culture cellulaire, imagerie cellulaire par immunofluorescence, fractionnement subcellulaire et immunoblotting, cytométrie en flux, analyse des métabolites par HPLC.

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Le stage permet à l’étudiant d’approcher le monde professionnel dans un laboratoire public (CNRS, INSERM, INRAE, CHU, ou associés) ou privé (laboratoire de recherche et développement de l’industrie pharmaceutique, l’industrie agro-alimentaire ou autre).  Au cours de ce stage d’initiation, l’étudiant devra appliquer ses connaissances en participant à la réalisation d’une mission en relation avec ses objectifs de Master 2.  L'anglais comme outil d'insertion professionnelle. Cette UE vise à vous apprendre des compétences spécifiques en anglais qui pourraient s'avérer utiles à l'approche de l'entrée dans la vie active.

Le stage d’une durée de huit semaines est effectué en début d’année civile (Janvier et Février).

Le site de stage se situe en entreprise ou laboratoire de recherche (privé ou public) en France ou à l’étranger dans le domaine général des Sciences de la Vie (fondamentales ou appliquées).

Le stage fait l’objet d’une convention entre l’université de Bourgogne et l’entreprise ou laboratoire d’accueil de l’étudiant. La recherche de stage doit être faite par l’étudiant le plus tôt possible. Il s’agit d’une procédure individuelle nécessitant de préparer un CV, une lettre de motivation, un entretien…

Une aide et des renseignements pourront être obtenus par l’étudiant auprès du tuteur de l’équipe pédagogique.

Le stage fait l’objet d’un rapport écrit de vingt pages qui doit respecter les modalités de la fiche d’instructions fournie par l’enseignant responsable des stages. Le rapport en deux exemplaires doit être remis dans les délais impartis.

Préparation et passage d'un entretien en anglais : parler de soi et de ses expériences de façon à se mettre en valeur.

Rédiger un mail professionnelle.

Vocabulaire et grammaire utiles pour le CV et pour un entretien en anglais.

Par ailleurs, chaque étudiant devra faire une soutenance orale de son stage devant un jury composé de membres de l’équipe pédagogique du master. Cette soutenance est publique sauf avis de confidentialité. Après les soutenances orales, le jury attribuera à chaque étudiant une note définitive tenant compte de l’ensemble du travail de l’étudiant (rapport écrit, rapport bibliographique, oral, réponses aux questions du jury, appréciation du maître de stage).

 Rédiger un CV et une lettre de motivation en anglais.

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La physiopathologie métabolique est l'étude des perturbations biochimiques et métaboliques qui conduisent à des maladies. L'objectif de ce module est d’apporter aux étudiants des bases solides concernant l’étiologie de certaines pathologies métaboliques liées à la surcharge pondérale, au vieillissement, à l’environnement ou aux facteurs génétiques en s’intéressant aux processus cellulaires et moléculaires qui sous-tendent ces maladies. Il explore également les nouvelles stratégies de traitement et de prévention pour ces maladies.

Programme :

Cours magistraux :

Rappels sur la Physiologie des organes clés du métabolisme énergétique : Foie, tissu adipeux, vaisseaux, coeur, muscles.

Dérégulations métaboliques liées à l’obésité et au diabète :   Métabolisme glucidique / Insulino-résistance

 Métabolisme lipidique / stéatose hépatique

 Dysfonctionnement du tissu adipeux

Inflammation

Facteurs génétiques, épigénétiques et environnementaux

Pathologies vasculaires et cardiaques :

 Athérosclérose, hypertension et cardiopathies ischémiques

Maladies métaboliques liées à un dysfonctionnement des organites cellulaires :

Exemples mitochondries / péroxysomes / lysosomes

Métabolisme de la cellule cancéreuse

Dérégulations métaboliques et prolifération

 Facteurs génétiques, épigénétiques et environnementaux

 Pathologies liées à l’âge, à l’environnement et à la génétique

Maladies neuro-dégénératives / Prédispositions génétiques, Facteurs épigénétiques (alimentation, perturbateurs endocriniens…) et pathologies / DMLA  / Rythmes biologiques

Travaux dirigés:

Etude d’approches thérapeutiques récentes et innovantes : Traitement du diabète / thérapies géniques / cellules souches / immunothérapies / nanothérapies... autres sujets d’actualité.

Travaux pratiques :

Effet d’un traitement par un agoniste GLP1r sur le métabolisme glucido-lipidique de la souris rendue obèse et diabétique par un régime riche en graisses.

Mesure de la tolérance au glucose et de la sensibilité à l’insuline (OGTT, ITT) Techniques opératoires, prélèvement d’organes, analyse des paramètres sanguins (glucose, triglycérides, cholestérol, lipoprotéines), dosage des triglycérides hépatiques, mesure de l’activité et de l’expression d’enzymes de la néoglucogenèse et de la lipogenèse. Calculs, interprétations et analyse statistique de l’ensemble des résultats. Compte-rendu sous forme d’une communication scientifique orale.

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L’immunologie est la partie de la Biologie qui concerne l’étude des mécanismes de défense de notre organisme contre des agents étrangers ou dangereux pour notre organisme, comme des organismes pathogènes ou cellules tumorales. Ce module a comme but de traiter les mécanismes de pathologies infectieuses, le cancer ou les maladies auto-immunes, comprendre les réponses immunitaires liées et présenter des immunothérapies, prophylaxies ou diagnostics basés sur ces connaissances.

Cours magistraux :

Rappels des bases

Réponse humorale

Design d’anticorps et anticorps thérapeutiques et applications

Cellules dendritiques et applications

Virus, tropisme cellulaire : HIIV, influenza, coronavirus et développement de vaccins (atténué, inactivé, à sous-unité, à ADN/ARN, et les adjuvants)

Immunothérapies de maladies auto-immunes

Relations système immunitaire et cancer : réponses anticancer, échappement tumoral, immunothérapies ciblées (TIL, anticorps thérapeutiques, CAR T/NK cells)

Travaux dirigés :

-Préparation et correction d'exercices réalisés à partir d'articles scientifiques, sur des thèmes variés (vaccination, immuno-oncologie, bioingénierie des anticorps,..)- Rappels et précisions sur les modèles expérimentaux, techniques cellulaires, moléculaires, omiques utilisées. 

-Présentations autour de différents thèmes d’actualité d’articles récents de la littérature scientifique. Chaque étudiant présente des résultats expérimentaux d’un article, la démarche scientifique, le protocole mis en place, l’analyse des résultats et leur interprétation au sein des données de la littérature, un débat est proposé à la suite des exposés.

-Présentation des pipelines de biochtechs françaises et internationales

Travaux pratiques :

Etude de cellules de l’immunité et de lignées tumorales

Préparation et caractérisation des sous-populations cellulaires immunitaires chez la souris. Activation de cellules immunitaires et induction de la mort cellulaire de cellules tumorales. Analyse par cytométrie en flux. Phénotypage.

Mise en évidence de l’effet immuno-modulateur de la chimiothérapie.

