LISTE DES MODULES à choix : 9 à choisir parmi les modules (facultatif)

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BCP (Biologie cellulaire et physiologie) et SVg (Sciences du Végétal)

Programme :

Cours magistraux (8h) et Travaux dirigés (8h) 

Lors de ces enseignements les étudiant.e.s découvriront comment : 

la génomique structurale permet de décrire l’organisation des génomes et de dresser l’inventaire de leurs gènes (cartographies de recombinaison, par déséquilibre de liaison, carte physique, marqueurs moléculaires SNP, RFLP, microsatellites …, séquençages de 1ère, 2ème et 3ème génération, structure répétitive du génome des eucaryotes, éléments transposables) 

 la génomique fonctionnelle permet de déterminer les fonctions des gènes (analyses transcriptomiques avec puces à ADN et de type RNAseq, inactivation de gènes par interférence à l’ARN, mutagenèse aléatoire et criblage de mutant par TILLING, mutagenèse ciblée via CRISPR-Cas) 

la génomique comparative adresse la question de l’évolution des espèces et celle de l’identification d’information cachée dans les génomes  (mutations génomiques, paralogie et orthologie, synténie, pangénome, alignement de séquences) 

Travaux pratiques (9h) 

Les étudiant.e.s caractériseront la nature répétitive de l’ADN génomique d’un organisme eucaryote, Tenebrio molitor.  

Ils étudieront également dans une approche bioinformatique un gène à l’origine d’une pathologie chez l’homme (PAH) afin d’identifier orthologues et paralogues, de déterminer les régions les plus conservées, de caractériser son polymorphisme et l’impact de ce dernier sur l’activité de la protéine codée par le gène.    

Techniques mises en œuvre : 

 Extraction d’ADN 

 Analyse de restriction  

 Electrophorèse 

 Consultation des bases de données du NCBI et de l’EBI 

  Utilisation des explorateurs de génome ENSEMBL et VISTA ainsi que d’outils BLAST et d’alignement. 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 

SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

Programme : 

Cours magistraux (14h) 

-Reproduction des Métazoaires : Les différents modes de reproduction des animaux (asexués, sexués), avantage/ inconvénient (4h) 

- Gamétogenèse : spermatogenèse et ovogenèse, formation des spermatozoïdes et des ovocytes/ovotides. Fécondation : modalités de rencontre des gamètes, fusion des gamètes, caryogamie. (6h) 

- Axe gonadotrope : axe gonade-complexe hypothalamo-hypophysaire, contrôle hormonal, rétrocontrôle, facteurs environnementaux, cycles. (4h) 

 Travaux dirigés (3h) 

Analyse de documents expérimentaux en relation avec le cours 

 Travaux pratiques (8h) 

Etude de l’appareil uro-génital souris mâle/femelle. 

Etudes histologiques de testicules et d’ovaires. 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)

La biostatistique consiste à collecter, analyser et interpréter des données dans le cadre d’une démarche scientifique, qu'il s'agisse du domaine de la biologie ou plus largement des sciences de la nature et de la vie (santé, environnement…). Elle est au cœur de toutes les sciences, car la science a besoin de rassembler des preuves et de les évaluer pour porter un jugement objectif.  

Cette UE détaille la démarche scientifique dans laquelle s'insère la biostatistique. Elle approfondit le cadre des approches expérimentale et descriptive pour rendre l'étudiant autonome dans la conception et la réalisation d'une expérience ou d'un échantillonnage. Cette UE introduit également deux types d'analyses largement utilisées (analyses de variance et régressions) dans les approches expérimentales et descriptives. Un accent particulier sera mis sur le lien entre méthode de collecte et méthode d'analyse des données.  

Programme :

Démarche méthodologique complète et place de la biostatistique  

Approche expérimentale et plan d'expérience 

Approche descriptive et plan d'échantillonnage 

Analyse de variance (ANOVA) à 1 facteur, test de Kruskal-Wallis 

Régression linéaire simple  

Lien entre méthodes de collecte et d'analyse des données 

Travaux dirigés et travaux pratiques 

TD : exercices de conception/critique de plan d'expérience ou d'échantillonnage, exercices de choix d'une stratégie d'analyse sur la base d'un plan expérimental ou d'échantillonnage complexe, application sur table d'une ANOVA 

TP : application de plusieurs analyses de données avec le logiciel R (Rstudio).  

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution), SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

 L’érosion de la biodiversité est un fait maintenant avéré puisqu’on évoque la 6ème extinction de masse pour la période actuelle. Face à ce constat, nous devons être capables de développer des actions à même d’enrayer ce phénomène. C’était d’ailleurs l’objectif majeur de l’ONU pour la décennie écoulée. Force est de constaté qu’il n’a pas été atteint. Pourtant il existe des démarches qui permettent de préserver, voire de restaurer la biodiversité. L’objectif de cette UE est d’aborder ces démarches et de les replacer dans un contexte, notamment sociétal.  

Dans un premier temps focalisé sur les raisons (analyse des menaces et risques d’extinction, perceptions de la biodiversité) qui expliquent la volonté/nécessité de conserver, et sur les racines historiques de la conservation, le cours envisagera les approches techniques de gestion conservatoire de la biodiversité à différents niveaux d’organisation (populations, écosystèmes). Les principes de base de la restauration seront ensuite traités à travers quelques exemples. Enfin, un éclairage sera porté sur les instruments réglementaires ou non applicables pour préserver la biodiversité, ainsi que sur la séquence opérationnelle qu’il convient en principe de respecter pour intégrer et respecter la biodiversité dans tout projet de développement économique. 

