LISTE DES MODULES à choix : 9 à choisir parmi les modules (facultatif)

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BBM (Biochimie et biologie moléculaire ) 
SVg (Sciences du Végétal)

Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI

Programme :

UE approfondit les connaissances de l’UE « Structure et Enzymologie » du S2 et aborde de nouvelles méthodologies. Elle traite de façon détaillée : 

En CM les principes et méthodologies de : 

- la séparation des protéines par chromatographie (échangeuses d’ions, exclusion, adsorption, d’affinité) et électrophorèses   

- la détermination des séquences primaires (méthodes enzymatiques/chimiques, concepts de base en spectrométrie de masse). 

En parallèle, le cours abordera les propriétés physico-chimiques des protéines nécessaires à la compréhension des principes de leurs séparations. 

En TD des exercices portant sur l’analyse et l‘interprétation de données expérimentales issues d’expérimentations de séparation et d’identification de protéines  

En TP la séparation de par chromatographie d’exclusion. 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BBM (Biochimie et biologie moléculaire ) 
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

Le module structure et fonctionnement des acides nucléiques aborde la physicochimie des acides nucléiques ainsi que des connaissances simples sur la structure des gènes procaryotes et eucaryotes. Les mécanismes moléculaires de l’expression des gènes (transcription et traduction) ainsi que la régulation seront abordés strictement chez les Procaryotes. Les travaux pratiques et les travaux dirigés ont pour objet l’application des concepts étudiés en cours.  

Programme :

Cours magistraux :

Physicochimie des acides nucléiques (ADN, ARN, structure d’ordre supérieur, hybridation moléculaire, topologie) 

Structures des gènes eucaryotes et procaryotes 

Mécanismes moléculaires de la transcription et de la traduction procaryote 

Régulation de l’expression des gènes chez les Procaryotes 

Travaux dirigés

Exercices d’application sur l’analyse de l’expression des gènes chez les Procaryotes 

Utilisation d’outils simples et gratuits d’analyse de séquences (correspondance séquence acide nucléique-séquence protéique, localisation des ORF, des introns.  

Travaux pratiques (4h) 

Evaluation de la qualité d’une préparation d’ADN par spectrophotométrie, électrophorèse sur gel d’agarose, taille de fragments linéaires, topologie des plasmides 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BBM (Biochimie et biologie moléculaire ) 
SVg (Sciences du Végétal)

SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B) 

Cet enseignement  est suivi par les 2 groupes étudiants de CyPI (groupe Agronomie et groupe Alimentation) 

Programme :

Notions d’hygiène et sécurité en laboratoire, des phrases de risque et conseils de prudence associés, gestion des déchets dangereux, connaissances des pictogrammes de danger

 Notions d’erreurs de mesure et de chiffres significatifs

Calcul théorique d’une masse à peser pour préparer une solution étalon, conversion d’unités

Principe de la mesure potentiométrique du pH et principe de fonctionnement du pHmètre

La Loi de Beer-Lambert et ses limites pour son utilisation en spectrophotométrie

Equilibrage des équations d’oxydo-réduction et acide-base pour calculer les concentrations des espèces chimiques associées

Principe du dosage des sucres par oxydo-réduction par les méthodes d’Hagedorn et Jensen et Bertrand et principes des tests qualitatifs (Benedict, Seliwanoff…)

Principes des dosages de l’indice de saponification pour caractériser des lipides

Principes de l’extraction des caséines du lait par précipitation en abaissant le pH jusqu’au pHi Compétences acquises par les étudiants :

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
 
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)

Programme :

Cours magistraux

Notion de gène au niveau moléculaire : annotation de gène, de la séquence nucléique à la protéine. 

Bases de données de séquence et de génomes : état des lieux et exploitations pour les espèces modèles et non modèle (Genbank, BOLD) 

Bases théoriques de l’alignement : BLAST, FASTA, CLUSTAL (2h). 

Travaux pratiques :

Sexage moléculaire par PCR de flamants roses dans un but de conservation des espèces 

Structuration du gène polymorphe utilisé, analyse dans différents génomes d’oiseaux 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 

BBM (Biochimie et biologie moléculaire )

L’objectif de cet enseignement est de procurer aux étudiants les bases de la chimie organique, ces bases étant orientées vers la chimie du vivant permettant un dialogue chimie-biochimie-biologie. Pour les étudiants choisissant par la suite la L3 BBM, ce cours prépare aux enseignements SPB « Synthèse et propriétés des biomolécules » (S5) et SAB «Structure et Analyse des Biomolécules» (S6). 

Programme :

Cours magistraux (11h) 

 L’objectif est de présenter les fonctions organiques principales et les mécanismes réactionnels intervenant dans la chimie du vivant pour parvenir aux composés organiques polyfonctionnels tels que les acides aminés, polysaccharides et commencer à aborder la synthèse peptidique.  

 Travaux dirigés (14h) 

Les différentes notions abordées en cours seront illustrées par des exercices en TD. 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 
SVg (Sciences du Végétal)

PCB (préparation concours B)

Cet enseignement  est suivi par un des 2 groupes étudiants de CyPI (groupe Agronomie ou groupe Alimentation) 

 Le génie génétique définit l’ensemble des techniques permettant d’identifier, d’isoler, de modifier et de transférer des gènes d'un organisme à un autre. 

Le génie génétique fournit aux biologistes, quel que soit leur domaine de spécialité (biologie humaine, animale, végétale, microbienne) et l’échelle à laquelle ils travaillent (molécule, cellule, organisme, population), des approches expérimentales leur permettant d’élucider les mécanismes du vivant. 