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Dans ce module de Pharmacologie Moléculaire et Pharmacothérapie (PMP sont abordés très succinctement des rappels de pharmacologie et pharmacocinétiques élémentaires pour ensuite abordés de manière exhaustive la pharmacodynamie et les cibles cellulaires et moléculaires. Une attention particulière sera apportée aux différents type d’études cliniques (phases I, II, III et 4) ainsi qu’à la législation qui en découle.

Des personnalités reconnues dans leur domaine aborderont des sujets d’actualité tel que la perturbation endocrinienne, l’immunosuppression, l’obésité, l’oncologie en lien avec les dernières avancées en pharmacothérapie.

Une part importante du module sera consacrée au TP sous la forme d’un mini-stage sur l’étude des mécanismes moléculaires et des potentiels effets synergiques de drogues pharmaceutiques.

Programme :

Cours magistraux :

Dans ce module sont abordés plus précisément :

- les notions de création d’un médicament

- les relations structures activités

- la pharmacocinétique des médicaments et leur métabolisme

- la pharmacodynamie et les cibles thérapeutiques cellulaires et moléculaires

- les études cliniques de phase I, II, II et de pharmacovigilance

- Perturbation endocrinienne : effet dose et mode d’action

- pharmacothérapie et les immunosuppresseurs

- pharmacothérapie et les pathologies métaboliques

- pharmacothérapie et les pathologies dégénératives

- pharmacologie et oncologie

Travaux dirigés :

- projet tuteurés et analyse d’articles dans le domaine des pharmacothérapies.

Travaux pratiques :

- Utilisation de logiciel dédiée à la mesure de paramètres pharmacologiques

- Mise en pratique de la détermination d’effets de drogues à visée thérapeutique

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Avec l’essor actuel du génie génétique, les biotechnologies permettent d’intervenir directement sur les gènes des organismes vivants pour en modifier les propriétés. Ces diverses technologies sont utilisées dans de nombreux secteurs, de la recherche à l’industrie, notamment dans les domaines de l’agriculture et de la santé.

Programme :

Cours magistraux :

- Intérêt du clonage nucléotidique par la technologie Gateway vs clonage traditionnel (2h)

- Production de protéines recombinantes à visée thérapeutique, utilisée en recherche scientifique, ou dans le secteur agro-alimentaire chez différents hôtes (cellules procaryotes et eucaryotes, cellules d’insecte) (4h)

- Transgénèse animale pour la production de protéine recombinante à activité biologique d’intérêt clinique) (1h)

- Technologies liées aux ARNs :

-       Le monde des ARN interférents (siRNA, shRNA, LncRNA, miRNA) et son impact sur le transcriptome ; intérêt de l’utilisation de certains miRNA circulants comme biomarqueurs de l’évolution de certaines pathologies chez l’homme (3h)

-       Vaccins à ARN messager, ARN thérapeutiques (2h)

- Production et modification de cellules immunitaires (exemple de CAR-T (/B/NK) cells) et des cellules souches pluripotentes induites (IPS): des outils pour la recherche et le développement de nouvelles thérapies (médecine régénérative, immunothérapie) (2h)

- Edition de gène : technologie Crispr-Cas9 (2h)

- Analyse spatio-temporelle de l’expression génétique in vivo - détermination spatio-temporelle de l’activation d’un promoteur in vivo et in vitro (1h)

Travaux dirigés :

Construction d’ADN recombinant,

Recherche d'amorces pour la PCR, sous-clonage et ligation, mutagénèse dirigée, transfection stable et transitoire.

Souris ou plantes transgéniques, knock-out, exemples de thérapie génique.

Utilisation de marqueurs polymorphes pour identification génétique.

Méthodes d’étude des interactions ADN-Protéines et tests fonctionnels en transfection

Travaux dirigés :

Construction d’ADN recombinant,

Recherche d'amorces pour la PCR, sous-clonage et ligation, mutagénèse dirigée, transfection stable et transitoire.

Souris ou plantes transgéniques, knock-out, exemples de thérapie génique.

Utilisation de marqueurs polymorphes pour identification génétique.

Méthodes d’étude des interactions ADN-Protéines et tests fonctionnels en transfection

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Cette UE présente les connaissances approfondies des signalisations cellulaires et moléculaires à l’échelle neuronale, gliale et microgliale qui sont impliquées dans le contrôle de la prise alimentaire et du métabolisme. Il s’agit d’appréhender comment les signaux périphériques (externes, mais aussi internes circulants, comme les hormones et les nutriments, et les afférences nerveuses) interviennent en permanence sur la plasticité cérébrale neuro-gliale et microgliale pour permettre une adaptation continue et un comportement adéquat. Ces aspects sont également traités en situation pathologique où ces contrôles sont perturbés (maladies métaboliques et inflammatoires). Différents modèles et techniques spécialisées des neurosciences (optogénétique, pharmacogénétique, imagerie en time laps, lignées cellulaires et animaux modifiés, etc…) sont présentés pour comprendre la recherche actuelle dans ces domaines.

Programme :

Cours magistraux (24h)

- Aspects cellulaires et moléculaires du contrôle métabolique de la prise alimentaire et du métabolisme

-AMP kinase (AMPK) et hypothalamus

-Gluco-récepteurs neuronaux (T1R2, T1R3…), système de récompense catécholaminergique et dopaminergique et leurs interactions avec d’autres noyaux (BPN et noyaux accumbens, amygdale, etc), 

-Points hédoniques dans le cerveau, neurogénèse

- Glucosensing hypothalamique : importance du glucose cérébral : les différents mécanismes cellulaires et moléculaires impliqués (gliaux et neuronaux, « fueling vs. sensing », signalisation mitochondriale, etc…).

- Modulation synaptique et variation de la couverture gliale en fonction du statut hormonal et nutritionnel : les signaux impliqués dans les circuits de commande de la prise alimentaire, et ses dérèglements.

- olfaction et neurogénèse, rôle dans la prise alimentaire

- olfaction et gustation : des signaux cellulaires/moléculaires aux comportements : ce que nous apprend le modèle drosophile.

Travaux dirigés (18h)

Par le biais de différentes approches : ateliers, collecte d’informations, analyse d’articles scientifiques (français/ anglais) pour restituer sous formes d’exposés les points saillants de la recherche dans le domaine des signalisations cérébrales impliquées dans le contrôle de l’équilibre énergétique. 

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Le but de ce module est de donner aux étudiants une connaissance avancée des analyses bioinformatiques nécessaires à tout biologiste : alignement de séquences multiples, annotation génomique, navigateurs de génomes et analyse de la structure tridimensionnelle des protéines. Ce module donne des bases importantes pour tout étudiant désirant poursuivre son cursus par un M2.

Programme :

Cours magistraux :

Annotation génomique et programmes de prédiction de gène

Alignements multiples de séquences biologiques, motifs et domaines protéiques

Bases de données génétiques et projet ENCODE

Structure tridimensionnelle des biomolécules : analyse et prédiction des structures secondaires et tertiaires des protéines

Travaux dirigés :

Apprentissage des logiciels d'annotation génomique

Apprentissage à l’utilisation des serveurs web et logiciels d’alignement multiple de séquence :

Comparaison de séquences et alignements multiples

Les outils de conception et d’analyse des motifs protéiques et de structure 3D

Principe du clonage in silico d'un fragment d'ADN avec logiciel en libre accès

L'outil bioinformatique pour l'analyse de données de PCR quantitative

Travaux pratiques

TP clonage virtuel d'un fragment d'ADN pour réaliser l’expression hétérologue d’une protéine fusionnée à un tag (4h).