Les aspects développés en cours seront illustrés, étendus, complétés par des travaux et discussions sur documents. 

Cours 

Pourquoi conserver la biodiversité : réalité de l’érosion de la biodiversité menaces sur la biodiversité, risques d’extinction  

Bases et ancrage historique de la conservation ; positionnements et ambitions actuelles  

Perceptions de la biodiversité ; statut et valeurs de espèces et des écosystèmes ; services écosystémiques  

Points de vigilance écologiques/évolutifs de la conservation. 

Comment conserver la biodiversité : Conservation des populations (démarche générale, outils de pilotage, contrôle des menaces, interventions sur les populations, conservation ex-situ) ; conservations des écosystèmes (grandes options envisageables, exemples Conservation et agriculture/urbanisation, aires protégées d’hier et d’aujourd’hui, caractéristiques des aires protégées, efficacité des aires protégées  

Restauration des écosystèmes : démarche de base et quelques exemples  

Modalités et instruments de Conservation  

La séquences ERC

Travaux dirigés 

Travaux sur documents pour illustrer des thèmes de conservation objets ou concepts-centrés. Ces thèmes peuvent prolonger ou/et compléter des points abordés en CM.  

Travaux sur documents et discussions autour des dimensions sociétale, économique, éthique, … de la conservation de manière à élargir son attitude réflexive à l’égard de la conservation de la Biodiversité. 

Travaux pratiques 

Pas de TP. Ceux-ci trouvent en effet leur place dans l’UE associée "Gestion de la Biodiversité - Applications"

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CONDUITE DE PROJET 

Réponse à une commande concrète –Phase de construction 

Réception d’une « commande » en lien avec la biodiversité et répondant à un besoin réel de la part d’une structure publique ou privée 

Précision des questionnements et attendus 

Elaboration d’un cahier des charges 

Elaboration d’un protocole 

Pré-tests éventuels et premiers éléments de réalisation opérationnelle 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)

Les UE COPRS1 et COPRS2 ont pour objectif d'initier les étudiants à la conception et la réalisation intégrales d'un projet scientifique dans le cadre d'un thème imposé mais renouvelé chaque année (thème généralement lié à l'écologie, l'évolution, l'environnement, mais potentiellement lié à d'autres domaines). Ces UE utilisent une approche pédagogique par projet et par problème, et elles reposent sur un décloisonnement CM/TD/TP qui implique, en plus de quelques séances collectives en présentiel, une part importante de travail en groupes avec un tutorat à distance.  

L'UE CORPS 2 est focalisée sur la phase de réalisation intégrale d'un projet scientifique, par groupes (conçus aléatoirement) de 15-20 étudiants (plusieurs projets sont réalisés en parallèle). Il s'agira dans un premier temps de porter un regard critique sur un projet existant afin de l'améliorer. Ensuite, la réalisation des projets par les étudiants impliquera également de gérer les aspects logistiques, règlementaires et budgétaires. Une fois l'ensemble des données collectées pour un même projet, le travail se poursuivra en petits groupes (3-4 étudiants) et il consistera en l'analyse des données et la restitution d'un rapport scientifique.

Cours :

Approche par projet et par problème conduisant à la réalisation d'un projet scientifique, de sa mise en place opérationnelle à l'interprétation et la restitution des résultats

Travaux dirigés et travaux pratiques :

Identification des contours d'une problématique et d'un objectif en justifiant sa pertinence  

Analyse critique d'un protocole expérimental et/ou d'échantillonnage et justification des choix d'amélioration 

Gestion des aspects logistiques (lieu, matériel techniques, matériel biologique…) et règlementaires (règles d'hygiène et sécurité, autorisations éventuelles), dans le respect d'un budget prédéterminé 

Pré-tests éventuels 

Collecte et analyses des données  

Interprétation des résultats et restitution sous forme d'un rapport scientifique 

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BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
E (Environnement)

Que les préoccupations et l’intérêt associés à la Biodiversité soient d’ordre fondamental ou opérationnel, appliquer des méthodes solides pour la décrire est une étape cruciale puisqu’elle conditionne la qualité de l’information obtenue. Par exemple, le nombre d’espèces présentes dans un assemblage d’organisme influence fortement son fonctionnement, mais il est aussi un critère déterminant pour hiérarchiser des priorités en termes de protection des écosystèmes. Il est donc important d’estimer ce nombre de la manière la plus fiable possible. 

L’objectif de cette UE est d’aborder les méthodes de description quantitative d’un certain nombre de descripteurs de la Biodiversité : l’abondance d’une espèce présente sur une zone donnée, le nombre d’espèces présentes, et la diversité locale. 

Des méthodes très accessibles existent pour cela. Elles seront présentées et les étudiant-e-s seront amenés-e-s à les appliquer. 

Les aspects développés en cours seront ensuite appliqués en TD et en TP sur des jeux de données mis à dispositions ou produits par la promotion elle-même dans le cadre de TP sur le terrain. 

Cours  

 Description et mesures de la Biodiversité (Principes et bases techniques) - Méthodes d’estimation des descripteurs de la biodiversité (niveau des populations et des communautés)  

  Estimation et analyse de l’abondance/densité des espèces (mesures directes de la densité, mesures indirectes (Capture-Marquage-Recapture), mesures indiciaires)  

Estimation et analyse du nombre d’espèces (richesse spécifique).  

