Parcours Licence 2

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Programme :

Travaux dirigés (12h) 

 Entraînement à la compréhension de documents audios qui traitent d'un sujet en rapport avec les Sciences de la Vie et de la Terre. Poursuite de l'acquisition du lexique de base nécessaire pour traiter de sujets scientifiques. Révision de vocabulaire et outils grammaticaux par blocs notionnels-fonctionnels : (11) Cause et conséquence, (12) Probabilité et certitude, (13) Le moyen et la manière, (14) Le but, (15) Similarité et contraste. Entraînements réguliers via des exercices écrits et oraux. 

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Les modules Réussite Etudiante (RE1-6) visent à accompagner l’étudiant.e dans ses choix d’enseignements en lien avec son projet universitaire et/ou professionnel.  Ces modules fournissent également des outils pour améliorer la réussite des étudiant.e.s et leur insertion professionnelle.

Le module RE3 comprend le suivi par un.e enseignant.e référent.e, une présentation par les étudiant.e.s de leur Projet Personnel Etudiant et une présentation des activités d recherche dans notre UFR.

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 

BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
E (Environnement) parcours Sciences Terre
G (Géoscoiences ) parcours Sciences Terre

La biostatistique consiste à collecter, analyser et interpréter des données dans le cadre d’une démarche scientifique, qu'il s'agisse du domaine de la biologie ou plus largement des sciences de la nature et de la vie (santé, environnement…). Elle est au cœur de toutes les sciences, car la science a besoin de rassembler des preuves et de les évaluer pour porter un jugement objectif.  

Dans le domaine des sciences de la nature et de la vie, on analyse des échantillons afin de faire des inférences sur la population. Nous verrons ainsi dans cette UE quels peuvent être les outils pour collecter des données, les résumer, les analyser et les interpréter. Nous verrons comment les échantillons prélevés fournissent de bonnes estimations concernant la population dans son ensemble, à condition qu'ils soient représentatifs de la population concernée. Nous apprendrons également à appliquer (sur table et logiciel) quelques tests statistiques fondamentaux permettant de comprendre les notions de tests paramétriques ou non paramétrique et d’échantillons indépendants ou non indépendants. 

Programme :

Introduction à la démarche méthodologique et place de l'outil statistique 

Initiation aux approches expérimentales et plan d'expérience 

Initiation aux approches descriptive et plan d'échantillonnage 

Rappels sur les statistiques descriptives 

Principe d'un test d'hypothèses (H0/H1) 

Application de quelques tests d'hypothèses (paramétriques et non paramétriques) : test du Khi2, test t de Student, test U de Mann-Whitney, test t pour échantillons appariés, test de corrélation de Pearson 

Travaux dirigés et travaux pratiques 

TD : exercices de construction et d'analyse critique de plan expérimentaux, exercices de choix de tests en fonction de l'objectif et de la stratégie de collecte des données 

TP : prise en main du logiciel R : saisie et manipulation de données, application de quelques tests d'hypothèses 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 

SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B) 

Cette discipline est une science du vivant qui étudie plus particulièrement le règne animal à travers leurs structures et leurs grandes fonctions (vie de relation (système nerveux), digestion, excrétion/osmoréguation, reproduction, respiration, locomotion, etc.), les caractéristiques de leur plan d’organisation. De ce fait, la biologie animale intègre non seulement de la zoologie, mais aussi de la physiologie animale, des neurosciences, voire de l’éthologie. Elle comprend également la classification phylogénétique des animaux qui repose sur la compréhension que nous avons actuellement de l’évolution des espèces. 

Cette UE présente les animaux non Vertébrés, depuis les premières formes animales (Diblastiques, comme les éponges et les coraux par exemple) jusqu’aux animaux Triblastiques Nématoïdes (vers ronds très représentés). 

Programme :

Cours magistraux

Origine des Métazoaires : Multicellularité et conséquences, acquisitions évolutives des Métazoaires non Vertébrés et leurs conséquences morpho-fonctionnelles, en suivant la phylogénie évolutive. 

Les principales fonctions vitales et plans d’organisation des Métazoaires non Vertébrés (principaux plans de développement et conséquences). Fonctions : de relation (système nerveux), digestion, excrétion et osmorégulation, respiration, circulation, reproduction, téguments, « squelette » et locomotion. 

 Ces enseignements présentent les principaux plans d’organisation et les adaptations morpho-fonctionnelles des animaux non Vertébrés (à l’exception des Panarthropodes et des Deutérostomiens non Vertébrés, vus en DRA2-B) et leurs évolutions pour s’adapter au milieu de vie. 

3 travaux dirigés-travaux pratiques couplés, illustrant et approfondissant les notions vues en cours : 

Organisation morpho-fonctionnelle des Diblastiques : exemple des Cnidaires. 

Organisation morpho-fonctionnelle des Spiraliens: exemple des Mollusques. 

Organisation morpho-fonctionnelle des Spiraliens vs. Ecdysozoaires Nématoïdes (Annélides vs. Nématodes) 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 

SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B) 

Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI

Cette discipline est une science du vivant qui étudie plus particulièrement le règne animal à travers leurs structures et leurs grandes fonctions (vie de relation (système nerveux), digestion, excrétion/osmoréguation, reproduction, respiration, locomotion, etc.), les caractéristiques de leur plan d’organisation. De ce fait, la biologie animale intègre non seulement de la zoologie, mais aussi de la physiologie animale, des neurosciences, voire de l’éthologie. Elle comprend également la classification phylogénétique des animaux qui repose sur la compréhension que nous avons actuellement de l’évolution des espèces. 

Cette UE présente les animaux non Vertébrés, depuis les Panarthropdes (qui comprennent, entre autres, la grande diversité des crustacés et des insectes) jusqu’aux premiers Deutérostomiens (comprenant les oursins, étoiles de mer, etc). Cette UE est la suite de l’UE DRA2-A. 

Programme :

Cours magistraux :

 Les Métazoaires non Vertébrés : des Panarthropodes aux Deutérostomiens 

 Acquisitions évolutives des Métazoaires non Vertébrés et leurs conséquences morpho-fonctionnelles, en suivant la phylogénie évolutive. 

 Les principales fonctions vitales et plans d’organisation des Métazoaires non Vertébrés (principaux plans de développement et conséquences). Fonctions : de relation (système nerveux), digestion, excrétion et osmorégulation, respiration, circulation, téguments, squelette et locomotion. 

 Ces enseignements présentent les principaux plans d’organisation et les adaptations morpho-fonctionnelles des animaux non Vertébrés (des Panarthropodes aux Deutérostomiens non Vertébrés, suite de DRA2) et leurs évolutions pour s’adapter au milieu de vie. 

3 travaux dirigés-travaux pratiques couplés, illustrant et approfondissant les notions vues en cours : 

Organisation morpho-fonctionnelle des Euarthropodes 1 :  Arachnides et Pancrustacés Mandibulates. 

Organisation morpho-fonctionnelle des Euarthropodes 2 :  Hexapodes et Myriapodes. 

Organisation morpho-fonctionnelle des Xénambulacraires: exemple des Echinoïdes. 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BBM (Biochimie et biologie moléculaire ) 
BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B) 

Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI

Programme :

Ce module s'adresse aux étudiants qui souhaitent acquérir des bases élémentaires mais solides sur le flux d'information cellulaire (gènes / transcription / ARN / traduction / protéines / adressage des protéines aux différents compartiments cellulaires), sans entrer dans les détails mécanistiques. En essence, il s'agit d'une formation élémentaire en Biologie Cellulaire et Moléculaire adaptée à des étudiants qui ont besoin de maîtriser ces concepts dans le cadre de leur projet de formation (par exemple biologie évolutive, biologie des populations, enseignement des SVTs, physiologie animale ou végétale, biotechnologies ...) sans se destiner nécessairement à être spécialistes du domaine. Le programme comprend 6 thèmes: 

 Thème 1: Rappels sur les macromolécules (acides nucléiques, protéines), notions de génome et de protéome, chromatine.  

Thème 2:  Transcription, notion de gène, types d'ARN, nucléole. 

Thème 3: Traduction, ribosome, repliement des  protéines. 

Thème 4: Compartimentation cellulaire, signaux d'adressage des protéines, adressage nucléaire. 

 Thème 5: Adressage aux mitochondries, plastes, et au reticulum endoplasmique. 

 Thème 6: Transport vésiculaire. 

Chaque Thème de CM est adossé à un TD, qui est l'occasion de consolider les notions abordées en CM, et de les mobiliser dans le cadre d'exercices basés sur des exemples tirés de la recherche. 

 Extraction d’ADN génomique (Tenebrio) 

 Mise en évidence de l’adressage nucléaire (Drosophiles transgéniques avec rapporteur nucléaire) 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 

BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B) 

Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI

Programme :

Cours magistraux

Historique et domaine de la microbiologie. 

La croissance bactérienne. 

La cellule bactérienne : les composants externes à la paroi cellulaire (capsule, couche mucoïde, fimbriae, pili, flagelles et mobilité) ; structure et fonctions de la paroi et de périplasme (Gram + et Gram-) ; composition et fonctions de la membrane cytoplasmique ; le cytoplasme ; la sporulation ; la microscopie et la préparation des échantillons. 

Nutrition bactérienne : classification des bactéries selon leurs besoins en énergie et en carbone ; besoins nutritionnels spécifiques des bactéries ; cycles biogéochimiques. 

Les grandes familles bactériennes : les bactéries à Gram – (Spirocheteae, Pseudomonadaceae, Rhizobiaceae, Enterobacteriaceae, Vibrionaceae, Pasteurellaceae, Rickettsiaceae, Chlamydiacea) et les bactéries à Gram + (Bacillaceae, Staphylococcaceae, Listeriaceae). 

 TD : La croissance bactérienne. 

 TP  : Croissance bactérienne / dénombrement / isolement / observations microscopiques (coloration de Gram). 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 

BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 
SVg (Sciences du Végétal)

BEE ((Biodiversité, Ecologie, Evolution)

SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B) 

Programme :

Cours magistraux :

Organes et cellules du système immunitaire inné et adaptatif 

Immunité innée : mécanismes de reconnaissance et d’action  

Reconnaissance des antigènes dans le système adaptatif (Immunoglobulines et récepteurs T) : diversité et spécificité 

Complexe majeur d’histocompatibilité 

Activation des lymphocytes T et B 

Fonctions des cellules effectrices : le système immunitaire en action  

TD et TP

Produire et utiliser des anticorps polyclonaux et monoclonaux 

Présentation des différentes techniques de détection de l’interaction anticorps/antigène 

Mettre en place un test d’immunoprécipitation en gel et un test immuno-enzymatique 

Rechercher des parentés antigéniques par les tests d’Ouchterlony et ELISA 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B) 

 La biologie du développement est l’étude des mécanismes qui permettent la genèse d’un être vivant pluricellulaire à partir d’une cellule œuf unicellulaire. Un aspect fondamental de ces mécanismes est le contrôle spatio-temporel de l’expression des gènes qui conduit à la mise en place d’identités cellulaires. Un autre aspect important est la différenciation cellulaire qui nécessite une coopération et une coordination cellulaires. L’ensemble de ces points est abordé dans cette UE aussi bien en biologie du développement animale (modèles Amphibien et Oiseau) qu’en biologie du développement végétal (développement du zygote chez les algues et les Angiospermes). 