Ses champs d'application sont également multiples, les plus importants relevant des domaines de l’environnement, de l’agronomie et de la santé.  

Dans cette UE, les étudiant.e.s acquerront les connaissances théoriques et pratiques de base du génie génétique et découvriront comment ses réalisations impactent notre vie en société. 

Programme :

Cours magistraux (8h) et Travaux dirigés (8h) 

Lors de ces enseignements les étudiant.e.s découvriront comment : 

Définir des outils moléculaires appropriés afin de mener une expérimentation sur l’ADN (enzymes de restriction, modification, ligase, vecteurs plasmidiques, phagiques, navette, chromosomes artificiels)  

 Préparer de l’ADN (extraction, purification, amplification de l’ADN, électrophorèses analytiques et préparatives) 

 Introduire de l’ADN dans des cellules (transformation de bactérie et de cellules végétales, transfection de cellules animales) 

Détecter un segment d’ADN spécifique dans un mélange complexe (notion de sonde, techniques de marquage, transfert sur membrane, hybridation) 

 Constituer et cribler des banques d'ADN (banques génomique, d'ADNc, d’expression)  

 Caractériser le polymorphisme de l’ADN (analyse de restriction, Southern, PCR, séquençage) 

Conduire des expériences de transgénèses animale et végétale. 

Travaux pratiques (9h) 

Les étudiant.e.s réaliseront un clonage moléculaire allant de la préparation de l’ADN à cloner jusqu’à l’identification du clone recherché. 

Techniques mises en œuvre : 

•  Amplification par PCR 
• Transformation bactérienne 
• Sélection et criblage de clones recombinants 
•  Analyse de restriction 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B) 

Ce module a pour but de permettre aux participants de découvrir les notions fondamentales de la biologie du développement animal et végétal : morphogenèse, spécification et différenciation cellulaires, migration et/ou communication cellulaires, formation des tissus et des organes.  

Le module présentera les organismes modèles et les diverses techniques (dont l’imagerie, la génétique et la biologie moléculaire) qui permettent de trouver des réponses sous forme d’une synthèse des connaissances actuelles. 

Programme :

Cours magistraux (10h) 

Principe et concepts en Biologie du développement d’organismes modèles : 

Drosophile: embryogenèse (Détermination des polarités, territoires présomptifs, gastrulation, neurogenèse et métamérie) et développement post-embryonnaire (organogenèse et métamorphose), Grillon (embryogenèse), Nématode (Caenorhabditis elegans) (reproduction et embryogenèse) (8h). 

Biologie du développement d’organismes modèles végétaux : fonctionnement des méristèmes et croissance continue, description des mécanismes fins de la régulation des activités d’histogenèse et d’organogénèse dans l’espace et dans le temps (2h). 

Travaux dirigés (6h) 

Les TD seront consacrés à l'étude des approches expérimentales de la biologie développementale et l'utilisation des techniques de génétique, de biologie moléculaire et cellulaire sur différents modèles animaux (4h) et végétaux (2h). 

Travaux pratiques (9h) 

Etude de l’organogenèse chez les animaux (4h) 

Etudes histologiques de tissus en organogenèse végétale (5h) 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B) 

Programme :

Cours magistraux :

Les différentes maladies infectieuses : diversité des agents infectieux, relations hôtes-pathogènes, mécanismes de pathogénèse  

La réponse immunitaire aux infections bactériennes 

La réponse immunitaire aux infections virales 

La réponse immunitaire aux infections parasitaires et fongiques 

Vaccination et sérothérapie 

Exemples de quelques défis actuels en médecine humaine et vétérinaire 

TD :  Préparation d’exposés sur des exemples de pathologies infectieuses et d’approches d’immunothérapies 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B) 

Cet enseignement  est suivi par les 2 groupes étudiants de CyPI (groupe Agronomie et groupe Alimentation) 

Programme :

Cours magistraux :

Communication intra et extracellulaire (signalisation)

Jonctions cellulaires, adhésion et migration

Introduction des interactions cellules humaines/animales et micro-organismes

Les niches cellulaires

Approfondissement des techniques de microscopie et de biologie cellulaire

Tissus et interaction cellulaire pathologique

Travaux dirigés

La signalisation cellulaire 

La migration cellulaire 

Travaux pratiques

- interactions cellules humaines/animales et micro-organismes

- Adhérence des cellules normales versus cellules tumorales

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BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 
SVg (Sciences du Végétal)
PCB (Préparation au concours B) 

Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI

Programme :

Cours magistraux : 

Généralités et rappel sur la diversité du monde microbien. 

Sélection de souches d’intérêt. 

Modifications génétiques des microorganismes. 

Applications biotechnologiques des microorganismes (bactéries, archébactéries, champignons, eucaryotes unicellulaires et virus). 

TD : Techniques de bases pour l’analyse en microbiologie / Manipulation de bactéries à des fins de recherche fondamentale et de biotechnologie. 

TP : Observations de microorganismes. 

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SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)

La compréhension des processus évolutifs impliqués dans la formation de la diversité des espèces à différentes échelles spatio-temporelles est crucial afin d’identifier le rôle de la sélection, de l’adaptation et des traits d’histoire de vie dans la promotion de la diversification. En utilisant des approches phylogénétiques, les objectifs de cet UE  sont de (i) connaitre les différents modes de spéciation et s’initier à l’identification des facteurs promoteurs de la diversité, (ii) comprendre l’importance des interactions des traits biotiques et abiotiques au cours de l’histoire évolutive des espèces et (iii) s’initier aux approches phylogénétiques et phylogéographiques pour l’étude des dynamiques évolutives et de la spéciation.  