Estimation et analyse de la diversité locale (diversité a et équitabilité)  

Travaux dirigés 

Application à la main et sur logiciel (R) des techniques d’estimation et d’analyse de l’abondance des espèces, du nombre d’espèces (richesse spécifique), et de la diversité locale à partir de données d'observation déjà disponibles.  

Travaux sur documents et discussions autour des dimensions sociétale, économique, éthique, … de la conservation de manière à élargir son attitude réflexive à l’égard de la conservation de la Biodiversité

Travaux pratiques 

Application sur des modèles de laboratoire ou/et sur le terrain de méthodes d’estimation de l’abondance, de la richesse spécifique et de la diversité. Définition des choix méthodologiques (stratégie d'échantillonnage notamment) en fonction d’une problématique, acquisition des données sur le terrain ou en laboratoire, analyses des données acquis 

Comparaisons méthodologiques (rapport précision/coût)  

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en

SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution), SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

Thèmes :  

Génétique des populations : forces évolutives, différenciation  

 Décrire la structure génotypique et allélique d’une population  

Expliquer l’intérêt de l’utilisation du modèle d’H.W  

Déduire la structure génotypique d’une pop à partir de sa structure allélique selon le modèle d’H.W  

Décrire les différents niveaux hiérarchiques de diversité génétique (individu, intra-pop et inter-pop) et quantifier la diversité génétique à ces différents niveaux (calculs d’indices de diversité génétique : hétérozygotie attendue, richesse allélique standardisée, FST…  

Conséquences évolutives des régimes de reproduction non panmictiques (inbreeding, dis/assortative mating,)   

Thèmes :   

Génétique des populations: forces évolutives, différenciation  

Approche quantitative de la variation et de la sélection: héritabilité, réponse à la sélection directionnelle  

Réponse à la sélection  

Plasticité, stratégies biodémographiques (SBD)  

Niveaux de sélection  

ACTIVITE: génétique des populations  

ACTIVITE jeux « SBD », héritabilité taille humaine, débat “nature versus (via) nurture”… ?  

Lien avec d’autres enseignements :   

Biostatistiques (visualisation, quantification de la variabilité, “manipulation” de fréquences et probabilités)  

Biologie moléculaire, génétique mendélienne  

Biologie du développement  

Ecologie: biologie des populations, environnement, ecophysiologie  

Applications (TD-TP) 

ACTIVITE: génétique des populations 

ACTIVITE jeux « SBD », héritabilité taille humaine, débat “nature versus (via) nurture”… ? 

Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)

Lien avec d’autres enseignements:  

Biostatistiques (visualisation, quantification de la variabilité, “manipulation” de fréquences et probabilités) 

Biologie moléculaire, génétique mendélienne 

Biologie du développement 

Ecologie: biologie des populations, environnement,

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)

Cet enseignement est une introduction à l’étude du comportement animal. L’objectif principal est d’appréhender le comportement comme un objet d’étude scientifique, en tenant compte de ses spécificités par rapport à d’autres traits mesurés. L’étude du comportement sera abordée au travers de la complémentarité des approches possibles : des approches descriptives, mécanistiques (déterminants physiologiques et neuronaux), et intégrative (écologie comportementale). Nous aborderons également la diversité des champs d’applications possibles du comportement (question de recherche fondamentale, bien-être animal, conservation des populations sauvages…). Les méthodes et outils d’analyse de base d’étude du comportement seront également décrits lors des travaux dirigés et mis en œuvre lors des travaux pratiques (laboratoire et terrain). 

Cours magistraux 

Le comportement comme objet d’étude, les biais d’observation et d’interprétation, l’histoire des disciplines 

 Les mécanismes à l’origine de l’expression des comportements : détermination neuronale et hormonale du comportement, cognition 

Les déterminants écologiques et évolutifs des comportements (influence de l’environnement, adaptation et plasticité comportementale) 

Application des concepts liés au comportement animal : conservation et gestion des populations animales, droit et éthique, bien-être animal 

Travaux dirigés 

Les outils et méthodes d’observation et d’analyse du comportement 

 Les biais d’interprétation du comportement  

Travaux pratiques 

TP1 : Caractérisation et comparaison du comportement 

TP2 : Manipulation du comportement 

TP3 : Étude des comportements in natura 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 

BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
SVg (Sciences du Végétal)

Programme :

Cours magistraux (4h) 

Présentation des outils moléculaires disponibles pour l’étude de l’expression des gènes (différents types de vecteurs, utilisation de gènes rapporteurs) 

Outils disponibles pour la production de protéines hétérologues 

Travaux dirigés (4h) 

Identification d’ADN recombinant par cartographie de restriction, séquençage, PCR.  

Travaux pratiques (16h) 

Construction et identification de clones recombinants dans le but de produire une protéine chez E.Coli 

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BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
SVg (Sciences du Végétal)

Programme :

Introduction à la bioinformatique 

Présentation des principales bases de données biologique 

Recherche dans les bases de données biologique (bibliographique, séquences biologiques)  

Alignement de séquences par paires (Dotplot, BLAST, FASTA), notion d’algorithme, notion de score d’alignement, matrices de substitution 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )

Programme :

Cours magistraux (13,5h) 

Dans ce module sont abordés plus précisément : 

- Biosynthèses et régulations du cholestérol et ses dérivés stéroïdiens et des triglycérides ainsi que leurs transports dans l’organisme (métabolisme des lipoprotéines) 

- Biosynthèse et régulations des médiateurs lipidiques issus du métabolisme éicosanoïdes, (prostaglandines, leucotriènes, thromboxanes, …) 

-Les médiateur phospholipidiques lipoxygénés et leurs propriétés biologiques : importance des phospholipases (PLA2), notion de couplage des PLA2 aux récepteurs membranaires, … 

- Biosynthèses d’autres lipides membranaires : plasmalogènes, sphingolipides, glycolipides. 

