Niveau d'étude visé
BAC +3
ECTS
180 crédits
Durée
3 ans
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Présentation
La Licence « Sciences de la Vie » offre une formation généraliste dans les grandes disciplines de la Biologie. Cette formation permet à l’étudiant.e de suivre un cursus personnalisé (identifié comme un parcours) avec une progression dans l’acquisition des connaissances et des compétences menant à une spécialisation. Le semestre 1 correspond à un portail commun avec des UE disciplinaires obligatoires des Sciences de la Vie, de la Terre et de l’Environnement, et permettant à l’étudiant.e d’effectuer un choix éclairé vers la mention Sciences de la Vie ou Sciences de la Terre dès le semestre 2. Le semestre 2 de la Licence « Sciences de la Vie » comporte des UE disciplinaires en Biologie et des UE transversales (anglais, biostatistiques, physique/chimie) toutes obligatoires et une UE au choix. Les semestres 3 à 6 amèneront l’étudiant.e à construire son propre cursus de Licence par une sélection d’UE disponibles dans un catalogue lui permettant de valider un des 5 parcours proposés dans la mention Sciences de la Vie (Biochimie et Biologie Moléculaire ; Biologie Cellulaire et Physiologie ; Biodiversité, Ecologie et Evolution ; Sciences du Végétal ; SVT-Métiers de l’Enseignement). Chaque semestre propose une UE obligatoire (Réussite Etudiante) pour aider l’étudiant.e à cheminer dans son cursus de Licence et à se projeter vers une poursuite d'études et/ou un métier. Chaque UE est associée à un ou des parcours (parmi les 5 de la mention Sciences de la Vie). L'étudiant.e peut valider un des cinq parcours après capitalisation d'au moins 120 ECTS associés aux UE alimentant ce parcours sur les 180 ECTS nécessaires à l'obtention de la Licence. Cette formation prépare également à l'accès aux études de santé (Licence Accès Santé) et au concours B (écoles vétérinaires et écoles agro).
Formation avec accès santé
Oui
Objectifs
La Licence « Sciences de la Vie » permet l’acquisition des connaissances et des compétences nécessaires à la compréhension des concepts fondamentaux en Biologie (de la molécule à l'écosystème) et à l’approche pluridisciplinaire élargie à d'autres disciplines scientifiques (maths, physique, chimie). Les étudiant.e.s développeront progressivement leur autonomie et leurs capacités à contextualiser et à concevoir une démarche scientifique, à expérimenter, à analyser, à synthétiser, à rédiger et à communiquer (en français et en anglais scientifique) autour de cette démarche scientifique. Les activités pédagogiques permettront aux étudiant.e.s d’identifier leur rôle et leurs atouts dans un environnement scientifique. De plus, des aides à la réussite étudiante intégrées à la formation apportent des solutions pédagogiques complémentaires pour optimiser la transmission des connaissances et des compétences.
Compétences acquises
Bloc de compétences 1 : CONTEXTUALISER UNE PROBLEMATIQUE SCIENTIFIQUE
Bloc de compétences 2 : CONCEVOIR UNE DEMARCHE SCIENTIFIQUE
Bloc de compétences 3 : COLLECTER L’INFORMATION/LA DONNEE BIOLOGIQUE-DECRIRE
Bloc de compétences 4 : ANALYSER LES DONNEES
Bloc de compétences 5 : COMMUNIQUER
Bloc de compétences 6 : IDENTIFIER SON RÔLE ET SES ATOUTS
Organisation
Contrôle des connaissances
Modalités de contrôle des connaissances :
Les règles applicables aux études LMD sont précisées dans le Référentiel commun des études voté chaque année et mis en ligne sur le site internet de l’Université.
Pour les UE/matières dont les évaluations sont prévues en Contrôle Terminal (CT) et Contrôle Continu (CC) :
Sans précision supplémentaire, les CT correspondent à une évaluation écrite et/ou orale selon les années et les enseignants responsables des sujets. Le CC n’est pas rattrapé en 2ème session et les notes de CC de la première session sont en conséquence conservées.
En cas de redoublement ou d’étalement des enseignements sur plusieurs années, la conservation des notes de CC>= 12/20 dans les matières, UE, semestres non validés est automatique. Les étudiants ont la possibilité de renoncer à cette conservation, par écrit, dans le mois qui suit la rentrée de la filière. Au-delà, aucune demande ne sera recevable.
En cas de renonciation dûment reçue, seule la nouvelle note sera conservée (écrasement). Il ne sera pas possible de retenir la meilleure des deux notes.
Pour les UE ou matières dont les évaluations sont uniquement prévues en Contrôle Continu :
Le Contrôle Continu Intégral (CCI) comprend plusieurs évaluations dont le calendrier est précisé au début de la séquence d’enseignement. Le CCI inclut une évaluation supplémentaire et facultative de seconde chance dont la note se substitue à la note du CCI initial correspondant et est prise en compte dans la moyenne du CCI.
Le contrôle continu non intégral (CC) comprend également plusieurs évaluations dont l’organisation est précisée au début de la séquence d’enseignement. Après la tenue du jury, une session de rattrapage est proposée aux étudiant.e.s avec une moyenne inférieure à 10 au contrôle continu non intégral de l’UE ou matière prenant la forme d'une nouvelle évaluation pour laquelle la note obtenue se substitue à la moyenne des notes du contrôle continu initial concerné .
ABSENCE AUX ENSEIGNEMENTS : L’assiduité est obligatoire. Toute absence en cours, cours intégrés, TD, TP, séquence d’observation ou mise en situation professionnelle doit être signalée le plus rapidement possible et justifiée auprès de l’enseignant responsable et du secrétariat pédagogique dans un délai de deux jours ouvrables à compter de son retour.
ABSENCE AUX EVALUATIONS :
Les absences aux examens ont les conséquences suivantes :
- Absence justifiée lors d’un contrôle continu intégral et non intégral : L’équipe pédagogique proposera une solution de rattrapage ou de compensation en cas d'absence justifiée.
- Absence justifiée lors d’un contrôle terminal : Défaillance (passage en session 2)
- Absence injustifiée lors d’un contrôle continu intégral et non intégral : Défaillance (impossibilité de valider l’UE de l’année en cours)
- Absence injustifiée lors d’un contrôle terminal : Défaillance (passage en session 2)
CAPITALISATION : Chaque unité d’enseignement évaluée est affectée d’une valeur en crédits européens (ECTS). Une UE est validée et capitalisable ; c’est-à-dire définitivement acquise lorsque l’étudiant a obtenu une moyenne pondérée supérieure ou égale à 10 sur 20 par compensation entre chaque matière de l’UE. Chaque UE validée permet à l’étudiant d’acquérir les crédits européens correspondants. Si les éléments (matières) constitutifs des UE non validées ont une valeur en crédits européens, ils sont également capitalisables lorsque les notes obtenues à ces éléments sont supérieures ou égales à 10 sur 20.
Règles de COMPENSATION adoptées à l’UFR SVTE (sous réserve de validation en conseil d’Administration de l’uB) :
COMPENSATION (sous réserve de validation en Conseil d’Administration de l’uB) : Une compensation s’effectue au niveau de chaque semestre. La note semestrielle est calculée à partir de la moyenne des notes des unités d’enseignements du semestre affectées des coefficients. Le semestre est validé si la moyenne générale des notes des UE (Unités d’Enseignement) pondérées par les coefficients est supérieure ou égale à 10 sur 20.
COMPENSATION des matières au sein d’une même UE
COMPENSATION des UE au sein d’un même semestre
NON COMPENSATION des semestres entre eux
Programme
Sélectionnez un programme
Licence 1
S1 MOVI Molécules du vivant (BBM-101)
5 créditsBiochimie Biologie Moléculaire (BBM-101)
3,5 crédits
S1 Les Grandes Fonction des Etres Vivants (BPE-101)-GFEV
5 créditsPhysiologie animale (BPE-101)
1,5 créditsBiologie animale (BPE-101)
2 créditsPhysiologie Végétale (BPE-101)
1,5 crédits
S1 Ecologie et biodiversité (BEE-101)-ECO BIODIV
5 créditsS1 Planète, Terre, Environnement et Ressources : Géosciences (TE-101)
5 créditsS1 Cellule et virus (BC-101)-BC 1
5 créditsS1 Réussite étudiante 1 (RE-101)
0,5 créditsS1 Anglais 1 (ANG-101)
1,5 créditsS1 Mathématiques appliquées (MAT-101)
1,5 créditsS1 Pratique de laboratoire et de terrain (PLT-101)
1,5 crédits
S1 MOVI Molécules du vivant (BBM-101)
5 créditsBiochimie Biologie Moléculaire (BBM-101)
3,5 crédits
S1 Les Grandes Fonction des Etres Vivants (BPE-101)-GFEV
5 créditsPhysiologie animale (BPE-101)
1,5 créditsBiologie animale (BPE-101)
2 créditsPhysiologie Végétale (BPE-101)
1,5 crédits
S1 Ecologie et biodiversité (BEE-101)-ECO BIODIV
5 créditsS1 Planète, Terre, Environnement et Ressources : Géosciences (TE-101)
5 créditsS1 Cellule et virus (BC-101)-BC 1
5 crédits
S1 Réussite étudiante 1 (RE-101)
0,5 crédits
S1 Anglais 1 (ANG-101)
1,5 créditsS1 Mathématiques appliquées (MAT-101)
1,5 créditsS1 Pratique de laboratoire et de terrain (PLT-101)
1,5 crédits
S2 SPENZY Structure des protéines et enzymologie : Biochimie Biologie Moléculaire (BBM-202)
3 créditsS2 BC 2 Biologie cellulaire 2 (BC-202)
3 créditsS2 COMNEHO1 Communication nerveuse et hormonale-physiologie animale et humaine (PA-201)
3 créditsS2 ANFP1 Anatomie fonctionnelle des plantes-physiologie végétale (BPV-201)
3 créditsS2 BE Biologie évolutive (BEE -201)
3 créditsS2 DRV1 Biologie végétale : Diversité du Règne Végétal 1 (DRV-201)
3 créditsS2 DRA1 Diversité du Règne Animal 1-biologie animale (DRA-201)
3 créditsS2 Chimie et Biophysique (CHMP-201)
3 créditsS2 Anglais 2 (ANG-201)
1 créditsS2 Biostatistiques1 (STAT-201)-STAT1
1,5 créditsS2 Réussite étudiant 2 (RE-201)
0,5 créditsAu choix : 1 parmi 4
S2 SPENZY Structure des protéines et enzymologie : Biochimie Biologie Moléculaire (BBM-202)
3 créditsS2 BC 2 Biologie cellulaire 2 (BC-202)
3 créditsS2 COMNEHO1 Communication nerveuse et hormonale-physiologie animale et humaine (PA-201)
3 créditsS2 ANFP1 Anatomie fonctionnelle des plantes-physiologie végétale (BPV-201)
3 créditsS2 BE Biologie évolutive (BEE -201)
3 créditsS2 DRV1 Biologie végétale : Diversité du Règne Végétal 1 (DRV-201)
3 créditsS2 DRA1 Diversité du Règne Animal 1-biologie animale (DRA-201)
3 créditsS2 Chimie et Biophysique (CHMP-201)
3 créditsS2 Anglais 2 (ANG-201)
1 créditsS2 Biostatistiques1 (STAT-201)-STAT1
1,5 créditsS2 Réussite étudiant 2 (RE-201)
0,5 crédits
Au choix : 1 parmi 4
Remédiation Transversale
0 créditsConstruire son parcours - orientation
0 créditsApprendre à apprendre - Français
0 créditsOrthographe Grammaire Syntaxe - Français
0 créditsMathématiques transversales - Mathématiques
0 créditsLangue vivante (anglais)
0 crédits
Remédiation Disciplinaire
0 créditsBiologie - Géologie
0 crédits
Enseignements S1 L1 SVTE
Enseignements S2 L1 SVTE
S2 BC 2 Biologie cellulaire 2 (BC-202)
3 créditsS2 COMNEHO1 Communication nerveuse et hormonale-physiologie animale et humaine (PA-201)
3 créditsS2 DRV1 Biologie végétale : Diversité du Règne Végétal 1 (DRV-201)
3 créditsS2 DRA1 Diversité du Règne Animal 1-biologie animale (DRA-201)
3 créditsS2 BE Biologie évolutive (BEE -201)
3 crédits
Remédiation Transversale
0 créditsMathématiques transversales - Mathématiques
0 créditsLangue vivante (anglais)
0 créditsConstruire son parcours - orientation
0 crédits
Remédiation Disciplinaire
0 créditsSoutien Pédagogique
0 crédits
S1 Réussite étudiante 1 (RE-101)
0,5 créditsS1 Anglais 1 (ANG-101)
1,5 créditsS1 Mathématiques appliquées (MAT-101)
1,5 créditsS1 Les Grandes Fonction des Etres Vivants (BPE-101)-GFEV
5 créditsPhysiologie animale (BPE-101)
1,5 créditsBiologie animale (BPE-101)
2 créditsPhysiologie Végétale (BPE-101)
1,5 crédits
S1 Ecologie et biodiversité (BEE-101)-ECO BIODIV
5 créditsS1 Molécules du vivant (BBM-101)-MOVI
5 créditsMOVI : Chimie génerale (BBM-101)
1,5 crédits
S2 Réussite étudiant 2 (RE-201)
0,5 créditsS2 Anglais 2 (ANG-201)
1 créditsS2 Biostatistiques1 (STAT-201)-STAT1
1,5 créditsS2 ANFP1 Anatomie fonctionnelle des plantes-physiologie végétale (BPV-201)
3 créditsS2 Chimie et Biophysique (CHMP-201)
3 créditsS2 SPENZY Structure des protéines et enzymologie : Biochimie Biologie Moléculaire (BBM-202)
3 créditsAu choix : 1 parmi 4
Au choix : 1 parmi 4
Licence 2
Les règles applicables aux études LMD sont précisées dans le Référentiel commun des études voté chaque année et mis en ligne sur le site internet de l’Université.
Sans précision supplémentaire, les CT correspondent à une évaluation écrite et/ou orale selon les années et les enseignants responsables des sujets.
Le CC n’est pas rattrapé en 2ème session et les notes de CC de la première session sont en conséquence reportées
En cas de redoublement ou d’étalement des enseignements sur plusieurs années, la conservation des notes de CC>= 12/20 dans les matières, UE, semestres non validés est automatique. Les étudiants ont la possibilité de renoncer à cette conservation, par écrit, dans le mois qui suit la rentrée de la filière. au-delà, aucune demande ne sera recevable.
En cas de renonciation dûment reçue, seule la nouvelle note sera conservée (écrasement). Il ne sera pas possible de retenir la meilleure des deux notes.
Pour les UE/matières dont l’évaluation est prévue en contrôle continu intégral (CCI) . Le CCI doit nécessairement inclure dans le calcul de la moyenne une seconde chance.
Le contrôle continu non intégral comporte une seconde session. Elle prend la forme d'une évaluation supplémentaire organisée après publication des résultats de l'évaluation initiale.
Modules OBLIGATOIRES
S3 anglais 3 (ANG-103)
2 créditsS3 réussite étudiant 3 (RE-103)
1 créditsS3 Biostatistiques 2 (STAT-102)-BIOSTAT2
3 crédits
LISTE DES MODULES à choix : 8 à choisir parmi les modules (facultatifs) ci-dessous
Facultatif
Facultatif
Facultatif
Facultatif
Modules à choix en PHYSIOLOGIE ANINALE et VEGETALE :
Facultatif
S3 Physiologie Cardiovasculaire et Respiratoire 1 (PA-103)
3 créditsS3 Nutrition minérale et hydrique des plantes (BPV-102)
3 créditsS3 Physiologie végétale-La photosynthèse à la base de la chaîne alimentaire (BPV-103)
3 créditsS3 Régulation des grandes fonctions par les systèmes nerveux autonome et endocriniens (PA-104)
3 crédits
Facultatif
Facultatif
Facultatif
Module à choix en NEUROSCIENCES
Facultatif
S3 Neurosciences1 (NEU-101)
3 crédits
Facultatif
Modules OBLIGATOIRES
S4-anglais 4 (ANG-204)
2 créditsS4 Réussite étudiante 4 (RE-204)
1 crédits
Facultatif
LISTE DES MODULES à choix : 9 à choisir parmi les modules (facultatif)
Facultatif
Modules à choix en BIOCHIMIE et BIOLOGIE MOLECULAIRE:
Facultatif
S4 AEP Approches expérimentales d'analyse des protéines ((BBM-206)
3 créditsS4 SFAN Structure et fonctionnement des acides nucléiques (BBM-207)
3 créditsS4 TEBIO Techniques d'analyse en biochimie (BBM-208)
3 créditsS4 OSEAN Outils d'analyse de séquences nucléiques (BBM-209)
3 créditsS4 COB Chimie : Chimie organique pour la biologie (CHM-203)
3 crédits
Facultatif
Facultatif
Modules à choix en BIODIVERSITE ECOLOGIE EVOLUTION
Facultatif
S4 Evolution 2 (BEE-209)
3 créditsS4 Ecologie comportementale 1 (BEE-207)
3 créditsS4 ECO1 Ecologie générale (BEE-208)
3 créditsS4 Biostatistiques 3 (STAT-203)
3 crédits
Facultatif
Modules à choix en PHYSIOLOGIE
Facultatif
Facultatif
Modules à choix en PHYSIQUE CHIMIE :
Facultatif
S4 Biophysique : Mesures Physiques et Capteurs (MPC-201)
3 créditsS4 Biophysique : Mesures physiques et Biomécanique (MPB-201)
3 créditsS4 Chimie : Chimie des solutions (CHS-101)
3 créditsS4 Chimie : Atomistique (ATO-201)
3 créditsS4 Chimie : Liaisions chimiques (LIC-201)
3 créditsS4 Physique : Thermodynamique (THD-201)
3 crédits
Facultatif
Module à choix en NEUROSCIENCES :
Facultatif
S4 Neurosciences 2 (NEU-202)
3 crédits
Facultatif
Facultatif
Facultatif
Module à choix STAGE
Facultatif
S4 stage (STAG-201)
3 crédits
Licence 3
Modules OBLIGATOIRES
S5 Anglais 5 (ANG-105)
2 créditsS5 Réussite étudiant 5 (RE-105)
1 crédits
Facultatif
LISTE DES MODULES à choix : 9 à choisir parmi les modules (facultatif)
Facultatif
Facultatif
Facultatif
Modules à choix en BIODIVERSITE, ECOLOGIE, EVOLUTION
Facultatif
S5 Gestion & Conservation de la Biodiversité (bases) (BEE-217E)
3 créditsS5 Projet Immersif pour la Biodiversité (Prise en charge des objectifs ( BEE-115E)
3 créditsS5 Conception et réalisation d'un projet scientifique sur la Biodiversité (BEE-110E)
3 créditsS5 Description de la Biodiversité (méthodes) (BEE-111E)
3 créditsS5 Ecologie des interactions (BEE-112E)
3 créditsS5 Evolution 3 (BEE-113E)
3 créditsS5 Ecologie comportementale 2 (BEE-114E)
3 crédits
Facultatif
Modules à choix en BIOCHIMIE et BIOLOGIE MOLECULAIRE:
Facultatif
S5 ADRE ADN recombinant (BBM-110E)
3 créditsS5 BABIO Bases de la bioinformatique (BBM-111E)
3 créditsS5 MELIA Médiateurs LIPIDIQUES Aspects Moléculaires (BBM-112E)
3 créditsS5 MEMO Mécanismes d'évolution et de conservation des génomes (BBM-113E)
3 créditsS5 SFP Structure et Fonction des Protéines (BBM-114E)
3 créditsS5 CIA Cinétique Enzymatique et Allostérie (BBM-115E)
3 créditsS5 MEDEE Initiation au monde de l'entreprise (BBM-121)
3 créditsS5 COMSCI Communication et Valorisation Scientifique (BBM-116)
3 créditsS5 SAB Structure et analyse des biomolécules (CHM-105E)
3 crédits
Facultatif
Facultatif
Facultatif
Facultatif
Facultatif
Modules à choix en PHYSIOLOGE
Facultatif
S5 Physiologie : Physiologie de la digestion (PA-110E)
3 créditsS5-Physiologie : Physiologie moléculaire et expérimentale (PA-111F)
3 créditsS5 Physiologie : Homéostasie énergétique (PA-109E)
3 créditsS5-Physiologie : Projet scientifique en Santé (PA-112E)
3 créditsS5 Physiologie : Agriculture durable (BPV-105E)
3 créditsS5 Physiologie : Perception de l’environnement abiotique et croissance des plantes (BPV-107E)
3 créditsS5 Physiologie : Communication interne chez les plantes (BPV-106E)
3 crédits
Facultatif
Modules obligatoires
S6 Anglais-6 (ANG-206)
2 créditsS6 Réussite étudiant 6 (RE-206)
1 crédits
Facultatif
LISTE DES MODULES à choix : 9 à choisir parmi les modules (facultatif)
Facultatif
Modules à Choix en BIOCHIMIE et BIOLOGIE MOLECULAIRE
Facultatif
S6 BPHAM Bases de Pharmacologie moléculaire (BBM-217E)
3 créditsS6 APHAM Approches Expérimentales en Pharmacologie moléculaire (BBM-218E)
3 créditsS6 BIOPRO Biochimie des Protéines (BBM-219E)
3 créditsS6 MAG Métabolisme des acides nucléiques et des glucides (BBM-220E)
3 créditsS6 MQP Modifications post-traductionnelles et contrôle qualité des protéines (BBM-222E)
3 créditsS6 REGEE Régulation de l'expression des gènes eucaryotes (BBM-223)
3 créditsS6 REPEM Reconnaissance entre protéines et petites molécules (BBM-224E)
3 créditsS6 STRACE Stratégies et Activité Catalytique des Enzymes (BBM-225E)
3 créditsS6 SPB Synthèse et propriétés des biomolécules (CHM-206E)
3 crédits
Facultatif
Facultatif
Modules à choix en ECOLOGIE BIOLOGIE DE LA CONSERVATION
Facultatif
S6 Biodiversité Santé (BEE-216E)
3 créditsS6 Expertise naturaliste (EXN-201)
3 créditsS6 Ecologie des communautés (BEE-222E)
3 créditsS6 Gestion & Conservation de la Biodiversité (Développement pratique)(BEE-218E)
3 créditsS6 Microorganismes-Environnement (BEE-219E)
3 créditsS6 ADB Facteurs abiotiques & Biodiversité 1 (BEE-220E)
3 créditsS6 Projet Immersif pour la Biodiversité (Réalisation et restitution) (BEE-221E)
3 crédits
Facultatif
Modules à choix en PHYSIOLOGIE ANIMALE
Facultatif
S6 Physiologie de la communication (PA-214E)
3 créditsS6 Nutrition et Alimentation (PA-213E)
3 créditsS6 Physiologie systémique et Physiopathologie intégratives de la Reproduction Humaine (PA-217E)
3 créditsS6 Physiopathologie humaine 1: Inflammation, Maladies cardiovasculaires et métaboliques (PA-215E)
3 créditsS6 Physiopathologie humaine 2 (PA-216E)
3 créditsS6 Projet expérimental en santé (PA-218E)-PES
3 crédits
Facultatif
Modules à choix en PHYSIOLOGIE VEGETALE
Facultatif
Facultatif
Facultatif
Facultatif
Modules à choix en NEUROSCIENCES
Facultatif
S6 Neurosciences-4 (NEU-204E)
3 crédits
Facultatif
Module sà choix en PRE-PROF et COMMUNICATION
Facultatif
S6 Communication Scientifique-Muséographie (CSM-201)
3 créditsS6 PREPRO MEF2-2 Préprofessionnalisation aux métiers de l'éducation et de la formation-stage (PP2-202E)
3 créditsS6 PREPRO MEF2-3 Préprofessionnalisation aux métiers de l'éducation et de la formation (PP2-203E)
3 créditsS5 Pédagogie-Didactique des Sciences (PDS-201E)
3 crédits
Facultatif
Modules à choix en IMMUNOLOGIE
Facultatif
Licence 1 Accès Santé (LAS) - Rentrée 2024
L’objectif de la première année de Licence avec Accès Santé (LAS) « Sciences Vie, Terre, Envionnement » est d’offrir la possibilité aux étudiant.e.s de candidater à la deuxième année des études de santé dans les filières Médecine, Maïeutique, Odontologie et Pharmacie (MMOP).
La première année LAS « Science de la Vie » apporte une formation initiale de base de qualité dans les différents domaines des Sciences de la Vie, de la Terre et de l’Environnement tout en permettant aux étudiantes et étudiants de suivre les enseignements des Unités d’Enseignement (UE) Optionnelles de la mineure Santé. Pour les étudiant.e.s non retenu.e.s en 2ème année MMOP et autorisé.e.s à poursuivre en L2 « Science Vie, Terre, Environnement », plusieurs cursus de formation seront possibles avec l’individualisation d’une mention « Science de la Vie » composées de plusieurs parcours et d’une mention ʺSciences de la Terreʺ. Pour la licence « Science de la Vie », le projet étudiant se finalise en L3, par une spécialisation forte et disciplinaire incarnée par 6 parcours différents. Celle-ci permet un accès aisé aux masters habilités dans le domaine « Vie, Terre, Environnement, Santé » de l’université de Bourgogne ainsi que dans de nombreux masters proposés dans d’autres universités, voire aux écoles d’ingénieur dans la mesure où l’un des parcours prépare spécifiquement au concours B. En fonction du choix d’options et de parcours, elle permet aussi une préparation progressive aux carrières académiques de l’enseignement primaire (professorat des écoles), secondaire (CAPES de SVT), ou supérieur (doctorat).
La capacité d’accueil en L1 LAS est de 50 étudiant.e.s.
Selon la règlementation en vigueur :
- Un étudiant en LAS1 ne peut pas redoubler en LAS1
- Un étudiant en L1 SVTE AGIL (licence en 2 ans) ne peut pas aller en LAS1
- Un étudiant en L1 SVTE AGIL (licence en 2 ans) ne peut pas se réorienter en LAS1
- Un étudiant en L1 SVTE ne peut pas redoubler, ni se réorienter en LAS1
Pour ces étudiants, l'accès aux études de santé pourra s'effectuer à partir de la 2ème année de licence sciences Vie
S1 Réussite étudiante 1 (RE-101)
0,5 créditsS1 Anglais 1 (ANG-101)
1,5 créditsS1 Mathématiques appliquées (MAT-101)
1,5 créditsS1 Pratique de laboratoire et de terrain (PLT-101)
1,5 créditsS1 MOVI Molécules du vivant (BBM-101)
5 créditsBiochimie Biologie Moléculaire (BBM-101)
3,5 crédits
S1 Cellule et virus (BC-101)-BC 1
5 créditsS1 Les Grandes Fonction des Etres Vivants (BPE-101)-GFEV
5 créditsPhysiologie animale (BPE-101)
1,5 créditsBiologie animale (BPE-101)
2 créditsPhysiologie Végétale (BPE-101)
1,5 crédits
S1 Ecologie et biodiversité (BEE-101)-ECO BIODIV
5 créditsS1 Planète, Terre, Environnement et Ressources : Géosciences (TE-101)
5 créditsUE Sciences Humaines et Sociales
5 créditsPsychologie
1,7 créditsPhilosophie
0,8 créditsDroit
1,2 créditsRelation soignant-soigné
1,3 crédits
S2 Réussite étudiant 2 (RE-201)
0,5 créditsS2 Anglais 2 (ANG-201)
1 créditsS2 Biostatistiques1 (STAT-201)-STAT1
1,5 créditsS2 SPENZY Structure des protéines et enzymologie : Biochimie Biologie Moléculaire (BBM-202)
3 créditsS2 BC 2 Biologie cellulaire 2 (BC-202)
3 créditsS2 COMNEHO1 Communication nerveuse et hormonale-physiologie animale et humaine (PA-201)
3 créditsS2 ANFP1 Anatomie fonctionnelle des plantes-physiologie végétale (BPV-201)
3 créditsS2 BE Biologie évolutive (BEE -201)
3 créditsS2 DRV1 Biologie végétale : Diversité du Règne Végétal 1 (DRV-201)
3 créditsS2 DRA1 Diversité du Règne Animal 1-biologie animale (DRA-201)
3 créditsS2 Chimie et Biophysique (CHMP-201)
3 créditsAu choix : 1 à 4 parmi 4
UE SANTE
Préparation Concours licence AGRO-VETO
Préparation concours B Licence Agro Véto
L’objectif du parcours Préparation aux concours Licence Agro Véto est non seulement d’apporter aux étudiant.e.s une solide formation en biologie mais aussi de les préparer spécifiquement aux épreuves d'accès aux écoles nationales vétérinaires et aux écoles nationales supérieures d'agronomie. Les étudiant.e.s seront préparé.e.s aux épreuves écrites et orales des concours en terme de connaissances (programme du concours notamment avec des enseignements spécifiques en chimie et Science et Sociétés) et en terme de compétences (épreuves blanches de chimie, entretien de motivation, présentation et argumentation sur des sujets scientifiques). À l’issue de leur formation, les étudiant.e.s auront intégré des connaissances fondamentales en biologie de l’échelle moléculaire à celle de l’organisme ainsi que de solides connaissances en chimie. Ils/elles auront également développé leur capacité à présenter et à argumenter.
S1 Réussite étudiante 1 (RE-101)
0,5 créditsS1 Anglais 1 (ANG-101)
1,5 créditsS1 Mathématiques appliquées (MAT-101)
1,5 créditsS1 Pratique de laboratoire et de terrain (PLT-101)
1,5 créditsS1 MOVI Molécules du vivant (BBM-101)
5 créditsBiochimie Biologie Moléculaire (BBM-101)
3,5 crédits
S1 Cellule et virus (BC-101)-BC 1
5 créditsS1 Les Grandes Fonction des Etres Vivants (BPE-101)-GFEV
5 créditsPhysiologie animale (BPE-101)
1,5 créditsBiologie animale (BPE-101)
2 créditsPhysiologie Végétale (BPE-101)
1,5 crédits
S1 Ecologie et biodiversité (BEE-101)-ECO BIODIV
5 créditsS1 Planète, Terre, Environnement et Ressources : Géosciences (TE-101)
5 créditsS1 Enseignements complémentaires PCB
UE PCB Chimie 1 (CHM-101)
0 crédits
S2 Réussite étudiant 2 (RE-201)
0,5 créditsS2 Anglais 2 (ANG-201)
1 créditsS2 Biostatistiques1 (STAT-201)-STAT1
1,5 créditsS2 SPENZY Structure des protéines et enzymologie : Biochimie Biologie Moléculaire (BBM-202)
3 créditsS2 BC 2 Biologie cellulaire 2 (BC-202)
3 créditsS2 COMNEHO1 Communication nerveuse et hormonale-physiologie animale et humaine (PA-201)
3 créditsS2 ANFP1 Anatomie fonctionnelle des plantes-physiologie végétale (BPV-201)
3 créditsS2 BE Biologie évolutive (BEE -201)
3 créditsS2 DRV1 Biologie végétale : Diversité du Règne Végétal 1 (DRV-201)
3 créditsS2 DRA1 Diversité du Règne Animal 1-biologie animale (DRA-201)
3 créditsS2 Chimie et Biophysique (CHMP-201)
3 créditsS2 Sciences et société (SES-201)
3 créditsUE PCB chimie 2 (CHM-202)
0 crédits
S3 Enseignements spécifiques PCB-Obligatoire
S3 anglais 3 (ANG-103) - Copie
2 créditsS3 réussite étudiant 3 (RE-103)
1 créditsS3 Biostatistiques 2 (STAT-102)-BIOSTAT2
3 créditsS3 Chimie générale prépa (PCB)-chimie générale (CGP-101)
3 créditsS3 Chimie : Chimie organique prépa B (COP-101)
3 créditsS3 Sciences et sociétés 2 (SES-102)
3 créditsS3 Préparation aux oraux Concours B -1 POC-101
3 créditsS3 Enseignements complémentaires PCB
0 créditsS3 Mathématiques pour les chimistes
0 crédits
Facultatif
LISTE MODULES à choix : 4 à choisir parmi les modules (facultatifs)
3 créditsAu choix : 4 parmi 16
S3 Diversité du règne animal 2 (DRA-102)-DRA2
3 créditsS3 Diversité du règne animal 3 (DRA-103)-DRA3
3 créditsS4 Physique : Thermodynamique (THD-201)
3 créditsS3 Métabolisme cellulaire intégré et régulation (BBM-104)-MIRE
3 créditsS3 ECO-MIC Ecologie microbienne- Cycles biogéochimiques (BEE-102)
3 créditsS3 Nutrition minérale et hydrique des plantes (BPV-102)
3 créditsS3 Physiologie végétale-La photosynthèse à la base de la chaîne alimentaire (BPV-103)
3 créditsS3 Régulation des grandes fonctions par les systèmes nerveux autonome et endocriniens (PA-104)
3 créditsS3 Usages numériques-préparation PIX (PIX-101)
3 créditsS3 Neurosciences1 (NEU-101)
3 créditsS3 Biologie cellulaire 3-Flux d'information (BC-103)
3 créditsS3 Microbiologie générale (MIC-101)
3 créditsS3 Bases fondamentales de l'immunologie (IMM-101)
3 créditsS3 Biologie du développement 1, Embryogenèse (DEV-101)
3 créditsS3 Essentiels de Génétique 1 (GEN-101)
3 créditsS3 Evolution1 (BEE-103)
3 crédits
S4 Enseignements spécifiques PCB-Obligatoire
S4 au choix 7 à choisir
Au choix : 7 parmi 14
S4 TEBIO Techniques d'analyse en biochimie (BBM-208)
3 créditsS4 Biologie du développement 2 : Organogenèse (DEV-202)
3 créditsS4 Immunité et Infection (IMM-202)
3 créditsS4 Biologie Cellulaire 4 : Cellules dans leur contexte social (BC-204)
3 créditsS4 ECO1 Ecologie générale (BEE-208)
3 créditsS4 Physiologie musculaire et motricité (PA-205)
3 créditsS4 Stratégie d’adaptations des plantes aux stress (BPV-204)
3 créditsS4 Physiologie rénale et équilibre hydrique (PA-206)
3 créditsS4 Chimie : Chimie des solutions (CHS-101)
3 créditsS4 Neurosciences 2 (NEU-202)
3 créditsS4 DRV2 Biologie végétale : Diversité du Règne Végétal 2 (DRV-202)
3 créditsS4 DRA4 Diversité du règne animal 4 : classification phylogénétique des animaux (DRA-204)
3 créditsS4 Microbiologie et biotechnologie (MIC-202)
3 créditsS4 Physiologie sensorielle (PA-208)
3 crédits
Enseignements spécifiques CYPI
Les 95 étudiants de CYPI (Cycle Préparatoire Intégré ) inscrits à l'Institut AGRO de Dijon suivent les cours de Licence 1 (semestre 2) et certains cours de licence 2ème année (Semestre 3 et 4) de l'UFR SVTE.
Facultatif
Facultatif
Facultatif
Facultatif
Facultatif
S3 anglais 3 (ANG-103)
2 créditsS3 Biostatistiques 2 (STAT-102)-BIOSTAT2
3 crédits
Facultatif
Facultatif
Facultatif
S3 anglais 3 (ANG-103)
2 créditsS3 Biostatistiques 2 (STAT-102)-BIOSTAT2
3 crédits
Facultatif
Facultatif
Facultatif
Facultatif
S4-anglais 4 (ANG-204)
2 créditsS4 Biostatistiques 3 (STAT-203)
3 crédits
Facultatif
Facultatif
Facultatif
Facultatif
S4-anglais 4 (ANG-204)
2 créditsS4 Biostatistiques 3 (STAT-203)
3 crédits
Facultatif
Facultatif
Facultatif
S4-anglais 4 (ANG-204)
2 créditsS4 Biostatistiques 3 (STAT-203)
3 crédits
PASS mineure SVTE (Sciences Vie, Terre et Environnement)
Organisation et description des études :
L’année de PASS se déroule en deux temps :
- à l’issue des deux sessions d’examens, le jury de validation entérine la validation ou non de l’année de PASS. Les étudiants ayant échoué peuvent passer les épreuves dites de rattrapage, dans le seul but de valider leur année de licence. Quelque soient les résultats obtenus à cette session de rattrapage, ils ne sont en aucun cas admis à postuler pour l’accès en 2è année MMOP.
- Les dossiers des étudiants ayant validé leur L1 sont examinés par le jury dit de sélection.
ACCES en 2è ANNEE
Procédure d’admission dans les formations de médecine, de pharmacie, d’odontologie, de maïeutique et des métiers de la rééducation
L’admission dans chacune des formations de médecine, de pharmacie, d’odontologie, de maïeutique ou paramédicale est placée sous la responsabilité d’un Jury dit de Sélection qui examine les candidatures.
Tout candidat peut présenter deux fois sa candidature pour une admission dans les formations MMOP sous réserve d’avoir validé au moins 60 ECTS supplémentaires lors de sa seconde candidature. Toutefois, une dérogation permettant une troisième candidature justifiée par une situation exceptionnelle de l’étudiant peut être accordée par le président de l’université sur proposition du directeur de la composante (art. 6, arrêté du 4/11/2019).
Les étudiants doivent obligatoirement choisir 2 (et seulement 2) filières. A l’issue du 1er semestre et après publication des résultats (qui seront disponibles par voie d’affichage à l’UFR et sur l’ENT de chaque étudiant), ils choisissent les deux UE spécifiques correspondantes aux filières de leur choix. L’inscription pédagogique aux UE spécifiques est obligatoire. La période d’inscription est définie chaque année par le service de la scolarité (les inscriptions se dérouleront uniquement sur internet et à l’issue des résultats, http://ent.u-bourgogne.fr)
Les candidats déposent un dossier de candidature. Ce dossier devra comporter les pièces suivantes :
- La description du parcours de formation antérieur ;
- le nombre de candidatures antérieures déposées dans une université française, et le cas échéant,
une attestation sur l'honneur indiquant le nombre d'inscriptions en première année commune des études de santé (PACES) ou au Parcours d’Accès Santé Spécifique (PASS) ;
- une attestation sur l'honneur indiquant que le candidat n'a pas déposé au cours de la même année universitaire de dossier de candidature pour la même formation dans une autre université.
1/ Les épreuves du premier groupe sont constituées des épreuves participant à la validation du parcours
de formation auquel est inscrit l’étudiant (PASS ou LAS).
Le jury de validation de l’année de licence L1 PASS se réunit pour examiner les notes obtenues par les candidats au premier groupe d’épreuves, et pour établir la liste des étudiants ayant validé cette L1.
Le jury de sélection fixe les notes minimales permettant aux candidats d'être admis directement en premier cycle des formations de médecine, de pharmacie, d'odontologie, de maïeutique ou des métiers de la rééducation, ainsi que les notes minimales autorisant les autres candidats à se présenter au second groupe d'épreuves.
Les candidats ayant obtenu des notes supérieures au seuil d’admission directe défini par le jury de sélection sont admis dans les formations de médecine, de pharmacie, d'odontologie, de maïeutique ou de des métiers de la rééducation sans avoir à se présenter aux épreuves du second groupe. Pour chaque formation, une liste de ces étudiants admis est publiée.
Les candidats concernés par cette admission directe doivent, au plus tard huit jours avant le début des épreuves de la phase du second groupe, confirmer l'acceptation de leur admission en précisant, lorsque leur nom figure sur plusieurs listes d'admission, la formation : médecine, pharmacie, d'odontologie, maïeutique
ou les métiers de la rééducation , définitivement choisie. Sans cette acceptation, les étudiants perdent le bénéfice de cette admission.
Cas d’un étudiant inscrit sur une liste d’admission directe pour une filière et admis aux épreuves de second groupe pour une autre filière : l’acceptation de l’admission directe dans une filière induit automatiquement le renoncement à passer les épreuves du second groupe dans une autre filière. A l’inverse, le renoncement à l’admission directe dans une filière est nécessaire pour être admis aux épreuves de second groupe dans une autre filière.
Les étudiants ayant obtenu des notes inférieures aux premiers seuils d’admission directe, mais supérieures aux seconds seuils définis par le jury de sélection, doivent se présenter aux épreuves du second groupe.
2/ Les épreuves du second groupe sont constituées d’au moins deux épreuves orales de 10 minutes chacune, évaluées par au minimum deux examinateurs et identique pour tous les étudiants à une même formation MMOP et les métiers de la rééducation, issus d’un même groupe de parcours de formation.
A l'issue du second groupe d'épreuves, une moyenne pondérée des épreuves du premier et du second groupe sera réalisée, le coefficient de chaque groupe d’épreuves étant identique. Ainsi, les épreuves du second groupe représenteront la moitié de la moyenne finale, et les épreuves du premier groupe également la moitié de la note finale.
Le jury établit, par ordre de mérite pour chaque groupe de parcours de formation, dans la limite des capacités d'accueil fixées par l'université et du pourcentage fixé au II de l'article 7 de l’arrêté du 4 novembre 2019, la liste des candidats admis pour chaque formation.
Les candidats inscrits sur cette liste confirment, au plus tard quinze jours après la publication des résultats, leur acceptation d'admission dans une seule formation, sous peine d'en perdre le bénéfice. Ce choix est définitif.
Lorsque le nombre des candidats ne permet pas de remplir la totalité de la capacité d’accueil d’une formation MMOP et des métiers de la rééducation, l’admission peut être proposée aux candidats figurant sur une liste complémentaire, en respectant les conditions de diversification (prévues à l’art.7, arrêté 4/11/19).
Les étudiants qui ne sont pas admis dans l’une des formations de MMOP ou dans les métiers de la rééducation, en première année ou en deuxième année d’une formation mentionnée au 1° de l’art. R. 631-1 du code de l’éducation, sont réorientés dans les conditions définies au II de l’art. 612-1-9-1 du code de l’éducation.
Aucun redoublement n’est autorisé en PASS.
Biochimie et biologie moléculaire
Les nouvelles LICENCES (offre de formation 2024-2028) sont progressivement mises en application à l'UFR SVTE
- Rentrée 2024 : entrée en application de la LICENCE 1 " Sciences de la Vie et de la Terre "
- Rentrée 2025 : entrée en application des nouvelles LICENCES 2ème année "Sciences de la Vie" et LICENCE 2ème année "Sciences Terre"
- Rentrée 2026 : entrée en application des nouvelles LICENCES 3ème année "Sciences de la Vie" et LICENCE 3ème année " Sciences Terre"
A partir de la rentrée 2025, la LICENCE à la carte entre en application : l'étudiant définit son parcours au cours des semestres 3 à 6 en fonction des Unités d'enseignements qu'il aura choisi.
Pour une meilleure compréhension de cette réforme, veuillez prendre connaissance du
- livret d’accueil pour la licence Sciences Vie
- livret d’accueil pour la Licence Sciences Terre
Biodiversité, écologie et évolution
Les nouvelles LICENCES (offre de formation 2024-2028) sont progressivement mises en application à l'UFR SVTE
- Rentrée 2024 : entrée en application de la LICENCE 1 " Sciences de la Vie et de la Terre "
- Rentrée 2025 : entrée en application des nouvelles LICENCES 2ème année "Sciences de la Vie" et LICENCE 2ème année "Sciences Terre"
- Rentrée 2026 : entrée en application des nouvelles LICENCES 3ème année "Sciences de la Vie" et LICENCE 3ème année " Sciences Terre"
A partir de la rentrée 2025, la LICENCE à la carte entre en application : l'étudiant définit son parcours au cours des semestres 3 à 6 en fonction des Unités d'enseignements qu'il aura choisi.
Pour une meilleure compréhension de cette réforme, veuillez prendre connaissance du
- livret d’accueil pour la licence Sciences Vie
Biologie cellulaire et physiologie
Les nouvelles LICENCES (offre de formation 2024-2028) sont progressivement mises en application à l'UFR SVTE
- Rentrée 2024 : entrée en application de la LICENCE 1 " Sciences de la Vie et de la Terre "
- Rentrée 2025 : entrée en application des nouvelles LICENCES 2ème année "Sciences de la Vie" et LICENCE 2ème année "Sciences Terre"
- Rentrée 2026 : entrée en application des nouvelles LICENCES 3ème année "Sciences de la Vie" et LICENCE 3ème année " Sciences Terre"
A partir de la rentrée 2025, la LICENCE à la carte entre en application : l'étudiant définit son parcours au cours des semestres 3 à 6 en fonction des Unités d'enseignements qu'il aura choisi.
Pour une meilleure compréhension de cette réforme, veuillez prendre connaissance du
- livret d’accueil pour la licence Sciences Vie
Sciences du végétal
Les nouvelles LICENCES (offre de formation 2024-2028) sont progressivement mises en application à l'UFR SVTE
- Rentrée 2024 : entrée en application de la LICENCE 1 " Sciences de la Vie et de la Terre "
- Rentrée 2025 : entrée en application des nouvelles LICENCES 2ème année "Sciences de la Vie" et LICENCE 2ème année "Sciences Terre"
- Rentrée 2026 : entrée en application des nouvelles LICENCES 3ème année "Sciences de la Vie" et LICENCE 3ème année " Sciences Terre"
A partir de la rentrée 2025, la LICENCE à la carte entre en application : l'étudiant définit son parcours au cours des semestres 3 à 6 en fonction des Unités d'enseignements qu'il aura choisi.
Pour une meilleure compréhension de cette réforme, veuillez prendre connaissance du
- livret d’accueil pour la licence Sciences Vie
SVT - Métiers de l'enseignement
Les nouvelles LICENCES (offre de formation 2024-2028) sont progressivement mises en application à l'UFR SVTE
- Rentrée 2024 : entrée en application de la LICENCE 1 " Sciences de la Vie et de la Terre "
- Rentrée 2025 : entrée en application des nouvelles LICENCES 2ème année "Sciences de la Vie" et LICENCE 2ème année "Sciences Terre"
- Rentrée 2026 : entrée en application des nouvelles LICENCES 3ème année "Sciences de la Vie" et LICENCE 3ème année " Sciences Terre"
A partir de la rentrée 2025, la LICENCE à la carte entre en application : l'étudiant définit son parcours au cours des semestres 3 à 6 en fonction des Unités d'enseignements qu'il aura choisi.
Pour une meilleure compréhensions de cette réforme, veuillez prendre connaissance du
- livret d’accueil pour la licence Sciences Vie
S1 MOVI Molécules du vivant (BBM-101)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
L’UE Molécules du Vivant aborde,
- en CM :
Partie Chimie :
Atomistique : répartition des électrons sur les couches électroniques et formation de liaisons
Réactions acido-basiques : définitions, apprendre à calculer le pH d’une solution aqueuse et dosages
Réactions d’oxydo-réduction : définitions, réaction et potentiels d’oxydoréduction, dosages
Réactions de précipitation : définitions, solubilité, dosages
Fonction chimique : nomenclature en chimie organique, reconnaissance des fonctions chimiques
Partie Biochimie :
- Introduction aux bases moléculaires du monde vivant et objectifs de la biochimie et biologie moléculaire.
- Structure et propriétés des glucides, lipides, protéines, acides nucléiques (des constituants de base aux macromolécules)
- Introduction aux structures et propriétés des acides aminés et des protéines
- Introduction à la structure et au fonctionnement des acides nucléiques.
- Introduction au métabolisme et des synthèses de biomolécules
- en TD :
Partie Chimie :
Exercices d'application des notions vues en cours.
Partie Biochimie :
- Les glucides (formules linéaires et cyclisation)
- Les lipides (structure des acides gras, des triglycérides et des phospholipides)
- Les acides aminés (structure, équilibres de dissociation, calcul de pHi) -- Structure primaire des protéines (techniques de séquençage)
- Structures primaire et secondaire des acides nucléiques
- Réplication, transcription et traduction
Biochimie Biologie Moléculaire (BBM-101)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce Module est obligatoire faisant partie du socle de la formation au premier semestre, en particulier sur les molécules qui constituent les êtres vivants et leur propriétés chimiques.
L’UE Molécules du Vivant aborde,
- en CM :
Partie Chimie :
Atomistique : répartition des électrons sur les couches électroniques et formation de liaisons
Réactions acido-basiques : définitions, apprendre à calculer le pH d’une solution aqueuse et dosages
Réactions d’oxydo-réduction : définitions, réaction et potentiels d’oxydoréduction, dosages
Réactions de précipitation : définitions, solubilité, dosages
Fonction chimique : nomenclature en chimie organique, reconnaissance des fonctions chimiques
Partie Biochimie :
- Introduction aux bases moléculaires du monde vivant et objectifs de la biochimie et biologie moléculaire.
- Structure et propriétés des glucides, lipides, protéines, acides nucléiques (des constituants de base aux macromolécules)
- Introduction aux structures et propriétés des acides aminés et des protéines
- Introduction à la structure et au fonctionnement des acides nucléiques.
- Introduction au métabolisme et des synthèses de biomolécules
- en TD :
Partie Chimie :
Exercices d'application des notions vues en cours.
Partie Biochimie :
- Les glucides (formules linéaires et cyclisation)
- Les lipides (structure des acides gras, des triglycérides et des phospholipides)
- Les acides aminés (structure, équilibres de dissociation, calcul de pHi) -- Structure primaire des protéines (techniques de séquençage)
- Structures primaire et secondaire des acides nucléiques
- Réplication, transcription et traduction
S1 Les Grandes Fonction des Etres Vivants (BPE-101)-GFEV
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Physiologie animale (BPE-101)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
1,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
La biologie / physiologie végétale consiste à étudier les spécificités de la cellule végétale et les fonctions associées aux principaux tissus et organes des plantes selon une approche intégrative (du gène à l’organisme). La maitrise des concepts fondamentaux conduisant au développement de la plante permet de mieux comprendre l’importance des plantes pour les êtres vivants et les pistes d’amélioration de leur fonctionnement en lien avec les contraintes imposées par leur environnement biotique et abiotique.
Cours magistraux :
Introduction (1h30) : Pourquoi étudier les plantes ? Quels services les plantes rendent-elles à l’Homme et à la nature ? Comment les scientifiques peuvent améliorer le fonctionnement des plantes ? Ch. 1 : Particularités de la cellule végétale (1h30) : Spécificités de la cellule végétale. La paroi, les plasmodesmes, la vacuole, les plastes et leurs rôles. Ch. 2 : Anatomie et Histologie des plantes : organes et tissus végétaux (1h30). Ports végétaux et notion de phytomères. Les différents organes de la phase végétative. Les différents tissus et les principales fonctions assurées. Ch. 3 : Reproduction sexuée (floraison et fécondation) et asexuée (1h30). Induction, initiation et organogénèse florale. Gamétophytes mâles et femelles, pollinisation et fécondation. Formation de graines et de fruits. Dissémination des semences. Notions de reproduction asexuée. Ch. 4 : Germination de la graine et croissance de la plante (1h30) Germination de la graine. Croissance primaire et secondaire et développement de la plante. Notions de dominance apicale et de phytohormones. Ch. 5 : Nutrition minérale et échanges gazeux (1h30). Besoins nutritifs des plantes. Absorption d’eau et nutrition par transport radial et vertical. Échanges gazeux (stomates). Ch. 6 : Interactions Plantes & Environnement (1h30). Perception des facteurs environnementaux. Notions de symbiose, parasitisme, attraction et prédation dans les relations Plantes-Plantes, Plantes-Microbes, Plantes-Insectes, et Plantes-Animaux. Défenses constitutives et défenses induites des plantes contre les différents agresseurs. Ch. 7 : Importance socio-économique des plantes (1h30). Importance des plantes pour l’économie. Introduction sur les molécules bio-actives issus de plantes.
Travaux dirigés (3h)
TD 1. Notions de reconnaissance et bases de la phylotaxie en préparation des TP de l’UE Pratiques de Terrain « Initiation à la Botanique ». Notions de reconnaissance de différents organes végétaux (feuilles simples vs composées, feuilles caduques vs feuilles pérennes, fruits simples secs ou charnus vs fruits composés, différents types de graines).
TD 2. Utilisation de clés de détermination pour différencier gymnospermes vs angiospermes, monocotylédones vs eudycotylédones et identification d’une vingtaine d’espèces végétales au retour de la sortie terrain. Identifier des espèces sources de molécules bioactives et des plantes « bioindicateurs ».
Travaux pratiques :
Un TP de l’UE Pratiques de Terrain « Initiation à la Botanique » sera associé à cette UE. Notions de reconnaissance de différents organes végétaux (feuilles simples vs composées, feuilles caduques vs feuilles pérennes, fruits simples secs ou charnus vs fruits composés, différents types de graines).
Biologie animale (BPE-101)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
2 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Structures et Fonctions des Vertébrés (SFV)
Cours:
Les différentes stratégies de la gestion de la température interne chez les Vertébrés
La gestion du contenu en eau chez les Vertébrés
Perception et coordination chez les Vertébrés
TD : A partir de documents tirés d’études-clefs illustrant les thèmes abordés en cours : analyser ces documents, les confronter aux connaissances acquises, en déduire une interprétation.
Physiologie Végétale (BPE-101)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
1,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
La biologie / physiologie végétale consiste à étudier les spécificités de la cellule végétale et les fonctions associées aux principaux tissus et organes des plantes selon une approche intégrative (du gène à l’organisme). La maitrise des concepts fondamentaux conduisant au développement de la plante permet de mieux comprendre l’importance des plantes pour les êtres vivants et les pistes d’amélioration de leur fonctionnement en lien avec les contraintes imposées par leur environnement biotique et abiotique.
Cours magistraux :
Introduction (1h30) : Pourquoi étudier les plantes ? Quels services les plantes rendent-elles à l’Homme et à la nature ? Comment les scientifiques peuvent améliorer le fonctionnement des plantes ? Ch. 1 : Particularités de la cellule végétale (1h30) : Spécificités de la cellule végétale. La paroi, les plasmodesmes, la vacuole, les plastes et leurs rôles. Ch. 2 : Anatomie et Histologie des plantes : organes et tissus végétaux (1h30). Ports végétaux et notion de phytomères. Les différents organes de la phase végétative. Les différents tissus et les principales fonctions assurées. Ch. 3 : Reproduction sexuée (floraison et fécondation) et asexuée (1h30). Induction, initiation et organogénèse florale. Gamétophytes mâles et femelles, pollinisation et fécondation. Formation de graines et de fruits. Dissémination des semences. Notions de reproduction asexuée. Ch. 4 : Germination de la graine et croissance de la plante (1h30) Germination de la graine. Croissance primaire et secondaire et développement de la plante. Notions de dominance apicale et de phytohormones. Ch. 5 : Nutrition minérale et échanges gazeux (1h30). Besoins nutritifs des plantes. Absorption d’eau et nutrition par transport radial et vertical. Échanges gazeux (stomates). Ch. 6 : Interactions Plantes & Environnement (1h30). Perception des facteurs environnementaux. Notions de symbiose, parasitisme, attraction et prédation dans les relations Plantes-Plantes, Plantes-Microbes, Plantes-Insectes, et Plantes-Animaux. Défenses constitutives et défenses induites des plantes contre les différents agresseurs. Ch. 7 : Importance socio-économique des plantes (1h30). Importance des plantes pour l’économie. Introduction sur les molécules bio-actives issus de plantes.
Travaux dirigés (3h)
TD 1. Notions de reconnaissance et bases de la phylotaxie en préparation des TP de l’UE Pratiques de Terrain « Initiation à la Botanique ». Notions de reconnaissance de différents organes végétaux (feuilles simples vs composées, feuilles caduques vs feuilles pérennes, fruits simples secs ou charnus vs fruits composés, différents types de graines).
TD 2. Utilisation de clés de détermination pour différencier gymnospermes vs angiospermes, monocotylédones vs eudycotylédones et identification d’une vingtaine d’espèces végétales au retour de la sortie terrain. Identifier des espèces sources de molécules bioactives et des plantes « bioindicateurs ».
Travaux pratiques :
Un TP de l’UE Pratiques de Terrain « Initiation à la Botanique » sera associé à cette UE. Notions de reconnaissance de différents organes végétaux (feuilles simples vs composées, feuilles caduques vs feuilles pérennes, fruits simples secs ou charnus vs fruits composés, différents types de graines).
S1 Ecologie et biodiversité (BEE-101)-ECO BIODIV
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
L’écologie se définit comme l’étude des interactions qui existent entre les organismes et leur environnement physique et biologique. La réponse de l’individu aux conditions de son environnement constitue l’information de base de cette discipline. A cette information fondamentale, une présentation de la diversité biologique, des grandes périodes historiques de crise et de l’action plus récente de l’homme permet d’analyser les enjeux sociétaux
Cours magistraux (30h)
Introduction au module (1h)
L’histoire naturelle forme les bases de l’écologie
Les niveaux d’organisation du vivant (1h)
Notion d’organisme, Individu, population, espèces, communauté, écosystèmes
Les organismes dans leur environnement (6h)
Les réponses aux variations de l’environnement
Les facteurs écologiques abiotiques et biotiques
Distribution des organismes.
Variations spatio-temporelles de l’environnement
Gamme de tolérance
Les écotypes reflet des adaptations aux conditions locales
Notions de variétés et de races
Concept de biomes
Introduction à l’écologie des populations et des communautés (6h)
Structure, accroissement et régulation des populations
Interactions entre organismes, compétition, prédation, mutualisme
Système population-environnement
Structure et développement des communautés
Ecologie microbienne : rôle des microorganismes dans l’environnement (2h)
Diversité des microorganismes, association hôte-microorganismes, formation des sols, rôle dans les océans et milieux aquatiques
Anthropocène : rôle des activités humaines (4h)
Niveaux de biodiversité, valeurs de la biodiversité, introduction à la biologie de la conservation
Les grandes crises de la biodiversité (2h)
Paléodiversité, Crises d’extinction massive, réorganisation de la biodiversité
Classification et diversité du règne animal (4h)
Classification phylogénétique du règne animal et plans d’organisation des animaux au cours de l’évolution
Classification et diversité du règne végétal (4h)
Classification phylogénétique du règne végétal
Evolution des végétaux
Travaux dirigés (10h)
TD en classe visant à mobiliser les concepts fondamentaux de l’écologie. Mise en situation. Lecture et travaux sur articles. Jeu de rôle.
TD1 et 2 : Les réponses aux variations de l’environnement
TD3 : Ecologie des populations
TD4 : Anthropocène : rôle des activités humaines
TD5 : Les grandes crises de la biodiversité
ECO-BIODIV : Ecologie
Niveau d'étude
BAC +1
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
ECO-BIODIV Paléontologie
Niveau d'étude
BAC +1
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
ECO-BIODIV : Biologie de organismes
Niveau d'étude
BAC +1
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S1 Planète, Terre, Environnement et Ressources : Géosciences (TE-101)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
5 crédits
S1 Cellule et virus (BC-101)-BC 1
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
La biologie cellulaire est une discipline très variée qui comprend la biologie cellulaire fondamentale (les constituants de la cellule et son fonctionnement), la biologie du développement, l'évolution moléculaire, la génétique, l'immunologie, la microbiologie, la virologie, la biologie cellulaire végétale. Elle constitue la base permettant la compréhension du fonctionnement du vivant et des pathologies. Ce module abordera ces différentes disciplines pour donner aux étudiants les connaissances, concepts et outils servant de socle à la poursuite des études en biologie.
Programme
Cours magistraux (30h)
Biologie cellulaire :
- Diversité des cellules eucaryotes
- Biologie du développement
- Génétique et enjeux sociétaux
Microbiologie :
- Bactériologie
- Virus
Immunologie
Travaux dirigés (10h)
Biologie Cellulaire :
- Techniques de biologie cellulaire
- Fluidité membranaire
Microbiologie :
- Croissance cellulaire en bactériologie
- Les virus
Immunologie :
- Réponses immunitaires
S1 Réussite étudiante 1 (RE-101)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
0,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Les modules Réussite Etudiante (un par semestre) visent à accompagner l’étudiant.e dans ses choix d’enseignements en lien avec son projet universitaire et/ou professionnel. Ces modules fournissent également des outils pour améliorer la réussite des étudiant.e.s et leur insertion professionnelle.
S1 Anglais 1 (ANG-101)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
1,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Travaux dirigés (12h)
Acquisition d’un lexique de base (listes de vocabulaire et documents de cours) nécessaire pour comprendre et s'exprimer sur des sujets scientifiques. Révision de points de grammaire essentiels : (1) La forme interrogative, (2) Les temps présent, (3) Les temps du passé, (4) Les comparatifs, (5) La négation. Entraînements réguliers via des exercices écrits et oraux.
S1 Mathématiques appliquées (MAT-101)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
1,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Revoir et approfondir quelques outils mathématiques essentiels pour les Sciences de la Vie et de la Terre.
Programme :
Bases de trigonométrie : utilisation du cercle trigonométrique, choix des unités de mesure angulaire (radian, degrés), relations trigonométriques.
Rappels sur le calcul de périmètre, d'aire de surfaces simples et de volume de solides
Étude et représentation graphique des fonctions : fonctions puissance (entières et non entières), les fonctions trigonométriques (cosinus, sinus et tangente : reconnaître la phase et la période ou la fréquence), les logarithmes (népérien et en base 10), la fonction exponentielle.
Égalités et inégalités (avec puissances et logarithmes): extraction d'une variable dans une formule, mise en équation de problèmes issus de la biologie ou géologie, méthodes de résolution simple, lecture graphique des solutions d'une équation.
Dérivées : définitions et propriétés (formule de Leibniz, dérivation des fonctions composées), dérivation des fonctions classiques.
Primitives et intégrales : introduction par les aires, calcul par différence d'intégrales pour des fonctions de signe non constant, intégration par parties, application d'un changement de variables donné.
Équations différentielles du premier ordre : méthode de recherche d'une solution particulière, description de l'ensemble des solutions, détermination et stabilité des points d'équilibres. Application aux modèles de Malthus, Verhulst,...
Notions de géométrie : coordonnées, produit scalaire, orthogonalité, équations de droites, de cercles et de plans ; repérages : (plan, espace, droites) ; projection d'un vecteur sur 2 ou 3 axes
S1 Pratique de laboratoire et de terrain (PLT-101)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
1,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
L’objectif du module est d’enseigner les outils, techniques, méthodes et bonnes pratiques de laboratoire et de terrain qui seront utiles aux étudiants dans la poursuite de leurs études au niveau des enseignements disciplinaires.
Programme :
Cours magistral (1h)
Ce cours permet d’indiquer aux étudiants arrivant sur le campus et /ou Dijon les différents lieux de déroulement des séances de travaux pratiques et de la sortie Terrain. Les modes d’évaluation en contrôle continu (uniquement) dans les différentes séances de TP ou Sortie sont présentés à savoir : en début, pendant ou bien à l’issue de la séance, en individuel ou bien en collectif (binôme/trinôme). Les supports d’enseignement sont délivrés sous forme de documents polycopiés lors du cours magistral
Sortie Terrain (4h)
Plans d’échantillonnage et relevés de terrain. Objectifs : Comprendre les atouts et limites des études de terrain face au laboratoire, maitriser certains outils et pratiques inhérentes aux études de terrain (entre autres, plans d’échantillonnage, méthodes d’observation et de récolte des données, géolocalisation, clés de détermination, mesures de l’environnement physique et biologique).
Travaux Pratiques (12h)
TP Variabilité : Prise en compte de la variabilité des mesures et des observations (en association avec le module d'analyse de données) 4 heures. Prise de mesures sur objets biologiques, description de la variation des mesures obtenues, identification des sources de variation biologique (génétique, environnementale) et méthodologique (erreur de mesure, fluctuations d'échantillonnage…).
TPMicroscopie : Initiation à la Microscopie Optique en Sciences de la Vie et de l’Environnement. L'association entre la physique, la biologie et la géologie va vous permettre d'aborder l'utilisation de différents instruments d'optique utilisés en biologie et en pétrologie pour explorer les objets biologiques et géologiques (loupe binoculaire, microscope optique en lumière blanche ou polarisée). En 4 heures de TP de laboratoire vous confectionnerez des préparations et effectuerez des colorations pour réaliser des observations vitales ou post-mortem. Vous étalonnerez les instruments d'optique. Les notions d'échelle, de dessins d'observation et de compte-rendu seront abordées.