Programme :

Cours magistraux

Principe et concepts en Biologie du développement : historique, lignage détermination, spécification, Induction, Patron de formation, morphogènes. Biologie du développement d’organismes modèles Amphibien et Oiseaux : segmentation, gastrulation (mise en place des feuillets embryonnaires) et neurulation (mise en place du système nerveux)

Biologie du développement embryonnaire d’organismes modèles végétaux : segmentation, mise en place et contrôle de la polarité cellulaire, mécanismes de régulation de l’orientation des divisions et mise en place précoce des méristèmes.

 Travaux dirigés

Les TD porteront sur la compréhension de la mise en place des tissus embryonnaires chez des modèles expérimentaux classiquement utilisés en biologie du développement animal et végétal

Travaux pratiques

Etude du développement de l’Oiseau, modèle en biologie du développement des vertébrés, gastrulation, neurulation

Etude du développement des graines de différents modèles végétaux, comparaison Monocotylédones et Dicotylédones, embryogenèse, mise en réserves.

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B) 

Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI

Programme :

Ce module concerne la branche de la biologie qui étudie l’hérédité. Les notions de base qui y sont traitées, interviennent dans tous les domaines de la biologie. Il s'agit pour l’essentiel de rappels de concepts déjà abordés au cours de la scolarité qui sont présentés dans l'optique de leurs apports pour la génétique.  

   Il s'adresse aux étudiants qui souhaitent acquérir des bases élémentaires mais solides de Génétique. Il s'agit d'une formation adaptée aux étudiants qui ont besoin de maîtriser ces concepts dans le cadre de leur projet de formation (biologie évolutive, biologie des populations, enseignement des SVT, physiologie animale ou végétale, biotechnologies ...) sans se destiner à être spécialistes dans ce domaine.  

Le programme comprend 6 thèmes (6x1,5h = 9h) :  

Thème 1 : ELEMENTS de GENETIQUE FORMELLE :  

concerne les bases moléculaires de l’hérédité dans lequel la structure et l’expression des gènes sont abordées (transcription traduction). Conséquences des mutations sur le phénotype. L’Origine de la variabilité par brassage est rappelée (méiose).  

 Thème 2 : MUTATIONS GENIQUE et CHROMOSOMIQUE :  

s’intéresse aux mutations, leur origine, leur nature ainsi qu’à leurs effets phénotypiques. Changement du nombre ou de la structure des chromosomes sont aussi abordés, ainsi que les principales conséquences des mutations chromosomiques humaines. 

 Thème 3 : TRANSMISSION d’un GENE INDIVIDUEL :  

concerne les modes de transmission des gènes. Les buts et méthodes de l'analyse génétique sont présentés. Hérédité humaine et transmission de maladies génétiques sont abordées. 

 Thème 4 : L’ASSORTIMENT INDEPENDANT des GENES : 

Approche expérimentale. Loi de Mendel. Origine chromosomique et développement post-Mendélien. 

Thème 5 : LIAISON et CARTOGRAPHIE 

est consacré à la cartographie des génomes basée sur la recombinaison. Approche expérimentale. Diagnostic de la liaison génétique. Comparaison des cartes génétiques et physiques est proposée.  

Thème 6 : GENETIQUE EVOLUTIVE (PHYLOGENIE)  

Utilisation de l’information de séquences d’ADN pour identifier la diversité génétique et la divergence moléculaire à l’intérieur et entre les espèces. Notions de DNA-barcoding et de diversité cryptique. 

 Applications (TD-TP) 

  Chaque Thème de CM est adossé à un TD (6x2h), organisé sous forme de séances d’exercices. C’est l’occasion de consolider et approfondir les notions abordées en CM, mais aussi de savoir les mobiliser dans le cadre de situations concrètes. 

 TP1 (2h) : Dénombrement de population F2 issues de croisement de drosophiles. Illustration de l’hérédité liée au sexe (mutant white de Drosophila melanogaster). 

 TP2 (2h) : Identification de la diversité cryptique chez les éléphants et assignement par DNA-barcoding d’une corne saisie en douane à son espèce source (informatique). Exploitation de bases de données (Genbank) et de logiciel d’analyse (MEGA). 

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Ce module participe de la spécialité :

•  BBM (Biochimie et biologie moléculaire )

Il est suivi par les étudiants de CYPI

La biochimie métabolique aborde les grands cycles métaboliques nécessaires au fonctionnement du vivant.  

Dans ce module de maitrise, les principales voies métaboliques de synthèse de molécules (anabolisme), sont décrites. Une fois le module d’initiation acquis, des voies complémentaires seront abordées. Leurs liens avec la physiologie, la physiopathologie et les voies précédemment décrites seront expliqués. 

Programme :

Cours magistraux :

Les voies métaboliques décrites sont : 

- le métabolisme des sucres (voie des pentoses, néoglucogenèse)

- le métabolisme des protéines et des acides aminés, leur biosynthèse et leur catabolisme (aldolisation, cycle de l’urée, anabolisme des amino-acides) 

- le métabolisme des lipides (biosynthèse des acides gras, régulation de la cétogenèse…)

- le devenir de l’acétyl-CoA et la production d’énergie (fonction anabolique du cycle de Krebs)

- l’étude de l’interrelation entre les différentes voies métaboliques)

Travaux dirigés

Exercices d’approfondissement des CM avec exemples pratiques et situations pathologiques, suivis de métabolites dans les voies métaboliques étudiées

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Ce module participe de la spécialité :

BBM (Biochimie et biologie moléculaire )

Programme :

Réactivité des composés organiques monofonctionnels  

 Approches thermodynamique et cinétique ; maitrise des intermédiaires réactionnels. 

Principales classes de réactions : substitution nucléophile, élimination, addition nucléophile (illustration avec synthèse de médicaments, de produits naturels…) 

Concepts généraux de bioénergétique, additivité des variations d’énergie libre et réactions couplées, ATP/autres composés comportant des groupes à haut potentiel de transfert. 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en :
BBM (Biochimie et biologie moléculaire ) 
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B) 

Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI

La biochimie métabolique aborde les grands cycles métaboliques nécessaires au fonctionnement du vivant. Dans ce module d’initiation, les principales voies métaboliques de dégradation des molécules pour en tirer de l’énergie (catabolisme) sont décrites. Des liens sont effectués avec la biologie cellulaire, la physiologie, l’activité physique et sportive et les pathologies liées au dysfonctionnement du métabolisme. 

Des notions d’enzymologies sont également apportées en soutien des explications de régulation métabolique. 

Programme :

Cours magistraux

Les voies métaboliques décrites sont : 

-la régulation enzymatique des voies principales, cinétiques michaeliennes et allostériques, inhibiteurs compétitifs, non compétitifs et incompétitifs, en vue de la compréhension des cycles métaboliques

-Introduction générale sur les réserves et les besoins métaboliques, relations avec les activités sportives, réserves mobilisées, type de métabolisme mis en place

- le métabolisme des sucres (glycolyse, glycogénogenèse et glycogénolyse)

- le métabolisme des protéines et des acides aminés, leur biosynthèse et leur catabolisme (transamination, désamination oxydative, décarboxylation)

- le métabolisme des lipides (catabolisme avec les différentes bêta-oxydations)

- le devenir de l’acétyl-CoA et la production d’énergie (fonction catabolique du cycle de Krebs, chaine respiratoire mitochondriale, phosphorylation oxydative)

- l’étude de l’interrelation entre les différentes voies métaboliques

Travaux dirigés : Exercices d’approfondissement des CM avec exemples pratiques, suivis de métabolites dans les voies métaboliques étudiées. 

Travaux pratiques : Activité enzymatique de la lactate déshydrogénase, une enzyme du métabolisme anaérobie (fermentation lactique), en présence ou non d’inhibiteur. 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en :

BBE (Biodiversité, écologie et évolution)
PCB (Préparation au concours B) 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BBE(Biodiversité, écologie et évolution)
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B) 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 

BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVg (Sciences du Végétal)

E (Environnement) parcours Sciences Terre

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 

BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
PCB (Préparation au concours B) 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 

BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution) et PCB (Préparation au concours B) 

Cet enseignement est une introduction à l’étude du comportement animal. L’objectif principal est d’appréhender le comportement comme un objet d’étude scientifique, en tenant compte de ses spécificités par rapport à d’autres traits mesurés. L’étude du comportement sera abordée au travers de la complémentarité des approches possibles : des approches descriptives, mécanistiques (déterminants physiologiques et neuronaux), et intégrative (écologie comportementale). Nous aborderons également la diversité des champs d’applications possibles du comportement (question de recherche fondamentale, bien-être animal, conservation des populations sauvages…). Les méthodes et outils d’analyse de base d’étude du comportement seront également décrits lors des travaux dirigés et mis en œuvre lors des travaux pratiques (laboratoire et terrain). 

Cours magistraux 

Le comportement comme objet d’étude, les biais d’observation et d’interprétation, l’histoire des disciplines 

Les mécanismes à l’origine de l’expression des comportements : détermination neuronale et hormonale du comportement, cognition 

 Les déterminants écologiques et évolutifs des comportements (influence de l’environnement, adaptation et plasticité comportementale) 

 Application des concepts liés au comportement animal : conservation et gestion des populations animales, droit et éthique, bien-être animal 

Travaux dirigés 

 Les outils et méthodes d’observation et d’analyse du comportement 

 Les biais d’interprétation du comportement  

Travaux pratiques 

 TP1 : Caractérisation et comparaison du comportement 

TP2 : Manipulation du comportement 

TP3 : Étude des comportements in natura 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
PCB (Préparation au concours B) 

L’écophysiologie évolutive est une discipline de la biologie, à la frontière entre l'écologie et la physiologie, qui étudie les réponses comportementales, morphologiques, biochimiques et physiologiques des organismes à leur environnement selon une approche intégrative. Cette discipline vise à comprendre l’adaptation des organismes dans un contexte environnemental changeant et comment les individus font face aux contraintes de leur milieu (comme la température, l’altitude, l’oxygène, la disponibilité en nourriture...). L’écophysiologie évolutive permet ainsi de comprendre comment les animaux s'adaptent à leur environnement et à des environnements extrêmes comme les déserts ou les pôles et comment leurs capacités influencent leur distribution dans l'espace et dans le temps. Ce module d’écophysiologie évolutive intègre donc des notions d'évolution, d'écologie, de développement et de physiologie. Il consistera à comprendre la façon de fonctionner d'un organisme dans son environnement et sur les causes évolutives qui expliquent pourquoi il fonctionne ainsi. La théorie sera connectée à la pratique grâce aux différents travaux pratiques permettant de rendre compte comment les individus perçoivent le stress de l’environnement et comment ils peuvent y répondre à travers des modifications de leurs comportements et de leur physiologie

Cours magistraux (12h) 

La variabilité des facteurs de l’environnement comme moteur du stress (2h) 

Comment les organismes perçoivent les stress de l’environnement (2h) 

Réponse des organismes au stress environnemental à différentes échelles temporelles et spatiales : acclimatation, adaptation, plasticité phénotypique (2h) 

Les 4 niveaux d’intégration pour répondre au stress : comportement, morphologie, physiologie, biochimie (2h) 

Réponse des organismes aux milieux extrêmes (milieux polaires, désertiques) en prenant en compte les 4 niveaux d’intégrations (4h) 

Travaux dirigés (5h) 

Préparation des TPs, analyse et discussion des résultats 

Discussion sur documents  

Travaux pratiques (8h) 

 2 TPs consacrés à la réponse des organismes au stress de l’environnement pour comprendre comment l’environnement régit les réponses physiologiques et comportementales des animaux 

TP1 : Effet de l’humidité sur le comportement d’agrégation des cloportes. Le regroupement en tant que réponse adaptative ? 