-Rôle des lipides et des médiateurs lipidiques dans la communication cellulaire, la réponse inflammatoire et autres dérégulations métaboliques 

Travaux dirigés (6h) 

Exercices d’approfondissement des CM avec exemples pratiques, concernant notamment l’utilisation de techniques de pointe (CGL) de détection de biomolécules d’origine lipidique issues de de diverses sources (plasma, eau contaminée, …)  

Travaux pratiques (4,5h) 

Chromatographie liquide à haute performance pour la séparation et l’identification des acides gras 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BBM (Biochimie et biologie moléculaire ) , SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

Programme :

Cours magistraux (12h) 

Mécanisme de réplication de l’ADN (initiation procaryote et eucaryote, cohérence avec le cycle cellulaire, élongation, terminaison) 

Mécanismes de réparation de l’ADN procaryotes et eucaryotes 

Mécanismes de recombinaison homologue et non homologue 

Mécanismes de transposition, mécanismes moléculaires d’évolution des génomes 

Initiation à la phylogénie moléculaire 

Anomalies de la réparation et de la réplication en pathologie humaine 

Travaux dirigés (7h) 

Exercices adaptés d’articles scientifiques sur les thèmes traités en cours 

Travaux pratiques (6h) 

Comparaison de séquences et arbres phylogénétiques 

Maladies génétiques et introduction aux notions d’analyse en trio  

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité, SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

Programme :

Cours magistraux :

- Mésomérie de la liaison peptidique et incidence structurale sur les protéines

- Structures secondaires des protéines (angles diédraux et diagramme de G. Ramachandran, description physique des 8 structures secondaires, coudes/boucles, notion de dichroïsme circulaire)

- Structures tertiaire/quaternaire et incidences structurales d’agents chimiques

- Incidence de la structure sur la fonction (exemple de l’Iron Responsive Protein) - Détermination du profil d’hydrophobicité

- Notion de séquences consensus Travaux pratiques : Analyse de l’incidence d’un agent chaotropique sur la structure 3D d’une protéine ; impact de détergents/chélateurs/agents réducteurs et chaotropiques sur l’activité et le dosage de protéines ; séparation de protéine sériques par électrophorès

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

Programme : 

Interaction protéine-ligand : interaction protéine-ligand (équation de Scatchard et mesure de l’affinité de fixation). Un TP de 3h : détermination des paramètres de fixation du TIF sur la BSA par spectrométrie différentielle et de la constante d’association du PSP sur la BSA. 

Cinétique enzymatique : rappels sur les cinétiques michaéliennes (modèles cinétiques, équation de Michaelis-Menten, Km, Vm), les inhibitions irréversibles (inhibiteurs suicides) et réversibles (inhibiteurs suicides, inhibitions compétitives, non-compétitive, mixte et incompétitive), réactions enzymatiques à deux substrats (mécanismes Bi-Bi séquentiels aléatoire et ordonné, mécanisme Ping-Pong), inhibitions par substrats et produits de la réaction, les enzymes allostériques. Un TP de 4h portant la purification partielle de la catalase de foie de génisse et calcul d’activité spécifique catalatique. 

Allostérie :  

Protéines allostériques : exemple myoglobine/hémoglobine, modèles de coopérativité, mécanisme de Perutz, effet Bohr, équation et représentation de Hill, relations structure/fonction). 

Enzymes allostériques : classes d’enzymes allostériques de type K (ATCase) et type V (glycogène phosphorylase), relations structure/activité, effets des pseudo-substrats et d’inhibiteurs, modèles allostériques (Monod/Wyman/Changeux et Koshland), effets homotrope et hétérotrope, équation et représentation de Hill. 

1. Mettre en forme des données expérimentales pour en tirer une interprétation scientifique. 

1. Savoir travailler dans un environnement aux confluences entre les différentes sciences et domaines (biologique, génomique, informatique, anglais…). 

1. Traiter des données afin d’en tirer une information fiable et utile. 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )

SVg (Sciences du Végétal)

Programme :

Cours magistraux (3h) 

-Le modèle économique de l’entreprise – sa raison d’être – son positionnement dans le jeu fournisseurs/clients/concurrents.  

-Le profil des créateurs d’entreprise  

-La démarche – de l’idée à la création d’entreprise.  

-Introduction aux différents types d’entreprise existantes en France  

-Le fonctionnement de l’entreprise au quotidien  

-Présentation de l’écosystème régional de promotion de l’entrepreneuriat et de la création d’entreprise. 

- Interventions de professionnels extérieurs (créateurs, salariés), d’étudiants ayant participer aux Entrep’, Hacking’Health. 

Cours intégrés (22h) 

Pédagogie inversée/projet tuteuré : Travail en groupe des étudiants sur une entreprise en abordant les différents thèmes cités précédemment et en utilisant différentes approches : recherche internet, contacts directs avec des professionnels, etc … L’entreprise serait choisie en fonction des centres d’intérêt des étudiants : bioproduction, biothérapies, végétal, développement durable 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )

Programme :

Ce module aborde les bases importantes de la Communication et Valorisation Scientifique pour tout étudiant désirant poursuivre son cursus par un Master dans les domaines ayant trait à la santé. 

Dans ce module transversal sont abordés des éléments qui se rapportent à la publication scientifique dans le domaine académlque ou privé et les déclinaisons qui s’y rattachent (impact facteur, facteur H, quartile, comité éditorlal,…..) 

