Parcours Interactions immunitaires et ingénierie cellulaire

La connaissance de l’entreprise comporte un focus sur le créateur d’entreprise suivi d’une présentation du processus de création d’entreprise innovante sur les volets modèle économique, technique, juridique, économique et financier. La présentation d’un modèle « ouvert » du fonctionnement de l’entreprise est assurée à travers l’exemple de l’écosystème régional, national et européen d’appui juridique, technique, financier… en faveur de la création et du développement de l’entreprise. Des séminaires de cadres en entreprises ou en laboratoires de recherche traiteront de différents contextes professionnels ou d’études complexes, parfois imprévisibles qui nécessitent des approches stratégiques nouvelles et une grande adaptabilité. Des visites d’entreprises dans le domaine des biotechnologies, de la santé et de la nutrition permettront de découvrir différents types d’entreprises du tissu socio-économique régional. L'anglais est un outil indispensable pour la communication scientifique. Ce module d’anglais vise à améliorer les capacités à comprendre et à communiquer des informations scientifiques. Les techniques permettant une communication orale claire et efficace en anglais seront travaillées.

Programme :

Cours magistraux

Le porteur du projet + le processus de création d’entreprise (analyse de l’environnement, construction d’une stratégie, montage juridique, formalités de création)

Focus sur les entreprises à fort potentiel de croissance (Start-up), présentation d’exemples régionaux

Présentation de l’écosystème de la start-up

Présentation de l’Europe de la recherche et de l’innovation

Travaux dirigés :

Lecture et synthèse d'articles de recherche et de vulgarisation en anglais

Rappel de lexique et de grammaire permettant de communiquer des informations scientifiques en anglais

Séminaires portant sur des études de cas en entreprises ou en laboratoire de recherche

Répartition des visites d’entreprises

Travaux pratiques :

Entraînement à la présentation orale d'informations scientifiques en anglais devant un groupe. Les techniques pour optimiser la communication orale

Visites d’entreprises en petits groupes d’étudiants

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La connaissance de l’entreprise comporte un focus sur le créateur d’entreprise suivi d’une présentation du processus de création d’entreprise innovante sur les volets modèle économique, technique, juridique, économique et financier. La présentation d’un modèle « ouvert » du fonctionnement de l’entreprise est assurée à travers l’exemple de l’écosystème régional, national et européen d’appui juridique, technique, financier… en faveur de la création et du développement de l’entreprise. Des séminaires de cadres en entreprises ou en laboratoires de recherche traiteront de différents contextes professionnels ou d’études complexes, parfois imprévisibles qui nécessitent des approches stratégiques nouvelles et une grande adaptabilité. Des visites d’entreprises dans le domaine des biotechnologies, de la santé et de la nutrition permettront de découvrir différents types d’entreprises du tissu socio-économique régional. L'anglais est un outil indispensable pour la communication scientifique. Ce module d’anglais vise à améliorer les capacités à comprendre et à communiquer des informations scientifiques. Les techniques permettant une communication orale claire et efficace en anglais seront travaillées.

Programme :

Cours magistraux

Le porteur du projet + le processus de création d’entreprise (analyse de l’environnement, construction d’une stratégie, montage juridique, formalités de création)

Focus sur les entreprises à fort potentiel de croissance (Start-up), présentation d’exemples régionaux

Présentation de l’écosystème de la start-up

Présentation de l’Europe de la recherche et de l’innovation

Travaux dirigés :

Lecture et synthèse d'articles de recherche et de vulgarisation en anglais

Rappel de lexique et de grammaire permettant de communiquer des informations scientifiques en anglais

Séminaires portant sur des études de cas en entreprises ou en laboratoire de recherche

Répartition des visites d’entreprises

Travaux pratiques :

Entraînement à la présentation orale d'informations scientifiques en anglais devant un groupe. Les techniques pour optimiser la communication orale

Visites d’entreprises en petits groupes d’étudiants

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La connaissance de l’entreprise comporte un focus sur le créateur d’entreprise suivi d’une présentation du processus de création d’entreprise innovante sur les volets modèle économique, technique, juridique, économique et financier. La présentation d’un modèle « ouvert » du fonctionnement de l’entreprise est assurée à travers l’exemple de l’écosystème régional, national et européen d’appui juridique, technique, financier… en faveur de la création et du développement de l’entreprise. Des séminaires de cadres en entreprises ou en laboratoires de recherche traiteront de différents contextes professionnels ou d’études complexes, parfois imprévisibles qui nécessitent des approches stratégiques nouvelles et une grande adaptabilité. Des visites d’entreprises dans le domaine des biotechnologies, de la santé et de la nutrition permettront de découvrir différents types d’entreprises du tissu socio-économique régional. L'anglais est un outil indispensable pour la communication scientifique. Ce module d’anglais vise à améliorer les capacités à comprendre et à communiquer des informations scientifiques. Les techniques permettant une communication orale claire et efficace en anglais seront travaillées.

