Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Liste des enseignements
Facultatif
S4 AEP Approches expérimentales d'analyse des protéines ((BBM-206)
3 créditsS4 SFAN Structure et fonctionnement des acides nucléiques (BBM-207)
3 créditsS4 TEBIO Techniques d'analyse en biochimie (BBM-208)
3 créditsS4 OSEAN Outils d'analyse de séquences nucléiques (BBM-209)
3 créditsS4 COB Chimie : Chimie organique pour la biologie (CHM-203)
3 crédits
S4 AEP Approches expérimentales d'analyse des protéines ((BBM-206)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
SVg (Sciences du Végétal)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Programme :
UE approfondit les connaissances de l’UE « Structure et Enzymologie » du S2 et aborde de nouvelles méthodologies. Elle traite de façon détaillée :
En CM les principes et méthodologies de :
- la séparation des protéines par chromatographie (échangeuses d’ions, exclusion, adsorption, d’affinité) et électrophorèses
- la détermination des séquences primaires (méthodes enzymatiques/chimiques, concepts de base en spectrométrie de masse).
En parallèle, le cours abordera les propriétés physico-chimiques des protéines nécessaires à la compréhension des principes de leurs séparations.
En TD des exercices portant sur l’analyse et l‘interprétation de données expérimentales issues d’expérimentations de séparation et d’identification de protéines
En TP la séparation de par chromatographie d’exclusion.
S4 SFAN Structure et fonctionnement des acides nucléiques (BBM-207)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
Le module structure et fonctionnement des acides nucléiques aborde la physicochimie des acides nucléiques ainsi que des connaissances simples sur la structure des gènes procaryotes et eucaryotes. Les mécanismes moléculaires de l’expression des gènes (transcription et traduction) ainsi que la régulation seront abordés strictement chez les Procaryotes. Les travaux pratiques et les travaux dirigés ont pour objet l’application des concepts étudiés en cours.
Programme :
Cours magistraux :
Physicochimie des acides nucléiques (ADN, ARN, structure d’ordre supérieur, hybridation moléculaire, topologie)
Structures des gènes eucaryotes et procaryotes
Mécanismes moléculaires de la transcription et de la traduction procaryote
Régulation de l’expression des gènes chez les Procaryotes
Travaux dirigés
Exercices d’application sur l’analyse de l’expression des gènes chez les Procaryotes
Utilisation d’outils simples et gratuits d’analyse de séquences (correspondance séquence acide nucléique-séquence protéique, localisation des ORF, des introns.
Travaux pratiques (4h)
Evaluation de la qualité d’une préparation d’ADN par spectrophotométrie, électrophorèse sur gel d’agarose, taille de fragments linéaires, topologie des plasmides
S4 TEBIO Techniques d'analyse en biochimie (BBM-208)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI
Programme :
Notions d’hygiène et sécurité en laboratoire, des phrases de risque et conseils de prudence associés, gestion des déchets dangereux, connaissances des pictogrammes de danger
Notions d’erreurs de mesure et de chiffres significatifs
Calcul théorique d’une masse à peser pour préparer une solution étalon, conversion d’unités
Principe de la mesure potentiométrique du pH et principe de fonctionnement du pHmètre
La Loi de Beer-Lambert et ses limites pour son utilisation en spectrophotométrie
Equilibrage des équations d’oxydo-réduction et acide-base pour calculer les concentrations des espèces chimiques associées
Principe du dosage des sucres par oxydo-réduction par les méthodes d’Hagedorn et Jensen et Bertrand et principes des tests qualitatifs (Benedict, Seliwanoff…)
Principes des dosages de l’indice de saponification pour caractériser des lipides
Principes de l’extraction des caséines du lait par précipitation en abaissant le pH jusqu’au pHi Compétences acquises par les étudiants :
S4 OSEAN Outils d'analyse de séquences nucléiques (BBM-209)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
Programme :
Cours magistraux
Notion de gène au niveau moléculaire : annotation de gène, de la séquence nucléique à la protéine.
Bases de données de séquence et de génomes : état des lieux et exploitations pour les espèces modèles et non modèle (Genbank, BOLD)
Bases théoriques de l’alignement : BLAST, FASTA, CLUSTAL (2h).
Travaux pratiques :
Sexage moléculaire par PCR de flamants roses dans un but de conservation des espèces
Structuration du gène polymorphe utilisé, analyse dans différents génomes d’oiseaux
S4 COB Chimie : Chimie organique pour la biologie (CHM-203)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
L’objectif de cet enseignement est de procurer aux étudiants les bases de la chimie organique, ces bases étant orientées vers la chimie du vivant permettant un dialogue chimie-biochimie-biologie. Pour les étudiants choisissant par la suite la L3 BBM, ce cours prépare aux enseignements SPB « Synthèse et propriétés des biomolécules » (S5) et SAB «Structure et Analyse des Biomolécules» (S6).
Programme :
Cours magistraux (11h)
L’objectif est de présenter les fonctions organiques principales et les mécanismes réactionnels intervenant dans la chimie du vivant pour parvenir aux composés organiques polyfonctionnels tels que les acides aminés, polysaccharides et commencer à aborder la synthèse peptidique.
Travaux dirigés (14h)
Les différentes notions abordées en cours seront illustrées par des exercices en TD.