 Cours Magistraux : 

 Dans ce module seront abordés les différents points suivants : 

- Structuration d’un article scientifique original (Abstract, Introduction, Matériels et Méthodes, Résultats, Discussion, Conclusion, Perspectives, Remerciements) 

- Distinction entre revue et papier scientifique original, 

- DOI, PMID: Qu’est-ce que c’est ?  

- Notion et intérêt de l’impact facteur évolutif d’un journal : comment calcule-t-on ce facteur d’impact ? 

- Présentation des différents éditeurs académiques (MDPI, Hindawi, Elsevier, Karger,…) 

- Coût de revient de la publication scientifique (réactifs, salaires chargés, locaux, équipements,…)  

- Open vs Closed Access Journal : de nouvelles une options de publication 

 - Rôles et engagement moral de l’éditeur académique et des experts (reviewers) sollicités, 

- Notion de confidentialité du travail de revue, 

- Divulgation (ou non) des noms des reviewers (exemple de « Frontiers ») 

- Reconnaissance du travail des reviewers par “Vouchers“ et introduction au service en ligne “Publons“, 

- La fraude volontaire dans la publication scientifique (risques encourus)  

 - Notion et intérêt du facteur H pour un chercheur, 

- Citations et auto-citations d’un article scientifique, 

 - Exemple de bioRxiv, une plateforme de dépôt de travaux scientifiques n’ayant pas encore été évaluée par les pairs (intérêt/inconvénient pour la communauté scientifique,…). 

 - Utilisation des bases de données scientifiques et bibliographiques (PubMed, HAL INSERM, …). 

- Publications vs Brevets 

- Présentations des Centres de Recherche Dijonnais  

(CSGA, INSERMU1231) et des équipes les constituant. 

Travaux Dirigés : 

1) Projet tuteuré :  

Par groupes d’étudiants.tes, une présentation orale et écrite (support Powerpoint) des axes majeurs (question biologique posée, rationnel de la démarche scientifique pour y répondre, outils utilisés par les auteurs, présentation des résultats phares,..) d’une publication scientifique est attendue.  

 2) Réalisation d’un Pod Cast par groupes d’étudiants 

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BBM (Biochimie et biologie moléculaire ), SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

Programme :

Cours magistraux (12h) 

Structure, propriétés chiroptiques des molécules (6h) 

Modes de représentation des molécules 

Structure et analyse conformationnelle : molécules aliphatiques et aromatiques ; étude conformationnelle des cycles à 5 et 6 chaînons, des hétérocycles, des composés polycycliques et des stéroïdes ; effet anomère. 

Stéréochimie statique : élément et groupe de symétrie ; éléments de chiralité (centre, axe, plan de chiralité ; hélicité) ; énantiomérie, diastéréoisomérie ; nomenclature relative et absolue des stéréoisomères. 

Stéréochimie dynamique : relations stéréochimiques entre des substituants ou des faces d'une fonction chimique plane dans une molécule ; synthèse asymétrique ; énantiosélectivité, diastéréosélectivité. 

Méthodes spectroscopiques (6h) 

Résonance magnétique nucléaire : description du phénomène et des appareils ; déplacement chimique ; couplage spin-spin ; RMN 1H ; RMN 13C ; RMN 2D. 

Spectroscopie d’absorption UV visible : interaction lumière-matière, transitions électroniques, notion de chromophore, loi de Beer-Lambert. 

Spectroscopie dans l’infra-rouge : description du phénomène; interprétation des spectres. 

Spectrométrie de masse : principe ; appareillage ; modes d'ionisation ; étude de l’ion moléculaire ; principaux modes de fragmentation. 

Travaux dirigés (10h) 

Les différentes notions abordées en cours seront illustrées par des exercices en TD. 

L'objectif est de savoir 1) maîtriser, grâce à des exemples empruntés à la chimie des biomolécules, la stéréochimie et la chiralité 2) interpréter et utiliser les données spectroscopiques d'une biomolécule. 

Travaux pratiques (3h) 

Etude des propriétés chiroptiques de solutions de polysaccharides 

Etudes des spectres RMN, IR et UV/vis de biomolécules 

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Le parcours de Préprofessionnalisation aux Métiers de l’Éducation et de la Formation (Prépro MEF) s’adresse aux étudiants de licence qui envisagent une carrière dans l’enseignement, l’éducation ou la formation. Il permet la découverte du monde éducatif. 

 Formation organisée par l’INSPE. 

Travaux dirigés : 18h hors stage 

- sensibilisation aux problématique des publics adolescents (filière Professeur de Lycée et Collège) (12hTD) ou  

- apprentissage du Français (filière Professeur des Ecoles) (12h TD). 

- Ethique et histoire des sciences (13h TD)

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BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 

SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

Programme :

Cours magistraux

--L’organisation du cerveau : bases anatomiques et fonctionnelles  

*les hémisphères cérébraux : localisation et rôle des cortex sensoriels, moteurs, associatifs.  

*Le cortex frontal : siège des fonctions exécutives 

*Les structures du lobe temporal médian (hippocampe…) : à l’origine de la mémoire et du fonctionnement psycho-affectif. 

