Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Liste des enseignements
Facultatif
S6 Biodiversité Santé (BEE-216E)
3 créditsS6 Expertise naturaliste (EXN-201)
3 créditsS6 Ecologie des communautés (BEE-222E)
3 créditsS6 Gestion & Conservation de la Biodiversité (Développement pratique)(BEE-218E)
3 créditsS6 Microorganismes-Environnement (BEE-219E)
3 créditsS6 ADB Facteurs abiotiques & Biodiversité 1 (BEE-220E)
3 créditsS6 Projet Immersif pour la Biodiversité (Réalisation et restitution) (BEE-221E)
3 crédits
S6 Biodiversité Santé (BEE-216E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution), SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
Programme :
Compréhension écologique et évolutive de l’apparition, de l’expansion et de la persistance des maladies
Microévolution – Rappel des principes
Sélection naturelle et évolution humaine
Comment et pourquoi tombons-nous malades
Coévolution, stratégies de défenses des hôtes, évolution des pathogènes
La biodiversité, bonne ou mauvaise pour la santé humaine ?
Biodiversité microbienne et santé
Biodiversité et maladies infectieuses (conditions d’émergence/re-émergence …)
Biodiversité infection et maladies auto-immunes
Services écosystémiques et One Health
Interactions hôtes-pathogènes et conservation
S6 Expertise naturaliste (EXN-201)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
Programme : sera précisé ultérieurement
S6 Ecologie des communautés (BEE-222E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
E (Environnement)
Comprendre la composition et l’organisation des assemblages plurispécifiques (nombre d’espèces, abondances spécifiques, etc) est une question de base de l’écologie qui donnent lieu à plusieurs hypothèses sur les facteurs impliqués. La compréhension de ces assemblages (les communautés) est un enjeu d’autant plus important que ceux-ci s’appauvrissent, exprimant ainsi l’érosion actuelle de la biodiversité. Le contenu de cette UE aborde en premier lieu l’organisation des communautés par le prisme des réseaux trophiques (chaines alimentaires) et envisage de manière synthétique les principales contraintes structurantes qui pèsent sur cette organisation sous l’effet des transferts d’énergie. Ensuite, nous envisagerons les grandes interprétations que produit l’écologie scientifique pour expliquer la construction et l’organisation des communautés. Cela conduira ensuite à traiter la question majeure du lien entre certaines caractéristiques des communautés (comme le nombre d’espèces) et leurs propriétés (fonctionnalités) et certains des principes théoriques connectés à cette question et à la gravité de l’érosion de la biodiversité. Enfin nous aborderons la question du changement des communautés au cours du temps (successions écologiques) et les communautés des milieux isolés (insulaires), deux champs à la fois féconds d’un point de vue conceptuel et liés à des problématiques opérationnelles dans le contexte d’anthropisation des écosystèmes. Ces deux derniers aspects (successions et insularité) ainsi que la structuration des réseaux trophiques seront l’objet des développements en TD et TP sur le terrain.
Cours magistraux
* Réseaux trophiques (contraintes associées aux transferts de matière et d’énergie, structuration trophique des communautés : réseaux/pyramide trophique, empreinte environnementale de l’alimentation humaine, écologie métabolique)
* Les questions centrales associées à l’écologie des communautés (questions fondamentales, questions contextuelles)
* Les perceptions et notions de communautés (les différents modèles, importance de la niche)
* Top-down/bottom-up
* Caractéristiques et propriétés des communautés / fonctions écosystémiques (stabilité, résistance, …)
* Les successions écologiques (mise en évidence, dynamique du processus, succession et biodiversité, perturbations, importance de l’échelle spatiale, modèles de succession)
* La biogéographie insulaire et ses développements (caractéristiques des communautés insulaires, et facteurs explicatifs, modèle de l’équilibre dynamique, modèles et prolongements plus récents)
Travaux dirigés
Préparation des TP et première synthèse des résultats
Travaux pratiques
TP1 - Reconstruction de réseaux trophiques avec recensements « exhaustifs » de la macrofaune du sol)
TP2 - Observations sur le terrain reconstituant une succession végétale
TP2 - Observations sur le terrain visualisant les facteurs explicatifs majeurs des communautés insulaires.
S6 Gestion & Conservation de la Biodiversité (Développement pratique)(BEE-218E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
L’érosion de la biodiversité est un fait maintenant avéré puisqu’on évoque la 6ème extinction de masse pour la période actuelle. Face à ce constat, nous devons être capables de développer des actions à même d’enrayer ce phénomène. C’était d’ailleurs l’objectif majeur de l’ONU pour la décennie écoulée. Force est de constaté qu’il n’a pas été atteint. Pourtant il existe des démarches qui permettent de préserver, voire de restaurer la biodiversité. L’objectif de cette UE est d’aborder ces démarches et de les replacer dans un contexte, notamment sociétal.