Programme :

Cours magistraux

Le porteur du projet + le processus de création d’entreprise (analyse de l’environnement, construction d’une stratégie, montage juridique, formalités de création)

Focus sur les entreprises à fort potentiel de croissance (Start-up), présentation d’exemples régionaux

Présentation de l’écosystème de la start-up

Présentation de l’Europe de la recherche et de l’innovation

Travaux dirigés :

Lecture et synthèse d'articles de recherche et de vulgarisation en anglais

Rappel de lexique et de grammaire permettant de communiquer des informations scientifiques en anglais

Séminaires portant sur des études de cas en entreprises ou en laboratoire de recherche

Répartition des visites d’entreprises

Travaux pratiques :

Entraînement à la présentation orale d'informations scientifiques en anglais devant un groupe. Les techniques pour optimiser la communication orale

Visites d’entreprises en petits groupes d’étudiants

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La connaissance de l’entreprise comporte un focus sur le créateur d’entreprise suivi d’une présentation du processus de création d’entreprise innovante sur les volets modèle économique, technique, juridique, économique et financier. La présentation d’un modèle « ouvert » du fonctionnement de l’entreprise est assurée à travers l’exemple de l’écosystème régional, national et européen d’appui juridique, technique, financier… en faveur de la création et du développement de l’entreprise. Des séminaires de cadres en entreprises ou en laboratoires de recherche traiteront de différents contextes professionnels ou d’études complexes, parfois imprévisibles qui nécessitent des approches stratégiques nouvelles et une grande adaptabilité. Des visites d’entreprises dans le domaine des biotechnologies, de la santé et de la nutrition permettront de découvrir différents types d’entreprises du tissu socio-économique régional. L'anglais est un outil indispensable pour la communication scientifique. Ce module d’anglais vise à améliorer les capacités à comprendre et à communiquer des informations scientifiques. Les techniques permettant une communication orale claire et efficace en anglais seront travaillées.

Programme :

Cours magistraux

Le porteur du projet + le processus de création d’entreprise (analyse de l’environnement, construction d’une stratégie, montage juridique, formalités de création)

Focus sur les entreprises à fort potentiel de croissance (Start-up), présentation d’exemples régionaux

Présentation de l’écosystème de la start-up

Présentation de l’Europe de la recherche et de l’innovation

Travaux dirigés :

Lecture et synthèse d'articles de recherche et de vulgarisation en anglais

Rappel de lexique et de grammaire permettant de communiquer des informations scientifiques en anglais

Séminaires portant sur des études de cas en entreprises ou en laboratoire de recherche

Répartition des visites d’entreprises

Travaux pratiques :

Entraînement à la présentation orale d'informations scientifiques en anglais devant un groupe. Les techniques pour optimiser la communication orale

Visites d’entreprises en petits groupes d’étudiants

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Le but de ce module est de donner aux étudiants les connaissances théoriques et pratiques des outils et méthodes permettant l’étude de différentes molécules (protéines, acides nucléiques, seconds messagers…) dans un contexte biologique donné (stress oxydant, apoptose, signalisation…). Il donne des bases importantes pour participer à la conception et la réalisation d’études ou d’expériences scientifiques visant à identifier des mécanismes sous-jacents de processus physiologiques et/ou pathologiques chez l’homme ou l’animal

Programme :

Cours magistraux (16 h) :

1- Les ondes électromagnétiques (4h) - Spectroscopie UV, visible, Infrarouge - mécanismes de l’absorption, de l’émission - les chromophores intrinsèques, extrinsèques – Applications : dosages spectrophotométriques UV, visible. 2- La fluorescence (7h) Principes - spectres d’excitation, d’émission - les fluorophores intrinsèques, extrinsèques - transfert de fluorescence - Applications: utilisation de sondes fluorescentes pour - le dosage du calcium libre intracellulaire (sondes Indo, Fura, aequorine, caméléons), -la localisation subcellulaire des protéines par fusion à la GFP, -l’expression de gènes rapporteurs en utilisant différents types de protéines fluorescentes ou luminescentes, -les interactions protéine/protéine (techniques FRET et BRET), -la détection de processus apoptotiques -la mesure de la fluidité membranaire (FRAP) 3- La radioactivité (3h) - les radionucléides et les différentes émissions radioactives - les processus de désintégration, la décroissance radioactive - exemples d’utilisation de radioisotopes en biologie (compteur à scintillation, autoradiographie et phosphorimager) 4- La PCR quantitative en temps réel (q-RT-PCR, 2h).

Travaux dirigés :

Exercices d’application aux techniques d’HPLC, à la microscopie confocale (variants de la GFP et dérivés), à la spectrophotométrie, la spectrofluorimétrie et la radioactivité.

Travaux pratiques

Thèmes abordés en fonction de la pré-orientation M2 choisie : travaux pratiques permettant d'utiliser des techniques appliquées à la physiologie animale et à la biochimie, biologie cellulaire et moléculaire.