*Le circuit de récompense et la motivation comportementale 

 *l’hypothalamus : un centre neurovégétatif essentiel à l’homéostasie 

 *le thalamus :  relais des informations  

-l’organisation neurochimique du cerveau  
Dopamine et motivation ; sérotonine et régulation émotionnelle ; noradrénaline et vigilance ; peptides opioïdes et plaisir 

- La notion de neuromodulation : exemple des endocannabinoïdes 

Travaux dirigés

Les méthodes d’exploration  neuroanatomiques et fonctionnelles du cerveau ; notion de « modèle expérimental »  

-exposé 1 -analyse critique de documents : cerveau humain et intelligence artificielle (neurones humains vs neurones formels) 

-exposé 2-analyse critique de documents :  la relation cerveau /corps  

Travaux pratiques

-initiation à la Stéréotaxie cérébrale 

-supports vidéos :  comprendre le comportement grâce à l’optogénétique 

-dosage cérébral de monoamines oxydases 

-observation de lames histologiques du tissu cérébral (cytologie classique ou  immunocytochimie)   

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 

Programme :

M (12h) : 

□ Les mécanismes de la variation génétique : les mutations et le transfert horizontal de gènes (transformation, conjugaison, transduction et vésicules membranaires). 

□ Antibiotiques et résistance : utilisation des antibiotiques (métabolites secondaires comme sources d’antibiotiques, nature chimique, classification et mode d’action) et résistance aux antibiotiques (acquisition de la résistance et épidémiologie de la résistance). 

TD (4h) : Versatilité des entérobactéries / Les résistances aux antibiotiques. 

 TP (9h) : Identification des microorganismes / Antibiogramme / étude de l’adhésion bactérienne. 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 

Programme :

CM (16h) : 

Expression génique, mécanismes et régulations : réplication ADN ; structure des gènes ; transcription ; traduction ; régulation de l’expression génique (notion de régulon, de stimulon, opérons lactose, tryptophane, maltose…). 

Métabolisme microbien : anabolisme et catabolisme ; production d’ATP chez les microorganismes par voie respiratoire ou fermentative ; généralités sur les fermentations. 

Phages, phage-thérapie et phages dans l’industrie laitière. 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

Programme :

CM (14h) TD (11h) 

7 CM (2h)  

- Montrer La cellule comme l’unité d’organisation et l’unité fonctionnelle du vivant  

- La biodiversité du monde cellulaire animal et la différenciation cellulaire 

- L’organisation des cellules animales en tissus avec les jonctions intercellulaires, les matrices extracellulaires, le cycle cellulaire de la cellule animale et son dérèglement 

- Les différents types de cellules musculaires, les cellules ciliées et le cytosquelette 

TD (11h) 

6 TD 1h30 + 1TD 2h 

- Méthode d’observation des cellules et tissus : étude et analyse d’image de microscopie et de micrographies  

- La cellule animale sécrétrice :  la synthèse et l’excrétion de protéines avec applications à l’étude de la cellule du pancréas exocrine et endocrine, la cellule thyroïdienne,  

- Les cellules photosensibles et la vision. 

- Le cycle cellulaire 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 

SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

La biologie et la « science du vivant ». Celui-ci est trop rarement observé par les étudiant-e-s en conditions naturelles. La culture naturaliste, l’expertise naturaliste, l’observation et la connaissance du milieu de vie sont fondamentales pour la meilleure compréhension du monde vivant dans toutes ses dimensions. Ce module a pour objectif (i) de familiariser les étudiant-e-s avec des techniques d’observation du monde vivant sur le terrain (faune, flore, écosystèmes) ; (ii) de découvrir des approches pédagogiques et didactiquesd’enseignement de la biologie à partir de l’observation du réel : ce module est donc notamment préconisé pour les étudiant-e-s se destinant à se professionnaliser dans les filières de l’enseignement de SVT.

Programme : 

Cours magistraux
Présentation des outils classiques et modernes de l’observation et de l’expertise naturaliste (méthodes d’identification taxinomique et d’inventaires, bases de données digitales, outils de diagnostic écologique, sciences participatives…)
Présentation de l’importance pédagogique et didactique du recours à l’objet Réel dans le cadre de l’enseignement des sciences du vivant sur le terrain

Travaux pratiques
Sortie(s) de terrain visant à mettre en pratique :
- les outils de l’observation naturaliste
- les méthodes de mesure de la biodiversité
- la conception et la mise en oeuvre d’ateliers pédagogiques par les étudiant-e-s dans le cadre de la pratique des enseignements des Sciences de la Vie sur le terrain (conception et pertinence pédagogique des sorties de terrain en SVT dans le secondaire par exemple)

Travaux dirigés
- Analyse des échantillons observés sur le terrain
- Construction de séquences pédagogiques sur le modèle des attendus des concours menant aux métiers de l’enseignement (PRPE, CAPES de SVT, AGREG de SVT=

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

Ce module est également suivi par les étudiants de CYPIUne particularité majeure des plantes est d’être fixée. Cette caractéristique est centrale pour comprendre l’incroyable diversité des plantes, que cela soit au niveau de leur métabolisme, de la diversité des adaptations morpho-anatomiques acquises au cours de l’évolution ou de leur façon de vivre en communautés avec d’autres organismes vivant au-dessus du sol (épigés) ou sous la surface du sol (hypogés). Les plantes, par exemple, ne peuvent pas se déplacer quand les conditions climatiques sont défavorables à leur survie ou fuir face à leur prédateur. Les plantes peuvent cependant influencer et modifier leur environnement. Le but de cette UE est d’aborder les multiples facettes des adaptations et des évolutions spécifiques aux plantes pour survivre dans leur environnement abiotique (température, eau, sol…)

Cours magistraux (12h)
Introduction : la condition d’être plante. Introduction à 
l’environnement épigé (aérien) et hypogé (racinaire) 
d’une plante.
Les facteurs abiotiques épigés et endogés majeurs pour 
les plantes. La perception de l’environnement par les 
plantes. Les différentes évolutions des plantes pour 
survivre et croître dans leur environnement. 
Convergences évolutives, biomes et physionomie de la 
végétation. Modification des facteurs abiotiques par les 
plantes.