TPMesures physiques et biologiques : Techniques et méthodes de mesures (4 heures). Application au dosage du permanganate de Potassium dans la solution de Dakin puis observation de l’action anti-bactérienne de la solution de Dakin sur une culture bactérienne. Utilisation des pipettes, préparation de pesées/dilutions/colorimétrie : dosage volumétrique, échelle de teinte, dosage spectrophotométrique.
S2 SPENZY Structure des protéines et enzymologie : Biochimie Biologie Moléculaire (BBM-202)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Le module de structure des Protéines et Enzymologie aborde les différents niveaux de structuration des protéines. Les principales techniques d’analyses des protéines sont également décrites. L’enzymologie de type Michaelien est expliquée, avec la description des activités enzymatiques, de la cinétique et sa régulation par des inhibiteurs compétitifs, non compétitifs ou incompétitifs notamment. Quelques notions de régulation allostérique sont également traitées. Des TD et TP viennent en soutien et en complément des cours.
Cours magistraux (9h)
-Chapitre 1 : Structures des protéines (4,5h)
Les différents niveaux de structuration des protéines (primaire, secondaire, tertiaire et quaternaire), exemples de maladies dues à la conformation inappropriée de protéines, dénaturation des protéines, Isolement et méthodes de séparation et de purification des protéines
-Chapitre 2 : Enzymologie (4,5h)
Définitions et propriétés, catalyse enzymatique, cinétique d’une réaction enzymatique, mécanismes de régulation de l’activité enzymatique, contrôle de l’activité enzymatique par régulation allostérique
Travaux dirigés (10h)
Exercices portant sur la structure des protéines et les méthodes d’analyse en lien avec cette structure (purification des protéines, électrophorèse (PAGE-SDS) chromatographie sur colonne…). (4h)
Exercices d’enzymologie : enzymes michaeliennes : activité, unités, représentation graphiques classiques, inhibiteurs compétitifs et non-compétitifs. (6h)
Travaux pratiques (2h + 3h)
- Le 1er TP de 2h portera sur un dosage de protéine au Bradford.
- Le second TP de 3h permet la mesure de l’activité enzymatique de la phosphatase alcaline.
S2 BC 2 Biologie cellulaire 2 (BC-202)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
L’objectif du module est de faire découvrir aux étudiants les grandes étapes de la vie cellulaire, de la cellule souche à la mort cellulaire, en passant par les différents modes de division cellulaire. Le module abordera des exemples dans le règne animal et végétal afin de préparer les étudiants aux différents modules et parcours de la L2. Les travaux pratiques seront l’occasion pour les étudiants de réaliser des observations et des manipulations sur différents types de cellules.
Cours magistraux (13h)
Cellules souches 2h
Cycle cellulaire et méiose 3h
Spermatogenèse et ovogenèse : 2h
Travaux dirigés (6h)
Cycle cellulaire et méiose.
Différenciation cellulaire et mort cellulaire
Intégration des fonctions cellulaires
Différenciation cellulaire animale : 2h CM
Mort cellulaire : 2h CM
Différenciation et morts cellulaires végétales : 2h CM
Travaux pratiques (6h)
- Cycle cellulaire (4h)
- Mort cellulaire et différenciation (2h)
S2 COMNEHO1 Communication nerveuse et hormonale-physiologie animale et humaine (PA-201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Pour coordonner le fonctionnement des organes et des millions de cellules qui les composent, l’organisme utilisent deux systèmes de régulation : le premier, le système nerveux dont l’activation conduit à des réponses adaptatives très rapides et le second, le système endocrine dont l’action est plus lente, reposant sur la libération d’hormones libérées par des glandes sécrétrices et véhiculés par le sang. L’UE Communication nerveuse et hormonale a pour objectifs de présenter aux étudiants les mécanismes de la communication nerveuse ainsi que les bases du fonctionnement du système nerveux autonome et du système endocrinien. Les connaissances acquises leur apporteront les prérequis indispensables à l’étude de la régulation des fonctions de l’organisme (système cardiovasculaire, respiration, digestion…). Dans une première partie, l’enseignement concernera l’excitabilité des neurones, le potentiel d’action, le fonctionnement des synapses, l’action des neurotransmetteurs sur les récepteurs et la propagation du signal. Une seconde partie sera consacrée à l’anatomie et à la fonction du système nerveux autonome. Le fonctionnement du SNA sera abordé en s’appuyant sur les concepts expliqués lors de la première partie du cours et sur des exemples classiques tels que la régulation de la fréquence cardiaque et de la motilité intestinale. A côté du système nerveux, l’organisme utilise également le système endocrinien pour communiquer en interne. Les bases de l’endocrinologie c'est-à-dire l’étude des hormones seront abordées au cours de cette enseignement, la synthèse des hormones, leur mode d’action, leurs interactions seront précisées. Certains aspects liés à un dysfonctionnement de ce système seront également abordés.
Cours magistraux :
I. Excitabilité des neurones (6h): Le potentiel de repos membranaire / Le potentiel d’action. Notions d’électrophysiologie (voltage clamp). La transmission synaptique : Les synapses électriques / Les synapses chimiques / organisation / fonctionnement. Les neurotransmetteurs : Définition / Classification / Cycle de vie des neurotransmetteurs / Libération. Les récepteurs des neurotransmetteurs : Formation PPSE et PPSI / Classification / Propriétés et structure des principaux récepteurs. - Les récepteurs ionotropes : Mode d’action / Le récepteur cholinergique nicotinique (nAchR). - Les récepteurs métabotropes : Modes d’action / Les récepteurs muscariniques / Les récepteurs aux catécholamines. II. Le système nerveux autonome (6h) Anatomie fonctionnelle du système nerveux autonome (SNA) : Systèmes parasympathique et orthosympathique /Origines des neurofibres / voies empruntées. Les effecteurs du SNA : *Les muscles lisses : Structure / Activité myogénique et réponse à l’étirement / Action du SNA / Exemples : péristaltisme intestinal et paroi des vaisseaux *Le muscle cardiaque : Structure / Innervation / Action du SNA *Les glandes surrénales : Structure et fonction III. système endocrinien (7h) Notion d’hormone, de glande, de cellule sécrétrice Les familles d’hormones Les récepteurs hormonaux Les seconds messagers / transcription La régulation hormonale Synthèse et libérationMaturation rétrocontrôles Un exemple : hormone de croissance / T3
Travaux dirigés : TD1 : Approches expérimentales pour l’étude de l’excitabilité des neurones. (Introduction aux TP proposés dans l’UE CONEHO2) Une évaluation courte sera programmée en fin de séance pour juger de la compréhension du TD. TD2 : A travers des exercices réalisés avec l’appui du cours et de documents fournis, les étudiants devront déterminer les réponses de l’organisme liées à l’activation du SNA et les mécanismes impliqués face à différents stimuli. Exemples traités : les effets du stress, d’une pression sur les carotides et de certains médicaments. Une évaluation courte sera programmée en fin de séance pour juger de la compréhension du TD. TD3 : Le système endocrinien fait aussi, de façon beaucoup plus globale, l’objet de débats, de communications au sein de la société. Certains de ces aspects seront abordés au cours de ces TD, comme par exemple, certaines pathologies liées aux hormones, la place des hormones dans le dopage, ou encore les perturbateurs endocriniens.
S2 ANFP1 Anatomie fonctionnelle des plantes-physiologie végétale (BPV-201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
La compréhension de la physiologie végétale passe nécessairement par une bonne connaissance de l’anatomie et de l’histologie des végétaux. Au travers d’observations et d’études concrètes, la découverte de ces approches et de ces concepts permet de mieux appréhender la relation structure fonction chez les végétaux.
Cours magistraux (10h)
Description des tissus, de leurs particularités et de leurs rôles.
Organisation des tissus les uns par rapport aux autres, selon les organes.
Premières notions de plasticités et d’adaptabilité des plantes via la représentativité et le fonctionnalisation de ces tissus...
Travaux dirigés (3h)
Exercices sur les différents points abordés en cours & Mise en place, analyse et restitution des résultats obtenus en TP.
Travaux pratiques (12)
TP1 – Réalisation de coupes dans la tige de renoncule, coupe fraiche et coloration au carmino vert, démonstrations pour autres tiges (monocot, dicot, etc…)
TP2 – Réalisation de coupes dans la racine de renoncule, coloration au carmino vert et autre colorant, démonstrations pour autres racines (monocot, dicot, etc…), réflexion autour des notions d’absorption (transport de l’eau dans la racine et dans la tige - mise en évidence de la circulation de l’eau dans la tige) et de contraintes environnementales (tissus protecteurs face à un milieu agressif, sol)
TP3 – Etude de coupes pour comparaison de feuilles, faire le lien avec S1 en utilisant les stomates par exemple
TP4 – Méristèmes secondaires, structures secondaires et croissance en épaisseur
TP5 – TP en serres, Etudes du lien entre la fonction de l’organe et son organisation, notions d’espèces (adaptations) etc…
S2 BE Biologie évolutive (BEE -201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
La biologie évolutive, ou biologie de l’évolution, est le domaine de la biologie qui vise à comprendre les scénarios et les mécanismes de l’adaptation des organismes à leur milieu et/ou des contraintes auxquels ils doivent faire face, et donc in fine l’évolution des espèces.
L’évolution est par excellence une approche nécessitant une vision synthétique des connaissances en biologie.
L’objectif de cette UE est donc de fournir, à tout.es les étudiant.es, qu’ils-elles poursuivent ou pas leur cursus dans le domaine de la biologie évolutive, un socle de connaissances leur permettant de lier les aspects théoriques de l’évolution (sélection naturelle, dérive, contrôle de la variabilité phénotypique, contraintes…) à différents travaux empiriques représentatifs de la biologie.
Pour ce faire, nous explorerons les origines de la variation dans les populations et donnerons ensuite un aperçu des principaux processus évolutifs responsables du tri de cette variation. Nous aborderons également le poids de l’environnement dans ces processus évolutifs. Les différentes échelles, populations, espèces et au-delà, seront envisagées et permettront de distinguer les processus micro-évolutifs des processus macro-évolutifs. Ces concepts seront illustrés par des mises en situations pratiques et des illustrations des processus évolutifs en action.
Cours magistraux
Notion de population et de leur place centrale en évolution
Origines de la variation dans les populations (mutations, migration / flux géniques, recombinaison)
Processus évolutifs impliqués dans l’adaptation : processus de tri de cette variation (sélection naturelle, sélection sexuelle, dérive génétique).
Notions de contraintes, variabilité des réponses et plasticité
Notion d’épigénétique
Niveaux de sélection
Introduction à la macro-évolution
Notion de spéciation : les principaux modèles, zones d’hybridation et conséquences sur la vision graduelle de l’évolution
Travaux dirigés
Place centrale de la population en évolution, hasard, dérive : TD “bean bag”
L’évolution peut s’observer sur des millions d’années (TD Equidae : caractères, extinction, diversification, adaptations, abordés à partir d’os et de dents, moulages à taille réelle sur 50 Ma). Objectifs : observer les grands changements de caractères, une lignée qui change en taille, évolution sur des temps long, lien avec les changements de l’environnement dont deux évènements climatiques transition forêts tropicales, forets tempérés, grandes prairies)
Notions émergeant de l’exercice : variabilité temporelle, registre fossile, adaptation, ponctualisme ou gradualisme
S2 DRV1 Biologie végétale : Diversité du Règne Végétal 1 (DRV-201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Cet enseignement présente la diversité des organismes végétaux et fongiques dans le monde vivant et leur rôle dans le fonctionnement des écosystèmes. La progression de cet enseignement suit l’avènement des grandes innovations évolutives et adaptatives qui ont opéré dans le monde vivant au cours du temps et intègre des notions fonctionnelles pour comprendre cette diversité.
Cours magistraux (12h)
Particularités et diversité des organismes fongiques.
Émergence des organismes végétaux. Origine des végétaux eucaryotes. Les algues et la colonisation du milieu terrestre. Diversification des plantes terrestres et les grandes acquisitions qui sont associées à la colonisation du milieu terrestre.
Travaux dirigés (1h)
CC – 15 min associées à chacune des séances de TP
Travaux pratiques (12h : 3h x 4 séances)
Les cycles de vie des principaux taxons végétaux (et fongiques) sont illustrés lors de travaux pratiques en salle : les différentes phases biologiques et la diversité morpho-fonctionnelle des différents groupes sont décrites à l’appui de spécimens frais provenant des Serres pédagogiques de l’Université de Bourgogne.
TP1: Thalles et différenciation sexuelle : Champignons, Algues ; Lichens
TP2: Cormus, spécialisation cellulaire et affranchissement du milieu aquatique : Bryophytes ; Ptéridophytes
TP3: L’ovule et les plantes à graines : Gymnospermes
TP4: Fleurs et fruits : le succès évolutif des Angiospermes
S2 DRA1 Diversité du Règne Animal 1-biologie animale (DRA-201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Cette discipline est une science du vivant qui étudie plus particulièrement le règne animal à travers leurs structures et leurs grandes fonctions (vie de relation (système nerveux), digestion, excrétion/osmoréguation, reproduction, respiration, locomotion, etc.), les caractéristiques de leur plan d’organisation. De ce fait, la biologie animale intègre non seulement de la zoologie, mais aussi de la physiologie animale, des neurosciences, voire de l’éthologie. Elle comprend également la classification phylogénétique des animaux qui repose sur la compréhension que nous avons actuellement de l’évolution des espèces.
Cette première partie présente les animaux dits « Chordés » qui englobent principalement les Vertébrés.
Cours magistraux
Origine des Vertébrés : les acquisitions évolutives des Vertébrés, issus des Chordés, et leurs conséquences morpho-fonctionnelles.
Les fonctions vitales principales et plans d’organisation, leurs mises en place. Fonctions : de relation (système nerveux central, digestion, excrétion et osmorégulation, respiration, circulation, téguments, squelette et locomotion).
Ces enseignements présentent quelques principales adaptations morpho-fonctionnelles des Vertébrés et leurs évolutions pour s’adapter au milieu de vie (adaptations eau salée/douce, sortie des eaux, adaptations du squelette pour la locomotion, etc…).
Les travaux dirigés-travaux pratiques sont couplés, illustrant et approfondissant les notions vues en cours :
Organisation des Chordés non Vertébrés vs. Vertébrés
Organisation générale : Amphioxus (Céphalochordé) vs. Alevin de truite (Vertébré).
Etude approfondie de l’organisation d’un Vertébré : exemple de la souris, avec focus sur l’appareil digestif.
Respiration et échanges tégumentaires : Comparaison du tégument de l’Alevin vs. la Grenouille vs. Homme : « sortie des eaux » et adaptation à la vie terrestre.
Squelette appendiculaire et locomotion: adaptation à la course, saut, nage, vol.
S2 Chimie et Biophysique (CHMP-201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
2 matières cosnstutuent ce modules
Chimie et Biophysique : Chimie organique, minérale, industrielle-CO1
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
1,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
L’objectif de cet enseignement est d’assurer aux étudiants les bases indispensables de la chimie organique, orientées vers les compétences avancées de la chimie du vivant, et permettant un dialogue chimie/biochimie/biologie.
Reconnaissances de fonctions chimiques et de molécules, nomenclature, représentation
Chiralité/stéréochimie : modèles de Cram, Newman, Fischer (sucres, acides aminés…) pour décrire la stéréochimie de molécules complexes telles que sucres et peptides.
Description de base des structures : schéma de Lewis, nature des liaisons (covalente, dative, hydrogène…), polarisation des liaisons.
Introduction à la réactivité : notions électrophile/nucléophile… vers la synthèse et la biosynthèse.
Chimie et Biophysique : physique
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
1,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce cours offre une introduction concise et ciblée aux principaux concepts de biophysique nécessaires pour comprendre les phénomènes optiques, électromagnétiques et acoustiques. Il vise à fournir aux étudiants de biologie une base solide pour appréhender les interactions de la lumière, des champs électriques et magnétiques, ainsi que des ondes sonores avec les molécules et les cellules dans leur domaine d'étude.
Cours magistraux ( 4,5 h)
Les concepts de base en
1. Optique physique : réfraction, diffraction et polarisation de la lumière.
2. Electromagnétisme : champ électrique, champ magnétique, courant électrique, induction électromagnétique et leur interaction avec les molécules et les cellules.
3. Acoustique : propagation des ondes sonores, absorption et réflexion.
Travaux dirigés (6h)
Applications à des situations biologiques
TD 1: Optique physique.
TD 2: Electromagnétisme
TD 3: Acoustique
S2 Anglais 2 (ANG-201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
1 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Travaux dirigés (12h)
Poursuite de l'acquisition de lexique de base nécessaire à la rédaction d’un résumé ou la rédaction d'un document traitant d'un sujet scientifique. Révision de points de grammaire essentiels : (6) Le passif, (7) Les modaux, (8) Les articles, (9) L'hypothèse avec IF, (10) Associer deux noms. Entraînements réguliers via des exercices écrits et oraux.
S2 Biostatistiques1 (STAT-201)-STAT1
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
1,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
La biostatistique consiste à collecter, analyser et interpréter des données dans le cadre d’une démarche scientifique, qu'il s'agisse du domaine de la biologie ou plus largement des sciences de la nature et de la vie (santé, environnement…). Elle est au cœur de toutes les sciences, car la science a besoin de rassembler des preuves et de les évaluer pour porter un jugement objectif.
Dans le domaine des sciences de la nature et de la vie, on analyse des échantillons afin de faire des inférences sur la population. Nous verrons ainsi dans cette UE quels peuvent être les outils simples pour résumer des données les analyser et les interpréter. Nous verrons notamment comment le calcul de probabilités simples ou conditionnelles permet d'émettre un jugement, comment il est possible d'estimer certaines caractéristiques d'une population en ayant accès à une fraction (échantillon) seulement de cette dernière, et comment apporter une réponse objective à une question simple grâce à l'utilisation de tests d'hypothèses.
Toutes les notions du programme seront vues en classe inversée (capsules vidéo mises en ligne sur PLUBEL).
Intérêt des statistiques en SVTE
Statistiques descriptives (notions de population/échantillon, nature des variables, représentations graphiques, calcul de fréquences, indicateurs de position e de dispersion)
Probabilités (théorie des ensembles, dénombrement, probabilités simples et conditionnelles, évènements indépendants/non indépendants)
Variable aléatoire, fonction de densité, fonction de répartition
Grandes lois de distribution (loi binomiale, lois normale et normale centrée réduite)
Estimation et intervalle de confiance (cas de la moyenne et d'une proportion)
Statistiques inférentielles (principe des tests d'hypothèses, comparaison d'une moyenne observée à une valeur théorique, test du Khi2)
Travaux dirigés et travaux pratiques
TD : exercices d'application (sur table) à des cas d'étude en SVTE
S2 Réussite étudiant 2 (RE-201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
0,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Les modules Réussite Etudiante (un par semestre) visent à accompagner l’étudiant.e dans ses choix d’enseignements en lien avec son projet universitaire et/ou professionnel. Ces modules fournissent également des outils pour améliorer la réussite des étudiant.e.s et leur insertion professionnelle.
S2 Sciences et société (SES-201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Initiation à la réflexion autour des questions d’éthique dans le domaine scientifique
L’évolution constante du rapport à la Science dans les sociétés contemporaines soulève de nombreux enjeux éthiques et suscite de nombreux débats. Au travers de cette formation les étudiant.e.s découvriront comment :
- Cerner la place de la Science et du rapport au savoir dans la société
- Analyser un discours de manière éclairée et critique (analyse d’article, initiation à la méthodologie analytique)
- Mener une réflexion construite dans le champ de l’éthique (initiation)
- Porter un regard analytique, critique et rationnel sur des sujets sensibles mêlant science et société
- Concevoir et mener des débats autour de plusieurs sujets (à titre d’exemples : la recherche sur les embryons humains, l’édition de génome, l’urgence écologique, la greffe du visage, la recherche expérimentale sur les animaux, …)
- Faire la distinction entre morale, éthique et déontologie
Les étudiant-e-s seront amenés à analyser des articles et à conduire des débats en classe selon des méthodologies variées.
L’objectif général en fin de module est d’aiguiser l’esprit critique et de mobiliser une première réflexion éthique dans le domaine scientifique
S2 Transition écologique et enjeux de notre siècle (TES-201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe aussi de la spécialité en SVT-ME (métier de l’enseignement)
La transition climatique est une transformation analogue, par son ampleur et ses enjeux, aux grandes révolutions technologiques et industrielles du passé. Elle interroge l'humanité dans toutes ses composantes, scientifiques, technologiques, sociales, éthiques, économiques et politiques, dans le contexte inédit d'une urgence à la fois planétaire et locale.
Le climatologue Jean Jouzel, pionnier du lien entre les émissions anthropiques CO2 et le réchauffement climatique, a proposé, dans un rapport remis à la Ministre de l'Enseignement Supérieur en 2022, que la transition écologique fasse partie intégrante de tous les cursus dans toutes les filières de niveau bac + 2.
L’urgence écologique se heurte parfois à une culture strictement académique. L’absence de formation approfondie aux enjeux écologiques contemporains et à l'urgence d'un changement de modèle apparaît comme un frein éventuel pour faire des Universités et de leurs étudiant-e-s des acteurs directs de la transition écologique.
Ce module transversal propose aux étudiant-e-s un enseignement spécifiquement dédié à la compréhension critique, dans toutes ses dimensions (et pas uniquement écologique au sens strict), de la transition climatique, à toutes les échelles du monde vivant et des sociétés dans un monde en multi-crises
Cours magistraux (5h)
Comprendre les transition énergétique, climatique et écologique de manière systémique : aspects fondamentaux.
- appréhender les équilibres et les limites de notre monde
- saisir les ordres de grandeur et les incertitudes par une analyse prospective
- outils de mesures et de simulations des scénarios climatiques
Travaux dirigés (20h)
Analyse d’articles et de textes de référence (notamment les rapports du GIEC) permettant, sous la forme d’exposés et de débats :
- de cartographier les acteurs de la transition et du développement durable dans les sociétés actuelles
- d'identifier le rôle de la Recherche dans les transitions actuelles et à venir
- de cerner le rôle des institutions et acteurs principaux, tels que le GIEC, dans les transitions actuelles et futures
- d'identifier les leviers d'action individuels et collectifs dans la transition énergétique
- d'identifier les métiers (souvent méconnus) de la transition écologique permettant de devenir acteur/actrice de la transition
- de décrypter les impacts à différentes échelles de différents modes de gouvernance de la transition écologique
- d'exercer l'esprit critique et la capacité d'analyse rationnelle dans les débats sensibles relatifs à la transition écologique
- de comprendre les méthodes pour construire des diagnostics et des solutions,
- d’agir en responsabilité
S2 BioRes Le Vivant : ressource d'avenir-physiologie végétale (VRA-201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe aussi de la spécialité en SVT-ME (métier de l’enseignement)
L’objectif de cet UE est d’exposer toutes les contributions des plantes, en tant que bioressources d’avenir, afin de résoudre les problématiques de nos sociétés modernes : transition agroécologique, bioénergies, biomolécules (pharmacopée), dépollution de l’air, de l’eau et des sols. Les notions abordées dans ce module permettront aux étudiants d’identifier les secteurs d’activité professionnels dans lesquels les ressources végétales constituent des leviers d’innovation pour un développement durable
Cours magistraux (12h)
Agriculture (nourriture, énergie, amélioration génétique, sélection artificielle, associations microbiennes, paillage/couverture du sol)
Biocarburant (bioéthanol, biodiesel, biogas, pellet, bois de chauffage, biomasse...)
Biomolécules (métabolites secondaires, hormones, cosmétique, pharmaceutique, usage traditionnels, pharmacopée, alimentaire, lutte bio, allélopathie...)
Bioremédiation (phytomanagement de sites pollués, accumulation de métaux lourds, plantes pionnières pour la revégétalisation des sites dégradés, décompaction du sol par les racines)
Ingénierie du paysage, urbaine et de l’eau (rétention des rochers en montagne, rétention des berges des cours d’eau, mitigation de l’érosion, infiltration de l’eau, zones récréatives)
Habitat pour la biodiversité et la conservation (plante comme organisme ingénieur qui créé des habitats pour d’autres organismes, zone refuges/forêt climax/haie/corridors/aire de repos des migrateurs).
Biomimétisme basé sur le monde végétal
Travaux dirigés (9h)
Projets en groupe (rapport/exposé sur une des thématiques du cours, compte rendu sous forme d’oral/table ronde collective). 1 TD initial pour la constitution des groupes (possibilité de thématiser les séances : une pour la bioremédiation, une sur les biomolécules...), 1 TD final pour la restitution (possibilité de le faire en une seule fois en amphi ou chaque groupe présente son exposé ?). Obligation de réunions entre eux avec des ordres du jour et des comptes rendus à fournir sous Plubel.
Lecture critique d’article
Intervenant extérieurs
Travaux pratiques (4h)
Visites de sites (production de pellet, bioéthanol, purification de molécules, sortie sur le terrain en forêt avec exploitant, visite d’une ferme, visite de Dijon Céréales
TP en salle pour la mise en évidence d’un processus vu en cours
S2 Chimie1 (CHM-201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Programme :
Cours Intégré
Différentes notions basées sur des exemples concrets sont abordées telles que :
Atomistique : présentation du tableau périodique (couche électronique, valence, formation des ions, etc …)
Généralités sur les réactions chimiques : tableau d’avancement, calcul de quantité de matière, activités, équilibre et réaction totale, système homogène et hétérogène, constante de réaction, thermodynamique (enthalpie, entropie, potentiel chimique, chaleur de réaction …), étude d’un système à l’équilibre et hors équilibre (lois de déplacement d’équilibres)
Réactions particulières :
-réaction de précipitation : définitions, calcul de Ks (composés peu solubles), de solubilité, facteurs influençant la solubilité, dosages
-réaction de complexation : définitions, calcul de Kformation, dosages
Cinétique chimique : définitions de vitesse de réaction, ordre(s), lois de vitesse pour les réactions d’ordre zéro, un et deux, constante de vitesse de réaction, énergie d’activation, temps de demi-réaction, méthodes de détermination de l’ordre à partir de données expérimentales, catalyseur, réaction totales et équilibrés.
Travaux pratiques
2 TP (2*1h30) : Cinétique et Thermochimie
Remédiation Transversale
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
0 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Construire son parcours - orientation
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
0 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Apprendre à apprendre - Français
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
0 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Orthographe Grammaire Syntaxe - Français
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
0 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Mathématiques transversales - Mathématiques
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
0 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Langue vivante (anglais)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
0 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Remédiation Disciplinaire
ECTS
0 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Biologie - Géologie
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
0 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Enseignements S1 L1 SVTE
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S1 Planète, Terre, Environnement et Ressources : Géosciences (TE-101)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
5 crédits
S1 Pratique de laboratoire et de terrain (PLT-101)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
1,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
L’objectif du module est d’enseigner les outils, techniques, méthodes et bonnes pratiques de laboratoire et de terrain qui seront utiles aux étudiants dans la poursuite de leurs études au niveau des enseignements disciplinaires.
Programme :
Cours magistral (1h)
Ce cours permet d’indiquer aux étudiants arrivant sur le campus et /ou Dijon les différents lieux de déroulement des séances de travaux pratiques et de la sortie Terrain. Les modes d’évaluation en contrôle continu (uniquement) dans les différentes séances de TP ou Sortie sont présentés à savoir : en début, pendant ou bien à l’issue de la séance, en individuel ou bien en collectif (binôme/trinôme). Les supports d’enseignement sont délivrés sous forme de documents polycopiés lors du cours magistral
Sortie Terrain (4h)
Plans d’échantillonnage et relevés de terrain. Objectifs : Comprendre les atouts et limites des études de terrain face au laboratoire, maitriser certains outils et pratiques inhérentes aux études de terrain (entre autres, plans d’échantillonnage, méthodes d’observation et de récolte des données, géolocalisation, clés de détermination, mesures de l’environnement physique et biologique).
Travaux Pratiques (12h)
TP Variabilité : Prise en compte de la variabilité des mesures et des observations (en association avec le module d'analyse de données) 4 heures. Prise de mesures sur objets biologiques, description de la variation des mesures obtenues, identification des sources de variation biologique (génétique, environnementale) et méthodologique (erreur de mesure, fluctuations d'échantillonnage…).
TPMicroscopie : Initiation à la Microscopie Optique en Sciences de la Vie et de l’Environnement. L'association entre la physique, la biologie et la géologie va vous permettre d'aborder l'utilisation de différents instruments d'optique utilisés en biologie et en pétrologie pour explorer les objets biologiques et géologiques (loupe binoculaire, microscope optique en lumière blanche ou polarisée). En 4 heures de TP de laboratoire vous confectionnerez des préparations et effectuerez des colorations pour réaliser des observations vitales ou post-mortem. Vous étalonnerez les instruments d'optique. Les notions d'échelle, de dessins d'observation et de compte-rendu seront abordées.
TPMesures physiques et biologiques : Techniques et méthodes de mesures (4 heures). Application au dosage du permanganate de Potassium dans la solution de Dakin puis observation de l’action anti-bactérienne de la solution de Dakin sur une culture bactérienne. Utilisation des pipettes, préparation de pesées/dilutions/colorimétrie : dosage volumétrique, échelle de teinte, dosage spectrophotométrique.
S1 Cellule et virus (BC-101)-BC 1
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
La biologie cellulaire est une discipline très variée qui comprend la biologie cellulaire fondamentale (les constituants de la cellule et son fonctionnement), la biologie du développement, l'évolution moléculaire, la génétique, l'immunologie, la microbiologie, la virologie, la biologie cellulaire végétale. Elle constitue la base permettant la compréhension du fonctionnement du vivant et des pathologies. Ce module abordera ces différentes disciplines pour donner aux étudiants les connaissances, concepts et outils servant de socle à la poursuite des études en biologie.
Programme
Cours magistraux (30h)
Biologie cellulaire :
- Diversité des cellules eucaryotes
- Biologie du développement
- Génétique et enjeux sociétaux
Microbiologie :
- Bactériologie
- Virus
Immunologie
Travaux dirigés (10h)
Biologie Cellulaire :
- Techniques de biologie cellulaire
- Fluidité membranaire
Microbiologie :
- Croissance cellulaire en bactériologie
- Les virus
Immunologie :
- Réponses immunitaires
S1 MOVI Molécules du vivant (BBM-101)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
L’UE Molécules du Vivant aborde,
- en CM :
Partie Chimie :
Atomistique : répartition des électrons sur les couches électroniques et formation de liaisons
Réactions acido-basiques : définitions, apprendre à calculer le pH d’une solution aqueuse et dosages
Réactions d’oxydo-réduction : définitions, réaction et potentiels d’oxydoréduction, dosages
Réactions de précipitation : définitions, solubilité, dosages
Fonction chimique : nomenclature en chimie organique, reconnaissance des fonctions chimiques
Partie Biochimie :
- Introduction aux bases moléculaires du monde vivant et objectifs de la biochimie et biologie moléculaire.
- Structure et propriétés des glucides, lipides, protéines, acides nucléiques (des constituants de base aux macromolécules)
- Introduction aux structures et propriétés des acides aminés et des protéines
- Introduction à la structure et au fonctionnement des acides nucléiques.
- Introduction au métabolisme et des synthèses de biomolécules
- en TD :
Partie Chimie :
Exercices d'application des notions vues en cours.
Partie Biochimie :
- Les glucides (formules linéaires et cyclisation)
- Les lipides (structure des acides gras, des triglycérides et des phospholipides)
- Les acides aminés (structure, équilibres de dissociation, calcul de pHi) -- Structure primaire des protéines (techniques de séquençage)
- Structures primaire et secondaire des acides nucléiques
- Réplication, transcription et traduction
Biochimie Biologie Moléculaire (BBM-101)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce Module est obligatoire faisant partie du socle de la formation au premier semestre, en particulier sur les molécules qui constituent les êtres vivants et leur propriétés chimiques.
L’UE Molécules du Vivant aborde,
- en CM :
Partie Chimie :
Atomistique : répartition des électrons sur les couches électroniques et formation de liaisons
Réactions acido-basiques : définitions, apprendre à calculer le pH d’une solution aqueuse et dosages
Réactions d’oxydo-réduction : définitions, réaction et potentiels d’oxydoréduction, dosages
Réactions de précipitation : définitions, solubilité, dosages
Fonction chimique : nomenclature en chimie organique, reconnaissance des fonctions chimiques
Partie Biochimie :
- Introduction aux bases moléculaires du monde vivant et objectifs de la biochimie et biologie moléculaire.
- Structure et propriétés des glucides, lipides, protéines, acides nucléiques (des constituants de base aux macromolécules)
- Introduction aux structures et propriétés des acides aminés et des protéines
- Introduction à la structure et au fonctionnement des acides nucléiques.
- Introduction au métabolisme et des synthèses de biomolécules
- en TD :
Partie Chimie :
Exercices d'application des notions vues en cours.
Partie Biochimie :
- Les glucides (formules linéaires et cyclisation)
- Les lipides (structure des acides gras, des triglycérides et des phospholipides)
- Les acides aminés (structure, équilibres de dissociation, calcul de pHi) -- Structure primaire des protéines (techniques de séquençage)
- Structures primaire et secondaire des acides nucléiques
- Réplication, transcription et traduction
Enseignements S2 L1 SVTE
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S2 BC 2 Biologie cellulaire 2 (BC-202)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
L’objectif du module est de faire découvrir aux étudiants les grandes étapes de la vie cellulaire, de la cellule souche à la mort cellulaire, en passant par les différents modes de division cellulaire. Le module abordera des exemples dans le règne animal et végétal afin de préparer les étudiants aux différents modules et parcours de la L2. Les travaux pratiques seront l’occasion pour les étudiants de réaliser des observations et des manipulations sur différents types de cellules.
Cours magistraux (13h)
Cellules souches 2h
Cycle cellulaire et méiose 3h
Spermatogenèse et ovogenèse : 2h
Travaux dirigés (6h)
Cycle cellulaire et méiose.
Différenciation cellulaire et mort cellulaire
Intégration des fonctions cellulaires
Différenciation cellulaire animale : 2h CM
Mort cellulaire : 2h CM
Différenciation et morts cellulaires végétales : 2h CM
Travaux pratiques (6h)
- Cycle cellulaire (4h)
- Mort cellulaire et différenciation (2h)
S2 COMNEHO1 Communication nerveuse et hormonale-physiologie animale et humaine (PA-201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Pour coordonner le fonctionnement des organes et des millions de cellules qui les composent, l’organisme utilisent deux systèmes de régulation : le premier, le système nerveux dont l’activation conduit à des réponses adaptatives très rapides et le second, le système endocrine dont l’action est plus lente, reposant sur la libération d’hormones libérées par des glandes sécrétrices et véhiculés par le sang. L’UE Communication nerveuse et hormonale a pour objectifs de présenter aux étudiants les mécanismes de la communication nerveuse ainsi que les bases du fonctionnement du système nerveux autonome et du système endocrinien. Les connaissances acquises leur apporteront les prérequis indispensables à l’étude de la régulation des fonctions de l’organisme (système cardiovasculaire, respiration, digestion…). Dans une première partie, l’enseignement concernera l’excitabilité des neurones, le potentiel d’action, le fonctionnement des synapses, l’action des neurotransmetteurs sur les récepteurs et la propagation du signal. Une seconde partie sera consacrée à l’anatomie et à la fonction du système nerveux autonome. Le fonctionnement du SNA sera abordé en s’appuyant sur les concepts expliqués lors de la première partie du cours et sur des exemples classiques tels que la régulation de la fréquence cardiaque et de la motilité intestinale. A côté du système nerveux, l’organisme utilise également le système endocrinien pour communiquer en interne. Les bases de l’endocrinologie c'est-à-dire l’étude des hormones seront abordées au cours de cette enseignement, la synthèse des hormones, leur mode d’action, leurs interactions seront précisées. Certains aspects liés à un dysfonctionnement de ce système seront également abordés.
Cours magistraux :
I. Excitabilité des neurones (6h): Le potentiel de repos membranaire / Le potentiel d’action. Notions d’électrophysiologie (voltage clamp). La transmission synaptique : Les synapses électriques / Les synapses chimiques / organisation / fonctionnement. Les neurotransmetteurs : Définition / Classification / Cycle de vie des neurotransmetteurs / Libération. Les récepteurs des neurotransmetteurs : Formation PPSE et PPSI / Classification / Propriétés et structure des principaux récepteurs. - Les récepteurs ionotropes : Mode d’action / Le récepteur cholinergique nicotinique (nAchR). - Les récepteurs métabotropes : Modes d’action / Les récepteurs muscariniques / Les récepteurs aux catécholamines. II. Le système nerveux autonome (6h) Anatomie fonctionnelle du système nerveux autonome (SNA) : Systèmes parasympathique et orthosympathique /Origines des neurofibres / voies empruntées. Les effecteurs du SNA : *Les muscles lisses : Structure / Activité myogénique et réponse à l’étirement / Action du SNA / Exemples : péristaltisme intestinal et paroi des vaisseaux *Le muscle cardiaque : Structure / Innervation / Action du SNA *Les glandes surrénales : Structure et fonction III. système endocrinien (7h) Notion d’hormone, de glande, de cellule sécrétrice Les familles d’hormones Les récepteurs hormonaux Les seconds messagers / transcription La régulation hormonale Synthèse et libérationMaturation rétrocontrôles Un exemple : hormone de croissance / T3
Travaux dirigés : TD1 : Approches expérimentales pour l’étude de l’excitabilité des neurones. (Introduction aux TP proposés dans l’UE CONEHO2) Une évaluation courte sera programmée en fin de séance pour juger de la compréhension du TD. TD2 : A travers des exercices réalisés avec l’appui du cours et de documents fournis, les étudiants devront déterminer les réponses de l’organisme liées à l’activation du SNA et les mécanismes impliqués face à différents stimuli. Exemples traités : les effets du stress, d’une pression sur les carotides et de certains médicaments. Une évaluation courte sera programmée en fin de séance pour juger de la compréhension du TD. TD3 : Le système endocrinien fait aussi, de façon beaucoup plus globale, l’objet de débats, de communications au sein de la société. Certains de ces aspects seront abordés au cours de ces TD, comme par exemple, certaines pathologies liées aux hormones, la place des hormones dans le dopage, ou encore les perturbateurs endocriniens.
S2 DRV1 Biologie végétale : Diversité du Règne Végétal 1 (DRV-201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Cet enseignement présente la diversité des organismes végétaux et fongiques dans le monde vivant et leur rôle dans le fonctionnement des écosystèmes. La progression de cet enseignement suit l’avènement des grandes innovations évolutives et adaptatives qui ont opéré dans le monde vivant au cours du temps et intègre des notions fonctionnelles pour comprendre cette diversité.
Cours magistraux (12h)
Particularités et diversité des organismes fongiques.
Émergence des organismes végétaux. Origine des végétaux eucaryotes. Les algues et la colonisation du milieu terrestre. Diversification des plantes terrestres et les grandes acquisitions qui sont associées à la colonisation du milieu terrestre.
Travaux dirigés (1h)
CC – 15 min associées à chacune des séances de TP
Travaux pratiques (12h : 3h x 4 séances)
Les cycles de vie des principaux taxons végétaux (et fongiques) sont illustrés lors de travaux pratiques en salle : les différentes phases biologiques et la diversité morpho-fonctionnelle des différents groupes sont décrites à l’appui de spécimens frais provenant des Serres pédagogiques de l’Université de Bourgogne.
TP1: Thalles et différenciation sexuelle : Champignons, Algues ; Lichens
TP2: Cormus, spécialisation cellulaire et affranchissement du milieu aquatique : Bryophytes ; Ptéridophytes
TP3: L’ovule et les plantes à graines : Gymnospermes
TP4: Fleurs et fruits : le succès évolutif des Angiospermes
S2 DRA1 Diversité du Règne Animal 1-biologie animale (DRA-201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Cette discipline est une science du vivant qui étudie plus particulièrement le règne animal à travers leurs structures et leurs grandes fonctions (vie de relation (système nerveux), digestion, excrétion/osmoréguation, reproduction, respiration, locomotion, etc.), les caractéristiques de leur plan d’organisation. De ce fait, la biologie animale intègre non seulement de la zoologie, mais aussi de la physiologie animale, des neurosciences, voire de l’éthologie. Elle comprend également la classification phylogénétique des animaux qui repose sur la compréhension que nous avons actuellement de l’évolution des espèces.
Cette première partie présente les animaux dits « Chordés » qui englobent principalement les Vertébrés.
Cours magistraux
Origine des Vertébrés : les acquisitions évolutives des Vertébrés, issus des Chordés, et leurs conséquences morpho-fonctionnelles.
Les fonctions vitales principales et plans d’organisation, leurs mises en place. Fonctions : de relation (système nerveux central, digestion, excrétion et osmorégulation, respiration, circulation, téguments, squelette et locomotion).
Ces enseignements présentent quelques principales adaptations morpho-fonctionnelles des Vertébrés et leurs évolutions pour s’adapter au milieu de vie (adaptations eau salée/douce, sortie des eaux, adaptations du squelette pour la locomotion, etc…).
Les travaux dirigés-travaux pratiques sont couplés, illustrant et approfondissant les notions vues en cours :
Organisation des Chordés non Vertébrés vs. Vertébrés
Organisation générale : Amphioxus (Céphalochordé) vs. Alevin de truite (Vertébré).
Etude approfondie de l’organisation d’un Vertébré : exemple de la souris, avec focus sur l’appareil digestif.
Respiration et échanges tégumentaires : Comparaison du tégument de l’Alevin vs. la Grenouille vs. Homme : « sortie des eaux » et adaptation à la vie terrestre.
Squelette appendiculaire et locomotion: adaptation à la course, saut, nage, vol.
S2 BE Biologie évolutive (BEE -201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
La biologie évolutive, ou biologie de l’évolution, est le domaine de la biologie qui vise à comprendre les scénarios et les mécanismes de l’adaptation des organismes à leur milieu et/ou des contraintes auxquels ils doivent faire face, et donc in fine l’évolution des espèces.
L’évolution est par excellence une approche nécessitant une vision synthétique des connaissances en biologie.
L’objectif de cette UE est donc de fournir, à tout.es les étudiant.es, qu’ils-elles poursuivent ou pas leur cursus dans le domaine de la biologie évolutive, un socle de connaissances leur permettant de lier les aspects théoriques de l’évolution (sélection naturelle, dérive, contrôle de la variabilité phénotypique, contraintes…) à différents travaux empiriques représentatifs de la biologie.
Pour ce faire, nous explorerons les origines de la variation dans les populations et donnerons ensuite un aperçu des principaux processus évolutifs responsables du tri de cette variation. Nous aborderons également le poids de l’environnement dans ces processus évolutifs. Les différentes échelles, populations, espèces et au-delà, seront envisagées et permettront de distinguer les processus micro-évolutifs des processus macro-évolutifs. Ces concepts seront illustrés par des mises en situations pratiques et des illustrations des processus évolutifs en action.
Cours magistraux
Notion de population et de leur place centrale en évolution
Origines de la variation dans les populations (mutations, migration / flux géniques, recombinaison)
Processus évolutifs impliqués dans l’adaptation : processus de tri de cette variation (sélection naturelle, sélection sexuelle, dérive génétique).
Notions de contraintes, variabilité des réponses et plasticité
Notion d’épigénétique
Niveaux de sélection
Introduction à la macro-évolution
Notion de spéciation : les principaux modèles, zones d’hybridation et conséquences sur la vision graduelle de l’évolution
Travaux dirigés
Place centrale de la population en évolution, hasard, dérive : TD “bean bag”
L’évolution peut s’observer sur des millions d’années (TD Equidae : caractères, extinction, diversification, adaptations, abordés à partir d’os et de dents, moulages à taille réelle sur 50 Ma). Objectifs : observer les grands changements de caractères, une lignée qui change en taille, évolution sur des temps long, lien avec les changements de l’environnement dont deux évènements climatiques transition forêts tropicales, forets tempérés, grandes prairies)
Notions émergeant de l’exercice : variabilité temporelle, registre fossile, adaptation, ponctualisme ou gradualisme
Remédiation Transversale
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
0 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Mathématiques transversales - Mathématiques
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
0 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Langue vivante (anglais)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
0 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Construire son parcours - orientation
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
0 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Remédiation Disciplinaire
ECTS
0 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Soutien Pédagogique
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
0 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S1 Réussite étudiante 1 (RE-101)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
0,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Les modules Réussite Etudiante (un par semestre) visent à accompagner l’étudiant.e dans ses choix d’enseignements en lien avec son projet universitaire et/ou professionnel. Ces modules fournissent également des outils pour améliorer la réussite des étudiant.e.s et leur insertion professionnelle.
S1 Anglais 1 (ANG-101)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
1,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Travaux dirigés (12h)
Acquisition d’un lexique de base (listes de vocabulaire et documents de cours) nécessaire pour comprendre et s'exprimer sur des sujets scientifiques. Révision de points de grammaire essentiels : (1) La forme interrogative, (2) Les temps présent, (3) Les temps du passé, (4) Les comparatifs, (5) La négation. Entraînements réguliers via des exercices écrits et oraux.
S1 Mathématiques appliquées (MAT-101)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
1,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Revoir et approfondir quelques outils mathématiques essentiels pour les Sciences de la Vie et de la Terre.
Programme :
Bases de trigonométrie : utilisation du cercle trigonométrique, choix des unités de mesure angulaire (radian, degrés), relations trigonométriques.
Rappels sur le calcul de périmètre, d'aire de surfaces simples et de volume de solides
Étude et représentation graphique des fonctions : fonctions puissance (entières et non entières), les fonctions trigonométriques (cosinus, sinus et tangente : reconnaître la phase et la période ou la fréquence), les logarithmes (népérien et en base 10), la fonction exponentielle.
Égalités et inégalités (avec puissances et logarithmes): extraction d'une variable dans une formule, mise en équation de problèmes issus de la biologie ou géologie, méthodes de résolution simple, lecture graphique des solutions d'une équation.
Dérivées : définitions et propriétés (formule de Leibniz, dérivation des fonctions composées), dérivation des fonctions classiques.
Primitives et intégrales : introduction par les aires, calcul par différence d'intégrales pour des fonctions de signe non constant, intégration par parties, application d'un changement de variables donné.
Équations différentielles du premier ordre : méthode de recherche d'une solution particulière, description de l'ensemble des solutions, détermination et stabilité des points d'équilibres. Application aux modèles de Malthus, Verhulst,...
Notions de géométrie : coordonnées, produit scalaire, orthogonalité, équations de droites, de cercles et de plans ; repérages : (plan, espace, droites) ; projection d'un vecteur sur 2 ou 3 axes
S1 Les Grandes Fonction des Etres Vivants (BPE-101)-GFEV
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Physiologie animale (BPE-101)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
1,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
La biologie / physiologie végétale consiste à étudier les spécificités de la cellule végétale et les fonctions associées aux principaux tissus et organes des plantes selon une approche intégrative (du gène à l’organisme). La maitrise des concepts fondamentaux conduisant au développement de la plante permet de mieux comprendre l’importance des plantes pour les êtres vivants et les pistes d’amélioration de leur fonctionnement en lien avec les contraintes imposées par leur environnement biotique et abiotique.
Cours magistraux :
Introduction (1h30) : Pourquoi étudier les plantes ? Quels services les plantes rendent-elles à l’Homme et à la nature ? Comment les scientifiques peuvent améliorer le fonctionnement des plantes ? Ch. 1 : Particularités de la cellule végétale (1h30) : Spécificités de la cellule végétale. La paroi, les plasmodesmes, la vacuole, les plastes et leurs rôles. Ch. 2 : Anatomie et Histologie des plantes : organes et tissus végétaux (1h30). Ports végétaux et notion de phytomères. Les différents organes de la phase végétative. Les différents tissus et les principales fonctions assurées. Ch. 3 : Reproduction sexuée (floraison et fécondation) et asexuée (1h30). Induction, initiation et organogénèse florale. Gamétophytes mâles et femelles, pollinisation et fécondation. Formation de graines et de fruits. Dissémination des semences. Notions de reproduction asexuée. Ch. 4 : Germination de la graine et croissance de la plante (1h30) Germination de la graine. Croissance primaire et secondaire et développement de la plante. Notions de dominance apicale et de phytohormones. Ch. 5 : Nutrition minérale et échanges gazeux (1h30). Besoins nutritifs des plantes. Absorption d’eau et nutrition par transport radial et vertical. Échanges gazeux (stomates). Ch. 6 : Interactions Plantes & Environnement (1h30). Perception des facteurs environnementaux. Notions de symbiose, parasitisme, attraction et prédation dans les relations Plantes-Plantes, Plantes-Microbes, Plantes-Insectes, et Plantes-Animaux. Défenses constitutives et défenses induites des plantes contre les différents agresseurs. Ch. 7 : Importance socio-économique des plantes (1h30). Importance des plantes pour l’économie. Introduction sur les molécules bio-actives issus de plantes.
Travaux dirigés (3h)
TD 1. Notions de reconnaissance et bases de la phylotaxie en préparation des TP de l’UE Pratiques de Terrain « Initiation à la Botanique ». Notions de reconnaissance de différents organes végétaux (feuilles simples vs composées, feuilles caduques vs feuilles pérennes, fruits simples secs ou charnus vs fruits composés, différents types de graines).
TD 2. Utilisation de clés de détermination pour différencier gymnospermes vs angiospermes, monocotylédones vs eudycotylédones et identification d’une vingtaine d’espèces végétales au retour de la sortie terrain. Identifier des espèces sources de molécules bioactives et des plantes « bioindicateurs ».
Travaux pratiques :
Un TP de l’UE Pratiques de Terrain « Initiation à la Botanique » sera associé à cette UE. Notions de reconnaissance de différents organes végétaux (feuilles simples vs composées, feuilles caduques vs feuilles pérennes, fruits simples secs ou charnus vs fruits composés, différents types de graines).
Biologie animale (BPE-101)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
2 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Structures et Fonctions des Vertébrés (SFV)
Cours:
Les différentes stratégies de la gestion de la température interne chez les Vertébrés
La gestion du contenu en eau chez les Vertébrés
Perception et coordination chez les Vertébrés
TD : A partir de documents tirés d’études-clefs illustrant les thèmes abordés en cours : analyser ces documents, les confronter aux connaissances acquises, en déduire une interprétation.
Physiologie Végétale (BPE-101)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
1,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
La biologie / physiologie végétale consiste à étudier les spécificités de la cellule végétale et les fonctions associées aux principaux tissus et organes des plantes selon une approche intégrative (du gène à l’organisme). La maitrise des concepts fondamentaux conduisant au développement de la plante permet de mieux comprendre l’importance des plantes pour les êtres vivants et les pistes d’amélioration de leur fonctionnement en lien avec les contraintes imposées par leur environnement biotique et abiotique.
Cours magistraux :
Introduction (1h30) : Pourquoi étudier les plantes ? Quels services les plantes rendent-elles à l’Homme et à la nature ? Comment les scientifiques peuvent améliorer le fonctionnement des plantes ? Ch. 1 : Particularités de la cellule végétale (1h30) : Spécificités de la cellule végétale. La paroi, les plasmodesmes, la vacuole, les plastes et leurs rôles. Ch. 2 : Anatomie et Histologie des plantes : organes et tissus végétaux (1h30). Ports végétaux et notion de phytomères. Les différents organes de la phase végétative. Les différents tissus et les principales fonctions assurées. Ch. 3 : Reproduction sexuée (floraison et fécondation) et asexuée (1h30). Induction, initiation et organogénèse florale. Gamétophytes mâles et femelles, pollinisation et fécondation. Formation de graines et de fruits. Dissémination des semences. Notions de reproduction asexuée. Ch. 4 : Germination de la graine et croissance de la plante (1h30) Germination de la graine. Croissance primaire et secondaire et développement de la plante. Notions de dominance apicale et de phytohormones. Ch. 5 : Nutrition minérale et échanges gazeux (1h30). Besoins nutritifs des plantes. Absorption d’eau et nutrition par transport radial et vertical. Échanges gazeux (stomates). Ch. 6 : Interactions Plantes & Environnement (1h30). Perception des facteurs environnementaux. Notions de symbiose, parasitisme, attraction et prédation dans les relations Plantes-Plantes, Plantes-Microbes, Plantes-Insectes, et Plantes-Animaux. Défenses constitutives et défenses induites des plantes contre les différents agresseurs. Ch. 7 : Importance socio-économique des plantes (1h30). Importance des plantes pour l’économie. Introduction sur les molécules bio-actives issus de plantes.
Travaux dirigés (3h)
TD 1. Notions de reconnaissance et bases de la phylotaxie en préparation des TP de l’UE Pratiques de Terrain « Initiation à la Botanique ». Notions de reconnaissance de différents organes végétaux (feuilles simples vs composées, feuilles caduques vs feuilles pérennes, fruits simples secs ou charnus vs fruits composés, différents types de graines).
TD 2. Utilisation de clés de détermination pour différencier gymnospermes vs angiospermes, monocotylédones vs eudycotylédones et identification d’une vingtaine d’espèces végétales au retour de la sortie terrain. Identifier des espèces sources de molécules bioactives et des plantes « bioindicateurs ».
Travaux pratiques :
Un TP de l’UE Pratiques de Terrain « Initiation à la Botanique » sera associé à cette UE. Notions de reconnaissance de différents organes végétaux (feuilles simples vs composées, feuilles caduques vs feuilles pérennes, fruits simples secs ou charnus vs fruits composés, différents types de graines).
S1 Ecologie et biodiversité (BEE-101)-ECO BIODIV
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
L’écologie se définit comme l’étude des interactions qui existent entre les organismes et leur environnement physique et biologique. La réponse de l’individu aux conditions de son environnement constitue l’information de base de cette discipline. A cette information fondamentale, une présentation de la diversité biologique, des grandes périodes historiques de crise et de l’action plus récente de l’homme permet d’analyser les enjeux sociétaux
Cours magistraux (30h)
Introduction au module (1h)
L’histoire naturelle forme les bases de l’écologie
Les niveaux d’organisation du vivant (1h)
Notion d’organisme, Individu, population, espèces, communauté, écosystèmes
Les organismes dans leur environnement (6h)
Les réponses aux variations de l’environnement
Les facteurs écologiques abiotiques et biotiques
Distribution des organismes.
Variations spatio-temporelles de l’environnement
Gamme de tolérance
Les écotypes reflet des adaptations aux conditions locales
Notions de variétés et de races
Concept de biomes
Introduction à l’écologie des populations et des communautés (6h)
Structure, accroissement et régulation des populations
Interactions entre organismes, compétition, prédation, mutualisme
Système population-environnement
Structure et développement des communautés
Ecologie microbienne : rôle des microorganismes dans l’environnement (2h)
Diversité des microorganismes, association hôte-microorganismes, formation des sols, rôle dans les océans et milieux aquatiques
Anthropocène : rôle des activités humaines (4h)
Niveaux de biodiversité, valeurs de la biodiversité, introduction à la biologie de la conservation
Les grandes crises de la biodiversité (2h)
Paléodiversité, Crises d’extinction massive, réorganisation de la biodiversité
Classification et diversité du règne animal (4h)
Classification phylogénétique du règne animal et plans d’organisation des animaux au cours de l’évolution
Classification et diversité du règne végétal (4h)
Classification phylogénétique du règne végétal
Evolution des végétaux
Travaux dirigés (10h)
TD en classe visant à mobiliser les concepts fondamentaux de l’écologie. Mise en situation. Lecture et travaux sur articles. Jeu de rôle.
TD1 et 2 : Les réponses aux variations de l’environnement
TD3 : Ecologie des populations
TD4 : Anthropocène : rôle des activités humaines
TD5 : Les grandes crises de la biodiversité
ECO-BIODIV : Ecologie
Niveau d'étude
BAC +1
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
ECO-BIODIV Paléontologie
Niveau d'étude
BAC +1
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
ECO-BIODIV : Biologie de organismes
Niveau d'étude
BAC +1
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S1 Molécules du vivant (BBM-101)-MOVI
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
L’UE Molécules du Vivant aborde,
- en CM :
Partie Chimie :
Atomistique : répartition des électrons sur les couches électroniques et formation de liaisons
Réactions acido-basiques : définitions, apprendre à calculer le pH d’une solution aqueuse et dosages
Réactions d’oxydo-réduction : définitions, réaction et potentiels d’oxydoréduction, dosages
Réactions de précipitation : définitions, solubilité, dosages
Fonction chimique : nomenclature en chimie organique, reconnaissance des fonctions chimiques
Partie Biochimie :
- Introduction aux bases moléculaires du monde vivant et objectifs de la biochimie et biologie moléculaire.
- Structure et propriétés des glucides, lipides, protéines, acides nucléiques (des constituants de base aux macromolécules)
- Introduction aux structures et propriétés des acides aminés et des protéines
- Introduction à la structure et au fonctionnement des acides nucléiques.
- Introduction au métabolisme et des synthèses de biomolécules
- en TD :
Partie Chimie :
Exercices d'application des notions vues en cours.
Partie Biochimie :
- Les glucides (formules linéaires et cyclisation)
- Les lipides (structure des acides gras, des triglycérides et des phospholipides)
- Les acides aminés (structure, équilibres de dissociation, calcul de pHi) -- Structure primaire des protéines (techniques de séquençage)
- Structures primaire et secondaire des acides nucléiques
- Réplication, transcription et traduction
MOVI : Chimie génerale (BBM-101)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
1,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Différentes notions sont abordées telles que :
Atomistique : répartition des électrons sur les couches électroniques et formation de liaisons
Réactions acido-basiques : définitions, apprendre à calculer le pH d’une solution aqueuse et dosages
Réactions d’oxydo-réduction : définitions, réaction et potentiels d’oxydoréduction, dosages
Réactions de précipitation : définitions, solubilité, dosages
Fonction chimique : nomenclature en chimie organique, reconnaissance des fonctions chimiques
Un CM de 1h est consacré à la méthodologie à suivre afin d’aborder sereinement les séances de TD. Des fiches ‘Méthodes’ sur les différentes notions à étudier sont distribuées et expliquées pendant cette première heure de cours ; L’apprentissage est complété pendant les séances de TD avec des exercices d’application afin d’acquérir une méthodologie et les bases nécessaires pour comprendre la réactivité des molécules du vivan
S2 Réussite étudiant 2 (RE-201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
0,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Les modules Réussite Etudiante (un par semestre) visent à accompagner l’étudiant.e dans ses choix d’enseignements en lien avec son projet universitaire et/ou professionnel. Ces modules fournissent également des outils pour améliorer la réussite des étudiant.e.s et leur insertion professionnelle.
S2 Anglais 2 (ANG-201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
1 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Travaux dirigés (12h)
Poursuite de l'acquisition de lexique de base nécessaire à la rédaction d’un résumé ou la rédaction d'un document traitant d'un sujet scientifique. Révision de points de grammaire essentiels : (6) Le passif, (7) Les modaux, (8) Les articles, (9) L'hypothèse avec IF, (10) Associer deux noms. Entraînements réguliers via des exercices écrits et oraux.
S2 Biostatistiques1 (STAT-201)-STAT1
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
1,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
La biostatistique consiste à collecter, analyser et interpréter des données dans le cadre d’une démarche scientifique, qu'il s'agisse du domaine de la biologie ou plus largement des sciences de la nature et de la vie (santé, environnement…). Elle est au cœur de toutes les sciences, car la science a besoin de rassembler des preuves et de les évaluer pour porter un jugement objectif.
Dans le domaine des sciences de la nature et de la vie, on analyse des échantillons afin de faire des inférences sur la population. Nous verrons ainsi dans cette UE quels peuvent être les outils simples pour résumer des données les analyser et les interpréter. Nous verrons notamment comment le calcul de probabilités simples ou conditionnelles permet d'émettre un jugement, comment il est possible d'estimer certaines caractéristiques d'une population en ayant accès à une fraction (échantillon) seulement de cette dernière, et comment apporter une réponse objective à une question simple grâce à l'utilisation de tests d'hypothèses.
Toutes les notions du programme seront vues en classe inversée (capsules vidéo mises en ligne sur PLUBEL).
Intérêt des statistiques en SVTE
Statistiques descriptives (notions de population/échantillon, nature des variables, représentations graphiques, calcul de fréquences, indicateurs de position e de dispersion)
Probabilités (théorie des ensembles, dénombrement, probabilités simples et conditionnelles, évènements indépendants/non indépendants)
Variable aléatoire, fonction de densité, fonction de répartition
Grandes lois de distribution (loi binomiale, lois normale et normale centrée réduite)
Estimation et intervalle de confiance (cas de la moyenne et d'une proportion)
Statistiques inférentielles (principe des tests d'hypothèses, comparaison d'une moyenne observée à une valeur théorique, test du Khi2)
Travaux dirigés et travaux pratiques
TD : exercices d'application (sur table) à des cas d'étude en SVTE
S2 ANFP1 Anatomie fonctionnelle des plantes-physiologie végétale (BPV-201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
La compréhension de la physiologie végétale passe nécessairement par une bonne connaissance de l’anatomie et de l’histologie des végétaux. Au travers d’observations et d’études concrètes, la découverte de ces approches et de ces concepts permet de mieux appréhender la relation structure fonction chez les végétaux.
Cours magistraux (10h)
Description des tissus, de leurs particularités et de leurs rôles.
Organisation des tissus les uns par rapport aux autres, selon les organes.
Premières notions de plasticités et d’adaptabilité des plantes via la représentativité et le fonctionnalisation de ces tissus...
Travaux dirigés (3h)
Exercices sur les différents points abordés en cours & Mise en place, analyse et restitution des résultats obtenus en TP.
Travaux pratiques (12)
TP1 – Réalisation de coupes dans la tige de renoncule, coupe fraiche et coloration au carmino vert, démonstrations pour autres tiges (monocot, dicot, etc…)
TP2 – Réalisation de coupes dans la racine de renoncule, coloration au carmino vert et autre colorant, démonstrations pour autres racines (monocot, dicot, etc…), réflexion autour des notions d’absorption (transport de l’eau dans la racine et dans la tige - mise en évidence de la circulation de l’eau dans la tige) et de contraintes environnementales (tissus protecteurs face à un milieu agressif, sol)
TP3 – Etude de coupes pour comparaison de feuilles, faire le lien avec S1 en utilisant les stomates par exemple
TP4 – Méristèmes secondaires, structures secondaires et croissance en épaisseur
TP5 – TP en serres, Etudes du lien entre la fonction de l’organe et son organisation, notions d’espèces (adaptations) etc…
S2 Chimie et Biophysique (CHMP-201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
2 matières cosnstutuent ce modules
Chimie et Biophysique : Chimie organique, minérale, industrielle-CO1
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
1,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
L’objectif de cet enseignement est d’assurer aux étudiants les bases indispensables de la chimie organique, orientées vers les compétences avancées de la chimie du vivant, et permettant un dialogue chimie/biochimie/biologie.
Reconnaissances de fonctions chimiques et de molécules, nomenclature, représentation
Chiralité/stéréochimie : modèles de Cram, Newman, Fischer (sucres, acides aminés…) pour décrire la stéréochimie de molécules complexes telles que sucres et peptides.
Description de base des structures : schéma de Lewis, nature des liaisons (covalente, dative, hydrogène…), polarisation des liaisons.
Introduction à la réactivité : notions électrophile/nucléophile… vers la synthèse et la biosynthèse.
Chimie et Biophysique : physique
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
1,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce cours offre une introduction concise et ciblée aux principaux concepts de biophysique nécessaires pour comprendre les phénomènes optiques, électromagnétiques et acoustiques. Il vise à fournir aux étudiants de biologie une base solide pour appréhender les interactions de la lumière, des champs électriques et magnétiques, ainsi que des ondes sonores avec les molécules et les cellules dans leur domaine d'étude.