TP2 : Effet de l’augmentation de la température de l’eau sur la respiration des crustacés 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B) 

L’adaptation des organismes à leur milieu est une caractéristique essentielle du vivant, participant à l’évolution et la diversification des espèces. L’adaptation est le résultat de la sélection naturelle en tant que processus évolutif opérant à l’échelle des populations (de molécules, cellules, individus, groupes d’individus). Le succès reproductif différentiel des individus au sein d’une population, la variabilité phénotypique, et la contribution du polymorphisme génétique à cette variabilité, sont les conditions nécessaires et suffisantes pour que la sélection naturelle opère. Cette UE a pour objectif d’amener les étudiants à (i) maîtriser le raisonnement évolutionniste associé au processus d’adaptation, y compris le lien génotype-phénotype, (ii) comprendre les niveaux de sélection et l’unité de sélection, et leur importance dans l’évolution de la coopération et des conflits dans le vivant, (iii) comprendre les causes de maintien du polymorphisme adaptatif et son importance en biologie de la conservation. 

 A l’issue de cette UE, les étudiants maîtriseront le raisonnement évolutionniste appliqué à la diversification du vivant vue à l’échelle microévolutive, en sollicitant également des connaissances en biométrie (visualisation et quantification de la variabilité), biologie du développement et écologie (impact des facteurs abiotiques et biotiques sur la construction du phénotype). Les concepts seront abordés par des mises en situations pratiques, des discussions sur documents, et des jeux de rôles. 

Cours magistraux (11h) 

Sélection naturelle, un processus en deux temps 

Modes de sélection, Adaptation, polymorphisme adaptatif 

Sélection aux différents niveaux d’organisation du vivant 

Approche quantitative de la variation phénotypique et ses causes (approche intuitive)  

Plasticité phénotypique 

Concepts (CM) 

Cours magistraux (11h) 

Sélection naturelle, un processus en deux temps 

Modes de sélection, Adaptation, polymorphisme adaptatif 

Sélection aux différents niveaux d’organisation du vivant 

Approche quantitative de la variation phénotypique et ses causes (approche intuitive)  

Plasticité phénotypique 

Travaux dirigés et travaux pratiques (14h) 

TD niveaux de sélection 

TP adaptation:  le biofilm, une adaptation? (EvolSTEM) 

TP Evolution de la coopération 

TD documents/discussion: Eugénisme (déterminisme génétique, environnemental, culturel), Changement global et plasticité phénotypique 

Lien avec d’autres enseignements:  

TD Variabilité de la taille humaine: part génétique et part environnementale 

Biostatistiques (visualisation, quantification de la variabilité, “manipulation” de fréquences et probabilités) 

Biologie moléculaire, génétique mendélienne 

Biologie du développement 

Ecologie: biologie des populations, facteurs abiotiques et biotiques 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

Programme : sera précisé ultérieurement

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B) 

Cette UE a pour objectif de présenter l’anatomie du système cardio-vasculaire ainsi que les mécanismes régulant son fonctionnement. La partie consacrée à l’étude de la fonction du coeur concerne les données anatomiques et histologiques en lien avec son fonctionnement, l’investigation de son activité électrique, de ses capacités contractiles et la régulation de son débit. Le système circulatoire est étudié en explorant son organisation, l’anatomie des différents types de vaisseaux et les échanges capillaires. Les mécanismes régulant la pression artérielle et le débit sanguin dans les tissus sont ensuite explorés. Cette UE est particulièrement appropriée pour les étudiant.e.s souhaitant une formation orientée vers la santé (métabolisme et pathologies associées notamment), la recherche ou vers les métiers de l’enseignement. Cette UE constitue un prérequis pour accéder à l’UE PHYCAR2

Programme :

Cours magistraux :

Le cœur : Anatomie du cœur : Structure / valves cardiaques / vaisseaux

La contraction cardiaque : Propriétés des fibres cardiaques / Substrats énergétiques du cœur / Automatisme cardiaque / Modèle coeur de grenouille Electrocardiographie : ECG / Correspondance ECG et phases de dépolarisation/ Correspondance ECG et remplissage du cœur / Exemples d’électrocardiogrammes anormaux

Le débit cardiaque (DC) : Définitions / Volume systolique / Précharge / Contractilité / Postcharge / Evolution des pressions / Notion de pouls / Régulation du DC / système nerveux autonome / Réflexe de Bainbridge II.

Les vaisseaux : Caractéristiques des différents vaisseaux / Structure des capillaires / Le réseau veineux

Les échanges capillaires : Diffusion simple / Transcytose / Ecoulement de masse

Hémodynamique : Débit sanguin, pression sanguine et résistance / Pression artérielle / Pression veineuse

Régulation de la pression artérielle et du débit sanguin : - Régulation nerveuse : Barorécepteurs / Chimiorécepteurs - Régulation hormonale : Système rénine-angiotensine-aldostérone / Adrénaline et noradrénaline / Hormone anti-diurétique / Peptide Natriurétique Auriculaire (ANP) - Régulation locale : Facteurs endothéliaux / régulation métabolique - régulation hormonale et peptidergique - régulation nerveuse centrale et périphérique : sympathique, parasympathique et récepteur imidazole, etc. du rythme cardiaque

Travaux dirigés :

TD1 : Régulation de la PA et du DC au cours de l’effort

TD2 : Pathophysiologies cardiovasculaires dans différentes situations (fibrillations, athérosclérose, artériopathies, cardiomyopathie congénitale, etc.)

TD3 : Analyse des résultats obtenus en TP. Transposition au mammifère et applications en recherche clinique et fondamentale

TP1 : ECG chez l’Homme

TP2 : Etude de l’automatisme cardiaque du cœur de grenouille

TP3 : Régulation de la pression artérielle : Contraction d’anneaux aortiques isolés de rats

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B) 

Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI

La nutrition minérale de la plante intègre l'ensemble des mécanismes impliqués dans le prélèvement par les racines, le transport, le stockage et l'utilisation des ions minéraux nécessaires au métabolisme et à la croissance de la plante. Sur le plan appliqué, les connaissances acquises dans ce domaine sont utilisées pour gérer au mieux la fertilisation des cultures.  

Tout comme l’organisme humain, la plante a besoin d’eau pour vivre. L’eau est indispensable à la formation de la sève et participe ainsi aux phénomènes de circulation et donc à l’apport de nutriments aux différents organes de la plante ; elle participe également à des phénomènes de régulations tel que la transpiration. 

Les mécanismes sous-jacents à la nutrition minérale et hydrique des plantes seront ici décryptés et étudiés. 

Programme :

Cours magistraux

Introduction : Histoire de la recherche en nutrition végétale, Sol et nutriments 

Composition d’une plante : Eau, composition minérale, macro- et micro-éléments, déficiences et symptômes 

Transport membranaire: Absorption de nutriments par les plantes, Membrane, apoplaste, transports actif et passif 

Transport ascendant de l’eau et des nutriments: Transport longue distance, organes et tissus concernés, mouvement de l’eau et des minéraux, carences 

Transport “descendant” : Le phloème et le transport 

Nutrition soufrée 

Nutrition azotée 

symbioses plantes-microorganismes (focus sur symbioses de type, rhizobienne, mycorhizienne, actinorhizienne) 

Travaux dirigés :

Nutrition azotée, de la cellule au champ (analyses de résultats publiés) 

TD couplés TP 

Travaux pratiques

- Mesure du potentiel hydrique de cellules d'épiderme d'oignon rouge 
- Mesure de la transpiration chez le haricot (potomètre) 

- Poussée racinaire chez le blé 

- Absorption de l'eau et régulation de son entrée dans la plante 

- Nutrition minérale (glutamine synthase) 

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SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI

La photosynthèse est un processus essentiel mis en place chez la plupart des plantes et d'autres organismes photoautotrophes pour convertir l'énergie lumineuse en énergie chimique par la capture du CO2 et sa conversion par sa fixation sous forme de composés organiques. Ce processus, essentiel à la vie sur terre et au maintien des chaines et réseaux alimentaires, est en grande partie responsable de la production et du maintien de la teneur en oxygène de l'atmosphère terrestre et fournit la majeure partie de l'énergie.  

Dans ce module, seront présentés les organismes photosynthétiques, les lieux, les structures cellulaires/subcellulaires ainsi que les mécanismes sous-jacents régulant la photosynthèse. L’influence des facteurs environnementaux et notamment l’impact du changement climatique sur ce processus sera également abordé. 

Programme :

Cours magistraux

Concepts historiques - Rappel du cycle du carbone. 

Organismes photosynthétiques et siège de la photosynthèse. Organisation des thylacoïdes et des chloroplastes et leur diversité.  

Réactions claires : Absorption de l’énergie lumineuse par les pigments (structures et agencement). Composition, organisation et fonctionnement des photosystèmes - Réactions d’oxydo-réduction et chaine de transferts d’électrons - Couplage chimio-osmotique, photo-phosphorylations . 

Réactions de fixation du carbone : Cycle de Calvin. Photorespiration. Comparaison des processus adaptatifs des plantes C3, C4 et CAM. 

Photosynthèse et facteurs environnementaux. Photoinhibition et processus de protection des plantes. 

Perspectives de plantes résilientes aux modifications du climat. 

Travaux dirigés :

Illustrations du cours sous formes d’exercices et analyses de données de publications. Mise en place, analyse et restitution des résultats obtenus en TP. 

Travaux pratiques :

La photosynthèse et les facteurs de l’environnement (production de O2 et d’amidon, fixation CO2 versus respiration). 

Extraction, analyse et caractérisation de pigments photosynthétiques 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

Pour coordonner le fonctionnement des organes et des millions de cellules qui les composent, l’organisme utilisent deux systèmes de régulation : le premier, le système nerveux dont l’activation conduit à des réponses adaptatives très rapides et le second, le système endocrine dont l’action est plus lente, reposant sur la libération d’hormones libérées par des glandes sécrétrices et véhiculés par le sang.  

L’UE COMNEHO2 fait suite à l’UE Communication nerveuse et hormonale (COMNEHO1) du S2 et a pour objectifs de préciser les mécanismes de régulation de grandes fonctions à travers des exemples concrets et appliqués en TD/TP, afin de comprendre comment ces systèmes interviennent pour réguler l’homéostasie. 

Cours magistraux : 

1. Le système nerveux autonome 4h

-Rappels sur l’Anatomie fonctionnelle du système nerveux autonome (SNA) 

-Caractéristiques du fonctionnement du SNA : 

Interactions des activités ortho- et para-sympathiques / Tonus vasomoteur et parasympathique / Double innervation ortho- et para-sympathique / Rôles exclusifs du système orthosympathique. 

* Rôles des Neurotransmetteurs et récepteurs : Récepteurs cholinergiques / Récepteurs adrénergiques / Implication dans la modulation de la réponse / Exemples et importance clinique. 