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 

Programme :

Cours magistraux (16h) 

Physiologie Digestive & Microbiote (12h) 

Partie 1 (2h) : Anatomie et Histologie du tube digestif et des glandes annexes 

Introduction, organisation et grandes fonctions du tractus gastro-intestinal  

-Anatomie /physiologie comparée  

-Anatomie et histologie fonctionnelle (tube digestif, glandes annexes, circulation splanchnique, circulation lymphatique, système nerveux ∑ et P∑, système nerveux entérique, péritoine/mésentères, histologie) (associé à un TP d’histologie TD + glandes annexes) (Homme) 

Partie 2 (3h) : Relation Structure-Fonction 

-Digestion mécanique, chimique, enzymatique  

-Composition et fonctions des sécrétions digestives  

-Absorption intestinale (macronutriments, micronutriments, eau) : couche d’eau non agitée, molécules hydrophiles et hydrophobes, transport médié et diffusion 

-Cycle entéro-hépatique des acides biliaires 

Partie 3 (3h) : Régulations des processus de digestion et de la motilité du tube digestif 

-Régulation nerveuse et hormonales des sécrétions digestives 

-Régulation nerveuse et hormonales de la motilité du tube digestif 

-Cellules Interstitiel de Cajal, cellules musculaires lisses, péristaltisme, complexes moteurs migrants, mouvements de masse, rythmes nycthéméraux 

-Réflexes longs et réflexes courts, focus sur quelques hormones gastro-intestinales : ghréline, gastrine, CCK, Sécrétion, PYY 

-Régulation de l’excrétion fécale 

Partie 4 (4h) : Le foie : au-delà des fonctions de digestion 

- Organisation du tissu hépatique : type cellulaire et organisation en lobules 

 Rôle du foie dans l’homéostasie glucidique  

- Rôle du foie dans l’homéostasie lipidique : Introduction au métabolisme des lipoprotéines 

- Rôle du foie dans l’homéostasie dans la détoxification des xénobiotiques 

- Stockage des vitamines liposolubles 

Partie 5 (4h) : Rôle du microbiote dans la digestion  

- Présentation du microbiote 

- Digestion fermentaire 

- Microbiote et régimes alimentaires carnivore, végétarien et omnivore 

- Interaction tube digestif-microbiote, impact du microbiote sur les processus digestifs 

Travaux dirigés (6h + 1h CCI) 

Thème 1 :. Comment étudier les mécanismes de transports médiés et de diffusion simple au niveau intestinal : exemple des glucides, des triglycérides, des acides biliaires et du cholestérol  

Thème 2 : Foie 

Thème 3 : Microbiote 

Travaux pratiques (4h) 

Régulation du péristaltisme et de la contraction de l’estomac. 

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Participe de la spécialité en BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 

Programmes :

Cours magistraux : 

 Les modèles animaux  

Pourquoi faire et pour quoi faire ? 

Les limites, les notions de danger et de risque 

Les éventuels effets non voulus 

Les dangers pour les animaux, les Humains et l’environnement 

 Les animaux transgéniques par micro injection 

L’intérêt et les nombreuses utilisations : la souris  

Les autres modèles transgéniques 

La méthode pour générer des animaux transgéniques 

Avantages, risques, dangers, inconvénients, limites 

 Le clonage animal 

L’intérêt et les applications possibles  

La méthode pour cloner des animaux 

L’évolution de cette approche de la recherche des années 80 à aujourd’hui 

Les limites, les avantages  

 La thérapie cellulaire 

La notion de cellules souches 

L’utilisation de cellules en thérapeutique 

Comment faire ?  

Un peu d’histoire 

Et Aujourd’hui 

La thérapie cellulaire de demain ?  

 La thérapie génique 

Une petite histoire de la thérapie génique 

Les principes généraux et les différents approches possibles 

Les dangers, les risques 

Les évolutions actuelles et leurs projections vers demain 

 L’extinction de gènes : KO  

Un outil pour comprendre et analyser 

Les nombreuses utilisations 

Le principe général 

Les variantes 

Intérêts, limites, applications particulières 

 L’édition de gènes et ses applications 

Les principes généraux 

Crispr Cas 9 et autres 

Les applications possibles  

Les limites possibles 

 Exemples 

 Travaux dirigés : 

 TD1 : A l’aide d’un exemple précis (animal ou humain) discussion autour de l’application des approches vues en cours pour le traitement d’une maladie.   

TD2 : L’expérimentation animale en question.s.  Hier, aujourd’hui, demain, la place de l’expérimentation animale dans l’expérimentation clinique et de façon plus général.   

 TD3: Application: du clonage à la production d’une protéine de fusion 

 Travaux pratiques : 

 TP1  et 2 : Réalisation transfert de gène dans des cellules procaryotes et eucaryotes.  Observation de la localisation subcellulaire d’une protéine de fusion. 