Cours magistraux ( 4,5 h)
Les concepts de base en
1. Optique physique : réfraction, diffraction et polarisation de la lumière.
2. Electromagnétisme : champ électrique, champ magnétique, courant électrique, induction électromagnétique et leur interaction avec les molécules et les cellules.
3. Acoustique : propagation des ondes sonores, absorption et réflexion.
Travaux dirigés (6h)
Applications à des situations biologiques
TD 1: Optique physique.
TD 2: Electromagnétisme
TD 3: Acoustique
S2 SPENZY Structure des protéines et enzymologie : Biochimie Biologie Moléculaire (BBM-202)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Le module de structure des Protéines et Enzymologie aborde les différents niveaux de structuration des protéines. Les principales techniques d’analyses des protéines sont également décrites. L’enzymologie de type Michaelien est expliquée, avec la description des activités enzymatiques, de la cinétique et sa régulation par des inhibiteurs compétitifs, non compétitifs ou incompétitifs notamment. Quelques notions de régulation allostérique sont également traitées. Des TD et TP viennent en soutien et en complément des cours.
Cours magistraux (9h)
-Chapitre 1 : Structures des protéines (4,5h)
Les différents niveaux de structuration des protéines (primaire, secondaire, tertiaire et quaternaire), exemples de maladies dues à la conformation inappropriée de protéines, dénaturation des protéines, Isolement et méthodes de séparation et de purification des protéines
-Chapitre 2 : Enzymologie (4,5h)
Définitions et propriétés, catalyse enzymatique, cinétique d’une réaction enzymatique, mécanismes de régulation de l’activité enzymatique, contrôle de l’activité enzymatique par régulation allostérique
Travaux dirigés (10h)
Exercices portant sur la structure des protéines et les méthodes d’analyse en lien avec cette structure (purification des protéines, électrophorèse (PAGE-SDS) chromatographie sur colonne…). (4h)
Exercices d’enzymologie : enzymes michaeliennes : activité, unités, représentation graphiques classiques, inhibiteurs compétitifs et non-compétitifs. (6h)
Travaux pratiques (2h + 3h)
- Le 1er TP de 2h portera sur un dosage de protéine au Bradford.
- Le second TP de 3h permet la mesure de l’activité enzymatique de la phosphatase alcaline.
S2 Sciences et société (SES-201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Initiation à la réflexion autour des questions d’éthique dans le domaine scientifique
L’évolution constante du rapport à la Science dans les sociétés contemporaines soulève de nombreux enjeux éthiques et suscite de nombreux débats. Au travers de cette formation les étudiant.e.s découvriront comment :
- Cerner la place de la Science et du rapport au savoir dans la société
- Analyser un discours de manière éclairée et critique (analyse d’article, initiation à la méthodologie analytique)
- Mener une réflexion construite dans le champ de l’éthique (initiation)
- Porter un regard analytique, critique et rationnel sur des sujets sensibles mêlant science et société
- Concevoir et mener des débats autour de plusieurs sujets (à titre d’exemples : la recherche sur les embryons humains, l’édition de génome, l’urgence écologique, la greffe du visage, la recherche expérimentale sur les animaux, …)
- Faire la distinction entre morale, éthique et déontologie
Les étudiant-e-s seront amenés à analyser des articles et à conduire des débats en classe selon des méthodologies variées.
L’objectif général en fin de module est d’aiguiser l’esprit critique et de mobiliser une première réflexion éthique dans le domaine scientifique
S2 Transition écologique et enjeux de notre siècle (TES-201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe aussi de la spécialité en SVT-ME (métier de l’enseignement)
La transition climatique est une transformation analogue, par son ampleur et ses enjeux, aux grandes révolutions technologiques et industrielles du passé. Elle interroge l'humanité dans toutes ses composantes, scientifiques, technologiques, sociales, éthiques, économiques et politiques, dans le contexte inédit d'une urgence à la fois planétaire et locale.
Le climatologue Jean Jouzel, pionnier du lien entre les émissions anthropiques CO2 et le réchauffement climatique, a proposé, dans un rapport remis à la Ministre de l'Enseignement Supérieur en 2022, que la transition écologique fasse partie intégrante de tous les cursus dans toutes les filières de niveau bac + 2.
L’urgence écologique se heurte parfois à une culture strictement académique. L’absence de formation approfondie aux enjeux écologiques contemporains et à l'urgence d'un changement de modèle apparaît comme un frein éventuel pour faire des Universités et de leurs étudiant-e-s des acteurs directs de la transition écologique.
Ce module transversal propose aux étudiant-e-s un enseignement spécifiquement dédié à la compréhension critique, dans toutes ses dimensions (et pas uniquement écologique au sens strict), de la transition climatique, à toutes les échelles du monde vivant et des sociétés dans un monde en multi-crises
Cours magistraux (5h)
Comprendre les transition énergétique, climatique et écologique de manière systémique : aspects fondamentaux.
- appréhender les équilibres et les limites de notre monde
- saisir les ordres de grandeur et les incertitudes par une analyse prospective
- outils de mesures et de simulations des scénarios climatiques
Travaux dirigés (20h)
Analyse d’articles et de textes de référence (notamment les rapports du GIEC) permettant, sous la forme d’exposés et de débats :
- de cartographier les acteurs de la transition et du développement durable dans les sociétés actuelles
- d'identifier le rôle de la Recherche dans les transitions actuelles et à venir
- de cerner le rôle des institutions et acteurs principaux, tels que le GIEC, dans les transitions actuelles et futures
- d'identifier les leviers d'action individuels et collectifs dans la transition énergétique
- d'identifier les métiers (souvent méconnus) de la transition écologique permettant de devenir acteur/actrice de la transition
- de décrypter les impacts à différentes échelles de différents modes de gouvernance de la transition écologique
- d'exercer l'esprit critique et la capacité d'analyse rationnelle dans les débats sensibles relatifs à la transition écologique
- de comprendre les méthodes pour construire des diagnostics et des solutions,
- d’agir en responsabilité
S2 BioRes Le Vivant : ressource d'avenir-physiologie végétale (VRA-201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe aussi de la spécialité en SVT-ME (métier de l’enseignement)
L’objectif de cet UE est d’exposer toutes les contributions des plantes, en tant que bioressources d’avenir, afin de résoudre les problématiques de nos sociétés modernes : transition agroécologique, bioénergies, biomolécules (pharmacopée), dépollution de l’air, de l’eau et des sols. Les notions abordées dans ce module permettront aux étudiants d’identifier les secteurs d’activité professionnels dans lesquels les ressources végétales constituent des leviers d’innovation pour un développement durable
Cours magistraux (12h)
Agriculture (nourriture, énergie, amélioration génétique, sélection artificielle, associations microbiennes, paillage/couverture du sol)
Biocarburant (bioéthanol, biodiesel, biogas, pellet, bois de chauffage, biomasse...)
Biomolécules (métabolites secondaires, hormones, cosmétique, pharmaceutique, usage traditionnels, pharmacopée, alimentaire, lutte bio, allélopathie...)
Bioremédiation (phytomanagement de sites pollués, accumulation de métaux lourds, plantes pionnières pour la revégétalisation des sites dégradés, décompaction du sol par les racines)
Ingénierie du paysage, urbaine et de l’eau (rétention des rochers en montagne, rétention des berges des cours d’eau, mitigation de l’érosion, infiltration de l’eau, zones récréatives)
Habitat pour la biodiversité et la conservation (plante comme organisme ingénieur qui créé des habitats pour d’autres organismes, zone refuges/forêt climax/haie/corridors/aire de repos des migrateurs).
Biomimétisme basé sur le monde végétal
Travaux dirigés (9h)
Projets en groupe (rapport/exposé sur une des thématiques du cours, compte rendu sous forme d’oral/table ronde collective). 1 TD initial pour la constitution des groupes (possibilité de thématiser les séances : une pour la bioremédiation, une sur les biomolécules...), 1 TD final pour la restitution (possibilité de le faire en une seule fois en amphi ou chaque groupe présente son exposé ?). Obligation de réunions entre eux avec des ordres du jour et des comptes rendus à fournir sous Plubel.
Lecture critique d’article
Intervenant extérieurs
Travaux pratiques (4h)
Visites de sites (production de pellet, bioéthanol, purification de molécules, sortie sur le terrain en forêt avec exploitant, visite d’une ferme, visite de Dijon Céréales
TP en salle pour la mise en évidence d’un processus vu en cours
S2 Chimie1 (CHM-201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Programme :
Cours Intégré
Différentes notions basées sur des exemples concrets sont abordées telles que :
Atomistique : présentation du tableau périodique (couche électronique, valence, formation des ions, etc …)
Généralités sur les réactions chimiques : tableau d’avancement, calcul de quantité de matière, activités, équilibre et réaction totale, système homogène et hétérogène, constante de réaction, thermodynamique (enthalpie, entropie, potentiel chimique, chaleur de réaction …), étude d’un système à l’équilibre et hors équilibre (lois de déplacement d’équilibres)
Réactions particulières :
-réaction de précipitation : définitions, calcul de Ks (composés peu solubles), de solubilité, facteurs influençant la solubilité, dosages
-réaction de complexation : définitions, calcul de Kformation, dosages
Cinétique chimique : définitions de vitesse de réaction, ordre(s), lois de vitesse pour les réactions d’ordre zéro, un et deux, constante de vitesse de réaction, énergie d’activation, temps de demi-réaction, méthodes de détermination de l’ordre à partir de données expérimentales, catalyseur, réaction totales et équilibrés.
Travaux pratiques
2 TP (2*1h30) : Cinétique et Thermochimie
Modules OBLIGATOIRES
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S3 anglais 3 (ANG-103)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
2 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
G (Géosciences)
E (Environnement)
PCB (Préparation au concours B)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Programme :
Travaux dirigés (12h)
Entraînement à la compréhension de documents audios qui traitent d'un sujet en rapport avec les Sciences de la Vie et de la Terre. Poursuite de l'acquisition du lexique de base nécessaire pour traiter de sujets scientifiques. Révision de vocabulaire et outils grammaticaux par blocs notionnels-fonctionnels : (11) Cause et conséquence, (12) Probabilité et certitude, (13) Le moyen et la manière, (14) Le but, (15) Similarité et contraste. Entraînements réguliers via des exercices écrits et oraux.
S3 réussite étudiant 3 (RE-103)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
1 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Les modules Réussite Etudiante (un par semestre) visent à accompagner l’étudiant.e dans ses choix d’enseignements en lien avec son projet universitaire et/ou professionnel. Ces modules fournissent également des outils pour améliorer la réussite des étudiant.e.s et leur insertion professionnelle.
S3 Biostatistiques 2 (STAT-102)-BIOSTAT2
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
G (Géosciences)
E (Environnement)
PCB (Préparation au concours B)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
La biostatistique consiste à collecter, analyser et interpréter des données dans le cadre d’une démarche scientifique, qu'il s'agisse du domaine de la biologie ou plus largement des sciences de la nature et de la vie (santé, environnement…). Elle est au cœur de toutes les sciences, car la science a besoin de rassembler des preuves et de les évaluer pour porter un jugement objectif.
Dans le domaine des sciences de la nature et de la vie, on analyse des échantillons afin de faire des inférences sur la population. Nous verrons ainsi dans cette UE quels peuvent être les outils pour collecter des données, les résumer, les analyser et les interpréter. Nous verrons comment les échantillons prélevés fournissent de bonnes estimations concernant la population dans son ensemble, à condition qu'ils soient représentatifs de la population concernée. Nous apprendrons également à appliquer (sur table et logiciel) quelques tests statistiques fondamentaux permettant de comprendre les notions de tests paramétriques ou non paramétrique et d’échantillons indépendants ou non indépendants.
Programme :
Introduction à la démarche méthodologique et place de l'outil statistique
Initiation aux approches expérimentales et plan d'expérience
Initiation aux approches descriptive et plan d'échantillonnage
Rappels sur les statistiques descriptives
Principe d'un test d'hypothèses (H0/H1)
Application de quelques tests d'hypothèses (paramétriques et non paramétriques) : test du Khi2, test t de Student, test U de Mann-Whitney, test t pour échantillons appariés, test de corrélation de Pearson
Travaux dirigés et travaux pratiques
TD : exercices de construction et d'analyse critique de plan expérimentaux, exercices de choix de tests en fonction de l'objectif et de la stratégie de collecte des données
TP : prise en main du logiciel R : saisie et manipulation de données, application de quelques tests d'hypothèses
LISTE DES MODULES à choix : 8 à choisir parmi les modules (facultatifs) ci-dessous
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
FAITES VOTRE CHOIX :
8 modules à choix :
- parmi les modules de la mention Sciences Vie
- Il est possible de choisir également parmi des modules de la mention Sciences Terre
S3 Diversité du règne animal 2 (DRA-102)-DRA2
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
Cette discipline est une science du vivant qui étudie plus particulièrement le règne animal à travers leurs structures et leurs grandes fonctions (vie de relation (système nerveux), digestion, excrétion/osmoréguation, reproduction, respiration, locomotion, etc.), les caractéristiques de leur plan d’organisation. De ce fait, la biologie animale intègre non seulement de la zoologie, mais aussi de la physiologie animale, des neurosciences, voire de l’éthologie. Elle comprend également la classification phylogénétique des animaux qui repose sur la compréhension que nous avons actuellement de l’évolution des espèces.
Cette UE présente les animaux non Vertébrés, depuis les premières formes animales (Diblastiques, comme les éponges et les coraux par exemple) jusqu’aux animaux Triblastiques Nématoïdes (vers ronds très représentés).
Programme :
Cours magistraux
Origine des Métazoaires : Multicellularité et conséquences, acquisitions évolutives des Métazoaires non Vertébrés et leurs conséquences morpho-fonctionnelles, en suivant la phylogénie évolutive.
Les principales fonctions vitales et plans d’organisation des Métazoaires non Vertébrés (principaux plans de développement et conséquences). Fonctions : de relation (système nerveux), digestion, excrétion et osmorégulation, respiration, circulation, reproduction, téguments, « squelette » et locomotion.
Ces enseignements présentent les principaux plans d’organisation et les adaptations morpho-fonctionnelles des animaux non Vertébrés (à l’exception des Panarthropodes et des Deutérostomiens non Vertébrés, vus en DRA2-B) et leurs évolutions pour s’adapter au milieu de vie.
3 travaux dirigés-travaux pratiques couplés, illustrant et approfondissant les notions vues en cours :
Organisation morpho-fonctionnelle des Diblastiques : exemple des Cnidaires.
Organisation morpho-fonctionnelle des Spiraliens: exemple des Mollusques.
Organisation morpho-fonctionnelle des Spiraliens vs. Ecdysozoaires Nématoïdes (Annélides vs. Nématodes)
S3 Diversité du règne animal 3 (DRA-103)-DRA3
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Cette discipline est une science du vivant qui étudie plus particulièrement le règne animal à travers leurs structures et leurs grandes fonctions (vie de relation (système nerveux), digestion, excrétion/osmoréguation, reproduction, respiration, locomotion, etc.), les caractéristiques de leur plan d’organisation. De ce fait, la biologie animale intègre non seulement de la zoologie, mais aussi de la physiologie animale, des neurosciences, voire de l’éthologie. Elle comprend également la classification phylogénétique des animaux qui repose sur la compréhension que nous avons actuellement de l’évolution des espèces.
Cette UE présente les animaux non Vertébrés, depuis les Panarthropdes (qui comprennent, entre autres, la grande diversité des crustacés et des insectes) jusqu’aux premiers Deutérostomiens (comprenant les oursins, étoiles de mer, etc). Cette UE est la suite de l’UE DRA2-A.
Programme :
Cours magistraux :
Les Métazoaires non Vertébrés : des Panarthropodes aux Deutérostomiens
Acquisitions évolutives des Métazoaires non Vertébrés et leurs conséquences morpho-fonctionnelles, en suivant la phylogénie évolutive.
Les principales fonctions vitales et plans d’organisation des Métazoaires non Vertébrés (principaux plans de développement et conséquences). Fonctions : de relation (système nerveux), digestion, excrétion et osmorégulation, respiration, circulation, téguments, squelette et locomotion.
Ces enseignements présentent les principaux plans d’organisation et les adaptations morpho-fonctionnelles des animaux non Vertébrés (des Panarthropodes aux Deutérostomiens non Vertébrés, suite de DRA2) et leurs évolutions pour s’adapter au milieu de vie.
3 travaux dirigés-travaux pratiques couplés, illustrant et approfondissant les notions vues en cours :
Organisation morpho-fonctionnelle des Euarthropodes 1 : Arachnides et Pancrustacés Mandibulates.
Organisation morpho-fonctionnelle des Euarthropodes 2 : Hexapodes et Myriapodes.
Organisation morpho-fonctionnelle des Xénambulacraires: exemple des Echinoïdes.
Modules à choix en BIOCHIMIE et BIOLOGIE MOLECULAIRE :
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S3 Chimie moléculaire-Bioénergétique (BBM-103)-COBI
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe de la spécialité :
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
Programme :
Réactivité des composés organiques monofonctionnels
Approches thermodynamique et cinétique ; maitrise des intermédiaires réactionnels.
Principales classes de réactions : substitution nucléophile, élimination, addition nucléophile (illustration avec synthèse de médicaments, de produits naturels…)
Concepts généraux de bioénergétique, additivité des variations d’énergie libre et réactions couplées, ATP/autres composés comportant des groupes à haut potentiel de transfert.
S3 Métabolisme cellulaire intégré et régulation (BBM-104)-MIRE
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en :
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
La biochimie métabolique aborde les grands cycles métaboliques nécessaires au fonctionnement du vivant. Dans ce module d’initiation, les principales voies métaboliques de dégradation des molécules pour en tirer de l’énergie (catabolisme) sont décrites. Des liens sont effectués avec la biologie cellulaire, la physiologie, l’activité physique et sportive et les pathologies liées au dysfonctionnement du métabolisme.
Des notions d’enzymologies sont également apportées en soutien des explications de régulation métabolique.
Programme :
Cours magistraux
Les voies métaboliques décrites sont :
-la régulation enzymatique des voies principales, cinétiques michaeliennes et allostériques, inhibiteurs compétitifs, non compétitifs et incompétitifs, en vue de la compréhension des cycles métaboliques
-Introduction générale sur les réserves et les besoins métaboliques, relations avec les activités sportives, réserves mobilisées, type de métabolisme mis en place
- le métabolisme des sucres (glycolyse, glycogénogenèse et glycogénolyse)
- le métabolisme des protéines et des acides aminés, leur biosynthèse et leur catabolisme (transamination, désamination oxydative, décarboxylation)
- le métabolisme des lipides (catabolisme avec les différentes bêta-oxydations)
- le devenir de l’acétyl-CoA et la production d’énergie (fonction catabolique du cycle de Krebs, chaine respiratoire mitochondriale, phosphorylation oxydative)
- l’étude de l’interrelation entre les différentes voies métaboliques
Travaux dirigés : Exercices d’approfondissement des CM avec exemples pratiques, suivis de métabolites dans les voies métaboliques étudiées.
Travaux pratiques : Activité enzymatique de la lactate déshydrogénase, une enzyme du métabolisme anaérobie (fermentation lactique), en présence ou non d’inhibiteur.
S3 Physique-Biophysique (Phy-102)-BioPhy2
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe de la spécialité : BBM (Biochimie et Biologie moléculaire )
Le cours vise à fournir une base solide pour l'application des principes de biophysique dans l'étude des systèmes biologiques. Les étudiants développeront une compréhension approfondie des mécanismes de transport et de diffusion en biologie, de la mécanique des fluides, des techniques de caractérisation utilisées en biophysique, ainsi que des concepts fondamentaux de la thermodynamique.
Cours :
TRANSPORT ET DIFFUSION EN BIOLOGIE
- Mécanismes de transport et de diffusion ( mouvements des ions , courant ionique), Transport actif (pompe) et passif (canaux) dans les membranes biologiques
- Modèles mathématiques pour décrire le transport et la diffusion ( potentiel électrochimique loi de Nernst - loi de Goldman )
MECANIQUE DES FLUIDES
La statique (Loi de Pascal , Pression atmosphérique, Mesure de la pression, Flottabilité et immersion), La dynamique (Écoulements laminaires et turbulents, perte de charge dans les conduites)
TECHNIQUES DE CARACTERISATION
- Microscopie électronique, optique / microscopie de fluorescence / à force atomique (AFM)
- Techniques d'imagerie par résonance magnétique nucléaire ( RMN )
- spectroscopie infrarouge / Raman, Calorimétrie, Voltamétrie, Résonance plasmonique ( SPR )
THERMODYNAMIQUE
- Introduction (États thermodynamiques ,Première loi)
- Énergie thermique (Définition, Unités, Transferts de chaleur)
- Systèmes thermodynamiques
Travaux dirigés (8+1h)
Les TDS seront appliqués
- à la cellule nerveuse , au système cardiaque et aux techniques d’enregistrement des signaux électriques.
- aux systèmes circulatoires , au transport de nutriments et de déchets, aux mécanismes d'écoulements en milieux aquatiques , aux écoulements sanguins dans les vaisseaux
S3 BIOMAP Biochimie métabolique approfondie et pathologies associées (BBM-105)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe de la spécialité :
- BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
Il est suivi par les étudiants de CYPI
La biochimie métabolique aborde les grands cycles métaboliques nécessaires au fonctionnement du vivant.
Dans ce module de maitrise, les principales voies métaboliques de synthèse de molécules (anabolisme), sont décrites. Une fois le module d’initiation acquis, des voies complémentaires seront abordées. Leurs liens avec la physiologie, la physiopathologie et les voies précédemment décrites seront expliqués.
Programme :
Cours magistraux :
Les voies métaboliques décrites sont :
- le métabolisme des sucres (voie des pentoses, néoglucogenèse)
- le métabolisme des protéines et des acides aminés, leur biosynthèse et leur catabolisme (aldolisation, cycle de l’urée, anabolisme des amino-acides)
- le métabolisme des lipides (biosynthèse des acides gras, régulation de la cétogenèse…)
- le devenir de l’acétyl-CoA et la production d’énergie (fonction anabolique du cycle de Krebs)
- l’étude de l’interrelation entre les différentes voies métaboliques)
Travaux dirigés
Exercices d’approfondissement des CM avec exemples pratiques et situations pathologiques, suivis de métabolites dans les voies métaboliques étudiées
Modules à choix en BIODIVERSITE ECOLOGIE EVOLUTION :
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S3 ECO-MIC Ecologie microbienne- Cycles biogéochimiques (BEE-102)
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVg (Sciences du Végétal)
E (Environnement) parcours Sciences Terre
S3 Comportement animal (BEE-105)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution) et PCB (Préparation au concours B)
Cet enseignement est une introduction à l’étude du comportement animal. L’objectif principal est d’appréhender le comportement comme un objet d’étude scientifique, en tenant compte de ses spécificités par rapport à d’autres traits mesurés. L’étude du comportement sera abordée au travers de la complémentarité des approches possibles : des approches descriptives, mécanistiques (déterminants physiologiques et neuronaux), et intégrative (écologie comportementale). Nous aborderons également la diversité des champs d’applications possibles du comportement (question de recherche fondamentale, bien-être animal, conservation des populations sauvages…). Les méthodes et outils d’analyse de base d’étude du comportement seront également décrits lors des travaux dirigés et mis en œuvre lors des travaux pratiques (laboratoire et terrain).
Cours magistraux
Le comportement comme objet d’étude, les biais d’observation et d’interprétation, l’histoire des disciplines
Les mécanismes à l’origine de l’expression des comportements : détermination neuronale et hormonale du comportement, cognition
Les déterminants écologiques et évolutifs des comportements (influence de l’environnement, adaptation et plasticité comportementale)
Application des concepts liés au comportement animal : conservation et gestion des populations animales, droit et éthique, bien-être animal
Travaux dirigés
Les outils et méthodes d’observation et d’analyse du comportement
Les biais d’interprétation du comportement
Travaux pratiques
TP1 : Caractérisation et comparaison du comportement
TP2 : Manipulation du comportement
TP3 : Étude des comportements in natura
S3 Ecophysiologie (BEE-104)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
PCB (Préparation au concours B)
L’écophysiologie évolutive est une discipline de la biologie, à la frontière entre l'écologie et la physiologie, qui étudie les réponses comportementales, morphologiques, biochimiques et physiologiques des organismes à leur environnement selon une approche intégrative. Cette discipline vise à comprendre l’adaptation des organismes dans un contexte environnemental changeant et comment les individus font face aux contraintes de leur milieu (comme la température, l’altitude, l’oxygène, la disponibilité en nourriture...). L’écophysiologie évolutive permet ainsi de comprendre comment les animaux s'adaptent à leur environnement et à des environnements extrêmes comme les déserts ou les pôles et comment leurs capacités influencent leur distribution dans l'espace et dans le temps. Ce module d’écophysiologie évolutive intègre donc des notions d'évolution, d'écologie, de développement et de physiologie. Il consistera à comprendre la façon de fonctionner d'un organisme dans son environnement et sur les causes évolutives qui expliquent pourquoi il fonctionne ainsi. La théorie sera connectée à la pratique grâce aux différents travaux pratiques permettant de rendre compte comment les individus perçoivent le stress de l’environnement et comment ils peuvent y répondre à travers des modifications de leurs comportements et de leur physiologie
Cours magistraux (12h)
La variabilité des facteurs de l’environnement comme moteur du stress (2h)
Comment les organismes perçoivent les stress de l’environnement (2h)
Réponse des organismes au stress environnemental à différentes échelles temporelles et spatiales : acclimatation, adaptation, plasticité phénotypique (2h)
Les 4 niveaux d’intégration pour répondre au stress : comportement, morphologie, physiologie, biochimie (2h)
Réponse des organismes aux milieux extrêmes (milieux polaires, désertiques) en prenant en compte les 4 niveaux d’intégrations (4h)
Travaux dirigés (5h)
Préparation des TPs, analyse et discussion des résultats
Discussion sur documents
Travaux pratiques (8h)
2 TPs consacrés à la réponse des organismes au stress de l’environnement pour comprendre comment l’environnement régit les réponses physiologiques et comportementales des animaux
TP1 : Effet de l’humidité sur le comportement d’agrégation des cloportes. Le regroupement en tant que réponse adaptative ?
TP2 : Effet de l’augmentation de la température de l’eau sur la respiration des crustacés
S3 Evolution1 (BEE-103)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
L’adaptation des organismes à leur milieu est une caractéristique essentielle du vivant, participant à l’évolution et la diversification des espèces. L’adaptation est le résultat de la sélection naturelle en tant que processus évolutif opérant à l’échelle des populations (de molécules, cellules, individus, groupes d’individus). Le succès reproductif différentiel des individus au sein d’une population, la variabilité phénotypique, et la contribution du polymorphisme génétique à cette variabilité, sont les conditions nécessaires et suffisantes pour que la sélection naturelle opère. Cette UE a pour objectif d’amener les étudiants à (i) maîtriser le raisonnement évolutionniste associé au processus d’adaptation, y compris le lien génotype-phénotype, (ii) comprendre les niveaux de sélection et l’unité de sélection, et leur importance dans l’évolution de la coopération et des conflits dans le vivant, (iii) comprendre les causes de maintien du polymorphisme adaptatif et son importance en biologie de la conservation.
A l’issue de cette UE, les étudiants maîtriseront le raisonnement évolutionniste appliqué à la diversification du vivant vue à l’échelle microévolutive, en sollicitant également des connaissances en biométrie (visualisation et quantification de la variabilité), biologie du développement et écologie (impact des facteurs abiotiques et biotiques sur la construction du phénotype). Les concepts seront abordés par des mises en situations pratiques, des discussions sur documents, et des jeux de rôles.
Cours magistraux (11h)
Sélection naturelle, un processus en deux temps
Modes de sélection, Adaptation, polymorphisme adaptatif
Sélection aux différents niveaux d’organisation du vivant
Approche quantitative de la variation phénotypique et ses causes (approche intuitive)
Plasticité phénotypique
Concepts (CM)
Cours magistraux (11h)
Sélection naturelle, un processus en deux temps
Modes de sélection, Adaptation, polymorphisme adaptatif
Sélection aux différents niveaux d’organisation du vivant
Approche quantitative de la variation phénotypique et ses causes (approche intuitive)
Plasticité phénotypique
Travaux dirigés et travaux pratiques (14h)
TD niveaux de sélection
TP adaptation: le biofilm, une adaptation? (EvolSTEM)
TP Evolution de la coopération
TD documents/discussion: Eugénisme (déterminisme génétique, environnemental, culturel), Changement global et plasticité phénotypique
Lien avec d’autres enseignements:
TD Variabilité de la taille humaine: part génétique et part environnementale
Biostatistiques (visualisation, quantification de la variabilité, “manipulation” de fréquences et probabilités)
Biologie moléculaire, génétique mendélienne
Biologie du développement
Ecologie: biologie des populations, facteurs abiotiques et biotiques
Modules à choix en PHYSIOLOGIE ANINALE et VEGETALE :
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S3 Physiologie Cardiovasculaire et Respiratoire 1 (PA-103)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
Cette UE a pour objectif de présenter l’anatomie du système cardio-vasculaire ainsi que les mécanismes régulant son fonctionnement. La partie consacrée à l’étude de la fonction du coeur concerne les données anatomiques et histologiques en lien avec son fonctionnement, l’investigation de son activité électrique, de ses capacités contractiles et la régulation de son débit. Le système circulatoire est étudié en explorant son organisation, l’anatomie des différents types de vaisseaux et les échanges capillaires. Les mécanismes régulant la pression artérielle et le débit sanguin dans les tissus sont ensuite explorés. Cette UE est particulièrement appropriée pour les étudiant.e.s souhaitant une formation orientée vers la santé (métabolisme et pathologies associées notamment), la recherche ou vers les métiers de l’enseignement. Cette UE constitue un prérequis pour accéder à l’UE PHYCAR2
Programme :
Cours magistraux :
Le cœur : Anatomie du cœur : Structure / valves cardiaques / vaisseaux
La contraction cardiaque : Propriétés des fibres cardiaques / Substrats énergétiques du cœur / Automatisme cardiaque / Modèle coeur de grenouille Electrocardiographie : ECG / Correspondance ECG et phases de dépolarisation/ Correspondance ECG et remplissage du cœur / Exemples d’électrocardiogrammes anormaux
Le débit cardiaque (DC) : Définitions / Volume systolique / Précharge / Contractilité / Postcharge / Evolution des pressions / Notion de pouls / Régulation du DC / système nerveux autonome / Réflexe de Bainbridge II.
Les vaisseaux : Caractéristiques des différents vaisseaux / Structure des capillaires / Le réseau veineux
Les échanges capillaires : Diffusion simple / Transcytose / Ecoulement de masse
Hémodynamique : Débit sanguin, pression sanguine et résistance / Pression artérielle / Pression veineuse
Régulation de la pression artérielle et du débit sanguin : - Régulation nerveuse : Barorécepteurs / Chimiorécepteurs - Régulation hormonale : Système rénine-angiotensine-aldostérone / Adrénaline et noradrénaline / Hormone anti-diurétique / Peptide Natriurétique Auriculaire (ANP) - Régulation locale : Facteurs endothéliaux / régulation métabolique - régulation hormonale et peptidergique - régulation nerveuse centrale et périphérique : sympathique, parasympathique et récepteur imidazole, etc. du rythme cardiaque
Travaux dirigés :
TD1 : Régulation de la PA et du DC au cours de l’effort
TD2 : Pathophysiologies cardiovasculaires dans différentes situations (fibrillations, athérosclérose, artériopathies, cardiomyopathie congénitale, etc.)
TD3 : Analyse des résultats obtenus en TP. Transposition au mammifère et applications en recherche clinique et fondamentale
TP1 : ECG chez l’Homme
TP2 : Etude de l’automatisme cardiaque du cœur de grenouille
TP3 : Régulation de la pression artérielle : Contraction d’anneaux aortiques isolés de rats
S3 Nutrition minérale et hydrique des plantes (BPV-102)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
E (Environnement)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
La nutrition minérale de la plante intègre l'ensemble des mécanismes impliqués dans le prélèvement par les racines, le transport, le stockage et l'utilisation des ions minéraux nécessaires au métabolisme et à la croissance de la plante. Sur le plan appliqué, les connaissances acquises dans ce domaine sont utilisées pour gérer au mieux la fertilisation des cultures.
Tout comme l’organisme humain, la plante a besoin d’eau pour vivre. L’eau est indispensable à la formation de la sève et participe ainsi aux phénomènes de circulation et donc à l’apport de nutriments aux différents organes de la plante ; elle participe également à des phénomènes de régulations tel que la transpiration.
Les mécanismes sous-jacents à la nutrition minérale et hydrique des plantes seront ici décryptés et étudiés.
Programme :
Cours magistraux
Introduction : Histoire de la recherche en nutrition végétale, Sol et nutriments
Composition d’une plante : Eau, composition minérale, macro- et micro-éléments, déficiences et symptômes
Transport membranaire: Absorption de nutriments par les plantes, Membrane, apoplaste, transports actif et passif
Transport ascendant de l’eau et des nutriments: Transport longue distance, organes et tissus concernés, mouvement de l’eau et des minéraux, carences
Transport “descendant” : Le phloème et le transport
Nutrition soufrée
Nutrition azotée
symbioses plantes-microorganismes (focus sur symbioses de type, rhizobienne, mycorhizienne, actinorhizienne)
Travaux dirigés :
Nutrition azotée, de la cellule au champ (analyses de résultats publiés)
TD couplés TP
Travaux pratiques
- Mesure du potentiel hydrique de cellules d'épiderme d'oignon rouge
- Mesure de la transpiration chez le haricot (potomètre)
- Poussée racinaire chez le blé
- Absorption de l'eau et régulation de son entrée dans la plante
- Nutrition minérale (glutamine synthase)
S3 Physiologie végétale-La photosynthèse à la base de la chaîne alimentaire (BPV-103)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
La photosynthèse est un processus essentiel mis en place chez la plupart des plantes et d'autres organismes photoautotrophes pour convertir l'énergie lumineuse en énergie chimique par la capture du CO2 et sa conversion par sa fixation sous forme de composés organiques. Ce processus, essentiel à la vie sur terre et au maintien des chaines et réseaux alimentaires, est en grande partie responsable de la production et du maintien de la teneur en oxygène de l'atmosphère terrestre et fournit la majeure partie de l'énergie.
Dans ce module, seront présentés les organismes photosynthétiques, les lieux, les structures cellulaires/subcellulaires ainsi que les mécanismes sous-jacents régulant la photosynthèse. L’influence des facteurs environnementaux et notamment l’impact du changement climatique sur ce processus sera également abordé.
Programme :
Cours magistraux
Concepts historiques - Rappel du cycle du carbone.
Organismes photosynthétiques et siège de la photosynthèse. Organisation des thylacoïdes et des chloroplastes et leur diversité.
Réactions claires : Absorption de l’énergie lumineuse par les pigments (structures et agencement). Composition, organisation et fonctionnement des photosystèmes - Réactions d’oxydo-réduction et chaine de transferts d’électrons - Couplage chimio-osmotique, photo-phosphorylations .
Réactions de fixation du carbone : Cycle de Calvin. Photorespiration. Comparaison des processus adaptatifs des plantes C3, C4 et CAM.
Photosynthèse et facteurs environnementaux. Photoinhibition et processus de protection des plantes.
Perspectives de plantes résilientes aux modifications du climat.
Travaux dirigés :
Illustrations du cours sous formes d’exercices et analyses de données de publications. Mise en place, analyse et restitution des résultats obtenus en TP.
Travaux pratiques :
La photosynthèse et les facteurs de l’environnement (production de O2 et d’amidon, fixation CO2 versus respiration).
Extraction, analyse et caractérisation de pigments photosynthétiques
S3 Régulation des grandes fonctions par les systèmes nerveux autonome et endocriniens (PA-104)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
Pour coordonner le fonctionnement des organes et des millions de cellules qui les composent, l’organisme utilisent deux systèmes de régulation : le premier, le système nerveux dont l’activation conduit à des réponses adaptatives très rapides et le second, le système endocrine dont l’action est plus lente, reposant sur la libération d’hormones libérées par des glandes sécrétrices et véhiculés par le sang.
L’UE COMNEHO2 fait suite à l’UE Communication nerveuse et hormonale (COMNEHO1) du S2 et a pour objectifs de préciser les mécanismes de régulation de grandes fonctions à travers des exemples concrets et appliqués en TD/TP, afin de comprendre comment ces systèmes interviennent pour réguler l’homéostasie.
Cours magistraux :
- Le système nerveux autonome 4h
-Rappels sur l’Anatomie fonctionnelle du système nerveux autonome (SNA)
-Caractéristiques du fonctionnement du SNA :
Interactions des activités ortho- et para-sympathiques / Tonus vasomoteur et parasympathique / Double innervation ortho- et para-sympathique / Rôles exclusifs du système orthosympathique.
* Rôles des Neurotransmetteurs et récepteurs : Récepteurs cholinergiques / Récepteurs adrénergiques / Implication dans la modulation de la réponse / Exemples et importance clinique.
* Fonctionnement du SNA :
L’arc réflexe médullaire autonome
Illustration par le réflexe de miction
Régulation par le tronc cérébral
Régulation de la pression artérielle
Régulation de la respiration (introduction)
Régulation par le cortex cérébral
Régulation de la motilité et de la sécrétion gastrique
-L’hypothalamus à l’interface du SNA et su système endocrinien
Anatomie fonctionnelle de l’hypothalamus
Contrôle de la lipolyse adipocytaire
Régulation de la température corporelle
Hormones adénohypophysaires et neurohypophysaires
II-Le système endocrinien 3h
En relation avec le chapitre précédent, 2 fonctions liées à des hormones adénohypophysaires et neurohyphysaires seront abordées :
La croissance : l’hormone de croissance, son mode d’action, ses interactions avec d’autres hormones.
La lactation : rôle intégré d’hormones, l’implication de l’ocytocine.
Travaux dirigés :
TD1 : Analyse des résultats obtenus en TP.
Transposition au mammifère et applications en recherche clinique et fondamentale.
Travaux pratiques :
TP1 : Etude du potentiel d'action sur le modèle ver de terre
TP2 : Régulation des contractions du muscle lisse de l’utérus isolé de rongeur
TP3 : Fonctionnement du système endocrinien : TP Lab-Station sur un rat virtuel
Modules à choix en PHYSIQUE CHIMIE :
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S3 Physique : Biofluides (BIF-101)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce cours est suivi également par les étudiants de CYPI
Cours magistraux : 4 cours de 2h
Rappels de statique des fluides
Fluide, Pression, loi de l’hydrostatique, poussée d’Archimède, tension superficielle
Ecoulement des fluides parfaits
Notion d’écoulement stationnaire, débit volumique et massique, conservation du débit, énergie volumique, loi de Bernoulli, effet Venturi, effet Magnus
Ce cours est suivi également par les étudiants de CYPI
Ecoulement des fluides réels
Viscosité d’un fluide (mesure et unités usuelles), Loi de Stokes, Pertes de charges distribuées et localisées, pompes, niveau piézométrique, écoulement laminaire et turbulent, nombre de Reynolds, loi de Poiseuille, porosité, perméabilité, loi de Darcy, analogie hydrodynamique/électrique, résistance hydraulique et leur association.
Conduction thermique
Flux thermique, Loi de Fourier, loi de Newton, Conductivité thermique, coefficient de diffusivité thermique, bilan d’énergie en régime stationnaire. Convection.
Travaux pratiques :3 séances de 3h
Mesure de viscosité : Utilisation de différents appareils pour explorer des gammes différentes de viscosité, ajustements mathématiques, évolution temporelle de la température d’un liquide.
Ecoulement de fluides : Effet venturi, mesure de débit et mesure de pertes de charge
Mesure de perte de charge et de tension superficielle
S3 Chimie générale prépa (PCB)-chimie générale (CGP-101)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en PCB (Préparation au concours B)
Reprendre les notions de base (fiche de cours) et maitriser l’application (TD) de la Thermodynamique chimique, plus spécifiquement les solutions aqueuses acido-basiques, les équilibres de solubilité et les équilibres redox dans la cadre de la préparation du concours B ENV
Travaux dirigés (25h) 12 x2h +1h
Le gaz parfait
Nombre d’oxydation et Equilibrage
Réactions et Stœchiométrie
Réactions équilibrées
Quantité de chaleur et bilan thermique
L’entropie
Réactions et Equilibres
Equilibres de solubilité
Equilibres Acido-basiques
Equilibres Redox ; Electrochimie
Cinétique
S3 Chimie : Diagramme de Phases et cristallographie (DPC-101)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Ce module a pour objectif de savoir prédire la nature des phases en équilibre d’un système ainsi que leur composition et proportion. Cet enseignement a également pour objectif d’apporter quelques connaissances de base de chimie du solide (relation entre type de liaison et structure).
Cours magistral (11h) 4 x2h + 2 x1h30
Diagramme de phases :
- Règle des phases
- Diagramme d’état du corps pur
- Diagrammes binaires :
équilibres liquide/vapeur dans le cas de 2 liquides totalement miscibles (loi de Raoult), partiellement miscibles (azéotrope) et non miscibles (hétéroazeotrope). Application à la distillation.
Cristallographie :
- Définitions (maille, plan, système cristallin, motif…)
- Description des cristaux métalliques, covalents, moléculaires et ioniques
S3 Chimie : Chimie organique prépa B (COP-101)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
PCB (Préparation au concours B)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Le semestre alterne des séances de type « cours » et des séances de TD (correction d’exercices »). Deux TP permettent de découvrir les principales techniques en chimie organique nécessaires au concours.
Travaux dirigés (17h) 8 x 2h + 1h
Réactivité des aldéhydes et cétones, Acides carboxyliques et dérivés, Analyse par spectroscopie infrarouge)
Travaux pratiques (8h) 2x 4h
Extraction liquide-liquide ; montage à reflux; rendement de synthèse; chromatographie sur couche mince.
Modules à choix PIX, PREPRO, SCIENCES et SOCIETES
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S3 Usages numériques-préparation PIX (PIX-101)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
module de préparation au PIX
S3 Préprofessionnalisation Métiers de l'Education et de la formation (PP1-101)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
Le parcours de Préprofessionnalisation aux Métiers de l’Éducation et de la Formation (Prépro MEF) s’adresse aux étudiants de licence qui envisagent une carrière dans l’enseignement, l’éducation ou la formation. Il permet la découverte du monde éducatif.
Formation organisée par l’INSPE.
Cours magistraux :24h
Education et Formation : Enjeux, institutions, publics.
Connaissance des systèmes de formation (système scolaire, formation professionnelle d’adultes, éducation spécialisée...)
Connaissance des publics en formation (approche psychologique et sociologique des publics scolaires, publics d’adultes...)
Travaux dirigés: 12h
Découverte / Redécouverte des Disciplines Scolaires
Stage 2 à 4 jours en milieu scolaire ou éducatif, ordinaire ou spécialisé:
CM 2h TD 6h: préparation et exploitation du stage
S3 Sciences et sociétés 2 (SES-102)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en PCB (Préparation au concours B)
Réflexion autour des questions d’éthique dans le domaine scientifique
L’évolution constante du rapport à la Science dans les sociétés contemporaines soulève de nombreux enjeux éthiques et suscite de nombreux débats.
Au travers de cette formation, qui peut faire suite au module d’initiation (donnée au deuxième semestre de Licence), les étudiant.e.s découvriront comment :
- Analyser des articles portant sur des thématiques sensibles (notamment sur des débats de société autour de sujets scientifiques) de manière éclairée et critique : analyse d’articles de presse, analyse d’articles
scientifiques,
- Appréhender les avis du CCNE (Comité Consultatif National d’Ethique, instance consultative en charge de nombreuses questions d’éthique en France notamment dans le domaine de la biologie)
- Mener une réflexion construite dans le champ de l’éthique
- Concevoir et mener des débats autour de plusieurs sujets (à titre d’exemple : l’eugénisme, la thématique de la fin de vie, les progrès de la procréation médicalement assistée, l’obligation vaccinale, la distorsion cognitive
dans domaine écologique, les enjeux liés aux évolutions récentes de l’agroalimentaire, les phénomènes d’opposition à la transition énergétique…)
- Apprendre à structurer son analyse en différenciant le plan de la morale, de l’éthique, de la déontologie et de la sociologie
Les étudiant-e-s seront amenés à analyser des articles et à conduire des débats en classe selon des méthodologies variées.
Module à choix en NEUROSCIENCES
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S3 Neurosciences1 (NEU-101)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
PCB (Préparation au concours B)
Les Neurosciences regroupent les recherches sur le système nerveux, depuis l’échelle moléculaire jusqu’au comportement de l’organisme entier, avec des technologies variées et spécifiques. Ce premier module propose de partir à la découverte de notre cerveau, d’expliquer son fonctionnement en s’appuyant sur des données moléculaires, anatomiques et comportementales, et de comprendre ses dysfonctionnements en situation pathologique.
Cours magistraux :
- Histoire des Neurosciences : le passé, présent et futur de cette spécialité transdisciplinaire, la place du cerveau depuis la Grèce antique jusqu’à la « neuromania » d’aujourd’hui.
- Le cerveau, quesaco ? Et la transmission nerveuse, comment ça marche ? Les principales structures anatomiques du cerveau, les différents types cellulaires et leur fonctionnement.
- L’évolution du système nerveux : du réseau neuronal diffus des cnidaires au cerveau des primates.
- Apprendre à apprendre : les mécanismes de l’apprentissage et de la mémoire.
- Le cerveau malade : diversité des pathologies du système nerveux central (maladies psychiatriques, neurodégénératives, inflammatoires).
Travaux dirigés :
- La démarche scientifique en neurosciences, place de l’expérimentation animale et diversité des modèles animaux.
- Genèse et propagation du message nerveux.
- Du cerveau sain au cerveau pathologique.
Travaux pratiques :
- Voyage au centre du cerveau : navigation au travers d’atlas numériques, de modélisations 3D, observation de lames histologiques.
- Étude de l’activité électrique de votre cerveau par électroencéphalographie (EEG).
- Test de mémoire et d’apprentissage.
Modules à choix en BIOLOGIE CELLULAIRE :
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S3 Biologie cellulaire 3-Flux d'information (BC-103)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Programme :
Ce module s'adresse aux étudiants qui souhaitent acquérir des bases élémentaires mais solides sur le flux d'information cellulaire (gènes / transcription / ARN / traduction / protéines / adressage des protéines aux différents compartiments cellulaires), sans entrer dans les détails mécanistiques. En essence, il s'agit d'une formation élémentaire en Biologie Cellulaire et Moléculaire adaptée à des étudiants qui ont besoin de maîtriser ces concepts dans le cadre de leur projet de formation (par exemple biologie évolutive, biologie des populations, enseignement des SVTs, physiologie animale ou végétale, biotechnologies ...) sans se destiner nécessairement à être spécialistes du domaine. Le programme comprend 6 thèmes:
Thème 1: Rappels sur les macromolécules (acides nucléiques, protéines), notions de génome et de protéome, chromatine.
Thème 2: Transcription, notion de gène, types d'ARN, nucléole.
Thème 3: Traduction, ribosome, repliement des protéines.
Thème 4: Compartimentation cellulaire, signaux d'adressage des protéines, adressage nucléaire.
Thème 5: Adressage aux mitochondries, plastes, et au reticulum endoplasmique.
Thème 6: Transport vésiculaire.
Chaque Thème de CM est adossé à un TD, qui est l'occasion de consolider les notions abordées en CM, et de les mobiliser dans le cadre d'exercices basés sur des exemples tirés de la recherche.
Extraction d’ADN génomique (Tenebrio)
Mise en évidence de l’adressage nucléaire (Drosophiles transgéniques avec rapporteur nucléaire)
S3 Microbiologie générale (MIC-101)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Programme :
Cours magistraux
Historique et domaine de la microbiologie.
La croissance bactérienne.
La cellule bactérienne : les composants externes à la paroi cellulaire (capsule, couche mucoïde, fimbriae, pili, flagelles et mobilité) ; structure et fonctions de la paroi et de périplasme (Gram + et Gram-) ; composition et fonctions de la membrane cytoplasmique ; le cytoplasme ; la sporulation ; la microscopie et la préparation des échantillons.
Nutrition bactérienne : classification des bactéries selon leurs besoins en énergie et en carbone ; besoins nutritionnels spécifiques des bactéries ; cycles biogéochimiques.
Les grandes familles bactériennes : les bactéries à Gram – (Spirocheteae, Pseudomonadaceae, Rhizobiaceae, Enterobacteriaceae, Vibrionaceae, Pasteurellaceae, Rickettsiaceae, Chlamydiacea) et les bactéries à Gram + (Bacillaceae, Staphylococcaceae, Listeriaceae).
TD : La croissance bactérienne.
TP : Croissance bactérienne / dénombrement / isolement / observations microscopiques (coloration de Gram).
S3 Bases fondamentales de l'immunologie (IMM-101)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
SVg (Sciences du Végétal)
BEE ((Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
Programme :
Cours magistraux :
Organes et cellules du système immunitaire inné et adaptatif
Immunité innée : mécanismes de reconnaissance et d’action
Reconnaissance des antigènes dans le système adaptatif (Immunoglobulines et récepteurs T) : diversité et spécificité
Complexe majeur d’histocompatibilité
Activation des lymphocytes T et B
Fonctions des cellules effectrices : le système immunitaire en action
TD et TP
Produire et utiliser des anticorps polyclonaux et monoclonaux
Présentation des différentes techniques de détection de l’interaction anticorps/antigène
Mettre en place un test d’immunoprécipitation en gel et un test immuno-enzymatique
Rechercher des parentés antigéniques par les tests d’Ouchterlony et ELISA
S3 Biologie du développement 1, Embryogenèse (DEV-101)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
La biologie du développement est l’étude des mécanismes qui permettent la genèse d’un être vivant pluricellulaire à partir d’une cellule œuf unicellulaire. Un aspect fondamental de ces mécanismes est le contrôle spatio-temporel de l’expression des gènes qui conduit à la mise en place d’identités cellulaires. Un autre aspect important est la différenciation cellulaire qui nécessite une coopération et une coordination cellulaires. L’ensemble de ces points est abordé dans cette UE aussi bien en biologie du développement animale (modèles Amphibien et Oiseau) qu’en biologie du développement végétal (développement du zygote chez les algues et les Angiospermes).
Programme :
Cours magistraux
Principe et concepts en Biologie du développement : historique, lignage détermination, spécification, Induction, Patron de formation, morphogènes. Biologie du développement d’organismes modèles Amphibien et Oiseaux : segmentation, gastrulation (mise en place des feuillets embryonnaires) et neurulation (mise en place du système nerveux)
Biologie du développement embryonnaire d’organismes modèles végétaux : segmentation, mise en place et contrôle de la polarité cellulaire, mécanismes de régulation de l’orientation des divisions et mise en place précoce des méristèmes.
Travaux dirigés
Les TD porteront sur la compréhension de la mise en place des tissus embryonnaires chez des modèles expérimentaux classiquement utilisés en biologie du développement animal et végétal
Travaux pratiques
Etude du développement de l’Oiseau, modèle en biologie du développement des vertébrés, gastrulation, neurulation
Etude du développement des graines de différents modèles végétaux, comparaison Monocotylédones et Dicotylédones, embryogenèse, mise en réserves.
S3 Essentiels de Génétique 1 (GEN-101)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Programme :
Ce module concerne la branche de la biologie qui étudie l’hérédité. Les notions de base qui y sont traitées, interviennent dans tous les domaines de la biologie. Il s'agit pour l’essentiel de rappels de concepts déjà abordés au cours de la scolarité qui sont présentés dans l'optique de leurs apports pour la génétique.
Il s'adresse aux étudiants qui souhaitent acquérir des bases élémentaires mais solides de Génétique. Il s'agit d'une formation adaptée aux étudiants qui ont besoin de maîtriser ces concepts dans le cadre de leur projet de formation (biologie évolutive, biologie des populations, enseignement des SVT, physiologie animale ou végétale, biotechnologies ...) sans se destiner à être spécialistes dans ce domaine.
Le programme comprend 6 thèmes (6x1,5h = 9h) :
Thème 1 : ELEMENTS de GENETIQUE FORMELLE :
concerne les bases moléculaires de l’hérédité dans lequel la structure et l’expression des gènes sont abordées (transcription traduction). Conséquences des mutations sur le phénotype. L’Origine de la variabilité par brassage est rappelée (méiose).
Thème 2 : MUTATIONS GENIQUE et CHROMOSOMIQUE :
s’intéresse aux mutations, leur origine, leur nature ainsi qu’à leurs effets phénotypiques. Changement du nombre ou de la structure des chromosomes sont aussi abordés, ainsi que les principales conséquences des mutations chromosomiques humaines.
Thème 3 : TRANSMISSION d’un GENE INDIVIDUEL :
concerne les modes de transmission des gènes. Les buts et méthodes de l'analyse génétique sont présentés. Hérédité humaine et transmission de maladies génétiques sont abordées.
Thème 4 : L’ASSORTIMENT INDEPENDANT des GENES :
Approche expérimentale. Loi de Mendel. Origine chromosomique et développement post-Mendélien.
Thème 5 : LIAISON et CARTOGRAPHIE
est consacré à la cartographie des génomes basée sur la recombinaison. Approche expérimentale. Diagnostic de la liaison génétique. Comparaison des cartes génétiques et physiques est proposée.
Thème 6 : GENETIQUE EVOLUTIVE (PHYLOGENIE)
Utilisation de l’information de séquences d’ADN pour identifier la diversité génétique et la divergence moléculaire à l’intérieur et entre les espèces. Notions de DNA-barcoding et de diversité cryptique.
Applications (TD-TP)
Chaque Thème de CM est adossé à un TD (6x2h), organisé sous forme de séances d’exercices. C’est l’occasion de consolider et approfondir les notions abordées en CM, mais aussi de savoir les mobiliser dans le cadre de situations concrètes.
TP1 (2h) : Dénombrement de population F2 issues de croisement de drosophiles. Illustration de l’hérédité liée au sexe (mutant white de Drosophila melanogaster).
TP2 (2h) : Identification de la diversité cryptique chez les éléphants et assignement par DNA-barcoding d’une corne saisie en douane à son espèce source (informatique). Exploitation de bases de données (Genbank) et de logiciel d’analyse (MEGA).
Modules OBLIGATOIRES
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S4-anglais 4 (ANG-204)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
2 crédits
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
G (Géosciences)
E (Environnement)
PCB (Préparation au concours B)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Programme :
Travaux dirigés (12h)
Entraînement à la compréhension et restitution de documents audios qui traitent d'un sujet en rapport avec les Sciences de la Vie et de la Terre. Poursuite de l'acquisition de vocabulaire par blocs notionnels-fonctionnels : (16) V-ed / V-ing , (17) Liens et rapports, (18) Mesures, statistiques et pourcentages, (19) Pronoms relatifs, (20) Expression de la quantité. Entraînements réguliers via des exercices écrits et oraux. Révision du vocabulaire des semestres 1 à 3.
S4 Réussite étudiante 4 (RE-204)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
1 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Les modules Réussite Etudiante (un par semestre) visent à accompagner l’étudiant.e dans ses choix d’enseignements en lien avec son projet universitaire et/ou professionnel. Ces modules fournissent également des outils pour améliorer la réussite des étudiant.e.s et leur insertion professionnelle.
LISTE DES MODULES à choix : 9 à choisir parmi les modules (facultatif)
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
FAITES VOTRE CHOIX :
9 modules à choix :
- parmi les modules de la mention Sciences Vie
- Il est possible de choisir également parmi des modules de la mention Sciences Terre
Modules à choix en BIOCHIMIE et BIOLOGIE MOLECULAIRE:
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S4 AEP Approches expérimentales d'analyse des protéines ((BBM-206)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
SVg (Sciences du Végétal)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Programme :
UE approfondit les connaissances de l’UE « Structure et Enzymologie » du S2 et aborde de nouvelles méthodologies. Elle traite de façon détaillée :
En CM les principes et méthodologies de :
- la séparation des protéines par chromatographie (échangeuses d’ions, exclusion, adsorption, d’affinité) et électrophorèses
- la détermination des séquences primaires (méthodes enzymatiques/chimiques, concepts de base en spectrométrie de masse).
En parallèle, le cours abordera les propriétés physico-chimiques des protéines nécessaires à la compréhension des principes de leurs séparations.
En TD des exercices portant sur l’analyse et l‘interprétation de données expérimentales issues d’expérimentations de séparation et d’identification de protéines
En TP la séparation de par chromatographie d’exclusion.
S4 SFAN Structure et fonctionnement des acides nucléiques (BBM-207)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
Le module structure et fonctionnement des acides nucléiques aborde la physicochimie des acides nucléiques ainsi que des connaissances simples sur la structure des gènes procaryotes et eucaryotes. Les mécanismes moléculaires de l’expression des gènes (transcription et traduction) ainsi que la régulation seront abordés strictement chez les Procaryotes. Les travaux pratiques et les travaux dirigés ont pour objet l’application des concepts étudiés en cours.
Programme :
Cours magistraux :
Physicochimie des acides nucléiques (ADN, ARN, structure d’ordre supérieur, hybridation moléculaire, topologie)
Structures des gènes eucaryotes et procaryotes
Mécanismes moléculaires de la transcription et de la traduction procaryote
Régulation de l’expression des gènes chez les Procaryotes
Travaux dirigés
Exercices d’application sur l’analyse de l’expression des gènes chez les Procaryotes
Utilisation d’outils simples et gratuits d’analyse de séquences (correspondance séquence acide nucléique-séquence protéique, localisation des ORF, des introns.
Travaux pratiques (4h)
Evaluation de la qualité d’une préparation d’ADN par spectrophotométrie, électrophorèse sur gel d’agarose, taille de fragments linéaires, topologie des plasmides
S4 TEBIO Techniques d'analyse en biochimie (BBM-208)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Programme :
Notions d’hygiène et sécurité en laboratoire, des phrases de risque et conseils de prudence associés, gestion des déchets dangereux, connaissances des pictogrammes de danger
Notions d’erreurs de mesure et de chiffres significatifs
Calcul théorique d’une masse à peser pour préparer une solution étalon, conversion d’unités
Principe de la mesure potentiométrique du pH et principe de fonctionnement du pHmètre
La Loi de Beer-Lambert et ses limites pour son utilisation en spectrophotométrie
Equilibrage des équations d’oxydo-réduction et acide-base pour calculer les concentrations des espèces chimiques associées
Principe du dosage des sucres par oxydo-réduction par les méthodes d’Hagedorn et Jensen et Bertrand et principes des tests qualitatifs (Benedict, Seliwanoff…)
Principes des dosages de l’indice de saponification pour caractériser des lipides
Principes de l’extraction des caséines du lait par précipitation en abaissant le pH jusqu’au pHi Compétences acquises par les étudiants :
S4 OSEAN Outils d'analyse de séquences nucléiques (BBM-209)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
Programme :
Cours magistraux
Notion de gène au niveau moléculaire : annotation de gène, de la séquence nucléique à la protéine.
Bases de données de séquence et de génomes : état des lieux et exploitations pour les espèces modèles et non modèle (Genbank, BOLD)
Bases théoriques de l’alignement : BLAST, FASTA, CLUSTAL (2h).
Travaux pratiques :
Sexage moléculaire par PCR de flamants roses dans un but de conservation des espèces
Structuration du gène polymorphe utilisé, analyse dans différents génomes d’oiseaux
S4 COB Chimie : Chimie organique pour la biologie (CHM-203)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
L’objectif de cet enseignement est de procurer aux étudiants les bases de la chimie organique, ces bases étant orientées vers la chimie du vivant permettant un dialogue chimie-biochimie-biologie. Pour les étudiants choisissant par la suite la L3 BBM, ce cours prépare aux enseignements SPB « Synthèse et propriétés des biomolécules » (S5) et SAB «Structure et Analyse des Biomolécules» (S6).
Programme :
Cours magistraux (11h)
L’objectif est de présenter les fonctions organiques principales et les mécanismes réactionnels intervenant dans la chimie du vivant pour parvenir aux composés organiques polyfonctionnels tels que les acides aminés, polysaccharides et commencer à aborder la synthèse peptidique.
Travaux dirigés (14h)
Les différentes notions abordées en cours seront illustrées par des exercices en TD.
Modules à choix en BIOLOGIE CELLULAIRE :
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S4 Génie génétique 2 (GEN-202
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
SVg (Sciences du Végétal)
Le génie génétique définit l’ensemble des techniques permettant d’identifier, d’isoler, de modifier et de transférer des gènes d'un organisme à un autre.
Le génie génétique fournit aux biologistes, quel que soit leur domaine de spécialité (biologie humaine, animale, végétale, microbienne) et l’échelle à laquelle ils travaillent (molécule, cellule, organisme, population), des approches expérimentales leur permettant d’élucider les mécanismes du vivant.
Ses champs d'application sont également multiples, les plus importants relevant des domaines de l’environnement, de l’agronomie et de la santé.
Dans cette UE, les étudiant.e.s acquerront les connaissances théoriques et pratiques de base du génie génétique et découvriront comment ses réalisations impactent notre vie en société.
Programme :
Cours magistraux (8h) et Travaux dirigés (8h)
Lors de ces enseignements les étudiant.e.s découvriront comment :
Définir des outils moléculaires appropriés afin de mener une expérimentation sur l’ADN (enzymes de restriction, modification, ligase, vecteurs plasmidiques, phagiques, navette, chromosomes artificiels)
Préparer de l’ADN (extraction, purification, amplification de l’ADN, électrophorèses analytiques et préparatives)
Introduire de l’ADN dans des cellules (transformation de bactérie et de cellules végétales, transfection de cellules animales)
Détecter un segment d’ADN spécifique dans un mélange complexe (notion de sonde, techniques de marquage, transfert sur membrane, hybridation)
Constituer et cribler des banques d'ADN (banques génomique, d'ADNc, d’expression)
Caractériser le polymorphisme de l’ADN (analyse de restriction, Southern, PCR, séquençage)
Conduire des expériences de transgénèses animale et végétale.
Travaux pratiques (9h)
Les étudiant.e.s réaliseront un clonage moléculaire allant de la préparation de l’ADN à cloner jusqu’à l’identification du clone recherché.
Techniques mises en œuvre :
- Amplification par PCR
- Transformation bactérienne
- Sélection et criblage de clones recombinants
- Analyse de restriction
S4 Biologie du développement 2 : Organogenèse (DEV-202)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
Ce module a pour but de permettre aux participants de découvrir les notions fondamentales de la biologie du développement animal et végétal : morphogenèse, spécification et différenciation cellulaires, migration et/ou communication cellulaires, formation des tissus et des organes.
Le module présentera les organismes modèles et les diverses techniques (dont l’imagerie, la génétique et la biologie moléculaire) qui permettent de trouver des réponses sous forme d’une synthèse des connaissances actuelles.
Programme :
Cours magistraux (10h)
Principe et concepts en Biologie du développement d’organismes modèles :
Drosophile: embryogenèse (Détermination des polarités, territoires présomptifs, gastrulation, neurogenèse et métamérie) et développement post-embryonnaire (organogenèse et métamorphose), Grillon (embryogenèse), Nématode (Caenorhabditis elegans) (reproduction et embryogenèse) (8h).
Biologie du développement d’organismes modèles végétaux : fonctionnement des méristèmes et croissance continue, description des mécanismes fins de la régulation des activités d’histogenèse et d’organogénèse dans l’espace et dans le temps (2h).
Travaux dirigés (6h)
Les TD seront consacrés à l'étude des approches expérimentales de la biologie développementale et l'utilisation des techniques de génétique, de biologie moléculaire et cellulaire sur différents modèles animaux (4h) et végétaux (2h).