Dans un premier temps focalisé sur les raisons (analyse des menaces et risques d’extinction, perceptions de la biodiversité) qui expliquent la volonté/nécessité de conserver, et sur les racines historiques de la conservation, le cours envisagera les approches techniques de gestion conservatoire de la biodiversité à différents niveaux d’organisation (populations, écosystèmes). Les principes de base de la restauration seront ensuite traités à travers quelques exemples. Enfin, un éclairage sera porté sur les instruments réglementaires ou non applicables pour préserver la biodiversité, ainsi que sur la séquence opérationnelle qu’il convient en principe de respecter pour intégrer et respecter la biodiversité dans tout projet de développement économique.
Cours
Pas de CM car UE pratique uniquement destinée à confronter les étudiants (notamment en tant qu’acteurs) à une démarche concrète de gestion conservatoire de la biodiversité.
Les aspects développés en cours seront illustrés, étendus, complétés par des travaux et discussions sur documents.
Travaux dirigés
Préparation des travaux à réaliser sur le terrain et premiers regards (post-TP) sur les données acquises, les contraintes et points de vigilance associés.
Travaux pratiques
Travaux réalisés sur des sites en gestion, et en lien avec des acteurs de la conservation (illustration sur site d’enjeux et d’objectifs de gestion, ainsi que des contraintes à intégrer pour mettre en place les actions de conservation de la biodiversité).
Travaux sur projet développés sur le terrain en lien avec une problématique concrète de gestion/restauration de la biodiversité. Les étudiants sont acteurs dans l’acquisition des données et leur exploitation
S6 Microorganismes-Environnement (BEE-219E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution), SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
Le module se focalise sur les microorganismes et leurs rôles fondamentaux dans le fonctionnement des écosystèmes aquatiques et terrestres, ainsi que la manière dont les changements globaux les affectent. Les principaux outils et méthodes de l'analyse de la diversité et de la fonction de ces microorganismes seront abordés.
Cours magistraux (10h)
Microbiologie des habitats aquatiques et du sol
Géomicrobiologie
Sédiments d’origine biologique et leur formation, préservation
Ecotoxicologie
Travaux dirigés (3h)
Travail sur articles
Travaux pratiques (12h)
Isolement, dénombrement et analyse de diversité de microorganismes dans l'environnement
Microscopie de groupes sélectionnés de microorganismes
Enrichissement de microorganismes (colonne de Winogradsky, infusion de foin etc.)
S6 ADB Facteurs abiotiques & Biodiversité 1 (BEE-220E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution), SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
La biodiversité des écosystèmes terrestres s’organise de manière structurée au sein des milieux en réponse à de nombreux facteurs environnementaux, notamment abiotiques. Ces facteurs sont eux même dépendant des grands cycles terrestres, comme le celui de la lithosphère, de l’hydrosphère et de l’atmosphère. La biodiversité des écosystèmes terrestres se retrouve ainsi fortement structuré par l’ensemble des facteurs environnementaux contrôlé par ces grands processus. Cependant, loin d’être passive, la biodiversité peut elle aussi, en retour, influencer et modifier/structurer son environnement et les facteurs abiotiques. Une catégorie d’organisme se distingue par cette activité : les organismes ingénieurs, capable de modifier la disponibilité des ressources pour les autres organismes. Ce module vise à sensibiliser les étudiants sur les interactions existantes entre la biodiversité et l’environnement au sein des écosystèmes, et le rôle important des organismes ingénieur dans les processus de modification de l’environnement et dans la création de niches écologiques. Ces interactions seront mises en évidence au travers de différentes échelles spatiales et temporelles, mais également au travers du prisme des activités humaines qui viennent les perturber.
Les cours magistraux auront pour vocation d’illustrer ces interactions, en s’appuyant sur les bases pré-requises des étudiants en écologie et science de la terre et de l’environnement. Seront également présenté les instruments opérationnels/outils et méthodes permettant la description de l’interaction entre la biodiversité et des conditions des milieux. Les séances de TD permettront de préparer et la sortie terrain, et d’analyser et restituer les résultats sous forme d’un rapport scientifique.
Cours magistraux (12h)
- Introduction
- Remise à niveau sur les trois compartiments (lithosphère/hydrosphère/atmosphère)
- Remise à niveau sur les niveaux d’organisation du vivant et les facteurs écologiques
- Effet du biotique sur l’abiotique, ouverture sur la notion d’organisme ingénieurs
- Structuration spatiale des interactions biodiversité-environnement
- Structuration temporelle des interactions biodiversité-environnement
- Impacts des activités anthropiques
Travaux dirigés (6h)
- Travail sur articles/interprétation de graphs (2h)
- Préparation de la sortie terrain (1h)
- Restitution de la sortie terrain (3h)
Travaux pratiques (7h)
Sortie terrain à la journée pour illustrer l’interaction entre la biodiversité et les conditions du milieu. Idées discutées :
- TSBF sur plusieurs sols du campus avec des contextes différents (compaction, végétation)
- Mesure de la stabilité des agrégats de sol par la méthode SLACK (sur le terrain ou en condition contrôlé avec un organisme ingénieur)
S6 Projet Immersif pour la Biodiversité (Réalisation et restitution) (BEE-221E)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
CONDUITE DE PROJET
Réponse à une commande concrète/ Phase de réalisation
Application du/des protocole-s.
Analyse des résultats.
Restitution écrite et orale des résultats.