Modules à choix en BIOCHIMIE et BIOLOGIE MOLECULAIRE:

Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 

BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
SVg (Sciences du Végétal)

Programme :

Cours magistraux (4h) 

Présentation des outils moléculaires disponibles pour l’étude de l’expression des gènes (différents types de vecteurs, utilisation de gènes rapporteurs) 

Outils disponibles pour la production de protéines hétérologues 

Travaux dirigés (4h) 

Identification d’ADN recombinant par cartographie de restriction, séquençage, PCR.  

Travaux pratiques (16h) 

Construction et identification de clones recombinants dans le but de produire une protéine chez E.Coli 

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BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
SVg (Sciences du Végétal)

Programme :

Introduction à la bioinformatique 

Présentation des principales bases de données biologique 

Recherche dans les bases de données biologique (bibliographique, séquences biologiques)  

Alignement de séquences par paires (Dotplot, BLAST, FASTA), notion d’algorithme, notion de score d’alignement, matrices de substitution 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )

Programme :

Cours magistraux (13,5h) 

Dans ce module sont abordés plus précisément : 

- Biosynthèses et régulations du cholestérol et ses dérivés stéroïdiens et des triglycérides ainsi que leurs transports dans l’organisme (métabolisme des lipoprotéines) 

- Biosynthèse et régulations des médiateurs lipidiques issus du métabolisme éicosanoïdes, (prostaglandines, leucotriènes, thromboxanes, …) 

-Les médiateur phospholipidiques lipoxygénés et leurs propriétés biologiques : importance des phospholipases (PLA2), notion de couplage des PLA2 aux récepteurs membranaires, … 

- Biosynthèses d’autres lipides membranaires : plasmalogènes, sphingolipides, glycolipides. 

-Rôle des lipides et des médiateurs lipidiques dans la communication cellulaire, la réponse inflammatoire et autres dérégulations métaboliques 

Travaux dirigés (6h) 

Exercices d’approfondissement des CM avec exemples pratiques, concernant notamment l’utilisation de techniques de pointe (CGL) de détection de biomolécules d’origine lipidique issues de de diverses sources (plasma, eau contaminée, …)  

Travaux pratiques (4,5h) 

Chromatographie liquide à haute performance pour la séparation et l’identification des acides gras 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BBM (Biochimie et biologie moléculaire ) , SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

Programme :

Cours magistraux (12h) 

Mécanisme de réplication de l’ADN (initiation procaryote et eucaryote, cohérence avec le cycle cellulaire, élongation, terminaison) 

Mécanismes de réparation de l’ADN procaryotes et eucaryotes 

Mécanismes de recombinaison homologue et non homologue 

Mécanismes de transposition, mécanismes moléculaires d’évolution des génomes 

Initiation à la phylogénie moléculaire 

Anomalies de la réparation et de la réplication en pathologie humaine 

Travaux dirigés (7h) 

Exercices adaptés d’articles scientifiques sur les thèmes traités en cours 

Travaux pratiques (6h) 

Comparaison de séquences et arbres phylogénétiques 

Maladies génétiques et introduction aux notions d’analyse en trio  

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité, SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

Programme :

Cours magistraux :

- Mésomérie de la liaison peptidique et incidence structurale sur les protéines

- Structures secondaires des protéines (angles diédraux et diagramme de G. Ramachandran, description physique des 8 structures secondaires, coudes/boucles, notion de dichroïsme circulaire)

- Structures tertiaire/quaternaire et incidences structurales d’agents chimiques

- Incidence de la structure sur la fonction (exemple de l’Iron Responsive Protein) - Détermination du profil d’hydrophobicité

- Notion de séquences consensus Travaux pratiques : Analyse de l’incidence d’un agent chaotropique sur la structure 3D d’une protéine ; impact de détergents/chélateurs/agents réducteurs et chaotropiques sur l’activité et le dosage de protéines ; séparation de protéine sériques par électrophorès

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

Programme : 

Interaction protéine-ligand : interaction protéine-ligand (équation de Scatchard et mesure de l’affinité de fixation). Un TP de 3h : détermination des paramètres de fixation du TIF sur la BSA par spectrométrie différentielle et de la constante d’association du PSP sur la BSA. 

Cinétique enzymatique : rappels sur les cinétiques michaéliennes (modèles cinétiques, équation de Michaelis-Menten, Km, Vm), les inhibitions irréversibles (inhibiteurs suicides) et réversibles (inhibiteurs suicides, inhibitions compétitives, non-compétitive, mixte et incompétitive), réactions enzymatiques à deux substrats (mécanismes Bi-Bi séquentiels aléatoire et ordonné, mécanisme Ping-Pong), inhibitions par substrats et produits de la réaction, les enzymes allostériques. Un TP de 4h portant la purification partielle de la catalase de foie de génisse et calcul d’activité spécifique catalatique. 

Allostérie :  

Protéines allostériques : exemple myoglobine/hémoglobine, modèles de coopérativité, mécanisme de Perutz, effet Bohr, équation et représentation de Hill, relations structure/fonction). 

Enzymes allostériques : classes d’enzymes allostériques de type K (ATCase) et type V (glycogène phosphorylase), relations structure/activité, effets des pseudo-substrats et d’inhibiteurs, modèles allostériques (Monod/Wyman/Changeux et Koshland), effets homotrope et hétérotrope, équation et représentation de Hill. 

1. Mettre en forme des données expérimentales pour en tirer une interprétation scientifique. 

1. Savoir travailler dans un environnement aux confluences entre les différentes sciences et domaines (biologique, génomique, informatique, anglais…). 