Travaux pratiques (9h)
Etude de l’organogenèse chez les animaux (4h)
Etudes histologiques de tissus en organogenèse végétale (5h)
S4 Immunité et Infection (IMM-202)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
Programme :
Cours magistraux :
Les différentes maladies infectieuses : diversité des agents infectieux, relations hôtes-pathogènes, mécanismes de pathogénèse
La réponse immunitaire aux infections bactériennes
La réponse immunitaire aux infections virales
La réponse immunitaire aux infections parasitaires et fongiques
Vaccination et sérothérapie
Exemples de quelques défis actuels en médecine humaine et vétérinaire
TD : Préparation d’exposés sur des exemples de pathologies infectieuses et d’approches d’immunothérapies
S4 Biologie Cellulaire 4 : Cellules dans leur contexte social (BC-204)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
Programme :
Cours magistraux :
Communication intra et extracellulaire (signalisation)
Jonctions cellulaires, adhésion et migration
Introduction des interactions cellules humaines/animales et micro-organismes
Les niches cellulaires
Approfondissement des techniques de microscopie et de biologie cellulaire
Tissus et interaction cellulaire pathologique
Travaux dirigés
La signalisation cellulaire
La migration cellulaire
Travaux pratiques
- interactions cellules humaines/animales et micro-organismes
- Adhérence des cellules normales versus cellules tumorales
S4 Microbiologie et biotechnologie (MIC-202)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
SVg (Sciences du Végétal)
PCB (Préparation au concours B)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Programme :
Cours magistraux :
Généralités et rappel sur la diversité du monde microbien.
Sélection de souches d’intérêt.
Modifications génétiques des microorganismes.
Applications biotechnologiques des microorganismes (bactéries, archébactéries, champignons, eucaryotes unicellulaires et virus).
TD : Techniques de bases pour l’analyse en microbiologie / Manipulation de bactéries à des fins de recherche fondamentale et de biotechnologie.
TP : Observations de microorganismes.
Modules à choix en BIODIVERSITE ECOLOGIE EVOLUTION
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S4 Evolution 2 (BEE-209)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
La compréhension des processus évolutifs impliqués dans la formation de la diversité des espèces à différentes échelles spatio-temporelles est crucial afin d’identifier le rôle de la sélection, de l’adaptation et des traits d’histoire de vie dans la promotion de la diversification. En utilisant des approches phylogénétiques, les objectifs de cet UE sont de (i) connaitre les différents modes de spéciation et s’initier à l’identification des facteurs promoteurs de la diversité, (ii) comprendre l’importance des interactions des traits biotiques et abiotiques au cours de l’histoire évolutive des espèces et (iii) s’initier aux approches phylogénétiques et phylogéographiques pour l’étude des dynamiques évolutives et de la spéciation.
Programme :
Cours magistraux (11h)
Notions d’espèces, modes de spéciation (parapatry, sympatry, allopatry...etc)
Phylogéographie: définition, patterns, introductions aux modèles de coalescence
Phylogénie moléculaire : principes, concepts et applications en systématique
Modèles de radiations: conservatisme de niche
Interactions traits biotiques et abiotique
Introduction à la génomique évolutive (évolution des génomes, éléments transposables, polyploïdie, théorie endosymbiotique…)
Travaux dirigés (6h)
TD forces évolutives inter-échelles (analyse d’un article interactions structure populations-taux de speciation) TD spéciation: continuum biologique, évolution en action, nécessité de déterminer des catégories (sous-espèces, variétés...etc), introduction à la nomenclature
Travaux pratiques (8h)
TP Introduction à la phylogénétique à l’aide d’outils bioinformatiques (modèles d’inférences phylogénétiques, manipuler/éditer arbres phylogénétiques, mapper habitats et traits fonctionnels)
S4 Ecologie comportementale 1 (BEE-207)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
PCB (Préparation au concours B)
Cette UE vise à aborder le comportement comme élément moteur de l’évolution au travers de grandes thématiques de l’écologie comportementale : les comportements d’exploitation de l’environnement (habitat, ressources alimentaire), les comportements sociaux, les comportements sexuels et la communication. La variation du comportement sera étudiée des échelles individuelles à spécifique et illustrée au travers les grands enjeux liés aux changements anthropiques. Des méthodes et outils d’analyses spécifiques du comportement seront décrits dans les TD et utilisés lors des mises en situations TP sur le terrain.
Programme :
Cours magistraux (12h)
Comportements d’exploitation de l’environnement : optimal foraging, utilisation de l’espace et défense des ressources
Comportements sexuels : sélection sexuelle, sexe ratio, régime d’appariement et soin parentaux
Comportements sociaux : les degrés de socialité, fitness inclusive, coopération et altruisme
Communication : nature et valeur du signal, théorie de l’information, honnêteté du signal
Travaux dirigés (4h)
Analyses et synthèses à partir d’étude de cas.
Travaux pratiques (9h)
Comportements territoriaux (bioacoustique in natura)
Choix du partenaire sexuel (en laboratoire)
Comportements alimentaires et vie en groupe in natura
S4 ECO1 Ecologie générale (BEE-208)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
PCB (Préparation au concours B)
E (Environnement)
SVT ME (Métiers de l'enseignement)
Les interactions entre les organismes et leur environnement est le déterminant principal de la structuration et de l’évolution de la biodiversité. Un environnement peut être caractérisé par une diversité de facteurs écologiques qui peuvent impacter tous les niveaux écologiques, des individus aux communautés. Cans cette UE, nous identifierons les caractéristiques générales de ces facteurs écologiques, qu’ils soient d’origines abiotiques ou biotiques, au travers de différentes échelles spatiales et temporelles. Nous verrons également comment ces facteurs peuvent agir sur les organismes et les populations, afin d’identifier certaines lois majeures de structuration de la biodiversité. Cet enseignement sera abordé au travers de concepts généraux illustrés par des observations et des expériences au laboratoire et sur le terrain.
Les facteurs écologiques et leurs niveaux d’action
L’écologie factorielle (contraintes, ressources, performance individuelle)
La diversité des facteurs écologiques (provenance, périodicité, compartiment écologique, consommation, dépendant de la densité)
Facteurs limitants et lois associées (loi du minimum, rendement décroissant, loi de l’optimum, loi de tolérance, valence)
Lien entre performance individuelle et population (traits d’histoire de vie, allocation de ressource et compromis)
Caractérisation spatio-temporelle d’une population (structure spatiale, structure en âge/stade/taille, sex-ratio, démographie)
Les facteurs abiotiques et leurs modes d’actions
Les échelles de perception des facteurs (climat et météo, du microclimat aux zones climatiques)
Réponses individuelles aux facteurs abiotiques (température : réponses globales à la température et terminologie, courbe de performance thermique, humidité, luminosité, vent, neige, facteurs stationnaires)
Les modes d’action des facteurs abiotiques (moyennes, fluctuation, valeurs extrêmes, variations globales)
Les conséquences Les lois écologiques (vision de Gleason) et convergence éco-morphologique (Allen, Bergmann, Gloger)
Les facteurs biotiques et la régulation des populationnels
Dynamique d’une population (croissance exponentielle et logistique, capacité de charge, inertie populationnelle, formalisation mathématique de base)
Les facteurs de régulation dépendant de la densité (compétition intra-populationnelle et interactions interspécifiques, effet Allee)
Les stratégies biodémographiques (stratégies r/k et CSR)
Effet des organismes et des populations sur le milieu
Effet physique (ombre, création d’habitat...)
Effet chimiques (acidification)
Effet biochimiques (secrétions, rhizodéposition, mucilage, MO)
TP/TD :
Thème 1 : Sortie terrain et mesure de traits sur la végétation, sol, eau, air (adret vs ubac, analyse de diversité alpha)
Thème 2 : Caractérisation de traits d’histoire de vie, fécondité, couts de la reproduction et démographie chez la bruche/ténébrion, effet Allee
Thème 3 : Suivi temporel de la dynamique d’une population (levures/algues)
Colonisation des surfaces par les bryophytes et les lichens en lien avec l’exposition et les changements de facteurs abiotiques
TP escargots et caractéristiques abiotiques des habitats
S4 Biostatistiques 3 (STAT-203)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVg (Sciences du Végétal)
La biostatistique consiste à collecter, analyser et interpréter des données dans le cadre d’une démarche scientifique, qu'il s'agisse du domaine de la biologie ou plus largement des sciences de la nature et de la vie (santé, environnement…). Elle est au cœur de toutes les sciences, car la science a besoin de rassembler des preuves et de les évaluer pour porter un jugement objectif.
Cette UE est essentiellement focalisée sur l'application d'une assez large diversité de tests statistiques fondamentaux (paramétriques et non paramétriques), sur table (pour bien en comprendre la logique) et avec le logiciel R. Cette diversité de tests permettra d'appréhender la difficulté du choix du test en fonction de l'objectif et du contexte (nature et stratégie d'acquisition des données).
Programme :
Rappels sur la démarche méthodologique, la biostatistique
Rappels du principe d'un test d'hypothèses et de la relation entre la collecte des données et leur analyse
Applications de tests d'hypothèses paramétriques et non paramétriques (tests vus dans l'UE STAT2, test de Kolmogorov-Smirnov, test de Shapiro, test de Bartlett, test de Fisher, test de Wilcoxon, test de corrélation de Spearman
Problème de choix du test
Travaux dirigés et travaux pratiques
TD : exercices d'application de tests (sur table), exercices de choix du test en fonction de l'objectif et de la stratégie de collecte des données
TP : Prise en main du logiciel R avec l'environnement Rstudio, application de plusieurs tests d'hypothèses
Modules à choix en PHYSIOLOGIE
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S4 Physiologie rénale et équilibre hydrique (PA-206)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
PCB (Préparation au concours B)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Ce module vise à présenter l’homéostasie de l’équilibre hydrique, électrolytique et acidobasique de l'organisme. Cet équilibre est maintenu par les apports et les pertes en eau et en électrolytes et par leur répartition dans l'organisme. Ils sont régulés par le système rénal, hormonal, nerveux et le pulmonaire. Les déséquilibres hydrique, électrolytique et acidobasique altèrent le fonctionnement de plusieurs fonctions de l’organisme notamment la respiration, le métabolisme et la fonction cardiovasculaire, la fonction rénale et la fonction du système nerveux central.
Programme :
Cours magistraux : Physiologie rénale, Equilibre hydrique, électrolytique et acido-basique
L’eau dans l’organisme : Poids hydrique de l'organisme, Compartiments hydriques de l’organisme, Volume sanguin, Mesure des volumes liquidiens de l'organisme, Composition des liquides organique, Principe de base de l ’osmose, pression osmotique, Echanges entre les différents compartiments
Equilibre hydrique : Apports et déperditions hydriques ; Régulation du VOLUME SANGUIN - Déshydratation - Hyperhydratation - Oedème 3 )
Equilibre electrolytiques : Rôle des ions Na + dans l'équilibre hydro- electrolytique ;Régulation de l'équilibre des ions K+ 3 - 3 Equilibre des ions calcium ; Equilibre des ions Magnésium; Régulation des anions
Equilibre acide-basique : les systèmes tampons chimiques ; Régulation respiratoire de la concentration des ions hydrogène ;Mécanismes rénaux de l'équilibre acido-basique ; Déséquilibres acido basique; Maintien de l'equilibre acido-basique
Anatomie, fonctions et régulations rénales : Anatomie rénale ;Les grandes fonctions rénales; Régulations nerveuses de l’activité rénale ; Régulations hormonales de l’activité rénal; Système intégratif : le système rénal dans la régulation du volume d’eau corporelle totale
S4 Physiologie CArdiovasculaire et Respiratoire 2 (PA-207)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
Cette UE est focalisée sur la physiologie de la respiration et les relations existant avec le système cardiovasculaire. Elle aborde les mécanismes qui permettent de transporter l’oxygène de l’air jusqu'aux cellules et de rejeter le dioxyde de carbone issu du métabolisme. Ainsi les différentes étapes fondamentales sont étudiées : 1) la ventilation pulmonaire qui assure les échanges gazeux entre les poumons et l’air ambiant 2) la diffusion alvéolo-capillaire permettant les échanges gazeux entre les poumons et le sang 3) le transport des gaz des poumons jusqu’aux tissus et inversement et 4) la respiration interne. Les facteurs influençant l’efficacité des échanges et les mécanismes nerveux régulant le rythme respiratoire sont expliqués. Cette UE est particulièrement appropriée pour les étudiant.e.s souhaitant une formation orientée vers la santé (métabolisme et pathologies associées notamment), la recherche ou vers les métiers de l’enseignement
Programme :
Cours magistraux :
I. Le sang : Composition et fonctions du sang - Principales fonctions du sang - Rappels de la notion de milieu intérieur - Composants du sang Le plasma Les éléments figurés Les érythrocytes : Propriétés, érythropoïèse Transport des gaz Transport de l’O2 dans le sang Transport du CO2 dans le sang Facteurs influant sur l’affinité de l’Hb pour l’O2
II. Le système respiratoire : Anatomie fonctionnelle : Trachée, bronches, poumons et alvéoles La ventilation pulmonaire : Les muscles respiratoires / Mécanique respiratoire / Variations de pression au cours de la respiration / Volumes et capacités respiratoires / espace mort Echanges respiratoires : Propriétés des gaz / Composition des gaz de la respiration et du sang / Diffusion pulmonaire / Anomalies de perfusion / Respiration en altitude. Régulation de la respiration : Les centres respiratoires / Respiration normale / Respiration forcée /Influences corticales / Influences périphériques (rôle du nerf X) / Régulation chimique. Exemples de pathologies pulmonaires
Travaux dirigés :
TD1 : Biochimie sanguine et pathologies
TD2 : Le système respiratoire : Illustration du cours à travers des exemples tels que : La respiration en altitude / La plongée en apnée / La plongée en bouteille / l’adaptation à l’effort.
TD3 : Analyse des résultats obtenus en TP.
TP1 : Les éléments figurés du sang
TP2 : Spirométrie
TP3 : Etude de la régulation de la respiration chez le rat
S4 Physiologie sensorielle (PA-208)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
Cette UE permet aux étudiants d’acquérir les bases du fonctionnement des systèmes sensoriels périphériques. En interaction permanente avec son environnement, chaque individu réagit vis à vis des stimulations sensorielles du monde extérieur mais aussi de son propre monde intérieur. Cela permet le maintien des constantes vitales et donc de l’homéostasie, comme dans le cas de l’alimentation l’ensemble des organes sensoriels (la vision, l’audition, l’odorat, la gustation et la somesthésie) sont sollicités dans le comportement alimentaire et outre ses propriétés nutritionnelles, chaque aliment se définit par ses propriétés organoleptiques ( « couleur, odeur, saveur, croustillance, texture ..etc) . Cette UE s’adresse aux étudiants se destinant à des formations en physiologie du comportement alimentaire et/ou l’analyse sensorielle.
Programme :
Cours magistraux :
Présentation des sens et des organes des sens
Anatomie fonctionnelle
Présentation générale des sens
Les organes des sens
- Vision
- Somesthésie (tactile (texture) ; kinesthésique, thermique, sensation trigéminale
- Audition
- Olfaction
- Gustation.
Présentation générale des récepteurs sensoriels
*sensibilité extéroceptive et sensibilité proprioceptive
*sensibilité intéroceptive ou sensibilité viscérale
* sensibilité chémoceptrice (Le goût, l'odorat)
*La conversion du stimulus en activité neuronale : la transduction (le potentiel de récepteur et la genèse de potentiels d’action)
*La représentation des paramètres de la stimulation sensorielle : le codage
*Les récepteurs sensoriels sont capables de coder les variations des paramètres physico-chimiques de l'environnement et de son propre milieu intérieur.
*le codage de l’intensité du stimulus ; durée du stimulus et phénomène d’adaptation
Travaux dirigés :
TD1 : Une fonction aux portes de la neurosensorilaité : l’équilibration
TD2 : le sommeil.
TD3 : Analyse des résultats obtenus en TP.
Transposition au mammifère et applications en recherche clinique et fondamentale.
Travaux pratiques :
TP1 : -perception gustative specifiques (vidéo, CD gout)
TP2 : enregistrement de l’électro-olfactogramme
TP3 : Sens chimiques (observations de lames bourgeons du gout, muqueuse olfactive )
S4 Physiologie musculaire et motricité (PA-205)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
Le muscle strié squelettique est l'organe effecteur de la motricité somatique qui permet à l’organisme de se déplacer dans son environnement, de réagir face à un danger ou de maintenir la posture. Il est exclusivement commandé par le système nerveux central par l’intermédiaire de son innervation motrice et sensitive. Ce cours présente la structure des muscles squelettiques et les mécanismes cellulaires et moléculaires de la contraction. Il traite également du métabolisme énergétique lié à l’activité musculaire. Une seconde partie présente les bases de l’anatomie musculaire et explique comment les muscles sont impliqués dans la motricité à travers des actes volontaires et réflexes.
Cours magistraux :
I. La contraction musculaire
A. Introduction Rappels sur la commande nerveuse (volontaire / réflexe)
B. Structure et organisation du muscle squelettique Anatomie macroscopique et microscopique
C. Mécanismes cellulaires de la contraction musculaire squelettique Jonction neuro-musculaire et unités motrices Couplage excitation-contraction Comparaison avec le muscle lisse
D. Réponses mécaniques des muscles aux stimulus Effets de la fréquence et de l’intensité de stimulation Sommation temporelle / relation force-longueur / sommation spatiale Force et fatigabilité des différents types de fibres musculaires
E. Métabolisme énergétique musculaire Différentes sources de production d’ATP Régénération de l’ATP au cours de l’activité physique Métabolisme des différents types de fibres musculaires
II. Motricité
A. Bases d’anatomie musculaire
B. Contrôle de la motricité *Les réflexes spinaux somatiques Récepteurs proprioceptifs Réflexe myotatique d’étirement Réflexe ipsilatéral de flexion Réflexe de flexion-extension croisée Tonus musculaire *Activités automatiques ou semi-volontaires *Motricité volontaire Aires motrices / voies descendantes Structures de contrôles et de coordination Travaux dirigés : TD1 : Introduction à l’électromyographie, applications en recherche clinique et fondamentale TD2 : Contraction musculaire et activité physique Une évaluation courte sera programmée en fin de séance pour juger de la compréhension du TD.
Travaux dirigés :
TD1 : Introduction à l’électromyographie, applications en recherche clinique et fondamentale
TD2 : Contraction musculaire et activité physique Une évaluation courte sera programmée en fin de séance pour juger de la compréhension du TD
Travaux pratiques :
TP1 : Réflexe myotatique et EMG chez l'Homme
TP2 : Etude de la jonction neuromusculaire (LabStation)
S4 Stratégie d’adaptations des plantes aux stress (BPV-204)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
Les plantes faisant face à de nombreux stress, elles sont obligées de s’acclimater, de s’accommoder et de s’adapter pour survivre. Au cours de ce module, nous étudierons ces mécanismes à différentes échelles de l’organisme (de la cellule à l’organe) et différente échelle temporelle (de quelques semaines à plusieurs générations).
Programme :
Cours magistraux : Les concepts d’acclimatation, d’accommodation et d’adaptation des plantes à leur environnement seront étudiés.
Travaux dirigés :Les séances de TD s’appuient sur l’analyse de résultats scientifique et l’étude de la collection de plantes des serres de l’uB.
Travaux pratiques ; L’acclimatation, l’adaptation et la spécialisation des plantes seront étudiées à différente échelle (de la cellule à organe).
Modules à choix en PHYSIQUE CHIMIE :
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S4 Biophysique : Mesures Physiques et Capteurs (MPC-201)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module est également suivi par les étudiant de CYPI
Programme :
Cours magistraux : 3 cours de 2h
Rappels : Système SI, analyse dimensionnelle, écriture d’un résultat.
Incertitude et composition des incertitudes : notion d’incertitude, incertitude type, incertitude composée, différents types d’incertitude, écart relatif.
Ajustement Régression linéaire, loi exponentielle, loi de puissance. Coefficient de régression. Covariance. Ajustement polynomial.
Capteurs et chaine de mesure : étalonnage d’un capteur, réponse d’un capteur, biais, multiples critères pour choisir un capteur. Conversion électronique, amplification, conversion analogique/digitale. Exemples de deux types de capteurs : capteur de température et capteur vidéo.
Filtrage fréquentiel linéaire. Analyse de Fourier, Bruit, filtres passe-haut, passe-bas, passe-bande.
Travaux dirigés : 4 séances de 2h
Chacune des 4 séances reprendra sur des exemples concrets les notions vues en cours. Les étudiants auront l’occasion d’utiliser leur calculatrice (ou ordinateur portable).
Travaux pratiques :3 séances de 3h 45
Mesures et composition des incertitudes de mesures : Réflexion sur deux cas simples des erreurs expérimentales qui peuvent impacter la confiance en un résultat.
Capteurs : Comparaison de trois capteurs de température différents. Sensibilité des capteurs, étalonnage de leur réponse. Ajustement par des différents types de lois (linéaires, puissance ou exponentielle). Capteur d’éclairement, loi de Bouger.
Analyse spectrale et smartphonique : Utilisation de capteurs intégrés dans un smartphone ; analyse fréquentielle d’un signal acoustique ; filtrage d’un signal bruité, synthèse fréquentielle d’une forme d’onde, au choix de l’étudiant : analyse d’un signal cardiaque ou analyse des relevés de température sur plusieurs années à Dijon.
S4 Biophysique : Mesures physiques et Biomécanique (MPB-201)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
PCB (Préparation au concours B)
Exploration des lois de biophysiques dans le monde du vivant : de la lumière, du mouvement, de la chaleur
Programme :
Cours magistraux : 3 cours de 2h
Rappels : Système SI, analyse dimensionnelle, écriture d’un résultat.
Incertitude et composition des incertitudes : notion d’incertitude, incertitude type, incertitude composée, différents types d’incertitude, écart relatif.
Ajustement Régression linéaire, loi exponentielle, loi de puissance. Coefficient de régression. Covariance. Ajustement polynomial.
Capteurs et chaine de mesure : étalonnage d’un capteur, réponse d’un capteur, biais, multiples critères pour choisir un capteur. Conversion électronique, amplification, conversion analogique/digitale. Exemples de deux types de capteurs : capteur de température et capteur vidéo.
Filtrage fréquentiel linéaire. Analyse de Fourier, Bruit, filtres passe-haut, passe-bas, passe-bande.
Travaux dirigés : 4 séances de 2h
Chacune des 4 séances reprendra sur des exemples concrets les notions vues en cours. Les étudiants auront l’occasion d’utiliser leur calculatrice (ou ordinateur portable)
Travaux pratiques :3 séances de 3h 45
Mesures et composition des incertitudes de mesures : Réflexion sur deux cas simples des erreurs expérimentales qui peuvent impacter la confiance en un résultat.
Cours magistraux : 3 cours de 2h COMMUM AVEC Capteurs
Rappels : Système SI, analyse dimensionnelle, écriture d’un résultat. Incertitude et composition des incertitudes ; Ajustement Régression linéaire, loi exponentielle, loi de puissance. Coefficient de régression. Covariance. Ajustement polynomial. ; Capteurs et chaine de mesure ; Filtrage fréquentiel linéaire. Analyse de Fourier, Bruit, filtres passe-haut, passe-bas, passe-bande.
Cours intégrés : 19h (9 x2h + 1h)
2h Optique géométrique (lentilles minces, foyers, distance focale, formules de conjugaison) ; visualisation et caractéristiques d’une image…)
6h Mécanique : Cinématique (Mouvement rectiligne et circulaire, Vitesse et accélération ; Dynamique (Force et lois de Newton, Mouvement avec frottement) Énergie, Travail et énergie cinétique, Énergie potentielle et forces conservatives (vol des oiseaux) ; Conditions d'équilibre d'un solide, Centre de gravité et moments, Moment d'inertie
4h Signal et rayonnement : Oscillateurs libres et amortis, Mouvement harmonique simple, Amortissement et résonance Oscillations biologiques ; Régime sinusoïdal forcé, Réponse d'un système à une force externe périodique, Phase, amplitude et fréquence)
4h Phénomène de transport : Loi de Fournier, advection, adsorption…
3h Thermodynamique : Lois de la thermodynamique, systèmes fermés ..
Exercices pratiques et exemples en biologie
Imagerie médicale, Microscopie électronique ; le mouvement, trajectoire des organismes, des cellules, tissus et organes) ; vol des oiseaux, pressions dans les fluides corporels ; rotation d’une cellule lors de la mitose ; rythmes circadiens, application en neurosciences sur les mécanismes de cognition, la mémoire et des troubles neurologiques, (régulation de la température, circulation du sang, de l’eau dans les plantes, de l’air dans les poumons interaction protéine cellule, respiration cellulaire d’une mitochondrie, Homéostasie
S4 Chimie : Chimie des solutions (CHS-101)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Ce module a pour objectif de mettre en pratique les notions essentielles de la chimie des solutions, après un bref rappel des concepts théoriques sous forme de cours intégré.
Programme :
Cours intégré (10h) 5 x2h
Réactions acido-basiques
Réactions d’oxydo-réduction
Réactions de précipitation
Réactions de complexation
Cinétique chimique
Travaux pratiques (15h) 5 x3h
Préparation de solutions et vérification de leur titre par pH-métrie
Equilibres de précipitation-solubilité dépendant du pH
Equilibres d’oxydo-réduction
Détermination d’une loi cinétique par étude pH-métrique de la saponification de CH3CO2C2H5
Dosage du lait : acidité, teneurs en chlorure et en calcium
S4 Chimie : Atomistique (ATO-201)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce cours est suivi également par les étudiants de CYPI
Fournir les bases de l’Atomistique au travers de la classification périodique. Maitriser le modèle de Bohr et prévoir intégralement les spectres d’émission et d’absorption de l’hydrogène et des hydrogénoïdes. Initiation à la mécanique quantique et connaissance des modes de représentation des orbitales atomiques. Analyse des différents processus à l’origine de la couleur des objets, spécifiquement en biologie. Découvert de la luminescence dans le monde animal et végétal. Analyse de la classification périodique et illustration de la réactivité par des vidéos caractéristiques. Programme :
Cours (19h) 9 x 2h +1h
Chapitre 1 : L’atome de Bohr à la lumière des réverbères
Chapitre 2 : Le monde de Psi
Chapitre 3 : La Classification périodique
Travaux dirigés (6h) 3 x2h
Illustration et application au travers d’exercice des concepts
S4 Chimie : Liaisions chimiques (LIC-201)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en PCB (Préparation au concours B)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Objectif de cet enseignement est d’aborder la notion d’orbitale moléculaire et faire la liaison avec la géométrie moléculaire et la réactivité chimique. Maitriser la construction des diagrammes de corrélation entre orbitales atomiques et moléculaires pour AH, A2 et AB avec A et B des éléments appartenant au bloc p. Maitriser la construction rationnelle des schémas de Lewis et retrouver la géométrie des molécules simples. Introduction aux liaisons ioniques, métalliques, hydrogènes et Van der Waals. Ouvertures sur les Interactions intermoléculaires en biologie : micelles, membranes, vésicules et liaisons hydrogènes
Programme :
Cours (15h) 7 x 2h +1h
Chapitre 1 : Orbitales moléculaires et Diagrammes de corrélation
Chapitre 2 : Les Schémas de Lewis
Chapitre 3 : Les autres liaisons
Travaux dirigés (10h) 5 x2h
S4 Physique : Thermodynamique (THD-201)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Programme :
Cours magistraux : 5 cours de 2h
Généralités : Système, états d’un système, équation d’état, variables thermodynamiques. Travail et chaleur échangés au cours d’une transformation. Relation de la statique des fluides, capacité thermique, modes de transfert de la chaleur, thermostat, thermomètres.
Gaz parfait : Aspect macroscopique, coefficients thermoélastiques. Energie interne, Capacité thermique du gaz parfait. Première loi de Joule. Du gaz parfait au gaz réel.
Premier principe de la thermodynamique. Cas des systèmes fermés et ouverts. Enthalpie et deuxième loi de Joule. Définition des coefficients calori-métriques. Etude des transformations des gaz parfaits. Relation de Mayer et loi de Laplace.
Second principe de la thermodynamique. Fonction entropie. Identité thermodynamique. Inégalités de Carnot-Clausius. Cycle et théorème de Carnot. Applications aux machines thermiques : moteur, machine frigorifique (réfrigérateur, pompe à chaleur)
Changements de phase des corps purs. Allure du diagramme d’équilibre (P,T). Vapeurs sèche et saturante. Vaporisation en atmosphère gazeuse limitée. Allure du diagramme (P,u). Courbe de saturation. Chaleur latente. Relation de Clapeyron.
Travaux dirigés : 5 séances de 1h45
Chacune des 5 séances reprendra des exemples concrets les notions vues en cours.
Travaux pratiques : 2 séances de 3h 00
Loi de Boyle-Mariotte et gaz parfait : utilisation du tube de Kröncke.
Mesure du coefficient 𝜸 pour l’air : par les méthodes de Clément et Désormes et de résonnance.
Technique du vide : Mesures de pression par différents manomètres et baromètres. Etalonnage d’une jauge de pression par l’utilisation d’un manomètre à capsule. Mesure de vitesse de pompage et détermination du régime d’écoulement par le calcul du nombre de Knudsen.
Module à choix en NEUROSCIENCES :
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S4 Neurosciences 2 (NEU-202)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
L’intégration cérébrale des informations sensorielles issues de l’environnement est essentielle à l’élaboration des actions, l’exploration motrice et donc l’adaptation comportementale. Se représenter le monde et y diriger des actions est à la base de la survie. Nous examinerons la vision, un sens relié à la cognition (reconnaissance, lecture …) et à l’opposé, l’olfaction qui est un sens relié aux comportements végétatifs (alimentation…) et aux émotions. Enfin, le système sensori-moteur sera abordé, permettant de souligner que le geste volontaire dépend de régions corticales hiérarchisées mais aussi de régions sous-corticales permettant sa régulation.
Programme :
Cours magistraux (13h)
-Mécanismes cérébraux de la VISION
∞le lobe occipital et l’organisation des aires corticales de la vision
*l’organisation du cortex visuel primaire (V1) :
- les colonnes de dominance oculaire
- les colonnes d’orientation du stimulus visuel
*la spécialisation des aires visuelles secondaires: couleur, mouvement et forme
∞Au-delà du lobe occipital :
*voir et reconnaître : la voie visuelle « temporale»
*voir et localiser : la voie visuelle « pariétale»
-Mécanismes cérébraux de l’OLFACTION
∞l’organisation du cortex olfactif primaire
∞les connexions centrales du cortex olfactif
*hypothalamus et l’intégration neuro-végétative des odeurs
*l’amygdale et le traitement émotionnel
*l’hippocampe et la mémorisation
-Le système SENSORI-MOTEUR
∞Intégration corticale des informations somatosensorielles
∞L’organisation de la commande motrice volontaire
*Régions prémotrices et anticipation de l’action, les neurones miroirs
*Cortex moteur Primaire et voie descendante pyramidale
∞La régulation motrice : ganglions de la base et cervelet
Travaux dirigés (6h)
TD basés sur l’analyse de documents scientifiques et l’élaboration d’exposés sur des thèmes transversaux : ∞relation vision & mouvement de la main
∞Les bases cérébrales de la reconnaissance faciale et les altérations (prosopagnosie)
∞ Les saccades oculaires, la vision et le langage écrit
∞La neuroplasticité dans les systèmes sensoriels (les travaux fondateurs d’Hubel et Wiesel / Plasticité) olfactive/ plasticité sensori-motrice (réorganisation des cartes corticales suite à un changement périphérique comme l’amputation ou la greffe)
Travaux pratiques (6h)
∞observations histologiques
∞ mise en place d’un test comportemental sensoriel
∞documents vidéos et analyse de résultats
Modules à choix BIOLOGIE VEGETALE et ANIMALE
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S4 DRV2 Biologie végétale : Diversité du Règne Végétal 2 (DRV-202)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
Cet enseignement est dispensé sous forme de travaux dirigés et pratiques, avec pour objectif de fournir une connaissance approfondie de la classification phylogénétique actuelle du règne végétal. Les différents clades du règne végétal sont étudiés à la lumière de leurs caractéristiques évolutives majeures. Une attention particulière est portée à l'étude détaillée de la classification phylogénétique des plantes à fleurs (Angiospermes).
À l'issue de cette formation, les étudiants sont en mesure d'analyser et d'identifier les organismes végétaux, de les classer correctement, d'utiliser des clés de détermination et de concevoir des clés de détermination simples. Une séance de travaux pratiques est consacrée à l'initiation à l'analyse cladistique et à la construction d'arbres phylogénétiques et deux séances de botanique sont organisées sur le terrain.
Travaux dirigés (16 h)
3h : Bryophytes ; Ptéridophytes
3h : Coniférophytes
3h : Angiospermes : la classification APG IV ; lignées
basales, Monocotylédones
3h : Angiospermes : Eudicotylédones 1
3h : Angiospermes : Eudicotylédones 2
1h : CC : 15 min associées à 4 séances
Travaux dirigés (16 h)
3h : Bryophytes ; Ptéridophytes
3h : Coniférophytes
3h : Angiospermes : la classification APG IV ; lignées
basales, Monocotylédones
3h : Angiospermes : Eudicotylédones 1
3h : Angiospermes : Eudicotylédones 2
1h : CC : 15 min associées à 4 séances
S4 DRA4 Diversité du règne animal 4 : classification phylogénétique des animaux (DRA-204)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
La classification du vivant permet de répondre à de nombreuses questions méthodologiques : comment se repérer dans la diversité du vivant ou encore quels sont les critères utilisés dans la classification du vivant entre autres.
L’enseignement proposé est une formation sous forme de travaux dirigés dont l’objectif est d’apporter une connaissance de la classification phylogénétique actuelle du règne animal. Les principaux clades du règne animal sont abordés. A l’issu de cet enseignement, les étudiants seront capables de replacer des animaux observés dans la classification en utilisant des clés de détermination ou des critères de classification phylogénétique.
Groupes abordés de manière exhaustive : Mollusques/Annélides, Pancrustacés , Pancrustacés Hexapodes , Vertébrés non amniotes (des Cyclostomes aux Lissamphibiens) , Mammifères / Diapsides : Lépidosauriens Chéloniens, Archosauriens : Oiseaux/Crocodiliens
Travaux dirigés : Cladistique ; Observation de la biodiversité animale au travers de divers clades.
Modules à choix ETHIQUE SOCIETE ENJEUX et SCIENCES
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S4 Sciences et Sociétés 3 (SES-203)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
participe du parcours PCB (Préparation au concours B)
Module à choix STAGE
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S4 stage (STAG-201)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Stage de 1 semaine de découverte d’un milieu professionnel en relation avec le projet professionnel des étudiant.e.s souhaitant suivre cette option
Stage en laboratoires publics ou privés, dans différents secteurs d’activités en lien avec les sciences du vivant, de l’environnement, de la santé, dans des parcs naturels, musées, exploitations viticoles, au CHU, ….
Recherche du stage suite à des démarches personnelles de l’étudiant.e, puis signature d’une convention de stage avant fin novembre, la convention de stage est remplie via l’application Pstage
Déroulement du stage durant la semaine de janvier suivant la semaine d’examens de CT du S3 de L2SV qui a lieu la première semaine de rentrée
Préparation d’une soutenance orale et d’un rapport écrit
Modules OBLIGATOIRES
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S5 Anglais 5 (ANG-105)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
2 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Programme:
Travaux dirigés (18h)
Travail sur des ensembles de documents en rapport avec différents domaines des Sciences de la Vie et de la Terre. Entraînement à la compréhension, la sélection et la synthèse d'informations. Rebrassage et approfondissement de la grammaire et des notions-fonctions, et acquisition de lexique spécifique à différents domaines de SVTE. Entraînements réguliers via des exercices écrits et oraux.
S5 Réussite étudiant 5 (RE-105)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
1 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Les modules Réussite Etudiante (un par semestre) visent à accompagner l’étudiant.e dans ses choix d’enseignements en lien avec son projet universitaire et/ou professionnel. Ces modules fournissent également des outils pour améliorer la réussite des étudiant.e.s et leur insertion professionnelle.
LISTE DES MODULES à choix : 9 à choisir parmi les modules (facultatif)
Niveau d'étude
BAC +3
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
FAITES VOTRE CHOIX :
9 modules à choix :
- parmi les modules de la mention Sciences Vie
- Il est possible de choisir également parmi des modules de la mention Sciences Terre
Modules à choix en BIOLOGIE CELLULAIRE
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S5 Biologie cellulaire : Génomique-initiation (GEN-103E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BCP (Biologie cellulaire et physiologie) et SVg (Sciences du Végétal)
Programme :
Cours magistraux (8h) et Travaux dirigés (8h)
Lors de ces enseignements les étudiant.e.s découvriront comment :
la génomique structurale permet de décrire l’organisation des génomes et de dresser l’inventaire de leurs gènes (cartographies de recombinaison, par déséquilibre de liaison, carte physique, marqueurs moléculaires SNP, RFLP, microsatellites …, séquençages de 1ère, 2ème et 3ème génération, structure répétitive du génome des eucaryotes, éléments transposables)
la génomique fonctionnelle permet de déterminer les fonctions des gènes (analyses transcriptomiques avec puces à ADN et de type RNAseq, inactivation de gènes par interférence à l’ARN, mutagenèse aléatoire et criblage de mutant par TILLING, mutagenèse ciblée via CRISPR-Cas)
la génomique comparative adresse la question de l’évolution des espèces et celle de l’identification d’information cachée dans les génomes (mutations génomiques, paralogie et orthologie, synténie, pangénome, alignement de séquences)
Travaux pratiques (9h)
Les étudiant.e.s caractériseront la nature répétitive de l’ADN génomique d’un organisme eucaryote, Tenebrio molitor.
Ils étudieront également dans une approche bioinformatique un gène à l’origine d’une pathologie chez l’homme (PAH) afin d’identifier orthologues et paralogues, de déterminer les régions les plus conservées, de caractériser son polymorphisme et l’impact de ce dernier sur l’activité de la protéine codée par le gène.
Techniques mises en œuvre :
Extraction d’ADN
Analyse de restriction
Electrophorèse
Consultation des bases de données du NCBI et de l’EBI
Utilisation des explorateurs de génome ENSEMBL et VISTA ainsi que d’outils BLAST et d’alignement.
S5 Biologie cellulaire : Biologie de la Reproduction des Métazoaires-1 : cycles de reproduction, gamétogénèse, axe gonadotrope, fécondation (BRM-101E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
Programme :
Cours magistraux (14h)
-Reproduction des Métazoaires : Les différents modes de reproduction des animaux (asexués, sexués), avantage/ inconvénient (4h)
- Gamétogenèse : spermatogenèse et ovogenèse, formation des spermatozoïdes et des ovocytes/ovotides. Fécondation : modalités de rencontre des gamètes, fusion des gamètes, caryogamie. (6h)
- Axe gonadotrope : axe gonade-complexe hypothalamo-hypophysaire, contrôle hormonal, rétrocontrôle, facteurs environnementaux, cycles. (4h)
Travaux dirigés (3h)
Analyse de documents expérimentaux en relation avec le cours
Travaux pratiques (8h)
Etude de l’appareil uro-génital souris mâle/femelle.
Etudes histologiques de testicules et d’ovaires.
Modules à choix en BIOSTATISTIQUES
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S5 Biologie des populations : biostatistiques 4 (STAT-104E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
La biostatistique consiste à collecter, analyser et interpréter des données dans le cadre d’une démarche scientifique, qu'il s'agisse du domaine de la biologie ou plus largement des sciences de la nature et de la vie (santé, environnement…). Elle est au cœur de toutes les sciences, car la science a besoin de rassembler des preuves et de les évaluer pour porter un jugement objectif.
Cette UE détaille la démarche scientifique dans laquelle s'insère la biostatistique. Elle approfondit le cadre des approches expérimentale et descriptive pour rendre l'étudiant autonome dans la conception et la réalisation d'une expérience ou d'un échantillonnage. Cette UE introduit également deux types d'analyses largement utilisées (analyses de variance et régressions) dans les approches expérimentales et descriptives. Un accent particulier sera mis sur le lien entre méthode de collecte et méthode d'analyse des données.
Programme :
Démarche méthodologique complète et place de la biostatistique
Approche expérimentale et plan d'expérience
Approche descriptive et plan d'échantillonnage
Analyse de variance (ANOVA) à 1 facteur, test de Kruskal-Wallis
Régression linéaire simple
Lien entre méthodes de collecte et d'analyse des données
Travaux dirigés et travaux pratiques
TD : exercices de conception/critique de plan d'expérience ou d'échantillonnage, exercices de choix d'une stratégie d'analyse sur la base d'un plan expérimental ou d'échantillonnage complexe, application sur table d'une ANOVA
TP : application de plusieurs analyses de données avec le logiciel R (Rstudio).
Modules à choix en BIODIVERSITE, ECOLOGIE, EVOLUTION
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S5 Gestion & Conservation de la Biodiversité (bases) (BEE-217E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution), SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
L’érosion de la biodiversité est un fait maintenant avéré puisqu’on évoque la 6ème extinction de masse pour la période actuelle. Face à ce constat, nous devons être capables de développer des actions à même d’enrayer ce phénomène. C’était d’ailleurs l’objectif majeur de l’ONU pour la décennie écoulée. Force est de constaté qu’il n’a pas été atteint. Pourtant il existe des démarches qui permettent de préserver, voire de restaurer la biodiversité. L’objectif de cette UE est d’aborder ces démarches et de les replacer dans un contexte, notamment sociétal.
Dans un premier temps focalisé sur les raisons (analyse des menaces et risques d’extinction, perceptions de la biodiversité) qui expliquent la volonté/nécessité de conserver, et sur les racines historiques de la conservation, le cours envisagera les approches techniques de gestion conservatoire de la biodiversité à différents niveaux d’organisation (populations, écosystèmes). Les principes de base de la restauration seront ensuite traités à travers quelques exemples. Enfin, un éclairage sera porté sur les instruments réglementaires ou non applicables pour préserver la biodiversité, ainsi que sur la séquence opérationnelle qu’il convient en principe de respecter pour intégrer et respecter la biodiversité dans tout projet de développement économique.
Les aspects développés en cours seront illustrés, étendus, complétés par des travaux et discussions sur documents.
Cours
Pourquoi conserver la biodiversité : réalité de l’érosion de la biodiversité menaces sur la biodiversité, risques d’extinction
Bases et ancrage historique de la conservation ; positionnements et ambitions actuelles
Perceptions de la biodiversité ; statut et valeurs de espèces et des écosystèmes ; services écosystémiques
Points de vigilance écologiques/évolutifs de la conservation.
Comment conserver la biodiversité : Conservation des populations (démarche générale, outils de pilotage, contrôle des menaces, interventions sur les populations, conservation ex-situ) ; conservations des écosystèmes (grandes options envisageables, exemples Conservation et agriculture/urbanisation, aires protégées d’hier et d’aujourd’hui, caractéristiques des aires protégées, efficacité des aires protégées
Restauration des écosystèmes : démarche de base et quelques exemples
Modalités et instruments de Conservation
La séquences ERC
Travaux dirigés
Travaux sur documents pour illustrer des thèmes de conservation objets ou concepts-centrés. Ces thèmes peuvent prolonger ou/et compléter des points abordés en CM.
Travaux sur documents et discussions autour des dimensions sociétale, économique, éthique, … de la conservation de manière à élargir son attitude réflexive à l’égard de la conservation de la Biodiversité.
Travaux pratiques
Pas de TP. Ceux-ci trouvent en effet leur place dans l’UE associée "Gestion de la Biodiversité - Applications"
S5 Projet Immersif pour la Biodiversité (Prise en charge des objectifs ( BEE-115E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
CONDUITE DE PROJET
Réponse à une commande concrète –Phase de construction
Réception d’une « commande » en lien avec la biodiversité et répondant à un besoin réel de la part d’une structure publique ou privée
Précision des questionnements et attendus
Elaboration d’un cahier des charges
Elaboration d’un protocole
Pré-tests éventuels et premiers éléments de réalisation opérationnelle
S5 Conception et réalisation d'un projet scientifique sur la Biodiversité (BEE-110E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
Les UE COPRS1 et COPRS2 ont pour objectif d'initier les étudiants à la conception et la réalisation intégrales d'un projet scientifique dans le cadre d'un thème imposé mais renouvelé chaque année (thème généralement lié à l'écologie, l'évolution, l'environnement, mais potentiellement lié à d'autres domaines). Ces UE utilisent une approche pédagogique par projet et par problème, et elles reposent sur un décloisonnement CM/TD/TP qui implique, en plus de quelques séances collectives en présentiel, une part importante de travail en groupes avec un tutorat à distance.
L'UE CORPS 2 est focalisée sur la phase de réalisation intégrale d'un projet scientifique, par groupes (conçus aléatoirement) de 15-20 étudiants (plusieurs projets sont réalisés en parallèle). Il s'agira dans un premier temps de porter un regard critique sur un projet existant afin de l'améliorer. Ensuite, la réalisation des projets par les étudiants impliquera également de gérer les aspects logistiques, règlementaires et budgétaires. Une fois l'ensemble des données collectées pour un même projet, le travail se poursuivra en petits groupes (3-4 étudiants) et il consistera en l'analyse des données et la restitution d'un rapport scientifique.
Cours :
Approche par projet et par problème conduisant à la réalisation d'un projet scientifique, de sa mise en place opérationnelle à l'interprétation et la restitution des résultats
Travaux dirigés et travaux pratiques :
Identification des contours d'une problématique et d'un objectif en justifiant sa pertinence
Analyse critique d'un protocole expérimental et/ou d'échantillonnage et justification des choix d'amélioration
Gestion des aspects logistiques (lieu, matériel techniques, matériel biologique…) et règlementaires (règles d'hygiène et sécurité, autorisations éventuelles), dans le respect d'un budget prédéterminé
Pré-tests éventuels
Collecte et analyses des données
Interprétation des résultats et restitution sous forme d'un rapport scientifique
S5 Description de la Biodiversité (méthodes) (BEE-111E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
E (Environnement)
Que les préoccupations et l’intérêt associés à la Biodiversité soient d’ordre fondamental ou opérationnel, appliquer des méthodes solides pour la décrire est une étape cruciale puisqu’elle conditionne la qualité de l’information obtenue. Par exemple, le nombre d’espèces présentes dans un assemblage d’organisme influence fortement son fonctionnement, mais il est aussi un critère déterminant pour hiérarchiser des priorités en termes de protection des écosystèmes. Il est donc important d’estimer ce nombre de la manière la plus fiable possible.
L’objectif de cette UE est d’aborder les méthodes de description quantitative d’un certain nombre de descripteurs de la Biodiversité : l’abondance d’une espèce présente sur une zone donnée, le nombre d’espèces présentes, et la diversité locale.
Des méthodes très accessibles existent pour cela. Elles seront présentées et les étudiant-e-s seront amenés-e-s à les appliquer.
Les aspects développés en cours seront ensuite appliqués en TD et en TP sur des jeux de données mis à dispositions ou produits par la promotion elle-même dans le cadre de TP sur le terrain.
Cours
Description et mesures de la Biodiversité (Principes et bases techniques) - Méthodes d’estimation des descripteurs de la biodiversité (niveau des populations et des communautés)
Estimation et analyse de l’abondance/densité des espèces (mesures directes de la densité, mesures indirectes (Capture-Marquage-Recapture), mesures indiciaires)
Estimation et analyse du nombre d’espèces (richesse spécifique).
Estimation et analyse de la diversité locale (diversité a et équitabilité)
Travaux dirigés
Application à la main et sur logiciel (R) des techniques d’estimation et d’analyse de l’abondance des espèces, du nombre d’espèces (richesse spécifique), et de la diversité locale à partir de données d'observation déjà disponibles.
Travaux sur documents et discussions autour des dimensions sociétale, économique, éthique, … de la conservation de manière à élargir son attitude réflexive à l’égard de la conservation de la Biodiversité
Travaux pratiques
Application sur des modèles de laboratoire ou/et sur le terrain de méthodes d’estimation de l’abondance, de la richesse spécifique et de la diversité. Définition des choix méthodologiques (stratégie d'échantillonnage notamment) en fonction d’une problématique, acquisition des données sur le terrain ou en laboratoire, analyses des données acquis
Comparaisons méthodologiques (rapport précision/coût)
S5 Ecologie des interactions (BEE-112E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
S5 Evolution 3 (BEE-113E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution), SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
Thèmes :
Génétique des populations : forces évolutives, différenciation
Décrire la structure génotypique et allélique d’une population
Expliquer l’intérêt de l’utilisation du modèle d’H.W
Déduire la structure génotypique d’une pop à partir de sa structure allélique selon le modèle d’H.W
Décrire les différents niveaux hiérarchiques de diversité génétique (individu, intra-pop et inter-pop) et quantifier la diversité génétique à ces différents niveaux (calculs d’indices de diversité génétique : hétérozygotie attendue, richesse allélique standardisée, FST…
Conséquences évolutives des régimes de reproduction non panmictiques (inbreeding, dis/assortative mating,)
Thèmes :
Génétique des populations: forces évolutives, différenciation
Approche quantitative de la variation et de la sélection: héritabilité, réponse à la sélection directionnelle
Réponse à la sélection
Plasticité, stratégies biodémographiques (SBD)
Niveaux de sélection
ACTIVITE: génétique des populations
ACTIVITE jeux « SBD », héritabilité taille humaine, débat “nature versus (via) nurture”… ?
Lien avec d’autres enseignements :
Biostatistiques (visualisation, quantification de la variabilité, “manipulation” de fréquences et probabilités)
Biologie moléculaire, génétique mendélienne
Biologie du développement
Ecologie: biologie des populations, environnement, ecophysiologie
Applications (TD-TP)
ACTIVITE: génétique des populations
ACTIVITE jeux « SBD », héritabilité taille humaine, débat “nature versus (via) nurture”… ?
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
Lien avec d’autres enseignements:
Biostatistiques (visualisation, quantification de la variabilité, “manipulation” de fréquences et probabilités)
Biologie moléculaire, génétique mendélienne
Biologie du développement
Ecologie: biologie des populations, environnement,
S5 Ecologie comportementale 2 (BEE-114E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
Cet enseignement est une introduction à l’étude du comportement animal. L’objectif principal est d’appréhender le comportement comme un objet d’étude scientifique, en tenant compte de ses spécificités par rapport à d’autres traits mesurés. L’étude du comportement sera abordée au travers de la complémentarité des approches possibles : des approches descriptives, mécanistiques (déterminants physiologiques et neuronaux), et intégrative (écologie comportementale). Nous aborderons également la diversité des champs d’applications possibles du comportement (question de recherche fondamentale, bien-être animal, conservation des populations sauvages…). Les méthodes et outils d’analyse de base d’étude du comportement seront également décrits lors des travaux dirigés et mis en œuvre lors des travaux pratiques (laboratoire et terrain).
Cours magistraux
Le comportement comme objet d’étude, les biais d’observation et d’interprétation, l’histoire des disciplines
Les mécanismes à l’origine de l’expression des comportements : détermination neuronale et hormonale du comportement, cognition
Les déterminants écologiques et évolutifs des comportements (influence de l’environnement, adaptation et plasticité comportementale)
Application des concepts liés au comportement animal : conservation et gestion des populations animales, droit et éthique, bien-être animal
Travaux dirigés
Les outils et méthodes d’observation et d’analyse du comportement
Les biais d’interprétation du comportement
Travaux pratiques
TP1 : Caractérisation et comparaison du comportement
TP2 : Manipulation du comportement
TP3 : Étude des comportements in natura
Modules à choix en BIOCHIMIE et BIOLOGIE MOLECULAIRE:
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S5 ADRE ADN recombinant (BBM-110E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
SVg (Sciences du Végétal)
Programme :
Cours magistraux (4h)
Présentation des outils moléculaires disponibles pour l’étude de l’expression des gènes (différents types de vecteurs, utilisation de gènes rapporteurs)
Outils disponibles pour la production de protéines hétérologues
Travaux dirigés (4h)
Identification d’ADN recombinant par cartographie de restriction, séquençage, PCR.
Travaux pratiques (16h)
Construction et identification de clones recombinants dans le but de produire une protéine chez E.Coli
S5 BABIO Bases de la bioinformatique (BBM-111E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
SVg (Sciences du Végétal)
Programme :
Introduction à la bioinformatique
Présentation des principales bases de données biologique
Recherche dans les bases de données biologique (bibliographique, séquences biologiques)
Alignement de séquences par paires (Dotplot, BLAST, FASTA), notion d’algorithme, notion de score d’alignement, matrices de substitution
S5 MELIA Médiateurs LIPIDIQUES Aspects Moléculaires (BBM-112E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
Programme :
Cours magistraux (13,5h)
Dans ce module sont abordés plus précisément :
- Biosynthèses et régulations du cholestérol et ses dérivés stéroïdiens et des triglycérides ainsi que leurs transports dans l’organisme (métabolisme des lipoprotéines)
- Biosynthèse et régulations des médiateurs lipidiques issus du métabolisme éicosanoïdes, (prostaglandines, leucotriènes, thromboxanes, …)
-Les médiateur phospholipidiques lipoxygénés et leurs propriétés biologiques : importance des phospholipases (PLA2), notion de couplage des PLA2 aux récepteurs membranaires, …
- Biosynthèses d’autres lipides membranaires : plasmalogènes, sphingolipides, glycolipides.
-Rôle des lipides et des médiateurs lipidiques dans la communication cellulaire, la réponse inflammatoire et autres dérégulations métaboliques
Travaux dirigés (6h)
Exercices d’approfondissement des CM avec exemples pratiques, concernant notamment l’utilisation de techniques de pointe (CGL) de détection de biomolécules d’origine lipidique issues de de diverses sources (plasma, eau contaminée, …)
Travaux pratiques (4,5h)
Chromatographie liquide à haute performance pour la séparation et l’identification des acides gras
S5 MEMO Mécanismes d'évolution et de conservation des génomes (BBM-113E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BBM (Biochimie et biologie moléculaire ) , SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
Programme :
Cours magistraux (12h)
Mécanisme de réplication de l’ADN (initiation procaryote et eucaryote, cohérence avec le cycle cellulaire, élongation, terminaison)
Mécanismes de réparation de l’ADN procaryotes et eucaryotes
Mécanismes de recombinaison homologue et non homologue
Mécanismes de transposition, mécanismes moléculaires d’évolution des génomes
Initiation à la phylogénie moléculaire
Anomalies de la réparation et de la réplication en pathologie humaine
Travaux dirigés (7h)
Exercices adaptés d’articles scientifiques sur les thèmes traités en cours
Travaux pratiques (6h)
Comparaison de séquences et arbres phylogénétiques
Maladies génétiques et introduction aux notions d’analyse en trio
S5 SFP Structure et Fonction des Protéines (BBM-114E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité, SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
Programme :
Cours magistraux :
- Mésomérie de la liaison peptidique et incidence structurale sur les protéines
- Structures secondaires des protéines (angles diédraux et diagramme de G. Ramachandran, description physique des 8 structures secondaires, coudes/boucles, notion de dichroïsme circulaire)
- Structures tertiaire/quaternaire et incidences structurales d’agents chimiques
- Incidence de la structure sur la fonction (exemple de l’Iron Responsive Protein) - Détermination du profil d’hydrophobicité
- Notion de séquences consensus Travaux pratiques : Analyse de l’incidence d’un agent chaotropique sur la structure 3D d’une protéine ; impact de détergents/chélateurs/agents réducteurs et chaotropiques sur l’activité et le dosage de protéines ; séparation de protéine sériques par électrophorès
S5 CIA Cinétique Enzymatique et Allostérie (BBM-115E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
Programme :
Interaction protéine-ligand : interaction protéine-ligand (équation de Scatchard et mesure de l’affinité de fixation). Un TP de 3h : détermination des paramètres de fixation du TIF sur la BSA par spectrométrie différentielle et de la constante d’association du PSP sur la BSA.
Cinétique enzymatique : rappels sur les cinétiques michaéliennes (modèles cinétiques, équation de Michaelis-Menten, Km, Vm), les inhibitions irréversibles (inhibiteurs suicides) et réversibles (inhibiteurs suicides, inhibitions compétitives, non-compétitive, mixte et incompétitive), réactions enzymatiques à deux substrats (mécanismes Bi-Bi séquentiels aléatoire et ordonné, mécanisme Ping-Pong), inhibitions par substrats et produits de la réaction, les enzymes allostériques. Un TP de 4h portant la purification partielle de la catalase de foie de génisse et calcul d’activité spécifique catalatique.
Allostérie :
Protéines allostériques : exemple myoglobine/hémoglobine, modèles de coopérativité, mécanisme de Perutz, effet Bohr, équation et représentation de Hill, relations structure/fonction).
Enzymes allostériques : classes d’enzymes allostériques de type K (ATCase) et type V (glycogène phosphorylase), relations structure/activité, effets des pseudo-substrats et d’inhibiteurs, modèles allostériques (Monod/Wyman/Changeux et Koshland), effets homotrope et hétérotrope, équation et représentation de Hill.
- Mettre en forme des données expérimentales pour en tirer une interprétation scientifique.
- Savoir travailler dans un environnement aux confluences entre les différentes sciences et domaines (biologique, génomique, informatique, anglais…).
- Traiter des données afin d’en tirer une information fiable et utile.
S5 MEDEE Initiation au monde de l'entreprise (BBM-121)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
SVg (Sciences du Végétal)
Programme :
Cours magistraux (3h)
-Le modèle économique de l’entreprise – sa raison d’être – son positionnement dans le jeu fournisseurs/clients/concurrents.
-Le profil des créateurs d’entreprise
-La démarche – de l’idée à la création d’entreprise.
-Introduction aux différents types d’entreprise existantes en France
-Le fonctionnement de l’entreprise au quotidien
-Présentation de l’écosystème régional de promotion de l’entrepreneuriat et de la création d’entreprise.
- Interventions de professionnels extérieurs (créateurs, salariés), d’étudiants ayant participer aux Entrep’, Hacking’Health.
Cours intégrés (22h)
Pédagogie inversée/projet tuteuré : Travail en groupe des étudiants sur une entreprise en abordant les différents thèmes cités précédemment et en utilisant différentes approches : recherche internet, contacts directs avec des professionnels, etc … L’entreprise serait choisie en fonction des centres d’intérêt des étudiants : bioproduction, biothérapies, végétal, développement durable
S5 COMSCI Communication et Valorisation Scientifique (BBM-116)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
Programme :
Ce module aborde les bases importantes de la Communication et Valorisation Scientifique pour tout étudiant désirant poursuivre son cursus par un Master dans les domaines ayant trait à la santé.
Dans ce module transversal sont abordés des éléments qui se rapportent à la publication scientifique dans le domaine académlque ou privé et les déclinaisons qui s’y rattachent (impact facteur, facteur H, quartile, comité éditorlal,…..)
Cours Magistraux :
Dans ce module seront abordés les différents points suivants :
- Structuration d’un article scientifique original (Abstract, Introduction, Matériels et Méthodes, Résultats, Discussion, Conclusion, Perspectives, Remerciements)
- Distinction entre revue et papier scientifique original,
- DOI, PMID: Qu’est-ce que c’est ?
- Notion et intérêt de l’impact facteur évolutif d’un journal : comment calcule-t-on ce facteur d’impact ?
- Présentation des différents éditeurs académiques (MDPI, Hindawi, Elsevier, Karger,…)
- Coût de revient de la publication scientifique (réactifs, salaires chargés, locaux, équipements,…)
- Open vs Closed Access Journal : de nouvelles une options de publication
- Rôles et engagement moral de l’éditeur académique et des experts (reviewers) sollicités,
- Notion de confidentialité du travail de revue,
- Divulgation (ou non) des noms des reviewers (exemple de « Frontiers »)
- Reconnaissance du travail des reviewers par “Vouchers“ et introduction au service en ligne “Publons“,
- La fraude volontaire dans la publication scientifique (risques encourus)
- Notion et intérêt du facteur H pour un chercheur,
- Citations et auto-citations d’un article scientifique,
- Exemple de bioRxiv, une plateforme de dépôt de travaux scientifiques n’ayant pas encore été évaluée par les pairs (intérêt/inconvénient pour la communauté scientifique,…).
- Utilisation des bases de données scientifiques et bibliographiques (PubMed, HAL INSERM, …).
- Publications vs Brevets
- Présentations des Centres de Recherche Dijonnais
(CSGA, INSERMU1231) et des équipes les constituant.
Travaux Dirigés :
1) Projet tuteuré :
Par groupes d’étudiants.tes, une présentation orale et écrite (support Powerpoint) des axes majeurs (question biologique posée, rationnel de la démarche scientifique pour y répondre, outils utilisés par les auteurs, présentation des résultats phares,..) d’une publication scientifique est attendue.
2) Réalisation d’un Pod Cast par groupes d’étudiants
S5 SAB Structure et analyse des biomolécules (CHM-105E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BBM (Biochimie et biologie moléculaire ), SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
Programme :
Cours magistraux (12h)
Structure, propriétés chiroptiques des molécules (6h)
Modes de représentation des molécules
Structure et analyse conformationnelle : molécules aliphatiques et aromatiques ; étude conformationnelle des cycles à 5 et 6 chaînons, des hétérocycles, des composés polycycliques et des stéroïdes ; effet anomère.
Stéréochimie statique : élément et groupe de symétrie ; éléments de chiralité (centre, axe, plan de chiralité ; hélicité) ; énantiomérie, diastéréoisomérie ; nomenclature relative et absolue des stéréoisomères.
Stéréochimie dynamique : relations stéréochimiques entre des substituants ou des faces d'une fonction chimique plane dans une molécule ; synthèse asymétrique ; énantiosélectivité, diastéréosélectivité.
Méthodes spectroscopiques (6h)
Résonance magnétique nucléaire : description du phénomène et des appareils ; déplacement chimique ; couplage spin-spin ; RMN 1H ; RMN 13C ; RMN 2D.
Spectroscopie d’absorption UV visible : interaction lumière-matière, transitions électroniques, notion de chromophore, loi de Beer-Lambert.
Spectroscopie dans l’infra-rouge : description du phénomène; interprétation des spectres.
Spectrométrie de masse : principe ; appareillage ; modes d'ionisation ; étude de l’ion moléculaire ; principaux modes de fragmentation.
Travaux dirigés (10h)
Les différentes notions abordées en cours seront illustrées par des exercices en TD.
L'objectif est de savoir 1) maîtriser, grâce à des exemples empruntés à la chimie des biomolécules, la stéréochimie et la chiralité 2) interpréter et utiliser les données spectroscopiques d'une biomolécule.
Travaux pratiques (3h)
Etude des propriétés chiroptiques de solutions de polysaccharides
Etudes des spectres RMN, IR et UV/vis de biomolécules
Modules à choix en PRE-PRO, ETHIQUE, SOCIETE, ENJEUX et SCIENCES
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S5 PREPRO MEF2-1 Préprofessionnalisation aux métiers de l'éducation et de la formation (PP2-101E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Le parcours de Préprofessionnalisation aux Métiers de l’Éducation et de la Formation (Prépro MEF) s’adresse aux étudiants de licence qui envisagent une carrière dans l’enseignement, l’éducation ou la formation. Il permet la découverte du monde éducatif.
Formation organisée par l’INSPE.
Travaux dirigés : 18h hors stage
- sensibilisation aux problématique des publics adolescents (filière Professeur de Lycée et Collège) (12hTD) ou
- apprentissage du Français (filière Professeur des Ecoles) (12h TD).
- Ethique et histoire des sciences (13h TD)
S5 Préprofessionnalisation: Prépa concours Métiers de l'Enseignement l'Education et de la Formation (PCE-101E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Module à choix en neurosciences
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S5 neurosciences 3 : Neuroanatomie fonctionnelle du cerveau (NEURO-103E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
Programme :
Cours magistraux
--L’organisation du cerveau : bases anatomiques et fonctionnelles
*les hémisphères cérébraux : localisation et rôle des cortex sensoriels, moteurs, associatifs.