* Fonctionnement du SNA :  

L’arc réflexe médullaire autonome  

   Illustration par le réflexe de miction 

Régulation par le tronc cérébral  

   Régulation de la pression artérielle 

   Régulation de la respiration (introduction) 

Régulation par le cortex cérébral  

   Régulation de la motilité et de la sécrétion gastrique 

-L’hypothalamus à l’interface du SNA et su système endocrinien 

Anatomie fonctionnelle de l’hypothalamus 

Contrôle de la lipolyse adipocytaire 

Régulation de la température corporelle 

Hormones adénohypophysaires et neurohypophysaires 

 II-Le système endocrinien 3h 

En relation avec le chapitre précédent, 2 fonctions liées à des hormones adénohypophysaires et neurohyphysaires seront abordées :  

   La croissance : l’hormone de croissance, son mode d’action, ses interactions avec d’autres hormones.  

   La lactation : rôle intégré d’hormones, l’implication de l’ocytocine.   

 Travaux dirigés : 

TD1 : Analyse des résultats obtenus en TP.  

Transposition au mammifère et applications en recherche clinique et fondamentale. 

 Travaux pratiques : 

TP1 : Etude du potentiel d'action sur le modèle ver de terre 

TP2 : Régulation des contractions du muscle lisse de l’utérus isolé de rongeur 

TP3 : Fonctionnement du système endocrinien : TP Lab-Station sur un rat virtuel

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Ce cours est suivi également par les étudiants de CYPI

Cours magistraux : 4 cours de 2h 

Rappels de statique des fluides 

Fluide, Pression, loi de l’hydrostatique, poussée d’Archimède, tension superficielle 

 Ecoulement des fluides parfaits 

Notion d’écoulement stationnaire, débit volumique et massique, conservation du débit, énergie volumique, loi de Bernoulli, effet Venturi, effet Magnus 

 Ce cours est suivi également par les étudiants de CYPI

Ecoulement des fluides réels 

Viscosité d’un fluide (mesure et unités usuelles), Loi de Stokes, Pertes de charges distribuées et localisées, pompes, niveau piézométrique, écoulement laminaire et turbulent, nombre de Reynolds, loi de Poiseuille, porosité, perméabilité, loi de Darcy, analogie hydrodynamique/électrique, résistance hydraulique et leur association. 

 Conduction thermique 

Flux thermique, Loi de Fourier, loi de Newton, Conductivité thermique, coefficient de diffusivité thermique, bilan d’énergie en régime stationnaire. Convection. 

Travaux pratiques :3 séances de 3h 

Mesure de viscosité : Utilisation de différents appareils pour explorer des gammes différentes de viscosité, ajustements mathématiques, évolution temporelle de la température d’un liquide. 

Ecoulement de fluides : Effet venturi, mesure de débit et mesure de pertes de charge 

Mesure de perte de charge et de tension superficielle

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en PCB (Préparation au concours B) 

Reprendre les notions de base (fiche de cours) et maitriser l’application (TD) de la Thermodynamique chimique, plus spécifiquement les solutions aqueuses acido-basiques, les équilibres de solubilité et les équilibres redox dans la cadre de la préparation du concours B ENV

Travaux dirigés (25h) 12 x2h +1h 

Le gaz parfait 

 Nombre d’oxydation et Equilibrage 

 Réactions et Stœchiométrie 

Réactions équilibrées 

Quantité de chaleur et bilan thermique 

L’entropie 

Réactions et Equilibres 

Equilibres de solubilité 

Equilibres Acido-basiques 

Equilibres Redox ; Electrochimie 

Cinétique 

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Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI

Ce module a pour objectif de savoir prédire la nature des phases en équilibre d’un système ainsi que leur composition et proportion.  Cet enseignement a également pour objectif d’apporter quelques connaissances de base de chimie du solide (relation entre type de liaison et structure). 

Cours magistral (11h) 4 x2h + 2 x1h30 

 Diagramme de phases : 

- Règle des phases 

- Diagramme d’état du corps pur 

- Diagrammes binaires :  

équilibres liquide/vapeur dans le cas de 2 liquides totalement miscibles (loi de Raoult), partiellement miscibles (azéotrope) et non miscibles (hétéroazeotrope). Application à la distillation. 

 Cristallographie : 

- Définitions (maille, plan, système cristallin, motif…) 

- Description des cristaux métalliques, covalents, moléculaires et ioniques 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
PCB (Préparation au concours B) 
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI

Le semestre alterne des séances de type « cours » et des séances de TD (correction d’exercices »). Deux TP permettent de découvrir les principales techniques en chimie organique nécessaires au concours. 

Travaux dirigés (17h) 8 x 2h + 1h 

 Réactivité des aldéhydes et cétones, Acides carboxyliques et dérivés, Analyse par spectroscopie infrarouge) 

Travaux pratiques (8h) 2x 4h 

 Extraction liquide-liquide ; montage à reflux; rendement de synthèse; chromatographie sur couche mince. 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
PCB (Préparation au concours B) 

Reprendre les notions de base (fiche de cours) et maitriser l’application (TD) de la Thermodynamique chimique, plus spécifiquement les solutions aqueuses acido-basiques, les équilibres de solubilité et les équilibres redox dans la cadre de la préparation du concours B ENV 

Travaux dirigés (25h) 12 x2h +1h 

 Le gaz parfait 

 Nombre d’oxydation et Equilibrage 

 Réactions et Stœchiométrie 

Réactions équilibrées 

Quantité de chaleur et bilan thermique 

L’entropie 

Réactions et Equilibres 

Equilibres de solubilité 

Equilibres Acido-basiques 

Equilibres Redox ; Electrochimie 

Cinétique 

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Ce module participe de la spécialité :  BBM (Biochimie et Biologie moléculaire )

Le cours vise à fournir une base solide pour l'application des principes de biophysique dans l'étude des systèmes biologiques. Les étudiants développeront une compréhension approfondie des mécanismes de transport et de diffusion en biologie, de la mécanique des fluides, des techniques de caractérisation utilisées en biophysique, ainsi que des concepts fondamentaux de la thermodynamique.

Cours :  

TRANSPORT ET DIFFUSION EN BIOLOGIE  

- Mécanismes de transport et de diffusion ( mouvements des ions , courant ionique), Transport actif (pompe) et passif (canaux) dans les membranes biologiques 

  - Modèles mathématiques pour décrire le transport et la diffusion ( potentiel électrochimique loi de Nernst - loi de Goldman ) 

 MECANIQUE DES FLUIDES  

La statique (Loi de Pascal , Pression atmosphérique, Mesure de la pression, Flottabilité et immersion), La dynamique (Écoulements laminaires et turbulents, perte de charge dans les conduites) 

 TECHNIQUES DE CARACTERISATION  

   - Microscopie électronique, optique / microscopie de fluorescence / à force atomique (AFM) 

   - Techniques d'imagerie par résonance magnétique nucléaire ( RMN ) 

   - spectroscopie infrarouge / Raman,  Calorimétrie, Voltamétrie,  Résonance plasmonique ( SPR ) 

THERMODYNAMIQUE 

-    Introduction (États thermodynamiques ,Première loi) 

-  Énergie thermique (Définition,  Unités, Transferts de chaleur) 

-  Systèmes thermodynamiques 

Travaux dirigés (8+1h) 

 Les TDS seront appliqués 

 - à la cellule nerveuse , au système cardiaque et aux techniques d’enregistrement des signaux électriques. 

-  aux systèmes circulatoires , au transport de nutriments et de déchets, aux  mécanismes d'écoulements en milieux aquatiques , aux écoulements sanguins dans les vaisseaux 

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module de préparation au PIX

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 

SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

Le parcours de Préprofessionnalisation aux Métiers de l’Éducation et de la Formation (Prépro MEF) s’adresse aux étudiants de licence qui envisagent une carrière dans l’enseignement, l’éducation ou la formation. Il permet la découverte du monde éducatif. 

 Formation organisée par l’INSPE. 

Cours magistraux :24h 

Education et Formation : Enjeux, institutions, publics. 

Connaissance des systèmes de formation (système scolaire, formation professionnelle d’adultes, éducation spécialisée...) 

Connaissance des publics en formation (approche psychologique et sociologique des publics scolaires, publics d’adultes...) 

Travaux dirigés: 12h 

Découverte / Redécouverte des Disciplines Scolaires 

Stage  2 à 4 jours en milieu scolaire ou éducatif, ordinaire ou spécialisé: 

CM 2h TD 6h: préparation et exploitation du stage

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en PCB (Préparation au concours B) 

Réflexion autour des questions d’éthique dans le domaine scientifique

L’évolution constante du rapport à la Science dans les sociétés contemporaines soulève de nombreux enjeux éthiques et suscite de nombreux débats. 
Au travers de cette formation, qui peut faire suite au module d’initiation (donnée au deuxième semestre de Licence), les étudiant.e.s découvriront comment :
- Analyser des articles portant sur des thématiques sensibles (notamment sur des débats de société autour de sujets scientifiques) de manière éclairée et critique : analyse d’articles de presse, analyse d’articles 
scientifiques, 
- Appréhender les avis du CCNE (Comité Consultatif National d’Ethique, instance consultative en charge de nombreuses questions d’éthique en France notamment dans le domaine de la biologie) 
- Mener une réflexion construite dans le champ de l’éthique

- Concevoir et mener des débats autour de plusieurs sujets (à titre d’exemple : l’eugénisme, la thématique de la fin de vie, les progrès de la procréation médicalement assistée, l’obligation vaccinale, la distorsion cognitive
dans domaine écologique, les enjeux liés aux évolutions récentes de l’agroalimentaire, les phénomènes d’opposition à la transition énergétique…)
- Apprendre à structurer son analyse en différenciant le plan de la morale, de l’éthique, de la déontologie et de la sociologie
Les étudiant-e-s seront amenés à analyser des articles et à conduire des débats en classe selon des méthodologies variées. 

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BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 
PCB (Préparation au concours B) 

 Les Neurosciences représentent une discipline particulière de l’activité humaine. Il s’agit, de l’échelle moléculaire jusqu’au comportement, avec des technologies variées et spécifiques, d’expliquer le fonctionnement cérébral. 

Cours magistraux (10h) 

• Histoire des Neurosciences : La place du cerveau depuis la Grèce antique, sous l’Empire romain, la Renaissance, le XIXième siècle jusqu’aux neurosciences d’aujourd’hui. 
• Les spécialités des Neurosciences. 
• La démarche scientifique en Neurosciences. La place de l’expérimentation animale. 
• Les principales pathologies du système nerveux. 

• Travaux dirigés (6h) 

   

  Analyse de données d’expériences multi-échelles en neurosciences et les méthodologies utilisées pour les produire autour d’une problématique donnée en utilisant ses connaissances. Organiser les informations scientifiques, en produire une interprétation et des hypothèses. 

Travaux pratiques (9h) 

• A partir de coupes histologiques de cerveau et d’images issues de l’imagerie cérébrale issues de situations comportementales ou pathologiques différentes : quantifier et comparer ces situations, produire une analyse et une interprétation. 

• Etude comportementale suivant un stimulus nerveux chez la drosophile. De la démarche expérimentale à l’interprétation. 

