Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Liste des enseignements
Facultatif
S5 Gestion & Conservation de la Biodiversité (bases) (BEE-217E)
3 créditsS5 Projet Immersif pour la Biodiversité (Prise en charge des objectifs ( BEE-115E)
3 créditsS5 Conception et réalisation d'un projet scientifique sur la Biodiversité (BEE-110E)
3 créditsS5 Description de la Biodiversité (méthodes) (BEE-111E)
3 créditsS5 Ecologie des interactions (BEE-112E)
3 créditsS5 Evolution 3 (BEE-113E)
3 créditsS5 Ecologie comportementale 2 (BEE-114E)
3 crédits
S5 Gestion & Conservation de la Biodiversité (bases) (BEE-217E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution), SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
L’érosion de la biodiversité est un fait maintenant avéré puisqu’on évoque la 6ème extinction de masse pour la période actuelle. Face à ce constat, nous devons être capables de développer des actions à même d’enrayer ce phénomène. C’était d’ailleurs l’objectif majeur de l’ONU pour la décennie écoulée. Force est de constaté qu’il n’a pas été atteint. Pourtant il existe des démarches qui permettent de préserver, voire de restaurer la biodiversité. L’objectif de cette UE est d’aborder ces démarches et de les replacer dans un contexte, notamment sociétal.
Dans un premier temps focalisé sur les raisons (analyse des menaces et risques d’extinction, perceptions de la biodiversité) qui expliquent la volonté/nécessité de conserver, et sur les racines historiques de la conservation, le cours envisagera les approches techniques de gestion conservatoire de la biodiversité à différents niveaux d’organisation (populations, écosystèmes). Les principes de base de la restauration seront ensuite traités à travers quelques exemples. Enfin, un éclairage sera porté sur les instruments réglementaires ou non applicables pour préserver la biodiversité, ainsi que sur la séquence opérationnelle qu’il convient en principe de respecter pour intégrer et respecter la biodiversité dans tout projet de développement économique.
Les aspects développés en cours seront illustrés, étendus, complétés par des travaux et discussions sur documents.
Cours
Pourquoi conserver la biodiversité : réalité de l’érosion de la biodiversité menaces sur la biodiversité, risques d’extinction
Bases et ancrage historique de la conservation ; positionnements et ambitions actuelles
Perceptions de la biodiversité ; statut et valeurs de espèces et des écosystèmes ; services écosystémiques
Points de vigilance écologiques/évolutifs de la conservation.
Comment conserver la biodiversité : Conservation des populations (démarche générale, outils de pilotage, contrôle des menaces, interventions sur les populations, conservation ex-situ) ; conservations des écosystèmes (grandes options envisageables, exemples Conservation et agriculture/urbanisation, aires protégées d’hier et d’aujourd’hui, caractéristiques des aires protégées, efficacité des aires protégées
Restauration des écosystèmes : démarche de base et quelques exemples
Modalités et instruments de Conservation
La séquences ERC
Travaux dirigés
Travaux sur documents pour illustrer des thèmes de conservation objets ou concepts-centrés. Ces thèmes peuvent prolonger ou/et compléter des points abordés en CM.
Travaux sur documents et discussions autour des dimensions sociétale, économique, éthique, … de la conservation de manière à élargir son attitude réflexive à l’égard de la conservation de la Biodiversité.