*Le cortex frontal : siège des fonctions exécutives
*Les structures du lobe temporal médian (hippocampe…) : à l’origine de la mémoire et du fonctionnement psycho-affectif.
*Le circuit de récompense et la motivation comportementale
*l’hypothalamus : un centre neurovégétatif essentiel à l’homéostasie
*le thalamus : relais des informations
-l’organisation neurochimique du cerveau
Dopamine et motivation ; sérotonine et régulation émotionnelle ; noradrénaline et vigilance ; peptides opioïdes et plaisir
- La notion de neuromodulation : exemple des endocannabinoïdes
Travaux dirigés
Les méthodes d’exploration neuroanatomiques et fonctionnelles du cerveau ; notion de « modèle expérimental »
-exposé 1 -analyse critique de documents : cerveau humain et intelligence artificielle (neurones humains vs neurones formels)
-exposé 2-analyse critique de documents : la relation cerveau /corps
Travaux pratiques
-initiation à la Stéréotaxie cérébrale
-supports vidéos : comprendre le comportement grâce à l’optogénétique
-dosage cérébral de monoamines oxydases
-observation de lames histologiques du tissu cérébral (cytologie classique ou immunocytochimie)
Modules à choix en MICROBIOLOGE
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S5 Microbiologie et santé, la problématique de l'antibiorésistance (MIC-103E)
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
Programme :
M (12h) :
□ Les mécanismes de la variation génétique : les mutations et le transfert horizontal de gènes (transformation, conjugaison, transduction et vésicules membranaires).
□ Antibiotiques et résistance : utilisation des antibiotiques (métabolites secondaires comme sources d’antibiotiques, nature chimique, classification et mode d’action) et résistance aux antibiotiques (acquisition de la résistance et épidémiologie de la résistance).
TD (4h) : Versatilité des entérobactéries / Les résistances aux antibiotiques.
TP (9h) : Identification des microorganismes / Antibiogramme / étude de l’adhésion bactérienne.
S5 Microbiologie et adaptation à l'environnement (MIC-104E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
Programme :
CM (16h) :
Expression génique, mécanismes et régulations : réplication ADN ; structure des gènes ; transcription ; traduction ; régulation de l’expression génique (notion de régulon, de stimulon, opérons lactose, tryptophane, maltose…).
Métabolisme microbien : anabolisme et catabolisme ; production d’ATP chez les microorganismes par voie respiratoire ou fermentative ; généralités sur les fermentations.
Phages, phage-thérapie et phages dans l’industrie laitière.
Modules à choix en BIOLOGIE ANIMAL et VEGETALE
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S5 Biologie Animale : Organisation fonctionnelle et comparée des cellules animales (OCA-101E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
Programme :
CM (14h) TD (11h)
7 CM (2h)
- Montrer La cellule comme l’unité d’organisation et l’unité fonctionnelle du vivant
- La biodiversité du monde cellulaire animal et la différenciation cellulaire
- L’organisation des cellules animales en tissus avec les jonctions intercellulaires, les matrices extracellulaires, le cycle cellulaire de la cellule animale et son dérèglement
- Les différents types de cellules musculaires, les cellules ciliées et le cytosquelette
TD (11h)
6 TD 1h30 + 1TD 2h
- Méthode d’observation des cellules et tissus : étude et analyse d’image de microscopie et de micrographies
- La cellule animale sécrétrice : la synthèse et l’excrétion de protéines avec applications à l’étude de la cellule du pancréas exocrine et endocrine, la cellule thyroïdienne,
- Les cellules photosensibles et la vision.
- Le cycle cellulaire
S5 Biologie animale : Biologie de terrain et techniques pédagogiques d’enseignement sur le terrain (BPT-101E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
La biologie et la « science du vivant ». Celui-ci est trop rarement observé par les étudiant-e-s en conditions naturelles. La culture naturaliste, l’expertise naturaliste, l’observation et la connaissance du milieu de vie sont fondamentales pour la meilleure compréhension du monde vivant dans toutes ses dimensions. Ce module a pour objectif (i) de familiariser les étudiant-e-s avec des techniques d’observation du monde vivant sur le terrain (faune, flore, écosystèmes) ; (ii) de découvrir des approches pédagogiques et didactiquesd’enseignement de la biologie à partir de l’observation du réel : ce module est donc notamment préconisé pour les étudiant-e-s se destinant à se professionnaliser dans les filières de l’enseignement de SVT.
Programme :
Cours magistraux
Présentation des outils classiques et modernes de l’observation et de l’expertise naturaliste (méthodes d’identification taxinomique et d’inventaires, bases de données digitales, outils de diagnostic écologique, sciences participatives…)
Présentation de l’importance pédagogique et didactique du recours à l’objet Réel dans le cadre de l’enseignement des sciences du vivant sur le terrain
Travaux pratiques
Sortie(s) de terrain visant à mettre en pratique :
- les outils de l’observation naturaliste
- les méthodes de mesure de la biodiversité
- la conception et la mise en oeuvre d’ateliers pédagogiques par les étudiant-e-s dans le cadre de la pratique des enseignements des Sciences de la Vie sur le terrain (conception et pertinence pédagogique des sorties de terrain en SVT dans le secondaire par exemple)
Travaux dirigés
- Analyse des échantillons observés sur le terrain
- Construction de séquences pédagogiques sur le modèle des attendus des concours menant aux métiers de l’enseignement (PRPE, CAPES de SVT, AGREG de SVT=
S5 VFP1 Biologie Végétale : Vie fixée chez les plantes 1 (VFP-101E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPIUne particularité majeure des plantes est d’être fixée. Cette caractéristique est centrale pour comprendre l’incroyable diversité des plantes, que cela soit au niveau de leur métabolisme, de la diversité des adaptations morpho-anatomiques acquises au cours de l’évolution ou de leur façon de vivre en communautés avec d’autres organismes vivant au-dessus du sol (épigés) ou sous la surface du sol (hypogés). Les plantes, par exemple, ne peuvent pas se déplacer quand les conditions climatiques sont défavorables à leur survie ou fuir face à leur prédateur. Les plantes peuvent cependant influencer et modifier leur environnement. Le but de cette UE est d’aborder les multiples facettes des adaptations et des évolutions spécifiques aux plantes pour survivre dans leur environnement abiotique (température, eau, sol…)
Cours magistraux (12h)
Introduction : la condition d’être plante. Introduction à
l’environnement épigé (aérien) et hypogé (racinaire)
d’une plante.
Les facteurs abiotiques épigés et endogés majeurs pour
les plantes. La perception de l’environnement par les
plantes. Les différentes évolutions des plantes pour
survivre et croître dans leur environnement.
Convergences évolutives, biomes et physionomie de la
végétation. Modification des facteurs abiotiques par les
plantes.
Modules à choix en PHYSIOLOGE
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S5 Physiologie : Physiologie de la digestion (PA-110E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
Programme :
Cours magistraux (16h)
Physiologie Digestive & Microbiote (12h)
Partie 1 (2h) : Anatomie et Histologie du tube digestif et des glandes annexes
Introduction, organisation et grandes fonctions du tractus gastro-intestinal
-Anatomie /physiologie comparée
-Anatomie et histologie fonctionnelle (tube digestif, glandes annexes, circulation splanchnique, circulation lymphatique, système nerveux ∑ et P∑, système nerveux entérique, péritoine/mésentères, histologie) (associé à un TP d’histologie TD + glandes annexes) (Homme)
Partie 2 (3h) : Relation Structure-Fonction
-Digestion mécanique, chimique, enzymatique
-Composition et fonctions des sécrétions digestives
-Absorption intestinale (macronutriments, micronutriments, eau) : couche d’eau non agitée, molécules hydrophiles et hydrophobes, transport médié et diffusion
-Cycle entéro-hépatique des acides biliaires
Partie 3 (3h) : Régulations des processus de digestion et de la motilité du tube digestif
-Régulation nerveuse et hormonales des sécrétions digestives
-Régulation nerveuse et hormonales de la motilité du tube digestif
-Cellules Interstitiel de Cajal, cellules musculaires lisses, péristaltisme, complexes moteurs migrants, mouvements de masse, rythmes nycthéméraux
-Réflexes longs et réflexes courts, focus sur quelques hormones gastro-intestinales : ghréline, gastrine, CCK, Sécrétion, PYY
-Régulation de l’excrétion fécale
Partie 4 (4h) : Le foie : au-delà des fonctions de digestion
- Organisation du tissu hépatique : type cellulaire et organisation en lobules
Rôle du foie dans l’homéostasie glucidique
- Rôle du foie dans l’homéostasie lipidique : Introduction au métabolisme des lipoprotéines
- Rôle du foie dans l’homéostasie dans la détoxification des xénobiotiques
- Stockage des vitamines liposolubles
Partie 5 (4h) : Rôle du microbiote dans la digestion
- Présentation du microbiote
- Digestion fermentaire
- Microbiote et régimes alimentaires carnivore, végétarien et omnivore
- Interaction tube digestif-microbiote, impact du microbiote sur les processus digestifs
Travaux dirigés (6h + 1h CCI)
Thème 1 :. Comment étudier les mécanismes de transports médiés et de diffusion simple au niveau intestinal : exemple des glucides, des triglycérides, des acides biliaires et du cholestérol
Thème 2 : Foie
Thème 3 : Microbiote
Travaux pratiques (4h)
Régulation du péristaltisme et de la contraction de l’estomac.
S5-Physiologie : Physiologie moléculaire et expérimentale (PA-111F)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Participe de la spécialité en BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
Programmes :
Cours magistraux :
Les modèles animaux
Pourquoi faire et pour quoi faire ?
Les limites, les notions de danger et de risque
Les éventuels effets non voulus
Les dangers pour les animaux, les Humains et l’environnement
Les animaux transgéniques par micro injection
L’intérêt et les nombreuses utilisations : la souris
Les autres modèles transgéniques
La méthode pour générer des animaux transgéniques
Avantages, risques, dangers, inconvénients, limites
Le clonage animal
L’intérêt et les applications possibles
La méthode pour cloner des animaux
L’évolution de cette approche de la recherche des années 80 à aujourd’hui
Les limites, les avantages
La thérapie cellulaire
La notion de cellules souches
L’utilisation de cellules en thérapeutique
Comment faire ?
Un peu d’histoire
Et Aujourd’hui
La thérapie cellulaire de demain ?
La thérapie génique
Une petite histoire de la thérapie génique
Les principes généraux et les différents approches possibles
Les dangers, les risques
Les évolutions actuelles et leurs projections vers demain
L’extinction de gènes : KO
Un outil pour comprendre et analyser
Les nombreuses utilisations
Le principe général
Les variantes
Intérêts, limites, applications particulières
L’édition de gènes et ses applications
Les principes généraux
Crispr Cas 9 et autres
Les applications possibles
Les limites possibles
Exemples
Travaux dirigés :
TD1 : A l’aide d’un exemple précis (animal ou humain) discussion autour de l’application des approches vues en cours pour le traitement d’une maladie.
TD2 : L’expérimentation animale en question.s. Hier, aujourd’hui, demain, la place de l’expérimentation animale dans l’expérimentation clinique et de façon plus général.
TD3: Application: du clonage à la production d’une protéine de fusion
Travaux pratiques :
TP1 et 2 : Réalisation transfert de gène dans des cellules procaryotes et eucaryotes. Observation de la localisation subcellulaire d’une protéine de fusion.
S5 Physiologie : Homéostasie énergétique (PA-109E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Participe de la spécialité en BCP (Biologie cellulaire et physiologie), SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
Programme :
Cours magistraux :
Présentation des différents acteurs impliqués dans l’Homéostasie énergétique
Les besoins énergétiques d’un individu
L’adaptation énergétique
En fonction de l’âge
En fonction de l’activité physique
Les besoins autres liés à l’activité physique
L’origine de l’énergie : physiologie métabolique
Le stockage de l’énergie : les tissus adipeux
Les différentes cellules
Les différents tissus
Les rôles des tissus adipeux
La dynamique cellulaire
Les utilisations thérapeutiques des cellules adipeuses
Les malnutritions
Les maladies de pléthore
Les carences alimentaires
Travaux dirigés :
TD1 : Les outils liés aux besoins alimentaires et à la composition nutritionnelle des aliments. Présentation des outils disponibles, analyse critique des bases de données et des algorithmes utilisés. Présentation notamment des outils de l’Efsa, du Ciqual, et de l’Anses en général.
TD2 : Aliments santé, aliments danger. La part de l’alimentation dans la santé. Présentation et développement d’un exemple (eg phytostérol et hypercholestérolémie)
TD3 : En relation avec le cours sur la malnutrition, présentation et discussion autour des maladies de pléthore et des carences. Développement d’exemples.
Travaux pratiques :
TP1 : Calcul et modélisation des besoins énergétiques d’un individu en fonction de son environnement.
TP2 : L’étiquetage alimentaire. Identification des informations, calcul des scores, recherche d’allégations, analyse des informations recueilies.
S5-Physiologie : Projet scientifique en Santé (PA-112E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Cours magistraux (1h)
Présentation de la démarche et des attendus
Travaux dirigés (24h)
Formation à la recherche documentaire
Identification d’un questionnement scientifique
Elaboration d’une synthèse bibliographique
Validation de la question scientifique
Construction d’un protocole expérimental
Identification des contraintes logistiques, budgétaires et réglementaires (hygiène et sécurité), éthique
Restitution sous forme d’un rapport écrit
S5 Physiologie : Agriculture durable (BPV-105E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en SVg (Sciences du Végétal)
L’objectif de cet UE est (i) d’appréhender la notion du développement durable (DD) et les défis qui lui sont associés pour nos sociétés, (ii) d’identifier la plante comme acteur majeur dans la mise en place concrète de la transition écologique et (iii) d’étudier les processus de domestication des plantes cultivées depuis le Néolithique jusqu’à la génomique.
Programme :
Cours magistraux (10h)
Définition de la notion de Développement Durable: création, historique, mise en place, critique des faits, évolution actuelle, limites
Domestication: Historique de la domestication des plantes (Darwin), sélection artificielle (‘Syndrome de la domestication’), phénotype vs. génotype, processus d’adaptation et outils génomiques, processus de sélection variétales
Notions d’Agriculture durable: Contexte agricole mondial, objectifs et challenges, 13 principes de l’agroécologie, perspectives pour 2050
Travaux dirigés (6h)
Préparation au TP (quels traits? Quelles mesures? Echantillonnage?)
Choix d’une thématique de DD impliquant les plantes, faire une critique/état de l’art, rapport/oral/restitution collégiale.
Travaux pratiques (9h)
- Mesures de traits phénotypiques associés à la domestication (cultivars Pisum vs. Pisum fulvum) aux stades végétatifs, floraison, fructification
– Serres de l’uB, plasticité phénotypique.
S5 Physiologie : Perception de l’environnement abiotique et croissance des plantes (BPV-107E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
Programme :
Cours magistraux
- Photomorphogenèse : Photorécepteurs et réponses à la lumière rouge et bleue. Voies de signalisation. Phototropisme
- Gravitropisme : perception du signal gravitropique et conséquences cellulaires
- Paroi végétale : composition et rôle dans la croissance cellulaire. Paroi secondaire. Lien entre la croissance du pollen agravitropique et le fort trafic membranaire pour croissance et synthèse de la paroi.
Travaux dirigés
-La paroi végétale et les tropismes seront étudiés au travers de l’analyse de résultat scientifique.
Travaux pratiques
Étude de la germination et de l’élongation des tiges, du développement du tube pollinique et analyse des tropismes racinaires.
S5 Physiologie : Communication interne chez les plantes (BPV-106E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
Programme :
Cours magistraux (10h)
- Définition et rôle des phytohormones
- Présentation (découverte, synthèse, régulation, transport, actions) des 6 familles “historiques” d’hormones végétales : les auxines, les gibbérellines, les cytokinines, l'éthylène, l'acide abscissique, les brassinostéroides
- Présentation (découverte, synthèse, régulation, transport, actions) des nouveaux venus : par exemple, les strigolactones, l'acide jasmonique, l’acide salicylique
- La floraison, de la régulation génétique à l’alternance de générations (induction de la phase de floraison, modèle ABC, auto-incompatibilité, double fécondation)
Bases de “signalisation et comportement des plantes”, comparaison avec la neurobiologie
Travaux dirigés (4h)
- Analyse de résultats scientifiques (2h)
- TD couplé TP (2h)
Travaux pratiques (11h)
- Contrôle hormonal du développement des plantes". Notamment : germination (4h)
- Croissance en longueur des tiges et coléoptiles avec AIA, Gibbérellines, ABA (3h)
- Régulation de la floraison (4h)
Modules à choix en IMMUNOLOGIE
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S5 Immunologie Cellulaire et Moléculaire (IMM-103E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
Programme :
Diversité des récepteurs de l’antigène
Maturation lymphocytaire
Tolérance centrale
Immunodéficiences
Trafic lymphocytaire et signalisation
Communication immunitaire : cytokines et chémokine
TD/TP
Immunotechnologies
Techniques d’études des cellules de l’immunité
Résolution d’exercices d’application à partir de résultats expérimentaux
Mise en place de techniques d’hémagglutination et d’immunofluorescence sur coupes de tissus lymphoïdes et suspensions cellulaires de cellules spléniques
Modules obligatoires
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S6 Anglais-6 (ANG-206)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
2 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Cette UE vise à développer la capacité à présenter des informations oralement, à répondre aux questions et à réagir à ce que dit son interlocuteur.
Travaux dirigés (18h)
Entraînement à la présentation d'informations scientifiques. Les étudiants devront ensuite répondre à des questions posées par leurs pairs, et confronter leurs points de vue. Rebrassage et approfondissement de la grammaire et des notions-fonctions, et acquisition de lexique spécifique à différents domaines de SVTE. Entraînements réguliers via des exercices écrits et oraux.
S6 Réussite étudiant 6 (RE-206)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
1 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Les modules Réussite Etudiante (un par semestre) visent à accompagner l’étudiant.e dans ses choix d’enseignements en lien avec son projet universitaire et/ou professionnel. Ces modules fournissent également des outils pour améliorer la réussite des étudiant.e.s et leur insertion professionnelle.
LISTE DES MODULES à choix : 9 à choisir parmi les modules (facultatif)
Niveau d'étude
BAC +3
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
FAITES VOTRE CHOIX :
9 modules à choix :
- parmi les modules de la mention Sciences Vie
- Il est possible de choisir également parmi des modules de la mention Sciences Terre
Modules à Choix en BIOCHIMIE et BIOLOGIE MOLECULAIRE
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S6 BPHAM Bases de Pharmacologie moléculaire (BBM-217E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
Programme :
Ce module aborde les bases importantes de la pharmacologie pour tout étudiant désirant poursuivre son cursus par un Master dans les domaines ayant trait à la santé.
Dans ce module d’initiation sont abordés les différentes phases de développement d’un médicament au travers d’exemples concrets ainsi que les notions de pharmacocinétiques indispensables à la compréhension du devenir et la biostransformation du médicament dans l’organisme. A l’issue de ce module, l’étudiant sera en mesure de connaître les principales origines des molécules pharmaceutiques, le process aboutissant à la création d’un médicament et les approches expérimentales nécessaires à celle-ci.
Dans ce module sont abordés plus précisément :
- La découverte de molécules actives : notion de cibles moléculaires, sérendipité, screnning à partir de végétaux, de sources animales marines et terrestres, origine synthétique et biosynthétique.
- Les processus d’extraction des molécules d’intérêts pharmacologiques
- Les études des Relations Structure-Activité (RSA)
- La pharmacocinétique; ADME (Absorption, Distribution, Métabolisme, Elimination) biodisponibilité, clairance, temps de demi-vie ; incidence du métabolisme sur le devenir du médicament ; cinétique d’apparition ou d’élimination des métabolites.
- Caractérisation in vitro des médicaments et de leurs cibles ; les réactions de biotransformation de phase I et de phase II ; détoxification et bioactivation ; méthodes d’études et carte métabolique d'un médicament.
Travaux dirigés
Exercices d’approfondissement des CM avec exemples pratiques, approfondissement des notions de devenir du médicaments ou de toxiques dans l’organisme
S6 APHAM Approches Expérimentales en Pharmacologie moléculaire (BBM-218E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
Ce module qui fait suite au module Base de la pharmacologie moléculaire (BPM) aborde les notions de médicaments agonistes, antagonistes, de transport de drogues ainsi que des notions en lien avec diverses pathologies. Des exemples concrets d’études de pharmacologie moléculaire seront abordés en TP sous la forme d’un mini-stage permettant la compréhension et mise en situation des procédés expérimentaux nécessaires à la détermination de l’activité biologique de molécules d’intérêt thérapeutiques.
A l’issue de ce module, l’étudiant aura acquis en ayant suivi BPM et PMA les notions essentielles sur les grands principes de la pharmacologie lui permettant d’aborder de suivre les formations ayant trait à la santé
Programme :
Cours magistraux : Dans ce module sont abordés plus précisément :
- Les notions agoniste – antagoniste
- Binding avec les protéines plasmatiques et de réserve plasmatique
- Notion et calcul de concentration inhibitrice 50%
- Rôle des ABC transporteurs dans l’efflux des drogues pharmacologiques
- Utilisation de logiciel dédiée à la mesure de paramètres pharmacologiques
- Mise en pratique de la détermination d’effets de drogues à visée thérapeutique
Travaux dirigés (3h)
Principe et utilisation de logiciels dédiés à la mesure de paramètres pharmacologiques.
Travaux pratiques (16h)
Sous la forme d’un mini-stage, les étudiants pourront mettre en pratique les notions développées en DM pour la détermination d’effets de drogues à visée thérapeutique ainsi que l’utilisation de logiciels dédiés à la mesure de paramètres pharmacologiques.
S6 BIOPRO Biochimie des Protéines (BBM-219E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
Le module de Biochimie des protéines actuel a été construit sur la base des besoins évoqués par les responsables de licences parcours Biologie générale, sciences de la terre et de l’Univers (BGSTU), dont les étudiants se destinent à l’enseignement primaire ou secondaire via le Master MEEF.
Ce module peut également être proposé en option à des étudiants souhaitant s’orienter dans un parcours Biologie des organismes (dominante écologie).
La notion de structure-fonction des protéines, qui peut être ensuite utilisée en Biologie animale, végétale et physiologie, est développée. L’utilisation des propriétés chimiques des protéines pour leur analyse est expliquée en CM en soutien des TPs. Les modifications post-traductionnelles des protéines, en décrivant les conséquences fonctionnelles, ainsi que la dynamique des protéines (trafic, maturation, dégradation) sont décrites et replacées dans les compartiments cellulaires.
Les conséquences physiopathologiques d’altérations de structures protéiques sont également abordées (drépanocytose, encéphalopathie spongiforme bovine, maladie d’Alzheimer…).
Programme :
Cours magistraux (9h)
CMs répartis sur 6 séances sur chaque thème pour que les étudiants aient une connaissance de l’existence des mécanismes et régulations abordés.
1- Les macromolécules biologiques : structure-fonction des protéines (1,5h)
2- Une protéine à structure quaternaire : l’hémoglobine (1,5h)
3- Méthodes d’analyse des protéines : électrophorèse et chromatographie (1h)
4- Dynamique cellulaire des protéines (trafic intracellulaire et modifications associées) (1,5h)
5- Modifications post-traductionnelles des protéines (1,5h)
6- Les protéines auxiliaires au repliement des protéines in vivo. (1h)
7- Turnover et dégradation des protéines (1h)
Travaux pratiques (4 x 4h)
Les TP abordent essentiellement la structure et la fonction des protéines en 4 séances de 4h organisée de la façon suivante :
TP1 : séparation d’un mélange complexe (sérum albumine (SAB) + cytochrome C) de protéines par chromatographie d’exclusion. Détermination par spectrophotométrie des concentrations en serum albumine et cytochrome C.
TP2 : gel SDS-page sur les fractions préparées dans le TP1 ainsi que sur le mélange avant purification et sur des protéines SAB et CytC purifiées. Dosage des protéines par Bradford
TP3 : suivi de dénaturation de l’ovalbumine par dosage des fonctions thiols.
TP4 : détermination des paramètres cinétiques d’une enzyme, et inhibition enzymatique
S6 MAG Métabolisme des acides nucléiques et des glucides (BBM-220E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
Le module de Biochimie des protéines actuel a été construit sur la base des besoins évoqués par les responsables de licences parcours Biologie générale, sciences de la terre et de l’Univers (BGSTU), dont les étudiants se destinent à l’enseignement primaire ou secondaire via le Master MEEF.
Ce module aborde les bases importantes de la régulation du métabolisme des acides nucléiques et des glucides ainsi que de leur dysfonctionnement. A partir de concept généraux, il sera démontré comment ces voies peuvent être à l’origine de dysfonctionnements conduisant à des pathologies graves et comment en agissant de manière biochimique ou génique, ces mêmes voies peuvent être la cible d’agents antimicrobiens, anticancéreux ou encore immunosuppresseurs.
A l’issue de ce module, l’étudiant sera en mesure de connaître dans son ensemble un ensemble de voies métaboliques dont les répercussions en terme d’ingénierie ou de santé sont importantes.
Programme :
Cours magistraux (12h)
Dans ce module sont abordés plus précisément :
- Le métabolisme des purines, biosynthèse et dégradation
- les seconds messagers intracellulaires issus des purines nécessaires à la signalisation cellulaire
- les pathologies associées au dysfonctionnement de ce ces voies métaboliques et leurs traitements (hyper-uricémies, déficits génétiques et syndromes héréditaires, hyperprolifération, …)
- Action des agents antimicrobiens et anticancéreux agissant sur de nombreuses cibles des voies puriques et pyrimidiques
- Action des immunosuppresseurs antimétabolites
- Structures et fonctions des polysaccharides
- Métabolisme du glycogène (les enzymes impliquées dans les voies de dégradation et de biosynthèse du glycogène).
- Régulation du métabolisme du glycogène
- Maladies génétiques associées au métabolisme du glycogène
- Les glycosaminoglycanes, constituants des protéoglycanes.
- Les protéoglycanes et leurs applications.
- Les peptidoglycanes bactériens.
- Les glycoprotéines (N- et O-glycolsylation).
Travaux dirigés (6,5h)
Exercices d’approfondissement des CM avec exemples pratiques :
- Mesure de la glycémie par méthode enzymatique
- Détermination de la structure complexe de différents polysaccharides
- Analyse des déficiences du métabolisme du glycogène
- Détermination de la structure saccharidique d’une glycoprotéine
Travaux pratiques (6,5h)
Analyse des propriétés physico chimiques de différents mono- et disaccharides par différentes méthodes (sucres réducteurs, cétoses, aldoses, pentoses, hexoses). Méthode de séparation de différents polysaccharides par chromatographie de gel filtration (tamisage moléculaire).
Dosage de la glycémie par méthode enzymatique en spectrophotométrie.
S6 MQP Modifications post-traductionnelles et contrôle qualité des protéines (BBM-222E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
Programme :
Cours magistraux :
- Modifications post-traductionnelles des protéines : concept, abondance par résidus, exemples détaillés des processus de (dé)phosphorylation, oxydation et ubiquitination des protéines (mécanismes chimiques/moléculaires, incidences structurales, réversibilité et exemples d’implications dans des processus cellulaires)
- Mécanismes de contrôle-qualité des protéines (protein balance/imbalance) : concept, estimation de l’activité cellulaire de dégradation des protéines, dénaturation/agrégation des protéines, description détaillée de l’Ubiquitine Proteasome System (UPS), rôle des chaperonnes et chaperonnes-like (exemple de la protéine VCP). Travaux Dirigés : Analyse de publications scientifiques par binôme ou trinôme en lien avec les points abordés en cours magistral Travaux pratiques : Etude structurale et fonctionnelle de l’oxydation de l’aconitase cytosolique.
Travaux Dirigés :
Analyse de publications scientifiques par binôme ou trinôme en lien avec les points abordés en cours magistral Travaux pratiques : Etude structurale et fonctionnelle de l’oxydation de l’aconitase cytosolique.
Travaux pratiques :
Etude structurale et fonctionnelle de l’oxydation de l’aconitase cytosolique.
S6 REGEE Régulation de l'expression des gènes eucaryotes (BBM-223)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en :
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
Programme :
Cours magistraux (12h)
Mécanismes de transcription et régulation chez les Eucaryotes (mécanismes moléculaires de la transcription, éléments régulateurs, facteurs de transcription, activation des facteurs de transcription).
Régulation épigénétique de la transcription des gènes eucaryotes
Mécanismes moléculaires de la traduction et régulation chez les Eucaryotes
Mécanismes moléculaires de l’épissage et régulation
Régulation de l’expression des gènes par des ARN
Travaux dirigés (6h)
Exercices adaptés d’articles scientifiques afin d’étudier les méthodes d’analyse de la régulation de l’expression des gènes eucaryotes
Travaux pratiques (7h)
Extraction d’ARN et RT-PCR
S6 REPEM Reconnaissance entre protéines et petites molécules (BBM-224E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
participe du parcours BBM
Résumé
Ce module aborde des notions fondamentales des interactions réversibles protéines-petites molécules et les conséquences physiopathologiques de la perturbation de ces interactions pour une grande variété de fonctions cellulaires (les réactions enzymatiques, la catalyse, la transduction du signal et la régulation de nombreuses réactions métaboliques). Les informations essentielles sur la fixation et le mécanisme et la spécificité seront abordées pratiquement via l’étude des équilibres d’association protéine-petites molécules : mesures de l’affinité de fixation (binding) et de la stœchiométrie de la liaison entre ligands et macromolécules, et détermination du nombre de sites de fixation.
Programme :
Cours magistraux
1. Principes de l’interaction protéine-ligand
2. Conséquences physiopathologiques des perturbations des interactions protéine-ligand
3. Techniques d’études des interactions protéine-ligand (chromatographie, spectroscopie, dialyse à l’équilibre, plasmon de surface)
Travaux dirigés :
Scatchard, détermination du nombre de sites de fixation et de la constante d’association. Exercices sur les techniques d’études des interactions protéine-ligand (interprétation de chromatogrammes, spectres de différence, dosage du ligand)
Travaux pratiques :
1. Etude d’interaction Protéine-Ligand par chromatographie d’exclusion sur gel (BSA-PSP) - 4h
2. Détermination du nombre de sites actifs de la trypsine – 4h
3. Application de l’interaction protéine-ligand à la purification de protéine par chromatographie d’affinité – 4h
S6 STRACE Stratégies et Activité Catalytique des Enzymes (BBM-225E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
Programme :
Stratégie catalytique des enzymes : les classes fonctionnelles d’enzymes, stratégies catalytiques (acido-basique, covalente, par ion métallique, etc.), les protéases à sérine (chymotrypsine), les aspartyl-protéases (HIV-1 protéase) et autres protéases (protéases à cystéine, métalloprotéases), les déshydrogénases (alcool déshydrogénase, lactate déshydrogénase, rôle des cofacteurs NAD+/NADP+/FAD), abzymes et ribozymes.
Bases de données d’enzymologie : apprentissage BRENDA, 1 TD 1,5h + 1 TP 3h
Visualisation et manipulation des structures tridimensionnelles des biomolécules : apprentissage de l’utilisation des outils de visualisation des structures tridimensionnelles (Pymol, VMD, etc.). 1 TD 1,5h + 1 TP 3h
Analyse structure-fonction des enzymes et docking : étude du site actif d’une protéase à sérine, docking d’une molécule antivirale sur la protéase du HIV. 1 TD 2h + 2 TP 3h
S6 SPB Synthèse et propriétés des biomolécules (CHM-206E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
Maîtriser les mécanismes chimiques des molécules du vivant est une compétence indispensable pour un scientifique du domaine de la biochimie ou de la biologie moléculaire. Ce cours permettra également d'aquérir des compétences de base sur les grandes familles des molécules organiques de la vie.
Programme :
Cours magistraux
Mécanismes des réactions chimiques : Réaction chimique : définition ; aspects thermodynamique et cinétique ; notion de catalyse ; espèces réactives acides et basiques ; espèces réactives électrophiles, nucléophiles, radicalaires.
Mécanismes réactionnels en chimie organique : réaction d'addition nucléophile ou électrophile ; réaction de substitution nucléophile sur un carbone saturé ou sur un carbone insaturé ; réaction de substitution électrophile ; réaction d'élimination ; cycloaddition ; réarrangement hétérolytique. Illustration à partir d'exemples de molécules naturelles.
Chimie organique de la vie : Propriétés et et synthèses de molécules du vivant : peptides, oligonucléotides, terpènes et alcaloïdes.
Travaux dirigés
Les différentes notions abordées en cours seront illustrées par des exercices en TD.
L'objectif est de comprendre les différents mécanismes réactionnels intervenant dans la chimie du vivant.
Travaux pratiques (3h)
Illustration de quelques techniques de chimie organique utiles pour la modification de biomolécules : exemples de synthèses à partir du cholestérol
Modules à choix en BIOLOGIE CELLULAIRE
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S6 Biologie de la Reproduction des Métazoaires-2 : différenciation du sexe, placentation, parturition, lactation (BRM-202E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
Ce module permet d’approfondir les connaissances sur la reproduction des animaux (Métazoaires) en particulier celle des Mammifères dont l’humain. Dans cette UE, seront abordés tous les aspects de la reproduction au niveau de la différenciation du sexe, de la gestation et de la parturition
Cours magistraux (10h)
- Formation et rôle du placenta, son apparition au cours de l’évolution. (2h)
- Parturition : déclenchement de l’accouchement, contrôle hormonal. (2h)
- La lactation : apparition au cours de l’évolution liée l’attachement avec la descendance, mise en place et maintien après la naissance, contrôle hormonal. (2h)
- Du sexe génétique au sexe phénotypique : mécanismes développementaux qui permettent la différenciation des sexes. (2h)
- Stratégies de reproduction (2h)
Travaux dirigés (13h)
Les TDs porteront sur l’analyse de documents portant sur la biologie de la reproduction. Ces articles permettront par des approches et techniques multidisciplinaires (génétique moléculaires, biologie cellulaire, imagerie, phylogénie…) de mobiliser les concepts de biologie de la reproduction
Travaux pratiques (2h)
Au cours de ce TP en salle informatique, les étudiants se familiariseront avec des logiciels couramment utilisés en biologie de la reproduction
S6 Biologie cellulaire : Biologie du Développement 3 : developpement, évolution,pathologies (DEV-203E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
Programme :
Cours magistraux (14h)
Développement Post-embryonnaire : Présentation développement post-embryonnaire chez les insectes et les Amphibiens, Différences et points communs, contrôle nerveux du développement (2h).
Développement du système nerveux : Mécanismes de la neurulation et de la formation du cerveau, neurogenèse et gliogenèse, pathologies développementales du système nerveux. (4h)
Régénération : mécanismes de régénérations chez les planaires, les insectes et les vertébrés à la suite d’une lésion accidentelle. (2h)
Contrôle génétique de l'embryogenèse et de l'organogenèse chez la drosophile
Contrôle génétique du développement chez les vertébrés (squelette axial, membres locomoteurs)
Comparaison des mécanismes développementaux et évolution (6h)
Travaux dirigés (11h)
Les TDs porteront sur l’analyse d’articles. Ces articles permettront par des approches et techniques multidisciplinaires (génétique moléculaires, biologie cellulaire, imagerie, phylogénie…) de mobiliser les concepts de biologie du développement en relation avec le cours.
Modules à choix en ECOLOGIE BIOLOGIE DE LA CONSERVATION
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S6 Biodiversité Santé (BEE-216E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution), SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
Programme :
Compréhension écologique et évolutive de l’apparition, de l’expansion et de la persistance des maladies
Microévolution – Rappel des principes
Sélection naturelle et évolution humaine
Comment et pourquoi tombons-nous malades
Coévolution, stratégies de défenses des hôtes, évolution des pathogènes
La biodiversité, bonne ou mauvaise pour la santé humaine ?
Biodiversité microbienne et santé
Biodiversité et maladies infectieuses (conditions d’émergence/re-émergence …)
Biodiversité infection et maladies auto-immunes
Services écosystémiques et One Health
Interactions hôtes-pathogènes et conservation
S6 Expertise naturaliste (EXN-201)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
Programme : sera précisé ultérieurement
S6 Ecologie des communautés (BEE-222E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
E (Environnement)
Comprendre la composition et l’organisation des assemblages plurispécifiques (nombre d’espèces, abondances spécifiques, etc) est une question de base de l’écologie qui donnent lieu à plusieurs hypothèses sur les facteurs impliqués. La compréhension de ces assemblages (les communautés) est un enjeu d’autant plus important que ceux-ci s’appauvrissent, exprimant ainsi l’érosion actuelle de la biodiversité. Le contenu de cette UE aborde en premier lieu l’organisation des communautés par le prisme des réseaux trophiques (chaines alimentaires) et envisage de manière synthétique les principales contraintes structurantes qui pèsent sur cette organisation sous l’effet des transferts d’énergie. Ensuite, nous envisagerons les grandes interprétations que produit l’écologie scientifique pour expliquer la construction et l’organisation des communautés. Cela conduira ensuite à traiter la question majeure du lien entre certaines caractéristiques des communautés (comme le nombre d’espèces) et leurs propriétés (fonctionnalités) et certains des principes théoriques connectés à cette question et à la gravité de l’érosion de la biodiversité. Enfin nous aborderons la question du changement des communautés au cours du temps (successions écologiques) et les communautés des milieux isolés (insulaires), deux champs à la fois féconds d’un point de vue conceptuel et liés à des problématiques opérationnelles dans le contexte d’anthropisation des écosystèmes. Ces deux derniers aspects (successions et insularité) ainsi que la structuration des réseaux trophiques seront l’objet des développements en TD et TP sur le terrain.
Cours magistraux
* Réseaux trophiques (contraintes associées aux transferts de matière et d’énergie, structuration trophique des communautés : réseaux/pyramide trophique, empreinte environnementale de l’alimentation humaine, écologie métabolique)
* Les questions centrales associées à l’écologie des communautés (questions fondamentales, questions contextuelles)
* Les perceptions et notions de communautés (les différents modèles, importance de la niche)
* Top-down/bottom-up
* Caractéristiques et propriétés des communautés / fonctions écosystémiques (stabilité, résistance, …)
* Les successions écologiques (mise en évidence, dynamique du processus, succession et biodiversité, perturbations, importance de l’échelle spatiale, modèles de succession)
* La biogéographie insulaire et ses développements (caractéristiques des communautés insulaires, et facteurs explicatifs, modèle de l’équilibre dynamique, modèles et prolongements plus récents)
Travaux dirigés
Préparation des TP et première synthèse des résultats
Travaux pratiques
TP1 - Reconstruction de réseaux trophiques avec recensements « exhaustifs » de la macrofaune du sol)
TP2 - Observations sur le terrain reconstituant une succession végétale
TP2 - Observations sur le terrain visualisant les facteurs explicatifs majeurs des communautés insulaires.
S6 Gestion & Conservation de la Biodiversité (Développement pratique)(BEE-218E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
L’érosion de la biodiversité est un fait maintenant avéré puisqu’on évoque la 6ème extinction de masse pour la période actuelle. Face à ce constat, nous devons être capables de développer des actions à même d’enrayer ce phénomène. C’était d’ailleurs l’objectif majeur de l’ONU pour la décennie écoulée. Force est de constaté qu’il n’a pas été atteint. Pourtant il existe des démarches qui permettent de préserver, voire de restaurer la biodiversité. L’objectif de cette UE est d’aborder ces démarches et de les replacer dans un contexte, notamment sociétal.
Dans un premier temps focalisé sur les raisons (analyse des menaces et risques d’extinction, perceptions de la biodiversité) qui expliquent la volonté/nécessité de conserver, et sur les racines historiques de la conservation, le cours envisagera les approches techniques de gestion conservatoire de la biodiversité à différents niveaux d’organisation (populations, écosystèmes). Les principes de base de la restauration seront ensuite traités à travers quelques exemples. Enfin, un éclairage sera porté sur les instruments réglementaires ou non applicables pour préserver la biodiversité, ainsi que sur la séquence opérationnelle qu’il convient en principe de respecter pour intégrer et respecter la biodiversité dans tout projet de développement économique.
Cours
Pas de CM car UE pratique uniquement destinée à confronter les étudiants (notamment en tant qu’acteurs) à une démarche concrète de gestion conservatoire de la biodiversité.
Les aspects développés en cours seront illustrés, étendus, complétés par des travaux et discussions sur documents.
Travaux dirigés
Préparation des travaux à réaliser sur le terrain et premiers regards (post-TP) sur les données acquises, les contraintes et points de vigilance associés.
Travaux pratiques
Travaux réalisés sur des sites en gestion, et en lien avec des acteurs de la conservation (illustration sur site d’enjeux et d’objectifs de gestion, ainsi que des contraintes à intégrer pour mettre en place les actions de conservation de la biodiversité).
Travaux sur projet développés sur le terrain en lien avec une problématique concrète de gestion/restauration de la biodiversité. Les étudiants sont acteurs dans l’acquisition des données et leur exploitation
S6 Microorganismes-Environnement (BEE-219E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution), SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
Le module se focalise sur les microorganismes et leurs rôles fondamentaux dans le fonctionnement des écosystèmes aquatiques et terrestres, ainsi que la manière dont les changements globaux les affectent. Les principaux outils et méthodes de l'analyse de la diversité et de la fonction de ces microorganismes seront abordés.
Cours magistraux (10h)
Microbiologie des habitats aquatiques et du sol
Géomicrobiologie
Sédiments d’origine biologique et leur formation, préservation
Ecotoxicologie
Travaux dirigés (3h)
Travail sur articles
Travaux pratiques (12h)
Isolement, dénombrement et analyse de diversité de microorganismes dans l'environnement
Microscopie de groupes sélectionnés de microorganismes
Enrichissement de microorganismes (colonne de Winogradsky, infusion de foin etc.)
S6 ADB Facteurs abiotiques & Biodiversité 1 (BEE-220E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution), SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
La biodiversité des écosystèmes terrestres s’organise de manière structurée au sein des milieux en réponse à de nombreux facteurs environnementaux, notamment abiotiques. Ces facteurs sont eux même dépendant des grands cycles terrestres, comme le celui de la lithosphère, de l’hydrosphère et de l’atmosphère. La biodiversité des écosystèmes terrestres se retrouve ainsi fortement structuré par l’ensemble des facteurs environnementaux contrôlé par ces grands processus. Cependant, loin d’être passive, la biodiversité peut elle aussi, en retour, influencer et modifier/structurer son environnement et les facteurs abiotiques. Une catégorie d’organisme se distingue par cette activité : les organismes ingénieurs, capable de modifier la disponibilité des ressources pour les autres organismes. Ce module vise à sensibiliser les étudiants sur les interactions existantes entre la biodiversité et l’environnement au sein des écosystèmes, et le rôle important des organismes ingénieur dans les processus de modification de l’environnement et dans la création de niches écologiques. Ces interactions seront mises en évidence au travers de différentes échelles spatiales et temporelles, mais également au travers du prisme des activités humaines qui viennent les perturber.
Les cours magistraux auront pour vocation d’illustrer ces interactions, en s’appuyant sur les bases pré-requises des étudiants en écologie et science de la terre et de l’environnement. Seront également présenté les instruments opérationnels/outils et méthodes permettant la description de l’interaction entre la biodiversité et des conditions des milieux. Les séances de TD permettront de préparer et la sortie terrain, et d’analyser et restituer les résultats sous forme d’un rapport scientifique.
Cours magistraux (12h)
- Introduction
- Remise à niveau sur les trois compartiments (lithosphère/hydrosphère/atmosphère)
- Remise à niveau sur les niveaux d’organisation du vivant et les facteurs écologiques
- Effet du biotique sur l’abiotique, ouverture sur la notion d’organisme ingénieurs
- Structuration spatiale des interactions biodiversité-environnement
- Structuration temporelle des interactions biodiversité-environnement
- Impacts des activités anthropiques
Travaux dirigés (6h)
- Travail sur articles/interprétation de graphs (2h)
- Préparation de la sortie terrain (1h)
- Restitution de la sortie terrain (3h)
Travaux pratiques (7h)
Sortie terrain à la journée pour illustrer l’interaction entre la biodiversité et les conditions du milieu. Idées discutées :
- TSBF sur plusieurs sols du campus avec des contextes différents (compaction, végétation)
- Mesure de la stabilité des agrégats de sol par la méthode SLACK (sur le terrain ou en condition contrôlé avec un organisme ingénieur)
S6 Projet Immersif pour la Biodiversité (Réalisation et restitution) (BEE-221E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
CONDUITE DE PROJET
Réponse à une commande concrète/ Phase de réalisation
Application du/des protocole-s.
Analyse des résultats.
Restitution écrite et orale des résultats.
Modules à choix en PHYSIOLOGIE ANIMALE
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S6 Physiologie de la communication (PA-214E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
Dans chaque organisme, chaque tissu et organe fonctionne de façon plus autonome mais de nombreuses connections existent entre ces différents organes/tissus. L’objectif de cette UE est de montrer les moyens de communications, à l’intérieur de l’organisme qui peuvent exister et permettre un fonctionnement interconnecté à l’intérieur de l’organisme.
Programme :
Cours magistraux :
Présentation des moyens de communication
Les cytokines
Les différentes classes
Et le système immunitaire
La signalisation
Les adipokines, les myokines, etc…
Les autres moyens de communication
Quelques exemples de dialogue
Dialogue bidirectionnel Cytokines/Hormones
Le dialogue os/métabolisme énergétique
Le dialogue métabolique
Le dialogue Tube digestif/cerveau
Le dialogue muscle/tissu adipeux/foie : l’exercice physique
Travaux dirigés :
TD1 : Le sécrétome.
TD2 : Adaptation à l’effort : compléments d’informations
TD3 : L’inflammation et l’obésité.
Travaux pratiques :
TP1 : Modélisation des interconnexions.
TP2 : Effets métaboliques des cytokines sur l’activité cellulaire.
S6 Nutrition et Alimentation (PA-213E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
Hippocrate aurait dit « fait de ton alimentation ta première médecine ». Plus de 2000 ans après cette citation fait toujours sens.
Programme :
Cours magistraux :
Aliments, nutriments Aliment santé, aliment danger Les maladies de carences : macroéléments, éléments de trace Altération du métabolisme glucidique / lipidique Alimentation et stress oxydant Les aliments santé Alimentation La sécurité alimentaire La sécurité sanitaire des aliments Autour de l’aliment, emballages, etc.. Additifs alimentaires, prébiotiques, tolérance orale Innovation alimentaire
Travaux dirigés :
TD1 : Un exemple d’aliment santé
TD2 : Les scores des aliments.
TD3 : Les crises alimentaires.
Travaux pratiques :
TP1 : analyse de la composition alimentaire
TP2 : les enquêtes alimentaires
S6 Physiologie systémique et Physiopathologie intégratives de la Reproduction Humaine (PA-217E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
Physiologie et physiopathologie de la reproduction humaine.
Programme :
Cours magistraux :
-Physiologie de la reproduction humaine
-Activité cyclique autonome et régulé : axe cerveau
– gonades -Rythme de reproduction (circadiens, annuels ..) et facteurs de l’environnement -Les anomalies génétiques et chromosomiques : conséquences sur le développement et la reproduction
-Immunophysiologie de la gestation
- Physiologie du vieillissement du système reproducteur maîtrise de la fertilité humaine (FIV & FIVETE)
Travaux dirigés (TD):
Pathologies liées aux déséquilibres d’hormones sexuelles : syndrome des ovaires polykystiques (SOPK), alopécie, etc.
Maladies sexuellement transmissibles
Pollution / contaminants (perturbateur endocriniens) & reproduction
TP1 : Culture de cellules de sertoli et action hormonale
TP2 : Dosage de testostérone dans le surnageant– cellules de sertoli
S6 Physiopathologie humaine 1: Inflammation, Maladies cardiovasculaires et métaboliques (PA-215E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
Programme :
La physiopathologie correspond à l’étude d’une pathologie selon une approche physiologique. C’est-à-dire une approche intégrée allant du gène, à la molécule, à la cellule, au tissu jusqu’à l’organe et aux grands fonctions qui lui sont associées. La physiopathologie consiste donc en l’étude des dysfonctions des organes et des grandes fonctions au sein d’un organisme (Homme ou modèles animaux) selon une approche intégrative (études in vitro et in vivo). L’étude et la compréhension des processus physiopathologiques associés à un organe ou un groupe d’organe est une étape fondamentale dans le développement de nouveaux outils diagnostiques ou thérapeutiques pour une pathologie.
L’inflammation joue un rôle clé dans de nombreuses pathologies qu’elles soient aigue ou chroniques, d’origine infectieuses ou non. Les paramètres de l’inflammation contribuent ainsi au diagnostic de certaines maladies et représentent également des opportunités pour le développement de nouveau traitement.
Dans le cadre de cette UEs, la différence entre l’inflammation septique et stérile sera présentée ainsi que les médiateurs de l’inflammation, les voies signalisation intracellulaire (en particulier l’inflammasome). Plusieurs exemples de stratégies anti-inflammatoires seront également décrites. Ensuite le rôle de l’inflammation sera particulièrement abordée au travers 2 exemples de maladies chroniques non transmissibles liées à des altérations du métabolisme lipidique (athérosclérose, stéatose hépatique).
Programme des enseignements (CM)
Présentation de l’inflammation : inflammation septique et stérile, médiateurs de l’inflammation, les inflammasomes, réponse intégrée de l’organisme à l’inflammation (4h)
Athérosclérose : perturbation de l’homéostasie du cholestérol, métabolisme des lipoprotéines, histopathologie vasculaire, acteurs cellulaires, inflammation (3h)
Stéatose hépatique : perturbation métabolique, acteurs cellulaires, inflammation, fibrose, histopathologie, dyslipidémie (3h)
Travaux dirigés
Préparation des TPs et analyse de sections de tissu sain et pathologique
Travaux pratiques
Analyse de cellules spumeuses en cytométrie en flux : culture cellulaire, oxydation de LDL, caractérisation des perturbations métaboliques et de l’inflammation
Culture primaire d’hépatocytes, caractérisation des perturbations métaboliques et de l’inflammation
S6 Physiopathologie humaine 2 (PA-216E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
La physiopathologie correspond à l’étude d’une pathologie selon une approche physiologique. C’est-à-dire une approche intégrée allant du gène, à la molécule, à la cellule, au tissu jusqu’à l’organe et aux grands fonctions qui lui sont associées. La physiopathologie consiste donc en l’étude des dysfonctions des organes et des grandes fonctions au sein d’un organisme (Homme ou modèles animaux) selon une approche intégrative (études in vitro et in vivo). L’étude et la compréhension des processus physiopathologiques associés à un organe ou un groupe d’organe est une étape fondamentale dans le développement de nouveaux outils diagnostiques ou thérapeutiques pour une pathologie.
Les cancers représentent la première cause de mortalité en France chez les hommes et la seconde chez les femmes. Ils représentent donc un problème de santé publique.
Le vieillissement s’accompagne d’altérations des fonctions cellulaires dont certaines partagées par la cellule cancéreuse. Les concepts clés du vieillissement (« hallmarks of aging ») seront donc abordés dans le cadre de cette UEs à l’instar des « Hallmarks of cancer » (concepts clés de l’oncogénèse).
Les mécanismes de réparations cellulaires et tissulaires seront également abordés au travers de l’exemple de la cicatrisation.
Programme des enseignements (CM, 16h)
Oncogenèse : Facteurs de risque. Processus tumoral et métastatique. Cancers héréditaires et environnementaux (8h)
« Hallmarks of Aging » (Genome instability, Telomere shortening, Epigenetic alterations, Loss of proteostasis, deregulated nutrient sensing, mitochondrial dysfunction, senescence du tissus adipeux, Stem cell exhaustion, Altered intercellular communication), exemples de pathologies liées à l’âge;(4h)
Réparation tissulaire : cellules souches de la peau, histopathologie, matrice extracellulaire, résolution de l’inflammation, cicatrisation (4h)
Travaux pratiques (8h)
TP : Invasion cellulaire (4h)
TP : Wound healing assay (4h)
S6 Projet expérimental en santé (PA-218E)-PES
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
Réalisation d’un projet de recherche expérimental en santé (conçu dans le cadre de l’UE Projet scientifique en Santé). Ce projet est réalisé par groupes de 4-5 étudiant.e.s sous la supervision d’un.e tuteur.trice.
Cours magistraux (1h) : Présentation de la démarche et des attendus
Travaux pratiques (24h)
Réalisation du protocole expérimental
Analyse des données
Restitution sous forme d’une soutenance
Modules à choix en PHYSIOLOGIE VEGETALE
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S6 Biotechnologies végétales : Multiplication végétative et culture in vitro des plantes (BPV-210E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en SVg (Sciences du Végétal)
La multiplication végétative est un mode de reproduction des végétaux qui permet le clonage des plantes. Dans ce cours sera illustré ce phénomène naturel et comment il peut être mis en place artificiellement en serre et en culture in vitro. Différentes méthodes de micropropagation in vitro des végétaux, ainsi que la culture de cellules végétales (en suspension) et fongiques (innocula) seront abordées.
Cours magistraux (11h)
Multiplications végétatives (/asexuées) naturelles et artificielles, notion de totipotence, clonage, effet des conditions naturelles.
Culture in vitro pour l’amélioration des plantes : notion de milieu synthétique, stérilisation/axénie, explants, dédifférenciation / redifférenciation.
Techniques de micropropagation. Cultures de cellules isolées. Techniques de productions d’inocula. Aspect législatif.
Travaux dirigés (6h)
Illustrations sous formes d’exercices et analyses de données de publications. Préparation des TP et analyse et mise en forme des résultats obtenus.
Travaux pratiques (8h)
Multiplications végétatives (en serres). Préparation de milieux de culture, stérilisation et culture in vitro de différents explants, préparation et fusion de protoplastes et régénération.
S6 Biotechnologies végétales : Aspects moléculaires (BPV-211E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
Dans cet enseignement, les principales techniques et les outils d’insertion de gènes ou séquences candidates dans les cellules végétales seront présentées. Ces techniques de transgenèse qui permettent l’expression transitoire ou stable d’un transgène et la création de mutants, seront déclinées pour connaitre la fonction d’un gène/d’une protéine, pour déterminer la localisation de protéines codées, pour améliorer les caractéristiques variétales ou la production végétale de métabolites secondaires/bioressources.
Cours magistraux (10h)
Manipulation génétique des plantes : techniques directes (microinjection, techniques physiques et chimiques…) et indirectes (Agrobactéries, VIGS) d’intégration d’ADN- Mutation génétique par marche chromosomique - Mutagenèse aléatoire - Métabolites secondaires végétaux (classes, rôles, amélioration de leur production…), amélioration de bioressources
Travaux dirigés (7h)
Illustrations du cours sous formes d’exercices et analyses de données de publications.
Analyse et présentation orale de méthodes originales de publications par les étudiants. Préparation des TP et analyse et mise en forme des résultats obtenus.
Travaux pratiques (8h)
Expression transitoire (techniques agroinfiltration, VIGS …..)
Transformation génétique stable (via agrobactéries sur disques foliaires et/ou sur cellules en suspension cellulaires).
S6 Innovation en Agroécologie et Biologie Végétale (BPV-208E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en SVg (Sciences du Végétal)
Cette UE repose sur une part importante de travail en groupe et quelques séances collectives en présentiel.
Au cours de cette UE les étudiants vont développer une approche par problème conduisant à la conception intégrale d'un projet en science du végétal, de la détermination des objectifs à l'exploitation des données, en incluant les aspects pratiques du laboratoire tels que la croissance et l’entretien de matériel végétal.
Cours magistraux (2h)
- Présentation de l’organisation de l'UE et des objectifs à remplir par les étudiants.
Travaux dirigés (8h)
- 3 séances collectives en présentiel afin de guider les étudiants et de sélectionner les projets qui passeront à la phase expérimentations :
Définition des contours d'une problématique et identification d'un objectif en justifiant sa pertinence
Élaboration d'un protocole expérimental et/ou d'échantillonnage et justification des choix
Préparation des aspects logistiques (lieu, matériel technique, matériel biologique…) et règlementaires (règles d'hygiène et sécurité, autorisations éventuelles)
Présentation et défense du projet
- une séance finale de restitution des résultats
Travaux pratiques (15h) : Travail en autonomie des étudiants
S6 Physiopathologie Végétale (BPV-209E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en SVg (Sciences du Végétal), SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
Les plantes sont confrontées à de nombreux bioagresseurs (champignons, bactéries, oomycètes …) et ont développé de nombreux mécanismes de défense pour y faire face. Cette UE a pour objectif de présenter ces mécanismes à travers l’étude expérimentale de différentes interactions plante/pathogène.
Cours magistraux (6h)
- Initiation à la phytopathologie : interaction compatible/incompatible, mécanismes de défense chez les plantes (renforcements pariétaux, réaction hypersensible, composés antimicrobiens …)
- Présentation des différents bioagresseurs (champignons, oomycètes, bactéries, virus …)
Travaux dirigés (3h)
Préparation des TPs et présentation des résultats
Travaux pratiques (16h)
Infection d’Arabidopsidis thaliana par différents pathogènes et suivie des infections à l’aide de différentes méthodes de biologie moléculaire, de biochimie et de microbiologie.
Modules à choix en BIOLOGIE VEGETALE
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S6 VFP2 Biologie Végétale : Vie fixée chez les plantes 2 (VFP-202E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en :
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
La plante étant fixée, comment parvient-elle à échapper à ses prédateurs, à assurer sa reproduction ou à se disperser ? Certaines plantes (les arbres) ont une longue vie après leur mort, liée à leur dégradation. Le but de cette UE est d’aborder les multiples facettes des interactions que les plantes, vivantes ou mortes, entretiennent avec les organismes vivants épigés et hypogés pour assurer leur survie, leur croissance, leur reproduction et, in fine, leur dégradation.
Cours magistraux (12h)
Introduction aux interactions mutualistes et antagonistes. Stratégies de pollinisation et formes florales. Les stratégies de dispersion des graines. Les stratégies de lutte contre l’herbivorie et les pathogènes (défenses des plantes, mimétisme). Le rôle de la nécromasse (bois mort) dans la dynamique de la biodiversité des forêts naturelles. Les conséquences des changements anthropiques sur la pollinisation, la dispersion des graines et l’herbivorie.
Travaux pratiques (12h) sur le terrain
TP 1: Interactions plantes-pollinisateurs (observations in natura)
TP 2: Herbivorie (ex : Pyrale du buis)
TP 3 et 4 : Forêts naturelles/gérées, bois mort, décomposition et recyclage de la matière organique morte (sortie dans la réserve biologique intégrale de Cîteaux
Modules à choix en MICROBIOLOGIE
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S6 Microbiologie 5 : Microbiologie des aliments (MIC-205E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
Programme :
CM :
Microbiologie alimentaire (la croissance des microorganismes dans les aliments et la détérioration des aliments, les biofilms et le contrôle de la détérioration des aliments).
Sécurité microbiologique en agroalimentaire.
Microbiologie des aliments fermentés, cas des produits laitiers : métabolisme des bactéries lactiques (nutrition azotée et carbonée, production d’EPS), facteurs influençant la croissance des bactéries lactiques dans le lait, conduite de fermentation laitière.
TP (13h) : Fermentation en matrice laitière / Analyse d’aliments.
S6 Microbiologie 6 : Microbiologie et maladies infectieuses émergentes (MIC-206E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
Programme :
Cours Magistraux :
Historique des maladies infectieuses émergentes
Définition, causes d’émergences ou de réémergences d’anciennes maladies (rôle du changement climatique et des activités humaines) et lutte contre les maladies émergentes
Maladies virales (SIDA, COVID, grippes)
Maladies bactériennes (légionellose, maladies de Lyme, E. coli producteurs de shiga-toxines, choléra)
Maladies parasitaires et fongiques (leishmaniose, paludisme, candidose)
Surveillance épidémiologique et ses limites
Vaccination
TD (9h) : Exemples de maladies infectieuses et préparation d’exposés
Modules à choix en NEUROSCIENCES
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S6 Neurosciences-4 (NEU-204E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
Ce module propose d’étudier les bases neurobiologiques du comportement depuis les niveaux moléculaires et cellulaires jusqu'aux niveaux intégrés et cognitifs. Cet enseignement assure une formation interdisciplinaire (appel aux savoirs de biologie cellulaire, moléculaire, biochimie, physiologie) qui permet d'appréhender les conséquences du fonctionnement cérébral en intégrant les différents niveaux d'organisation.
Cours magistraux (10h)
Mécanismes de l’apprentissage et de la mémoire.
Processus émotionnels (système limbique et autres circuits, peur et amygdale, etc…).
Adaptation du comportement : principaux mécanismes de la plasticité cérébrale (neurogénèse, réorganisation synaptique, plasticité gliale, etc…).
Les bases neurochimiques du comportement (homéostasie et comportements motivés), systèmes modulateurs diffus.
Travaux dirigés (9h)
Applications en TD : Interpréter des données de neurosciences issues de publications scientifiques en mobilisant ses connaissances, en développant une argumentation dans un contexte de résolution de problématique. Construire et formuler des hypothèses.
Travaux pratiques (6h)
Applications en TP : Réaliser un protocole étudiant le comportement et collecter les données issues d'un suivi et d'une expérimentation pour répondre à une problématique. Restituer son travail suivant les règles de structuration scientifique.
Module sà choix en PRE-PROF et COMMUNICATION
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S6 Communication Scientifique-Muséographie (CSM-201)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
Les contenus seront apportés par les professionnels de la Mission Culture Scientifique de l’université.
Cours Magistraux (10h)
Histoire des musées
Les collections universitaire
Les différentes formes de communication scientifique
Les enjeux de la vulgarisation scientifique
L’histoire de la vulgarisation
Travaux dirigés (15h)
Les collections en pratique
L’éthique dans les collections touchant à l’humain
L’écriture pour la presse
L’écriture web
L’écriture pour l’expo
Projets tutoyés par groupe
S6 PREPRO MEF2-2 Préprofessionnalisation aux métiers de l'éducation et de la formation-stage (PP2-202E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Le parcours de préprofessionnalisation aux Métiers de l’Éducation et de la Formation (Prépro MEF) s’adresse aux étudiants de licence qui envisagent une carrière dans l'enseignement, l'édiuction ou la formation. Il permet la découverte du monde éducatif par des stages et offre des enseignements de base relatifs aux métiers de l'éducation
Formation organisée par l'INSPE
Travaux Dirigés : Préparation et exploitation du stage : 8h
Organisés autour d'un stage d'(observation en établissement d'une durée de 3 semaines (École, Lycée ou Collège)
S6 PREPRO MEF2-3 Préprofessionnalisation aux métiers de l'éducation et de la formation (PP2-203E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
Préparation des filières des concours des métiers de l’enseignement et de l’éducation (en SVT)
Semestre : S5
Contenu (CM: 10: TD :15h; TP : 0h)
CM : modalités et finalités des concours des Métiers de l’Enseignement, de l’Education et de la Formation du 1er degré (CRPE) et second degré (CAPES de SVT)
CM : compréhension et maîtrisedu cadre de référence de l’enseignement des savoirs et savoirs-faires exigibles aux différents concours des métiers de l’enseignement (textes officiels, programmes, ressources officielles)
CM : compréhension des compétences professionnelles (disciplinaires, didactiques, pédagogiques), liées au contexte d’exercice du métier du métier de Professeur-e de Sciences de la Vie et de la Terre ou d’Enseignant-e dans le premier degré
CM : Appréhension de la culture professionnelle commune à tous les enseignant-e-s : expertise, culture scientifique, culture citoyenne,inclusion, prise en compte de l’hétérogénéité des élèves, bienveillance, appréhension du réel par l’observation,transmission des savoirs par la pratique de l’observation, mise en pratique réflexive de la démarche hypothético-déductive
S5 Pédagogie-Didactique des Sciences (PDS-201E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Modules à choix en IMMUNOLOGIE
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S6 Immunité et santé (IMM-204E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
L’objectif du module est d’approfondir (avec les étudiants) les aspects moléculaires et cellulaires concernant la mise en place d’un système immunitaire mature, d’introduire les notions de régulation des réponses immunitaires dans leur environnement spécifique, de tolérance, ainsi que les conséquences en termes d’immuno-pathologies et d’immuno-interventions associées.