TP conception et analyse de motifs protéiques et analyse de structure 3D (4h)

TP d’évaluation des compétences acquises (4h)

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Module transdisciplinaire présentant les bases de l’homéostasie cellulaire et sa dérégulation au cours de l’oncogenèse. Il s'adresse à tout étudiant désirant poursuivre son cursus par un Master dans les domaines ayant trait à la santé et plus particulièrement la cancérologie.

Dans cette UE, seront présentées les anomalies des cellules cancéreuses, les mécanismes moléculaires à l’origine des processus de cancérogenèse ainsi que les aspects physiopathologiques qui les accompagnent. Au travers d’exemples concrets, les procédures technologiques actuellement les plus usitées pour mettre en évidence ces processus seront abordées.

Programme :

Cours magistraux (30h)

Les différentes théories de cancérogenèse, types de tumeurs, classifications, hétérogénéité des tumeurs.

Le processus de cancérogénèse, de croissance et de développement tumoral

Les anomalies de la cellule cancéreuse : marqueurs et cibles théranostiques

Le métabolisme de la cellule cancéreuse : effets Warburg versus effet Pasteur

Le métabolisme énergétique et l’équilibre redox de la cellule cancéreuse

Réponse de la cellule tumorale au stress : voie des dommages à l’ADN et systèmes de réparation, senescence réplicative, les différents types de mort cellulaire.

Echappement immunitaire tumoral

Hémopathies malignes

Cancérogenèse chimio- et viro-induite

Microenvironnement tumoral, transition épithélio-mésenchymateuse, angiogenèse et métastases

Régulation de l’expression génique et épigénétique

Les moyens de prévention et de lutte, risques de cancers et comorbidités associées

Travaux dirigés (3h)

Les modèles cellulaires et animaux en cancérologie, préparation au TP, notion d’adaptation métabolique, analyse d’articles scientifiques en relation avec le cours

Travaux pratiques (12h)

Croissance tumorale « in ovo » : xénogreffes avec modèle CAM, notion de traitement in ovo (chimiothérapie), collecte de tumeurs et caractérisation phénotypique par fluorescence sur animal entier ou sur différents organes prélevés 

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La prise alimentaire est l’une des 4 fonctions physiologiques primaires qui assure la survie de l’individu. Des structures neurobiologiques contrôlent la prise alimentaire via des états de motivation. Il est bien établi que l’intégrité neuro-anatomique de l’hypothalamus (avec ses Centres de la faim et de la satiété), est un élément clés du cerveau végétatif et est nécessaire au parfait déroulement de l’acte alimentaire. L’axe cerveau – intestin et vice versa est impliqué dans la régulation de différents pathologies du comportement alimentaire.

Programme :

Cours magistraux (30h)

-Définir la prise alimentaire ; homéostasie physiologique et comportementale ; rythmicité des prises alimentaires ; facteurs physiologiques de régulations (signaux digestifs etc..)

-Axe hypothalamo-hypophysaire et prise alimentaire ; neurones de 1er et 2ème ordre et leurs réponses aux stimuli et signalisation ;

-Niveaux de réserves (glucostat, aminostat, lipidostat) ; niveau de réserves (ischimètre) ;

- Adipokines & prise alimentaire ; ontogénèse du système hypothalamo-hypophysaire ; ghréline et GH ;

-Alliesthésie ; aversion du comportement alimentaire ; troubles de l'alimentation/étiologie ;

-Conduites addictives alimentaires ; Syndrome de « Pica »

-Pathologies et comportement alimentaire ; stress & comportement alimentaire ; corticothérapie ;

-Régime alimentaire et phénomènes de faim, de rassasiement et de satiété.

Travaux dirigés:

Le but de ces TD est de développer une interaction directe entre l’enseignent et l’élève. Les TD sont réalisés dans une forme d’exposé. Les étudiants présentent, en binômes, les articles des synthèses (français ou anglais), comportant les thèmes de cours. Exemple de thèmes : adipocytes & inflammation ; nouvelles cibles thérapeutiques de la prise pondérale ; anorexies mentales & complications… 

Travaux pratiques

- Effets des corticoïdes sur le comportement alimentaire (test de licking)

 - Effet satiétogène du glucose (ICV) ou d’autres agents tels que l’insuline ou la cholécystokinine chez le rat

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Les processus de signalisation intra- et inter-cellulaires sont au cœur du fonctionnement des organismes et impliquent de nombreux acteurs et mécanismes telles que les interactions moléculaires, les modifications post-traductionnelles, la translocation ou encore la dégradation sélective de protéines. La caractérisation de ces processus est essentielle à la compréhension des mécanismes de communication cellulaire, de la réponse des cellules à leur environnement mais également à l’étude de pathologies et la recherche de solutions thérapeutiques. 

Cours magistraux organisés en deux sous-thèmes :

1) Analyse fine des interactions moléculaires : bases d‘études de modèle structuraux, études des réseaux d’interactions protéines-protéines.

2) Description de processus de signalisation intra- et inter-cellulaire sur la base de données structurales, moléculaires, cellulaires et physiologiques. Des exemples illustrant la diversité des processus de signalisation cellulaire replacés dans des contextes (patho)physiologiques seront traités. Par exemple seront abordés les mécanismes de prolyl-isomérisation, la régulation de l’homéostasie du fer par le système IRP1/IRP2, les régulations post-traductionnelles multiples orientant différentiellement l’activité de facteurs de transcription, les bases signalétiques de la résistance bactérienne aux antibiotiques (…). Chaque cours décrira également les applications thérapeutiques découlant de l’étude de ces processus signalétiques.

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Cette UE d’enseignement présente les avancées technologiques récentes permettant d’appréhender des processus physiologiques et patho-physiologiques à l’échelle cellulaire et moléculaire, dans le respect des principes de bonnes pratiques de laboratoire, d’éthique et de déontologie.  

Cette UE est organisée en cours magistraux présentant les stratégies de manipulations et d’études des gènes et du génome, les outils d’analyse des protéines, diverses techniques analytiques dont l’imagerie cellulaire et les modèles d’études (des modèles cellulaires à la transplantation animale). Les étudiants seront sensibilisés aux règles d’hygiène et la sécurité en laboratoire de biologie, aux notions d’éthique, d’intégrité scientifique et de déontologie en recherche scientifique.  

Les enseignements auront une durée comprise entre 2h et 3h, dispensés en présentiel et distanciel.

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Stage de 6 mois en laboratoire de recherche.

Mémoire bibliographique : chaque étudiant devra répondre à un appel à projet : synthèse bibliographique du projet de recherche qu’il développera lors de son stage et présentation de la stratégie expérimentale envisagée.