Etude des spectres de différents chromophores - Biotinylation de protéines et dosage/détection de la biotine par spectrofluorimétrie et chimioluminescence - Recherche des conditions optimales de séparation par HPLC de petites molécules biologiques – Microscopie à fluorescence.

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Le management de projet se définit comme l’activité permettant de faire fonctionner ensemble la conception et l’exécution d’un objectif à atteindre, pour obtenir le résultat attendu sous des contraintes de délais, d’objectifs, de ressources. Pour ce faire, les organismes structurent leur organisation et adaptent leurs règles de fonctionnement à partir et autour des projets à réaliser. » Cette approche en mode projet implique alors de repenser le fonctionnement de l’entreprise en « mode projet » notamment en termes d’agilité et de structuration. Cette UE comporte 3 types d’enseignements : Management de Projet (MP), Design d’expériences et Biostatistiques (DEB), Management de projet expérimental et/ou de communication scientifique (MPECS). Mise au point d’une expérience pilote ou mise en place d’une action de communication scientifique et session poster.

Programme :

Cours magistraux :

Lignes directrices pour la conception d’un projet expérimental et/ou d’une action de communication scientifique (MPECS)

Les évolutions de la notion de gestion de projet prenant en compte les exigences actuelles d’agilité de réactivité (MP)

Les étapes liées à la gestion de projet (conception, planification, réalisation, terminaison) avec présentation d’outils associés (PERT, GANTT, QQOQCCP…) + organisation RH associée en logique projet  (MP)

Le concept d’innovation et les spécificités liées à la gestion d’un projet d’innovation (focus sur les outils de créativité (5M, Design thinking…)  (MP)

Biostatistiques : principaux tests utilisés en sciences expérimentales. Présentation et prise en main de R (DEB,)

Travaux dirigés :

Projet 1 : Préparation et organisation d’une visite d’entreprise par les étudiants dans une logique gestion de projet. Les étudiants (groupe de 4-10 étudiants) gèrent la collecte d’informations sur l’entreprise/son secteur d’activité et assurent la préparation de la visite d’entreprise. Le recours à des outils type QQOQCCP présenté en CM est préconisé. Restitution des visites d’entreprises  (MP)

Projet 2 : Conception d’un projet expérimental (type séance de travaux pratiques) et/ou d’une action de communication scientifique (incluant Biostats) (MPECS + DEB)

Travaux pratiques :

Management d’un projet expérimental et/ou d’une action de communication scientifique (MPECS)

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Le management de projet se définit comme l’activité permettant de faire fonctionner ensemble la conception et l’exécution d’un objectif à atteindre, pour obtenir le résultat attendu sous des contraintes de délais, d’objectifs, de ressources. Pour ce faire, les organismes structurent leur organisation et adaptent leurs règles de fonctionnement à partir et autour des projets à réaliser. » Cette approche en mode projet implique alors de repenser le fonctionnement de l’entreprise en « mode projet » notamment en termes d’agilité et de structuration. Cette UE comporte 3 types d’enseignements : Management de Projet (MP), Design d’expériences et Biostatistiques (DEB), Management de projet expérimental et/ou de communication scientifique (MPECS). Mise au point d’une expérience pilote ou mise en place d’une action de communication scientifique et session poster.

Programme :

Cours magistraux :

Lignes directrices pour la conception d’un projet expérimental et/ou d’une action de communication scientifique (MPECS)

Les évolutions de la notion de gestion de projet prenant en compte les exigences actuelles d’agilité de réactivité (MP)

Les étapes liées à la gestion de projet (conception, planification, réalisation, terminaison) avec présentation d’outils associés (PERT, GANTT, QQOQCCP…) + organisation RH associée en logique projet  (MP)

Le concept d’innovation et les spécificités liées à la gestion d’un projet d’innovation (focus sur les outils de créativité (5M, Design thinking…)  (MP)

Biostatistiques : principaux tests utilisés en sciences expérimentales. Présentation et prise en main de R (DEB,)

Travaux dirigés :

Projet 1 : Préparation et organisation d’une visite d’entreprise par les étudiants dans une logique gestion de projet. Les étudiants (groupe de 4-10 étudiants) gèrent la collecte d’informations sur l’entreprise/son secteur d’activité et assurent la préparation de la visite d’entreprise. Le recours à des outils type QQOQCCP présenté en CM est préconisé. Restitution des visites d’entreprises  (MP)

Projet 2 : Conception d’un projet expérimental (type séance de travaux pratiques) et/ou d’une action de communication scientifique (incluant Biostats) (MPECS + DEB)

Travaux pratiques :

Management d’un projet expérimental et/ou d’une action de communication scientifique (MPECS)

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e management de projet se définit comme l’activité permettant de faire fonctionner ensemble la conception et l’exécution d’un objectif à atteindre, pour obtenir le résultat attendu sous des contraintes de délais, d’objectifs, de ressources. Pour ce faire, les organismes structurent leur organisation et adaptent leurs règles de fonctionnement à partir et autour des projets à réaliser. » Cette approche en mode projet implique alors de repenser le fonctionnement de l’entreprise en « mode projet » notamment en termes d’agilité et de structuration. Cette UE comporte 3 types d’enseignements : Management de Projet (MP), Design d’expériences et Biostatistiques (DEB), Management de projet expérimental et/ou de communication scientifique (MPECS). Mise au point d’une expérience pilote ou mise en place d’une action de communication scientifique et session poster.