Programme :

Cours magistraux (11h) 

Notions d’espèces, modes de spéciation (parapatry, sympatry, allopatry...etc)  

Phylogéographie: définition, patterns, introductions aux modèles de coalescence  

Phylogénie moléculaire : principes, concepts et applications en systématique  

Modèles de radiations: conservatisme de niche 

Interactions traits biotiques et abiotique 

Introduction à la génomique évolutive (évolution des génomes, éléments transposables, polyploïdie, théorie endosymbiotique…)  

Travaux dirigés (6h) 

TD forces évolutives inter-échelles  (analyse d’un article interactions structure populations-taux de speciation)  TD spéciation:  continuum biologique, évolution en action, nécessité de déterminer des catégories (sous-espèces, variétés...etc), introduction à la nomenclature   

Travaux pratiques (8h) 

TP Introduction à la phylogénétique à l’aide d’outils bioinformatiques (modèles d’inférences phylogénétiques, manipuler/éditer arbres phylogénétiques, mapper habitats et traits fonctionnels)  

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BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
PCB (Préparation au concours B) 

Cette UE vise à aborder le comportement comme élément moteur de l’évolution au travers de grandes thématiques de l’écologie comportementale : les comportements d’exploitation de l’environnement (habitat, ressources alimentaire), les comportements sociaux, les comportements sexuels et la communication. La variation du comportement sera étudiée des échelles individuelles à spécifique et illustrée au travers les grands enjeux liés aux changements anthropiques. Des méthodes et outils d’analyses spécifiques du comportement seront décrits dans les TD et utilisés lors des mises en situations TP sur le terrain.  

Programme :

Cours magistraux (12h) 

 Comportements d’exploitation de l’environnement : optimal foraging, utilisation de l’espace et défense des ressources 

 Comportements sexuels : sélection sexuelle, sexe ratio, régime d’appariement et soin parentaux  

 Comportements sociaux : les degrés de socialité, fitness inclusive, coopération et altruisme 

 Communication : nature et valeur du signal, théorie de l’information, honnêteté du signal 

Travaux dirigés (4h) 

Analyses et synthèses à partir d’étude de cas. 

Travaux pratiques (9h) 

 Comportements territoriaux (bioacoustique in natura) 

 Choix du partenaire sexuel (en laboratoire) 

 Comportements alimentaires et vie en groupe in natura  

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
PCB (Préparation au concours B) 
E (Environnement)

SVT ME (Métiers de l'enseignement)

Les interactions entre les organismes et leur environnement est le déterminant principal de la structuration et de l’évolution de la biodiversité. Un environnement peut être caractérisé par une diversité de facteurs écologiques qui peuvent impacter tous les niveaux écologiques, des individus aux communautés. Cans cette UE, nous identifierons les caractéristiques générales de ces facteurs écologiques, qu’ils soient d’origines abiotiques ou biotiques, au travers de différentes échelles spatiales et temporelles. Nous verrons également comment ces facteurs peuvent agir sur les organismes et les populations, afin d’identifier certaines lois majeures de structuration de la biodiversité. Cet enseignement sera abordé au travers de concepts généraux illustrés par des observations et des expériences au laboratoire et sur le terrain.  

Les facteurs écologiques et leurs niveaux d’action 

L’écologie factorielle (contraintes, ressources, performance individuelle) 

La diversité des facteurs écologiques (provenance, périodicité, compartiment écologique, consommation, dépendant de la densité) 

Facteurs limitants et lois associées (loi du minimum, rendement décroissant, loi de l’optimum, loi de tolérance, valence)  

Lien entre performance individuelle et population (traits d’histoire de vie, allocation de ressource et compromis) 

Caractérisation spatio-temporelle d’une population (structure spatiale, structure en âge/stade/taille, sex-ratio, démographie) 

Les facteurs abiotiques et leurs modes d’actions 

Les échelles de perception des facteurs (climat et météo, du microclimat aux zones climatiques) 

Réponses individuelles aux facteurs abiotiques (température : réponses globales à la température et terminologie, courbe de performance thermique, humidité, luminosité, vent, neige, facteurs stationnaires) 

Les modes d’action des facteurs abiotiques (moyennes, fluctuation, valeurs extrêmes, variations globales) 

Les conséquences Les lois écologiques (vision de Gleason) et convergence éco-morphologique (Allen, Bergmann, Gloger) 

Les facteurs biotiques et la régulation des populationnels 

Dynamique d’une population (croissance exponentielle et logistique, capacité de charge, inertie populationnelle, formalisation mathématique de base) 

Les facteurs de régulation dépendant de la densité (compétition intra-populationnelle et interactions interspécifiques, effet Allee) 

Les stratégies biodémographiques (stratégies r/k et CSR) 

Effet des organismes et des populations sur le milieu 

Effet physique (ombre, création d’habitat...) 

Effet chimiques (acidification) 

Effet biochimiques (secrétions, rhizodéposition, mucilage, MO) 

TP/TD :

 Thème 1 : Sortie terrain et mesure de traits sur la végétation, sol, eau, air (adret vs ubac, analyse de diversité alpha) 

 Thème 2 : Caractérisation de traits d’histoire de vie, fécondité, couts de la reproduction et démographie chez la bruche/ténébrion, effet Allee 

 Thème 3 : Suivi temporel de la dynamique d’une population (levures/algues) 

Colonisation des surfaces par les bryophytes et les lichens en lien avec l’exposition et les changements de facteurs abiotiques

TP escargots et caractéristiques abiotiques des habitats

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 

BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVg (Sciences du Végétal)

La biostatistique consiste à collecter, analyser et interpréter des données dans le cadre d’une démarche scientifique, qu'il s'agisse du domaine de la biologie ou plus largement des sciences de la nature et de la vie (santé, environnement…). Elle est au cœur de toutes les sciences, car la science a besoin de rassembler des preuves et de les évaluer pour porter un jugement objectif.  