Programme :
L’immunité des muqueuses
La tolérance centrale et périphérique
L’inflammation
Les maladies auto immunes
L’allergie
L’immunité antitumorale
Réalisation d’exercices à partir de données scientifiques présentant différentes approches expérimentales et modèles d’études
Analyse guidée d’un article scientifique sur les thèmes du programme : travail en petits groupes, présentation orale devant le groupe TD suivie d’une discussion critique
S6 Mesurer la réponse immunitaire (IMM-205E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
Programme :
Concepts (CM) et Applications (TD-TP)
Approfondissement et présentation des différentes immunotechnologies permettant de mesurer la réponse immunitaire et d’étudier les cellules de l’immunité innée et adaptative
Mini stage pratique pour suivre, observer et mesurer l’activation lymphocytaire B et T
Pratique de la culture cellulaire
Prélèvement stérile d’organes lymphoïdes
Réalisation de suspensions cellulaires et stimulation de lymphocytes isolés de la rate
Suivi de leur activation, transformation lymphoblastique (microscopie) et prolifération cellulaire (test MTS colorimétrique)
Mesure de sécrétion d’Immunoglobulines (Ig) et d’interleukine 2 (IL-2) par test ELISA
Dénombrement des cellules productrices d’Ig et d’IL-2 par ELISPOT
S1 Réussite étudiante 1 (RE-101)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
0,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Les modules Réussite Etudiante (un par semestre) visent à accompagner l’étudiant.e dans ses choix d’enseignements en lien avec son projet universitaire et/ou professionnel. Ces modules fournissent également des outils pour améliorer la réussite des étudiant.e.s et leur insertion professionnelle.
S1 Anglais 1 (ANG-101)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
1,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Travaux dirigés (12h)
Acquisition d’un lexique de base (listes de vocabulaire et documents de cours) nécessaire pour comprendre et s'exprimer sur des sujets scientifiques. Révision de points de grammaire essentiels : (1) La forme interrogative, (2) Les temps présent, (3) Les temps du passé, (4) Les comparatifs, (5) La négation. Entraînements réguliers via des exercices écrits et oraux.
S1 Mathématiques appliquées (MAT-101)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
1,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Revoir et approfondir quelques outils mathématiques essentiels pour les Sciences de la Vie et de la Terre.
Programme :
Bases de trigonométrie : utilisation du cercle trigonométrique, choix des unités de mesure angulaire (radian, degrés), relations trigonométriques.
Rappels sur le calcul de périmètre, d'aire de surfaces simples et de volume de solides
Étude et représentation graphique des fonctions : fonctions puissance (entières et non entières), les fonctions trigonométriques (cosinus, sinus et tangente : reconnaître la phase et la période ou la fréquence), les logarithmes (népérien et en base 10), la fonction exponentielle.
Égalités et inégalités (avec puissances et logarithmes): extraction d'une variable dans une formule, mise en équation de problèmes issus de la biologie ou géologie, méthodes de résolution simple, lecture graphique des solutions d'une équation.
Dérivées : définitions et propriétés (formule de Leibniz, dérivation des fonctions composées), dérivation des fonctions classiques.
Primitives et intégrales : introduction par les aires, calcul par différence d'intégrales pour des fonctions de signe non constant, intégration par parties, application d'un changement de variables donné.
Équations différentielles du premier ordre : méthode de recherche d'une solution particulière, description de l'ensemble des solutions, détermination et stabilité des points d'équilibres. Application aux modèles de Malthus, Verhulst,...
Notions de géométrie : coordonnées, produit scalaire, orthogonalité, équations de droites, de cercles et de plans ; repérages : (plan, espace, droites) ; projection d'un vecteur sur 2 ou 3 axes
S1 Pratique de laboratoire et de terrain (PLT-101)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
1,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
L’objectif du module est d’enseigner les outils, techniques, méthodes et bonnes pratiques de laboratoire et de terrain qui seront utiles aux étudiants dans la poursuite de leurs études au niveau des enseignements disciplinaires.
Programme :
Cours magistral (1h)
Ce cours permet d’indiquer aux étudiants arrivant sur le campus et /ou Dijon les différents lieux de déroulement des séances de travaux pratiques et de la sortie Terrain. Les modes d’évaluation en contrôle continu (uniquement) dans les différentes séances de TP ou Sortie sont présentés à savoir : en début, pendant ou bien à l’issue de la séance, en individuel ou bien en collectif (binôme/trinôme). Les supports d’enseignement sont délivrés sous forme de documents polycopiés lors du cours magistral
Sortie Terrain (4h)
Plans d’échantillonnage et relevés de terrain. Objectifs : Comprendre les atouts et limites des études de terrain face au laboratoire, maitriser certains outils et pratiques inhérentes aux études de terrain (entre autres, plans d’échantillonnage, méthodes d’observation et de récolte des données, géolocalisation, clés de détermination, mesures de l’environnement physique et biologique).
Travaux Pratiques (12h)
TP Variabilité : Prise en compte de la variabilité des mesures et des observations (en association avec le module d'analyse de données) 4 heures. Prise de mesures sur objets biologiques, description de la variation des mesures obtenues, identification des sources de variation biologique (génétique, environnementale) et méthodologique (erreur de mesure, fluctuations d'échantillonnage…).
TPMicroscopie : Initiation à la Microscopie Optique en Sciences de la Vie et de l’Environnement. L'association entre la physique, la biologie et la géologie va vous permettre d'aborder l'utilisation de différents instruments d'optique utilisés en biologie et en pétrologie pour explorer les objets biologiques et géologiques (loupe binoculaire, microscope optique en lumière blanche ou polarisée). En 4 heures de TP de laboratoire vous confectionnerez des préparations et effectuerez des colorations pour réaliser des observations vitales ou post-mortem. Vous étalonnerez les instruments d'optique. Les notions d'échelle, de dessins d'observation et de compte-rendu seront abordées.
TPMesures physiques et biologiques : Techniques et méthodes de mesures (4 heures). Application au dosage du permanganate de Potassium dans la solution de Dakin puis observation de l’action anti-bactérienne de la solution de Dakin sur une culture bactérienne. Utilisation des pipettes, préparation de pesées/dilutions/colorimétrie : dosage volumétrique, échelle de teinte, dosage spectrophotométrique.
S1 MOVI Molécules du vivant (BBM-101)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
L’UE Molécules du Vivant aborde,
- en CM :
Partie Chimie :
Atomistique : répartition des électrons sur les couches électroniques et formation de liaisons
Réactions acido-basiques : définitions, apprendre à calculer le pH d’une solution aqueuse et dosages
Réactions d’oxydo-réduction : définitions, réaction et potentiels d’oxydoréduction, dosages
Réactions de précipitation : définitions, solubilité, dosages
Fonction chimique : nomenclature en chimie organique, reconnaissance des fonctions chimiques
Partie Biochimie :
- Introduction aux bases moléculaires du monde vivant et objectifs de la biochimie et biologie moléculaire.
- Structure et propriétés des glucides, lipides, protéines, acides nucléiques (des constituants de base aux macromolécules)
- Introduction aux structures et propriétés des acides aminés et des protéines
- Introduction à la structure et au fonctionnement des acides nucléiques.
- Introduction au métabolisme et des synthèses de biomolécules
- en TD :
Partie Chimie :
Exercices d'application des notions vues en cours.
Partie Biochimie :
- Les glucides (formules linéaires et cyclisation)
- Les lipides (structure des acides gras, des triglycérides et des phospholipides)
- Les acides aminés (structure, équilibres de dissociation, calcul de pHi) -- Structure primaire des protéines (techniques de séquençage)
- Structures primaire et secondaire des acides nucléiques
- Réplication, transcription et traduction
Biochimie Biologie Moléculaire (BBM-101)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce Module est obligatoire faisant partie du socle de la formation au premier semestre, en particulier sur les molécules qui constituent les êtres vivants et leur propriétés chimiques.
L’UE Molécules du Vivant aborde,
- en CM :
Partie Chimie :
Atomistique : répartition des électrons sur les couches électroniques et formation de liaisons
Réactions acido-basiques : définitions, apprendre à calculer le pH d’une solution aqueuse et dosages
Réactions d’oxydo-réduction : définitions, réaction et potentiels d’oxydoréduction, dosages
Réactions de précipitation : définitions, solubilité, dosages
Fonction chimique : nomenclature en chimie organique, reconnaissance des fonctions chimiques
Partie Biochimie :
- Introduction aux bases moléculaires du monde vivant et objectifs de la biochimie et biologie moléculaire.
- Structure et propriétés des glucides, lipides, protéines, acides nucléiques (des constituants de base aux macromolécules)
- Introduction aux structures et propriétés des acides aminés et des protéines
- Introduction à la structure et au fonctionnement des acides nucléiques.
- Introduction au métabolisme et des synthèses de biomolécules
- en TD :
Partie Chimie :
Exercices d'application des notions vues en cours.
Partie Biochimie :
- Les glucides (formules linéaires et cyclisation)
- Les lipides (structure des acides gras, des triglycérides et des phospholipides)
- Les acides aminés (structure, équilibres de dissociation, calcul de pHi) -- Structure primaire des protéines (techniques de séquençage)
- Structures primaire et secondaire des acides nucléiques
- Réplication, transcription et traduction
S1 Cellule et virus (BC-101)-BC 1
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
La biologie cellulaire est une discipline très variée qui comprend la biologie cellulaire fondamentale (les constituants de la cellule et son fonctionnement), la biologie du développement, l'évolution moléculaire, la génétique, l'immunologie, la microbiologie, la virologie, la biologie cellulaire végétale. Elle constitue la base permettant la compréhension du fonctionnement du vivant et des pathologies. Ce module abordera ces différentes disciplines pour donner aux étudiants les connaissances, concepts et outils servant de socle à la poursuite des études en biologie.
Programme
Cours magistraux (30h)
Biologie cellulaire :
- Diversité des cellules eucaryotes
- Biologie du développement
- Génétique et enjeux sociétaux
Microbiologie :
- Bactériologie
- Virus
Immunologie
Travaux dirigés (10h)
Biologie Cellulaire :
- Techniques de biologie cellulaire
- Fluidité membranaire
Microbiologie :
- Croissance cellulaire en bactériologie
- Les virus
Immunologie :
- Réponses immunitaires
S1 Les Grandes Fonction des Etres Vivants (BPE-101)-GFEV
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Physiologie animale (BPE-101)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
1,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
La biologie / physiologie végétale consiste à étudier les spécificités de la cellule végétale et les fonctions associées aux principaux tissus et organes des plantes selon une approche intégrative (du gène à l’organisme). La maitrise des concepts fondamentaux conduisant au développement de la plante permet de mieux comprendre l’importance des plantes pour les êtres vivants et les pistes d’amélioration de leur fonctionnement en lien avec les contraintes imposées par leur environnement biotique et abiotique.
Cours magistraux :
Introduction (1h30) : Pourquoi étudier les plantes ? Quels services les plantes rendent-elles à l’Homme et à la nature ? Comment les scientifiques peuvent améliorer le fonctionnement des plantes ? Ch. 1 : Particularités de la cellule végétale (1h30) : Spécificités de la cellule végétale. La paroi, les plasmodesmes, la vacuole, les plastes et leurs rôles. Ch. 2 : Anatomie et Histologie des plantes : organes et tissus végétaux (1h30). Ports végétaux et notion de phytomères. Les différents organes de la phase végétative. Les différents tissus et les principales fonctions assurées. Ch. 3 : Reproduction sexuée (floraison et fécondation) et asexuée (1h30). Induction, initiation et organogénèse florale. Gamétophytes mâles et femelles, pollinisation et fécondation. Formation de graines et de fruits. Dissémination des semences. Notions de reproduction asexuée. Ch. 4 : Germination de la graine et croissance de la plante (1h30) Germination de la graine. Croissance primaire et secondaire et développement de la plante. Notions de dominance apicale et de phytohormones. Ch. 5 : Nutrition minérale et échanges gazeux (1h30). Besoins nutritifs des plantes. Absorption d’eau et nutrition par transport radial et vertical. Échanges gazeux (stomates). Ch. 6 : Interactions Plantes & Environnement (1h30). Perception des facteurs environnementaux. Notions de symbiose, parasitisme, attraction et prédation dans les relations Plantes-Plantes, Plantes-Microbes, Plantes-Insectes, et Plantes-Animaux. Défenses constitutives et défenses induites des plantes contre les différents agresseurs. Ch. 7 : Importance socio-économique des plantes (1h30). Importance des plantes pour l’économie. Introduction sur les molécules bio-actives issus de plantes.
Travaux dirigés (3h)
TD 1. Notions de reconnaissance et bases de la phylotaxie en préparation des TP de l’UE Pratiques de Terrain « Initiation à la Botanique ». Notions de reconnaissance de différents organes végétaux (feuilles simples vs composées, feuilles caduques vs feuilles pérennes, fruits simples secs ou charnus vs fruits composés, différents types de graines).
TD 2. Utilisation de clés de détermination pour différencier gymnospermes vs angiospermes, monocotylédones vs eudycotylédones et identification d’une vingtaine d’espèces végétales au retour de la sortie terrain. Identifier des espèces sources de molécules bioactives et des plantes « bioindicateurs ».
Travaux pratiques :
Un TP de l’UE Pratiques de Terrain « Initiation à la Botanique » sera associé à cette UE. Notions de reconnaissance de différents organes végétaux (feuilles simples vs composées, feuilles caduques vs feuilles pérennes, fruits simples secs ou charnus vs fruits composés, différents types de graines).
Biologie animale (BPE-101)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
2 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Structures et Fonctions des Vertébrés (SFV)
Cours:
Les différentes stratégies de la gestion de la température interne chez les Vertébrés
La gestion du contenu en eau chez les Vertébrés
Perception et coordination chez les Vertébrés
TD : A partir de documents tirés d’études-clefs illustrant les thèmes abordés en cours : analyser ces documents, les confronter aux connaissances acquises, en déduire une interprétation.
Physiologie Végétale (BPE-101)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
1,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
La biologie / physiologie végétale consiste à étudier les spécificités de la cellule végétale et les fonctions associées aux principaux tissus et organes des plantes selon une approche intégrative (du gène à l’organisme). La maitrise des concepts fondamentaux conduisant au développement de la plante permet de mieux comprendre l’importance des plantes pour les êtres vivants et les pistes d’amélioration de leur fonctionnement en lien avec les contraintes imposées par leur environnement biotique et abiotique.
Cours magistraux :
Introduction (1h30) : Pourquoi étudier les plantes ? Quels services les plantes rendent-elles à l’Homme et à la nature ? Comment les scientifiques peuvent améliorer le fonctionnement des plantes ? Ch. 1 : Particularités de la cellule végétale (1h30) : Spécificités de la cellule végétale. La paroi, les plasmodesmes, la vacuole, les plastes et leurs rôles. Ch. 2 : Anatomie et Histologie des plantes : organes et tissus végétaux (1h30). Ports végétaux et notion de phytomères. Les différents organes de la phase végétative. Les différents tissus et les principales fonctions assurées. Ch. 3 : Reproduction sexuée (floraison et fécondation) et asexuée (1h30). Induction, initiation et organogénèse florale. Gamétophytes mâles et femelles, pollinisation et fécondation. Formation de graines et de fruits. Dissémination des semences. Notions de reproduction asexuée. Ch. 4 : Germination de la graine et croissance de la plante (1h30) Germination de la graine. Croissance primaire et secondaire et développement de la plante. Notions de dominance apicale et de phytohormones. Ch. 5 : Nutrition minérale et échanges gazeux (1h30). Besoins nutritifs des plantes. Absorption d’eau et nutrition par transport radial et vertical. Échanges gazeux (stomates). Ch. 6 : Interactions Plantes & Environnement (1h30). Perception des facteurs environnementaux. Notions de symbiose, parasitisme, attraction et prédation dans les relations Plantes-Plantes, Plantes-Microbes, Plantes-Insectes, et Plantes-Animaux. Défenses constitutives et défenses induites des plantes contre les différents agresseurs. Ch. 7 : Importance socio-économique des plantes (1h30). Importance des plantes pour l’économie. Introduction sur les molécules bio-actives issus de plantes.
Travaux dirigés (3h)
TD 1. Notions de reconnaissance et bases de la phylotaxie en préparation des TP de l’UE Pratiques de Terrain « Initiation à la Botanique ». Notions de reconnaissance de différents organes végétaux (feuilles simples vs composées, feuilles caduques vs feuilles pérennes, fruits simples secs ou charnus vs fruits composés, différents types de graines).
TD 2. Utilisation de clés de détermination pour différencier gymnospermes vs angiospermes, monocotylédones vs eudycotylédones et identification d’une vingtaine d’espèces végétales au retour de la sortie terrain. Identifier des espèces sources de molécules bioactives et des plantes « bioindicateurs ».
Travaux pratiques :
Un TP de l’UE Pratiques de Terrain « Initiation à la Botanique » sera associé à cette UE. Notions de reconnaissance de différents organes végétaux (feuilles simples vs composées, feuilles caduques vs feuilles pérennes, fruits simples secs ou charnus vs fruits composés, différents types de graines).
S1 Ecologie et biodiversité (BEE-101)-ECO BIODIV
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
L’écologie se définit comme l’étude des interactions qui existent entre les organismes et leur environnement physique et biologique. La réponse de l’individu aux conditions de son environnement constitue l’information de base de cette discipline. A cette information fondamentale, une présentation de la diversité biologique, des grandes périodes historiques de crise et de l’action plus récente de l’homme permet d’analyser les enjeux sociétaux
Cours magistraux (30h)
Introduction au module (1h)
L’histoire naturelle forme les bases de l’écologie
Les niveaux d’organisation du vivant (1h)
Notion d’organisme, Individu, population, espèces, communauté, écosystèmes
Les organismes dans leur environnement (6h)
Les réponses aux variations de l’environnement
Les facteurs écologiques abiotiques et biotiques
Distribution des organismes.
Variations spatio-temporelles de l’environnement
Gamme de tolérance
Les écotypes reflet des adaptations aux conditions locales
Notions de variétés et de races
Concept de biomes
Introduction à l’écologie des populations et des communautés (6h)
Structure, accroissement et régulation des populations
Interactions entre organismes, compétition, prédation, mutualisme
Système population-environnement
Structure et développement des communautés
Ecologie microbienne : rôle des microorganismes dans l’environnement (2h)
Diversité des microorganismes, association hôte-microorganismes, formation des sols, rôle dans les océans et milieux aquatiques
Anthropocène : rôle des activités humaines (4h)
Niveaux de biodiversité, valeurs de la biodiversité, introduction à la biologie de la conservation
Les grandes crises de la biodiversité (2h)
Paléodiversité, Crises d’extinction massive, réorganisation de la biodiversité
Classification et diversité du règne animal (4h)
Classification phylogénétique du règne animal et plans d’organisation des animaux au cours de l’évolution
Classification et diversité du règne végétal (4h)
Classification phylogénétique du règne végétal
Evolution des végétaux
Travaux dirigés (10h)
TD en classe visant à mobiliser les concepts fondamentaux de l’écologie. Mise en situation. Lecture et travaux sur articles. Jeu de rôle.
TD1 et 2 : Les réponses aux variations de l’environnement
TD3 : Ecologie des populations
TD4 : Anthropocène : rôle des activités humaines
TD5 : Les grandes crises de la biodiversité
ECO-BIODIV : Ecologie
Niveau d'étude
BAC +1
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
ECO-BIODIV Paléontologie
Niveau d'étude
BAC +1
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
ECO-BIODIV : Biologie de organismes
Niveau d'étude
BAC +1
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S1 Planète, Terre, Environnement et Ressources : Géosciences (TE-101)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
5 crédits
UE Sciences Humaines et Sociales
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Psychologie
ECTS
1,7 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement , UFR Sciences de Santé
Philosophie
ECTS
0,8 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Droit
ECTS
1,2 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Relation soignant-soigné
ECTS
1,3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S2 Réussite étudiant 2 (RE-201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
0,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Les modules Réussite Etudiante (un par semestre) visent à accompagner l’étudiant.e dans ses choix d’enseignements en lien avec son projet universitaire et/ou professionnel. Ces modules fournissent également des outils pour améliorer la réussite des étudiant.e.s et leur insertion professionnelle.
S2 Anglais 2 (ANG-201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
1 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Travaux dirigés (12h)
Poursuite de l'acquisition de lexique de base nécessaire à la rédaction d’un résumé ou la rédaction d'un document traitant d'un sujet scientifique. Révision de points de grammaire essentiels : (6) Le passif, (7) Les modaux, (8) Les articles, (9) L'hypothèse avec IF, (10) Associer deux noms. Entraînements réguliers via des exercices écrits et oraux.
S2 Biostatistiques1 (STAT-201)-STAT1
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
1,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
La biostatistique consiste à collecter, analyser et interpréter des données dans le cadre d’une démarche scientifique, qu'il s'agisse du domaine de la biologie ou plus largement des sciences de la nature et de la vie (santé, environnement…). Elle est au cœur de toutes les sciences, car la science a besoin de rassembler des preuves et de les évaluer pour porter un jugement objectif.
Dans le domaine des sciences de la nature et de la vie, on analyse des échantillons afin de faire des inférences sur la population. Nous verrons ainsi dans cette UE quels peuvent être les outils simples pour résumer des données les analyser et les interpréter. Nous verrons notamment comment le calcul de probabilités simples ou conditionnelles permet d'émettre un jugement, comment il est possible d'estimer certaines caractéristiques d'une population en ayant accès à une fraction (échantillon) seulement de cette dernière, et comment apporter une réponse objective à une question simple grâce à l'utilisation de tests d'hypothèses.
Toutes les notions du programme seront vues en classe inversée (capsules vidéo mises en ligne sur PLUBEL).
Intérêt des statistiques en SVTE
Statistiques descriptives (notions de population/échantillon, nature des variables, représentations graphiques, calcul de fréquences, indicateurs de position e de dispersion)
Probabilités (théorie des ensembles, dénombrement, probabilités simples et conditionnelles, évènements indépendants/non indépendants)
Variable aléatoire, fonction de densité, fonction de répartition
Grandes lois de distribution (loi binomiale, lois normale et normale centrée réduite)
Estimation et intervalle de confiance (cas de la moyenne et d'une proportion)
Statistiques inférentielles (principe des tests d'hypothèses, comparaison d'une moyenne observée à une valeur théorique, test du Khi2)
Travaux dirigés et travaux pratiques
TD : exercices d'application (sur table) à des cas d'étude en SVTE
S2 SPENZY Structure des protéines et enzymologie : Biochimie Biologie Moléculaire (BBM-202)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Le module de structure des Protéines et Enzymologie aborde les différents niveaux de structuration des protéines. Les principales techniques d’analyses des protéines sont également décrites. L’enzymologie de type Michaelien est expliquée, avec la description des activités enzymatiques, de la cinétique et sa régulation par des inhibiteurs compétitifs, non compétitifs ou incompétitifs notamment. Quelques notions de régulation allostérique sont également traitées. Des TD et TP viennent en soutien et en complément des cours.
Cours magistraux (9h)
-Chapitre 1 : Structures des protéines (4,5h)
Les différents niveaux de structuration des protéines (primaire, secondaire, tertiaire et quaternaire), exemples de maladies dues à la conformation inappropriée de protéines, dénaturation des protéines, Isolement et méthodes de séparation et de purification des protéines
-Chapitre 2 : Enzymologie (4,5h)
Définitions et propriétés, catalyse enzymatique, cinétique d’une réaction enzymatique, mécanismes de régulation de l’activité enzymatique, contrôle de l’activité enzymatique par régulation allostérique
Travaux dirigés (10h)
Exercices portant sur la structure des protéines et les méthodes d’analyse en lien avec cette structure (purification des protéines, électrophorèse (PAGE-SDS) chromatographie sur colonne…). (4h)
Exercices d’enzymologie : enzymes michaeliennes : activité, unités, représentation graphiques classiques, inhibiteurs compétitifs et non-compétitifs. (6h)
Travaux pratiques (2h + 3h)
- Le 1er TP de 2h portera sur un dosage de protéine au Bradford.
- Le second TP de 3h permet la mesure de l’activité enzymatique de la phosphatase alcaline.
S2 BC 2 Biologie cellulaire 2 (BC-202)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
L’objectif du module est de faire découvrir aux étudiants les grandes étapes de la vie cellulaire, de la cellule souche à la mort cellulaire, en passant par les différents modes de division cellulaire. Le module abordera des exemples dans le règne animal et végétal afin de préparer les étudiants aux différents modules et parcours de la L2. Les travaux pratiques seront l’occasion pour les étudiants de réaliser des observations et des manipulations sur différents types de cellules.
Cours magistraux (13h)
Cellules souches 2h
Cycle cellulaire et méiose 3h
Spermatogenèse et ovogenèse : 2h
Travaux dirigés (6h)
Cycle cellulaire et méiose.
Différenciation cellulaire et mort cellulaire
Intégration des fonctions cellulaires
Différenciation cellulaire animale : 2h CM
Mort cellulaire : 2h CM
Différenciation et morts cellulaires végétales : 2h CM
Travaux pratiques (6h)
- Cycle cellulaire (4h)
- Mort cellulaire et différenciation (2h)
S2 COMNEHO1 Communication nerveuse et hormonale-physiologie animale et humaine (PA-201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Pour coordonner le fonctionnement des organes et des millions de cellules qui les composent, l’organisme utilisent deux systèmes de régulation : le premier, le système nerveux dont l’activation conduit à des réponses adaptatives très rapides et le second, le système endocrine dont l’action est plus lente, reposant sur la libération d’hormones libérées par des glandes sécrétrices et véhiculés par le sang. L’UE Communication nerveuse et hormonale a pour objectifs de présenter aux étudiants les mécanismes de la communication nerveuse ainsi que les bases du fonctionnement du système nerveux autonome et du système endocrinien. Les connaissances acquises leur apporteront les prérequis indispensables à l’étude de la régulation des fonctions de l’organisme (système cardiovasculaire, respiration, digestion…). Dans une première partie, l’enseignement concernera l’excitabilité des neurones, le potentiel d’action, le fonctionnement des synapses, l’action des neurotransmetteurs sur les récepteurs et la propagation du signal. Une seconde partie sera consacrée à l’anatomie et à la fonction du système nerveux autonome. Le fonctionnement du SNA sera abordé en s’appuyant sur les concepts expliqués lors de la première partie du cours et sur des exemples classiques tels que la régulation de la fréquence cardiaque et de la motilité intestinale. A côté du système nerveux, l’organisme utilise également le système endocrinien pour communiquer en interne. Les bases de l’endocrinologie c'est-à-dire l’étude des hormones seront abordées au cours de cette enseignement, la synthèse des hormones, leur mode d’action, leurs interactions seront précisées. Certains aspects liés à un dysfonctionnement de ce système seront également abordés.
Cours magistraux :
I. Excitabilité des neurones (6h): Le potentiel de repos membranaire / Le potentiel d’action. Notions d’électrophysiologie (voltage clamp). La transmission synaptique : Les synapses électriques / Les synapses chimiques / organisation / fonctionnement. Les neurotransmetteurs : Définition / Classification / Cycle de vie des neurotransmetteurs / Libération. Les récepteurs des neurotransmetteurs : Formation PPSE et PPSI / Classification / Propriétés et structure des principaux récepteurs. - Les récepteurs ionotropes : Mode d’action / Le récepteur cholinergique nicotinique (nAchR). - Les récepteurs métabotropes : Modes d’action / Les récepteurs muscariniques / Les récepteurs aux catécholamines. II. Le système nerveux autonome (6h) Anatomie fonctionnelle du système nerveux autonome (SNA) : Systèmes parasympathique et orthosympathique /Origines des neurofibres / voies empruntées. Les effecteurs du SNA : *Les muscles lisses : Structure / Activité myogénique et réponse à l’étirement / Action du SNA / Exemples : péristaltisme intestinal et paroi des vaisseaux *Le muscle cardiaque : Structure / Innervation / Action du SNA *Les glandes surrénales : Structure et fonction III. système endocrinien (7h) Notion d’hormone, de glande, de cellule sécrétrice Les familles d’hormones Les récepteurs hormonaux Les seconds messagers / transcription La régulation hormonale Synthèse et libérationMaturation rétrocontrôles Un exemple : hormone de croissance / T3
Travaux dirigés : TD1 : Approches expérimentales pour l’étude de l’excitabilité des neurones. (Introduction aux TP proposés dans l’UE CONEHO2) Une évaluation courte sera programmée en fin de séance pour juger de la compréhension du TD. TD2 : A travers des exercices réalisés avec l’appui du cours et de documents fournis, les étudiants devront déterminer les réponses de l’organisme liées à l’activation du SNA et les mécanismes impliqués face à différents stimuli. Exemples traités : les effets du stress, d’une pression sur les carotides et de certains médicaments. Une évaluation courte sera programmée en fin de séance pour juger de la compréhension du TD. TD3 : Le système endocrinien fait aussi, de façon beaucoup plus globale, l’objet de débats, de communications au sein de la société. Certains de ces aspects seront abordés au cours de ces TD, comme par exemple, certaines pathologies liées aux hormones, la place des hormones dans le dopage, ou encore les perturbateurs endocriniens.
S2 ANFP1 Anatomie fonctionnelle des plantes-physiologie végétale (BPV-201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
La compréhension de la physiologie végétale passe nécessairement par une bonne connaissance de l’anatomie et de l’histologie des végétaux. Au travers d’observations et d’études concrètes, la découverte de ces approches et de ces concepts permet de mieux appréhender la relation structure fonction chez les végétaux.
Cours magistraux (10h)
Description des tissus, de leurs particularités et de leurs rôles.
Organisation des tissus les uns par rapport aux autres, selon les organes.
Premières notions de plasticités et d’adaptabilité des plantes via la représentativité et le fonctionnalisation de ces tissus...
Travaux dirigés (3h)
Exercices sur les différents points abordés en cours & Mise en place, analyse et restitution des résultats obtenus en TP.
Travaux pratiques (12)
TP1 – Réalisation de coupes dans la tige de renoncule, coupe fraiche et coloration au carmino vert, démonstrations pour autres tiges (monocot, dicot, etc…)
TP2 – Réalisation de coupes dans la racine de renoncule, coloration au carmino vert et autre colorant, démonstrations pour autres racines (monocot, dicot, etc…), réflexion autour des notions d’absorption (transport de l’eau dans la racine et dans la tige - mise en évidence de la circulation de l’eau dans la tige) et de contraintes environnementales (tissus protecteurs face à un milieu agressif, sol)
TP3 – Etude de coupes pour comparaison de feuilles, faire le lien avec S1 en utilisant les stomates par exemple
TP4 – Méristèmes secondaires, structures secondaires et croissance en épaisseur
TP5 – TP en serres, Etudes du lien entre la fonction de l’organe et son organisation, notions d’espèces (adaptations) etc…
S2 BE Biologie évolutive (BEE -201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
La biologie évolutive, ou biologie de l’évolution, est le domaine de la biologie qui vise à comprendre les scénarios et les mécanismes de l’adaptation des organismes à leur milieu et/ou des contraintes auxquels ils doivent faire face, et donc in fine l’évolution des espèces.
L’évolution est par excellence une approche nécessitant une vision synthétique des connaissances en biologie.
L’objectif de cette UE est donc de fournir, à tout.es les étudiant.es, qu’ils-elles poursuivent ou pas leur cursus dans le domaine de la biologie évolutive, un socle de connaissances leur permettant de lier les aspects théoriques de l’évolution (sélection naturelle, dérive, contrôle de la variabilité phénotypique, contraintes…) à différents travaux empiriques représentatifs de la biologie.
Pour ce faire, nous explorerons les origines de la variation dans les populations et donnerons ensuite un aperçu des principaux processus évolutifs responsables du tri de cette variation. Nous aborderons également le poids de l’environnement dans ces processus évolutifs. Les différentes échelles, populations, espèces et au-delà, seront envisagées et permettront de distinguer les processus micro-évolutifs des processus macro-évolutifs. Ces concepts seront illustrés par des mises en situations pratiques et des illustrations des processus évolutifs en action.
Cours magistraux
Notion de population et de leur place centrale en évolution
Origines de la variation dans les populations (mutations, migration / flux géniques, recombinaison)
Processus évolutifs impliqués dans l’adaptation : processus de tri de cette variation (sélection naturelle, sélection sexuelle, dérive génétique).
Notions de contraintes, variabilité des réponses et plasticité
Notion d’épigénétique
Niveaux de sélection
Introduction à la macro-évolution
Notion de spéciation : les principaux modèles, zones d’hybridation et conséquences sur la vision graduelle de l’évolution
Travaux dirigés
Place centrale de la population en évolution, hasard, dérive : TD “bean bag”
L’évolution peut s’observer sur des millions d’années (TD Equidae : caractères, extinction, diversification, adaptations, abordés à partir d’os et de dents, moulages à taille réelle sur 50 Ma). Objectifs : observer les grands changements de caractères, une lignée qui change en taille, évolution sur des temps long, lien avec les changements de l’environnement dont deux évènements climatiques transition forêts tropicales, forets tempérés, grandes prairies)
Notions émergeant de l’exercice : variabilité temporelle, registre fossile, adaptation, ponctualisme ou gradualisme
S2 DRV1 Biologie végétale : Diversité du Règne Végétal 1 (DRV-201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Cet enseignement présente la diversité des organismes végétaux et fongiques dans le monde vivant et leur rôle dans le fonctionnement des écosystèmes. La progression de cet enseignement suit l’avènement des grandes innovations évolutives et adaptatives qui ont opéré dans le monde vivant au cours du temps et intègre des notions fonctionnelles pour comprendre cette diversité.
Cours magistraux (12h)
Particularités et diversité des organismes fongiques.
Émergence des organismes végétaux. Origine des végétaux eucaryotes. Les algues et la colonisation du milieu terrestre. Diversification des plantes terrestres et les grandes acquisitions qui sont associées à la colonisation du milieu terrestre.
Travaux dirigés (1h)
CC – 15 min associées à chacune des séances de TP
Travaux pratiques (12h : 3h x 4 séances)
Les cycles de vie des principaux taxons végétaux (et fongiques) sont illustrés lors de travaux pratiques en salle : les différentes phases biologiques et la diversité morpho-fonctionnelle des différents groupes sont décrites à l’appui de spécimens frais provenant des Serres pédagogiques de l’Université de Bourgogne.
TP1: Thalles et différenciation sexuelle : Champignons, Algues ; Lichens
TP2: Cormus, spécialisation cellulaire et affranchissement du milieu aquatique : Bryophytes ; Ptéridophytes
TP3: L’ovule et les plantes à graines : Gymnospermes
TP4: Fleurs et fruits : le succès évolutif des Angiospermes
S2 DRA1 Diversité du Règne Animal 1-biologie animale (DRA-201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Cette discipline est une science du vivant qui étudie plus particulièrement le règne animal à travers leurs structures et leurs grandes fonctions (vie de relation (système nerveux), digestion, excrétion/osmoréguation, reproduction, respiration, locomotion, etc.), les caractéristiques de leur plan d’organisation. De ce fait, la biologie animale intègre non seulement de la zoologie, mais aussi de la physiologie animale, des neurosciences, voire de l’éthologie. Elle comprend également la classification phylogénétique des animaux qui repose sur la compréhension que nous avons actuellement de l’évolution des espèces.
Cette première partie présente les animaux dits « Chordés » qui englobent principalement les Vertébrés.
Cours magistraux
Origine des Vertébrés : les acquisitions évolutives des Vertébrés, issus des Chordés, et leurs conséquences morpho-fonctionnelles.
Les fonctions vitales principales et plans d’organisation, leurs mises en place. Fonctions : de relation (système nerveux central, digestion, excrétion et osmorégulation, respiration, circulation, téguments, squelette et locomotion).
Ces enseignements présentent quelques principales adaptations morpho-fonctionnelles des Vertébrés et leurs évolutions pour s’adapter au milieu de vie (adaptations eau salée/douce, sortie des eaux, adaptations du squelette pour la locomotion, etc…).
Les travaux dirigés-travaux pratiques sont couplés, illustrant et approfondissant les notions vues en cours :
Organisation des Chordés non Vertébrés vs. Vertébrés
Organisation générale : Amphioxus (Céphalochordé) vs. Alevin de truite (Vertébré).
Etude approfondie de l’organisation d’un Vertébré : exemple de la souris, avec focus sur l’appareil digestif.
Respiration et échanges tégumentaires : Comparaison du tégument de l’Alevin vs. la Grenouille vs. Homme : « sortie des eaux » et adaptation à la vie terrestre.
Squelette appendiculaire et locomotion: adaptation à la course, saut, nage, vol.
S2 Chimie et Biophysique (CHMP-201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
2 matières cosnstutuent ce modules
Chimie et Biophysique : Chimie organique, minérale, industrielle-CO1
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
1,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
L’objectif de cet enseignement est d’assurer aux étudiants les bases indispensables de la chimie organique, orientées vers les compétences avancées de la chimie du vivant, et permettant un dialogue chimie/biochimie/biologie.
Reconnaissances de fonctions chimiques et de molécules, nomenclature, représentation
Chiralité/stéréochimie : modèles de Cram, Newman, Fischer (sucres, acides aminés…) pour décrire la stéréochimie de molécules complexes telles que sucres et peptides.
Description de base des structures : schéma de Lewis, nature des liaisons (covalente, dative, hydrogène…), polarisation des liaisons.
Introduction à la réactivité : notions électrophile/nucléophile… vers la synthèse et la biosynthèse.
Chimie et Biophysique : physique
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
1,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce cours offre une introduction concise et ciblée aux principaux concepts de biophysique nécessaires pour comprendre les phénomènes optiques, électromagnétiques et acoustiques. Il vise à fournir aux étudiants de biologie une base solide pour appréhender les interactions de la lumière, des champs électriques et magnétiques, ainsi que des ondes sonores avec les molécules et les cellules dans leur domaine d'étude.
Cours magistraux ( 4,5 h)
Les concepts de base en
1. Optique physique : réfraction, diffraction et polarisation de la lumière.
2. Electromagnétisme : champ électrique, champ magnétique, courant électrique, induction électromagnétique et leur interaction avec les molécules et les cellules.
3. Acoustique : propagation des ondes sonores, absorption et réflexion.
Travaux dirigés (6h)
Applications à des situations biologiques
TD 1: Optique physique.
TD 2: Electromagnétisme
TD 3: Acoustique
S2 Sciences et société (SES-201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Initiation à la réflexion autour des questions d’éthique dans le domaine scientifique
L’évolution constante du rapport à la Science dans les sociétés contemporaines soulève de nombreux enjeux éthiques et suscite de nombreux débats. Au travers de cette formation les étudiant.e.s découvriront comment :
- Cerner la place de la Science et du rapport au savoir dans la société
- Analyser un discours de manière éclairée et critique (analyse d’article, initiation à la méthodologie analytique)
- Mener une réflexion construite dans le champ de l’éthique (initiation)
- Porter un regard analytique, critique et rationnel sur des sujets sensibles mêlant science et société
- Concevoir et mener des débats autour de plusieurs sujets (à titre d’exemples : la recherche sur les embryons humains, l’édition de génome, l’urgence écologique, la greffe du visage, la recherche expérimentale sur les animaux, …)
- Faire la distinction entre morale, éthique et déontologie
Les étudiant-e-s seront amenés à analyser des articles et à conduire des débats en classe selon des méthodologies variées.
L’objectif général en fin de module est d’aiguiser l’esprit critique et de mobiliser une première réflexion éthique dans le domaine scientifique
S2 Transition écologique et enjeux de notre siècle (TES-201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe aussi de la spécialité en SVT-ME (métier de l’enseignement)
La transition climatique est une transformation analogue, par son ampleur et ses enjeux, aux grandes révolutions technologiques et industrielles du passé. Elle interroge l'humanité dans toutes ses composantes, scientifiques, technologiques, sociales, éthiques, économiques et politiques, dans le contexte inédit d'une urgence à la fois planétaire et locale.
Le climatologue Jean Jouzel, pionnier du lien entre les émissions anthropiques CO2 et le réchauffement climatique, a proposé, dans un rapport remis à la Ministre de l'Enseignement Supérieur en 2022, que la transition écologique fasse partie intégrante de tous les cursus dans toutes les filières de niveau bac + 2.
L’urgence écologique se heurte parfois à une culture strictement académique. L’absence de formation approfondie aux enjeux écologiques contemporains et à l'urgence d'un changement de modèle apparaît comme un frein éventuel pour faire des Universités et de leurs étudiant-e-s des acteurs directs de la transition écologique.
Ce module transversal propose aux étudiant-e-s un enseignement spécifiquement dédié à la compréhension critique, dans toutes ses dimensions (et pas uniquement écologique au sens strict), de la transition climatique, à toutes les échelles du monde vivant et des sociétés dans un monde en multi-crises
Cours magistraux (5h)
Comprendre les transition énergétique, climatique et écologique de manière systémique : aspects fondamentaux.
- appréhender les équilibres et les limites de notre monde
- saisir les ordres de grandeur et les incertitudes par une analyse prospective
- outils de mesures et de simulations des scénarios climatiques
Travaux dirigés (20h)
Analyse d’articles et de textes de référence (notamment les rapports du GIEC) permettant, sous la forme d’exposés et de débats :
- de cartographier les acteurs de la transition et du développement durable dans les sociétés actuelles
- d'identifier le rôle de la Recherche dans les transitions actuelles et à venir
- de cerner le rôle des institutions et acteurs principaux, tels que le GIEC, dans les transitions actuelles et futures
- d'identifier les leviers d'action individuels et collectifs dans la transition énergétique
- d'identifier les métiers (souvent méconnus) de la transition écologique permettant de devenir acteur/actrice de la transition
- de décrypter les impacts à différentes échelles de différents modes de gouvernance de la transition écologique
- d'exercer l'esprit critique et la capacité d'analyse rationnelle dans les débats sensibles relatifs à la transition écologique
- de comprendre les méthodes pour construire des diagnostics et des solutions,
- d’agir en responsabilité
S2 BioRes Le Vivant : ressource d'avenir-physiologie végétale (VRA-201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe aussi de la spécialité en SVT-ME (métier de l’enseignement)
L’objectif de cet UE est d’exposer toutes les contributions des plantes, en tant que bioressources d’avenir, afin de résoudre les problématiques de nos sociétés modernes : transition agroécologique, bioénergies, biomolécules (pharmacopée), dépollution de l’air, de l’eau et des sols. Les notions abordées dans ce module permettront aux étudiants d’identifier les secteurs d’activité professionnels dans lesquels les ressources végétales constituent des leviers d’innovation pour un développement durable
Cours magistraux (12h)
Agriculture (nourriture, énergie, amélioration génétique, sélection artificielle, associations microbiennes, paillage/couverture du sol)
Biocarburant (bioéthanol, biodiesel, biogas, pellet, bois de chauffage, biomasse...)
Biomolécules (métabolites secondaires, hormones, cosmétique, pharmaceutique, usage traditionnels, pharmacopée, alimentaire, lutte bio, allélopathie...)
Bioremédiation (phytomanagement de sites pollués, accumulation de métaux lourds, plantes pionnières pour la revégétalisation des sites dégradés, décompaction du sol par les racines)
Ingénierie du paysage, urbaine et de l’eau (rétention des rochers en montagne, rétention des berges des cours d’eau, mitigation de l’érosion, infiltration de l’eau, zones récréatives)
Habitat pour la biodiversité et la conservation (plante comme organisme ingénieur qui créé des habitats pour d’autres organismes, zone refuges/forêt climax/haie/corridors/aire de repos des migrateurs).
Biomimétisme basé sur le monde végétal
Travaux dirigés (9h)
Projets en groupe (rapport/exposé sur une des thématiques du cours, compte rendu sous forme d’oral/table ronde collective). 1 TD initial pour la constitution des groupes (possibilité de thématiser les séances : une pour la bioremédiation, une sur les biomolécules...), 1 TD final pour la restitution (possibilité de le faire en une seule fois en amphi ou chaque groupe présente son exposé ?). Obligation de réunions entre eux avec des ordres du jour et des comptes rendus à fournir sous Plubel.
Lecture critique d’article
Intervenant extérieurs
Travaux pratiques (4h)
Visites de sites (production de pellet, bioéthanol, purification de molécules, sortie sur le terrain en forêt avec exploitant, visite d’une ferme, visite de Dijon Céréales
TP en salle pour la mise en évidence d’un processus vu en cours
S2 Chimie1 (CHM-201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Programme :
Cours Intégré
Différentes notions basées sur des exemples concrets sont abordées telles que :
Atomistique : présentation du tableau périodique (couche électronique, valence, formation des ions, etc …)
Généralités sur les réactions chimiques : tableau d’avancement, calcul de quantité de matière, activités, équilibre et réaction totale, système homogène et hétérogène, constante de réaction, thermodynamique (enthalpie, entropie, potentiel chimique, chaleur de réaction …), étude d’un système à l’équilibre et hors équilibre (lois de déplacement d’équilibres)
Réactions particulières :
-réaction de précipitation : définitions, calcul de Ks (composés peu solubles), de solubilité, facteurs influençant la solubilité, dosages
-réaction de complexation : définitions, calcul de Kformation, dosages
Cinétique chimique : définitions de vitesse de réaction, ordre(s), lois de vitesse pour les réactions d’ordre zéro, un et deux, constante de vitesse de réaction, énergie d’activation, temps de demi-réaction, méthodes de détermination de l’ordre à partir de données expérimentales, catalyseur, réaction totales et équilibrés.
Travaux pratiques
2 TP (2*1h30) : Cinétique et Thermochimie
UE SANTE
Niveau d'étude
BAC +1
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Module Mineure Santé 1
ECTS
5 crédits
Composante
UFR Sciences et Techniques, UFR Sciences de Santé, UFR Sciences et Techniques des Activités Physiques et Sportives, UFR Langues et Communication, UFR Lettres et Philosophie, UFR Sciences Humaines, UFR Droit, Sciences Économique et Politique , UFR Sciences Vie Terre Environnement
Biologie Cellulaire
Composante
UFR Sciences et Techniques
Histologie
Composante
UFR Sciences et Techniques
Santé Publique
Composante
UFR Sciences et Techniques
Ethique - Déontologie - Communcation soignant soigné
Composante
UFR Sciences et Techniques
Module Mineure Santé 2
ECTS
5 crédits
Composante
UFR Sciences et Techniques, UFR Sciences de Santé, UFR Langues et Communication, UFR Lettres et Philosophie, UFR Sciences et Techniques des Activités Physiques et Sportives, UFR Sciences Humaines, UFR Sciences Vie Terre Environnement
Biophysique
Composante
UFR Sciences et Techniques
Physiologie
Composante
UFR Sciences et Techniques
Médicaments et autres produits de santé
Composante
UFR Sciences et Techniques
Methodologie de la recherche - Biostatistiques
Composante
UFR Sciences et Techniques
Fécondation - Embryologie
Composante
UFR Sciences et Techniques
Forum des metiers
Composante
UFR Sciences et Techniques
S1 Réussite étudiante 1 (RE-101)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
0,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Les modules Réussite Etudiante (un par semestre) visent à accompagner l’étudiant.e dans ses choix d’enseignements en lien avec son projet universitaire et/ou professionnel. Ces modules fournissent également des outils pour améliorer la réussite des étudiant.e.s et leur insertion professionnelle.
S1 Anglais 1 (ANG-101)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
1,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Travaux dirigés (12h)
Acquisition d’un lexique de base (listes de vocabulaire et documents de cours) nécessaire pour comprendre et s'exprimer sur des sujets scientifiques. Révision de points de grammaire essentiels : (1) La forme interrogative, (2) Les temps présent, (3) Les temps du passé, (4) Les comparatifs, (5) La négation. Entraînements réguliers via des exercices écrits et oraux.
S1 Mathématiques appliquées (MAT-101)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
1,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Revoir et approfondir quelques outils mathématiques essentiels pour les Sciences de la Vie et de la Terre.
Programme :
Bases de trigonométrie : utilisation du cercle trigonométrique, choix des unités de mesure angulaire (radian, degrés), relations trigonométriques.
Rappels sur le calcul de périmètre, d'aire de surfaces simples et de volume de solides
Étude et représentation graphique des fonctions : fonctions puissance (entières et non entières), les fonctions trigonométriques (cosinus, sinus et tangente : reconnaître la phase et la période ou la fréquence), les logarithmes (népérien et en base 10), la fonction exponentielle.
Égalités et inégalités (avec puissances et logarithmes): extraction d'une variable dans une formule, mise en équation de problèmes issus de la biologie ou géologie, méthodes de résolution simple, lecture graphique des solutions d'une équation.
Dérivées : définitions et propriétés (formule de Leibniz, dérivation des fonctions composées), dérivation des fonctions classiques.
Primitives et intégrales : introduction par les aires, calcul par différence d'intégrales pour des fonctions de signe non constant, intégration par parties, application d'un changement de variables donné.
Équations différentielles du premier ordre : méthode de recherche d'une solution particulière, description de l'ensemble des solutions, détermination et stabilité des points d'équilibres. Application aux modèles de Malthus, Verhulst,...
Notions de géométrie : coordonnées, produit scalaire, orthogonalité, équations de droites, de cercles et de plans ; repérages : (plan, espace, droites) ; projection d'un vecteur sur 2 ou 3 axes
S1 Pratique de laboratoire et de terrain (PLT-101)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
1,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
L’objectif du module est d’enseigner les outils, techniques, méthodes et bonnes pratiques de laboratoire et de terrain qui seront utiles aux étudiants dans la poursuite de leurs études au niveau des enseignements disciplinaires.
Programme :
Cours magistral (1h)
Ce cours permet d’indiquer aux étudiants arrivant sur le campus et /ou Dijon les différents lieux de déroulement des séances de travaux pratiques et de la sortie Terrain. Les modes d’évaluation en contrôle continu (uniquement) dans les différentes séances de TP ou Sortie sont présentés à savoir : en début, pendant ou bien à l’issue de la séance, en individuel ou bien en collectif (binôme/trinôme). Les supports d’enseignement sont délivrés sous forme de documents polycopiés lors du cours magistral
Sortie Terrain (4h)
Plans d’échantillonnage et relevés de terrain. Objectifs : Comprendre les atouts et limites des études de terrain face au laboratoire, maitriser certains outils et pratiques inhérentes aux études de terrain (entre autres, plans d’échantillonnage, méthodes d’observation et de récolte des données, géolocalisation, clés de détermination, mesures de l’environnement physique et biologique).
Travaux Pratiques (12h)
TP Variabilité : Prise en compte de la variabilité des mesures et des observations (en association avec le module d'analyse de données) 4 heures. Prise de mesures sur objets biologiques, description de la variation des mesures obtenues, identification des sources de variation biologique (génétique, environnementale) et méthodologique (erreur de mesure, fluctuations d'échantillonnage…).
TPMicroscopie : Initiation à la Microscopie Optique en Sciences de la Vie et de l’Environnement. L'association entre la physique, la biologie et la géologie va vous permettre d'aborder l'utilisation de différents instruments d'optique utilisés en biologie et en pétrologie pour explorer les objets biologiques et géologiques (loupe binoculaire, microscope optique en lumière blanche ou polarisée). En 4 heures de TP de laboratoire vous confectionnerez des préparations et effectuerez des colorations pour réaliser des observations vitales ou post-mortem. Vous étalonnerez les instruments d'optique. Les notions d'échelle, de dessins d'observation et de compte-rendu seront abordées.
TPMesures physiques et biologiques : Techniques et méthodes de mesures (4 heures). Application au dosage du permanganate de Potassium dans la solution de Dakin puis observation de l’action anti-bactérienne de la solution de Dakin sur une culture bactérienne. Utilisation des pipettes, préparation de pesées/dilutions/colorimétrie : dosage volumétrique, échelle de teinte, dosage spectrophotométrique.
S1 MOVI Molécules du vivant (BBM-101)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
L’UE Molécules du Vivant aborde,
- en CM :
Partie Chimie :
Atomistique : répartition des électrons sur les couches électroniques et formation de liaisons
Réactions acido-basiques : définitions, apprendre à calculer le pH d’une solution aqueuse et dosages
Réactions d’oxydo-réduction : définitions, réaction et potentiels d’oxydoréduction, dosages
Réactions de précipitation : définitions, solubilité, dosages
Fonction chimique : nomenclature en chimie organique, reconnaissance des fonctions chimiques
Partie Biochimie :
- Introduction aux bases moléculaires du monde vivant et objectifs de la biochimie et biologie moléculaire.
- Structure et propriétés des glucides, lipides, protéines, acides nucléiques (des constituants de base aux macromolécules)
- Introduction aux structures et propriétés des acides aminés et des protéines
- Introduction à la structure et au fonctionnement des acides nucléiques.
- Introduction au métabolisme et des synthèses de biomolécules
- en TD :
Partie Chimie :
Exercices d'application des notions vues en cours.
Partie Biochimie :
- Les glucides (formules linéaires et cyclisation)
- Les lipides (structure des acides gras, des triglycérides et des phospholipides)
- Les acides aminés (structure, équilibres de dissociation, calcul de pHi) -- Structure primaire des protéines (techniques de séquençage)
- Structures primaire et secondaire des acides nucléiques
- Réplication, transcription et traduction
Biochimie Biologie Moléculaire (BBM-101)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce Module est obligatoire faisant partie du socle de la formation au premier semestre, en particulier sur les molécules qui constituent les êtres vivants et leur propriétés chimiques.
L’UE Molécules du Vivant aborde,
- en CM :
Partie Chimie :
Atomistique : répartition des électrons sur les couches électroniques et formation de liaisons
Réactions acido-basiques : définitions, apprendre à calculer le pH d’une solution aqueuse et dosages
Réactions d’oxydo-réduction : définitions, réaction et potentiels d’oxydoréduction, dosages
Réactions de précipitation : définitions, solubilité, dosages
Fonction chimique : nomenclature en chimie organique, reconnaissance des fonctions chimiques
Partie Biochimie :
- Introduction aux bases moléculaires du monde vivant et objectifs de la biochimie et biologie moléculaire.
- Structure et propriétés des glucides, lipides, protéines, acides nucléiques (des constituants de base aux macromolécules)
- Introduction aux structures et propriétés des acides aminés et des protéines
- Introduction à la structure et au fonctionnement des acides nucléiques.
- Introduction au métabolisme et des synthèses de biomolécules
- en TD :
Partie Chimie :
Exercices d'application des notions vues en cours.
Partie Biochimie :
- Les glucides (formules linéaires et cyclisation)
- Les lipides (structure des acides gras, des triglycérides et des phospholipides)
- Les acides aminés (structure, équilibres de dissociation, calcul de pHi) -- Structure primaire des protéines (techniques de séquençage)
- Structures primaire et secondaire des acides nucléiques
- Réplication, transcription et traduction
S1 Cellule et virus (BC-101)-BC 1
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
La biologie cellulaire est une discipline très variée qui comprend la biologie cellulaire fondamentale (les constituants de la cellule et son fonctionnement), la biologie du développement, l'évolution moléculaire, la génétique, l'immunologie, la microbiologie, la virologie, la biologie cellulaire végétale. Elle constitue la base permettant la compréhension du fonctionnement du vivant et des pathologies. Ce module abordera ces différentes disciplines pour donner aux étudiants les connaissances, concepts et outils servant de socle à la poursuite des études en biologie.
Programme
Cours magistraux (30h)
Biologie cellulaire :
- Diversité des cellules eucaryotes
- Biologie du développement
- Génétique et enjeux sociétaux
Microbiologie :
- Bactériologie
- Virus
Immunologie
Travaux dirigés (10h)
Biologie Cellulaire :
- Techniques de biologie cellulaire
- Fluidité membranaire
Microbiologie :
- Croissance cellulaire en bactériologie
- Les virus
Immunologie :
- Réponses immunitaires
S1 Les Grandes Fonction des Etres Vivants (BPE-101)-GFEV
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Physiologie animale (BPE-101)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
1,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
La biologie / physiologie végétale consiste à étudier les spécificités de la cellule végétale et les fonctions associées aux principaux tissus et organes des plantes selon une approche intégrative (du gène à l’organisme). La maitrise des concepts fondamentaux conduisant au développement de la plante permet de mieux comprendre l’importance des plantes pour les êtres vivants et les pistes d’amélioration de leur fonctionnement en lien avec les contraintes imposées par leur environnement biotique et abiotique.
Cours magistraux :
Introduction (1h30) : Pourquoi étudier les plantes ? Quels services les plantes rendent-elles à l’Homme et à la nature ? Comment les scientifiques peuvent améliorer le fonctionnement des plantes ? Ch. 1 : Particularités de la cellule végétale (1h30) : Spécificités de la cellule végétale. La paroi, les plasmodesmes, la vacuole, les plastes et leurs rôles. Ch. 2 : Anatomie et Histologie des plantes : organes et tissus végétaux (1h30). Ports végétaux et notion de phytomères. Les différents organes de la phase végétative. Les différents tissus et les principales fonctions assurées. Ch. 3 : Reproduction sexuée (floraison et fécondation) et asexuée (1h30). Induction, initiation et organogénèse florale. Gamétophytes mâles et femelles, pollinisation et fécondation. Formation de graines et de fruits. Dissémination des semences. Notions de reproduction asexuée. Ch. 4 : Germination de la graine et croissance de la plante (1h30) Germination de la graine. Croissance primaire et secondaire et développement de la plante. Notions de dominance apicale et de phytohormones. Ch. 5 : Nutrition minérale et échanges gazeux (1h30). Besoins nutritifs des plantes. Absorption d’eau et nutrition par transport radial et vertical. Échanges gazeux (stomates). Ch. 6 : Interactions Plantes & Environnement (1h30). Perception des facteurs environnementaux. Notions de symbiose, parasitisme, attraction et prédation dans les relations Plantes-Plantes, Plantes-Microbes, Plantes-Insectes, et Plantes-Animaux. Défenses constitutives et défenses induites des plantes contre les différents agresseurs. Ch. 7 : Importance socio-économique des plantes (1h30). Importance des plantes pour l’économie. Introduction sur les molécules bio-actives issus de plantes.
Travaux dirigés (3h)
TD 1. Notions de reconnaissance et bases de la phylotaxie en préparation des TP de l’UE Pratiques de Terrain « Initiation à la Botanique ». Notions de reconnaissance de différents organes végétaux (feuilles simples vs composées, feuilles caduques vs feuilles pérennes, fruits simples secs ou charnus vs fruits composés, différents types de graines).
TD 2. Utilisation de clés de détermination pour différencier gymnospermes vs angiospermes, monocotylédones vs eudycotylédones et identification d’une vingtaine d’espèces végétales au retour de la sortie terrain. Identifier des espèces sources de molécules bioactives et des plantes « bioindicateurs ».
Travaux pratiques :
Un TP de l’UE Pratiques de Terrain « Initiation à la Botanique » sera associé à cette UE. Notions de reconnaissance de différents organes végétaux (feuilles simples vs composées, feuilles caduques vs feuilles pérennes, fruits simples secs ou charnus vs fruits composés, différents types de graines).
Biologie animale (BPE-101)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
2 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Structures et Fonctions des Vertébrés (SFV)
Cours:
Les différentes stratégies de la gestion de la température interne chez les Vertébrés
La gestion du contenu en eau chez les Vertébrés
Perception et coordination chez les Vertébrés
TD : A partir de documents tirés d’études-clefs illustrant les thèmes abordés en cours : analyser ces documents, les confronter aux connaissances acquises, en déduire une interprétation.
Physiologie Végétale (BPE-101)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
1,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
La biologie / physiologie végétale consiste à étudier les spécificités de la cellule végétale et les fonctions associées aux principaux tissus et organes des plantes selon une approche intégrative (du gène à l’organisme). La maitrise des concepts fondamentaux conduisant au développement de la plante permet de mieux comprendre l’importance des plantes pour les êtres vivants et les pistes d’amélioration de leur fonctionnement en lien avec les contraintes imposées par leur environnement biotique et abiotique.
Cours magistraux :
Introduction (1h30) : Pourquoi étudier les plantes ? Quels services les plantes rendent-elles à l’Homme et à la nature ? Comment les scientifiques peuvent améliorer le fonctionnement des plantes ? Ch. 1 : Particularités de la cellule végétale (1h30) : Spécificités de la cellule végétale. La paroi, les plasmodesmes, la vacuole, les plastes et leurs rôles. Ch. 2 : Anatomie et Histologie des plantes : organes et tissus végétaux (1h30). Ports végétaux et notion de phytomères. Les différents organes de la phase végétative. Les différents tissus et les principales fonctions assurées. Ch. 3 : Reproduction sexuée (floraison et fécondation) et asexuée (1h30). Induction, initiation et organogénèse florale. Gamétophytes mâles et femelles, pollinisation et fécondation. Formation de graines et de fruits. Dissémination des semences. Notions de reproduction asexuée. Ch. 4 : Germination de la graine et croissance de la plante (1h30) Germination de la graine. Croissance primaire et secondaire et développement de la plante. Notions de dominance apicale et de phytohormones. Ch. 5 : Nutrition minérale et échanges gazeux (1h30). Besoins nutritifs des plantes. Absorption d’eau et nutrition par transport radial et vertical. Échanges gazeux (stomates). Ch. 6 : Interactions Plantes & Environnement (1h30). Perception des facteurs environnementaux. Notions de symbiose, parasitisme, attraction et prédation dans les relations Plantes-Plantes, Plantes-Microbes, Plantes-Insectes, et Plantes-Animaux. Défenses constitutives et défenses induites des plantes contre les différents agresseurs. Ch. 7 : Importance socio-économique des plantes (1h30). Importance des plantes pour l’économie. Introduction sur les molécules bio-actives issus de plantes.
Travaux dirigés (3h)
TD 1. Notions de reconnaissance et bases de la phylotaxie en préparation des TP de l’UE Pratiques de Terrain « Initiation à la Botanique ». Notions de reconnaissance de différents organes végétaux (feuilles simples vs composées, feuilles caduques vs feuilles pérennes, fruits simples secs ou charnus vs fruits composés, différents types de graines).
TD 2. Utilisation de clés de détermination pour différencier gymnospermes vs angiospermes, monocotylédones vs eudycotylédones et identification d’une vingtaine d’espèces végétales au retour de la sortie terrain. Identifier des espèces sources de molécules bioactives et des plantes « bioindicateurs ».
Travaux pratiques :
Un TP de l’UE Pratiques de Terrain « Initiation à la Botanique » sera associé à cette UE. Notions de reconnaissance de différents organes végétaux (feuilles simples vs composées, feuilles caduques vs feuilles pérennes, fruits simples secs ou charnus vs fruits composés, différents types de graines).
S1 Ecologie et biodiversité (BEE-101)-ECO BIODIV
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
L’écologie se définit comme l’étude des interactions qui existent entre les organismes et leur environnement physique et biologique. La réponse de l’individu aux conditions de son environnement constitue l’information de base de cette discipline. A cette information fondamentale, une présentation de la diversité biologique, des grandes périodes historiques de crise et de l’action plus récente de l’homme permet d’analyser les enjeux sociétaux
Cours magistraux (30h)
Introduction au module (1h)
L’histoire naturelle forme les bases de l’écologie
Les niveaux d’organisation du vivant (1h)
Notion d’organisme, Individu, population, espèces, communauté, écosystèmes
Les organismes dans leur environnement (6h)
Les réponses aux variations de l’environnement
Les facteurs écologiques abiotiques et biotiques
Distribution des organismes.