Programme :

Cours magistraux :

Lignes directrices pour la conception d’un projet expérimental et/ou d’une action de communication scientifique (MPECS)

Les évolutions de la notion de gestion de projet prenant en compte les exigences actuelles d’agilité de réactivité (MP)

Les étapes liées à la gestion de projet (conception, planification, réalisation, terminaison) avec présentation d’outils associés (PERT, GANTT, QQOQCCP…) + organisation RH associée en logique projet  (MP)

Le concept d’innovation et les spécificités liées à la gestion d’un projet d’innovation (focus sur les outils de créativité (5M, Design thinking…)  (MP)

Biostatistiques : principaux tests utilisés en sciences expérimentales. Présentation et prise en main de R (DEB,)

Travaux dirigés :

Projet 1 : Préparation et organisation d’une visite d’entreprise par les étudiants dans une logique gestion de projet. Les étudiants (groupe de 4-10 étudiants) gèrent la collecte d’informations sur l’entreprise/son secteur d’activité et assurent la préparation de la visite d’entreprise. Le recours à des outils type QQOQCCP présenté en CM est préconisé. Restitution des visites d’entreprises  (MP)

Projet 2 : Conception d’un projet expérimental (type séance de travaux pratiques) et/ou d’une action de communication scientifique (incluant Biostats) (MPECS + DEB)

Travaux pratiques :

Management d’un projet expérimental et/ou d’une action de communication scientifique (MPECS)

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La génomique est consacrée aux techniques d'étude du génome entier, l’analyse transcriptomique aux techniques d'analyse d'ARNm et du niveau d'expression des gènes dans un tissu. La protéomique se concentre sur la composition des protéines dans un tissu et la métabolomique étudie les produits métaboliques. La plupart de ces facettes sont abordées tant d’un point de vue théorique que pratique au cours de cet UE. L’intelligence artificielle apparait comme un outil d’aide à la décision quant on traite de « big data ». Des exemples de sa pertinence dans ce cadre-là seront proposés.

Programme :

Cours magistraux :

- Génomique : nouvelles techniques de séquençage à haut débit, détection de polymorphismes, diagnostic moléculaire des maladies

- Analyse de transcriptomique : de l'échantillon à l'analyse des données

- Protéomique : Spectrométrie de masse, électrophorèse 2-D, identification à grande échelle des protéines et de leurs modifications post-traductionnelles, protéomique quantitative

- Puces à protéine, Interactomique et Métabolomique

- Introduction à l’intelligence artificielle et ses applications dans le domaine de la Biologie Santé

-Les techniques d’immunoprécipitation de chromatine, de Re-Chip, de DNA Chip-Seq

-La lipidomique à travers la quantification d’un lipide emblématique du choc septique : le LPS

Travaux dirigés :

Analyse d’articles scientifiques (en petit groupe de 2 à 4 étudiants) traitant de méthodes de screening à haut débit et restitution à l’oral (présentation) de l’essentiel du message à retenir.

Analyse de métadonnées protéomiques et transcriptomiques par des logiciels informatiques ad hoc

Travaux pratiques :

Analyse de profils de modifications post-traductionnelles (degré d’acétylation en fonction de différents traitements dont la Trichostatine A) des protéines cellulaires (histones et non-histones) par western-blot utilisant un anticorps primaire de révélation Pan-Lysine acétylées. 

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Les processus de signalisation intra- et inter-cellulaires sont au cœur du fonctionnement des organismes et impliquent de nombreux acteurs et mécanismes, telles que les interactions moléculaires, les modifications post-traductionnelles, la translocation ou encore la dégradation sélective de protéines. Ces connaissances sont essentielles à la compréhension fine des processus physiologiques comme pathophysiologiques abordés lors du second semestre de M1 en M2 Biologie Santé.

Programme :

Cours magistraux

- Introduction présentant les liens d’interdépendance qui existent entre l’environnement extracellulaire, la surface cellulaire et la signalisation intracellulaire et les conséquences qui en découlent telles que la différenciation et la mort cellulaire.

- Les récepteurs membranaires : classification, mise en évidence et critères d’identification, techniques de mesure des affinités ligands-récepteurs, mécanismes d’activation et de désensibilisation.

- L’environnement membranaire : fluidité membranaire et microdomaines lipidiques.

- Les différents types de signaux : hormones et autres molécules informatives.

- Les seconds messagers : AMPc, calcium, monoxyde d’azote, formes réactives de l’oxygène et de l’azote, médiateurs lipidiques et leurs cibles cellulaires.

- Les éléments des voies de transduction : protéines G, phospholipases, protéines kinases et phosphatases, guanylate cyclase ; exemples de transduction du signal chez les mammifères et chez les plantes.