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Programme :

Travaux dirigés (12h) 

 Entraînement à la compréhension et restitution de documents audios qui traitent d'un sujet en rapport avec les Sciences de la Vie et de la Terre. Poursuite de l'acquisition de vocabulaire par blocs notionnels-fonctionnels : (16) V-ed / V-ing , (17) Liens et rapports, (18) Mesures, statistiques et pourcentages, (19) Pronoms relatifs, (20) Expression de la quantité. Entraînements réguliers via des exercices écrits et oraux. Révision du vocabulaire des semestres 1 à 3. 

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Les modules Réussite Etudiante (RE1-6) visent à accompagner l’étudiant.e dans ses choix d’enseignements en lien avec son projet universitaire et/ou professionnel.  Ces modules fournissent également des outils pour améliorer la réussite des étudiant.e.s et leur insertion professionnelle.

Le module RE3 comprend le suivi par un.e enseignant.e référent.e, une présentation par les étudiant.e.s de leur Projet Personnel Etudiant et une présentation des activités d recherche dans notre UFR.

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 

BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVg (Sciences du Végétal)

La biostatistique consiste à collecter, analyser et interpréter des données dans le cadre d’une démarche scientifique, qu'il s'agisse du domaine de la biologie ou plus largement des sciences de la nature et de la vie (santé, environnement…). Elle est au cœur de toutes les sciences, car la science a besoin de rassembler des preuves et de les évaluer pour porter un jugement objectif.  

Cette UE est essentiellement focalisée sur l'application d'une assez large diversité de tests statistiques fondamentaux (paramétriques et non paramétriques), sur table (pour bien en comprendre la logique) et avec le logiciel R. Cette diversité de tests permettra d'appréhender la difficulté du choix du test en fonction de l'objectif et du contexte (nature et stratégie d'acquisition des données).  

Programme :

Rappels sur la démarche méthodologique, la biostatistique  

Rappels du principe d'un test d'hypothèses et de la relation entre la collecte des données et leur analyse 

Applications de tests d'hypothèses paramétriques et non paramétriques (tests vus dans l'UE STAT2, test de Kolmogorov-Smirnov, test de Shapiro, test de Bartlett, test de Fisher, test de Wilcoxon, test de corrélation de Spearman 

Problème de choix du test 

Travaux dirigés et travaux pratiques 

TD : exercices d'application de tests (sur table), exercices de choix du test en fonction de l'objectif et de la stratégie de collecte des données 

TP : Prise en main du logiciel R avec l'environnement Rstudio, application de plusieurs tests d'hypothèses 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BBM (Biochimie et biologie moléculaire ) 
SVg (Sciences du Végétal)

Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI

Programme :

UE approfondit les connaissances de l’UE « Structure et Enzymologie » du S2 et aborde de nouvelles méthodologies. Elle traite de façon détaillée : 

En CM les principes et méthodologies de : 

- la séparation des protéines par chromatographie (échangeuses d’ions, exclusion, adsorption, d’affinité) et électrophorèses   

- la détermination des séquences primaires (méthodes enzymatiques/chimiques, concepts de base en spectrométrie de masse). 

En parallèle, le cours abordera les propriétés physico-chimiques des protéines nécessaires à la compréhension des principes de leurs séparations. 

En TD des exercices portant sur l’analyse et l‘interprétation de données expérimentales issues d’expérimentations de séparation et d’identification de protéines  

En TP la séparation de par chromatographie d’exclusion. 

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BBM (Biochimie et biologie moléculaire ) 
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

Le module structure et fonctionnement des acides nucléiques aborde la physicochimie des acides nucléiques ainsi que des connaissances simples sur la structure des gènes procaryotes et eucaryotes. Les mécanismes moléculaires de l’expression des gènes (transcription et traduction) ainsi que la régulation seront abordés strictement chez les Procaryotes. Les travaux pratiques et les travaux dirigés ont pour objet l’application des concepts étudiés en cours.  

Programme :

Cours magistraux :

Physicochimie des acides nucléiques (ADN, ARN, structure d’ordre supérieur, hybridation moléculaire, topologie) 

Structures des gènes eucaryotes et procaryotes 

Mécanismes moléculaires de la transcription et de la traduction procaryote 

Régulation de l’expression des gènes chez les Procaryotes 

Travaux dirigés

Exercices d’application sur l’analyse de l’expression des gènes chez les Procaryotes 

Utilisation d’outils simples et gratuits d’analyse de séquences (correspondance séquence acide nucléique-séquence protéique, localisation des ORF, des introns.  

Travaux pratiques (4h) 

Evaluation de la qualité d’une préparation d’ADN par spectrophotométrie, électrophorèse sur gel d’agarose, taille de fragments linéaires, topologie des plasmides 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BBM (Biochimie et biologie moléculaire ) 
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B) 

Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI

Programme :

Notions d’hygiène et sécurité en laboratoire, des phrases de risque et conseils de prudence associés, gestion des déchets dangereux, connaissances des pictogrammes de danger

 Notions d’erreurs de mesure et de chiffres significatifs

Calcul théorique d’une masse à peser pour préparer une solution étalon, conversion d’unités

Principe de la mesure potentiométrique du pH et principe de fonctionnement du pHmètre

La Loi de Beer-Lambert et ses limites pour son utilisation en spectrophotométrie

Equilibrage des équations d’oxydo-réduction et acide-base pour calculer les concentrations des espèces chimiques associées

Principe du dosage des sucres par oxydo-réduction par les méthodes d’Hagedorn et Jensen et Bertrand et principes des tests qualitatifs (Benedict, Seliwanoff…)

Principes des dosages de l’indice de saponification pour caractériser des lipides

Principes de l’extraction des caséines du lait par précipitation en abaissant le pH jusqu’au pHi Compétences acquises par les étudiants :

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
 
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)

Programme :

Cours magistraux

Notion de gène au niveau moléculaire : annotation de gène, de la séquence nucléique à la protéine. 

Bases de données de séquence et de génomes : état des lieux et exploitations pour les espèces modèles et non modèle (Genbank, BOLD) 

Bases théoriques de l’alignement : BLAST, FASTA, CLUSTAL (2h). 

Travaux pratiques :

Sexage moléculaire par PCR de flamants roses dans un but de conservation des espèces 

Structuration du gène polymorphe utilisé, analyse dans différents génomes d’oiseaux 

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BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 
SVg (Sciences du Végétal)

 Le génie génétique définit l’ensemble des techniques permettant d’identifier, d’isoler, de modifier et de transférer des gènes d'un organisme à un autre. 

Le génie génétique fournit aux biologistes, quel que soit leur domaine de spécialité (biologie humaine, animale, végétale, microbienne) et l’échelle à laquelle ils travaillent (molécule, cellule, organisme, population), des approches expérimentales leur permettant d’élucider les mécanismes du vivant. 

Ses champs d'application sont également multiples, les plus importants relevant des domaines de l’environnement, de l’agronomie et de la santé.  

Dans cette UE, les étudiant.e.s acquerront les connaissances théoriques et pratiques de base du génie génétique et découvriront comment ses réalisations impactent notre vie en société. 

Programme :

Cours magistraux (8h) et Travaux dirigés (8h) 

Lors de ces enseignements les étudiant.e.s découvriront comment : 

Définir des outils moléculaires appropriés afin de mener une expérimentation sur l’ADN (enzymes de restriction, modification, ligase, vecteurs plasmidiques, phagiques, navette, chromosomes artificiels)  

 Préparer de l’ADN (extraction, purification, amplification de l’ADN, électrophorèses analytiques et préparatives) 

 Introduire de l’ADN dans des cellules (transformation de bactérie et de cellules végétales, transfection de cellules animales) 

Détecter un segment d’ADN spécifique dans un mélange complexe (notion de sonde, techniques de marquage, transfert sur membrane, hybridation) 

 Constituer et cribler des banques d'ADN (banques génomique, d'ADNc, d’expression)  

 Caractériser le polymorphisme de l’ADN (analyse de restriction, Southern, PCR, séquençage) 

Conduire des expériences de transgénèses animale et végétale. 

Travaux pratiques (9h) 

Les étudiant.e.s réaliseront un clonage moléculaire allant de la préparation de l’ADN à cloner jusqu’à l’identification du clone recherché. 

Techniques mises en œuvre : 

•  Amplification par PCR 
• Transformation bactérienne 
• Sélection et criblage de clones recombinants 
•  Analyse de restriction 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B) 

Ce module a pour but de permettre aux participants de découvrir les notions fondamentales de la biologie du développement animal et végétal : morphogenèse, spécification et différenciation cellulaires, migration et/ou communication cellulaires, formation des tissus et des organes.  

Le module présentera les organismes modèles et les diverses techniques (dont l’imagerie, la génétique et la biologie moléculaire) qui permettent de trouver des réponses sous forme d’une synthèse des connaissances actuelles. 

Programme :

Cours magistraux (10h) 

Principe et concepts en Biologie du développement d’organismes modèles : 

Drosophile: embryogenèse (Détermination des polarités, territoires présomptifs, gastrulation, neurogenèse et métamérie) et développement post-embryonnaire (organogenèse et métamorphose), Grillon (embryogenèse), Nématode (Caenorhabditis elegans) (reproduction et embryogenèse) (8h). 

Biologie du développement d’organismes modèles végétaux : fonctionnement des méristèmes et croissance continue, description des mécanismes fins de la régulation des activités d’histogenèse et d’organogénèse dans l’espace et dans le temps (2h). 

Travaux dirigés (6h) 

Les TD seront consacrés à l'étude des approches expérimentales de la biologie développementale et l'utilisation des techniques de génétique, de biologie moléculaire et cellulaire sur différents modèles animaux (4h) et végétaux (2h). 

Travaux pratiques (9h) 

Etude de l’organogenèse chez les animaux (4h) 

Etudes histologiques de tissus en organogenèse végétale (5h) 

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BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B) 

Programme :

Cours magistraux :

Les différentes maladies infectieuses : diversité des agents infectieux, relations hôtes-pathogènes, mécanismes de pathogénèse  

La réponse immunitaire aux infections bactériennes 

La réponse immunitaire aux infections virales 

La réponse immunitaire aux infections parasitaires et fongiques 

Vaccination et sérothérapie 

Exemples de quelques défis actuels en médecine humaine et vétérinaire 

TD :  Préparation d’exposés sur des exemples de pathologies infectieuses et d’approches d’immunothérapies 

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BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B) 

Programme :

Cours magistraux :

Communication intra et extracellulaire (signalisation)

Jonctions cellulaires, adhésion et migration

Introduction des interactions cellules humaines/animales et micro-organismes

Les niches cellulaires

Approfondissement des techniques de microscopie et de biologie cellulaire

Tissus et interaction cellulaire pathologique

Travaux dirigés

La signalisation cellulaire 

La migration cellulaire 

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BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 
SVg (Sciences du Végétal)
PCB (Préparation au concours B) 

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Programme :

Cours magistraux : 

Généralités et rappel sur la diversité du monde microbien. 

Sélection de souches d’intérêt. 

Modifications génétiques des microorganismes. 

Applications biotechnologiques des microorganismes (bactéries, archébactéries, champignons, eucaryotes unicellulaires et virus). 

TD : Techniques de bases pour l’analyse en microbiologie / Manipulation de bactéries à des fins de recherche fondamentale et de biotechnologie. 