Travaux pratiques
Pas de TP. Ceux-ci trouvent en effet leur place dans l’UE associée "Gestion de la Biodiversité - Applications"
S5 Projet Immersif pour la Biodiversité (Prise en charge des objectifs ( BEE-115E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
CONDUITE DE PROJET
Réponse à une commande concrète –Phase de construction
Réception d’une « commande » en lien avec la biodiversité et répondant à un besoin réel de la part d’une structure publique ou privée
Précision des questionnements et attendus
Elaboration d’un cahier des charges
Elaboration d’un protocole
Pré-tests éventuels et premiers éléments de réalisation opérationnelle
S5 Conception et réalisation d'un projet scientifique sur la Biodiversité (BEE-110E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
Les UE COPRS1 et COPRS2 ont pour objectif d'initier les étudiants à la conception et la réalisation intégrales d'un projet scientifique dans le cadre d'un thème imposé mais renouvelé chaque année (thème généralement lié à l'écologie, l'évolution, l'environnement, mais potentiellement lié à d'autres domaines). Ces UE utilisent une approche pédagogique par projet et par problème, et elles reposent sur un décloisonnement CM/TD/TP qui implique, en plus de quelques séances collectives en présentiel, une part importante de travail en groupes avec un tutorat à distance.
L'UE CORPS 2 est focalisée sur la phase de réalisation intégrale d'un projet scientifique, par groupes (conçus aléatoirement) de 15-20 étudiants (plusieurs projets sont réalisés en parallèle). Il s'agira dans un premier temps de porter un regard critique sur un projet existant afin de l'améliorer. Ensuite, la réalisation des projets par les étudiants impliquera également de gérer les aspects logistiques, règlementaires et budgétaires. Une fois l'ensemble des données collectées pour un même projet, le travail se poursuivra en petits groupes (3-4 étudiants) et il consistera en l'analyse des données et la restitution d'un rapport scientifique.
Cours :
Approche par projet et par problème conduisant à la réalisation d'un projet scientifique, de sa mise en place opérationnelle à l'interprétation et la restitution des résultats
Travaux dirigés et travaux pratiques :
Identification des contours d'une problématique et d'un objectif en justifiant sa pertinence
Analyse critique d'un protocole expérimental et/ou d'échantillonnage et justification des choix d'amélioration
Gestion des aspects logistiques (lieu, matériel techniques, matériel biologique…) et règlementaires (règles d'hygiène et sécurité, autorisations éventuelles), dans le respect d'un budget prédéterminé
Pré-tests éventuels
Collecte et analyses des données
Interprétation des résultats et restitution sous forme d'un rapport scientifique
S5 Description de la Biodiversité (méthodes) (BEE-111E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
E (Environnement)
Que les préoccupations et l’intérêt associés à la Biodiversité soient d’ordre fondamental ou opérationnel, appliquer des méthodes solides pour la décrire est une étape cruciale puisqu’elle conditionne la qualité de l’information obtenue. Par exemple, le nombre d’espèces présentes dans un assemblage d’organisme influence fortement son fonctionnement, mais il est aussi un critère déterminant pour hiérarchiser des priorités en termes de protection des écosystèmes. Il est donc important d’estimer ce nombre de la manière la plus fiable possible.
L’objectif de cette UE est d’aborder les méthodes de description quantitative d’un certain nombre de descripteurs de la Biodiversité : l’abondance d’une espèce présente sur une zone donnée, le nombre d’espèces présentes, et la diversité locale.
Des méthodes très accessibles existent pour cela. Elles seront présentées et les étudiant-e-s seront amenés-e-s à les appliquer.
Les aspects développés en cours seront ensuite appliqués en TD et en TP sur des jeux de données mis à dispositions ou produits par la promotion elle-même dans le cadre de TP sur le terrain.
Cours
Description et mesures de la Biodiversité (Principes et bases techniques) - Méthodes d’estimation des descripteurs de la biodiversité (niveau des populations et des communautés)
Estimation et analyse de l’abondance/densité des espèces (mesures directes de la densité, mesures indirectes (Capture-Marquage-Recapture), mesures indiciaires)
Estimation et analyse du nombre d’espèces (richesse spécifique).
Estimation et analyse de la diversité locale (diversité a et équitabilité)
Travaux dirigés
Application à la main et sur logiciel (R) des techniques d’estimation et d’analyse de l’abondance des espèces, du nombre d’espèces (richesse spécifique), et de la diversité locale à partir de données d'observation déjà disponibles.