Variations spatio-temporelles de l’environnement
Gamme de tolérance
Les écotypes reflet des adaptations aux conditions locales
Notions de variétés et de races
Concept de biomes
Introduction à l’écologie des populations et des communautés (6h)
Structure, accroissement et régulation des populations
Interactions entre organismes, compétition, prédation, mutualisme
Système population-environnement
Structure et développement des communautés
Ecologie microbienne : rôle des microorganismes dans l’environnement (2h)
Diversité des microorganismes, association hôte-microorganismes, formation des sols, rôle dans les océans et milieux aquatiques
Anthropocène : rôle des activités humaines (4h)
Niveaux de biodiversité, valeurs de la biodiversité, introduction à la biologie de la conservation
Les grandes crises de la biodiversité (2h)
Paléodiversité, Crises d’extinction massive, réorganisation de la biodiversité
Classification et diversité du règne animal (4h)
Classification phylogénétique du règne animal et plans d’organisation des animaux au cours de l’évolution
Classification et diversité du règne végétal (4h)
Classification phylogénétique du règne végétal
Evolution des végétaux
Travaux dirigés (10h)
TD en classe visant à mobiliser les concepts fondamentaux de l’écologie. Mise en situation. Lecture et travaux sur articles. Jeu de rôle.
TD1 et 2 : Les réponses aux variations de l’environnement
TD3 : Ecologie des populations
TD4 : Anthropocène : rôle des activités humaines
TD5 : Les grandes crises de la biodiversité
ECO-BIODIV : Ecologie
Niveau d'étude
BAC +1
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
ECO-BIODIV Paléontologie
Niveau d'étude
BAC +1
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
ECO-BIODIV : Biologie de organismes
Niveau d'étude
BAC +1
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S1 Planète, Terre, Environnement et Ressources : Géosciences (TE-101)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
5 crédits
S1 Enseignements complémentaires PCB
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
UE PCB Chimie 1 (CHM-101)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
0 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
L’objectif de cet enseignement de Chimie Générale est de préparer les étudiant(e)s qui souhaitent passer le concours B (véto) en fin de S4. Le programme proposé tient compte des réformes du baccalauréat où certain(e)s étudiant(e)s n’ont pas pris(es) l’option physique-chimie au lycée. Des rappels et/ou notions nouvelles en mathématiques seront également abordés comme outils nécessaires à la réussite du concours B en chimie.
Travaux dirigés (50h) 25 x 2h
• Réaction chimique : équilibre/réaction totale, tableau d’avancement, système homogène et hétérogène, calcul de quantité de matière, constante de réaction, activité, thermodynamique (enthalpie, entropie, potentiel chimique, chaleur de réaction …), étude d’un système à l’équilibre et hors équilibre (lois de déplacement d’équilibres)
• Réactions acido-basiques : définitions, apprendre à établir une réaction acide/base, calculer le pH d’une solution aqueuse et dosages (espèces fortes et faibles, mélange complexe acides et bases, espèces ampholytes), solutions tampon
• Réactions d’oxydo-réduction : définitions, apprendre à équilibrer une réaction d’oxydo-réduction et calcul de potentiels, dosages
• Réactions de précipitation : définitions, calcul de Ks (composés peu solubles), de solubilité, facteurs influençant la solubilité, dosages
• Réactions de complexation : définitions, calcul de Kformation, dosages
• Système complexe : évolution du système siègent de multiples réactions
S2 Réussite étudiant 2 (RE-201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
0,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Les modules Réussite Etudiante (un par semestre) visent à accompagner l’étudiant.e dans ses choix d’enseignements en lien avec son projet universitaire et/ou professionnel. Ces modules fournissent également des outils pour améliorer la réussite des étudiant.e.s et leur insertion professionnelle.
S2 Anglais 2 (ANG-201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
1 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Travaux dirigés (12h)
Poursuite de l'acquisition de lexique de base nécessaire à la rédaction d’un résumé ou la rédaction d'un document traitant d'un sujet scientifique. Révision de points de grammaire essentiels : (6) Le passif, (7) Les modaux, (8) Les articles, (9) L'hypothèse avec IF, (10) Associer deux noms. Entraînements réguliers via des exercices écrits et oraux.
S2 Biostatistiques1 (STAT-201)-STAT1
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
1,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
La biostatistique consiste à collecter, analyser et interpréter des données dans le cadre d’une démarche scientifique, qu'il s'agisse du domaine de la biologie ou plus largement des sciences de la nature et de la vie (santé, environnement…). Elle est au cœur de toutes les sciences, car la science a besoin de rassembler des preuves et de les évaluer pour porter un jugement objectif.
Dans le domaine des sciences de la nature et de la vie, on analyse des échantillons afin de faire des inférences sur la population. Nous verrons ainsi dans cette UE quels peuvent être les outils simples pour résumer des données les analyser et les interpréter. Nous verrons notamment comment le calcul de probabilités simples ou conditionnelles permet d'émettre un jugement, comment il est possible d'estimer certaines caractéristiques d'une population en ayant accès à une fraction (échantillon) seulement de cette dernière, et comment apporter une réponse objective à une question simple grâce à l'utilisation de tests d'hypothèses.
Toutes les notions du programme seront vues en classe inversée (capsules vidéo mises en ligne sur PLUBEL).
Intérêt des statistiques en SVTE
Statistiques descriptives (notions de population/échantillon, nature des variables, représentations graphiques, calcul de fréquences, indicateurs de position e de dispersion)
Probabilités (théorie des ensembles, dénombrement, probabilités simples et conditionnelles, évènements indépendants/non indépendants)
Variable aléatoire, fonction de densité, fonction de répartition
Grandes lois de distribution (loi binomiale, lois normale et normale centrée réduite)
Estimation et intervalle de confiance (cas de la moyenne et d'une proportion)
Statistiques inférentielles (principe des tests d'hypothèses, comparaison d'une moyenne observée à une valeur théorique, test du Khi2)
Travaux dirigés et travaux pratiques
TD : exercices d'application (sur table) à des cas d'étude en SVTE
S2 SPENZY Structure des protéines et enzymologie : Biochimie Biologie Moléculaire (BBM-202)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Le module de structure des Protéines et Enzymologie aborde les différents niveaux de structuration des protéines. Les principales techniques d’analyses des protéines sont également décrites. L’enzymologie de type Michaelien est expliquée, avec la description des activités enzymatiques, de la cinétique et sa régulation par des inhibiteurs compétitifs, non compétitifs ou incompétitifs notamment. Quelques notions de régulation allostérique sont également traitées. Des TD et TP viennent en soutien et en complément des cours.
Cours magistraux (9h)
-Chapitre 1 : Structures des protéines (4,5h)
Les différents niveaux de structuration des protéines (primaire, secondaire, tertiaire et quaternaire), exemples de maladies dues à la conformation inappropriée de protéines, dénaturation des protéines, Isolement et méthodes de séparation et de purification des protéines
-Chapitre 2 : Enzymologie (4,5h)
Définitions et propriétés, catalyse enzymatique, cinétique d’une réaction enzymatique, mécanismes de régulation de l’activité enzymatique, contrôle de l’activité enzymatique par régulation allostérique
Travaux dirigés (10h)
Exercices portant sur la structure des protéines et les méthodes d’analyse en lien avec cette structure (purification des protéines, électrophorèse (PAGE-SDS) chromatographie sur colonne…). (4h)
Exercices d’enzymologie : enzymes michaeliennes : activité, unités, représentation graphiques classiques, inhibiteurs compétitifs et non-compétitifs. (6h)
Travaux pratiques (2h + 3h)
- Le 1er TP de 2h portera sur un dosage de protéine au Bradford.
- Le second TP de 3h permet la mesure de l’activité enzymatique de la phosphatase alcaline.
S2 BC 2 Biologie cellulaire 2 (BC-202)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
L’objectif du module est de faire découvrir aux étudiants les grandes étapes de la vie cellulaire, de la cellule souche à la mort cellulaire, en passant par les différents modes de division cellulaire. Le module abordera des exemples dans le règne animal et végétal afin de préparer les étudiants aux différents modules et parcours de la L2. Les travaux pratiques seront l’occasion pour les étudiants de réaliser des observations et des manipulations sur différents types de cellules.
Cours magistraux (13h)
Cellules souches 2h
Cycle cellulaire et méiose 3h
Spermatogenèse et ovogenèse : 2h
Travaux dirigés (6h)
Cycle cellulaire et méiose.
Différenciation cellulaire et mort cellulaire
Intégration des fonctions cellulaires
Différenciation cellulaire animale : 2h CM
Mort cellulaire : 2h CM
Différenciation et morts cellulaires végétales : 2h CM
Travaux pratiques (6h)
- Cycle cellulaire (4h)
- Mort cellulaire et différenciation (2h)
S2 COMNEHO1 Communication nerveuse et hormonale-physiologie animale et humaine (PA-201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Pour coordonner le fonctionnement des organes et des millions de cellules qui les composent, l’organisme utilisent deux systèmes de régulation : le premier, le système nerveux dont l’activation conduit à des réponses adaptatives très rapides et le second, le système endocrine dont l’action est plus lente, reposant sur la libération d’hormones libérées par des glandes sécrétrices et véhiculés par le sang. L’UE Communication nerveuse et hormonale a pour objectifs de présenter aux étudiants les mécanismes de la communication nerveuse ainsi que les bases du fonctionnement du système nerveux autonome et du système endocrinien. Les connaissances acquises leur apporteront les prérequis indispensables à l’étude de la régulation des fonctions de l’organisme (système cardiovasculaire, respiration, digestion…). Dans une première partie, l’enseignement concernera l’excitabilité des neurones, le potentiel d’action, le fonctionnement des synapses, l’action des neurotransmetteurs sur les récepteurs et la propagation du signal. Une seconde partie sera consacrée à l’anatomie et à la fonction du système nerveux autonome. Le fonctionnement du SNA sera abordé en s’appuyant sur les concepts expliqués lors de la première partie du cours et sur des exemples classiques tels que la régulation de la fréquence cardiaque et de la motilité intestinale. A côté du système nerveux, l’organisme utilise également le système endocrinien pour communiquer en interne. Les bases de l’endocrinologie c'est-à-dire l’étude des hormones seront abordées au cours de cette enseignement, la synthèse des hormones, leur mode d’action, leurs interactions seront précisées. Certains aspects liés à un dysfonctionnement de ce système seront également abordés.
Cours magistraux :
I. Excitabilité des neurones (6h): Le potentiel de repos membranaire / Le potentiel d’action. Notions d’électrophysiologie (voltage clamp). La transmission synaptique : Les synapses électriques / Les synapses chimiques / organisation / fonctionnement. Les neurotransmetteurs : Définition / Classification / Cycle de vie des neurotransmetteurs / Libération. Les récepteurs des neurotransmetteurs : Formation PPSE et PPSI / Classification / Propriétés et structure des principaux récepteurs. - Les récepteurs ionotropes : Mode d’action / Le récepteur cholinergique nicotinique (nAchR). - Les récepteurs métabotropes : Modes d’action / Les récepteurs muscariniques / Les récepteurs aux catécholamines. II. Le système nerveux autonome (6h) Anatomie fonctionnelle du système nerveux autonome (SNA) : Systèmes parasympathique et orthosympathique /Origines des neurofibres / voies empruntées. Les effecteurs du SNA : *Les muscles lisses : Structure / Activité myogénique et réponse à l’étirement / Action du SNA / Exemples : péristaltisme intestinal et paroi des vaisseaux *Le muscle cardiaque : Structure / Innervation / Action du SNA *Les glandes surrénales : Structure et fonction III. système endocrinien (7h) Notion d’hormone, de glande, de cellule sécrétrice Les familles d’hormones Les récepteurs hormonaux Les seconds messagers / transcription La régulation hormonale Synthèse et libérationMaturation rétrocontrôles Un exemple : hormone de croissance / T3
Travaux dirigés : TD1 : Approches expérimentales pour l’étude de l’excitabilité des neurones. (Introduction aux TP proposés dans l’UE CONEHO2) Une évaluation courte sera programmée en fin de séance pour juger de la compréhension du TD. TD2 : A travers des exercices réalisés avec l’appui du cours et de documents fournis, les étudiants devront déterminer les réponses de l’organisme liées à l’activation du SNA et les mécanismes impliqués face à différents stimuli. Exemples traités : les effets du stress, d’une pression sur les carotides et de certains médicaments. Une évaluation courte sera programmée en fin de séance pour juger de la compréhension du TD. TD3 : Le système endocrinien fait aussi, de façon beaucoup plus globale, l’objet de débats, de communications au sein de la société. Certains de ces aspects seront abordés au cours de ces TD, comme par exemple, certaines pathologies liées aux hormones, la place des hormones dans le dopage, ou encore les perturbateurs endocriniens.
S2 ANFP1 Anatomie fonctionnelle des plantes-physiologie végétale (BPV-201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
La compréhension de la physiologie végétale passe nécessairement par une bonne connaissance de l’anatomie et de l’histologie des végétaux. Au travers d’observations et d’études concrètes, la découverte de ces approches et de ces concepts permet de mieux appréhender la relation structure fonction chez les végétaux.
Cours magistraux (10h)
Description des tissus, de leurs particularités et de leurs rôles.
Organisation des tissus les uns par rapport aux autres, selon les organes.
Premières notions de plasticités et d’adaptabilité des plantes via la représentativité et le fonctionnalisation de ces tissus...
Travaux dirigés (3h)
Exercices sur les différents points abordés en cours & Mise en place, analyse et restitution des résultats obtenus en TP.
Travaux pratiques (12)
TP1 – Réalisation de coupes dans la tige de renoncule, coupe fraiche et coloration au carmino vert, démonstrations pour autres tiges (monocot, dicot, etc…)
TP2 – Réalisation de coupes dans la racine de renoncule, coloration au carmino vert et autre colorant, démonstrations pour autres racines (monocot, dicot, etc…), réflexion autour des notions d’absorption (transport de l’eau dans la racine et dans la tige - mise en évidence de la circulation de l’eau dans la tige) et de contraintes environnementales (tissus protecteurs face à un milieu agressif, sol)
TP3 – Etude de coupes pour comparaison de feuilles, faire le lien avec S1 en utilisant les stomates par exemple
TP4 – Méristèmes secondaires, structures secondaires et croissance en épaisseur
TP5 – TP en serres, Etudes du lien entre la fonction de l’organe et son organisation, notions d’espèces (adaptations) etc…
S2 BE Biologie évolutive (BEE -201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
La biologie évolutive, ou biologie de l’évolution, est le domaine de la biologie qui vise à comprendre les scénarios et les mécanismes de l’adaptation des organismes à leur milieu et/ou des contraintes auxquels ils doivent faire face, et donc in fine l’évolution des espèces.
L’évolution est par excellence une approche nécessitant une vision synthétique des connaissances en biologie.
L’objectif de cette UE est donc de fournir, à tout.es les étudiant.es, qu’ils-elles poursuivent ou pas leur cursus dans le domaine de la biologie évolutive, un socle de connaissances leur permettant de lier les aspects théoriques de l’évolution (sélection naturelle, dérive, contrôle de la variabilité phénotypique, contraintes…) à différents travaux empiriques représentatifs de la biologie.
Pour ce faire, nous explorerons les origines de la variation dans les populations et donnerons ensuite un aperçu des principaux processus évolutifs responsables du tri de cette variation. Nous aborderons également le poids de l’environnement dans ces processus évolutifs. Les différentes échelles, populations, espèces et au-delà, seront envisagées et permettront de distinguer les processus micro-évolutifs des processus macro-évolutifs. Ces concepts seront illustrés par des mises en situations pratiques et des illustrations des processus évolutifs en action.
Cours magistraux
Notion de population et de leur place centrale en évolution
Origines de la variation dans les populations (mutations, migration / flux géniques, recombinaison)
Processus évolutifs impliqués dans l’adaptation : processus de tri de cette variation (sélection naturelle, sélection sexuelle, dérive génétique).
Notions de contraintes, variabilité des réponses et plasticité
Notion d’épigénétique
Niveaux de sélection
Introduction à la macro-évolution
Notion de spéciation : les principaux modèles, zones d’hybridation et conséquences sur la vision graduelle de l’évolution
Travaux dirigés
Place centrale de la population en évolution, hasard, dérive : TD “bean bag”
L’évolution peut s’observer sur des millions d’années (TD Equidae : caractères, extinction, diversification, adaptations, abordés à partir d’os et de dents, moulages à taille réelle sur 50 Ma). Objectifs : observer les grands changements de caractères, une lignée qui change en taille, évolution sur des temps long, lien avec les changements de l’environnement dont deux évènements climatiques transition forêts tropicales, forets tempérés, grandes prairies)
Notions émergeant de l’exercice : variabilité temporelle, registre fossile, adaptation, ponctualisme ou gradualisme
S2 DRV1 Biologie végétale : Diversité du Règne Végétal 1 (DRV-201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Cet enseignement présente la diversité des organismes végétaux et fongiques dans le monde vivant et leur rôle dans le fonctionnement des écosystèmes. La progression de cet enseignement suit l’avènement des grandes innovations évolutives et adaptatives qui ont opéré dans le monde vivant au cours du temps et intègre des notions fonctionnelles pour comprendre cette diversité.
Cours magistraux (12h)
Particularités et diversité des organismes fongiques.
Émergence des organismes végétaux. Origine des végétaux eucaryotes. Les algues et la colonisation du milieu terrestre. Diversification des plantes terrestres et les grandes acquisitions qui sont associées à la colonisation du milieu terrestre.
Travaux dirigés (1h)
CC – 15 min associées à chacune des séances de TP
Travaux pratiques (12h : 3h x 4 séances)
Les cycles de vie des principaux taxons végétaux (et fongiques) sont illustrés lors de travaux pratiques en salle : les différentes phases biologiques et la diversité morpho-fonctionnelle des différents groupes sont décrites à l’appui de spécimens frais provenant des Serres pédagogiques de l’Université de Bourgogne.
TP1: Thalles et différenciation sexuelle : Champignons, Algues ; Lichens
TP2: Cormus, spécialisation cellulaire et affranchissement du milieu aquatique : Bryophytes ; Ptéridophytes
TP3: L’ovule et les plantes à graines : Gymnospermes
TP4: Fleurs et fruits : le succès évolutif des Angiospermes
S2 DRA1 Diversité du Règne Animal 1-biologie animale (DRA-201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Cette discipline est une science du vivant qui étudie plus particulièrement le règne animal à travers leurs structures et leurs grandes fonctions (vie de relation (système nerveux), digestion, excrétion/osmoréguation, reproduction, respiration, locomotion, etc.), les caractéristiques de leur plan d’organisation. De ce fait, la biologie animale intègre non seulement de la zoologie, mais aussi de la physiologie animale, des neurosciences, voire de l’éthologie. Elle comprend également la classification phylogénétique des animaux qui repose sur la compréhension que nous avons actuellement de l’évolution des espèces.
Cette première partie présente les animaux dits « Chordés » qui englobent principalement les Vertébrés.
Cours magistraux
Origine des Vertébrés : les acquisitions évolutives des Vertébrés, issus des Chordés, et leurs conséquences morpho-fonctionnelles.
Les fonctions vitales principales et plans d’organisation, leurs mises en place. Fonctions : de relation (système nerveux central, digestion, excrétion et osmorégulation, respiration, circulation, téguments, squelette et locomotion).
Ces enseignements présentent quelques principales adaptations morpho-fonctionnelles des Vertébrés et leurs évolutions pour s’adapter au milieu de vie (adaptations eau salée/douce, sortie des eaux, adaptations du squelette pour la locomotion, etc…).
Les travaux dirigés-travaux pratiques sont couplés, illustrant et approfondissant les notions vues en cours :
Organisation des Chordés non Vertébrés vs. Vertébrés
Organisation générale : Amphioxus (Céphalochordé) vs. Alevin de truite (Vertébré).
Etude approfondie de l’organisation d’un Vertébré : exemple de la souris, avec focus sur l’appareil digestif.
Respiration et échanges tégumentaires : Comparaison du tégument de l’Alevin vs. la Grenouille vs. Homme : « sortie des eaux » et adaptation à la vie terrestre.
Squelette appendiculaire et locomotion: adaptation à la course, saut, nage, vol.
S2 Chimie et Biophysique (CHMP-201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
2 matières cosnstutuent ce modules
Chimie et Biophysique : Chimie organique, minérale, industrielle-CO1
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
1,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
L’objectif de cet enseignement est d’assurer aux étudiants les bases indispensables de la chimie organique, orientées vers les compétences avancées de la chimie du vivant, et permettant un dialogue chimie/biochimie/biologie.
Reconnaissances de fonctions chimiques et de molécules, nomenclature, représentation
Chiralité/stéréochimie : modèles de Cram, Newman, Fischer (sucres, acides aminés…) pour décrire la stéréochimie de molécules complexes telles que sucres et peptides.
Description de base des structures : schéma de Lewis, nature des liaisons (covalente, dative, hydrogène…), polarisation des liaisons.
Introduction à la réactivité : notions électrophile/nucléophile… vers la synthèse et la biosynthèse.
Chimie et Biophysique : physique
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
1,5 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce cours offre une introduction concise et ciblée aux principaux concepts de biophysique nécessaires pour comprendre les phénomènes optiques, électromagnétiques et acoustiques. Il vise à fournir aux étudiants de biologie une base solide pour appréhender les interactions de la lumière, des champs électriques et magnétiques, ainsi que des ondes sonores avec les molécules et les cellules dans leur domaine d'étude.
Cours magistraux ( 4,5 h)
Les concepts de base en
1. Optique physique : réfraction, diffraction et polarisation de la lumière.
2. Electromagnétisme : champ électrique, champ magnétique, courant électrique, induction électromagnétique et leur interaction avec les molécules et les cellules.
3. Acoustique : propagation des ondes sonores, absorption et réflexion.
Travaux dirigés (6h)
Applications à des situations biologiques
TD 1: Optique physique.
TD 2: Electromagnétisme
TD 3: Acoustique
S2 Sciences et société (SES-201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Initiation à la réflexion autour des questions d’éthique dans le domaine scientifique
L’évolution constante du rapport à la Science dans les sociétés contemporaines soulève de nombreux enjeux éthiques et suscite de nombreux débats. Au travers de cette formation les étudiant.e.s découvriront comment :
- Cerner la place de la Science et du rapport au savoir dans la société
- Analyser un discours de manière éclairée et critique (analyse d’article, initiation à la méthodologie analytique)
- Mener une réflexion construite dans le champ de l’éthique (initiation)
- Porter un regard analytique, critique et rationnel sur des sujets sensibles mêlant science et société
- Concevoir et mener des débats autour de plusieurs sujets (à titre d’exemples : la recherche sur les embryons humains, l’édition de génome, l’urgence écologique, la greffe du visage, la recherche expérimentale sur les animaux, …)
- Faire la distinction entre morale, éthique et déontologie
Les étudiant-e-s seront amenés à analyser des articles et à conduire des débats en classe selon des méthodologies variées.
L’objectif général en fin de module est d’aiguiser l’esprit critique et de mobiliser une première réflexion éthique dans le domaine scientifique
UE PCB chimie 2 (CHM-202)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
0 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
L’objectif de cet enseignement de Chimie est la poursuite du S1 à la préparation aux étudiant(e)s qui souhaitent passer le concours B (véto) en fin de S4. Le programme proposé tient compte des réformes du baccalauréat où certain(e)s étudiant(e)s n’ont pas pris(es) l’option physique-chimie au lycée. Des rappels et/ou notions nouvelles en mathématiques seront également abordés comme outils nécessaire à la réussite du concours B en chimie.
Cours magistraux (14h) 7x2h
L’objectif de cet enseignement de Chimie est la poursuite du S1 à la préparation aux étudiant(e)s qui souhaitent passer le concours B (véto) en fin de S4. Le programme proposé tient compte des réformes du baccalauréat où certain(e)s étudiant(e)s n’ont pas pris(es) l’option physique-chimie au lycée. Des rappels et/ou notions nouvelles en mathématiques seront également abordés comme outils nécessaire à la réussite du concours B en chimie.
Le programme de préparation au concours B est le suivant :
• Cinétique Chimique (14 h): définitions vitesse, ordre(s), constante de réaction, énergie d’activation, lois de vitesse pour les réactions d’ordre zéro, un et deux, temps de demi-réaction, méthodes de détermination de l’ordre à partir de données expérimentales, catalyseur, réaction totales et équilibrés.
• Chimie organique (36 h): nomenclature et stéréochimie, introduction à la réactivité en chimie organique, chimie des monohalogénoalcanes, chimie des alcènes et dérivés éthyléniques, les organométalliques, chimie des alcools
Travaux dirigés (36h) 18*2
Exercices d’application de complexité croissance
S3 Enseignements spécifiques PCB-Obligatoire
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S3 anglais 3 (ANG-103) - Copie
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
2 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
G (Géosciences)
E (Environnement)
PCB (Préparation au concours B)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Programme :
Travaux dirigés (12h)
Entraînement à la compréhension de documents audios qui traitent d'un sujet en rapport avec les Sciences de la Vie et de la Terre. Poursuite de l'acquisition du lexique de base nécessaire pour traiter de sujets scientifiques. Révision de vocabulaire et outils grammaticaux par blocs notionnels-fonctionnels : (11) Cause et conséquence, (12) Probabilité et certitude, (13) Le moyen et la manière, (14) Le but, (15) Similarité et contraste. Entraînements réguliers via des exercices écrits et oraux.
S3 réussite étudiant 3 (RE-103)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
1 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Les modules Réussite Etudiante (un par semestre) visent à accompagner l’étudiant.e dans ses choix d’enseignements en lien avec son projet universitaire et/ou professionnel. Ces modules fournissent également des outils pour améliorer la réussite des étudiant.e.s et leur insertion professionnelle.
S3 Biostatistiques 2 (STAT-102)-BIOSTAT2
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
G (Géosciences)
E (Environnement)
PCB (Préparation au concours B)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
La biostatistique consiste à collecter, analyser et interpréter des données dans le cadre d’une démarche scientifique, qu'il s'agisse du domaine de la biologie ou plus largement des sciences de la nature et de la vie (santé, environnement…). Elle est au cœur de toutes les sciences, car la science a besoin de rassembler des preuves et de les évaluer pour porter un jugement objectif.
Dans le domaine des sciences de la nature et de la vie, on analyse des échantillons afin de faire des inférences sur la population. Nous verrons ainsi dans cette UE quels peuvent être les outils pour collecter des données, les résumer, les analyser et les interpréter. Nous verrons comment les échantillons prélevés fournissent de bonnes estimations concernant la population dans son ensemble, à condition qu'ils soient représentatifs de la population concernée. Nous apprendrons également à appliquer (sur table et logiciel) quelques tests statistiques fondamentaux permettant de comprendre les notions de tests paramétriques ou non paramétrique et d’échantillons indépendants ou non indépendants.
Programme :
Introduction à la démarche méthodologique et place de l'outil statistique
Initiation aux approches expérimentales et plan d'expérience
Initiation aux approches descriptive et plan d'échantillonnage
Rappels sur les statistiques descriptives
Principe d'un test d'hypothèses (H0/H1)
Application de quelques tests d'hypothèses (paramétriques et non paramétriques) : test du Khi2, test t de Student, test U de Mann-Whitney, test t pour échantillons appariés, test de corrélation de Pearson
Travaux dirigés et travaux pratiques
TD : exercices de construction et d'analyse critique de plan expérimentaux, exercices de choix de tests en fonction de l'objectif et de la stratégie de collecte des données
TP : prise en main du logiciel R : saisie et manipulation de données, application de quelques tests d'hypothèses
S3 Chimie générale prépa (PCB)-chimie générale (CGP-101)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en PCB (Préparation au concours B)
Reprendre les notions de base (fiche de cours) et maitriser l’application (TD) de la Thermodynamique chimique, plus spécifiquement les solutions aqueuses acido-basiques, les équilibres de solubilité et les équilibres redox dans la cadre de la préparation du concours B ENV
Travaux dirigés (25h) 12 x2h +1h
Le gaz parfait
Nombre d’oxydation et Equilibrage
Réactions et Stœchiométrie
Réactions équilibrées
Quantité de chaleur et bilan thermique
L’entropie
Réactions et Equilibres
Equilibres de solubilité
Equilibres Acido-basiques
Equilibres Redox ; Electrochimie
Cinétique
S3 Chimie : Chimie organique prépa B (COP-101)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
PCB (Préparation au concours B)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Le semestre alterne des séances de type « cours » et des séances de TD (correction d’exercices »). Deux TP permettent de découvrir les principales techniques en chimie organique nécessaires au concours.
Travaux dirigés (17h) 8 x 2h + 1h
Réactivité des aldéhydes et cétones, Acides carboxyliques et dérivés, Analyse par spectroscopie infrarouge)
Travaux pratiques (8h) 2x 4h
Extraction liquide-liquide ; montage à reflux; rendement de synthèse; chromatographie sur couche mince.
S3 Sciences et sociétés 2 (SES-102)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en PCB (Préparation au concours B)
Réflexion autour des questions d’éthique dans le domaine scientifique
L’évolution constante du rapport à la Science dans les sociétés contemporaines soulève de nombreux enjeux éthiques et suscite de nombreux débats.
Au travers de cette formation, qui peut faire suite au module d’initiation (donnée au deuxième semestre de Licence), les étudiant.e.s découvriront comment :
- Analyser des articles portant sur des thématiques sensibles (notamment sur des débats de société autour de sujets scientifiques) de manière éclairée et critique : analyse d’articles de presse, analyse d’articles
scientifiques,
- Appréhender les avis du CCNE (Comité Consultatif National d’Ethique, instance consultative en charge de nombreuses questions d’éthique en France notamment dans le domaine de la biologie)
- Mener une réflexion construite dans le champ de l’éthique
- Concevoir et mener des débats autour de plusieurs sujets (à titre d’exemple : l’eugénisme, la thématique de la fin de vie, les progrès de la procréation médicalement assistée, l’obligation vaccinale, la distorsion cognitive
dans domaine écologique, les enjeux liés aux évolutions récentes de l’agroalimentaire, les phénomènes d’opposition à la transition énergétique…)
- Apprendre à structurer son analyse en différenciant le plan de la morale, de l’éthique, de la déontologie et de la sociologie
Les étudiant-e-s seront amenés à analyser des articles et à conduire des débats en classe selon des méthodologies variées.
S3 Préparation aux oraux Concours B -1 POC-101
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module s’adresse aux étudiants préparant le concours B ENV et B BIO. 3 épreuves d’admission constituent les épreuves orales. Il permet aux étudiants de préparer CV, lettre de motivation ainsi que de présenter son projet professionnel. Il permet également d’aborder les fondamentaux du commentaire de texte d’articles en anglais.
Travaux dirigés (25h) 8 x2h + 4 x 1h30
Préparation à l’entretien : 16h
Anglais : 9 h
- Présentation de son projet professionnel ; CV lettre de motivation
- Commentaire et analyse d’articles de journaux en anglais
S3 Enseignements complémentaires PCB
ECTS
0 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S3 Mathématiques pour les chimistes
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
0 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
L’objectif de cet enseignement de Mathématiques (outils mathématiques) est de permettre d’aborder sereinement la Chimie en levant les difficultés liées essentiellement à la résolution mathématique. Le programme proposé tient compte des réformes du baccalauréat où certain(e)s étudiant(e)s n’ont pas pris(es) l’option mathématique. Des rappels et/ou notions nouvelles en mathématiques seront également abordés comme outils nécessaire à la réussite dans les domaines de la chimie.…
Travaux dirigés 10 séances de 2h (20h)
Mise en équation, représentation graphique et exploitation, équation aux dimensions, polynômes du second et troisième degré, unité, calculs sur les puissances, logarithmes, exponentiel, intégrales, incertitudes, méthodes d’approximation
LISTE MODULES à choix : 4 à choisir parmi les modules (facultatifs)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Programme :
Cours magistraux : 5 cours de 2h
Généralités : Système, états d’un système, équation d’état, variables thermodynamiques. Travail et chaleur échangés au cours d’une transformation. Relation de la statique des fluides, capacité thermique, modes de transfert de la chaleur, thermostat, thermomètres.
Gaz parfait : Aspect macroscopique, coefficients thermoélastiques. Energie interne, Capacité thermique du gaz parfait. Première loi de Joule. Du gaz parfait au gaz réel.
Premier principe de la thermodynamique. Cas des systèmes fermés et ouverts. Enthalpie et deuxième loi de Joule. Définition des coefficients calori-métriques. Etude des transformations des gaz parfaits. Relation de Mayer et loi de Laplace.
Second principe de la thermodynamique. Fonction entropie. Identité thermodynamique. Inégalités de Carnot-Clausius. Cycle et théorème de Carnot. Applications aux machines thermiques : moteur, machine frigorifique (réfrigérateur, pompe à chaleur)
Changements de phase des corps purs . Allure du diagramme d’équilibre (P,T). Vapeurs sèche et saturante. Vaporisation en atmosphère gazeuse limitée. Allure du diagramme (P,u). Courbe de saturation. Chaleur latente. Relation de Clapeyron.
Travaux dirigés : 5 séances de 1h45
Chacune des 5 séances reprendra des exemples concrets les notions vues en cours.
Travaux pratiques : 2 séances de 3h 00
Loi de Boyle-Mariotte et gaz parfait : utilisation du tube de Kröncke.
Mesure du coefficient 𝜸 pour l’air : par les méthodes de Clément et Désormes et de résonnance.
Technique du vide : Mesures de pression par différents manomètres et baromètres. Etalonnage d’une jauge de pression par l’utilisation d’un manomètre à capsule. Mesure de vitesse de pompage et détermination du régime d’écoulement par le calcul du nombre de Knudsen.
S3 Diversité du règne animal 2 (DRA-102)-DRA2
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
Cette discipline est une science du vivant qui étudie plus particulièrement le règne animal à travers leurs structures et leurs grandes fonctions (vie de relation (système nerveux), digestion, excrétion/osmoréguation, reproduction, respiration, locomotion, etc.), les caractéristiques de leur plan d’organisation. De ce fait, la biologie animale intègre non seulement de la zoologie, mais aussi de la physiologie animale, des neurosciences, voire de l’éthologie. Elle comprend également la classification phylogénétique des animaux qui repose sur la compréhension que nous avons actuellement de l’évolution des espèces.
Cette UE présente les animaux non Vertébrés, depuis les premières formes animales (Diblastiques, comme les éponges et les coraux par exemple) jusqu’aux animaux Triblastiques Nématoïdes (vers ronds très représentés).
Programme :
Cours magistraux
Origine des Métazoaires : Multicellularité et conséquences, acquisitions évolutives des Métazoaires non Vertébrés et leurs conséquences morpho-fonctionnelles, en suivant la phylogénie évolutive.
Les principales fonctions vitales et plans d’organisation des Métazoaires non Vertébrés (principaux plans de développement et conséquences). Fonctions : de relation (système nerveux), digestion, excrétion et osmorégulation, respiration, circulation, reproduction, téguments, « squelette » et locomotion.
Ces enseignements présentent les principaux plans d’organisation et les adaptations morpho-fonctionnelles des animaux non Vertébrés (à l’exception des Panarthropodes et des Deutérostomiens non Vertébrés, vus en DRA2-B) et leurs évolutions pour s’adapter au milieu de vie.
3 travaux dirigés-travaux pratiques couplés, illustrant et approfondissant les notions vues en cours :
Organisation morpho-fonctionnelle des Diblastiques : exemple des Cnidaires.
Organisation morpho-fonctionnelle des Spiraliens: exemple des Mollusques.
Organisation morpho-fonctionnelle des Spiraliens vs. Ecdysozoaires Nématoïdes (Annélides vs. Nématodes)
S3 Diversité du règne animal 3 (DRA-103)-DRA3
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Cette discipline est une science du vivant qui étudie plus particulièrement le règne animal à travers leurs structures et leurs grandes fonctions (vie de relation (système nerveux), digestion, excrétion/osmoréguation, reproduction, respiration, locomotion, etc.), les caractéristiques de leur plan d’organisation. De ce fait, la biologie animale intègre non seulement de la zoologie, mais aussi de la physiologie animale, des neurosciences, voire de l’éthologie. Elle comprend également la classification phylogénétique des animaux qui repose sur la compréhension que nous avons actuellement de l’évolution des espèces.
Cette UE présente les animaux non Vertébrés, depuis les Panarthropdes (qui comprennent, entre autres, la grande diversité des crustacés et des insectes) jusqu’aux premiers Deutérostomiens (comprenant les oursins, étoiles de mer, etc). Cette UE est la suite de l’UE DRA2-A.
Programme :
Cours magistraux :
Les Métazoaires non Vertébrés : des Panarthropodes aux Deutérostomiens
Acquisitions évolutives des Métazoaires non Vertébrés et leurs conséquences morpho-fonctionnelles, en suivant la phylogénie évolutive.
Les principales fonctions vitales et plans d’organisation des Métazoaires non Vertébrés (principaux plans de développement et conséquences). Fonctions : de relation (système nerveux), digestion, excrétion et osmorégulation, respiration, circulation, téguments, squelette et locomotion.
Ces enseignements présentent les principaux plans d’organisation et les adaptations morpho-fonctionnelles des animaux non Vertébrés (des Panarthropodes aux Deutérostomiens non Vertébrés, suite de DRA2) et leurs évolutions pour s’adapter au milieu de vie.
3 travaux dirigés-travaux pratiques couplés, illustrant et approfondissant les notions vues en cours :
Organisation morpho-fonctionnelle des Euarthropodes 1 : Arachnides et Pancrustacés Mandibulates.
Organisation morpho-fonctionnelle des Euarthropodes 2 : Hexapodes et Myriapodes.
Organisation morpho-fonctionnelle des Xénambulacraires: exemple des Echinoïdes.
S4 Physique : Thermodynamique (THD-201)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Programme :
Cours magistraux : 5 cours de 2h
Généralités : Système, états d’un système, équation d’état, variables thermodynamiques. Travail et chaleur échangés au cours d’une transformation. Relation de la statique des fluides, capacité thermique, modes de transfert de la chaleur, thermostat, thermomètres.
Gaz parfait : Aspect macroscopique, coefficients thermoélastiques. Energie interne, Capacité thermique du gaz parfait. Première loi de Joule. Du gaz parfait au gaz réel.
Premier principe de la thermodynamique. Cas des systèmes fermés et ouverts. Enthalpie et deuxième loi de Joule. Définition des coefficients calori-métriques. Etude des transformations des gaz parfaits. Relation de Mayer et loi de Laplace.
Second principe de la thermodynamique. Fonction entropie. Identité thermodynamique. Inégalités de Carnot-Clausius. Cycle et théorème de Carnot. Applications aux machines thermiques : moteur, machine frigorifique (réfrigérateur, pompe à chaleur)
Changements de phase des corps purs. Allure du diagramme d’équilibre (P,T). Vapeurs sèche et saturante. Vaporisation en atmosphère gazeuse limitée. Allure du diagramme (P,u). Courbe de saturation. Chaleur latente. Relation de Clapeyron.
Travaux dirigés : 5 séances de 1h45
Chacune des 5 séances reprendra des exemples concrets les notions vues en cours.
Travaux pratiques : 2 séances de 3h 00
Loi de Boyle-Mariotte et gaz parfait : utilisation du tube de Kröncke.
Mesure du coefficient 𝜸 pour l’air : par les méthodes de Clément et Désormes et de résonnance.
Technique du vide : Mesures de pression par différents manomètres et baromètres. Etalonnage d’une jauge de pression par l’utilisation d’un manomètre à capsule. Mesure de vitesse de pompage et détermination du régime d’écoulement par le calcul du nombre de Knudsen.
S3 Métabolisme cellulaire intégré et régulation (BBM-104)-MIRE
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en :
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
La biochimie métabolique aborde les grands cycles métaboliques nécessaires au fonctionnement du vivant. Dans ce module d’initiation, les principales voies métaboliques de dégradation des molécules pour en tirer de l’énergie (catabolisme) sont décrites. Des liens sont effectués avec la biologie cellulaire, la physiologie, l’activité physique et sportive et les pathologies liées au dysfonctionnement du métabolisme.
Des notions d’enzymologies sont également apportées en soutien des explications de régulation métabolique.
Programme :
Cours magistraux
Les voies métaboliques décrites sont :
-la régulation enzymatique des voies principales, cinétiques michaeliennes et allostériques, inhibiteurs compétitifs, non compétitifs et incompétitifs, en vue de la compréhension des cycles métaboliques
-Introduction générale sur les réserves et les besoins métaboliques, relations avec les activités sportives, réserves mobilisées, type de métabolisme mis en place
- le métabolisme des sucres (glycolyse, glycogénogenèse et glycogénolyse)
- le métabolisme des protéines et des acides aminés, leur biosynthèse et leur catabolisme (transamination, désamination oxydative, décarboxylation)
- le métabolisme des lipides (catabolisme avec les différentes bêta-oxydations)
- le devenir de l’acétyl-CoA et la production d’énergie (fonction catabolique du cycle de Krebs, chaine respiratoire mitochondriale, phosphorylation oxydative)
- l’étude de l’interrelation entre les différentes voies métaboliques
Travaux dirigés : Exercices d’approfondissement des CM avec exemples pratiques, suivis de métabolites dans les voies métaboliques étudiées.
Travaux pratiques : Activité enzymatique de la lactate déshydrogénase, une enzyme du métabolisme anaérobie (fermentation lactique), en présence ou non d’inhibiteur.
S3 ECO-MIC Ecologie microbienne- Cycles biogéochimiques (BEE-102)
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVg (Sciences du Végétal)
E (Environnement) parcours Sciences Terre
S3 Nutrition minérale et hydrique des plantes (BPV-102)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
E (Environnement)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
La nutrition minérale de la plante intègre l'ensemble des mécanismes impliqués dans le prélèvement par les racines, le transport, le stockage et l'utilisation des ions minéraux nécessaires au métabolisme et à la croissance de la plante. Sur le plan appliqué, les connaissances acquises dans ce domaine sont utilisées pour gérer au mieux la fertilisation des cultures.
Tout comme l’organisme humain, la plante a besoin d’eau pour vivre. L’eau est indispensable à la formation de la sève et participe ainsi aux phénomènes de circulation et donc à l’apport de nutriments aux différents organes de la plante ; elle participe également à des phénomènes de régulations tel que la transpiration.
Les mécanismes sous-jacents à la nutrition minérale et hydrique des plantes seront ici décryptés et étudiés.
Programme :
Cours magistraux
Introduction : Histoire de la recherche en nutrition végétale, Sol et nutriments
Composition d’une plante : Eau, composition minérale, macro- et micro-éléments, déficiences et symptômes
Transport membranaire: Absorption de nutriments par les plantes, Membrane, apoplaste, transports actif et passif
Transport ascendant de l’eau et des nutriments: Transport longue distance, organes et tissus concernés, mouvement de l’eau et des minéraux, carences
Transport “descendant” : Le phloème et le transport
Nutrition soufrée
Nutrition azotée
symbioses plantes-microorganismes (focus sur symbioses de type, rhizobienne, mycorhizienne, actinorhizienne)
Travaux dirigés :
Nutrition azotée, de la cellule au champ (analyses de résultats publiés)
TD couplés TP
Travaux pratiques
- Mesure du potentiel hydrique de cellules d'épiderme d'oignon rouge
- Mesure de la transpiration chez le haricot (potomètre)
- Poussée racinaire chez le blé
- Absorption de l'eau et régulation de son entrée dans la plante
- Nutrition minérale (glutamine synthase)
S3 Physiologie végétale-La photosynthèse à la base de la chaîne alimentaire (BPV-103)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
La photosynthèse est un processus essentiel mis en place chez la plupart des plantes et d'autres organismes photoautotrophes pour convertir l'énergie lumineuse en énergie chimique par la capture du CO2 et sa conversion par sa fixation sous forme de composés organiques. Ce processus, essentiel à la vie sur terre et au maintien des chaines et réseaux alimentaires, est en grande partie responsable de la production et du maintien de la teneur en oxygène de l'atmosphère terrestre et fournit la majeure partie de l'énergie.
Dans ce module, seront présentés les organismes photosynthétiques, les lieux, les structures cellulaires/subcellulaires ainsi que les mécanismes sous-jacents régulant la photosynthèse. L’influence des facteurs environnementaux et notamment l’impact du changement climatique sur ce processus sera également abordé.
Programme :
Cours magistraux
Concepts historiques - Rappel du cycle du carbone.
Organismes photosynthétiques et siège de la photosynthèse. Organisation des thylacoïdes et des chloroplastes et leur diversité.
Réactions claires : Absorption de l’énergie lumineuse par les pigments (structures et agencement). Composition, organisation et fonctionnement des photosystèmes - Réactions d’oxydo-réduction et chaine de transferts d’électrons - Couplage chimio-osmotique, photo-phosphorylations .
Réactions de fixation du carbone : Cycle de Calvin. Photorespiration. Comparaison des processus adaptatifs des plantes C3, C4 et CAM.
Photosynthèse et facteurs environnementaux. Photoinhibition et processus de protection des plantes.
Perspectives de plantes résilientes aux modifications du climat.
Travaux dirigés :
Illustrations du cours sous formes d’exercices et analyses de données de publications. Mise en place, analyse et restitution des résultats obtenus en TP.
Travaux pratiques :
La photosynthèse et les facteurs de l’environnement (production de O2 et d’amidon, fixation CO2 versus respiration).
Extraction, analyse et caractérisation de pigments photosynthétiques
S3 Régulation des grandes fonctions par les systèmes nerveux autonome et endocriniens (PA-104)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
Pour coordonner le fonctionnement des organes et des millions de cellules qui les composent, l’organisme utilisent deux systèmes de régulation : le premier, le système nerveux dont l’activation conduit à des réponses adaptatives très rapides et le second, le système endocrine dont l’action est plus lente, reposant sur la libération d’hormones libérées par des glandes sécrétrices et véhiculés par le sang.
L’UE COMNEHO2 fait suite à l’UE Communication nerveuse et hormonale (COMNEHO1) du S2 et a pour objectifs de préciser les mécanismes de régulation de grandes fonctions à travers des exemples concrets et appliqués en TD/TP, afin de comprendre comment ces systèmes interviennent pour réguler l’homéostasie.
Cours magistraux :
- Le système nerveux autonome 4h
-Rappels sur l’Anatomie fonctionnelle du système nerveux autonome (SNA)
-Caractéristiques du fonctionnement du SNA :
Interactions des activités ortho- et para-sympathiques / Tonus vasomoteur et parasympathique / Double innervation ortho- et para-sympathique / Rôles exclusifs du système orthosympathique.
* Rôles des Neurotransmetteurs et récepteurs : Récepteurs cholinergiques / Récepteurs adrénergiques / Implication dans la modulation de la réponse / Exemples et importance clinique.
* Fonctionnement du SNA :
L’arc réflexe médullaire autonome
Illustration par le réflexe de miction
Régulation par le tronc cérébral
Régulation de la pression artérielle
Régulation de la respiration (introduction)
Régulation par le cortex cérébral
Régulation de la motilité et de la sécrétion gastrique
-L’hypothalamus à l’interface du SNA et su système endocrinien
Anatomie fonctionnelle de l’hypothalamus
Contrôle de la lipolyse adipocytaire
Régulation de la température corporelle
Hormones adénohypophysaires et neurohypophysaires
II-Le système endocrinien 3h
En relation avec le chapitre précédent, 2 fonctions liées à des hormones adénohypophysaires et neurohyphysaires seront abordées :
La croissance : l’hormone de croissance, son mode d’action, ses interactions avec d’autres hormones.
La lactation : rôle intégré d’hormones, l’implication de l’ocytocine.
Travaux dirigés :
TD1 : Analyse des résultats obtenus en TP.
Transposition au mammifère et applications en recherche clinique et fondamentale.
Travaux pratiques :
TP1 : Etude du potentiel d'action sur le modèle ver de terre
TP2 : Régulation des contractions du muscle lisse de l’utérus isolé de rongeur
TP3 : Fonctionnement du système endocrinien : TP Lab-Station sur un rat virtuel
S3 Usages numériques-préparation PIX (PIX-101)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
module de préparation au PIX
S3 Neurosciences1 (NEU-101)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
PCB (Préparation au concours B)
Les Neurosciences regroupent les recherches sur le système nerveux, depuis l’échelle moléculaire jusqu’au comportement de l’organisme entier, avec des technologies variées et spécifiques. Ce premier module propose de partir à la découverte de notre cerveau, d’expliquer son fonctionnement en s’appuyant sur des données moléculaires, anatomiques et comportementales, et de comprendre ses dysfonctionnements en situation pathologique.
Cours magistraux :
- Histoire des Neurosciences : le passé, présent et futur de cette spécialité transdisciplinaire, la place du cerveau depuis la Grèce antique jusqu’à la « neuromania » d’aujourd’hui.
- Le cerveau, quesaco ? Et la transmission nerveuse, comment ça marche ? Les principales structures anatomiques du cerveau, les différents types cellulaires et leur fonctionnement.
- L’évolution du système nerveux : du réseau neuronal diffus des cnidaires au cerveau des primates.
- Apprendre à apprendre : les mécanismes de l’apprentissage et de la mémoire.
- Le cerveau malade : diversité des pathologies du système nerveux central (maladies psychiatriques, neurodégénératives, inflammatoires).
Travaux dirigés :
- La démarche scientifique en neurosciences, place de l’expérimentation animale et diversité des modèles animaux.
- Genèse et propagation du message nerveux.
- Du cerveau sain au cerveau pathologique.
Travaux pratiques :
- Voyage au centre du cerveau : navigation au travers d’atlas numériques, de modélisations 3D, observation de lames histologiques.
- Étude de l’activité électrique de votre cerveau par électroencéphalographie (EEG).
- Test de mémoire et d’apprentissage.
S3 Biologie cellulaire 3-Flux d'information (BC-103)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Programme :
Ce module s'adresse aux étudiants qui souhaitent acquérir des bases élémentaires mais solides sur le flux d'information cellulaire (gènes / transcription / ARN / traduction / protéines / adressage des protéines aux différents compartiments cellulaires), sans entrer dans les détails mécanistiques. En essence, il s'agit d'une formation élémentaire en Biologie Cellulaire et Moléculaire adaptée à des étudiants qui ont besoin de maîtriser ces concepts dans le cadre de leur projet de formation (par exemple biologie évolutive, biologie des populations, enseignement des SVTs, physiologie animale ou végétale, biotechnologies ...) sans se destiner nécessairement à être spécialistes du domaine. Le programme comprend 6 thèmes:
Thème 1: Rappels sur les macromolécules (acides nucléiques, protéines), notions de génome et de protéome, chromatine.
Thème 2: Transcription, notion de gène, types d'ARN, nucléole.
Thème 3: Traduction, ribosome, repliement des protéines.
Thème 4: Compartimentation cellulaire, signaux d'adressage des protéines, adressage nucléaire.
Thème 5: Adressage aux mitochondries, plastes, et au reticulum endoplasmique.
Thème 6: Transport vésiculaire.
Chaque Thème de CM est adossé à un TD, qui est l'occasion de consolider les notions abordées en CM, et de les mobiliser dans le cadre d'exercices basés sur des exemples tirés de la recherche.
Extraction d’ADN génomique (Tenebrio)
Mise en évidence de l’adressage nucléaire (Drosophiles transgéniques avec rapporteur nucléaire)
S3 Microbiologie générale (MIC-101)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Programme :
Cours magistraux
Historique et domaine de la microbiologie.
La croissance bactérienne.
La cellule bactérienne : les composants externes à la paroi cellulaire (capsule, couche mucoïde, fimbriae, pili, flagelles et mobilité) ; structure et fonctions de la paroi et de périplasme (Gram + et Gram-) ; composition et fonctions de la membrane cytoplasmique ; le cytoplasme ; la sporulation ; la microscopie et la préparation des échantillons.
Nutrition bactérienne : classification des bactéries selon leurs besoins en énergie et en carbone ; besoins nutritionnels spécifiques des bactéries ; cycles biogéochimiques.
Les grandes familles bactériennes : les bactéries à Gram – (Spirocheteae, Pseudomonadaceae, Rhizobiaceae, Enterobacteriaceae, Vibrionaceae, Pasteurellaceae, Rickettsiaceae, Chlamydiacea) et les bactéries à Gram + (Bacillaceae, Staphylococcaceae, Listeriaceae).
TD : La croissance bactérienne.
TP : Croissance bactérienne / dénombrement / isolement / observations microscopiques (coloration de Gram).
S3 Bases fondamentales de l'immunologie (IMM-101)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
SVg (Sciences du Végétal)
BEE ((Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
Programme :
Cours magistraux :
Organes et cellules du système immunitaire inné et adaptatif
Immunité innée : mécanismes de reconnaissance et d’action
Reconnaissance des antigènes dans le système adaptatif (Immunoglobulines et récepteurs T) : diversité et spécificité
Complexe majeur d’histocompatibilité
Activation des lymphocytes T et B
Fonctions des cellules effectrices : le système immunitaire en action
TD et TP
Produire et utiliser des anticorps polyclonaux et monoclonaux
Présentation des différentes techniques de détection de l’interaction anticorps/antigène
Mettre en place un test d’immunoprécipitation en gel et un test immuno-enzymatique
Rechercher des parentés antigéniques par les tests d’Ouchterlony et ELISA
S3 Biologie du développement 1, Embryogenèse (DEV-101)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
La biologie du développement est l’étude des mécanismes qui permettent la genèse d’un être vivant pluricellulaire à partir d’une cellule œuf unicellulaire. Un aspect fondamental de ces mécanismes est le contrôle spatio-temporel de l’expression des gènes qui conduit à la mise en place d’identités cellulaires. Un autre aspect important est la différenciation cellulaire qui nécessite une coopération et une coordination cellulaires. L’ensemble de ces points est abordé dans cette UE aussi bien en biologie du développement animale (modèles Amphibien et Oiseau) qu’en biologie du développement végétal (développement du zygote chez les algues et les Angiospermes).
Programme :
Cours magistraux
Principe et concepts en Biologie du développement : historique, lignage détermination, spécification, Induction, Patron de formation, morphogènes. Biologie du développement d’organismes modèles Amphibien et Oiseaux : segmentation, gastrulation (mise en place des feuillets embryonnaires) et neurulation (mise en place du système nerveux)
Biologie du développement embryonnaire d’organismes modèles végétaux : segmentation, mise en place et contrôle de la polarité cellulaire, mécanismes de régulation de l’orientation des divisions et mise en place précoce des méristèmes.
Travaux dirigés
Les TD porteront sur la compréhension de la mise en place des tissus embryonnaires chez des modèles expérimentaux classiquement utilisés en biologie du développement animal et végétal
Travaux pratiques
Etude du développement de l’Oiseau, modèle en biologie du développement des vertébrés, gastrulation, neurulation
Etude du développement des graines de différents modèles végétaux, comparaison Monocotylédones et Dicotylédones, embryogenèse, mise en réserves.
S3 Essentiels de Génétique 1 (GEN-101)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Programme :
Ce module concerne la branche de la biologie qui étudie l’hérédité. Les notions de base qui y sont traitées, interviennent dans tous les domaines de la biologie. Il s'agit pour l’essentiel de rappels de concepts déjà abordés au cours de la scolarité qui sont présentés dans l'optique de leurs apports pour la génétique.
Il s'adresse aux étudiants qui souhaitent acquérir des bases élémentaires mais solides de Génétique. Il s'agit d'une formation adaptée aux étudiants qui ont besoin de maîtriser ces concepts dans le cadre de leur projet de formation (biologie évolutive, biologie des populations, enseignement des SVT, physiologie animale ou végétale, biotechnologies ...) sans se destiner à être spécialistes dans ce domaine.
Le programme comprend 6 thèmes (6x1,5h = 9h) :
Thème 1 : ELEMENTS de GENETIQUE FORMELLE :
concerne les bases moléculaires de l’hérédité dans lequel la structure et l’expression des gènes sont abordées (transcription traduction). Conséquences des mutations sur le phénotype. L’Origine de la variabilité par brassage est rappelée (méiose).
Thème 2 : MUTATIONS GENIQUE et CHROMOSOMIQUE :
s’intéresse aux mutations, leur origine, leur nature ainsi qu’à leurs effets phénotypiques. Changement du nombre ou de la structure des chromosomes sont aussi abordés, ainsi que les principales conséquences des mutations chromosomiques humaines.
Thème 3 : TRANSMISSION d’un GENE INDIVIDUEL :
concerne les modes de transmission des gènes. Les buts et méthodes de l'analyse génétique sont présentés. Hérédité humaine et transmission de maladies génétiques sont abordées.
Thème 4 : L’ASSORTIMENT INDEPENDANT des GENES :
Approche expérimentale. Loi de Mendel. Origine chromosomique et développement post-Mendélien.
Thème 5 : LIAISON et CARTOGRAPHIE
est consacré à la cartographie des génomes basée sur la recombinaison. Approche expérimentale. Diagnostic de la liaison génétique. Comparaison des cartes génétiques et physiques est proposée.
Thème 6 : GENETIQUE EVOLUTIVE (PHYLOGENIE)
Utilisation de l’information de séquences d’ADN pour identifier la diversité génétique et la divergence moléculaire à l’intérieur et entre les espèces. Notions de DNA-barcoding et de diversité cryptique.
Applications (TD-TP)
Chaque Thème de CM est adossé à un TD (6x2h), organisé sous forme de séances d’exercices. C’est l’occasion de consolider et approfondir les notions abordées en CM, mais aussi de savoir les mobiliser dans le cadre de situations concrètes.
TP1 (2h) : Dénombrement de population F2 issues de croisement de drosophiles. Illustration de l’hérédité liée au sexe (mutant white de Drosophila melanogaster).
TP2 (2h) : Identification de la diversité cryptique chez les éléphants et assignement par DNA-barcoding d’une corne saisie en douane à son espèce source (informatique). Exploitation de bases de données (Genbank) et de logiciel d’analyse (MEGA).
S3 Evolution1 (BEE-103)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
L’adaptation des organismes à leur milieu est une caractéristique essentielle du vivant, participant à l’évolution et la diversification des espèces. L’adaptation est le résultat de la sélection naturelle en tant que processus évolutif opérant à l’échelle des populations (de molécules, cellules, individus, groupes d’individus). Le succès reproductif différentiel des individus au sein d’une population, la variabilité phénotypique, et la contribution du polymorphisme génétique à cette variabilité, sont les conditions nécessaires et suffisantes pour que la sélection naturelle opère. Cette UE a pour objectif d’amener les étudiants à (i) maîtriser le raisonnement évolutionniste associé au processus d’adaptation, y compris le lien génotype-phénotype, (ii) comprendre les niveaux de sélection et l’unité de sélection, et leur importance dans l’évolution de la coopération et des conflits dans le vivant, (iii) comprendre les causes de maintien du polymorphisme adaptatif et son importance en biologie de la conservation.
A l’issue de cette UE, les étudiants maîtriseront le raisonnement évolutionniste appliqué à la diversification du vivant vue à l’échelle microévolutive, en sollicitant également des connaissances en biométrie (visualisation et quantification de la variabilité), biologie du développement et écologie (impact des facteurs abiotiques et biotiques sur la construction du phénotype). Les concepts seront abordés par des mises en situations pratiques, des discussions sur documents, et des jeux de rôles.
Cours magistraux (11h)
Sélection naturelle, un processus en deux temps
Modes de sélection, Adaptation, polymorphisme adaptatif
Sélection aux différents niveaux d’organisation du vivant
Approche quantitative de la variation phénotypique et ses causes (approche intuitive)
Plasticité phénotypique
Concepts (CM)
Cours magistraux (11h)
Sélection naturelle, un processus en deux temps
Modes de sélection, Adaptation, polymorphisme adaptatif
Sélection aux différents niveaux d’organisation du vivant
Approche quantitative de la variation phénotypique et ses causes (approche intuitive)
Plasticité phénotypique
Travaux dirigés et travaux pratiques (14h)
TD niveaux de sélection
TP adaptation: le biofilm, une adaptation? (EvolSTEM)
TP Evolution de la coopération
TD documents/discussion: Eugénisme (déterminisme génétique, environnemental, culturel), Changement global et plasticité phénotypique
Lien avec d’autres enseignements:
TD Variabilité de la taille humaine: part génétique et part environnementale
Biostatistiques (visualisation, quantification de la variabilité, “manipulation” de fréquences et probabilités)
Biologie moléculaire, génétique mendélienne
Biologie du développement
Ecologie: biologie des populations, facteurs abiotiques et biotiques
S4 Enseignements spécifiques PCB-Obligatoire
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S4 Sciences et Sociétés 3 (SES-203)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
participe du parcours PCB (Préparation au concours B)
S4 Biophysique : Mesures physiques et Biomécanique (MPB-201)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
PCB (Préparation au concours B)
Exploration des lois de biophysiques dans le monde du vivant : de la lumière, du mouvement, de la chaleur
Programme :
Cours magistraux : 3 cours de 2h
Rappels : Système SI, analyse dimensionnelle, écriture d’un résultat.
Incertitude et composition des incertitudes : notion d’incertitude, incertitude type, incertitude composée, différents types d’incertitude, écart relatif.
Ajustement Régression linéaire, loi exponentielle, loi de puissance. Coefficient de régression. Covariance. Ajustement polynomial.
Capteurs et chaine de mesure : étalonnage d’un capteur, réponse d’un capteur, biais, multiples critères pour choisir un capteur. Conversion électronique, amplification, conversion analogique/digitale. Exemples de deux types de capteurs : capteur de température et capteur vidéo.
Filtrage fréquentiel linéaire. Analyse de Fourier, Bruit, filtres passe-haut, passe-bas, passe-bande.
Travaux dirigés : 4 séances de 2h
Chacune des 4 séances reprendra sur des exemples concrets les notions vues en cours. Les étudiants auront l’occasion d’utiliser leur calculatrice (ou ordinateur portable)
Travaux pratiques :3 séances de 3h 45
Mesures et composition des incertitudes de mesures : Réflexion sur deux cas simples des erreurs expérimentales qui peuvent impacter la confiance en un résultat.
Cours magistraux : 3 cours de 2h COMMUM AVEC Capteurs
Rappels : Système SI, analyse dimensionnelle, écriture d’un résultat. Incertitude et composition des incertitudes ; Ajustement Régression linéaire, loi exponentielle, loi de puissance. Coefficient de régression. Covariance. Ajustement polynomial. ; Capteurs et chaine de mesure ; Filtrage fréquentiel linéaire. Analyse de Fourier, Bruit, filtres passe-haut, passe-bas, passe-bande.
Cours intégrés : 19h (9 x2h + 1h)
2h Optique géométrique (lentilles minces, foyers, distance focale, formules de conjugaison) ; visualisation et caractéristiques d’une image…)
6h Mécanique : Cinématique (Mouvement rectiligne et circulaire, Vitesse et accélération ; Dynamique (Force et lois de Newton, Mouvement avec frottement) Énergie, Travail et énergie cinétique, Énergie potentielle et forces conservatives (vol des oiseaux) ; Conditions d'équilibre d'un solide, Centre de gravité et moments, Moment d'inertie
4h Signal et rayonnement : Oscillateurs libres et amortis, Mouvement harmonique simple, Amortissement et résonance Oscillations biologiques ; Régime sinusoïdal forcé, Réponse d'un système à une force externe périodique, Phase, amplitude et fréquence)
4h Phénomène de transport : Loi de Fournier, advection, adsorption…
3h Thermodynamique : Lois de la thermodynamique, systèmes fermés ..
Exercices pratiques et exemples en biologie
Imagerie médicale, Microscopie électronique ; le mouvement, trajectoire des organismes, des cellules, tissus et organes) ; vol des oiseaux, pressions dans les fluides corporels ; rotation d’une cellule lors de la mitose ; rythmes circadiens, application en neurosciences sur les mécanismes de cognition, la mémoire et des troubles neurologiques, (régulation de la température, circulation du sang, de l’eau dans les plantes, de l’air dans les poumons interaction protéine cellule, respiration cellulaire d’une mitochondrie, Homéostasie
S4 Enseignements complémentaires PCB
ECTS
0 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S4 Chimie : Préparation Epreuve de chimie PEC (PEC-201)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
0 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Préparation et correction au tableau par la promotion d’annales de l’épreuve de chimie du concours B Vétérinaire (chimie organique et générale)
Programme :
Travaux dirigés (25h) 12 x2h + 1h
Résolution des problèmes de l’épreuve de chimie des années précédentes
Corrections au tableau
Documentation sur les cas de figures polémiques et/ou délicats
S4 Préparation aux oraux Concours B -2 POCB2
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
0 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module s’adresse aux étudiants préparant le concours B ENV et B BIO. 3 épreuves d’admission constituent les épreuves orales. Ce module vient en complément des modules de science et sociétés et du module de Préparation aux oraux Concours B -1. Il permet aux étudiants de présenter son projet et de débattre de problématiques sociétales en français et en anglais en situation de simulation des épreuves devant un jury.