 Travail en équipe : à partir d’un article scientifique, les étudiants devront proposer à l’ensemble de la classe une synthèse de travaux de signalisation cellulaire et moléculaire (présentation d’une heure suivit d’une discussion)

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Enseignement d’anglais scientifique et participation à des conférences scientifiques

Enseignement d’Anglais scientifique et présentation orale en anglais du projet de recherche qui sera développé lors du stage de recherche.

Les étudiants seront invités à organiser et assister à des conférences données par des conférenciers locaux ou extérieurs et à des rencontres avec des professionnels scientifique d’entreprises privées issus du réseau des anciens étudiants du master.

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La neurosignalisation est essentielle pour toutes les fonctions du système nerveux, depuis le développement de l’individu jusqu’à la fin de vie. Celle-ci peut être altérée, favorisant alors l’installation de pathologies cérébrales. La neurosignalisation permet à l'organisme de percevoir son environnement immédiat grâce à la détection de molécules chimiques externes, à travers l'olfaction et la gustation notamment, et de percevoir également les variations de son milieu intérieur à travers la détection cérébrale de substances systémiques. Après perception et intégration des signaux dans les réseaux neuronaux spécialisés, le cerveau émet alors une réponse adaptée et ajuste les comportements vitaux pour l’individu (alimentaires, sociaux et reproductifs).

Travaux dirigés (36h)

Thématiques abordées : olfaction, gustation, évènements péri-récepteurs, neurosignalisation rétinienne, réseaux neuronaux, intégration nerveuse,  communications cellulaires  (neurone/neurone, neurone/cellules gliales), brain sensing, développement du système nerveux, comportement.

Les thématiques seront animées de différentes façons : Analyse d'articles par les étudiants pour faire une synthèse sur un point fondamental de la thématique, cours inversés, ateliers avec restitution orale des étudiants, ateliers sur ordinateurs (exercices pratiques), ateliers semi-pratiques (présentation en situation de techniques utilisées en neuro-signalisation, analyses de résultats, synthèse).

 Les enseignements auront une durée comprise entre 2h et 4h, dispensés en mode présentiel, distanciel ou comodal.

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Notion d’immunologie comparée et aspects évolutifs du système immunitaire ; Immuno-pathologie et immunothérapie.

Thèmes abordés : Le système immunitaire dans différents organismes multicellulaires ; maladies inflammatoires et auto-immunes ; thérapeutiques vaccinales et immunothérapies ; immunité anti-infectieuse.

Chaque thème sera abordé sur 1 journée avec 3h de CM puis 3h de TD (analyse d'article, classe inversée, utilisation des outils de pédagogie numérique...). Conférences et débat sur des thèmes d'actualités en lien avec la clinique et l'industrie (4h).

 Les enseignements seront dispensés en mode comodal.

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Les enjeux de la recherche en cancérologie, les outils diagnostiques et thérapeutiques.

Thèmes abordés : Les enjeux de la recherche en cancérologie ; la recherche transversale en cancérologie ; Registres et bases de données en cancérologie et outils d’analyse ; Dissémination métastatique ; Hétérogénéité des tumeurs : analyse et frein thérapeutique ; Micro-environnement tumoral ; Onco-immunologie ; Thérapie ciblée ; Vectorisation : apporter les médicaments au cœur de la tumeur ; adaptation métabolique des cellules tumorales.

Les thématiques seront abordés lors de cours magistraux, cours inversés, analyse d'articles et tables rondes.

 Les enseignements seront dispensés en distanciel, présentiel ou mode comodal.

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Suite à des interactions biotiques (pathogènes ou bénéfiques) ou abiotiques, des voies de signalisation finement régulées se mettent en place au sein des cellules végétales et entre cellules. Cette UE vise à la compréhension de ces voies de signalisation, à différentes échelles d’étude : de l’organisme aux molécules. 

Cours magistraux (30h)

Les acteurs de l’immunité végétale (2h)

Signalisation de stress abiotiques et interactions plantes-microorganismes (2h)

Signalisation entre et intra- cellules (2h)

Signalisation brassinostéroïdes (2h)

Résistance systémique acquise (2h)

ETI et PTI (2h)

Régulation de l’activité membranaire (2h)

 Neuro-signalisation végétale (2h)

 Signalisation nucléaire (2h)

Homéostasie protéique (2h)

 Mycorhizes (2h)

Régulation du métabolisme du soufre (2h)

Homéostasie du fer (2h)

Signalisation Redox (2h)

Travaux dirigés (6h)

Préparation des TPs et analyse des résultats

ravaux pratiques (14h)

TP Microscopie membrane (3h)

TP Electrophysiologie végétale (4h)

TP signalisation stress biotique (tabac-cryptogéine, observation macroscopique et WB MAPK phosphorylées, 7h)

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Les lipides jouent des rôles fonctionnels importants dans l’organisme, et sont particulièrement impliqués dans certaines physiopathologies - anomalies ou maladies qui peuvent affecter le fonctionnement normal de l’organisme-. Les nutriments lipidiques peuvent être fortement impliqués dans la prévention ou le traitement de maladies métaboliques telles que l'hypercholestérolémie, l'athérosclérose, l'obésité, le diabète de type 2, les maladies dégénératives , ainsi que de certaines formes de cancer. Divers aspects des interactions entre les lipides, leur signalisation et ces diverses pathologies seront abordés.

Cours Magistraux (24h)

Thématiques abordées : métabolisme des acides gras ; impact des lipides sur les maladies cardiométaboliques, les pathologies oculaires. Acides gras et cancer. Signalisation lipidique.

Ces thématiques seront abordées essentiellement par des conférences de spécialistes, et au travers d’analyse d’articles scientifiques.

Les enseignements auront une durée de 2h, dispensés en présentiel et distanciel.

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Stage de 6 mois en laboratoire de recherche dans un laboratoire de recherche.  

Mise en situation professionnelle : L’étudiant se verra confier un projet de recherche sur l’étude de la signalisation cellulaire et moléculaire. Il devra mettre en œuvre de façon autonome les expériences proposées dans le respect des bonnes pratiques de laboratoire.

 Les résultats seront restitués dans un rapport de stage présenté sous forme d’un article scientifique et lors d’une présentation orale.

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La connaissance de l’entreprise comporte un focus sur le créateur d’entreprise suivi d’une présentation du processus de création d’entreprise innovante sur les volets modèle économique, technique, juridique, économique et financier. La présentation d’un modèle « ouvert » du fonctionnement de l’entreprise est assurée à travers l’exemple de l’écosystème régional, national et européen d’appui juridique, technique, financier… en faveur de la création et du développement de l’entreprise. Des séminaires de cadres en entreprises ou en laboratoires de recherche traiteront de différents contextes professionnels ou d’études complexes, parfois imprévisibles qui nécessitent des approches stratégiques nouvelles et une grande adaptabilité. Des visites d’entreprises dans le domaine des biotechnologies, de la santé et de la nutrition permettront de découvrir différents types d’entreprises du tissu socio-économique régional. L'anglais est un outil indispensable pour la communication scientifique. Ce module d’anglais vise à améliorer les capacités à comprendre et à communiquer des informations scientifiques. Les techniques permettant une communication orale claire et efficace en anglais seront travaillées.