TP : Observations de microorganismes. 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 

BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 

SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

La compréhension des processus évolutifs impliqués dans la formation de la diversité des espèces à différentes échelles spatio-temporelles est crucial afin d’identifier le rôle de la sélection, de l’adaptation et des traits d’histoire de vie dans la promotion de la diversification. En utilisant des approches phylogénétiques, les objectifs de cet UE  sont de (i) connaitre les différents modes de spéciation et s’initier à l’identification des facteurs promoteurs de la diversité, (ii) comprendre l’importance des interactions des traits biotiques et abiotiques au cours de l’histoire évolutive des espèces et (iii) s’initier aux approches phylogénétiques et phylogéographiques pour l’étude des dynamiques évolutives et de la spéciation.  

Programme :

Cours magistraux (11h) 

Notions d’espèces, modes de spéciation (parapatry, sympatry, allopatry...etc)  

Phylogéographie: définition, patterns, introductions aux modèles de coalescence  

Phylogénie moléculaire : principes, concepts et applications en systématique  

Modèles de radiations: conservatisme de niche 

Interactions traits biotiques et abiotique 

Introduction à la génomique évolutive (évolution des génomes, éléments transposables, polyploïdie, théorie endosymbiotique…)  

Travaux dirigés (6h) 

TD forces évolutives inter-échelles  (analyse d’un article interactions structure populations-taux de speciation)  TD spéciation:  continuum biologique, évolution en action, nécessité de déterminer des catégories (sous-espèces, variétés...etc), introduction à la nomenclature   

Travaux pratiques (8h) 

TP Introduction à la phylogénétique à l’aide d’outils bioinformatiques (modèles d’inférences phylogénétiques, manipuler/éditer arbres phylogénétiques, mapper habitats et traits fonctionnels)  

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BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
PCB (Préparation au concours B) 
E (nvironnement) parcours Sciences Trre

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BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
PCB (Préparation au concours B) 

Cette UE vise à aborder le comportement comme élément moteur de l’évolution au travers de grandes thématiques de l’écologie comportementale : les comportements d’exploitation de l’environnement (habitat, ressources alimentaire), les comportements sociaux, les comportements sexuels et la communication. La variation du comportement sera étudiée des échelles individuelles à spécifique et illustrée au travers les grands enjeux liés aux changements anthropiques. Des méthodes et outils d’analyses spécifiques du comportement seront décrits dans les TD et utilisés lors des mises en situations TP sur le terrain.  

Programme :

Cours magistraux (12h) 

 Comportements d’exploitation de l’environnement : optimal foraging, utilisation de l’espace et défense des ressources 

 Comportements sexuels : sélection sexuelle, sexe ratio, régime d’appariement et soin parentaux  

 Comportements sociaux : les degrés de socialité, fitness inclusive, coopération et altruisme 

 Communication : nature et valeur du signal, théorie de l’information, honnêteté du signal 

Travaux dirigés (4h) 

Analyses et synthèses à partir d’étude de cas. 

Travaux pratiques (9h) 

 Comportements territoriaux (bioacoustique in natura) 

 Choix du partenaire sexuel (en laboratoire) 

 Comportements alimentaires et vie en groupe in natura  

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Les UE COPRS1 et COPRS2 ont pour objectif d'initier les étudiants à la conception et la réalisation intégrales d'un projet scientifique dans le cadre d'un thème imposé mais renouvelé chaque année (thème généralement lié à l'écologie, l'évolution, l'environnement, mais potentiellement lié à d'autres domaines). Ces UE utilisent une approche pédagogique par projet et par problème, et elles reposent sur un décloisonnement CM/TD/TP qui implique, en plus de quelques séances collectives en présentiel, une part importante de travail en groupes avec un tutorat à distance.  

L'UE CORPS 1 est focalisée sur la phase de conception intégrale d'un projet scientifique, par petits groupes (conçus aléatoirement) de 3-4 étudiants. Le travail réalisé impliquera de choisir les objectifs (à quelle(s) question(s) le projet tentera de répondre), d'élaborer un protocole expérimental et/ou d'échantillonnage, de déterminer les variables mesurées, de prévoir les aspects logistiques et règlementaires, et d'établir le budget lié à la réalisation du projet.  

Cours :

Approche par projet et par problème conduisant à la conception intégrale d'un projet scientifique, de la détermination des objectifs à l'exploitation des données, en incluant les aspects logistiques et budgétaires 

Travaux dirigés et travaux pratiques 

Formation à la recherche documentaire  

Définition des contours d'une problématique et identification d'un objectif en justifiant sa pertinence  

Elaboration d'un protocole expérimental et/ou d'échantillonnage et justification des choix 

Préparation des aspects logistiques (lieu, matériel techniques, matériel biologique…) et règlementaires (règles d'hygiène et sécurité, autorisations éventuelles) 

Budgétisation d'un projet 

Pré-tests éventuels 

Présentation et défense du projet 

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BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)

SVg (Sciences du Végétal)

Le fonctionnement des écosystèmes sur la planète Terre dépend du recyclage des éléments présents dans la biomasse vivante. La transformation des éléments est utilisée par les organismes vivants pour gagner de l'énergie pour le métabolisme. Les micro-organismes sont les principaux moteurs de nombreux cycles biochimiques. Les concepts et les bases de l'écologie microbienne faciliteront une meilleure compréhension de ces cycles.

Cours magistraux (10h) 

Concepts et méthodes de base d'écologie microbienne. 

Les cycles biogéochimiques (C, N, S, Fe, P) et les organismes microscopiques et macroscopiques impliqués  

Travaux dirigés (6h) 

Travail sur articles 

Analyse de jeu de données de diversité moléculaire de microorganismes 

Travaux pratiques (12h) 

Analyse de la décomposition de matière organique 

Analyse microscopique de microorganismes impliqués dans les cycles d'éléments  

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BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
PCB (Préparation au concours B) 
E (Environnement)

Les interactions entre les organismes et leur environnement est le déterminant principal de la structuration et de l’évolution de la biodiversité. Un environnement peut être caractérisé par une diversité de facteurs écologiques qui peuvent impacter tous les niveaux écologiques, des individus aux communautés. Cans cette UE, nous identifierons les caractéristiques générales de ces facteurs écologiques, qu’ils soient d’origines abiotiques ou biotiques, au travers de différentes échelles spatiales et temporelles. Nous verrons également comment ces facteurs peuvent agir sur les organismes et les populations, afin d’identifier certaines lois majeures de structuration de la biodiversité. Cet enseignement sera abordé au travers de concepts généraux illustrés par des observations et des expériences au laboratoire et sur le terrain.  

Les facteurs écologiques et leurs niveaux d’action 

L’écologie factorielle (contraintes, ressources, performance individuelle) 

La diversité des facteurs écologiques (provenance, périodicité, compartiment écologique, consommation, dépendant de la densité) 

Facteurs limitants et lois associées (loi du minimum, rendement décroissant, loi de l’optimum, loi de tolérance, valence)  

Lien entre performance individuelle et population (traits d’histoire de vie, allocation de ressource et compromis) 

Caractérisation spatio-temporelle d’une population (structure spatiale, structure en âge/stade/taille, sex-ratio, démographie) 

Les facteurs abiotiques et leurs modes d’actions 

Les échelles de perception des facteurs (climat et météo, du microclimat aux zones climatiques) 

Réponses individuelles aux facteurs abiotiques (température : réponses globales à la température et terminologie, courbe de performance thermique, humidité, luminosité, vent, neige, facteurs stationnaires) 

Les modes d’action des facteurs abiotiques (moyennes, fluctuation, valeurs extrêmes, variations globales) 

Les conséquences Les lois écologiques (vision de Gleason) et convergence éco-morphologique (Allen, Bergmann, Gloger) 

Les facteurs biotiques et la régulation des populationnels 

Dynamique d’une population (croissance exponentielle et logistique, capacité de charge, inertie populationnelle, formalisation mathématique de base) 

Les facteurs de régulation dépendant de la densité (compétition intra-populationnelle et interactions interspécifiques, effet Allee) 

Les stratégies biodémographiques (stratégies r/k et CSR) 

Effet des organismes et des populations sur le milieu 

Effet physique (ombre, création d’habitat...) 

Effet chimiques (acidification) 

Effet biochimiques (secrétions, rhizodéposition, mucilage, MO) 

TP/TD :

 Thème 1 : Sortie terrain et mesure de traits sur la végétation, sol, eau, air (adret vs ubac, analyse de diversité alpha) 

 Thème 2 : Caractérisation de traits d’histoire de vie, fécondité, couts de la reproduction et démographie chez la bruche/ténébrion, effet Allee 

 Thème 3 : Suivi temporel de la dynamique d’une population (levures/algues) 

Colonisation des surfaces par les bryophytes et les lichens en lien avec l’exposition et les changements de facteurs abiotiques

TP escargots et caractéristiques abiotiques des habitats

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BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 
PCB (Préparation au concours B) 

Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI

Ce module vise à présenter l’homéostasie de l’équilibre hydrique, électrolytique et acidobasique de l'organisme. Cet équilibre est maintenu par les apports et les pertes en eau et en électrolytes et par leur répartition dans l'organisme. Ils sont régulés par le système rénal, hormonal, nerveux et le pulmonaire.  Les déséquilibres hydrique, électrolytique et acidobasique altèrent le fonctionnement de plusieurs fonctions de l’organisme notamment la respiration, le métabolisme et la fonction cardiovasculaire, la fonction rénale et la fonction du système nerveux central. 

Programme :

Cours magistraux : Physiologie rénale, Equilibre hydrique, électrolytique et  acido-basique 

L’eau dans l’organisme : Poids hydrique de l'organisme, Compartiments hydriques de l’organisme, Volume sanguin, Mesure des volumes liquidiens de l'organisme, Composition des liquides organique, Principe de base de l ’osmose, pression osmotique, Echanges entre les différents compartiments  

Equilibre hydrique : Apports et déperditions hydriques ; Régulation du VOLUME SANGUIN - Déshydratation - Hyperhydratation - Oedème 3 )

Equilibre electrolytiques  : Rôle des ions Na + dans l'équilibre hydro- electrolytique ;Régulation de l'équilibre des ions K+ 3 - 3 Equilibre des ions calcium ; Equilibre des ions Magnésium; Régulation des anions 

Equilibre acide-basique : les systèmes tampons chimiques ; Régulation respiratoire de la concentration des ions hydrogène ;Mécanismes rénaux de l'équilibre acido-basique ; Déséquilibres acido basique; Maintien de l'equilibre acido-basique  

Anatomie, fonctions et régulations rénales : Anatomie rénale ;Les grandes fonctions rénales; Régulations nerveuses de l’activité rénale ;  Régulations hormonales de l’activité rénal; Système intégratif : le système rénal dans la régulation du volume d’eau corporelle totale 

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BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 

Cette UE est focalisée sur la physiologie de la respiration et les relations existant avec le système cardiovasculaire. Elle aborde les mécanismes qui permettent de transporter l’oxygène de l’air jusqu'aux cellules et de rejeter le dioxyde de carbone issu du métabolisme. Ainsi les différentes étapes fondamentales sont étudiées : 1) la ventilation pulmonaire qui assure les échanges gazeux entre les poumons et l’air ambiant 2) la diffusion alvéolo-capillaire permettant les échanges gazeux entre les poumons et le sang 3) le transport des gaz des poumons jusqu’aux tissus et inversement et 4) la respiration interne. Les facteurs influençant l’efficacité des échanges et les mécanismes nerveux régulant le rythme respiratoire sont expliqués. Cette UE est particulièrement appropriée pour les étudiant.e.s souhaitant une formation orientée vers la santé (métabolisme et pathologies associées notamment), la recherche ou vers les métiers de l’enseignement
Programme :

Cours magistraux :

I. Le sang  : Composition et fonctions du sang - Principales fonctions du sang - Rappels de la notion de milieu intérieur - Composants du sang Le plasma Les éléments figurés Les érythrocytes : Propriétés, érythropoïèse Transport des gaz Transport de l’O2 dans le sang Transport du CO2 dans le sang Facteurs influant sur l’affinité de l’Hb pour l’O2

II. Le système respiratoire : Anatomie fonctionnelle : Trachée, bronches, poumons et alvéoles La ventilation pulmonaire : Les muscles respiratoires / Mécanique respiratoire / Variations de pression au cours de la respiration / Volumes et capacités respiratoires / espace mort Echanges respiratoires : Propriétés des gaz / Composition des gaz de la respiration et du sang / Diffusion pulmonaire / Anomalies de perfusion / Respiration en altitude. Régulation de la respiration : Les centres respiratoires / Respiration normale / Respiration forcée /Influences corticales / Influences périphériques (rôle du nerf X) / Régulation chimique. Exemples de pathologies pulmonaires

Travaux dirigés :

TD1 : Biochimie sanguine et pathologies

TD2 : Le système respiratoire : Illustration du cours à travers des exemples tels que : La respiration en altitude / La plongée en apnée / La plongée en bouteille / l’adaptation à l’effort.