- Signalisation et prolifération/mort cellulaire, contrôle du cycle cellulaire et adhérence cellulaire.

Travaux dirigés :

Exercices relatifs aux cours, à la préparation et à l’exploitation des données des travaux pratiques.

Travaux pratiques :

Etude de voies de signalisation moléculaires et cellulaires déclenchées par des stress biotiques ou abiotiques dans des lignées cellulaires animales: culture cellulaire, imagerie cellulaire par immunofluorescence, fractionnement subcellulaire et immunoblotting, cytométrie en flux, analyse des métabolites par HPLC.

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Le stage permet à l’étudiant d’approcher le monde professionnel dans un laboratoire public (CNRS, INSERM, INRAE, CHU, ou associés) ou privé (laboratoire de recherche et développement de l’industrie pharmaceutique, l’industrie agro-alimentaire ou autre).  Au cours de ce stage d’initiation, l’étudiant devra appliquer ses connaissances en participant à la réalisation d’une mission en relation avec ses objectifs de Master 2.  L'anglais comme outil d'insertion professionnelle. Cette UE vise à vous apprendre des compétences spécifiques en anglais qui pourraient s'avérer utiles à l'approche de l'entrée dans la vie active.

Le stage d’une durée de huit semaines est effectué en début d’année civile (Janvier et Février).

Le site de stage se situe en entreprise ou laboratoire de recherche (privé ou public) en France ou à l’étranger dans le domaine général des Sciences de la Vie (fondamentales ou appliquées).

Le stage fait l’objet d’une convention entre l’université de Bourgogne et l’entreprise ou laboratoire d’accueil de l’étudiant. La recherche de stage doit être faite par l’étudiant le plus tôt possible. Il s’agit d’une procédure individuelle nécessitant de préparer un CV, une lettre de motivation, un entretien…

Une aide et des renseignements pourront être obtenus par l’étudiant auprès du tuteur de l’équipe pédagogique.

Le stage fait l’objet d’un rapport écrit de vingt pages qui doit respecter les modalités de la fiche d’instructions fournie par l’enseignant responsable des stages. Le rapport en deux exemplaires doit être remis dans les délais impartis.

Préparation et passage d'un entretien en anglais : parler de soi et de ses expériences de façon à se mettre en valeur.

Rédiger un mail professionnelle.

Vocabulaire et grammaire utiles pour le CV et pour un entretien en anglais.

Par ailleurs, chaque étudiant devra faire une soutenance orale de son stage devant un jury composé de membres de l’équipe pédagogique du master. Cette soutenance est publique sauf avis de confidentialité. Après les soutenances orales, le jury attribuera à chaque étudiant une note définitive tenant compte de l’ensemble du travail de l’étudiant (rapport écrit, rapport bibliographique, oral, réponses aux questions du jury, appréciation du maître de stage).

 Rédiger un CV et une lettre de motivation en anglais.

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Le stage obligatoire d’une durée de huit semaines est effectué en début d’année civile (Janvier et Février) 

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anglais parmettant d'apprendre des compétences spécifiques en anglais qui pourraient s'avérer utiles à l'approche de l'entrée dans la vie active.

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L’immunologie est la partie de la Biologie qui concerne l’étude des mécanismes de défense de notre organisme contre des agents étrangers ou dangereux pour notre organisme, comme des organismes pathogènes ou cellules tumorales. Ce module a comme but de traiter les mécanismes de pathologies infectieuses, le cancer ou les maladies auto-immunes, comprendre les réponses immunitaires liées et présenter des immunothérapies, prophylaxies ou diagnostics basés sur ces connaissances.

Cours magistraux :

Rappels des bases

Réponse humorale

Design d’anticorps et anticorps thérapeutiques et applications

Cellules dendritiques et applications

Virus, tropisme cellulaire : HIIV, influenza, coronavirus et développement de vaccins (atténué, inactivé, à sous-unité, à ADN/ARN, et les adjuvants)

Immunothérapies de maladies auto-immunes

Relations système immunitaire et cancer : réponses anticancer, échappement tumoral, immunothérapies ciblées (TIL, anticorps thérapeutiques, CAR T/NK cells)

Travaux dirigés :

-Préparation et correction d'exercices réalisés à partir d'articles scientifiques, sur des thèmes variés (vaccination, immuno-oncologie, bioingénierie des anticorps,..)- Rappels et précisions sur les modèles expérimentaux, techniques cellulaires, moléculaires, omiques utilisées. 

-Présentations autour de différents thèmes d’actualité d’articles récents de la littérature scientifique. Chaque étudiant présente des résultats expérimentaux d’un article, la démarche scientifique, le protocole mis en place, l’analyse des résultats et leur interprétation au sein des données de la littérature, un débat est proposé à la suite des exposés.