Programme :

Cours magistraux

Le porteur du projet + le processus de création d’entreprise (analyse de l’environnement, construction d’une stratégie, montage juridique, formalités de création)

Focus sur les entreprises à fort potentiel de croissance (Start-up), présentation d’exemples régionaux

Présentation de l’écosystème de la start-up

Présentation de l’Europe de la recherche et de l’innovation

Travaux dirigés :

Lecture et synthèse d'articles de recherche et de vulgarisation en anglais

Rappel de lexique et de grammaire permettant de communiquer des informations scientifiques en anglais

Séminaires portant sur des études de cas en entreprises ou en laboratoire de recherche

Répartition des visites d’entreprises

Travaux pratiques :

Entraînement à la présentation orale d'informations scientifiques en anglais devant un groupe. Les techniques pour optimiser la communication orale

Visites d’entreprises en petits groupes d’étudiants

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Le but de ce module est de donner aux étudiants les connaissances théoriques et pratiques des outils et méthodes permettant l’étude de différentes molécules (protéines, acides nucléiques, seconds messagers…) dans un contexte biologique donné (stress oxydant, apoptose, signalisation…). Il donne des bases importantes pour participer à la conception et la réalisation d’études ou d’expériences scientifiques visant à identifier des mécanismes sous-jacents de processus physiologiques et/ou pathologiques chez l’homme ou l’animal

Programme :

Cours magistraux (16 h) :

1- Les ondes électromagnétiques (4h) - Spectroscopie UV, visible, Infrarouge - mécanismes de l’absorption, de l’émission - les chromophores intrinsèques, extrinsèques – Applications : dosages spectrophotométriques UV, visible. 2- La fluorescence (7h) Principes - spectres d’excitation, d’émission - les fluorophores intrinsèques, extrinsèques - transfert de fluorescence - Applications: utilisation de sondes fluorescentes pour - le dosage du calcium libre intracellulaire (sondes Indo, Fura, aequorine, caméléons), -la localisation subcellulaire des protéines par fusion à la GFP, -l’expression de gènes rapporteurs en utilisant différents types de protéines fluorescentes ou luminescentes, -les interactions protéine/protéine (techniques FRET et BRET), -la détection de processus apoptotiques -la mesure de la fluidité membranaire (FRAP) 3- La radioactivité (3h) - les radionucléides et les différentes émissions radioactives - les processus de désintégration, la décroissance radioactive - exemples d’utilisation de radioisotopes en biologie (compteur à scintillation, autoradiographie et phosphorimager) 4- La PCR quantitative en temps réel (q-RT-PCR, 2h).

Travaux dirigés :

Exercices d’application aux techniques d’HPLC, à la microscopie confocale (variants de la GFP et dérivés), à la spectrophotométrie, la spectrofluorimétrie et la radioactivité.

Travaux pratiques

Thèmes abordés en fonction de la pré-orientation M2 choisie : travaux pratiques permettant d'utiliser des techniques appliquées à la physiologie animale et à la biochimie, biologie cellulaire et moléculaire.

Etude des spectres de différents chromophores - Biotinylation de protéines et dosage/détection de la biotine par spectrofluorimétrie et chimioluminescence - Recherche des conditions optimales de séparation par HPLC de petites molécules biologiques – Microscopie à fluorescence.

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 Le management de projet se définit comme l’activité permettant de faire fonctionner ensemble la conception et l’exécution d’un objectif à atteindre, pour obtenir le résultat attendu sous des contraintes de délais, d’objectifs, de ressources. Pour ce faire, les organismes structurent leur organisation et adaptent leurs règles de fonctionnement à partir et autour des projets à réaliser. » Cette approche en mode projet implique alors de repenser le fonctionnement de l’entreprise en « mode projet » notamment en termes d’agilité et de structuration. Cette UE comporte 3 types d’enseignements : Management de Projet (MP), Design d’expériences et Biostatistiques (DEB), Management de projet expérimental et/ou de communication scientifique (MPECS). Mise au point d’une expérience pilote ou mise en place d’une action de communication scientifique et session poster.

Programme :

Cours magistraux :

Lignes directrices pour la conception d’un projet expérimental et/ou d’une action de communication scientifique (MPECS)

Les évolutions de la notion de gestion de projet prenant en compte les exigences actuelles d’agilité de réactivité (MP)

Les étapes liées à la gestion de projet (conception, planification, réalisation, terminaison) avec présentation d’outils associés (PERT, GANTT, QQOQCCP…) + organisation RH associée en logique projet  (MP)

Le concept d’innovation et les spécificités liées à la gestion d’un projet d’innovation (focus sur les outils de créativité (5M, Design thinking…)  (MP)

Biostatistiques : principaux tests utilisés en sciences expérimentales. Présentation et prise en main de R (DEB,)

Travaux dirigés :

Projet 1 : Préparation et organisation d’une visite d’entreprise par les étudiants dans une logique gestion de projet. Les étudiants (groupe de 4-10 étudiants) gèrent la collecte d’informations sur l’entreprise/son secteur d’activité et assurent la préparation de la visite d’entreprise. Le recours à des outils type QQOQCCP présenté en CM est préconisé. Restitution des visites d’entreprises  (MP)

Projet 2 : Conception d’un projet expérimental (type séance de travaux pratiques) et/ou d’une action de communication scientifique (incluant Biostats) (MPECS + DEB)

Travaux pratiques :

Management d’un projet expérimental et/ou d’une action de communication scientifique (MPECS)

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La génomique est consacrée aux techniques d'étude du génome entier, l’analyse transcriptomique aux techniques d'analyse d'ARNm et du niveau d'expression des gènes dans un tissu. La protéomique se concentre sur la composition des protéines dans un tissu et la métabolomique étudie les produits métaboliques. La plupart de ces facettes sont abordées tant d’un point de vue théorique que pratique au cours de cet UE. L’intelligence artificielle apparait comme un outil d’aide à la décision quant on traite de « big data ». Des exemples de sa pertinence dans ce cadre-là seront proposés.

Programme :

Cours magistraux :

- Génomique : nouvelles techniques de séquençage à haut débit, détection de polymorphismes, diagnostic moléculaire des maladies

- Analyse de transcriptomique : de l'échantillon à l'analyse des données

- Protéomique : Spectrométrie de masse, électrophorèse 2-D, identification à grande échelle des protéines et de leurs modifications post-traductionnelles, protéomique quantitative

- Puces à protéine, Interactomique et Métabolomique

- Introduction à l’intelligence artificielle et ses applications dans le domaine de la Biologie Santé

-Les techniques d’immunoprécipitation de chromatine, de Re-Chip, de DNA Chip-Seq

-La lipidomique à travers la quantification d’un lipide emblématique du choc septique : le LPS

Travaux dirigés :

Analyse d’articles scientifiques (en petit groupe de 2 à 4 étudiants) traitant de méthodes de screening à haut débit et restitution à l’oral (présentation) de l’essentiel du message à retenir.