1. Traiter des données afin d’en tirer une information fiable et utile. 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )

SVg (Sciences du Végétal)

Programme :

Cours magistraux (3h) 

-Le modèle économique de l’entreprise – sa raison d’être – son positionnement dans le jeu fournisseurs/clients/concurrents.  

-Le profil des créateurs d’entreprise  

-La démarche – de l’idée à la création d’entreprise.  

-Introduction aux différents types d’entreprise existantes en France  

-Le fonctionnement de l’entreprise au quotidien  

-Présentation de l’écosystème régional de promotion de l’entrepreneuriat et de la création d’entreprise. 

- Interventions de professionnels extérieurs (créateurs, salariés), d’étudiants ayant participer aux Entrep’, Hacking’Health. 

Cours intégrés (22h) 

Pédagogie inversée/projet tuteuré : Travail en groupe des étudiants sur une entreprise en abordant les différents thèmes cités précédemment et en utilisant différentes approches : recherche internet, contacts directs avec des professionnels, etc … L’entreprise serait choisie en fonction des centres d’intérêt des étudiants : bioproduction, biothérapies, végétal, développement durable 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )

Programme :

Ce module aborde les bases importantes de la Communication et Valorisation Scientifique pour tout étudiant désirant poursuivre son cursus par un Master dans les domaines ayant trait à la santé. 

Dans ce module transversal sont abordés des éléments qui se rapportent à la publication scientifique dans le domaine académlque ou privé et les déclinaisons qui s’y rattachent (impact facteur, facteur H, quartile, comité éditorlal,…..) 

 Cours Magistraux : 

 Dans ce module seront abordés les différents points suivants : 

- Structuration d’un article scientifique original (Abstract, Introduction, Matériels et Méthodes, Résultats, Discussion, Conclusion, Perspectives, Remerciements) 

- Distinction entre revue et papier scientifique original, 

- DOI, PMID: Qu’est-ce que c’est ?  

- Notion et intérêt de l’impact facteur évolutif d’un journal : comment calcule-t-on ce facteur d’impact ? 

- Présentation des différents éditeurs académiques (MDPI, Hindawi, Elsevier, Karger,…) 

- Coût de revient de la publication scientifique (réactifs, salaires chargés, locaux, équipements,…)  

- Open vs Closed Access Journal : de nouvelles une options de publication 

 - Rôles et engagement moral de l’éditeur académique et des experts (reviewers) sollicités, 

- Notion de confidentialité du travail de revue, 

- Divulgation (ou non) des noms des reviewers (exemple de « Frontiers ») 

- Reconnaissance du travail des reviewers par “Vouchers“ et introduction au service en ligne “Publons“, 

- La fraude volontaire dans la publication scientifique (risques encourus)  

 - Notion et intérêt du facteur H pour un chercheur, 

- Citations et auto-citations d’un article scientifique, 

 - Exemple de bioRxiv, une plateforme de dépôt de travaux scientifiques n’ayant pas encore été évaluée par les pairs (intérêt/inconvénient pour la communauté scientifique,…). 

 - Utilisation des bases de données scientifiques et bibliographiques (PubMed, HAL INSERM, …). 

- Publications vs Brevets 

- Présentations des Centres de Recherche Dijonnais  

(CSGA, INSERMU1231) et des équipes les constituant. 

Travaux Dirigés : 

1) Projet tuteuré :  

Par groupes d’étudiants.tes, une présentation orale et écrite (support Powerpoint) des axes majeurs (question biologique posée, rationnel de la démarche scientifique pour y répondre, outils utilisés par les auteurs, présentation des résultats phares,..) d’une publication scientifique est attendue.  

 2) Réalisation d’un Pod Cast par groupes d’étudiants 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BBM (Biochimie et biologie moléculaire ), SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

Programme :

Cours magistraux (12h) 

Structure, propriétés chiroptiques des molécules (6h) 

Modes de représentation des molécules 

Structure et analyse conformationnelle : molécules aliphatiques et aromatiques ; étude conformationnelle des cycles à 5 et 6 chaînons, des hétérocycles, des composés polycycliques et des stéroïdes ; effet anomère. 

Stéréochimie statique : élément et groupe de symétrie ; éléments de chiralité (centre, axe, plan de chiralité ; hélicité) ; énantiomérie, diastéréoisomérie ; nomenclature relative et absolue des stéréoisomères. 

Stéréochimie dynamique : relations stéréochimiques entre des substituants ou des faces d'une fonction chimique plane dans une molécule ; synthèse asymétrique ; énantiosélectivité, diastéréosélectivité. 

Méthodes spectroscopiques (6h) 

Résonance magnétique nucléaire : description du phénomène et des appareils ; déplacement chimique ; couplage spin-spin ; RMN 1H ; RMN 13C ; RMN 2D. 

Spectroscopie d’absorption UV visible : interaction lumière-matière, transitions électroniques, notion de chromophore, loi de Beer-Lambert. 

Spectroscopie dans l’infra-rouge : description du phénomène; interprétation des spectres. 

Spectrométrie de masse : principe ; appareillage ; modes d'ionisation ; étude de l’ion moléculaire ; principaux modes de fragmentation. 

Travaux dirigés (10h) 

Les différentes notions abordées en cours seront illustrées par des exercices en TD. 

L'objectif est de savoir 1) maîtriser, grâce à des exemples empruntés à la chimie des biomolécules, la stéréochimie et la chiralité 2) interpréter et utiliser les données spectroscopiques d'une biomolécule. 

Travaux pratiques (3h) 

Etude des propriétés chiroptiques de solutions de polysaccharides 

Etudes des spectres RMN, IR et UV/vis de biomolécules 

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