Travaux sur documents et discussions autour des dimensions sociétale, économique, éthique, … de la conservation de manière à élargir son attitude réflexive à l’égard de la conservation de la Biodiversité
Travaux pratiques
Application sur des modèles de laboratoire ou/et sur le terrain de méthodes d’estimation de l’abondance, de la richesse spécifique et de la diversité. Définition des choix méthodologiques (stratégie d'échantillonnage notamment) en fonction d’une problématique, acquisition des données sur le terrain ou en laboratoire, analyses des données acquis
Comparaisons méthodologiques (rapport précision/coût)
S5 Ecologie des interactions (BEE-112E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
S5 Evolution 3 (BEE-113E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution), SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
Thèmes :
Génétique des populations : forces évolutives, différenciation
Décrire la structure génotypique et allélique d’une population
Expliquer l’intérêt de l’utilisation du modèle d’H.W
Déduire la structure génotypique d’une pop à partir de sa structure allélique selon le modèle d’H.W
Décrire les différents niveaux hiérarchiques de diversité génétique (individu, intra-pop et inter-pop) et quantifier la diversité génétique à ces différents niveaux (calculs d’indices de diversité génétique : hétérozygotie attendue, richesse allélique standardisée, FST…
Conséquences évolutives des régimes de reproduction non panmictiques (inbreeding, dis/assortative mating,)
Thèmes :
Génétique des populations: forces évolutives, différenciation
Approche quantitative de la variation et de la sélection: héritabilité, réponse à la sélection directionnelle
Réponse à la sélection
Plasticité, stratégies biodémographiques (SBD)
Niveaux de sélection
ACTIVITE: génétique des populations
ACTIVITE jeux « SBD », héritabilité taille humaine, débat “nature versus (via) nurture”… ?
Lien avec d’autres enseignements :
Biostatistiques (visualisation, quantification de la variabilité, “manipulation” de fréquences et probabilités)
Biologie moléculaire, génétique mendélienne
Biologie du développement
Ecologie: biologie des populations, environnement, ecophysiologie
Applications (TD-TP)
ACTIVITE: génétique des populations
ACTIVITE jeux « SBD », héritabilité taille humaine, débat “nature versus (via) nurture”… ?
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
Lien avec d’autres enseignements:
Biostatistiques (visualisation, quantification de la variabilité, “manipulation” de fréquences et probabilités)
Biologie moléculaire, génétique mendélienne
Biologie du développement
Ecologie: biologie des populations, environnement,
S5 Ecologie comportementale 2 (BEE-114E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
Cet enseignement est une introduction à l’étude du comportement animal. L’objectif principal est d’appréhender le comportement comme un objet d’étude scientifique, en tenant compte de ses spécificités par rapport à d’autres traits mesurés. L’étude du comportement sera abordée au travers de la complémentarité des approches possibles : des approches descriptives, mécanistiques (déterminants physiologiques et neuronaux), et intégrative (écologie comportementale). Nous aborderons également la diversité des champs d’applications possibles du comportement (question de recherche fondamentale, bien-être animal, conservation des populations sauvages…). Les méthodes et outils d’analyse de base d’étude du comportement seront également décrits lors des travaux dirigés et mis en œuvre lors des travaux pratiques (laboratoire et terrain).
Cours magistraux
Le comportement comme objet d’étude, les biais d’observation et d’interprétation, l’histoire des disciplines
Les mécanismes à l’origine de l’expression des comportements : détermination neuronale et hormonale du comportement, cognition
Les déterminants écologiques et évolutifs des comportements (influence de l’environnement, adaptation et plasticité comportementale)
Application des concepts liés au comportement animal : conservation et gestion des populations animales, droit et éthique, bien-être animal
Travaux dirigés
Les outils et méthodes d’observation et d’analyse du comportement
Les biais d’interprétation du comportement
Travaux pratiques
TP1 : Caractérisation et comparaison du comportement
TP2 : Manipulation du comportement
TP3 : Étude des comportements in natura