Analyse de métadonnées protéomiques et transcriptomiques par des logiciels informatiques ad hoc

Travaux pratiques :

Analyse de profils de modifications post-traductionnelles (degré d’acétylation en fonction de différents traitements dont la Trichostatine A) des protéines cellulaires (histones et non-histones) par western-blot utilisant un anticorps primaire de révélation Pan-Lysine acétylées. 

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Les processus de signalisation intra- et inter-cellulaires sont au cœur du fonctionnement des organismes et impliquent de nombreux acteurs et mécanismes, telles que les interactions moléculaires, les modifications post-traductionnelles, la translocation ou encore la dégradation sélective de protéines. Ces connaissances sont essentielles à la compréhension fine des processus physiologiques comme pathophysiologiques abordés lors du second semestre de M1 en M2 Biologie Santé.

Programme :

Cours magistraux

- Introduction présentant les liens d’interdépendance qui existent entre l’environnement extracellulaire, la surface cellulaire et la signalisation intracellulaire et les conséquences qui en découlent telles que la différenciation et la mort cellulaire.

- Les récepteurs membranaires : classification, mise en évidence et critères d’identification, techniques de mesure des affinités ligands-récepteurs, mécanismes d’activation et de désensibilisation.

- L’environnement membranaire : fluidité membranaire et microdomaines lipidiques.

- Les différents types de signaux : hormones et autres molécules informatives.

- Les seconds messagers : AMPc, calcium, monoxyde d’azote, formes réactives de l’oxygène et de l’azote, médiateurs lipidiques et leurs cibles cellulaires.

- Les éléments des voies de transduction : protéines G, phospholipases, protéines kinases et phosphatases, guanylate cyclase ; exemples de transduction du signal chez les mammifères et chez les plantes.

- Signalisation et prolifération/mort cellulaire, contrôle du cycle cellulaire et adhérence cellulaire.

Travaux dirigés :

Exercices relatifs aux cours, à la préparation et à l’exploitation des données des travaux pratiques.

Travaux pratiques :

Etude de voies de signalisation moléculaires et cellulaires déclenchées par des stress biotiques ou abiotiques dans des lignées cellulaires animales: culture cellulaire, imagerie cellulaire par immunofluorescence, fractionnement subcellulaire et immunoblotting, cytométrie en flux, analyse des métabolites par HPLC.

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Le stage permet à l’étudiant d’approcher le monde professionnel dans un laboratoire public (CNRS, INSERM, INRAE, CHU, ou associés) ou privé (laboratoire de recherche et développement de l’industrie pharmaceutique, l’industrie agro-alimentaire ou autre).  Au cours de ce stage d’initiation, l’étudiant devra appliquer ses connaissances en participant à la réalisation d’une mission en relation avec ses objectifs de Master 2.  L'anglais comme outil d'insertion professionnelle. Cette UE vise à vous apprendre des compétences spécifiques en anglais qui pourraient s'avérer utiles à l'approche de l'entrée dans la vie active.

Le stage d’une durée de huit semaines est effectué en début d’année civile (Janvier et Février).

Le site de stage se situe en entreprise ou laboratoire de recherche (privé ou public) en France ou à l’étranger dans le domaine général des Sciences de la Vie (fondamentales ou appliquées).

Le stage fait l’objet d’une convention entre l’université de Bourgogne et l’entreprise ou laboratoire d’accueil de l’étudiant. La recherche de stage doit être faite par l’étudiant le plus tôt possible. Il s’agit d’une procédure individuelle nécessitant de préparer un CV, une lettre de motivation, un entretien…

Une aide et des renseignements pourront être obtenus par l’étudiant auprès du tuteur de l’équipe pédagogique.

Le stage fait l’objet d’un rapport écrit de vingt pages qui doit respecter les modalités de la fiche d’instructions fournie par l’enseignant responsable des stages. Le rapport en deux exemplaires doit être remis dans les délais impartis.

Préparation et passage d'un entretien en anglais : parler de soi et de ses expériences de façon à se mettre en valeur.

Rédiger un mail professionnelle.

Vocabulaire et grammaire utiles pour le CV et pour un entretien en anglais.

Par ailleurs, chaque étudiant devra faire une soutenance orale de son stage devant un jury composé de membres de l’équipe pédagogique du master. Cette soutenance est publique sauf avis de confidentialité. Après les soutenances orales, le jury attribuera à chaque étudiant une note définitive tenant compte de l’ensemble du travail de l’étudiant (rapport écrit, rapport bibliographique, oral, réponses aux questions du jury, appréciation du maître de stage).

 Rédiger un CV et une lettre de motivation en anglais.

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L’immunologie est la partie de la Biologie qui concerne l’étude des mécanismes de défense de notre organisme contre des agents étrangers ou dangereux pour notre organisme, comme des organismes pathogènes ou cellules tumorales. Ce module a comme but de traiter les mécanismes de pathologies infectieuses, le cancer ou les maladies auto-immunes, comprendre les réponses immunitaires liées et présenter des immunothérapies, prophylaxies ou diagnostics basés sur ces connaissances.

Cours magistraux :

Rappels des bases

Réponse humorale

Design d’anticorps et anticorps thérapeutiques et applications

Cellules dendritiques et applications

Virus, tropisme cellulaire : HIIV, influenza, coronavirus et développement de vaccins (atténué, inactivé, à sous-unité, à ADN/ARN, et les adjuvants)

Immunothérapies de maladies auto-immunes

Relations système immunitaire et cancer : réponses anticancer, échappement tumoral, immunothérapies ciblées (TIL, anticorps thérapeutiques, CAR T/NK cells)

Travaux dirigés :

-Préparation et correction d'exercices réalisés à partir d'articles scientifiques, sur des thèmes variés (vaccination, immuno-oncologie, bioingénierie des anticorps,..)- Rappels et précisions sur les modèles expérimentaux, techniques cellulaires, moléculaires, omiques utilisées. 

-Présentations autour de différents thèmes d’actualité d’articles récents de la littérature scientifique. Chaque étudiant présente des résultats expérimentaux d’un article, la démarche scientifique, le protocole mis en place, l’analyse des résultats et leur interprétation au sein des données de la littérature, un débat est proposé à la suite des exposés.

-Présentation des pipelines de biochtechs françaises et internationales

Travaux pratiques :

Etude de cellules de l’immunité et de lignées tumorales

Préparation et caractérisation des sous-populations cellulaires immunitaires chez la souris. Activation de cellules immunitaires et induction de la mort cellulaire de cellules tumorales. Analyse par cytométrie en flux. Phénotypage.

Mise en évidence de l’effet immuno-modulateur de la chimiothérapie.

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Avec l’essor actuel du génie génétique, les biotechnologies permettent d’intervenir directement sur les gènes des organismes vivants pour en modifier les propriétés. Ces diverses technologies sont utilisées dans de nombreux secteurs, de la recherche à l’industrie, notamment dans les domaines de l’agriculture et de la santé.