-Présentation des pipelines de biochtechs françaises et internationales

Travaux pratiques :

Etude de cellules de l’immunité et de lignées tumorales

Préparation et caractérisation des sous-populations cellulaires immunitaires chez la souris. Activation de cellules immunitaires et induction de la mort cellulaire de cellules tumorales. Analyse par cytométrie en flux. Phénotypage.

Mise en évidence de l’effet immuno-modulateur de la chimiothérapie.

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Avec l’essor actuel du génie génétique, les biotechnologies permettent d’intervenir directement sur les gènes des organismes vivants pour en modifier les propriétés. Ces diverses technologies sont utilisées dans de nombreux secteurs, de la recherche à l’industrie, notamment dans les domaines de l’agriculture et de la santé.

Programme :

Cours magistraux :

- Intérêt du clonage nucléotidique par la technologie Gateway vs clonage traditionnel (2h)

- Production de protéines recombinantes à visée thérapeutique, utilisée en recherche scientifique, ou dans le secteur agro-alimentaire chez différents hôtes (cellules procaryotes et eucaryotes, cellules d’insecte) (4h)

- Transgénèse animale pour la production de protéine recombinante à activité biologique d’intérêt clinique) (1h)

- Technologies liées aux ARNs :

-       Le monde des ARN interférents (siRNA, shRNA, LncRNA, miRNA) et son impact sur le transcriptome ; intérêt de l’utilisation de certains miRNA circulants comme biomarqueurs de l’évolution de certaines pathologies chez l’homme (3h)

-       Vaccins à ARN messager, ARN thérapeutiques (2h)

- Production et modification de cellules immunitaires (exemple de CAR-T (/B/NK) cells) et des cellules souches pluripotentes induites (IPS): des outils pour la recherche et le développement de nouvelles thérapies (médecine régénérative, immunothérapie) (2h)

- Edition de gène : technologie Crispr-Cas9 (2h)

- Analyse spatio-temporelle de l’expression génétique in vivo - détermination spatio-temporelle de l’activation d’un promoteur in vivo et in vitro (1h)

Travaux dirigés :

Construction d’ADN recombinant,

Recherche d'amorces pour la PCR, sous-clonage et ligation, mutagénèse dirigée, transfection stable et transitoire.

Souris ou plantes transgéniques, knock-out, exemples de thérapie génique.

Utilisation de marqueurs polymorphes pour identification génétique.

Méthodes d’étude des interactions ADN-Protéines et tests fonctionnels en transfection

Travaux dirigés :

Construction d’ADN recombinant,

Recherche d'amorces pour la PCR, sous-clonage et ligation, mutagénèse dirigée, transfection stable et transitoire.

Souris ou plantes transgéniques, knock-out, exemples de thérapie génique.

Utilisation de marqueurs polymorphes pour identification génétique.

Méthodes d’étude des interactions ADN-Protéines et tests fonctionnels en transfection

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L’objectif de ce module est d’apporter aux étudiants des connaissances et des compétences dans le domaine des biothérapies et de la dimension industrielle de la bioproduction de médicaments innovants, mais aussi des tests de ces biomédicaments par la recherche clinique. Le domaine des dispositifs médicaux sera présenté avec ses aspects réglementaires. Enfin, un focus sera mis sur l’utilisation de l’intelligence artificielle en santé et ses évolutions futures en lien avec la médecine personnalisée.

Programme :

Cours magistraux :

Biothérapie – Biomédicaments innovants

Bioproduction : Systèmes de production Preuves de concept, Essais pilotes, mise en Production – Scale‑up

Utilisation des cellules végétales/plantes transgéniques pour la production de molécules d'intérêt pharmaceutique

Recherche Clinique (présentation, réglementation, les métiers…)

Dispositifs médicaux (présentation, réglementation)

Intelligence Artificielle en santé – Médecine personnalisée

Travaux dirigés :

Application de l’utilisation des cellules végétales /plantes transgéniques en bioproduction.

Intelligence artificielle : applications dans le domaine de la santé

Recherche clinique

Visites de sites de production de molécules d’intérêt thérapeutique

Travaux pratiques : Application de l’un des thèmes vu en CM et TD

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Module transdisciplinaire présentant les bases de l’homéostasie cellulaire et sa dérégulation au cours de l’oncogenèse. Il s'adresse à tout étudiant désirant poursuivre son cursus par un Master dans les domaines ayant trait à la santé et plus particulièrement la cancérologie.

Dans cette UE, seront présentées les anomalies des cellules cancéreuses, les mécanismes moléculaires à l’origine des processus de cancérogenèse ainsi que les aspects physiopathologiques qui les accompagnent. Au travers d’exemples concrets, les procédures technologiques actuellement les plus usitées pour mettre en évidence ces processus seront abordées.

Programme :

Cours magistraux (30h)

Les différentes théories de cancérogenèse, types de tumeurs, classifications, hétérogénéité des tumeurs.

Le processus de cancérogénèse, de croissance et de développement tumoral

Les anomalies de la cellule cancéreuse : marqueurs et cibles théranostiques

Le métabolisme de la cellule cancéreuse : effets Warburg versus effet Pasteur

Le métabolisme énergétique et l’équilibre redox de la cellule cancéreuse

Réponse de la cellule tumorale au stress : voie des dommages à l’ADN et systèmes de réparation, senescence réplicative, les différents types de mort cellulaire.