Cette UE est essentiellement focalisée sur l'application d'une assez large diversité de tests statistiques fondamentaux (paramétriques et non paramétriques), sur table (pour bien en comprendre la logique) et avec le logiciel R. Cette diversité de tests permettra d'appréhender la difficulté du choix du test en fonction de l'objectif et du contexte (nature et stratégie d'acquisition des données).  

Programme :

Rappels sur la démarche méthodologique, la biostatistique  

Rappels du principe d'un test d'hypothèses et de la relation entre la collecte des données et leur analyse 

Applications de tests d'hypothèses paramétriques et non paramétriques (tests vus dans l'UE STAT2, test de Kolmogorov-Smirnov, test de Shapiro, test de Bartlett, test de Fisher, test de Wilcoxon, test de corrélation de Spearman 

Problème de choix du test 

Travaux dirigés et travaux pratiques 

TD : exercices d'application de tests (sur table), exercices de choix du test en fonction de l'objectif et de la stratégie de collecte des données 

TP : Prise en main du logiciel R avec l'environnement Rstudio, application de plusieurs tests d'hypothèses 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 
PCB (Préparation au concours B) 

Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI

Ce module vise à présenter l’homéostasie de l’équilibre hydrique, électrolytique et acidobasique de l'organisme. Cet équilibre est maintenu par les apports et les pertes en eau et en électrolytes et par leur répartition dans l'organisme. Ils sont régulés par le système rénal, hormonal, nerveux et le pulmonaire.  Les déséquilibres hydrique, électrolytique et acidobasique altèrent le fonctionnement de plusieurs fonctions de l’organisme notamment la respiration, le métabolisme et la fonction cardiovasculaire, la fonction rénale et la fonction du système nerveux central. 

Programme :

Cours magistraux : Physiologie rénale, Equilibre hydrique, électrolytique et  acido-basique 

L’eau dans l’organisme : Poids hydrique de l'organisme, Compartiments hydriques de l’organisme, Volume sanguin, Mesure des volumes liquidiens de l'organisme, Composition des liquides organique, Principe de base de l ’osmose, pression osmotique, Echanges entre les différents compartiments  

Equilibre hydrique : Apports et déperditions hydriques ; Régulation du VOLUME SANGUIN - Déshydratation - Hyperhydratation - Oedème 3 )

Equilibre electrolytiques  : Rôle des ions Na + dans l'équilibre hydro- electrolytique ;Régulation de l'équilibre des ions K+ 3 - 3 Equilibre des ions calcium ; Equilibre des ions Magnésium; Régulation des anions 

Equilibre acide-basique : les systèmes tampons chimiques ; Régulation respiratoire de la concentration des ions hydrogène ;Mécanismes rénaux de l'équilibre acido-basique ; Déséquilibres acido basique; Maintien de l'equilibre acido-basique  

Anatomie, fonctions et régulations rénales : Anatomie rénale ;Les grandes fonctions rénales; Régulations nerveuses de l’activité rénale ;  Régulations hormonales de l’activité rénal; Système intégratif : le système rénal dans la régulation du volume d’eau corporelle totale 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 

Cette UE est focalisée sur la physiologie de la respiration et les relations existant avec le système cardiovasculaire. Elle aborde les mécanismes qui permettent de transporter l’oxygène de l’air jusqu'aux cellules et de rejeter le dioxyde de carbone issu du métabolisme. Ainsi les différentes étapes fondamentales sont étudiées : 1) la ventilation pulmonaire qui assure les échanges gazeux entre les poumons et l’air ambiant 2) la diffusion alvéolo-capillaire permettant les échanges gazeux entre les poumons et le sang 3) le transport des gaz des poumons jusqu’aux tissus et inversement et 4) la respiration interne. Les facteurs influençant l’efficacité des échanges et les mécanismes nerveux régulant le rythme respiratoire sont expliqués. Cette UE est particulièrement appropriée pour les étudiant.e.s souhaitant une formation orientée vers la santé (métabolisme et pathologies associées notamment), la recherche ou vers les métiers de l’enseignement
Programme :

Cours magistraux :

I. Le sang  : Composition et fonctions du sang - Principales fonctions du sang - Rappels de la notion de milieu intérieur - Composants du sang Le plasma Les éléments figurés Les érythrocytes : Propriétés, érythropoïèse Transport des gaz Transport de l’O2 dans le sang Transport du CO2 dans le sang Facteurs influant sur l’affinité de l’Hb pour l’O2

II. Le système respiratoire : Anatomie fonctionnelle : Trachée, bronches, poumons et alvéoles La ventilation pulmonaire : Les muscles respiratoires / Mécanique respiratoire / Variations de pression au cours de la respiration / Volumes et capacités respiratoires / espace mort Echanges respiratoires : Propriétés des gaz / Composition des gaz de la respiration et du sang / Diffusion pulmonaire / Anomalies de perfusion / Respiration en altitude. Régulation de la respiration : Les centres respiratoires / Respiration normale / Respiration forcée /Influences corticales / Influences périphériques (rôle du nerf X) / Régulation chimique. Exemples de pathologies pulmonaires

Travaux dirigés :

TD1 : Biochimie sanguine et pathologies

TD2 : Le système respiratoire : Illustration du cours à travers des exemples tels que : La respiration en altitude / La plongée en apnée / La plongée en bouteille / l’adaptation à l’effort.

TD3 : Analyse des résultats obtenus en TP.

TP1 : Les éléments figurés du sang

TP2 : Spirométrie

TP3 : Etude de la régulation de la respiration chez le rat

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BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B) 

Cet enseignement  est suivi par un des 2 groupes étudiants de CyPI (groupe Agronomie ou groupe Alimentation) 

Cette UE permet aux étudiants d’acquérir les bases du fonctionnement des systèmes sensoriels périphériques.  En interaction permanente avec son environnement, chaque individu réagit vis à vis des stimulations sensorielles du monde extérieur mais aussi de son propre monde intérieur.  Cela permet le maintien des constantes vitales et donc de l’homéostasie, comme dans le cas de l’alimentation l’ensemble des organes sensoriels (la vision, l’audition, l’odorat, la gustation et la somesthésie) sont sollicités dans le comportement alimentaire et outre ses propriétés nutritionnelles, chaque aliment  se définit par ses propriétés organoleptiques ( « couleur, odeur, saveur, croustillance, texture ..etc) . Cette UE s’adresse aux étudiants se destinant à des formations en physiologie du comportement alimentaire et/ou l’analyse sensorielle. 

Programme :

Cours magistraux : 

Présentation des sens et des organes des sens 

Anatomie fonctionnelle 

Présentation générale des sens 

Les organes des sens 

- Vision 

- Somesthésie (tactile (texture) ; kinesthésique, thermique, sensation trigéminale 

- Audition 

- Olfaction 

- Gustation.   

 Présentation générale des récepteurs sensoriels 

*sensibilité extéroceptive et sensibilité proprioceptive  

*sensibilité intéroceptive ou sensibilité viscérale 

* sensibilité chémoceptrice (Le goût, l'odorat) 

*La conversion du stimulus en activité neuronale : la transduction (le potentiel de récepteur et la genèse de potentiels d’action) 

*La représentation des paramètres de la stimulation sensorielle : le codage 

*Les récepteurs sensoriels sont capables de coder les variations des paramètres physico-chimiques de l'environnement et de son propre milieu intérieur.  

 *le codage de l’intensité du stimulus ; durée du stimulus et phénomène d’adaptation 

  Travaux dirigés : 

TD1 : Une fonction aux portes de la neurosensorilaité : l’équilibration 

TD2 : le sommeil.  

TD3 : Analyse des résultats obtenus en TP.  

Transposition au mammifère et applications en recherche clinique et fondamentale. 

 Travaux pratiques : 

TP1 : -perception gustative specifiques (vidéo, CD gout) 

TP2 : enregistrement de l’électro-olfactogramme 

TP3 : Sens chimiques (observations de lames bourgeons du gout, muqueuse olfactive ) 

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BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

PCB (préparation concours B)

Le muscle strié squelettique est l'organe effecteur de la motricité somatique qui permet à l’organisme de se déplacer dans son environnement, de réagir face à un danger ou de maintenir la posture. Il est exclusivement commandé par le système nerveux central par l’intermédiaire de son innervation motrice et sensitive. Ce cours présente la structure des muscles squelettiques et les mécanismes cellulaires et moléculaires de la contraction. Il traite également du métabolisme énergétique lié à l’activité musculaire. Une seconde partie présente les bases de l’anatomie musculaire et explique comment les muscles sont impliqués dans la motricité à travers des actes volontaires et réflexes.

Cours magistraux :

I. La contraction musculaire

A. Introduction Rappels sur la commande nerveuse (volontaire / réflexe)

B. Structure et organisation du muscle squelettique Anatomie macroscopique et microscopique

C. Mécanismes cellulaires de la contraction musculaire squelettique Jonction neuro-musculaire et unités motrices Couplage excitation-contraction Comparaison avec le muscle lisse

D. Réponses mécaniques des muscles aux stimulus Effets de la fréquence et de l’intensité de stimulation Sommation temporelle / relation force-longueur / sommation spatiale Force et fatigabilité des différents types de fibres musculaires

E. Métabolisme énergétique musculaire Différentes sources de production d’ATP Régénération de l’ATP au cours de l’activité physique Métabolisme des différents types de fibres musculaires

II. Motricité

A. Bases d’anatomie musculaire

B. Contrôle de la motricité *Les réflexes spinaux somatiques Récepteurs proprioceptifs Réflexe myotatique d’étirement Réflexe ipsilatéral de flexion Réflexe de flexion-extension croisée Tonus musculaire *Activités automatiques ou semi-volontaires *Motricité volontaire Aires motrices / voies descendantes Structures de contrôles et de coordination Travaux dirigés : TD1 : Introduction à l’électromyographie, applications en recherche clinique et fondamentale TD2 : Contraction musculaire et activité physique Une évaluation courte sera programmée en fin de séance pour juger de la compréhension du TD.

Travaux dirigés :

TD1 : Introduction à l’électromyographie, applications en recherche clinique et fondamentale

TD2 : Contraction musculaire et activité physique Une évaluation courte sera programmée en fin de séance pour juger de la compréhension du TD

Travaux pratiques :

TP1 : Réflexe myotatique et EMG chez l'Homme

TP2 : Etude de la jonction neuromusculaire (LabStation)

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 

SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

PCB (préparation concours B)

Cet enseignement  est suivi par un des 2 groupes étudiants de CyPI (groupe Agronomie ou groupe Alimentation) 

Les plantes faisant face à de nombreux stress, elles sont obligées de s’acclimater, de s’accommoder et de s’adapter pour survivre. Au cours de ce module, nous étudierons ces mécanismes à différentes échelles de l’organisme (de la cellule à l’organe) et différente échelle temporelle (de quelques semaines à plusieurs générations). 

Programme :

Cours magistraux : Les concepts d’acclimatation, d’accommodation et d’adaptation des plantes à leur environnement seront étudiés.  

Travaux dirigés :Les séances de TD s’appuient sur l’analyse de résultats scientifique et l’étude de la collection de plantes des serres de l’uB. 

Travaux pratiques ; L’acclimatation, l’adaptation et la spécialisation des plantes seront étudiées à différente échelle (de la cellule à organe). 

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Cet enseignement  est suivi par les 2 groupes étudiants de CyPI (groupe Agronomie et groupe Alimentation) 

Programme :

Cours magistraux : 3 cours de 2h 

Rappels : Système SI, analyse dimensionnelle, écriture d’un résultat. 

Incertitude et composition des incertitudes : notion d’incertitude, incertitude type, incertitude composée, différents types d’incertitude, écart relatif. 

Ajustement Régression linéaire, loi exponentielle, loi de puissance. Coefficient de régression. Covariance. Ajustement polynomial. 

Capteurs et chaine de mesure : étalonnage d’un capteur, réponse d’un capteur, biais, multiples critères pour choisir un capteur. Conversion électronique, amplification, conversion analogique/digitale. Exemples de deux types de capteurs : capteur de température et capteur vidéo. 

Filtrage fréquentiel linéaire. Analyse de Fourier, Bruit, filtres passe-haut, passe-bas, passe-bande. 

Travaux dirigés : 4 séances de 2h 

Chacune des 4 séances reprendra sur des exemples concrets les notions vues en cours. Les étudiants auront l’occasion d’utiliser leur calculatrice (ou ordinateur portable). 

Travaux pratiques :3 séances de 3h 45 

Mesures et composition des incertitudes de mesures : Réflexion sur deux cas simples des erreurs expérimentales qui peuvent impacter la confiance en un résultat.  

Capteurs : Comparaison de trois capteurs de température différents. Sensibilité des capteurs, étalonnage de leur réponse. Ajustement par des différents types de lois (linéaires, puissance ou exponentielle). Capteur d’éclairement, loi de Bouger. 

Analyse spectrale et smartphonique : Utilisation de capteurs intégrés dans un smartphone ; analyse fréquentielle d’un signal acoustique ; filtrage d’un signal bruité, synthèse fréquentielle d’une forme d’onde, au choix de l’étudiant : analyse d’un signal cardiaque ou analyse des relevés de température sur plusieurs années à Dijon. 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
PCB (Préparation au concours B) 

Exploration des lois de biophysiques dans le monde du vivant : de la lumière, du mouvement, de la chaleur 

Programme :

Cours magistraux : 3 cours de 2h 

Rappels : Système SI, analyse dimensionnelle, écriture d’un résultat. 

Incertitude et composition des incertitudes : notion d’incertitude, incertitude type, incertitude composée, différents types d’incertitude, écart relatif. 

Ajustement Régression linéaire, loi exponentielle, loi de puissance. Coefficient de régression. Covariance. Ajustement polynomial. 

Capteurs et chaine de mesure : étalonnage d’un capteur, réponse d’un capteur, biais, multiples critères pour choisir un capteur. Conversion électronique, amplification, conversion analogique/digitale. Exemples de deux types de capteurs : capteur de température et capteur vidéo. 

Filtrage fréquentiel linéaire. Analyse de Fourier, Bruit, filtres passe-haut, passe-bas, passe-bande. 

Travaux dirigés : 4 séances de 2h 

Chacune des 4 séances reprendra sur des exemples concrets les notions vues en cours. Les étudiants auront l’occasion d’utiliser leur calculatrice (ou ordinateur portable)

Travaux pratiques :3 séances de 3h 45 

Mesures et composition des incertitudes de mesures : Réflexion sur deux cas simples des erreurs expérimentales qui peuvent impacter la confiance en un résultat.  

Cours magistraux : 3 cours de 2h COMMUM AVEC Capteurs 

Rappels : Système SI, analyse dimensionnelle, écriture d’un résultat.  Incertitude et composition des incertitudes ; Ajustement Régression linéaire, loi exponentielle, loi de puissance. Coefficient de régression. Covariance. Ajustement polynomial. ; Capteurs et chaine de mesure ; Filtrage fréquentiel linéaire. Analyse de Fourier, Bruit, filtres passe-haut, passe-bas, passe-bande. 

Cours intégrés : 19h (9 x2h + 1h) 

2h Optique géométrique (lentilles minces, foyers, distance focale, formules de conjugaison) ; visualisation et caractéristiques d’une image…)  

6h Mécanique : Cinématique (Mouvement rectiligne et circulaire, Vitesse et accélération ; Dynamique (Force et lois de Newton, Mouvement avec frottement) Énergie, Travail et énergie cinétique, Énergie potentielle et forces conservatives (vol des oiseaux) ; Conditions d'équilibre d'un solide, Centre de gravité et moments, Moment d'inertie  

4h Signal et rayonnement : Oscillateurs libres et amortis, Mouvement harmonique simple, Amortissement et résonance Oscillations biologiques ; Régime sinusoïdal forcé, Réponse d'un système à une force externe périodique, Phase, amplitude et fréquence) 

4h Phénomène de transport : Loi de Fournier, advection, adsorption…  

3h Thermodynamique : Lois de la thermodynamique, systèmes fermés ..  

 Exercices pratiques et exemples en biologie  

Imagerie médicale, Microscopie électronique ; le mouvement, trajectoire des organismes, des cellules, tissus et organes) ; vol des oiseaux, pressions dans les fluides corporels ; rotation d’une cellule lors de la mitose ; rythmes circadiens, application en neurosciences sur les mécanismes de cognition, la mémoire et des troubles neurologiques, (régulation de la température, circulation du sang, de l’eau dans les plantes, de l’air dans les poumons interaction protéine cellule, respiration cellulaire d’une mitochondrie, Homéostasie

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Cet enseignement  est suivi par les 2 groupes étudiants de CyPI (groupe Agronomie et groupe Alimentation) 

Participe du parcours PCB (préparation concours B)

Ce module a pour objectif de mettre en pratique les notions essentielles de la chimie des solutions, après un bref rappel des concepts théoriques sous forme de cours intégré. 

Programme :

Cours intégré (10h) 5 x2h 

Réactions acido-basiques 

Réactions d’oxydo-réduction 

Réactions de précipitation 

Réactions de complexation 

Cinétique chimique 

Travaux pratiques (15h) 5 x3h 

Préparation de solutions et vérification de leur titre par pH-métrie 

Equilibres de précipitation-solubilité dépendant du pH 

Equilibres d’oxydo-réduction 

Détermination d’une loi cinétique par étude pH-métrique de la saponification de CH3CO2C2H5 

Dosage du lait : acidité, teneurs en chlorure et en calcium 

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Ce cours est suivi également par les étudiants de CYPI

Fournir les bases de l’Atomistique au travers de la classification périodique. Maitriser le modèle de Bohr et prévoir intégralement les spectres d’émission et d’absorption de l’hydrogène et des hydrogénoïdes. Initiation à la mécanique quantique et connaissance des modes de représentation des orbitales atomiques. Analyse des différents processus à l’origine de la couleur des objets, spécifiquement en biologie. Découvert de la luminescence dans le monde animal et végétal. Analyse de la classification périodique et illustration de la réactivité par des vidéos caractéristiques. Programme :

Cours (19h) 9 x 2h +1h 

Chapitre 1 : L’atome de Bohr à la lumière des réverbères  

Chapitre 2 : Le monde de Psi 

Chapitre 3 : La Classification périodique 

Travaux dirigés (6h) 3 x2h 

Illustration et application au travers d’exercice des concepts 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en PCB (Préparation au concours B)

Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI

Objectif de cet enseignement est d’aborder la notion d’orbitale moléculaire et faire la liaison avec la géométrie moléculaire et la réactivité chimique. Maitriser la construction des diagrammes de corrélation entre orbitales atomiques et moléculaires pour AH, A2 et AB avec A et B des éléments appartenant au bloc p. Maitriser la construction rationnelle des schémas de Lewis et retrouver la géométrie des molécules simples. Introduction aux liaisons ioniques, métalliques, hydrogènes et Van der Waals. Ouvertures sur les Interactions intermoléculaires en biologie : micelles, membranes, vésicules et liaisons hydrogènes

Programme :

Cours (15h) 7 x 2h +1h 

 Chapitre 1 : Orbitales moléculaires et Diagrammes de corrélation 

Chapitre 2 : Les Schémas de Lewis 

Chapitre 3 : Les autres liaisons 

Travaux dirigés (10h) 5 x2h 

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Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI

participe du parcours BCP (préparation concours B)

Programme :

Cours magistraux : 5 cours de 2h 

Généralités : Système, états d’un système, équation d’état, variables thermodynamiques. Travail et chaleur échangés au cours d’une transformation. Relation de la statique des fluides, capacité thermique, modes de transfert de la chaleur, thermostat, thermomètres. 

Gaz parfait : Aspect macroscopique, coefficients thermoélastiques. Energie interne, Capacité thermique du gaz parfait. Première loi de Joule. Du gaz parfait au gaz réel. 

Premier principe de la thermodynamique. Cas des systèmes fermés et ouverts. Enthalpie et deuxième loi de Joule. Définition des coefficients calori-métriques. Etude des transformations des gaz parfaits. Relation de Mayer et loi de Laplace. 

Second principe de la thermodynamique. Fonction entropie. Identité thermodynamique. Inégalités de Carnot-Clausius. Cycle et théorème de Carnot. Applications aux machines thermiques : moteur, machine frigorifique (réfrigérateur, pompe à chaleur) 

Changements de phase des corps purs. Allure du diagramme d’équilibre (P,T). Vapeurs sèche et saturante. Vaporisation en atmosphère gazeuse limitée. Allure du diagramme (P,u). Courbe de saturation. Chaleur latente. Relation de Clapeyron.  

Travaux dirigés : 5 séances de 1h45 

Chacune des 5 séances reprendra des exemples concrets les notions vues en cours.  

Travaux pratiques : 2 séances de 3h 00 

Loi de Boyle-Mariotte et gaz parfait : utilisation du tube de Kröncke. 

Mesure du coefficient  𝜸 pour l’air : par les méthodes de Clément et Désormes et de résonnance.  

Technique du vide : Mesures de pression par différents manomètres et baromètres. Etalonnage d’une jauge de pression par l’utilisation d’un manomètre à capsule. Mesure de vitesse de pompage et détermination du régime d’écoulement par le calcul du nombre de Knudsen.  

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 

BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

PCB (préparation concours B)

 L’intégration cérébrale des informations sensorielles issues de l’environnement est essentielle à l’élaboration des actions, l’exploration motrice et donc l’adaptation comportementale. Se représenter le monde et y diriger des actions est à la base de la survie. Nous examinerons la vision, un sens relié à la cognition (reconnaissance, lecture …) et à l’opposé, l’olfaction qui est un sens relié aux comportements végétatifs (alimentation…) et aux émotions. Enfin, le système sensori-moteur sera abordé, permettant de souligner que le geste volontaire dépend de régions corticales hiérarchisées mais aussi de régions sous-corticales permettant sa régulation. 

Programme :

Cours magistraux (13h) 

-Mécanismes cérébraux de la VISION 

∞le lobe occipital et l’organisation des aires corticales de la vision 

*l’organisation du cortex visuel primaire (V1) : 

- les colonnes de dominance oculaire  

- les colonnes d’orientation du stimulus visuel 

 *la spécialisation des aires visuelles secondaires: couleur, mouvement et forme 

 ∞Au-delà du lobe occipital : 

*voir et reconnaître : la voie visuelle « temporale» 

*voir et localiser : la voie visuelle « pariétale» 

 -Mécanismes cérébraux de l’OLFACTION  

∞l’organisation du cortex olfactif primaire 

∞les connexions centrales du cortex olfactif  

*hypothalamus et l’intégration neuro-végétative des odeurs 

*l’amygdale et le traitement émotionnel  

*l’hippocampe et la mémorisation  

 -Le système SENSORI-MOTEUR 

∞Intégration corticale des informations somatosensorielles 

∞L’organisation de la commande motrice volontaire 

*Régions prémotrices et anticipation de l’action, les neurones miroirs  

*Cortex moteur Primaire et voie descendante pyramidale 

∞La régulation motrice : ganglions de la base et cervelet 

 Travaux dirigés (6h) 

TD basés sur l’analyse de documents scientifiques et l’élaboration d’exposés sur des thèmes transversaux : ∞relation vision & mouvement de la main 

∞Les bases cérébrales de la reconnaissance faciale et les altérations (prosopagnosie)  

∞ Les saccades oculaires, la vision et le langage écrit 

∞La neuroplasticité dans les systèmes sensoriels (les travaux fondateurs d’Hubel et Wiesel / Plasticité) olfactive/ plasticité sensori-motrice (réorganisation des cartes corticales suite à un changement périphérique comme l’amputation ou la greffe) 

 Travaux pratiques (6h) 

∞observations histologiques 

∞ mise en place d’un test comportemental sensoriel  

∞documents vidéos et analyse de résultats 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 

BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

Cet enseignement est dispensé sous forme de travaux dirigés et pratiques, avec pour objectif de fournir une connaissance approfondie de la classification phylogénétique actuelle du règne végétal. Les différents clades du règne végétal sont étudiés à la lumière de leurs caractéristiques évolutives majeures. Une attention particulière est portée à l'étude détaillée de la classification phylogénétique des plantes à fleurs (Angiospermes).
À l'issue de cette formation, les étudiants sont en mesure d'analyser et d'identifier les organismes végétaux, de les classer correctement, d'utiliser des clés de détermination et de concevoir des clés de détermination simples. Une séance de travaux pratiques est consacrée à l'initiation à l'analyse cladistique et à la construction d'arbres phylogénétiques et deux séances de botanique sont organisées sur le terrain.

Travaux dirigés (16 h)
3h : Bryophytes ; Ptéridophytes
3h : Coniférophytes
3h : Angiospermes : la classification APG IV ; lignées 
basales, Monocotylédones
3h : Angiospermes : Eudicotylédones 1
3h : Angiospermes : Eudicotylédones 2
1h : CC : 15 min associées à 4 séances

Travaux dirigés (16 h)
3h : Bryophytes ; Ptéridophytes
3h : Coniférophytes
3h : Angiospermes : la classification APG IV ; lignées 
basales, Monocotylédones
3h : Angiospermes : Eudicotylédones 1
3h : Angiospermes : Eudicotylédones 2
1h : CC : 15 min associées à 4 séances

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 

BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B) 

Cet enseignement  est suivi par un des 2 groupes étudiants de CyPI (groupe Agronomie ou groupe Alimentation) 

La classification du vivant permet de répondre à de nombreuses questions méthodologiques : comment se repérer dans la diversité du vivant ou encore quels sont les critères utilisés dans la classification du vivant entre autres. 

L’enseignement proposé est une formation sous forme de travaux dirigés dont l’objectif est d’apporter une connaissance de la classification phylogénétique actuelle du règne animal. Les principaux clades du règne animal sont abordés. A l’issu de cet enseignement, les étudiants seront capables de replacer des animaux observés dans la classification en utilisant des clés de détermination ou des critères de classification phylogénétique.  

Groupes abordés de manière exhaustive : Mollusques/Annélides, Pancrustacés , Pancrustacés Hexapodes , Vertébrés non amniotes (des Cyclostomes aux Lissamphibiens) , Mammifères / Diapsides : Lépidosauriens Chéloniens, Archosauriens : Oiseaux/Crocodiliens 

Travaux dirigés  :  Cladistique ; Observation de la biodiversité animale au travers de divers clades.  

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participe du parcours PCB (Préparation au concours B) 

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Stage de 1 semaine de découverte d’un milieu professionnel en relation avec le projet  professionnel des étudiant.e.s souhaitant suivre cette option

Stage en laboratoires publics ou privés, dans différents secteurs d’activités en lien avec les sciences du vivant, de l’environnement, de la santé, dans des parcs naturels, musées, exploitations viticoles, au CHU, ….

Recherche du stage suite à des démarches personnelles de l’étudiant.e, puis signature d’une convention de stage avant fin novembre, la convention de stage est remplie via l’application Pstage

Déroulement du stage durant la semaine de janvier suivant la semaine d’examens de CT du S3 de  L2SV qui a lieu la première semaine de rentrée

Préparation d’une soutenance orale et d’un rapport écrit

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