TD3 : Analyse des résultats obtenus en TP.

TP1 : Les éléments figurés du sang

TP2 : Spirométrie

TP3 : Etude de la régulation de la respiration chez le rat

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BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B) 

Cette UE permet aux étudiants d’acquérir les bases du fonctionnement des systèmes sensoriels périphériques.  En interaction permanente avec son environnement, chaque individu réagit vis à vis des stimulations sensorielles du monde extérieur mais aussi de son propre monde intérieur.  Cela permet le maintien des constantes vitales et donc de l’homéostasie, comme dans le cas de l’alimentation l’ensemble des organes sensoriels (la vision, l’audition, l’odorat, la gustation et la somesthésie) sont sollicités dans le comportement alimentaire et outre ses propriétés nutritionnelles, chaque aliment  se définit par ses propriétés organoleptiques ( « couleur, odeur, saveur, croustillance, texture ..etc) . Cette UE s’adresse aux étudiants se destinant à des formations en physiologie du comportement alimentaire et/ou l’analyse sensorielle. 

Programme :

Cours magistraux : 

Présentation des sens et des organes des sens 

Anatomie fonctionnelle 

Présentation générale des sens 

Les organes des sens 

- Vision 

- Somesthésie (tactile (texture) ; kinesthésique, thermique, sensation trigéminale 

- Audition 

- Olfaction 

- Gustation.   

 Présentation générale des récepteurs sensoriels 

*sensibilité extéroceptive et sensibilité proprioceptive  

*sensibilité intéroceptive ou sensibilité viscérale 

* sensibilité chémoceptrice (Le goût, l'odorat) 

*La conversion du stimulus en activité neuronale : la transduction (le potentiel de récepteur et la genèse de potentiels d’action) 

*La représentation des paramètres de la stimulation sensorielle : le codage 

*Les récepteurs sensoriels sont capables de coder les variations des paramètres physico-chimiques de l'environnement et de son propre milieu intérieur.  

 *le codage de l’intensité du stimulus ; durée du stimulus et phénomène d’adaptation 

  Travaux dirigés : 

TD1 : Une fonction aux portes de la neurosensorilaité : l’équilibration 

TD2 : le sommeil.  

TD3 : Analyse des résultats obtenus en TP.  

Transposition au mammifère et applications en recherche clinique et fondamentale. 

 Travaux pratiques : 

TP1 : -perception gustative specifiques (vidéo, CD gout) 

TP2 : enregistrement de l’électro-olfactogramme 

TP3 : Sens chimiques (observations de lames bourgeons du gout, muqueuse olfactive ) 

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BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

Le muscle strié squelettique est l'organe effecteur de la motricité somatique qui permet à l’organisme de se déplacer dans son environnement, de réagir face à un danger ou de maintenir la posture. Il est exclusivement commandé par le système nerveux central par l’intermédiaire de son innervation motrice et sensitive. Ce cours présente la structure des muscles squelettiques et les mécanismes cellulaires et moléculaires de la contraction. Il traite également du métabolisme énergétique lié à l’activité musculaire. Une seconde partie présente les bases de l’anatomie musculaire et explique comment les muscles sont impliqués dans la motricité à travers des actes volontaires et réflexes.

Cours magistraux :

I. La contraction musculaire

A. Introduction Rappels sur la commande nerveuse (volontaire / réflexe)

B. Structure et organisation du muscle squelettique Anatomie macroscopique et microscopique

C. Mécanismes cellulaires de la contraction musculaire squelettique Jonction neuro-musculaire et unités motrices Couplage excitation-contraction Comparaison avec le muscle lisse

D. Réponses mécaniques des muscles aux stimulus Effets de la fréquence et de l’intensité de stimulation Sommation temporelle / relation force-longueur / sommation spatiale Force et fatigabilité des différents types de fibres musculaires

E. Métabolisme énergétique musculaire Différentes sources de production d’ATP Régénération de l’ATP au cours de l’activité physique Métabolisme des différents types de fibres musculaires

II. Motricité

A. Bases d’anatomie musculaire

B. Contrôle de la motricité *Les réflexes spinaux somatiques Récepteurs proprioceptifs Réflexe myotatique d’étirement Réflexe ipsilatéral de flexion Réflexe de flexion-extension croisée Tonus musculaire *Activités automatiques ou semi-volontaires *Motricité volontaire Aires motrices / voies descendantes Structures de contrôles et de coordination Travaux dirigés : TD1 : Introduction à l’électromyographie, applications en recherche clinique et fondamentale TD2 : Contraction musculaire et activité physique Une évaluation courte sera programmée en fin de séance pour juger de la compréhension du TD.

Travaux dirigés :

TD1 : Introduction à l’électromyographie, applications en recherche clinique et fondamentale

TD2 : Contraction musculaire et activité physique Une évaluation courte sera programmée en fin de séance pour juger de la compréhension du TD

Travaux pratiques :

TP1 : Réflexe myotatique et EMG chez l'Homme

TP2 : Etude de la jonction neuromusculaire (LabStation)

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 

BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

Les plantes faisant face à de nombreux stress, elles sont obligées de s’acclimater, de s’accommoder et de s’adapter pour survivre. Au cours de ce module, nous étudierons ces mécanismes à différentes échelles de l’organisme (de la cellule à l’organe) et différente échelle temporelle (de quelques semaines à plusieurs générations). 

Programme :

Cours magistraux : Les concepts d’acclimatation, d’accommodation et d’adaptation des plantes à leur environnement seront étudiés.  

Travaux dirigés :Les séances de TD s’appuient sur l’analyse de résultats scientifique et l’étude de la collection de plantes des serres de l’uB. 

Travaux pratiques ; L’acclimatation, l’adaptation et la spécialisation des plantes seront étudiées à différente échelle (de la cellule à organe). 

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Programme :

Cours magistraux : 3 cours de 2h 

Rappels : Système SI, analyse dimensionnelle, écriture d’un résultat. 

Incertitude et composition des incertitudes : notion d’incertitude, incertitude type, incertitude composée, différents types d’incertitude, écart relatif. 

Ajustement Régression linéaire, loi exponentielle, loi de puissance. Coefficient de régression. Covariance. Ajustement polynomial. 

Capteurs et chaine de mesure : étalonnage d’un capteur, réponse d’un capteur, biais, multiples critères pour choisir un capteur. Conversion électronique, amplification, conversion analogique/digitale. Exemples de deux types de capteurs : capteur de température et capteur vidéo. 

Filtrage fréquentiel linéaire. Analyse de Fourier, Bruit, filtres passe-haut, passe-bas, passe-bande. 

Travaux dirigés : 4 séances de 2h 

Chacune des 4 séances reprendra sur des exemples concrets les notions vues en cours. Les étudiants auront l’occasion d’utiliser leur calculatrice (ou ordinateur portable). 

Travaux pratiques :3 séances de 3h 45 

Mesures et composition des incertitudes de mesures : Réflexion sur deux cas simples des erreurs expérimentales qui peuvent impacter la confiance en un résultat.  

Capteurs : Comparaison de trois capteurs de température différents. Sensibilité des capteurs, étalonnage de leur réponse. Ajustement par des différents types de lois (linéaires, puissance ou exponentielle). Capteur d’éclairement, loi de Bouger. 

Analyse spectrale et smartphonique : Utilisation de capteurs intégrés dans un smartphone ; analyse fréquentielle d’un signal acoustique ; filtrage d’un signal bruité, synthèse fréquentielle d’une forme d’onde, au choix de l’étudiant : analyse d’un signal cardiaque ou analyse des relevés de température sur plusieurs années à Dijon. 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
PCB (Préparation au concours B) 

Exploration des lois de biophysiques dans le monde du vivant : de la lumière, du mouvement, de la chaleur 

Programme :

Cours magistraux : 3 cours de 2h 

Rappels : Système SI, analyse dimensionnelle, écriture d’un résultat. 

Incertitude et composition des incertitudes : notion d’incertitude, incertitude type, incertitude composée, différents types d’incertitude, écart relatif. 

Ajustement Régression linéaire, loi exponentielle, loi de puissance. Coefficient de régression. Covariance. Ajustement polynomial. 

Capteurs et chaine de mesure : étalonnage d’un capteur, réponse d’un capteur, biais, multiples critères pour choisir un capteur. Conversion électronique, amplification, conversion analogique/digitale. Exemples de deux types de capteurs : capteur de température et capteur vidéo. 

Filtrage fréquentiel linéaire. Analyse de Fourier, Bruit, filtres passe-haut, passe-bas, passe-bande. 

Travaux dirigés : 4 séances de 2h 

Chacune des 4 séances reprendra sur des exemples concrets les notions vues en cours. Les étudiants auront l’occasion d’utiliser leur calculatrice (ou ordinateur portable)

Travaux pratiques :3 séances de 3h 45 

Mesures et composition des incertitudes de mesures : Réflexion sur deux cas simples des erreurs expérimentales qui peuvent impacter la confiance en un résultat.  

Cours magistraux : 3 cours de 2h COMMUM AVEC Capteurs 

Rappels : Système SI, analyse dimensionnelle, écriture d’un résultat.  Incertitude et composition des incertitudes ; Ajustement Régression linéaire, loi exponentielle, loi de puissance. Coefficient de régression. Covariance. Ajustement polynomial. ; Capteurs et chaine de mesure ; Filtrage fréquentiel linéaire. Analyse de Fourier, Bruit, filtres passe-haut, passe-bas, passe-bande. 