Travaux dirigés (50h) 25 x2h
Anglais : 10h
Science et Sociétés : 10h
Préparation à l’entretien de motivation : 20h
- Présentation de son projet professionnel ; Motivation et discussion
- Commentaire, explication, débat sur d’articles de vulgarisation scientifiques
- Commentaire, explication, débat sur des articles de journaux en anglais
S4-anglais 4 (ANG-204)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
2 crédits
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
G (Géosciences)
E (Environnement)
PCB (Préparation au concours B)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Programme :
Travaux dirigés (12h)
Entraînement à la compréhension et restitution de documents audios qui traitent d'un sujet en rapport avec les Sciences de la Vie et de la Terre. Poursuite de l'acquisition de vocabulaire par blocs notionnels-fonctionnels : (16) V-ed / V-ing , (17) Liens et rapports, (18) Mesures, statistiques et pourcentages, (19) Pronoms relatifs, (20) Expression de la quantité. Entraînements réguliers via des exercices écrits et oraux. Révision du vocabulaire des semestres 1 à 3.
S4 au choix 7 à choisir
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
S4 TEBIO Techniques d'analyse en biochimie (BBM-208)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Programme :
Notions d’hygiène et sécurité en laboratoire, des phrases de risque et conseils de prudence associés, gestion des déchets dangereux, connaissances des pictogrammes de danger
Notions d’erreurs de mesure et de chiffres significatifs
Calcul théorique d’une masse à peser pour préparer une solution étalon, conversion d’unités
Principe de la mesure potentiométrique du pH et principe de fonctionnement du pHmètre
La Loi de Beer-Lambert et ses limites pour son utilisation en spectrophotométrie
Equilibrage des équations d’oxydo-réduction et acide-base pour calculer les concentrations des espèces chimiques associées
Principe du dosage des sucres par oxydo-réduction par les méthodes d’Hagedorn et Jensen et Bertrand et principes des tests qualitatifs (Benedict, Seliwanoff…)
Principes des dosages de l’indice de saponification pour caractériser des lipides
Principes de l’extraction des caséines du lait par précipitation en abaissant le pH jusqu’au pHi Compétences acquises par les étudiants :
S4 Biologie du développement 2 : Organogenèse (DEV-202)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
Ce module a pour but de permettre aux participants de découvrir les notions fondamentales de la biologie du développement animal et végétal : morphogenèse, spécification et différenciation cellulaires, migration et/ou communication cellulaires, formation des tissus et des organes.
Le module présentera les organismes modèles et les diverses techniques (dont l’imagerie, la génétique et la biologie moléculaire) qui permettent de trouver des réponses sous forme d’une synthèse des connaissances actuelles.
Programme :
Cours magistraux (10h)
Principe et concepts en Biologie du développement d’organismes modèles :
Drosophile: embryogenèse (Détermination des polarités, territoires présomptifs, gastrulation, neurogenèse et métamérie) et développement post-embryonnaire (organogenèse et métamorphose), Grillon (embryogenèse), Nématode (Caenorhabditis elegans) (reproduction et embryogenèse) (8h).
Biologie du développement d’organismes modèles végétaux : fonctionnement des méristèmes et croissance continue, description des mécanismes fins de la régulation des activités d’histogenèse et d’organogénèse dans l’espace et dans le temps (2h).
Travaux dirigés (6h)
Les TD seront consacrés à l'étude des approches expérimentales de la biologie développementale et l'utilisation des techniques de génétique, de biologie moléculaire et cellulaire sur différents modèles animaux (4h) et végétaux (2h).
Travaux pratiques (9h)
Etude de l’organogenèse chez les animaux (4h)
Etudes histologiques de tissus en organogenèse végétale (5h)
S4 Immunité et Infection (IMM-202)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
Programme :
Cours magistraux :
Les différentes maladies infectieuses : diversité des agents infectieux, relations hôtes-pathogènes, mécanismes de pathogénèse
La réponse immunitaire aux infections bactériennes
La réponse immunitaire aux infections virales
La réponse immunitaire aux infections parasitaires et fongiques
Vaccination et sérothérapie
Exemples de quelques défis actuels en médecine humaine et vétérinaire
TD : Préparation d’exposés sur des exemples de pathologies infectieuses et d’approches d’immunothérapies
S4 Biologie Cellulaire 4 : Cellules dans leur contexte social (BC-204)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
Programme :
Cours magistraux :
Communication intra et extracellulaire (signalisation)
Jonctions cellulaires, adhésion et migration
Introduction des interactions cellules humaines/animales et micro-organismes
Les niches cellulaires
Approfondissement des techniques de microscopie et de biologie cellulaire
Tissus et interaction cellulaire pathologique
Travaux dirigés
La signalisation cellulaire
La migration cellulaire
Travaux pratiques
- interactions cellules humaines/animales et micro-organismes
- Adhérence des cellules normales versus cellules tumorales
S4 ECO1 Ecologie générale (BEE-208)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
PCB (Préparation au concours B)
E (Environnement)
SVT ME (Métiers de l'enseignement)
Les interactions entre les organismes et leur environnement est le déterminant principal de la structuration et de l’évolution de la biodiversité. Un environnement peut être caractérisé par une diversité de facteurs écologiques qui peuvent impacter tous les niveaux écologiques, des individus aux communautés. Cans cette UE, nous identifierons les caractéristiques générales de ces facteurs écologiques, qu’ils soient d’origines abiotiques ou biotiques, au travers de différentes échelles spatiales et temporelles. Nous verrons également comment ces facteurs peuvent agir sur les organismes et les populations, afin d’identifier certaines lois majeures de structuration de la biodiversité. Cet enseignement sera abordé au travers de concepts généraux illustrés par des observations et des expériences au laboratoire et sur le terrain.
Les facteurs écologiques et leurs niveaux d’action
L’écologie factorielle (contraintes, ressources, performance individuelle)
La diversité des facteurs écologiques (provenance, périodicité, compartiment écologique, consommation, dépendant de la densité)
Facteurs limitants et lois associées (loi du minimum, rendement décroissant, loi de l’optimum, loi de tolérance, valence)
Lien entre performance individuelle et population (traits d’histoire de vie, allocation de ressource et compromis)
Caractérisation spatio-temporelle d’une population (structure spatiale, structure en âge/stade/taille, sex-ratio, démographie)
Les facteurs abiotiques et leurs modes d’actions
Les échelles de perception des facteurs (climat et météo, du microclimat aux zones climatiques)
Réponses individuelles aux facteurs abiotiques (température : réponses globales à la température et terminologie, courbe de performance thermique, humidité, luminosité, vent, neige, facteurs stationnaires)
Les modes d’action des facteurs abiotiques (moyennes, fluctuation, valeurs extrêmes, variations globales)
Les conséquences Les lois écologiques (vision de Gleason) et convergence éco-morphologique (Allen, Bergmann, Gloger)
Les facteurs biotiques et la régulation des populationnels
Dynamique d’une population (croissance exponentielle et logistique, capacité de charge, inertie populationnelle, formalisation mathématique de base)
Les facteurs de régulation dépendant de la densité (compétition intra-populationnelle et interactions interspécifiques, effet Allee)
Les stratégies biodémographiques (stratégies r/k et CSR)
Effet des organismes et des populations sur le milieu
Effet physique (ombre, création d’habitat...)
Effet chimiques (acidification)
Effet biochimiques (secrétions, rhizodéposition, mucilage, MO)
TP/TD :
Thème 1 : Sortie terrain et mesure de traits sur la végétation, sol, eau, air (adret vs ubac, analyse de diversité alpha)
Thème 2 : Caractérisation de traits d’histoire de vie, fécondité, couts de la reproduction et démographie chez la bruche/ténébrion, effet Allee
Thème 3 : Suivi temporel de la dynamique d’une population (levures/algues)
Colonisation des surfaces par les bryophytes et les lichens en lien avec l’exposition et les changements de facteurs abiotiques
TP escargots et caractéristiques abiotiques des habitats
S4 Physiologie musculaire et motricité (PA-205)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
Le muscle strié squelettique est l'organe effecteur de la motricité somatique qui permet à l’organisme de se déplacer dans son environnement, de réagir face à un danger ou de maintenir la posture. Il est exclusivement commandé par le système nerveux central par l’intermédiaire de son innervation motrice et sensitive. Ce cours présente la structure des muscles squelettiques et les mécanismes cellulaires et moléculaires de la contraction. Il traite également du métabolisme énergétique lié à l’activité musculaire. Une seconde partie présente les bases de l’anatomie musculaire et explique comment les muscles sont impliqués dans la motricité à travers des actes volontaires et réflexes.
Cours magistraux :
I. La contraction musculaire
A. Introduction Rappels sur la commande nerveuse (volontaire / réflexe)
B. Structure et organisation du muscle squelettique Anatomie macroscopique et microscopique
C. Mécanismes cellulaires de la contraction musculaire squelettique Jonction neuro-musculaire et unités motrices Couplage excitation-contraction Comparaison avec le muscle lisse
D. Réponses mécaniques des muscles aux stimulus Effets de la fréquence et de l’intensité de stimulation Sommation temporelle / relation force-longueur / sommation spatiale Force et fatigabilité des différents types de fibres musculaires
E. Métabolisme énergétique musculaire Différentes sources de production d’ATP Régénération de l’ATP au cours de l’activité physique Métabolisme des différents types de fibres musculaires
II. Motricité
A. Bases d’anatomie musculaire
B. Contrôle de la motricité *Les réflexes spinaux somatiques Récepteurs proprioceptifs Réflexe myotatique d’étirement Réflexe ipsilatéral de flexion Réflexe de flexion-extension croisée Tonus musculaire *Activités automatiques ou semi-volontaires *Motricité volontaire Aires motrices / voies descendantes Structures de contrôles et de coordination Travaux dirigés : TD1 : Introduction à l’électromyographie, applications en recherche clinique et fondamentale TD2 : Contraction musculaire et activité physique Une évaluation courte sera programmée en fin de séance pour juger de la compréhension du TD.
Travaux dirigés :
TD1 : Introduction à l’électromyographie, applications en recherche clinique et fondamentale
TD2 : Contraction musculaire et activité physique Une évaluation courte sera programmée en fin de séance pour juger de la compréhension du TD
Travaux pratiques :
TP1 : Réflexe myotatique et EMG chez l'Homme
TP2 : Etude de la jonction neuromusculaire (LabStation)
S4 Stratégie d’adaptations des plantes aux stress (BPV-204)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
Les plantes faisant face à de nombreux stress, elles sont obligées de s’acclimater, de s’accommoder et de s’adapter pour survivre. Au cours de ce module, nous étudierons ces mécanismes à différentes échelles de l’organisme (de la cellule à l’organe) et différente échelle temporelle (de quelques semaines à plusieurs générations).
Programme :
Cours magistraux : Les concepts d’acclimatation, d’accommodation et d’adaptation des plantes à leur environnement seront étudiés.
Travaux dirigés :Les séances de TD s’appuient sur l’analyse de résultats scientifique et l’étude de la collection de plantes des serres de l’uB.
Travaux pratiques ; L’acclimatation, l’adaptation et la spécialisation des plantes seront étudiées à différente échelle (de la cellule à organe).
S4 Physiologie rénale et équilibre hydrique (PA-206)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
PCB (Préparation au concours B)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Ce module vise à présenter l’homéostasie de l’équilibre hydrique, électrolytique et acidobasique de l'organisme. Cet équilibre est maintenu par les apports et les pertes en eau et en électrolytes et par leur répartition dans l'organisme. Ils sont régulés par le système rénal, hormonal, nerveux et le pulmonaire. Les déséquilibres hydrique, électrolytique et acidobasique altèrent le fonctionnement de plusieurs fonctions de l’organisme notamment la respiration, le métabolisme et la fonction cardiovasculaire, la fonction rénale et la fonction du système nerveux central.
Programme :
Cours magistraux : Physiologie rénale, Equilibre hydrique, électrolytique et acido-basique
L’eau dans l’organisme : Poids hydrique de l'organisme, Compartiments hydriques de l’organisme, Volume sanguin, Mesure des volumes liquidiens de l'organisme, Composition des liquides organique, Principe de base de l ’osmose, pression osmotique, Echanges entre les différents compartiments
Equilibre hydrique : Apports et déperditions hydriques ; Régulation du VOLUME SANGUIN - Déshydratation - Hyperhydratation - Oedème 3 )
Equilibre electrolytiques : Rôle des ions Na + dans l'équilibre hydro- electrolytique ;Régulation de l'équilibre des ions K+ 3 - 3 Equilibre des ions calcium ; Equilibre des ions Magnésium; Régulation des anions
Equilibre acide-basique : les systèmes tampons chimiques ; Régulation respiratoire de la concentration des ions hydrogène ;Mécanismes rénaux de l'équilibre acido-basique ; Déséquilibres acido basique; Maintien de l'equilibre acido-basique
Anatomie, fonctions et régulations rénales : Anatomie rénale ;Les grandes fonctions rénales; Régulations nerveuses de l’activité rénale ; Régulations hormonales de l’activité rénal; Système intégratif : le système rénal dans la régulation du volume d’eau corporelle totale
S4 Chimie : Chimie des solutions (CHS-101)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Ce module a pour objectif de mettre en pratique les notions essentielles de la chimie des solutions, après un bref rappel des concepts théoriques sous forme de cours intégré.
Programme :
Cours intégré (10h) 5 x2h
Réactions acido-basiques
Réactions d’oxydo-réduction
Réactions de précipitation
Réactions de complexation
Cinétique chimique
Travaux pratiques (15h) 5 x3h
Préparation de solutions et vérification de leur titre par pH-métrie
Equilibres de précipitation-solubilité dépendant du pH
Equilibres d’oxydo-réduction
Détermination d’une loi cinétique par étude pH-métrique de la saponification de CH3CO2C2H5
Dosage du lait : acidité, teneurs en chlorure et en calcium
S4 Neurosciences 2 (NEU-202)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
L’intégration cérébrale des informations sensorielles issues de l’environnement est essentielle à l’élaboration des actions, l’exploration motrice et donc l’adaptation comportementale. Se représenter le monde et y diriger des actions est à la base de la survie. Nous examinerons la vision, un sens relié à la cognition (reconnaissance, lecture …) et à l’opposé, l’olfaction qui est un sens relié aux comportements végétatifs (alimentation…) et aux émotions. Enfin, le système sensori-moteur sera abordé, permettant de souligner que le geste volontaire dépend de régions corticales hiérarchisées mais aussi de régions sous-corticales permettant sa régulation.
Programme :
Cours magistraux (13h)
-Mécanismes cérébraux de la VISION
∞le lobe occipital et l’organisation des aires corticales de la vision
*l’organisation du cortex visuel primaire (V1) :
- les colonnes de dominance oculaire
- les colonnes d’orientation du stimulus visuel
*la spécialisation des aires visuelles secondaires: couleur, mouvement et forme
∞Au-delà du lobe occipital :
*voir et reconnaître : la voie visuelle « temporale»
*voir et localiser : la voie visuelle « pariétale»
-Mécanismes cérébraux de l’OLFACTION
∞l’organisation du cortex olfactif primaire
∞les connexions centrales du cortex olfactif
*hypothalamus et l’intégration neuro-végétative des odeurs
*l’amygdale et le traitement émotionnel
*l’hippocampe et la mémorisation
-Le système SENSORI-MOTEUR
∞Intégration corticale des informations somatosensorielles
∞L’organisation de la commande motrice volontaire
*Régions prémotrices et anticipation de l’action, les neurones miroirs
*Cortex moteur Primaire et voie descendante pyramidale
∞La régulation motrice : ganglions de la base et cervelet
Travaux dirigés (6h)
TD basés sur l’analyse de documents scientifiques et l’élaboration d’exposés sur des thèmes transversaux : ∞relation vision & mouvement de la main
∞Les bases cérébrales de la reconnaissance faciale et les altérations (prosopagnosie)
∞ Les saccades oculaires, la vision et le langage écrit
∞La neuroplasticité dans les systèmes sensoriels (les travaux fondateurs d’Hubel et Wiesel / Plasticité) olfactive/ plasticité sensori-motrice (réorganisation des cartes corticales suite à un changement périphérique comme l’amputation ou la greffe)
Travaux pratiques (6h)
∞observations histologiques
∞ mise en place d’un test comportemental sensoriel
∞documents vidéos et analyse de résultats
S4 DRV2 Biologie végétale : Diversité du Règne Végétal 2 (DRV-202)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
Cet enseignement est dispensé sous forme de travaux dirigés et pratiques, avec pour objectif de fournir une connaissance approfondie de la classification phylogénétique actuelle du règne végétal. Les différents clades du règne végétal sont étudiés à la lumière de leurs caractéristiques évolutives majeures. Une attention particulière est portée à l'étude détaillée de la classification phylogénétique des plantes à fleurs (Angiospermes).
À l'issue de cette formation, les étudiants sont en mesure d'analyser et d'identifier les organismes végétaux, de les classer correctement, d'utiliser des clés de détermination et de concevoir des clés de détermination simples. Une séance de travaux pratiques est consacrée à l'initiation à l'analyse cladistique et à la construction d'arbres phylogénétiques et deux séances de botanique sont organisées sur le terrain.
Travaux dirigés (16 h)
3h : Bryophytes ; Ptéridophytes
3h : Coniférophytes
3h : Angiospermes : la classification APG IV ; lignées
basales, Monocotylédones
3h : Angiospermes : Eudicotylédones 1
3h : Angiospermes : Eudicotylédones 2
1h : CC : 15 min associées à 4 séances
Travaux dirigés (16 h)
3h : Bryophytes ; Ptéridophytes
3h : Coniférophytes
3h : Angiospermes : la classification APG IV ; lignées
basales, Monocotylédones
3h : Angiospermes : Eudicotylédones 1
3h : Angiospermes : Eudicotylédones 2
1h : CC : 15 min associées à 4 séances
S4 DRA4 Diversité du règne animal 4 : classification phylogénétique des animaux (DRA-204)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
La classification du vivant permet de répondre à de nombreuses questions méthodologiques : comment se repérer dans la diversité du vivant ou encore quels sont les critères utilisés dans la classification du vivant entre autres.
L’enseignement proposé est une formation sous forme de travaux dirigés dont l’objectif est d’apporter une connaissance de la classification phylogénétique actuelle du règne animal. Les principaux clades du règne animal sont abordés. A l’issu de cet enseignement, les étudiants seront capables de replacer des animaux observés dans la classification en utilisant des clés de détermination ou des critères de classification phylogénétique.
Groupes abordés de manière exhaustive : Mollusques/Annélides, Pancrustacés , Pancrustacés Hexapodes , Vertébrés non amniotes (des Cyclostomes aux Lissamphibiens) , Mammifères / Diapsides : Lépidosauriens Chéloniens, Archosauriens : Oiseaux/Crocodiliens
Travaux dirigés : Cladistique ; Observation de la biodiversité animale au travers de divers clades.
S4 Microbiologie et biotechnologie (MIC-202)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
SVg (Sciences du Végétal)
PCB (Préparation au concours B)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Programme :
Cours magistraux :
Généralités et rappel sur la diversité du monde microbien.
Sélection de souches d’intérêt.
Modifications génétiques des microorganismes.
Applications biotechnologiques des microorganismes (bactéries, archébactéries, champignons, eucaryotes unicellulaires et virus).
TD : Techniques de bases pour l’analyse en microbiologie / Manipulation de bactéries à des fins de recherche fondamentale et de biotechnologie.
TP : Observations de microorganismes.
S4 Physiologie sensorielle (PA-208)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
Cette UE permet aux étudiants d’acquérir les bases du fonctionnement des systèmes sensoriels périphériques. En interaction permanente avec son environnement, chaque individu réagit vis à vis des stimulations sensorielles du monde extérieur mais aussi de son propre monde intérieur. Cela permet le maintien des constantes vitales et donc de l’homéostasie, comme dans le cas de l’alimentation l’ensemble des organes sensoriels (la vision, l’audition, l’odorat, la gustation et la somesthésie) sont sollicités dans le comportement alimentaire et outre ses propriétés nutritionnelles, chaque aliment se définit par ses propriétés organoleptiques ( « couleur, odeur, saveur, croustillance, texture ..etc) . Cette UE s’adresse aux étudiants se destinant à des formations en physiologie du comportement alimentaire et/ou l’analyse sensorielle.
Programme :
Cours magistraux :
Présentation des sens et des organes des sens
Anatomie fonctionnelle
Présentation générale des sens
Les organes des sens
- Vision
- Somesthésie (tactile (texture) ; kinesthésique, thermique, sensation trigéminale
- Audition
- Olfaction
- Gustation.
Présentation générale des récepteurs sensoriels
*sensibilité extéroceptive et sensibilité proprioceptive
*sensibilité intéroceptive ou sensibilité viscérale
* sensibilité chémoceptrice (Le goût, l'odorat)
*La conversion du stimulus en activité neuronale : la transduction (le potentiel de récepteur et la genèse de potentiels d’action)
*La représentation des paramètres de la stimulation sensorielle : le codage
*Les récepteurs sensoriels sont capables de coder les variations des paramètres physico-chimiques de l'environnement et de son propre milieu intérieur.
*le codage de l’intensité du stimulus ; durée du stimulus et phénomène d’adaptation
Travaux dirigés :
TD1 : Une fonction aux portes de la neurosensorilaité : l’équilibration
TD2 : le sommeil.
TD3 : Analyse des résultats obtenus en TP.
Transposition au mammifère et applications en recherche clinique et fondamentale.
Travaux pratiques :
TP1 : -perception gustative specifiques (vidéo, CD gout)
TP2 : enregistrement de l’électro-olfactogramme
TP3 : Sens chimiques (observations de lames bourgeons du gout, muqueuse olfactive )
S2 SPENZY Structure des protéines et enzymologie : Biochimie Biologie Moléculaire (BBM-202)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Le module de structure des Protéines et Enzymologie aborde les différents niveaux de structuration des protéines. Les principales techniques d’analyses des protéines sont également décrites. L’enzymologie de type Michaelien est expliquée, avec la description des activités enzymatiques, de la cinétique et sa régulation par des inhibiteurs compétitifs, non compétitifs ou incompétitifs notamment. Quelques notions de régulation allostérique sont également traitées. Des TD et TP viennent en soutien et en complément des cours.
Cours magistraux (9h)
-Chapitre 1 : Structures des protéines (4,5h)
Les différents niveaux de structuration des protéines (primaire, secondaire, tertiaire et quaternaire), exemples de maladies dues à la conformation inappropriée de protéines, dénaturation des protéines, Isolement et méthodes de séparation et de purification des protéines
-Chapitre 2 : Enzymologie (4,5h)
Définitions et propriétés, catalyse enzymatique, cinétique d’une réaction enzymatique, mécanismes de régulation de l’activité enzymatique, contrôle de l’activité enzymatique par régulation allostérique
Travaux dirigés (10h)
Exercices portant sur la structure des protéines et les méthodes d’analyse en lien avec cette structure (purification des protéines, électrophorèse (PAGE-SDS) chromatographie sur colonne…). (4h)
Exercices d’enzymologie : enzymes michaeliennes : activité, unités, représentation graphiques classiques, inhibiteurs compétitifs et non-compétitifs. (6h)
Travaux pratiques (2h + 3h)
- Le 1er TP de 2h portera sur un dosage de protéine au Bradford.
- Le second TP de 3h permet la mesure de l’activité enzymatique de la phosphatase alcaline.
S2 BC 2 Biologie cellulaire 2 (BC-202)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
L’objectif du module est de faire découvrir aux étudiants les grandes étapes de la vie cellulaire, de la cellule souche à la mort cellulaire, en passant par les différents modes de division cellulaire. Le module abordera des exemples dans le règne animal et végétal afin de préparer les étudiants aux différents modules et parcours de la L2. Les travaux pratiques seront l’occasion pour les étudiants de réaliser des observations et des manipulations sur différents types de cellules.
Cours magistraux (13h)
Cellules souches 2h
Cycle cellulaire et méiose 3h
Spermatogenèse et ovogenèse : 2h
Travaux dirigés (6h)
Cycle cellulaire et méiose.
Différenciation cellulaire et mort cellulaire
Intégration des fonctions cellulaires
Différenciation cellulaire animale : 2h CM
Mort cellulaire : 2h CM
Différenciation et morts cellulaires végétales : 2h CM
Travaux pratiques (6h)
- Cycle cellulaire (4h)
- Mort cellulaire et différenciation (2h)
S2 DRV1 Biologie végétale : Diversité du Règne Végétal 1 (DRV-201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Cet enseignement présente la diversité des organismes végétaux et fongiques dans le monde vivant et leur rôle dans le fonctionnement des écosystèmes. La progression de cet enseignement suit l’avènement des grandes innovations évolutives et adaptatives qui ont opéré dans le monde vivant au cours du temps et intègre des notions fonctionnelles pour comprendre cette diversité.
Cours magistraux (12h)
Particularités et diversité des organismes fongiques.
Émergence des organismes végétaux. Origine des végétaux eucaryotes. Les algues et la colonisation du milieu terrestre. Diversification des plantes terrestres et les grandes acquisitions qui sont associées à la colonisation du milieu terrestre.
Travaux dirigés (1h)
CC – 15 min associées à chacune des séances de TP
Travaux pratiques (12h : 3h x 4 séances)
Les cycles de vie des principaux taxons végétaux (et fongiques) sont illustrés lors de travaux pratiques en salle : les différentes phases biologiques et la diversité morpho-fonctionnelle des différents groupes sont décrites à l’appui de spécimens frais provenant des Serres pédagogiques de l’Université de Bourgogne.
TP1: Thalles et différenciation sexuelle : Champignons, Algues ; Lichens
TP2: Cormus, spécialisation cellulaire et affranchissement du milieu aquatique : Bryophytes ; Ptéridophytes
TP3: L’ovule et les plantes à graines : Gymnospermes
TP4: Fleurs et fruits : le succès évolutif des Angiospermes
S2 DRA1 Diversité du Règne Animal 1-biologie animale (DRA-201)
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Cette discipline est une science du vivant qui étudie plus particulièrement le règne animal à travers leurs structures et leurs grandes fonctions (vie de relation (système nerveux), digestion, excrétion/osmoréguation, reproduction, respiration, locomotion, etc.), les caractéristiques de leur plan d’organisation. De ce fait, la biologie animale intègre non seulement de la zoologie, mais aussi de la physiologie animale, des neurosciences, voire de l’éthologie. Elle comprend également la classification phylogénétique des animaux qui repose sur la compréhension que nous avons actuellement de l’évolution des espèces.
Cette première partie présente les animaux dits « Chordés » qui englobent principalement les Vertébrés.
Cours magistraux
Origine des Vertébrés : les acquisitions évolutives des Vertébrés, issus des Chordés, et leurs conséquences morpho-fonctionnelles.
Les fonctions vitales principales et plans d’organisation, leurs mises en place. Fonctions : de relation (système nerveux central, digestion, excrétion et osmorégulation, respiration, circulation, téguments, squelette et locomotion).
Ces enseignements présentent quelques principales adaptations morpho-fonctionnelles des Vertébrés et leurs évolutions pour s’adapter au milieu de vie (adaptations eau salée/douce, sortie des eaux, adaptations du squelette pour la locomotion, etc…).
Les travaux dirigés-travaux pratiques sont couplés, illustrant et approfondissant les notions vues en cours :
Organisation des Chordés non Vertébrés vs. Vertébrés
Organisation générale : Amphioxus (Céphalochordé) vs. Alevin de truite (Vertébré).
Etude approfondie de l’organisation d’un Vertébré : exemple de la souris, avec focus sur l’appareil digestif.
Respiration et échanges tégumentaires : Comparaison du tégument de l’Alevin vs. la Grenouille vs. Homme : « sortie des eaux » et adaptation à la vie terrestre.
Squelette appendiculaire et locomotion: adaptation à la course, saut, nage, vol.
S3 BIOMAP Biochimie métabolique approfondie et pathologies associées (BBM-105)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe de la spécialité :
- BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
Il est suivi par les étudiants de CYPI
La biochimie métabolique aborde les grands cycles métaboliques nécessaires au fonctionnement du vivant.
Dans ce module de maitrise, les principales voies métaboliques de synthèse de molécules (anabolisme), sont décrites. Une fois le module d’initiation acquis, des voies complémentaires seront abordées. Leurs liens avec la physiologie, la physiopathologie et les voies précédemment décrites seront expliqués.
Programme :
Cours magistraux :
Les voies métaboliques décrites sont :
- le métabolisme des sucres (voie des pentoses, néoglucogenèse)
- le métabolisme des protéines et des acides aminés, leur biosynthèse et leur catabolisme (aldolisation, cycle de l’urée, anabolisme des amino-acides)
- le métabolisme des lipides (biosynthèse des acides gras, régulation de la cétogenèse…)
- le devenir de l’acétyl-CoA et la production d’énergie (fonction anabolique du cycle de Krebs)
- l’étude de l’interrelation entre les différentes voies métaboliques)
Travaux dirigés
Exercices d’approfondissement des CM avec exemples pratiques et situations pathologiques, suivis de métabolites dans les voies métaboliques étudiées
S3 Métabolisme cellulaire intégré et régulation (BBM-104)-MIRE
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en :
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
La biochimie métabolique aborde les grands cycles métaboliques nécessaires au fonctionnement du vivant. Dans ce module d’initiation, les principales voies métaboliques de dégradation des molécules pour en tirer de l’énergie (catabolisme) sont décrites. Des liens sont effectués avec la biologie cellulaire, la physiologie, l’activité physique et sportive et les pathologies liées au dysfonctionnement du métabolisme.
Des notions d’enzymologies sont également apportées en soutien des explications de régulation métabolique.
Programme :
Cours magistraux
Les voies métaboliques décrites sont :
-la régulation enzymatique des voies principales, cinétiques michaeliennes et allostériques, inhibiteurs compétitifs, non compétitifs et incompétitifs, en vue de la compréhension des cycles métaboliques
-Introduction générale sur les réserves et les besoins métaboliques, relations avec les activités sportives, réserves mobilisées, type de métabolisme mis en place
- le métabolisme des sucres (glycolyse, glycogénogenèse et glycogénolyse)
- le métabolisme des protéines et des acides aminés, leur biosynthèse et leur catabolisme (transamination, désamination oxydative, décarboxylation)
- le métabolisme des lipides (catabolisme avec les différentes bêta-oxydations)
- le devenir de l’acétyl-CoA et la production d’énergie (fonction catabolique du cycle de Krebs, chaine respiratoire mitochondriale, phosphorylation oxydative)
- l’étude de l’interrelation entre les différentes voies métaboliques
Travaux dirigés : Exercices d’approfondissement des CM avec exemples pratiques, suivis de métabolites dans les voies métaboliques étudiées.
Travaux pratiques : Activité enzymatique de la lactate déshydrogénase, une enzyme du métabolisme anaérobie (fermentation lactique), en présence ou non d’inhibiteur.
S3 Biologie cellulaire 3-Flux d'information (BC-103)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Programme :
Ce module s'adresse aux étudiants qui souhaitent acquérir des bases élémentaires mais solides sur le flux d'information cellulaire (gènes / transcription / ARN / traduction / protéines / adressage des protéines aux différents compartiments cellulaires), sans entrer dans les détails mécanistiques. En essence, il s'agit d'une formation élémentaire en Biologie Cellulaire et Moléculaire adaptée à des étudiants qui ont besoin de maîtriser ces concepts dans le cadre de leur projet de formation (par exemple biologie évolutive, biologie des populations, enseignement des SVTs, physiologie animale ou végétale, biotechnologies ...) sans se destiner nécessairement à être spécialistes du domaine. Le programme comprend 6 thèmes:
Thème 1: Rappels sur les macromolécules (acides nucléiques, protéines), notions de génome et de protéome, chromatine.
Thème 2: Transcription, notion de gène, types d'ARN, nucléole.
Thème 3: Traduction, ribosome, repliement des protéines.
Thème 4: Compartimentation cellulaire, signaux d'adressage des protéines, adressage nucléaire.
Thème 5: Adressage aux mitochondries, plastes, et au reticulum endoplasmique.
Thème 6: Transport vésiculaire.
Chaque Thème de CM est adossé à un TD, qui est l'occasion de consolider les notions abordées en CM, et de les mobiliser dans le cadre d'exercices basés sur des exemples tirés de la recherche.
Extraction d’ADN génomique (Tenebrio)
Mise en évidence de l’adressage nucléaire (Drosophiles transgéniques avec rapporteur nucléaire)
S3 Microbiologie générale (MIC-101)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Programme :
Cours magistraux
Historique et domaine de la microbiologie.
La croissance bactérienne.
La cellule bactérienne : les composants externes à la paroi cellulaire (capsule, couche mucoïde, fimbriae, pili, flagelles et mobilité) ; structure et fonctions de la paroi et de périplasme (Gram + et Gram-) ; composition et fonctions de la membrane cytoplasmique ; le cytoplasme ; la sporulation ; la microscopie et la préparation des échantillons.
Nutrition bactérienne : classification des bactéries selon leurs besoins en énergie et en carbone ; besoins nutritionnels spécifiques des bactéries ; cycles biogéochimiques.
Les grandes familles bactériennes : les bactéries à Gram – (Spirocheteae, Pseudomonadaceae, Rhizobiaceae, Enterobacteriaceae, Vibrionaceae, Pasteurellaceae, Rickettsiaceae, Chlamydiacea) et les bactéries à Gram + (Bacillaceae, Staphylococcaceae, Listeriaceae).
TD : La croissance bactérienne.
TP : Croissance bactérienne / dénombrement / isolement / observations microscopiques (coloration de Gram).
S3 Essentiels de Génétique 1 (GEN-101)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Programme :
Ce module concerne la branche de la biologie qui étudie l’hérédité. Les notions de base qui y sont traitées, interviennent dans tous les domaines de la biologie. Il s'agit pour l’essentiel de rappels de concepts déjà abordés au cours de la scolarité qui sont présentés dans l'optique de leurs apports pour la génétique.
Il s'adresse aux étudiants qui souhaitent acquérir des bases élémentaires mais solides de Génétique. Il s'agit d'une formation adaptée aux étudiants qui ont besoin de maîtriser ces concepts dans le cadre de leur projet de formation (biologie évolutive, biologie des populations, enseignement des SVT, physiologie animale ou végétale, biotechnologies ...) sans se destiner à être spécialistes dans ce domaine.
Le programme comprend 6 thèmes (6x1,5h = 9h) :
Thème 1 : ELEMENTS de GENETIQUE FORMELLE :
concerne les bases moléculaires de l’hérédité dans lequel la structure et l’expression des gènes sont abordées (transcription traduction). Conséquences des mutations sur le phénotype. L’Origine de la variabilité par brassage est rappelée (méiose).
Thème 2 : MUTATIONS GENIQUE et CHROMOSOMIQUE :
s’intéresse aux mutations, leur origine, leur nature ainsi qu’à leurs effets phénotypiques. Changement du nombre ou de la structure des chromosomes sont aussi abordés, ainsi que les principales conséquences des mutations chromosomiques humaines.
Thème 3 : TRANSMISSION d’un GENE INDIVIDUEL :
concerne les modes de transmission des gènes. Les buts et méthodes de l'analyse génétique sont présentés. Hérédité humaine et transmission de maladies génétiques sont abordées.
Thème 4 : L’ASSORTIMENT INDEPENDANT des GENES :
Approche expérimentale. Loi de Mendel. Origine chromosomique et développement post-Mendélien.
Thème 5 : LIAISON et CARTOGRAPHIE
est consacré à la cartographie des génomes basée sur la recombinaison. Approche expérimentale. Diagnostic de la liaison génétique. Comparaison des cartes génétiques et physiques est proposée.
Thème 6 : GENETIQUE EVOLUTIVE (PHYLOGENIE)
Utilisation de l’information de séquences d’ADN pour identifier la diversité génétique et la divergence moléculaire à l’intérieur et entre les espèces. Notions de DNA-barcoding et de diversité cryptique.
Applications (TD-TP)
Chaque Thème de CM est adossé à un TD (6x2h), organisé sous forme de séances d’exercices. C’est l’occasion de consolider et approfondir les notions abordées en CM, mais aussi de savoir les mobiliser dans le cadre de situations concrètes.
TP1 (2h) : Dénombrement de population F2 issues de croisement de drosophiles. Illustration de l’hérédité liée au sexe (mutant white de Drosophila melanogaster).
TP2 (2h) : Identification de la diversité cryptique chez les éléphants et assignement par DNA-barcoding d’une corne saisie en douane à son espèce source (informatique). Exploitation de bases de données (Genbank) et de logiciel d’analyse (MEGA).
S3 Nutrition minérale et hydrique des plantes (BPV-102)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
E (Environnement)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
La nutrition minérale de la plante intègre l'ensemble des mécanismes impliqués dans le prélèvement par les racines, le transport, le stockage et l'utilisation des ions minéraux nécessaires au métabolisme et à la croissance de la plante. Sur le plan appliqué, les connaissances acquises dans ce domaine sont utilisées pour gérer au mieux la fertilisation des cultures.
Tout comme l’organisme humain, la plante a besoin d’eau pour vivre. L’eau est indispensable à la formation de la sève et participe ainsi aux phénomènes de circulation et donc à l’apport de nutriments aux différents organes de la plante ; elle participe également à des phénomènes de régulations tel que la transpiration.
Les mécanismes sous-jacents à la nutrition minérale et hydrique des plantes seront ici décryptés et étudiés.
Programme :
Cours magistraux
Introduction : Histoire de la recherche en nutrition végétale, Sol et nutriments
Composition d’une plante : Eau, composition minérale, macro- et micro-éléments, déficiences et symptômes
Transport membranaire: Absorption de nutriments par les plantes, Membrane, apoplaste, transports actif et passif
Transport ascendant de l’eau et des nutriments: Transport longue distance, organes et tissus concernés, mouvement de l’eau et des minéraux, carences
Transport “descendant” : Le phloème et le transport
Nutrition soufrée
Nutrition azotée
symbioses plantes-microorganismes (focus sur symbioses de type, rhizobienne, mycorhizienne, actinorhizienne)
Travaux dirigés :
Nutrition azotée, de la cellule au champ (analyses de résultats publiés)
TD couplés TP
Travaux pratiques
- Mesure du potentiel hydrique de cellules d'épiderme d'oignon rouge
- Mesure de la transpiration chez le haricot (potomètre)
- Poussée racinaire chez le blé
- Absorption de l'eau et régulation de son entrée dans la plante
- Nutrition minérale (glutamine synthase)
S3 Physiologie végétale-La photosynthèse à la base de la chaîne alimentaire (BPV-103)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
La photosynthèse est un processus essentiel mis en place chez la plupart des plantes et d'autres organismes photoautotrophes pour convertir l'énergie lumineuse en énergie chimique par la capture du CO2 et sa conversion par sa fixation sous forme de composés organiques. Ce processus, essentiel à la vie sur terre et au maintien des chaines et réseaux alimentaires, est en grande partie responsable de la production et du maintien de la teneur en oxygène de l'atmosphère terrestre et fournit la majeure partie de l'énergie.
Dans ce module, seront présentés les organismes photosynthétiques, les lieux, les structures cellulaires/subcellulaires ainsi que les mécanismes sous-jacents régulant la photosynthèse. L’influence des facteurs environnementaux et notamment l’impact du changement climatique sur ce processus sera également abordé.
Programme :
Cours magistraux
Concepts historiques - Rappel du cycle du carbone.
Organismes photosynthétiques et siège de la photosynthèse. Organisation des thylacoïdes et des chloroplastes et leur diversité.
Réactions claires : Absorption de l’énergie lumineuse par les pigments (structures et agencement). Composition, organisation et fonctionnement des photosystèmes - Réactions d’oxydo-réduction et chaine de transferts d’électrons - Couplage chimio-osmotique, photo-phosphorylations .
Réactions de fixation du carbone : Cycle de Calvin. Photorespiration. Comparaison des processus adaptatifs des plantes C3, C4 et CAM.
Photosynthèse et facteurs environnementaux. Photoinhibition et processus de protection des plantes.
Perspectives de plantes résilientes aux modifications du climat.
Travaux dirigés :
Illustrations du cours sous formes d’exercices et analyses de données de publications. Mise en place, analyse et restitution des résultats obtenus en TP.
Travaux pratiques :
La photosynthèse et les facteurs de l’environnement (production de O2 et d’amidon, fixation CO2 versus respiration).
Extraction, analyse et caractérisation de pigments photosynthétiques
S3 Physique : Biofluides (BIF-101)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce cours est suivi également par les étudiants de CYPI
Cours magistraux : 4 cours de 2h
Rappels de statique des fluides
Fluide, Pression, loi de l’hydrostatique, poussée d’Archimède, tension superficielle
Ecoulement des fluides parfaits
Notion d’écoulement stationnaire, débit volumique et massique, conservation du débit, énergie volumique, loi de Bernoulli, effet Venturi, effet Magnus
Ce cours est suivi également par les étudiants de CYPI
Ecoulement des fluides réels
Viscosité d’un fluide (mesure et unités usuelles), Loi de Stokes, Pertes de charges distribuées et localisées, pompes, niveau piézométrique, écoulement laminaire et turbulent, nombre de Reynolds, loi de Poiseuille, porosité, perméabilité, loi de Darcy, analogie hydrodynamique/électrique, résistance hydraulique et leur association.
Conduction thermique
Flux thermique, Loi de Fourier, loi de Newton, Conductivité thermique, coefficient de diffusivité thermique, bilan d’énergie en régime stationnaire. Convection.
Travaux pratiques :3 séances de 3h
Mesure de viscosité : Utilisation de différents appareils pour explorer des gammes différentes de viscosité, ajustements mathématiques, évolution temporelle de la température d’un liquide.
Ecoulement de fluides : Effet venturi, mesure de débit et mesure de pertes de charge
Mesure de perte de charge et de tension superficielle
S3 Chimie : Diagramme de Phases et cristallographie (DPC-101)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Ce module a pour objectif de savoir prédire la nature des phases en équilibre d’un système ainsi que leur composition et proportion. Cet enseignement a également pour objectif d’apporter quelques connaissances de base de chimie du solide (relation entre type de liaison et structure).
Cours magistral (11h) 4 x2h + 2 x1h30
Diagramme de phases :
- Règle des phases
- Diagramme d’état du corps pur
- Diagrammes binaires :
équilibres liquide/vapeur dans le cas de 2 liquides totalement miscibles (loi de Raoult), partiellement miscibles (azéotrope) et non miscibles (hétéroazeotrope). Application à la distillation.
Cristallographie :
- Définitions (maille, plan, système cristallin, motif…)
- Description des cristaux métalliques, covalents, moléculaires et ioniques
S3 Chimie : Chimie organique prépa B (COP-101)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
PCB (Préparation au concours B)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Le semestre alterne des séances de type « cours » et des séances de TD (correction d’exercices »). Deux TP permettent de découvrir les principales techniques en chimie organique nécessaires au concours.
Travaux dirigés (17h) 8 x 2h + 1h
Réactivité des aldéhydes et cétones, Acides carboxyliques et dérivés, Analyse par spectroscopie infrarouge)
Travaux pratiques (8h) 2x 4h
Extraction liquide-liquide ; montage à reflux; rendement de synthèse; chromatographie sur couche mince.
S3 Diversité du règne animal 2 (DRA-102)-DRA2
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
Cette discipline est une science du vivant qui étudie plus particulièrement le règne animal à travers leurs structures et leurs grandes fonctions (vie de relation (système nerveux), digestion, excrétion/osmoréguation, reproduction, respiration, locomotion, etc.), les caractéristiques de leur plan d’organisation. De ce fait, la biologie animale intègre non seulement de la zoologie, mais aussi de la physiologie animale, des neurosciences, voire de l’éthologie. Elle comprend également la classification phylogénétique des animaux qui repose sur la compréhension que nous avons actuellement de l’évolution des espèces.
Cette UE présente les animaux non Vertébrés, depuis les premières formes animales (Diblastiques, comme les éponges et les coraux par exemple) jusqu’aux animaux Triblastiques Nématoïdes (vers ronds très représentés).
Programme :
Cours magistraux
Origine des Métazoaires : Multicellularité et conséquences, acquisitions évolutives des Métazoaires non Vertébrés et leurs conséquences morpho-fonctionnelles, en suivant la phylogénie évolutive.
Les principales fonctions vitales et plans d’organisation des Métazoaires non Vertébrés (principaux plans de développement et conséquences). Fonctions : de relation (système nerveux), digestion, excrétion et osmorégulation, respiration, circulation, reproduction, téguments, « squelette » et locomotion.
Ces enseignements présentent les principaux plans d’organisation et les adaptations morpho-fonctionnelles des animaux non Vertébrés (à l’exception des Panarthropodes et des Deutérostomiens non Vertébrés, vus en DRA2-B) et leurs évolutions pour s’adapter au milieu de vie.
3 travaux dirigés-travaux pratiques couplés, illustrant et approfondissant les notions vues en cours :
Organisation morpho-fonctionnelle des Diblastiques : exemple des Cnidaires.
Organisation morpho-fonctionnelle des Spiraliens: exemple des Mollusques.
Organisation morpho-fonctionnelle des Spiraliens vs. Ecdysozoaires Nématoïdes (Annélides vs. Nématodes)
S3 Diversité du règne animal 3 (DRA-103)-DRA3
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Cette discipline est une science du vivant qui étudie plus particulièrement le règne animal à travers leurs structures et leurs grandes fonctions (vie de relation (système nerveux), digestion, excrétion/osmoréguation, reproduction, respiration, locomotion, etc.), les caractéristiques de leur plan d’organisation. De ce fait, la biologie animale intègre non seulement de la zoologie, mais aussi de la physiologie animale, des neurosciences, voire de l’éthologie. Elle comprend également la classification phylogénétique des animaux qui repose sur la compréhension que nous avons actuellement de l’évolution des espèces.
Cette UE présente les animaux non Vertébrés, depuis les Panarthropdes (qui comprennent, entre autres, la grande diversité des crustacés et des insectes) jusqu’aux premiers Deutérostomiens (comprenant les oursins, étoiles de mer, etc). Cette UE est la suite de l’UE DRA2-A.
Programme :
Cours magistraux :
Les Métazoaires non Vertébrés : des Panarthropodes aux Deutérostomiens
Acquisitions évolutives des Métazoaires non Vertébrés et leurs conséquences morpho-fonctionnelles, en suivant la phylogénie évolutive.
Les principales fonctions vitales et plans d’organisation des Métazoaires non Vertébrés (principaux plans de développement et conséquences). Fonctions : de relation (système nerveux), digestion, excrétion et osmorégulation, respiration, circulation, téguments, squelette et locomotion.
Ces enseignements présentent les principaux plans d’organisation et les adaptations morpho-fonctionnelles des animaux non Vertébrés (des Panarthropodes aux Deutérostomiens non Vertébrés, suite de DRA2) et leurs évolutions pour s’adapter au milieu de vie.
3 travaux dirigés-travaux pratiques couplés, illustrant et approfondissant les notions vues en cours :
Organisation morpho-fonctionnelle des Euarthropodes 1 : Arachnides et Pancrustacés Mandibulates.
Organisation morpho-fonctionnelle des Euarthropodes 2 : Hexapodes et Myriapodes.
Organisation morpho-fonctionnelle des Xénambulacraires: exemple des Echinoïdes.
S3 anglais 3 (ANG-103)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
2 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
G (Géosciences)
E (Environnement)
PCB (Préparation au concours B)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Programme :
Travaux dirigés (12h)
Entraînement à la compréhension de documents audios qui traitent d'un sujet en rapport avec les Sciences de la Vie et de la Terre. Poursuite de l'acquisition du lexique de base nécessaire pour traiter de sujets scientifiques. Révision de vocabulaire et outils grammaticaux par blocs notionnels-fonctionnels : (11) Cause et conséquence, (12) Probabilité et certitude, (13) Le moyen et la manière, (14) Le but, (15) Similarité et contraste. Entraînements réguliers via des exercices écrits et oraux.
S3 Biostatistiques 2 (STAT-102)-BIOSTAT2
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
G (Géosciences)
E (Environnement)
PCB (Préparation au concours B)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
La biostatistique consiste à collecter, analyser et interpréter des données dans le cadre d’une démarche scientifique, qu'il s'agisse du domaine de la biologie ou plus largement des sciences de la nature et de la vie (santé, environnement…). Elle est au cœur de toutes les sciences, car la science a besoin de rassembler des preuves et de les évaluer pour porter un jugement objectif.
Dans le domaine des sciences de la nature et de la vie, on analyse des échantillons afin de faire des inférences sur la population. Nous verrons ainsi dans cette UE quels peuvent être les outils pour collecter des données, les résumer, les analyser et les interpréter. Nous verrons comment les échantillons prélevés fournissent de bonnes estimations concernant la population dans son ensemble, à condition qu'ils soient représentatifs de la population concernée. Nous apprendrons également à appliquer (sur table et logiciel) quelques tests statistiques fondamentaux permettant de comprendre les notions de tests paramétriques ou non paramétrique et d’échantillons indépendants ou non indépendants.
Programme :
Introduction à la démarche méthodologique et place de l'outil statistique
Initiation aux approches expérimentales et plan d'expérience
Initiation aux approches descriptive et plan d'échantillonnage
Rappels sur les statistiques descriptives
Principe d'un test d'hypothèses (H0/H1)
Application de quelques tests d'hypothèses (paramétriques et non paramétriques) : test du Khi2, test t de Student, test U de Mann-Whitney, test t pour échantillons appariés, test de corrélation de Pearson
Travaux dirigés et travaux pratiques
TD : exercices de construction et d'analyse critique de plan expérimentaux, exercices de choix de tests en fonction de l'objectif et de la stratégie de collecte des données
TP : prise en main du logiciel R : saisie et manipulation de données, application de quelques tests d'hypothèses
S4 AEP Approches expérimentales d'analyse des protéines ((BBM-206)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
SVg (Sciences du Végétal)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Programme :
UE approfondit les connaissances de l’UE « Structure et Enzymologie » du S2 et aborde de nouvelles méthodologies. Elle traite de façon détaillée :
En CM les principes et méthodologies de :
- la séparation des protéines par chromatographie (échangeuses d’ions, exclusion, adsorption, d’affinité) et électrophorèses
- la détermination des séquences primaires (méthodes enzymatiques/chimiques, concepts de base en spectrométrie de masse).
En parallèle, le cours abordera les propriétés physico-chimiques des protéines nécessaires à la compréhension des principes de leurs séparations.
En TD des exercices portant sur l’analyse et l‘interprétation de données expérimentales issues d’expérimentations de séparation et d’identification de protéines
En TP la séparation de par chromatographie d’exclusion.
S4 TEBIO Techniques d'analyse en biochimie (BBM-208)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Programme :
Notions d’hygiène et sécurité en laboratoire, des phrases de risque et conseils de prudence associés, gestion des déchets dangereux, connaissances des pictogrammes de danger
Notions d’erreurs de mesure et de chiffres significatifs
Calcul théorique d’une masse à peser pour préparer une solution étalon, conversion d’unités
Principe de la mesure potentiométrique du pH et principe de fonctionnement du pHmètre
La Loi de Beer-Lambert et ses limites pour son utilisation en spectrophotométrie
Equilibrage des équations d’oxydo-réduction et acide-base pour calculer les concentrations des espèces chimiques associées
Principe du dosage des sucres par oxydo-réduction par les méthodes d’Hagedorn et Jensen et Bertrand et principes des tests qualitatifs (Benedict, Seliwanoff…)
Principes des dosages de l’indice de saponification pour caractériser des lipides
Principes de l’extraction des caséines du lait par précipitation en abaissant le pH jusqu’au pHi Compétences acquises par les étudiants :
S4 Microbiologie et biotechnologie (MIC-202)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
SVg (Sciences du Végétal)
PCB (Préparation au concours B)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Programme :
Cours magistraux :
Généralités et rappel sur la diversité du monde microbien.
Sélection de souches d’intérêt.
Modifications génétiques des microorganismes.
Applications biotechnologiques des microorganismes (bactéries, archébactéries, champignons, eucaryotes unicellulaires et virus).
TD : Techniques de bases pour l’analyse en microbiologie / Manipulation de bactéries à des fins de recherche fondamentale et de biotechnologie.
TP : Observations de microorganismes.
S4 Physiologie rénale et équilibre hydrique (PA-206)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
PCB (Préparation au concours B)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Ce module vise à présenter l’homéostasie de l’équilibre hydrique, électrolytique et acidobasique de l'organisme. Cet équilibre est maintenu par les apports et les pertes en eau et en électrolytes et par leur répartition dans l'organisme. Ils sont régulés par le système rénal, hormonal, nerveux et le pulmonaire. Les déséquilibres hydrique, électrolytique et acidobasique altèrent le fonctionnement de plusieurs fonctions de l’organisme notamment la respiration, le métabolisme et la fonction cardiovasculaire, la fonction rénale et la fonction du système nerveux central.
Programme :
Cours magistraux : Physiologie rénale, Equilibre hydrique, électrolytique et acido-basique
L’eau dans l’organisme : Poids hydrique de l'organisme, Compartiments hydriques de l’organisme, Volume sanguin, Mesure des volumes liquidiens de l'organisme, Composition des liquides organique, Principe de base de l ’osmose, pression osmotique, Echanges entre les différents compartiments
Equilibre hydrique : Apports et déperditions hydriques ; Régulation du VOLUME SANGUIN - Déshydratation - Hyperhydratation - Oedème 3 )
Equilibre electrolytiques : Rôle des ions Na + dans l'équilibre hydro- electrolytique ;Régulation de l'équilibre des ions K+ 3 - 3 Equilibre des ions calcium ; Equilibre des ions Magnésium; Régulation des anions
Equilibre acide-basique : les systèmes tampons chimiques ; Régulation respiratoire de la concentration des ions hydrogène ;Mécanismes rénaux de l'équilibre acido-basique ; Déséquilibres acido basique; Maintien de l'equilibre acido-basique
Anatomie, fonctions et régulations rénales : Anatomie rénale ;Les grandes fonctions rénales; Régulations nerveuses de l’activité rénale ; Régulations hormonales de l’activité rénal; Système intégratif : le système rénal dans la régulation du volume d’eau corporelle totale
S4 Biophysique : Mesures Physiques et Capteurs (MPC-201)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module est également suivi par les étudiant de CYPI
Programme :
Cours magistraux : 3 cours de 2h
Rappels : Système SI, analyse dimensionnelle, écriture d’un résultat.
Incertitude et composition des incertitudes : notion d’incertitude, incertitude type, incertitude composée, différents types d’incertitude, écart relatif.
Ajustement Régression linéaire, loi exponentielle, loi de puissance. Coefficient de régression. Covariance. Ajustement polynomial.
Capteurs et chaine de mesure : étalonnage d’un capteur, réponse d’un capteur, biais, multiples critères pour choisir un capteur. Conversion électronique, amplification, conversion analogique/digitale. Exemples de deux types de capteurs : capteur de température et capteur vidéo.
Filtrage fréquentiel linéaire. Analyse de Fourier, Bruit, filtres passe-haut, passe-bas, passe-bande.
Travaux dirigés : 4 séances de 2h
Chacune des 4 séances reprendra sur des exemples concrets les notions vues en cours. Les étudiants auront l’occasion d’utiliser leur calculatrice (ou ordinateur portable).
Travaux pratiques :3 séances de 3h 45
Mesures et composition des incertitudes de mesures : Réflexion sur deux cas simples des erreurs expérimentales qui peuvent impacter la confiance en un résultat.
Capteurs : Comparaison de trois capteurs de température différents. Sensibilité des capteurs, étalonnage de leur réponse. Ajustement par des différents types de lois (linéaires, puissance ou exponentielle). Capteur d’éclairement, loi de Bouger.
Analyse spectrale et smartphonique : Utilisation de capteurs intégrés dans un smartphone ; analyse fréquentielle d’un signal acoustique ; filtrage d’un signal bruité, synthèse fréquentielle d’une forme d’onde, au choix de l’étudiant : analyse d’un signal cardiaque ou analyse des relevés de température sur plusieurs années à Dijon.
S4 Physique : Thermodynamique (THD-201)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Programme :
Cours magistraux : 5 cours de 2h
Généralités : Système, états d’un système, équation d’état, variables thermodynamiques. Travail et chaleur échangés au cours d’une transformation. Relation de la statique des fluides, capacité thermique, modes de transfert de la chaleur, thermostat, thermomètres.
Gaz parfait : Aspect macroscopique, coefficients thermoélastiques. Energie interne, Capacité thermique du gaz parfait. Première loi de Joule. Du gaz parfait au gaz réel.
Premier principe de la thermodynamique. Cas des systèmes fermés et ouverts. Enthalpie et deuxième loi de Joule. Définition des coefficients calori-métriques. Etude des transformations des gaz parfaits. Relation de Mayer et loi de Laplace.
Second principe de la thermodynamique. Fonction entropie. Identité thermodynamique. Inégalités de Carnot-Clausius. Cycle et théorème de Carnot. Applications aux machines thermiques : moteur, machine frigorifique (réfrigérateur, pompe à chaleur)
Changements de phase des corps purs. Allure du diagramme d’équilibre (P,T). Vapeurs sèche et saturante. Vaporisation en atmosphère gazeuse limitée. Allure du diagramme (P,u). Courbe de saturation. Chaleur latente. Relation de Clapeyron.
Travaux dirigés : 5 séances de 1h45
Chacune des 5 séances reprendra des exemples concrets les notions vues en cours.
Travaux pratiques : 2 séances de 3h 00
Loi de Boyle-Mariotte et gaz parfait : utilisation du tube de Kröncke.
Mesure du coefficient 𝜸 pour l’air : par les méthodes de Clément et Désormes et de résonnance.
Technique du vide : Mesures de pression par différents manomètres et baromètres. Etalonnage d’une jauge de pression par l’utilisation d’un manomètre à capsule. Mesure de vitesse de pompage et détermination du régime d’écoulement par le calcul du nombre de Knudsen.
S4 Chimie : Chimie des solutions (CHS-101)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Ce module a pour objectif de mettre en pratique les notions essentielles de la chimie des solutions, après un bref rappel des concepts théoriques sous forme de cours intégré.
Programme :
Cours intégré (10h) 5 x2h
Réactions acido-basiques
Réactions d’oxydo-réduction
Réactions de précipitation
Réactions de complexation
Cinétique chimique
Travaux pratiques (15h) 5 x3h
Préparation de solutions et vérification de leur titre par pH-métrie
Equilibres de précipitation-solubilité dépendant du pH
Equilibres d’oxydo-réduction
Détermination d’une loi cinétique par étude pH-métrique de la saponification de CH3CO2C2H5
Dosage du lait : acidité, teneurs en chlorure et en calcium
S4 Chimie : Atomistique (ATO-201)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce cours est suivi également par les étudiants de CYPI
Fournir les bases de l’Atomistique au travers de la classification périodique. Maitriser le modèle de Bohr et prévoir intégralement les spectres d’émission et d’absorption de l’hydrogène et des hydrogénoïdes. Initiation à la mécanique quantique et connaissance des modes de représentation des orbitales atomiques. Analyse des différents processus à l’origine de la couleur des objets, spécifiquement en biologie. Découvert de la luminescence dans le monde animal et végétal. Analyse de la classification périodique et illustration de la réactivité par des vidéos caractéristiques. Programme :
Cours (19h) 9 x 2h +1h
Chapitre 1 : L’atome de Bohr à la lumière des réverbères
Chapitre 2 : Le monde de Psi
Chapitre 3 : La Classification périodique
Travaux dirigés (6h) 3 x2h
Illustration et application au travers d’exercice des concepts
S4 Chimie : Liaisions chimiques (LIC-201)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en PCB (Préparation au concours B)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Objectif de cet enseignement est d’aborder la notion d’orbitale moléculaire et faire la liaison avec la géométrie moléculaire et la réactivité chimique. Maitriser la construction des diagrammes de corrélation entre orbitales atomiques et moléculaires pour AH, A2 et AB avec A et B des éléments appartenant au bloc p. Maitriser la construction rationnelle des schémas de Lewis et retrouver la géométrie des molécules simples. Introduction aux liaisons ioniques, métalliques, hydrogènes et Van der Waals. Ouvertures sur les Interactions intermoléculaires en biologie : micelles, membranes, vésicules et liaisons hydrogènes
Programme :
Cours (15h) 7 x 2h +1h
Chapitre 1 : Orbitales moléculaires et Diagrammes de corrélation
Chapitre 2 : Les Schémas de Lewis
Chapitre 3 : Les autres liaisons
Travaux dirigés (10h) 5 x2h
S4-anglais 4 (ANG-204)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
2 crédits
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
G (Géosciences)
E (Environnement)
PCB (Préparation au concours B)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Programme :
Travaux dirigés (12h)
Entraînement à la compréhension et restitution de documents audios qui traitent d'un sujet en rapport avec les Sciences de la Vie et de la Terre. Poursuite de l'acquisition de vocabulaire par blocs notionnels-fonctionnels : (16) V-ed / V-ing , (17) Liens et rapports, (18) Mesures, statistiques et pourcentages, (19) Pronoms relatifs, (20) Expression de la quantité. Entraînements réguliers via des exercices écrits et oraux. Révision du vocabulaire des semestres 1 à 3.
S4 Biostatistiques 3 (STAT-203)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVg (Sciences du Végétal)
La biostatistique consiste à collecter, analyser et interpréter des données dans le cadre d’une démarche scientifique, qu'il s'agisse du domaine de la biologie ou plus largement des sciences de la nature et de la vie (santé, environnement…). Elle est au cœur de toutes les sciences, car la science a besoin de rassembler des preuves et de les évaluer pour porter un jugement objectif.
Cette UE est essentiellement focalisée sur l'application d'une assez large diversité de tests statistiques fondamentaux (paramétriques et non paramétriques), sur table (pour bien en comprendre la logique) et avec le logiciel R. Cette diversité de tests permettra d'appréhender la difficulté du choix du test en fonction de l'objectif et du contexte (nature et stratégie d'acquisition des données).
Programme :
Rappels sur la démarche méthodologique, la biostatistique
Rappels du principe d'un test d'hypothèses et de la relation entre la collecte des données et leur analyse
Applications de tests d'hypothèses paramétriques et non paramétriques (tests vus dans l'UE STAT2, test de Kolmogorov-Smirnov, test de Shapiro, test de Bartlett, test de Fisher, test de Wilcoxon, test de corrélation de Spearman
Problème de choix du test
Travaux dirigés et travaux pratiques
TD : exercices d'application de tests (sur table), exercices de choix du test en fonction de l'objectif et de la stratégie de collecte des données
TP : Prise en main du logiciel R avec l'environnement Rstudio, application de plusieurs tests d'hypothèses
UE semestre 1
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Diversité du règne végétal
Niveau d'étude
BAC +1
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Structure et fonctions des plantes
Niveau d'étude
BAC +1
Classification et diversité du règne animal
Niveau d'étude
BAC +1
UE semestre 2
Niveau d'étude
BAC +1
ECTS
5 crédits
Initiation aux neurosciences
Niveau d'étude
BAC +1
Sciences de la Terre et de l'Environnement
Niveau d'étude
BAC +1
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Bases de l'Ecologie et de l'Evolution
Niveau d'étude
BAC +1
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement