LISTE DES MODULES à choix : 9 à choisir parmi les modules (facultatif)

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )

Programme :

Ce module aborde les bases importantes de la pharmacologie pour tout étudiant désirant poursuivre son cursus par un Master dans les domaines ayant trait à la santé. 

Dans ce module d’initiation sont abordés les différentes phases de développement d’un médicament au travers d’exemples concrets ainsi que les notions de pharmacocinétiques indispensables à la compréhension du devenir et la biostransformation du médicament dans l’organisme. A l’issue de ce module, l’étudiant sera en mesure de connaître les principales origines des molécules pharmaceutiques, le process aboutissant à la création d’un médicament et les approches expérimentales nécessaires à celle-ci.

Dans ce module sont abordés plus précisément : 

- La découverte de molécules actives : notion de cibles moléculaires, sérendipité, screnning à partir de végétaux, de sources animales marines et terrestres, origine synthétique et biosynthétique. 

- Les processus d’extraction des molécules d’intérêts pharmacologiques 

- Les études des Relations Structure-Activité (RSA) 

- La pharmacocinétique; ADME (Absorption, Distribution, Métabolisme, Elimination) biodisponibilité, clairance, temps de demi-vie ; incidence du métabolisme sur le devenir du médicament ; cinétique d’apparition ou d’élimination des métabolites. 

- Caractérisation in vitro des médicaments et de leurs cibles ; les réactions de biotransformation de phase I et de phase II ; détoxification et bioactivation ; méthodes d’études et carte métabolique d'un médicament.

Travaux dirigés

Exercices d’approfondissement des CM avec exemples pratiques, approfondissement des notions de devenir du médicaments ou de toxiques dans l’organisme

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )

Ce module qui fait suite au module Base de la pharmacologie moléculaire (BPM) aborde les notions de médicaments agonistes, antagonistes, de transport de drogues ainsi que des notions en lien avec diverses pathologies. Des exemples concrets d’études de pharmacologie moléculaire seront abordés en TP sous la forme d’un mini-stage permettant la compréhension et mise en situation des procédés expérimentaux nécessaires à la détermination de l’activité biologique de molécules d’intérêt thérapeutiques. 

A l’issue de ce module, l’étudiant aura acquis en ayant suivi BPM et PMA les notions essentielles sur les grands principes de la pharmacologie lui permettant d’aborder de suivre les formations ayant trait à la santé

Programme :

Cours magistraux : Dans ce module sont abordés plus précisément : 

- Les notions agoniste – antagoniste 

- Binding avec les protéines plasmatiques et de réserve plasmatique 

- Notion et calcul de concentration inhibitrice 50%  

- Rôle des ABC transporteurs dans l’efflux des drogues pharmacologiques 

- Utilisation de logiciel dédiée à la mesure de paramètres pharmacologiques 

- Mise en pratique de la détermination d’effets de drogues à visée thérapeutique 

Travaux dirigés (3h) 

Principe et utilisation de logiciels dédiés à la mesure de paramètres pharmacologiques.

Travaux pratiques (16h) 

Sous la forme d’un mini-stage, les étudiants pourront mettre en pratique les notions développées en DM pour la détermination d’effets de drogues à visée thérapeutique ainsi que l’utilisation de logiciels dédiés à la mesure de paramètres pharmacologiques. 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 

SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

 Le module de Biochimie des protéines actuel a été construit sur la base des besoins évoqués par les responsables de licences parcours Biologie générale, sciences de la terre et de l’Univers (BGSTU), dont les étudiants se destinent à l’enseignement primaire ou secondaire via le Master MEEF. 

Ce module peut également être proposé en option à des étudiants souhaitant s’orienter dans un parcours Biologie des organismes (dominante écologie). 

La notion de structure-fonction des protéines, qui peut être ensuite utilisée en Biologie animale, végétale et physiologie, est développée. L’utilisation des propriétés chimiques des protéines pour leur analyse est expliquée en CM en soutien des TPs. Les modifications post-traductionnelles des protéines, en décrivant les conséquences fonctionnelles, ainsi que la dynamique des protéines (trafic, maturation, dégradation) sont décrites et replacées dans les compartiments cellulaires.  

Les conséquences physiopathologiques d’altérations de structures protéiques sont également abordées (drépanocytose, encéphalopathie spongiforme bovine, maladie d’Alzheimer…). 

Programme :

Cours magistraux (9h) 

CMs répartis sur 6 séances sur chaque thème pour que les étudiants aient une connaissance de l’existence des mécanismes et régulations abordés.  

 1- Les macromolécules biologiques : structure-fonction des protéines (1,5h) 

2- Une protéine à structure quaternaire : l’hémoglobine (1,5h)  

3- Méthodes d’analyse des protéines : électrophorèse et chromatographie (1h) 

4- Dynamique cellulaire des protéines (trafic intracellulaire et modifications associées) (1,5h) 

5- Modifications post-traductionnelles des protéines (1,5h) 

6- Les protéines auxiliaires au repliement des protéines in vivo. (1h) 

7- Turnover et dégradation des protéines (1h)

Travaux pratiques (4 x 4h) 

Les TP abordent essentiellement la structure et la fonction des protéines en 4 séances de 4h organisée de la façon suivante : 

TP1 : séparation d’un mélange complexe (sérum albumine (SAB) + cytochrome C) de protéines par chromatographie d’exclusion. Détermination par spectrophotométrie des concentrations en serum albumine et cytochrome C. 

TP2 : gel SDS-page sur les fractions préparées dans le TP1 ainsi que sur le mélange avant purification et sur des protéines SAB et CytC purifiées. Dosage des protéines par Bradford 

TP3 : suivi de dénaturation de l’ovalbumine par dosage des fonctions thiols. 

TP4 : détermination des paramètres cinétiques d’une enzyme, et inhibition enzymatique 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )

Le module de Biochimie des protéines actuel a été construit sur la base des besoins évoqués par les responsables de licences parcours Biologie générale, sciences de la terre et de l’Univers (BGSTU), dont les étudiants se destinent à l’enseignement primaire ou secondaire via le Master MEEF. 

Ce module aborde les bases importantes de la régulation du métabolisme des acides nucléiques et des glucides ainsi que de leur dysfonctionnement. A partir de concept généraux, il sera démontré comment ces voies peuvent être à l’origine de dysfonctionnements conduisant à des pathologies graves et comment en agissant de manière biochimique ou génique, ces mêmes voies peuvent être la cible d’agents antimicrobiens, anticancéreux ou encore immunosuppresseurs. 

A l’issue de ce module, l’étudiant sera en mesure de connaître dans son ensemble un ensemble de voies métaboliques dont les répercussions en terme d’ingénierie ou de santé sont importantes. 

Programme :

Cours magistraux (12h) 

Dans ce module sont abordés plus précisément : 

- Le métabolisme des purines, biosynthèse et dégradation 

- les seconds messagers intracellulaires issus des purines nécessaires à la signalisation cellulaire 

- les pathologies associées au dysfonctionnement de ce ces voies métaboliques et leurs traitements (hyper-uricémies, déficits génétiques et syndromes héréditaires, hyperprolifération, …) 

- Action des agents antimicrobiens et anticancéreux agissant sur de nombreuses cibles des voies puriques et pyrimidiques 

- Action des immunosuppresseurs antimétabolites 

- Structures et fonctions des polysaccharides 

- Métabolisme du glycogène (les enzymes impliquées dans les voies de dégradation et de biosynthèse du glycogène). 

- Régulation du métabolisme du glycogène 

- Maladies génétiques associées au métabolisme du glycogène 

- Les glycosaminoglycanes, constituants des protéoglycanes. 

- Les protéoglycanes et leurs applications. 

- Les peptidoglycanes bactériens. 

- Les glycoprotéines (N- et O-glycolsylation). 

Travaux dirigés (6,5h) 

Exercices d’approfondissement des CM avec exemples pratiques : 

- Mesure de la glycémie par méthode enzymatique 

- Détermination de la structure complexe de différents polysaccharides 

- Analyse des déficiences du métabolisme du glycogène 

- Détermination de la structure saccharidique d’une glycoprotéine 

Travaux pratiques (6,5h) 

Analyse des propriétés physico chimiques de différents mono- et disaccharides par différentes méthodes (sucres réducteurs, cétoses, aldoses, pentoses, hexoses). Méthode de séparation de différents polysaccharides par chromatographie de gel filtration (tamisage moléculaire). 

Dosage de la glycémie par méthode enzymatique en spectrophotométrie. 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )

Programme :

Cours magistraux :

- Modifications post-traductionnelles des protéines : concept, abondance par résidus, exemples détaillés des processus de (dé)phosphorylation, oxydation et ubiquitination des protéines (mécanismes chimiques/moléculaires, incidences structurales, réversibilité et exemples d’implications dans des processus cellulaires)

- Mécanismes de contrôle-qualité des protéines (protein balance/imbalance) : concept, estimation de l’activité cellulaire de dégradation des protéines, dénaturation/agrégation des protéines, description détaillée de l’Ubiquitine Proteasome System (UPS), rôle des chaperonnes et chaperonnes-like (exemple de la protéine VCP). Travaux Dirigés : Analyse de publications scientifiques par binôme ou trinôme en lien avec les points abordés en cours magistral Travaux pratiques : Etude structurale et fonctionnelle de l’oxydation de l’aconitase cytosolique.

Travaux Dirigés :

Analyse de publications scientifiques par binôme ou trinôme en lien avec les points abordés en cours magistral Travaux pratiques : Etude structurale et fonctionnelle de l’oxydation de l’aconitase cytosolique.

Travaux pratiques :

Etude structurale et fonctionnelle de l’oxydation de l’aconitase cytosolique.

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en :
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )

SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

Programme :

Cours magistraux (12h) 

Mécanismes de transcription et régulation chez les Eucaryotes (mécanismes moléculaires de la transcription, éléments régulateurs, facteurs de transcription, activation des facteurs de transcription). 

Régulation épigénétique de la transcription des gènes eucaryotes 

Mécanismes moléculaires de la traduction et régulation chez les Eucaryotes 

Mécanismes moléculaires de l’épissage et régulation 

Régulation de l’expression des gènes par des ARN

Travaux dirigés (6h) 

Exercices adaptés d’articles scientifiques afin d’étudier les méthodes d’analyse de la régulation de l’expression des gènes eucaryotes 

Travaux pratiques (7h) 

 Extraction d’ARN et RT-PCR 

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participe du parcours BBM

Résumé 

Ce module aborde des notions fondamentales des interactions réversibles protéines-petites molécules et les conséquences physiopathologiques de la perturbation de ces interactions pour une grande variété de fonctions cellulaires (les réactions enzymatiques, la catalyse, la transduction du signal et la régulation de nombreuses réactions métaboliques). Les informations essentielles sur la fixation et le mécanisme et la spécificité seront abordées pratiquement via l’étude des équilibres d’association protéine-petites molécules : mesures de l’affinité de fixation (binding) et de la stœchiométrie de la liaison entre ligands et macromolécules, et détermination du nombre de sites de fixation. 

Programme :

Cours magistraux

1. Principes de l’interaction protéine-ligand 

2. Conséquences physiopathologiques des perturbations des interactions protéine-ligand 

3. Techniques d’études des interactions protéine-ligand (chromatographie, spectroscopie, dialyse à l’équilibre, plasmon de surface) 

Travaux dirigés :

Scatchard, détermination du nombre de sites de fixation et de la constante d’association. Exercices sur les techniques d’études des interactions protéine-ligand (interprétation de chromatogrammes, spectres de différence, dosage du ligand) 

Travaux pratiques :

1. Etude d’interaction Protéine-Ligand par chromatographie d’exclusion sur gel (BSA-PSP) - 4h 

2. Détermination du nombre de sites actifs de la trypsine – 4h 

3. Application de l’interaction protéine-ligand à la purification de protéine par chromatographie d’affinité – 4h 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )

Programme :

Stratégie catalytique des enzymes : les classes fonctionnelles d’enzymes, stratégies catalytiques (acido-basique, covalente, par ion métallique, etc.), les protéases à sérine (chymotrypsine), les aspartyl-protéases (HIV-1 protéase) et autres protéases (protéases à cystéine, métalloprotéases), les déshydrogénases (alcool déshydrogénase, lactate déshydrogénase, rôle des cofacteurs NAD+/NADP+/FAD), abzymes et ribozymes. 

Bases de données d’enzymologie : apprentissage BRENDA, 1 TD 1,5h + 1 TP 3h 

Visualisation et manipulation des structures tridimensionnelles des biomolécules : apprentissage de l’utilisation des outils de visualisation des structures tridimensionnelles (Pymol, VMD, etc.). 1 TD 1,5h + 1 TP 3h 

Analyse structure-fonction des enzymes et docking : étude du site actif d’une protéase à sérine, docking d’une molécule antivirale sur la protéase du HIV. 1 TD 2h + 2 TP 3h 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )

Maîtriser les mécanismes chimiques des molécules du vivant est une compétence indispensable pour un scientifique du domaine de la biochimie ou de la biologie moléculaire. Ce cours permettra également d'aquérir des compétences de base sur les grandes familles des molécules organiques de la vie. 

Programme :

Cours magistraux

Mécanismes des réactions chimiques : Réaction chimique : définition ; aspects thermodynamique et cinétique ; notion de catalyse ; espèces réactives acides et basiques ; espèces réactives électrophiles, nucléophiles, radicalaires.  

Mécanismes réactionnels en chimie organique : réaction d'addition nucléophile ou électrophile ; réaction de substitution nucléophile sur un carbone saturé ou sur un carbone insaturé ; réaction de substitution électrophile ; réaction d'élimination ; cycloaddition ; réarrangement hétérolytique. Illustration à partir d'exemples de molécules naturelles. 

Chimie organique de la vie : Propriétés et  et synthèses de molécules du vivant : peptides, oligonucléotides, terpènes et alcaloïdes.

Travaux dirigés

Les différentes notions abordées en cours seront illustrées par des exercices en TD. 

L'objectif est de comprendre les différents mécanismes réactionnels intervenant dans la chimie du vivant. 

Travaux pratiques (3h) 

Illustration de quelques techniques de chimie organique utiles pour la modification de biomolécules : exemples de synthèses à partir du cholestérol 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

Ce module permet d’approfondir les connaissances sur la reproduction des animaux (Métazoaires) en particulier celle des Mammifères dont l’humain. Dans cette UE, seront abordés tous les aspects de la reproduction au niveau de la différenciation du sexe, de la gestation et de la parturition

Cours magistraux (10h) 

- Formation et rôle du placenta, son apparition au cours de l’évolution. (2h) 

- Parturition : déclenchement de l’accouchement, contrôle hormonal. (2h) 

- La lactation : apparition au cours de l’évolution liée l’attachement avec la descendance, mise en place et maintien après la naissance, contrôle hormonal. (2h) 

- Du sexe génétique au sexe phénotypique : mécanismes développementaux qui permettent la différenciation des sexes. (2h) 

- Stratégies de reproduction (2h) 

Travaux dirigés (13h) 

Les TDs porteront sur l’analyse de documents portant sur la biologie de la reproduction. Ces articles permettront par des approches et techniques multidisciplinaires (génétique moléculaires, biologie cellulaire, imagerie, phylogénie…) de mobiliser les concepts de biologie de la reproduction

Travaux pratiques (2h) 

Au cours de ce TP en salle informatique, les étudiants se familiariseront avec des logiciels couramment utilisés en biologie de la reproduction 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

Programme :

Cours magistraux (14h) 

Développement Post-embryonnaire : Présentation développement post-embryonnaire chez les insectes et les Amphibiens, Différences et points communs, contrôle nerveux du développement (2h). 

Développement du système nerveux : Mécanismes de la neurulation et de la formation du cerveau, neurogenèse et gliogenèse, pathologies développementales du système nerveux. (4h) 

Régénération : mécanismes de régénérations chez les planaires, les insectes et les vertébrés à la suite d’une lésion accidentelle. (2h) 

Contrôle génétique de l'embryogenèse et de l'organogenèse chez la drosophile 

Contrôle génétique du développement chez les vertébrés (squelette axial, membres locomoteurs) 

Comparaison des mécanismes développementaux et évolution (6h) 

Travaux dirigés (11h) 

Les TDs porteront sur l’analyse d’articles. Ces articles permettront par des approches et techniques multidisciplinaires (génétique moléculaires, biologie cellulaire, imagerie, phylogénie…) de mobiliser les concepts de biologie du développement en relation avec le cours. 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution), SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

Programme :

Compréhension écologique et évolutive de l’apparition, de l’expansion et de la persistance des maladies 

 Microévolution – Rappel des principes 

 Sélection naturelle et évolution humaine 

 Comment et pourquoi tombons-nous malades 

Coévolution, stratégies de défenses des hôtes, évolution des pathogènes 

 La biodiversité, bonne ou mauvaise pour la santé humaine ? 

 Biodiversité microbienne et santé 

 Biodiversité et maladies infectieuses (conditions d’émergence/re-émergence …) 

 Biodiversité infection et maladies auto-immunes 

 Services écosystémiques et One Health 

Interactions hôtes-pathogènes et conservation 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

Programme : sera précisé ultérieurement

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
E (Environnement)

Comprendre la composition et l’organisation des assemblages plurispécifiques (nombre d’espèces, abondances spécifiques, etc) est une question de base de l’écologie qui donnent lieu à plusieurs hypothèses sur les facteurs impliqués. La compréhension de ces assemblages (les communautés) est un enjeu d’autant plus important que ceux-ci s’appauvrissent, exprimant ainsi l’érosion actuelle de la biodiversité. Le contenu de cette UE aborde en premier lieu l’organisation des communautés par le prisme des réseaux trophiques (chaines alimentaires) et envisage de manière synthétique les principales contraintes structurantes qui pèsent sur cette organisation sous l’effet des transferts d’énergie. Ensuite, nous envisagerons les grandes interprétations que produit l’écologie scientifique pour expliquer la construction et l’organisation des communautés. Cela conduira ensuite à traiter la question majeure du lien entre certaines caractéristiques des communautés (comme le nombre d’espèces) et leurs propriétés (fonctionnalités) et certains des principes théoriques connectés à cette question et à la gravité de l’érosion de la biodiversité. Enfin nous aborderons la question du changement des communautés au cours du temps (successions écologiques) et les communautés des milieux isolés (insulaires), deux champs à la fois féconds d’un point de vue conceptuel et liés à des problématiques opérationnelles dans le contexte d’anthropisation des écosystèmes. Ces deux derniers aspects (successions et insularité) ainsi que la structuration des réseaux trophiques seront l’objet des développements en TD et TP sur le terrain.

Cours magistraux 

 * Réseaux trophiques (contraintes associées aux transferts de matière et d’énergie, structuration trophique des communautés : réseaux/pyramide trophique, empreinte environnementale de l’alimentation humaine, écologie métabolique) 

* Les questions centrales associées à l’écologie des communautés (questions fondamentales, questions contextuelles)  

* Les perceptions et notions de communautés (les différents modèles, importance de la niche)  

* Top-down/bottom-up  

* Caractéristiques et propriétés des communautés / fonctions écosystémiques (stabilité, résistance, …)  

* Les successions écologiques (mise en évidence, dynamique du processus, succession et biodiversité, perturbations, importance de l’échelle spatiale, modèles de succession)  

* La biogéographie insulaire et ses développements (caractéristiques des communautés insulaires, et facteurs explicatifs, modèle de l’équilibre dynamique, modèles et prolongements plus récents)  

Travaux dirigés 

 Préparation des TP et première synthèse des résultats 

Travaux pratiques 

TP1 - Reconstruction de réseaux trophiques avec recensements « exhaustifs » de la macrofaune du sol)  

TP2 - Observations sur le terrain reconstituant une succession végétale  

TP2 - Observations sur le terrain visualisant les facteurs explicatifs majeurs des communautés insulaires. 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)

L’érosion de la biodiversité est un fait maintenant avéré puisqu’on évoque la 6ème extinction de masse pour la période actuelle. Face à ce constat, nous devons être capables de développer des actions à même d’enrayer ce phénomène. C’était d’ailleurs l’objectif majeur de l’ONU pour la décennie écoulée. Force est de constaté qu’il n’a pas été atteint. Pourtant il existe des démarches qui permettent de préserver, voire de restaurer la biodiversité. L’objectif de cette UE est d’aborder ces démarches et de les replacer dans un contexte, notamment sociétal.  

Dans un premier temps focalisé sur les raisons (analyse des menaces et risques d’extinction, perceptions de la biodiversité) qui expliquent la volonté/nécessité de conserver, et sur les racines historiques de la conservation, le cours envisagera les approches techniques de gestion conservatoire de la biodiversité à différents niveaux d’organisation (populations, écosystèmes). Les principes de base de la restauration seront ensuite traités à travers quelques exemples. Enfin, un éclairage sera porté sur les instruments réglementaires ou non applicables pour préserver la biodiversité, ainsi que sur la séquence opérationnelle qu’il convient en principe de respecter pour intégrer et respecter la biodiversité dans tout projet de développement économique. 

Cours 

 Pas de CM car UE pratique uniquement destinée à confronter les étudiants (notamment en tant qu’acteurs) à une démarche concrète de gestion conservatoire de la biodiversité.

Les aspects développés en cours seront illustrés, étendus, complétés par des travaux et discussions sur documents.

Travaux dirigés 

Préparation des travaux à réaliser sur le terrain et premiers regards (post-TP) sur les données acquises, les contraintes et points de vigilance associés. 

Travaux pratiques 

Travaux réalisés sur des sites en gestion, et en lien avec des acteurs de la conservation (illustration sur site d’enjeux et d’objectifs de gestion, ainsi que des contraintes à intégrer pour mettre en place les actions de conservation de la biodiversité).  

Travaux sur projet développés sur le terrain en lien avec une problématique concrète de gestion/restauration de la biodiversité. Les étudiants sont acteurs dans l’acquisition des données et leur exploitation 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution), SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

Le module se focalise sur les microorganismes et leurs rôles fondamentaux dans le fonctionnement des écosystèmes aquatiques et terrestres, ainsi que la manière dont les changements globaux les affectent. Les principaux outils et méthodes de l'analyse de la diversité et de la fonction de ces microorganismes seront abordés.

Cours magistraux (10h) 

Microbiologie des habitats aquatiques et du sol 

Géomicrobiologie 

Sédiments d’origine biologique et leur formation, préservation 

Ecotoxicologie 

Travaux dirigés (3h) 

Travail sur articles 

Travaux pratiques (12h) 

Isolement, dénombrement et analyse de diversité de microorganismes dans l'environnement  

Microscopie de groupes sélectionnés de microorganismes 

Enrichissement de microorganismes (colonne de Winogradsky, infusion de foin etc.) 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution), SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

La biodiversité des écosystèmes terrestres s’organise de manière structurée au sein des milieux en réponse à de nombreux facteurs environnementaux, notamment abiotiques. Ces facteurs sont eux même dépendant des grands cycles terrestres, comme le celui de la lithosphère, de l’hydrosphère et de l’atmosphère. La biodiversité des écosystèmes terrestres se retrouve ainsi fortement structuré par l’ensemble des facteurs environnementaux contrôlé par ces grands processus. Cependant, loin d’être passive, la biodiversité peut elle aussi, en retour, influencer et modifier/structurer son environnement et les facteurs abiotiques. Une catégorie d’organisme se distingue par cette activité : les organismes ingénieurs, capable de modifier la disponibilité des ressources pour les autres organismes. Ce module vise à sensibiliser les étudiants sur les interactions existantes entre la biodiversité et l’environnement au sein des écosystèmes, et le rôle important des organismes ingénieur dans les processus de modification de l’environnement et dans la création de niches écologiques. Ces interactions seront mises en évidence au travers de différentes échelles spatiales et temporelles, mais également au travers du prisme des activités humaines qui viennent les perturber.

Les cours magistraux auront pour vocation d’illustrer ces interactions, en s’appuyant sur les bases pré-requises des étudiants en écologie et science de la terre et de l’environnement. Seront également présenté les instruments opérationnels/outils et méthodes permettant la description de l’interaction entre la biodiversité et des conditions des milieux. Les séances de TD permettront de préparer et la sortie terrain, et d’analyser et restituer les résultats sous forme d’un rapport scientifique.

         Cours magistraux (12h) 

• Introduction
• Remise à niveau sur les trois compartiments (lithosphère/hydrosphère/atmosphère)
• Remise à niveau sur les niveaux d’organisation du vivant et les facteurs écologiques
• Effet du biotique sur l’abiotique, ouverture sur la notion d’organisme ingénieurs
• Structuration spatiale des interactions biodiversité-environnement
• Structuration temporelle des interactions biodiversité-environnement
• Impacts des activités anthropiques

   

  Travaux dirigés (6h) 

  • Travail sur articles/interprétation de graphs (2h)
  • Préparation de la sortie terrain (1h)
  • Restitution de la sortie terrain (3h)

     

    Travaux pratiques (7h) 

    Sortie terrain à la journée pour illustrer l’interaction entre la biodiversité et les conditions du milieu. Idées discutées :

    - TSBF sur plusieurs sols du campus avec des contextes différents (compaction, végétation)

    - Mesure de la stabilité des agrégats de sol par la méthode SLACK (sur le terrain ou en condition contrôlé avec un organisme ingénieur)

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)

CONDUITE DE PROJET 

Réponse à une commande concrète/ Phase de réalisation 

Application du/des protocole-s. 

Analyse des résultats. 

Restitution écrite et orale des résultats. 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 

SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

Dans chaque organisme, chaque tissu et organe fonctionne de façon plus autonome mais de nombreuses connections existent entre ces différents organes/tissus.  L’objectif de cette UE est de montrer les moyens de communications, à l’intérieur de l’organisme qui peuvent exister et permettre un fonctionnement interconnecté à l’intérieur de l’organisme. 

Programme :

Cours magistraux : 

 Présentation des moyens de communication 

Les cytokines 

   Les différentes classes 

   Et le système immunitaire 

   La signalisation  

 Les adipokines, les myokines, etc… 

 Les autres moyens de communication 

 Quelques exemples de dialogue 

   Dialogue bidirectionnel Cytokines/Hormones 

   Le dialogue os/métabolisme énergétique 

   Le dialogue métabolique 

   Le dialogue Tube digestif/cerveau 

   Le dialogue muscle/tissu adipeux/foie : l’exercice physique 

 Travaux dirigés : 

 TD1 : Le sécrétome.   

 TD2 : Adaptation à l’effort : compléments d’informations  

 TD3 : L’inflammation et l’obésité.   

 Travaux pratiques : 

 TP1 : Modélisation des interconnexions.   

 TP2 : Effets métaboliques des cytokines sur l’activité cellulaire.   

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 

Hippocrate aurait dit « fait de ton alimentation ta première médecine ». Plus de 2000 ans après cette citation fait toujours sens.

Programme :

Cours magistraux :

Aliments, nutriments Aliment santé, aliment danger Les maladies de carences : macroéléments, éléments de trace Altération du métabolisme glucidique / lipidique Alimentation et stress oxydant Les aliments santé Alimentation La sécurité alimentaire La sécurité sanitaire des aliments Autour de l’aliment, emballages, etc.. Additifs alimentaires, prébiotiques, tolérance orale Innovation alimentaire

Travaux dirigés :

TD1 : Un exemple d’aliment santé

TD2 : Les scores des aliments.

TD3 : Les crises alimentaires.

Travaux pratiques :

TP1 : analyse de la composition alimentaire

TP2 : les enquêtes alimentaires

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 

Physiologie et physiopathologie de la reproduction humaine.

Programme :

Cours magistraux :

-Physiologie de la reproduction humaine

-Activité cyclique autonome et régulé : axe cerveau

– gonades -Rythme de reproduction (circadiens, annuels ..) et facteurs de l’environnement -Les anomalies génétiques et chromosomiques : conséquences sur le développement et la reproduction

-Immunophysiologie de la gestation

- Physiologie du vieillissement du système reproducteur maîtrise de la fertilité humaine (FIV & FIVETE)

Travaux dirigés (TD):

Pathologies liées aux déséquilibres d’hormones sexuelles : syndrome des ovaires polykystiques (SOPK), alopécie, etc.

Maladies sexuellement transmissibles

Pollution / contaminants (perturbateur endocriniens) & reproduction

TP1 : Culture de cellules de sertoli et action hormonale

TP2 : Dosage de testostérone dans le surnageant– cellules de sertoli

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 

Programme :

La physiopathologie correspond à l’étude d’une pathologie selon une approche physiologique. C’est-à-dire une approche intégrée allant du gène, à la molécule, à la cellule, au tissu jusqu’à l’organe et aux grands fonctions qui lui sont associées. La physiopathologie consiste donc en l’étude des dysfonctions des organes et des grandes fonctions au sein d’un organisme (Homme ou modèles animaux) selon une approche intégrative (études in vitro et in vivo). L’étude et la compréhension des processus physiopathologiques associés à un organe ou un groupe d’organe est une étape fondamentale dans le développement de nouveaux outils diagnostiques ou thérapeutiques pour une pathologie. 

L’inflammation joue un rôle clé dans de nombreuses pathologies qu’elles soient aigue ou chroniques, d’origine infectieuses ou non. Les paramètres de l’inflammation contribuent ainsi au diagnostic de certaines maladies et représentent également des opportunités pour le développement de nouveau traitement.  

Dans le cadre de cette UEs, la différence entre l’inflammation septique et stérile sera présentée ainsi que les médiateurs de l’inflammation, les voies signalisation intracellulaire (en particulier l’inflammasome). Plusieurs exemples de stratégies anti-inflammatoires seront également décrites. Ensuite le rôle de l’inflammation sera particulièrement abordée au travers 2 exemples de maladies chroniques non transmissibles liées à des altérations du métabolisme lipidique (athérosclérose, stéatose hépatique).  

Programme des enseignements (CM)

Présentation de l’inflammation : inflammation septique et stérile, médiateurs de l’inflammation, les inflammasomes, réponse intégrée de l’organisme à l’inflammation (4h) 

Athérosclérose : perturbation de l’homéostasie du cholestérol, métabolisme des lipoprotéines, histopathologie vasculaire, acteurs cellulaires, inflammation (3h) 

Stéatose hépatique : perturbation métabolique, acteurs cellulaires, inflammation, fibrose, histopathologie, dyslipidémie (3h) 

Travaux dirigés

Préparation des TPs et analyse de sections de tissu sain et pathologique 

Travaux pratiques

Analyse de cellules spumeuses en cytométrie en flux : culture cellulaire, oxydation de LDL, caractérisation des perturbations métaboliques et de l’inflammation 

Culture primaire d’hépatocytes, caractérisation des perturbations métaboliques et de l’inflammation 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 

La physiopathologie correspond à l’étude d’une pathologie selon une approche physiologique. C’est-à-dire une approche intégrée allant du gène, à la molécule, à la cellule, au tissu jusqu’à l’organe et aux grands fonctions qui lui sont associées. La physiopathologie consiste donc en l’étude des dysfonctions des organes et des grandes fonctions au sein d’un organisme (Homme ou modèles animaux) selon une approche intégrative (études in vitro et in vivo). L’étude et la compréhension des processus physiopathologiques associés à un organe ou un groupe d’organe est une étape fondamentale dans le développement de nouveaux outils diagnostiques ou thérapeutiques pour une pathologie. 

Les cancers représentent la première cause de mortalité en France chez les hommes et la seconde chez les femmes. Ils représentent donc un problème de santé publique. 

Le vieillissement s’accompagne d’altérations des fonctions cellulaires dont certaines partagées par la cellule cancéreuse. Les concepts clés du vieillissement (« hallmarks of aging ») seront donc abordés dans le cadre de cette UEs à l’instar des « Hallmarks of cancer » (concepts clés de l’oncogénèse). 

Les mécanismes de réparations cellulaires et tissulaires seront également abordés au travers de l’exemple de la cicatrisation.  

 Programme des enseignements (CM, 16h) 

Oncogenèse : Facteurs de risque. Processus tumoral et métastatique. Cancers héréditaires et environnementaux (8h) 

« Hallmarks of Aging » (Genome instability, Telomere shortening, Epigenetic alterations, Loss of proteostasis, deregulated nutrient sensing, mitochondrial dysfunction, senescence du tissus adipeux, Stem cell exhaustion,  Altered intercellular communication), exemples de pathologies liées à l’âge;(4h) 

Réparation tissulaire : cellules souches de la peau, histopathologie, matrice extracellulaire, résolution de l’inflammation, cicatrisation (4h) 

Travaux pratiques (8h) 

TP : Invasion cellulaire (4h) 

TP : Wound healing assay (4h)

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 

Réalisation d’un projet de recherche expérimental en santé (conçu dans le cadre de l’UE Projet scientifique en Santé). Ce projet est réalisé par groupes de 4-5 étudiant.e.s sous la supervision d’un.e tuteur.trice. 

Cours magistraux (1h) : Présentation de la démarche et des attendus 

Travaux pratiques (24h) 

Réalisation du protocole expérimental 

Analyse des données 

Restitution sous forme d’une soutenance 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en SVg (Sciences du Végétal)

La multiplication végétative est un mode de reproduction des végétaux qui permet le clonage des plantes. Dans ce cours sera illustré ce phénomène naturel et comment il peut être mis en place artificiellement en serre et en culture in vitro. Différentes méthodes de micropropagation in vitro des végétaux, ainsi que la culture de cellules végétales (en suspension) et fongiques (innocula) seront abordées.

Cours magistraux (11h) 

Multiplications végétatives (/asexuées) naturelles et artificielles, notion de totipotence, clonage, effet des conditions naturelles. 

Culture in vitro pour l’amélioration des plantes : notion de milieu synthétique, stérilisation/axénie, explants, dédifférenciation / redifférenciation. 

Techniques de micropropagation. Cultures de cellules isolées. Techniques de productions d’inocula. Aspect législatif. 

Travaux dirigés (6h) 

Illustrations sous formes d’exercices et analyses de données de publications. Préparation des TP et analyse et mise en forme des résultats obtenus. 

Travaux pratiques (8h) 

Multiplications végétatives (en serres). Préparation de milieux de culture, stérilisation et culture in vitro de différents explants, préparation et fusion de protoplastes et régénération. 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 

Dans cet enseignement, les principales techniques et les outils d’insertion de gènes ou séquences candidates dans les cellules végétales seront présentées. Ces techniques de transgenèse qui permettent l’expression transitoire ou stable d’un transgène et la création de mutants, seront déclinées pour connaitre la fonction d’un gène/d’une protéine, pour déterminer la localisation de protéines codées, pour améliorer les caractéristiques variétales ou la production végétale de métabolites secondaires/bioressources. 

Cours magistraux (10h) 

Manipulation génétique des plantes : techniques directes (microinjection, techniques physiques et chimiques…) et indirectes (Agrobactéries, VIGS) d’intégration d’ADN- Mutation génétique par marche chromosomique - Mutagenèse aléatoire - Métabolites secondaires végétaux (classes, rôles, amélioration de leur production…), amélioration de bioressources

Travaux dirigés (7h) 

Illustrations du cours sous formes d’exercices et analyses de données de publications.  

Analyse et présentation orale de méthodes originales de publications par les étudiants. Préparation des TP et analyse et mise en forme des résultats obtenus. 

Travaux pratiques (8h) 

Expression transitoire (techniques agroinfiltration, VIGS …..) 

Transformation génétique stable (via agrobactéries sur disques foliaires et/ou sur cellules en suspension cellulaires). 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en SVg (Sciences du Végétal)

Cette UE repose sur une part importante de travail en groupe et quelques séances collectives en présentiel. 

Au cours de cette UE les étudiants vont développer une approche par problème conduisant à la conception intégrale d'un projet en science du végétal, de la détermination des objectifs à l'exploitation des données, en incluant les aspects pratiques du laboratoire tels que la croissance et l’entretien de matériel végétal. 

Cours magistraux (2h) 

- Présentation de l’organisation de l'UE et des objectifs à remplir par les étudiants.  

Travaux dirigés (8h) 

- 3 séances collectives en présentiel afin de guider les étudiants et de sélectionner les projets qui passeront à la phase expérimentations : 

Définition des contours d'une problématique et identification d'un objectif en justifiant sa pertinence 

Élaboration d'un protocole expérimental et/ou d'échantillonnage et justification des choix 

Préparation des aspects logistiques (lieu, matériel technique, matériel biologique…) et règlementaires (règles d'hygiène et sécurité, autorisations éventuelles) 

Présentation et défense du projet 

- une séance finale de restitution des résultats 

Travaux pratiques (15h) : Travail en autonomie des étudiants

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en SVg (Sciences du Végétal), SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

Les plantes sont confrontées à de nombreux bioagresseurs (champignons, bactéries, oomycètes …) et ont développé de nombreux mécanismes de défense pour y faire face. Cette UE a pour objectif de présenter ces mécanismes à travers l’étude expérimentale de différentes interactions plante/pathogène. 

Cours magistraux (6h) 

- Initiation à la phytopathologie : interaction compatible/incompatible, mécanismes de défense chez les plantes (renforcements pariétaux, réaction hypersensible, composés antimicrobiens …) 

- Présentation des différents bioagresseurs (champignons, oomycètes, bactéries, virus …)  

Travaux dirigés (3h) 

Préparation des TPs et présentation des résultats 

Travaux pratiques (16h) 

Infection d’Arabidopsidis thaliana par différents pathogènes et suivie des infections à l’aide de différentes méthodes de biologie moléculaire, de biochimie et de microbiologie.

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en :
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVg (Sciences du Végétal)

SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

La plante étant fixée, comment parvient-elle à échapper à ses prédateurs, à assurer sa reproduction ou à se disperser ? Certaines plantes (les arbres) ont une longue vie après leur mort, liée à leur dégradation. Le but de cette UE est d’aborder les multiples facettes des interactions que les plantes, vivantes ou mortes, entretiennent avec les organismes vivants épigés et hypogés pour assurer leur survie, leur croissance, leur reproduction et, in fine, leur dégradation.

Cours magistraux (12h)
Introduction aux interactions mutualistes et antagonistes. Stratégies de pollinisation et formes florales. Les stratégies de dispersion des graines. Les stratégies de lutte contre l’herbivorie et les pathogènes (défenses des plantes, mimétisme). Le rôle de la nécromasse (bois mort) dans la dynamique de la biodiversité des forêts naturelles. Les conséquences des changements anthropiques sur la pollinisation, la dispersion des graines et l’herbivorie.

Travaux pratiques (12h) sur le terrain
TP 1: Interactions plantes-pollinisateurs (observations in natura)
TP 2: Herbivorie (ex : Pyrale du buis)
TP 3 et 4 : Forêts naturelles/gérées, bois mort, décomposition et recyclage de la matière organique morte (sortie dans la réserve biologique intégrale de Cîteaux

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 

Programme :

CM :

Microbiologie alimentaire (la croissance des microorganismes dans les aliments et la détérioration des aliments, les biofilms et le contrôle de la détérioration des aliments). 

Sécurité microbiologique en agroalimentaire. 

Microbiologie des aliments fermentés, cas des produits laitiers : métabolisme des bactéries lactiques (nutrition azotée et carbonée, production d’EPS), facteurs influençant la croissance des bactéries lactiques dans le lait, conduite de fermentation laitière. 

TP (13h) : Fermentation en matrice laitière / Analyse d’aliments. 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 

Programme :

Cours Magistraux :

Historique des maladies infectieuses émergentes 

Définition, causes d’émergences ou de réémergences d’anciennes maladies (rôle du changement climatique et des activités humaines) et lutte contre les maladies émergentes 

Maladies virales (SIDA, COVID, grippes) 

Maladies bactériennes (légionellose, maladies de Lyme, E. coli producteurs de shiga-toxines, choléra) 

Maladies parasitaires et fongiques (leishmaniose, paludisme, candidose) 

Surveillance épidémiologique et ses limites 

Vaccination 

TD (9h) : Exemples de maladies infectieuses et préparation d’exposés 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

Ce module propose d’étudier les bases neurobiologiques du comportement depuis les niveaux moléculaires et cellulaires jusqu'aux niveaux intégrés et cognitifs. Cet enseignement assure une formation interdisciplinaire (appel aux savoirs de biologie cellulaire, moléculaire, biochimie, physiologie) qui permet d'appréhender les conséquences du fonctionnement cérébral en intégrant les différents niveaux d'organisation. 

Cours magistraux (10h) 

 Mécanismes de l’apprentissage et de la mémoire. 

Processus émotionnels (système limbique et autres circuits, peur et amygdale, etc…). 

Adaptation du comportement : principaux mécanismes de la plasticité cérébrale (neurogénèse, réorganisation synaptique, plasticité gliale, etc…). 

Les bases neurochimiques du comportement (homéostasie et comportements motivés), systèmes modulateurs diffus. 

Travaux dirigés (9h) 

Applications en TD : Interpréter des données de neurosciences issues de publications scientifiques en mobilisant ses connaissances, en développant une argumentation dans un contexte de résolution de problématique. Construire et formuler des hypothèses. 

Travaux pratiques (6h) 

 Applications en TP : Réaliser un protocole étudiant le comportement et collecter les données issues d'un suivi et d'une expérimentation pour répondre à une problématique. Restituer son travail suivant les règles de structuration scientifique. 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

Les contenus seront apportés par les professionnels de la Mission Culture Scientifique de l’université. 

Cours Magistraux (10h) 

Histoire des musées  

Les collections universitaire  

Les différentes formes de communication scientifique   

Les enjeux de la vulgarisation scientifique  

L’histoire de la vulgarisation  

Travaux dirigés (15h) 

Les collections en pratique  

L’éthique dans les collections touchant à l’humain 

L’écriture pour la presse 

L’écriture web 

L’écriture pour l’expo  

Projets tutoyés par groupe 

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Le parcours de préprofessionnalisation aux Métiers de l’Éducation et de la Formation (Prépro MEF) s’adresse aux étudiants de licence qui envisagent une carrière dans l'enseignement, l'édiuction ou la formation. Il permet la découverte du monde éducatif par des stages et offre des enseignements de base relatifs aux métiers de l'éducation

Formation organisée par l'INSPE

Travaux Dirigés : Préparation et exploitation du stage : 8h

Organisés autour d'un stage d'(observation en établissement d'une durée de 3 semaines (École, Lycée ou Collège)

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

Préparation des filières des concours des métiers de l’enseignement et de l’éducation (en SVT)

Semestre : S5
Contenu (CM: 10: TD :15h; TP : 0h)
CM : modalités et finalités des concours des Métiers de l’Enseignement, de l’Education et de la Formation du 1er degré (CRPE) et second degré (CAPES de SVT) 
CM : compréhension et maîtrisedu cadre de référence de l’enseignement des savoirs et savoirs-faires exigibles aux différents concours des métiers de l’enseignement (textes officiels, programmes, ressources officielles)
CM : compréhension des compétences professionnelles (disciplinaires, didactiques, pédagogiques), liées au contexte d’exercice du métier du métier de Professeur-e de Sciences de la Vie et de la Terre ou d’Enseignant-e dans le premier degré

CM : Appréhension de la culture professionnelle commune à tous les enseignant-e-s : expertise, culture scientifique, culture citoyenne,inclusion, prise en compte de l’hétérogénéité des élèves, bienveillance, appréhension du réel par l’observation,transmission des savoirs par la pratique de l’observation, mise en pratique réflexive de la démarche hypothético-déductive

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participe du parcours :

SVT ME (métiers de l'enseignement)

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

L’objectif du module est d’approfondir (avec les étudiants) les aspects moléculaires et cellulaires concernant la mise en place d’un système immunitaire mature, d’introduire les notions de régulation des réponses immunitaires dans leur environnement spécifique, de tolérance, ainsi que les conséquences en termes d’immuno-pathologies et d’immuno-interventions associées. 

Programme :

L’immunité des muqueuses 

La tolérance centrale et périphérique 

L’inflammation 

Les maladies auto immunes 

L’allergie 

L’immunité antitumorale  

Réalisation d’exercices à partir de données scientifiques  présentant différentes approches expérimentales et modèles d’études 

Analyse guidée d’un article scientifique sur les thèmes du programme : travail en petits groupes, présentation orale devant le groupe TD suivie d’une discussion critique  

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 

Programme :

Concepts (CM) et Applications (TD-TP) 

Approfondissement et présentation des différentes immunotechnologies permettant de mesurer la réponse immunitaire et d’étudier les cellules de l’immunité innée et adaptative 

Mini stage pratique pour suivre, observer et mesurer l’activation lymphocytaire B et T  

Pratique de la culture cellulaire 

Prélèvement stérile d’organes lymphoïdes 

Réalisation de suspensions cellulaires et stimulation de lymphocytes isolés de la rate 

Suivi de leur activation, transformation lymphoblastique (microscopie) et prolifération cellulaire (test MTS colorimétrique) 

Mesure de sécrétion d’Immunoglobulines (Ig) et d’interleukine 2 (IL-2) par test ELISA

Dénombrement  des cellules productrices d’Ig et d’IL-2 par ELISPOT 

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