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Participe de la spécialité en BCP (Biologie cellulaire et physiologie), SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

Programme :

Cours magistraux : 

 Présentation des différents acteurs impliqués dans l’Homéostasie énergétique 

 Les besoins énergétiques d’un individu 

 L’adaptation énergétique 

En fonction de l’âge 

En fonction de l’activité physique 

Les besoins autres liés à l’activité physique 

 L’origine de l’énergie : physiologie métabolique 

 Le stockage de l’énergie : les tissus adipeux 

Les différentes cellules 

Les différents tissus 

Les rôles des tissus adipeux 

La dynamique cellulaire 

Les utilisations thérapeutiques des cellules adipeuses 

 Les malnutritions 

Les maladies de pléthore 

Les carences alimentaires  

 Travaux dirigés : 

 TD1 : Les outils liés aux besoins alimentaires et à la composition nutritionnelle des aliments. Présentation des outils disponibles, analyse critique des bases de données et des algorithmes utilisés.  Présentation notamment des outils de l’Efsa, du Ciqual, et de l’Anses en général.   

 TD2 : Aliments santé, aliments danger.  La part de l’alimentation dans la santé.  Présentation et développement d’un exemple (eg phytostérol et hypercholestérolémie) 

 TD3 : En relation avec le cours sur la malnutrition, présentation et discussion autour des maladies de pléthore et des carences.  Développement d’exemples.   

 Travaux pratiques : 

 TP1 : Calcul et modélisation des besoins énergétiques d’un individu en fonction de son environnement.   

 TP2 : L’étiquetage alimentaire.  Identification des informations, calcul des scores, recherche d’allégations, analyse des informations recueilies.   

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Cours magistraux (1h) 

Présentation de la démarche et des attendus 

Travaux dirigés (24h) 

Formation à la recherche documentaire 

Identification d’un questionnement scientifique 

Elaboration d’une synthèse bibliographique 

Validation de la question scientifique 

Construction d’un protocole expérimental 

Identification des contraintes logistiques, budgétaires et réglementaires (hygiène et sécurité), éthique 

Restitution sous forme d’un rapport écrit  

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en SVg (Sciences du Végétal)

L’objectif de cet UE est (i) d’appréhender la notion du développement durable (DD) et les défis qui lui sont associés pour nos sociétés, (ii) d’identifier la plante comme acteur majeur dans la mise en place concrète de la transition écologique et (iii) d’étudier les processus de domestication des plantes cultivées depuis le Néolithique jusqu’à la génomique. 

Programme :

Cours magistraux (10h) 

Définition de la notion de Développement Durable: création, historique, mise en place, critique des faits, évolution actuelle, limites 

Domestication: Historique de la domestication des plantes (Darwin), sélection artificielle (‘Syndrome de la domestication’), phénotype vs. génotype, processus d’adaptation et outils génomiques, processus de sélection variétales  

Notions d’Agriculture durable: Contexte agricole mondial, objectifs et challenges, 13 principes de l’agroécologie, perspectives pour 2050 

Travaux dirigés (6h) 

Préparation au TP (quels traits? Quelles mesures? Echantillonnage?)  

Choix d’une thématique de DD impliquant les plantes, faire une critique/état de l’art, rapport/oral/restitution collégiale.  

Travaux pratiques (9h) 

- Mesures de traits phénotypiques associés à la domestication (cultivars Pisum vs. Pisum fulvum) aux stades végétatifs, floraison, fructification 

– Serres de l’uB, plasticité phénotypique. 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

Programme : 

Cours magistraux

- Photomorphogenèse : Photorécepteurs et réponses à la lumière rouge et bleue. Voies de signalisation. Phototropisme 

- Gravitropisme : perception du signal gravitropique et conséquences cellulaires 

- Paroi végétale : composition et rôle dans la croissance cellulaire. Paroi secondaire. Lien entre la croissance du pollen agravitropique et le fort trafic membranaire pour croissance et synthèse de la paroi. 

Travaux dirigés

-La paroi végétale et les tropismes seront étudiés au travers de l’analyse de résultat scientifique.  

Travaux pratiques

Étude de la germination et de l’élongation des tiges, du développement du tube pollinique et analyse des tropismes racinaires.  

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

Programme : 

Cours magistraux (10h) 

- Définition et rôle des phytohormones 

- Présentation (découverte, synthèse, régulation, transport, actions) des 6 familles “historiques” d’hormones végétales : les auxines, les gibbérellines, les cytokinines, l'éthylène, l'acide abscissique, les brassinostéroides 

- Présentation (découverte, synthèse, régulation, transport, actions) des nouveaux venus : par exemple, les strigolactones, l'acide jasmonique, l’acide salicylique 

- La floraison, de la régulation génétique à l’alternance de générations (induction de la phase de floraison, modèle ABC, auto-incompatibilité, double fécondation) 

  Bases de “signalisation et comportement des plantes”, comparaison avec la neurobiologie 

Travaux dirigés (4h) 

- Analyse de résultats scientifiques (2h) 

- TD couplé TP (2h) 

Travaux pratiques (11h) 

- Contrôle hormonal du développement des plantes". Notamment : germination (4h) 

- Croissance en longueur des tiges et coléoptiles   avec AIA, Gibbérellines, ABA (3h) 

- Régulation de la floraison (4h) 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 

Programme :

Diversité des récepteurs de l’antigène  

Maturation lymphocytaire 

Tolérance centrale 

Immunodéficiences 

Trafic lymphocytaire et signalisation 

Communication immunitaire : cytokines et chémokine

TD/TP

Immunotechnologies  

Techniques d’études des cellules de l’immunité 

Résolution d’exercices d’application à partir de résultats expérimentaux 

 Mise en place de techniques d’hémagglutination et d’immunofluorescence sur coupes de tissus lymphoïdes et suspensions cellulaires de cellules spléniques 

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