Echappement immunitaire tumoral

Hémopathies malignes

Cancérogenèse chimio- et viro-induite

Microenvironnement tumoral, transition épithélio-mésenchymateuse, angiogenèse et métastases

Régulation de l’expression génique et épigénétique

Les moyens de prévention et de lutte, risques de cancers et comorbidités associées

Travaux dirigés (3h)

Les modèles cellulaires et animaux en cancérologie, préparation au TP, notion d’adaptation métabolique, analyse d’articles scientifiques en relation avec le cours

Travaux pratiques (12h)

Croissance tumorale « in ovo » : xénogreffes avec modèle CAM, notion de traitement in ovo (chimiothérapie), collecte de tumeurs et caractérisation phénotypique par fluorescence sur animal entier ou sur différents organes prélevés 

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Dans ce module de Pharmacologie Moléculaire et Pharmacothérapie (PMP sont abordés très succinctement des rappels de pharmacologie et pharmacocinétiques élémentaires pour ensuite abordés de manière exhaustive la pharmacodynamie et les cibles cellulaires et moléculaires. Une attention particulière sera apportée aux différents type d’études cliniques (phases I, II, III et 4) ainsi qu’à la législation qui en découle.

Des personnalités reconnues dans leur domaine aborderont des sujets d’actualité tel que la perturbation endocrinienne, l’immunosuppression, l’obésité, l’oncologie en lien avec les dernières avancées en pharmacothérapie.

Une part importante du module sera consacrée au TP sous la forme d’un mini-stage sur l’étude des mécanismes moléculaires et des potentiels effets synergiques de drogues pharmaceutiques.

Programme :

Cours magistraux :

Dans ce module sont abordés plus précisément :

- les notions de création d’un médicament

- les relations structures activités

- la pharmacocinétique des médicaments et leur métabolisme

- la pharmacodynamie et les cibles thérapeutiques cellulaires et moléculaires

- les études cliniques de phase I, II, II et de pharmacovigilance

- Perturbation endocrinienne : effet dose et mode d’action

- pharmacothérapie et les immunosuppresseurs

- pharmacothérapie et les pathologies métaboliques

- pharmacothérapie et les pathologies dégénératives

- pharmacologie et oncologie

Travaux dirigés :

- projet tuteurés et analyse d’articles dans le domaine des pharmacothérapies.

Travaux pratiques :

- Utilisation de logiciel dédiée à la mesure de paramètres pharmacologiques

- Mise en pratique de la détermination d’effets de drogues à visée thérapeutique

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Module ayant pour but de fournir à l'étudiant des connaissances théoriques et méthodologiques approfondies nécessaires à la compréhension de l’Hématopoïèse Normale et Pathologique, y compris l’origine et la fonction des cellules immunitaires, mais aussi des techniques d’étude en hématologie et leucémogenèse. Il doit lui permettre de connaître les grandes voies de recherche explorées actuellement.

Il doit être conçu comme une initiation à la recherche et s'adresse à tout étudiant désirant poursuivre son cursus par un Master 2, puis éventuellement une thèse, dans les domaines ayant trait à la santé et plus particulièrement en rapport avec l'hématologie et l’immunologie.

Dans cette UE, seront présentés l’hématopoïèse normale, la biologie et les propriétés des cellules souches hématopoïétiques, l’origine, les propriétés et les fonctions des cellules des lignées lymphocytaire, monocytaire, granulocytaire, mégacaryocytaire et érythroblastique, les mécanismes moléculaires à l’origine de la genèse des cellules immunitaires, ainsi que certaines hémopathies bénignes et malignes. Au travers d’exemples concrets, les procédures technologiques actuellement les plus usitées pour mettre en évidence ces processus seront abordées.

Les CM se déroulent en présentiel les jeudis après-midi à l’UFR Sciences de Santé de Dijon, en projection différée ou E-learning en fonction des contraintes d’emploi du temps des étudiants.

Ils sont donnés par des spécialistes des domaines de recherche concernés. Les cours sont de type cours magistraux sur support PowerPoint. Pour les enseignements en présentiel, le petit nombre d’étudiants doit permettre l’interactivité autant que possible durant l’enseignement.

Programme :

Cours magistraux (27h)

• Présentation générale de l’hématopoïèse
• Ontogénie de l’hématopoïèse
• Cellules souches hématopoïétiques
• Micro-environnement médullaire et niche des cellules souches hématopoïétiques
• La lignée granulocytaire : Voie de différenciation granulocytaire, Propriétés et fonctions des polynucléaires
• La lignée lymphocytaire : la différenciation lymphocytaire B, la différenciation lymphocytaire T et NK
• La lignée monocytaire : La voie de différenciation monocytaire, Macrophages : différenciation et fonctions, Les cellules dendritiques : origine et fonctions
• La lignée mégacaryocytaire : La voie de différenciation mégacaryocytaire, Les plaquettes : fonction et activation
• La lignée érythroblastique : la voie de différenciation érythroïde, le globule rouge : structure et fonctions, hémoglobine : génétique, structure et fonction, le métabolisme du fer
• Introduction aux hémopathies bénignes et malignes
• Modèles murins et techniques de biologie appliquée à la recherche en hématologie normale et pathologique
• Métabolisme et hématopoïèse normale et tumorale
•  Microenvironnement tumoral

Travaux dirigés (3h) 

• Analyse d’articles scientifiques en relation avec le cours

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Module transdisciplinaire ayant pour but de fournir à l'étudiant des connaissances théoriques et méthodologiques approfondies nécessaires à la compréhension de la cancérogénèse, des maladies cancéreuses et de leur traitement, mais aussi à celle des techniques d’étude en biologie des tumeurs. Il doit lui permettre de connaître les grandes voies de recherche explorées actuellement.

Il doit être conçu comme une initiation à la recherche et s'adresse à tout étudiant désirant poursuivre son cursus par un Master 2, puis éventuellement une thèse, dans les domaines ayant trait à la santé et plus particulièrement en rapport avec la cancérologie, l’immunologie des tumeurs ou l'hématologie.

Les CM se déroulent en séances en présentiel les jeudis après-midi à l’UFR Sciences de Santé de Dijon, en projection différée ou E-learning en fonction des contraintes d’emploi du temps des étudiants.

Ils sont donnés par des spécialistes des domaines de recherche concernés. Les cours sont de type cours magistraux sur support PowerPoint. Pour les enseignements en présentiel, le petit nombre d’étudiants doit permettre l’interactivité autant que possible durant l’enseignement.

Programme :

Cours magistraux (30h)

• Introduction à la cancérologie Moderne
• Méthodologie en Biologie cellulaire et moléculaire
• Méthodes morphologiques et moléculaires d'analyse des tissus en cancérologie : diagnostic à la prédiction
• Oncogénétique, prédisposition au cancer, principales anomalies prédisposant au cancer
• Anatomie et biologie de la réponse immunitaire
• Angiogenèse tumorale : physiopathologie moléculaire et ciblage thérapeutique
• Cancer, virus, inflammation et pollution
• Techniques d’analyses de la réponse immunitaire antitumorale
• Stratégies d’immunothérapie en cancérologie (ICIs, vaccin, CAR-T)
• Résistance primaire et secondaire à l’immunothérapie
• Le processus métastatique : aspects biologiques et conséquences thérapeutiques
• Approches génétiques à haut débit
• Traiter de façon plus adaptée grâce à la biologie : exemple du cancer du sein : De l’anatomopathologie à la théranostique
• Bases moléculaires de l’action des radiations ionisantes. Grands principes thérapeutiques
• Combinaisons thérapeutiques et sensibilisation des cancers à l’immunothérapie

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Ces cours apporteront aux étudiants les connaissances permettant de comprendre le rôle du système immunitaire dans le contrôle de l'apparition, la progression et la régression tumorale. Une description très fine des différents acteurs moléculaires et cellulaires est abordée. Les orateurs aborderont également les données scientifiques les plus récentes sur les différentes immunothérapies utilisées dans les traitements de différents types de cancer chez l'Homme. Il doit être conçu comme une initiation à la recherche et s'adresse à tout étudiant désirant poursuivre son cursus par un Master 2, puis éventuellement une thèse, dans les domaines ayant trait à la santé et plus particulièrement en rapport avec la cancérologie et l’immunologie des tumeurs.

Les enseignements se déroulent en présentiel sur une semaine en continu à l’UFR Sciences de Santé de Dijon, en projection différée ou E-learning en fonction des contraintes d’emploi du temps des étudiants.

Ils sont donnés par des spécialistes des domaines de recherche concernés. Les cours sont de type cours magistraux sur support PowerPoint. Pour les enseignements en présentiel, le petit nombre d’étudiants doit permettre l’interactivité autant que possible durant l’enseignement. 

Programme :

Cours magistraux (28h)

• Les antigènes tumoraux et leur présentation
• Activation lymphocytaire et tolérance
• Rôles des lymphocytes T CD4 dans l’immunité adaptative
• Cytokines : immunité, inflammation et cancer
• Facteurs immunosuppresseurs
• Macrophages et réponse anti-tumorale
• Cellules dendritiques et réponse immunitaire anti-tumorale
• Thérapie cellulaire
• Cellules NK : fonctions anti-tumorales in vitro et in vivo
• Analyse du paysage immunitaire dans les tumeurs
• Les neutrophiles et la réponse immunitaire anti-tumorale
• Cellules myéloïdes immunosuppressives
• Immunothérapie non spécifique
• Vaccination et cancer
• Utilisation des anticorps monoclonaux pour le traitement des cancers

Travaux dirigés (2h) 

• Analyse d’articles scientifiques en relation avec le cours.

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