Programme :

Cours magistraux :

- Intérêt du clonage nucléotidique par la technologie Gateway vs clonage traditionnel (2h)

- Production de protéines recombinantes à visée thérapeutique, utilisée en recherche scientifique, ou dans le secteur agro-alimentaire chez différents hôtes (cellules procaryotes et eucaryotes, cellules d’insecte) (4h)

- Transgénèse animale pour la production de protéine recombinante à activité biologique d’intérêt clinique) (1h)

- Technologies liées aux ARNs :

-       Le monde des ARN interférents (siRNA, shRNA, LncRNA, miRNA) et son impact sur le transcriptome ; intérêt de l’utilisation de certains miRNA circulants comme biomarqueurs de l’évolution de certaines pathologies chez l’homme (3h)

-       Vaccins à ARN messager, ARN thérapeutiques (2h)

- Production et modification de cellules immunitaires (exemple de CAR-T (/B/NK) cells) et des cellules souches pluripotentes induites (IPS): des outils pour la recherche et le développement de nouvelles thérapies (médecine régénérative, immunothérapie) (2h)

- Edition de gène : technologie Crispr-Cas9 (2h)

- Analyse spatio-temporelle de l’expression génétique in vivo - détermination spatio-temporelle de l’activation d’un promoteur in vivo et in vitro (1h)

Travaux dirigés :

Construction d’ADN recombinant,

Recherche d'amorces pour la PCR, sous-clonage et ligation, mutagénèse dirigée, transfection stable et transitoire.

Souris ou plantes transgéniques, knock-out, exemples de thérapie génique.

Utilisation de marqueurs polymorphes pour identification génétique.

Méthodes d’étude des interactions ADN-Protéines et tests fonctionnels en transfection

Travaux dirigés :

Construction d’ADN recombinant,

Recherche d'amorces pour la PCR, sous-clonage et ligation, mutagénèse dirigée, transfection stable et transitoire.

Souris ou plantes transgéniques, knock-out, exemples de thérapie génique.

Utilisation de marqueurs polymorphes pour identification génétique.

Méthodes d’étude des interactions ADN-Protéines et tests fonctionnels en transfection

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L’objectif de ce module est d’apporter aux étudiants des connaissances et des compétences dans le domaine des biothérapies et de la dimension industrielle de la bioproduction de médicaments innovants, mais aussi des tests de ces biomédicaments par la recherche clinique. Le domaine des dispositifs médicaux sera présenté avec ses aspects réglementaires. Enfin, un focus sera mis sur l’utilisation de l’intelligence artificielle en santé et ses évolutions futures en lien avec la médecine personnalisée.

Programme :

Cours magistraux :

Biothérapie – Biomédicaments innovants

Bioproduction : Systèmes de production Preuves de concept, Essais pilotes, mise en Production – Scale‑up

Utilisation des cellules végétales/plantes transgéniques pour la production de molécules d'intérêt pharmaceutique

Recherche Clinique (présentation, réglementation, les métiers…)

Dispositifs médicaux (présentation, réglementation)

Intelligence Artificielle en santé – Médecine personnalisée

Travaux dirigés :

Application de l’utilisation des cellules végétales /plantes transgéniques en bioproduction.

Intelligence artificielle : applications dans le domaine de la santé

Recherche clinique

Visites de sites de production de molécules d’intérêt thérapeutique

Travaux pratiques : Application de l’un des thèmes vu en CM et TD

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Module transdisciplinaire présentant les bases de l’homéostasie cellulaire et sa dérégulation au cours de l’oncogenèse. Il s'adresse à tout étudiant désirant poursuivre son cursus par un Master dans les domaines ayant trait à la santé et plus particulièrement la cancérologie.

Dans cette UE, seront présentées les anomalies des cellules cancéreuses, les mécanismes moléculaires à l’origine des processus de cancérogenèse ainsi que les aspects physiopathologiques qui les accompagnent. Au travers d’exemples concrets, les procédures technologiques actuellement les plus usitées pour mettre en évidence ces processus seront abordées.

Programme :

Cours magistraux (30h)

Les différentes théories de cancérogenèse, types de tumeurs, classifications, hétérogénéité des tumeurs.

Le processus de cancérogénèse, de croissance et de développement tumoral

Les anomalies de la cellule cancéreuse : marqueurs et cibles théranostiques

Le métabolisme de la cellule cancéreuse : effets Warburg versus effet Pasteur

Le métabolisme énergétique et l’équilibre redox de la cellule cancéreuse

Réponse de la cellule tumorale au stress : voie des dommages à l’ADN et systèmes de réparation, senescence réplicative, les différents types de mort cellulaire.

Echappement immunitaire tumoral

Hémopathies malignes

Cancérogenèse chimio- et viro-induite

Microenvironnement tumoral, transition épithélio-mésenchymateuse, angiogenèse et métastases

Régulation de l’expression génique et épigénétique

Les moyens de prévention et de lutte, risques de cancers et comorbidités associées

Travaux dirigés (3h)

Les modèles cellulaires et animaux en cancérologie, préparation au TP, notion d’adaptation métabolique, analyse d’articles scientifiques en relation avec le cours

Travaux pratiques (12h)

Croissance tumorale « in ovo » : xénogreffes avec modèle CAM, notion de traitement in ovo (chimiothérapie), collecte de tumeurs et caractérisation phénotypique par fluorescence sur animal entier ou sur différents organes prélevés 

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Dans ce module de Pharmacologie Moléculaire et Pharmacothérapie (PMP sont abordés très succinctement des rappels de pharmacologie et pharmacocinétiques élémentaires pour ensuite abordés de manière exhaustive la pharmacodynamie et les cibles cellulaires et moléculaires. Une attention particulière sera apportée aux différents type d’études cliniques (phases I, II, III et 4) ainsi qu’à la législation qui en découle.

Des personnalités reconnues dans leur domaine aborderont des sujets d’actualité tel que la perturbation endocrinienne, l’immunosuppression, l’obésité, l’oncologie en lien avec les dernières avancées en pharmacothérapie.

Une part importante du module sera consacrée au TP sous la forme d’un mini-stage sur l’étude des mécanismes moléculaires et des potentiels effets synergiques de drogues pharmaceutiques.

Programme :

Cours magistraux :

Dans ce module sont abordés plus précisément :

- les notions de création d’un médicament

- les relations structures activités

- la pharmacocinétique des médicaments et leur métabolisme

- la pharmacodynamie et les cibles thérapeutiques cellulaires et moléculaires

- les études cliniques de phase I, II, II et de pharmacovigilance

- Perturbation endocrinienne : effet dose et mode d’action

- pharmacothérapie et les immunosuppresseurs

- pharmacothérapie et les pathologies métaboliques

- pharmacothérapie et les pathologies dégénératives

- pharmacologie et oncologie

Travaux dirigés :

- projet tuteurés et analyse d’articles dans le domaine des pharmacothérapies.

Travaux pratiques :

- Utilisation de logiciel dédiée à la mesure de paramètres pharmacologiques

- Mise en pratique de la détermination d’effets de drogues à visée thérapeutique

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Module ayant pour but de fournir à l'étudiant des connaissances théoriques et méthodologiques approfondies nécessaires à la compréhension de l’Hématopoïèse Normale et Pathologique, y compris l’origine et la fonction des cellules immunitaires, mais aussi des techniques d’étude en hématologie et leucémogenèse. Il doit lui permettre de connaître les grandes voies de recherche explorées actuellement.

Il doit être conçu comme une initiation à la recherche et s'adresse à tout étudiant désirant poursuivre son cursus par un Master 2, puis éventuellement une thèse, dans les domaines ayant trait à la santé et plus particulièrement en rapport avec l'hématologie et l’immunologie.

Dans cette UE, seront présentés l’hématopoïèse normale, la biologie et les propriétés des cellules souches hématopoïétiques, l’origine, les propriétés et les fonctions des cellules des lignées lymphocytaire, monocytaire, granulocytaire, mégacaryocytaire et érythroblastique, les mécanismes moléculaires à l’origine de la genèse des cellules immunitaires, ainsi que certaines hémopathies bénignes et malignes. Au travers d’exemples concrets, les procédures technologiques actuellement les plus usitées pour mettre en évidence ces processus seront abordées.

Les CM se déroulent en présentiel les jeudis après-midi à l’UFR Sciences de Santé de Dijon, en projection différée ou E-learning en fonction des contraintes d’emploi du temps des étudiants.

Ils sont donnés par des spécialistes des domaines de recherche concernés. Les cours sont de type cours magistraux sur support PowerPoint. Pour les enseignements en présentiel, le petit nombre d’étudiants doit permettre l’interactivité autant que possible durant l’enseignement.

Programme :

Cours magistraux (27h)

• Présentation générale de l’hématopoïèse
• Ontogénie de l’hématopoïèse
• Cellules souches hématopoïétiques
• Micro-environnement médullaire et niche des cellules souches hématopoïétiques
• La lignée granulocytaire : Voie de différenciation granulocytaire, Propriétés et fonctions des polynucléaires
• La lignée lymphocytaire : la différenciation lymphocytaire B, la différenciation lymphocytaire T et NK
• La lignée monocytaire : La voie de différenciation monocytaire, Macrophages : différenciation et fonctions, Les cellules dendritiques : origine et fonctions
• La lignée mégacaryocytaire : La voie de différenciation mégacaryocytaire, Les plaquettes : fonction et activation
• La lignée érythroblastique : la voie de différenciation érythroïde, le globule rouge : structure et fonctions, hémoglobine : génétique, structure et fonction, le métabolisme du fer
• Introduction aux hémopathies bénignes et malignes
• Modèles murins et techniques de biologie appliquée à la recherche en hématologie normale et pathologique
• Métabolisme et hématopoïèse normale et tumorale
•  Microenvironnement tumoral

Travaux dirigés (3h) 

• Analyse d’articles scientifiques en relation avec le cours

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Module transdisciplinaire ayant pour but de fournir à l'étudiant des connaissances théoriques et méthodologiques approfondies nécessaires à la compréhension de la cancérogénèse, des maladies cancéreuses et de leur traitement, mais aussi à celle des techniques d’étude en biologie des tumeurs. Il doit lui permettre de connaître les grandes voies de recherche explorées actuellement.

Il doit être conçu comme une initiation à la recherche et s'adresse à tout étudiant désirant poursuivre son cursus par un Master 2, puis éventuellement une thèse, dans les domaines ayant trait à la santé et plus particulièrement en rapport avec la cancérologie, l’immunologie des tumeurs ou l'hématologie.

Les CM se déroulent en séances en présentiel les jeudis après-midi à l’UFR Sciences de Santé de Dijon, en projection différée ou E-learning en fonction des contraintes d’emploi du temps des étudiants.

Ils sont donnés par des spécialistes des domaines de recherche concernés. Les cours sont de type cours magistraux sur support PowerPoint. Pour les enseignements en présentiel, le petit nombre d’étudiants doit permettre l’interactivité autant que possible durant l’enseignement.

Programme :

Cours magistraux (30h)

• Introduction à la cancérologie Moderne
• Méthodologie en Biologie cellulaire et moléculaire
• Méthodes morphologiques et moléculaires d'analyse des tissus en cancérologie : diagnostic à la prédiction
• Oncogénétique, prédisposition au cancer, principales anomalies prédisposant au cancer
• Anatomie et biologie de la réponse immunitaire
• Angiogenèse tumorale : physiopathologie moléculaire et ciblage thérapeutique
• Cancer, virus, inflammation et pollution
• Techniques d’analyses de la réponse immunitaire antitumorale
• Stratégies d’immunothérapie en cancérologie (ICIs, vaccin, CAR-T)
• Résistance primaire et secondaire à l’immunothérapie
• Le processus métastatique : aspects biologiques et conséquences thérapeutiques
• Approches génétiques à haut débit
• Traiter de façon plus adaptée grâce à la biologie : exemple du cancer du sein : De l’anatomopathologie à la théranostique
• Bases moléculaires de l’action des radiations ionisantes. Grands principes thérapeutiques
• Combinaisons thérapeutiques et sensibilisation des cancers à l’immunothérapie

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Ces cours apporteront aux étudiants les connaissances permettant de comprendre le rôle du système immunitaire dans le contrôle de l'apparition, la progression et la régression tumorale. Une description très fine des différents acteurs moléculaires et cellulaires est abordée. Les orateurs aborderont également les données scientifiques les plus récentes sur les différentes immunothérapies utilisées dans les traitements de différents types de cancer chez l'Homme. Il doit être conçu comme une initiation à la recherche et s'adresse à tout étudiant désirant poursuivre son cursus par un Master 2, puis éventuellement une thèse, dans les domaines ayant trait à la santé et plus particulièrement en rapport avec la cancérologie et l’immunologie des tumeurs.

Les enseignements se déroulent en présentiel sur une semaine en continu à l’UFR Sciences de Santé de Dijon, en projection différée ou E-learning en fonction des contraintes d’emploi du temps des étudiants.

Ils sont donnés par des spécialistes des domaines de recherche concernés. Les cours sont de type cours magistraux sur support PowerPoint. Pour les enseignements en présentiel, le petit nombre d’étudiants doit permettre l’interactivité autant que possible durant l’enseignement. 

Programme :

Cours magistraux (28h)

• Les antigènes tumoraux et leur présentation
• Activation lymphocytaire et tolérance
• Rôles des lymphocytes T CD4 dans l’immunité adaptative
• Cytokines : immunité, inflammation et cancer
• Facteurs immunosuppresseurs
• Macrophages et réponse anti-tumorale
• Cellules dendritiques et réponse immunitaire anti-tumorale
• Thérapie cellulaire
• Cellules NK : fonctions anti-tumorales in vitro et in vivo
• Analyse du paysage immunitaire dans les tumeurs
• Les neutrophiles et la réponse immunitaire anti-tumorale
• Cellules myéloïdes immunosuppressives
• Immunothérapie non spécifique
• Vaccination et cancer
• Utilisation des anticorps monoclonaux pour le traitement des cancers

Travaux dirigés (2h) 

• Analyse d’articles scientifiques en relation avec le cours.

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