Cours intégrés : 19h (9 x2h + 1h) 

2h Optique géométrique (lentilles minces, foyers, distance focale, formules de conjugaison) ; visualisation et caractéristiques d’une image…)  

6h Mécanique : Cinématique (Mouvement rectiligne et circulaire, Vitesse et accélération ; Dynamique (Force et lois de Newton, Mouvement avec frottement) Énergie, Travail et énergie cinétique, Énergie potentielle et forces conservatives (vol des oiseaux) ; Conditions d'équilibre d'un solide, Centre de gravité et moments, Moment d'inertie  

4h Signal et rayonnement : Oscillateurs libres et amortis, Mouvement harmonique simple, Amortissement et résonance Oscillations biologiques ; Régime sinusoïdal forcé, Réponse d'un système à une force externe périodique, Phase, amplitude et fréquence) 

4h Phénomène de transport : Loi de Fournier, advection, adsorption…  

3h Thermodynamique : Lois de la thermodynamique, systèmes fermés ..  

 Exercices pratiques et exemples en biologie  

Imagerie médicale, Microscopie électronique ; le mouvement, trajectoire des organismes, des cellules, tissus et organes) ; vol des oiseaux, pressions dans les fluides corporels ; rotation d’une cellule lors de la mitose ; rythmes circadiens, application en neurosciences sur les mécanismes de cognition, la mémoire et des troubles neurologiques, (régulation de la température, circulation du sang, de l’eau dans les plantes, de l’air dans les poumons interaction protéine cellule, respiration cellulaire d’une mitochondrie, Homéostasie

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Programme :

Cours magistraux : 5 cours de 2h 

Généralités : Système, états d’un système, équation d’état, variables thermodynamiques. Travail et chaleur échangés au cours d’une transformation. Relation de la statique des fluides, capacité thermique, modes de transfert de la chaleur, thermostat, thermomètres. 

Gaz parfait : Aspect macroscopique, coefficients thermoélastiques. Energie interne, Capacité thermique du gaz parfait. Première loi de Joule. Du gaz parfait au gaz réel. 

Premier principe de la thermodynamique. Cas des systèmes fermés et ouverts. Enthalpie et deuxième loi de Joule. Définition des coefficients calori-métriques. Etude des transformations des gaz parfaits. Relation de Mayer et loi de Laplace. 

Second principe de la thermodynamique. Fonction entropie. Identité thermodynamique. Inégalités de Carnot-Clausius. Cycle et théorème de Carnot. Applications aux machines thermiques : moteur, machine frigorifique (réfrigérateur, pompe à chaleur) 

Changements de phase des corps purs. Allure du diagramme d’équilibre (P,T). Vapeurs sèche et saturante. Vaporisation en atmosphère gazeuse limitée. Allure du diagramme (P,u). Courbe de saturation. Chaleur latente. Relation de Clapeyron.  

Travaux dirigés : 5 séances de 1h45 

Chacune des 5 séances reprendra des exemples concrets les notions vues en cours.  

Travaux pratiques : 2 séances de 3h 00 

Loi de Boyle-Mariotte et gaz parfait : utilisation du tube de Kröncke. 

Mesure du coefficient  𝜸 pour l’air : par les méthodes de Clément et Désormes et de résonnance.  

Technique du vide : Mesures de pression par différents manomètres et baromètres. Etalonnage d’une jauge de pression par l’utilisation d’un manomètre à capsule. Mesure de vitesse de pompage et détermination du régime d’écoulement par le calcul du nombre de Knudsen.  

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Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI

Ce module a pour objectif de mettre en pratique les notions essentielles de la chimie des solutions, après un bref rappel des concepts théoriques sous forme de cours intégré. 

Programme :

Cours intégré (10h) 5 x2h 

Réactions acido-basiques 

Réactions d’oxydo-réduction 

Réactions de précipitation 

Réactions de complexation 

Cinétique chimique 

Travaux pratiques (15h) 5 x3h 

Préparation de solutions et vérification de leur titre par pH-métrie 

Equilibres de précipitation-solubilité dépendant du pH 

Equilibres d’oxydo-réduction 

Détermination d’une loi cinétique par étude pH-métrique de la saponification de CH3CO2C2H5 

Dosage du lait : acidité, teneurs en chlorure et en calcium 

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Ce cours est suivi également par les étudiants de CYPI

Fournir les bases de l’Atomistique au travers de la classification périodique. Maitriser le modèle de Bohr et prévoir intégralement les spectres d’émission et d’absorption de l’hydrogène et des hydrogénoïdes. Initiation à la mécanique quantique et connaissance des modes de représentation des orbitales atomiques. Analyse des différents processus à l’origine de la couleur des objets, spécifiquement en biologie. Découvert de la luminescence dans le monde animal et végétal. Analyse de la classification périodique et illustration de la réactivité par des vidéos caractéristiques. Programme :

Cours (19h) 9 x 2h +1h 

Chapitre 1 : L’atome de Bohr à la lumière des réverbères  

Chapitre 2 : Le monde de Psi 

Chapitre 3 : La Classification périodique 

Travaux dirigés (6h) 3 x2h 

Illustration et application au travers d’exercice des concepts 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en PCB (Préparation au concours B)

Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI

Objectif de cet enseignement est d’aborder la notion d’orbitale moléculaire et faire la liaison avec la géométrie moléculaire et la réactivité chimique. Maitriser la construction des diagrammes de corrélation entre orbitales atomiques et moléculaires pour AH, A2 et AB avec A et B des éléments appartenant au bloc p. Maitriser la construction rationnelle des schémas de Lewis et retrouver la géométrie des molécules simples. Introduction aux liaisons ioniques, métalliques, hydrogènes et Van der Waals. Ouvertures sur les Interactions intermoléculaires en biologie : micelles, membranes, vésicules et liaisons hydrogènes

Programme :

Cours (15h) 7 x 2h +1h 

 Chapitre 1 : Orbitales moléculaires et Diagrammes de corrélation 

Chapitre 2 : Les Schémas de Lewis 

Chapitre 3 : Les autres liaisons 

Travaux dirigés (10h) 5 x2h 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 

BBM (Biochimie et biologie moléculaire )

L’objectif de cet enseignement est de procurer aux étudiants les bases de la chimie organique, ces bases étant orientées vers la chimie du vivant permettant un dialogue chimie-biochimie-biologie. Pour les étudiants choisissant par la suite la L3 BBM, ce cours prépare aux enseignements SPB « Synthèse et propriétés des biomolécules » (S5) et SAB «Structure et Analyse des Biomolécules» (S6). 

Programme :

Cours magistraux (11h) 

 L’objectif est de présenter les fonctions organiques principales et les mécanismes réactionnels intervenant dans la chimie du vivant pour parvenir aux composés organiques polyfonctionnels tels que les acides aminés, polysaccharides et commencer à aborder la synthèse peptidique.  

 Travaux dirigés (14h) 

Les différentes notions abordées en cours seront illustrées par des exercices en TD. 

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BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

 L’intégration cérébrale des informations sensorielles issues de l’environnement est essentielle à l’élaboration des actions, l’exploration motrice et donc l’adaptation comportementale. Se représenter le monde et y diriger des actions est à la base de la survie. Nous examinerons la vision, un sens relié à la cognition (reconnaissance, lecture …) et à l’opposé, l’olfaction qui est un sens relié aux comportements végétatifs (alimentation…) et aux émotions. Enfin, le système sensori-moteur sera abordé, permettant de souligner que le geste volontaire dépend de régions corticales hiérarchisées mais aussi de régions sous-corticales permettant sa régulation. 

Programme :

Cours magistraux (13h) 

-Mécanismes cérébraux de la VISION 

∞le lobe occipital et l’organisation des aires corticales de la vision 

*l’organisation du cortex visuel primaire (V1) : 

- les colonnes de dominance oculaire  

- les colonnes d’orientation du stimulus visuel 

 *la spécialisation des aires visuelles secondaires: couleur, mouvement et forme 

 ∞Au-delà du lobe occipital : 

*voir et reconnaître : la voie visuelle « temporale» 

*voir et localiser : la voie visuelle « pariétale» 

 -Mécanismes cérébraux de l’OLFACTION  

∞l’organisation du cortex olfactif primaire 

∞les connexions centrales du cortex olfactif  

*hypothalamus et l’intégration neuro-végétative des odeurs 

*l’amygdale et le traitement émotionnel  

*l’hippocampe et la mémorisation  

 -Le système SENSORI-MOTEUR 

∞Intégration corticale des informations somatosensorielles 

∞L’organisation de la commande motrice volontaire 

*Régions prémotrices et anticipation de l’action, les neurones miroirs  

*Cortex moteur Primaire et voie descendante pyramidale 

∞La régulation motrice : ganglions de la base et cervelet 

 Travaux dirigés (6h) 

TD basés sur l’analyse de documents scientifiques et l’élaboration d’exposés sur des thèmes transversaux : ∞relation vision & mouvement de la main 

∞Les bases cérébrales de la reconnaissance faciale et les altérations (prosopagnosie)  

∞ Les saccades oculaires, la vision et le langage écrit 

∞La neuroplasticité dans les systèmes sensoriels (les travaux fondateurs d’Hubel et Wiesel / Plasticité) olfactive/ plasticité sensori-motrice (réorganisation des cartes corticales suite à un changement périphérique comme l’amputation ou la greffe) 

 Travaux pratiques (6h) 

∞observations histologiques 

∞ mise en place d’un test comportemental sensoriel  

∞documents vidéos et analyse de résultats 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 

BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

Cet enseignement est dispensé sous forme de travaux dirigés et pratiques, avec pour objectif de fournir une connaissance approfondie de la classification phylogénétique actuelle du règne végétal. Les différents clades du règne végétal sont étudiés à la lumière de leurs caractéristiques évolutives majeures. Une attention particulière est portée à l'étude détaillée de la classification phylogénétique des plantes à fleurs (Angiospermes).
À l'issue de cette formation, les étudiants sont en mesure d'analyser et d'identifier les organismes végétaux, de les classer correctement, d'utiliser des clés de détermination et de concevoir des clés de détermination simples. Une séance de travaux pratiques est consacrée à l'initiation à l'analyse cladistique et à la construction d'arbres phylogénétiques et deux séances de botanique sont organisées sur le terrain.

Travaux dirigés (16 h)
3h : Bryophytes ; Ptéridophytes
3h : Coniférophytes
3h : Angiospermes : la classification APG IV ; lignées 
basales, Monocotylédones
3h : Angiospermes : Eudicotylédones 1
3h : Angiospermes : Eudicotylédones 2
1h : CC : 15 min associées à 4 séances

Travaux dirigés (16 h)
3h : Bryophytes ; Ptéridophytes
3h : Coniférophytes
3h : Angiospermes : la classification APG IV ; lignées 
basales, Monocotylédones
3h : Angiospermes : Eudicotylédones 1
3h : Angiospermes : Eudicotylédones 2
1h : CC : 15 min associées à 4 séances

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 

BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B) 

La classification du vivant permet de répondre à de nombreuses questions méthodologiques : comment se repérer dans la diversité du vivant ou encore quels sont les critères utilisés dans la classification du vivant entre autres. 

L’enseignement proposé est une formation sous forme de travaux dirigés dont l’objectif est d’apporter une connaissance de la classification phylogénétique actuelle du règne animal. Les principaux clades du règne animal sont abordés. A l’issu de cet enseignement, les étudiants seront capables de replacer des animaux observés dans la classification en utilisant des clés de détermination ou des critères de classification phylogénétique.  

Groupes abordés de manière exhaustive : Mollusques/Annélides, Pancrustacés , Pancrustacés Hexapodes , Vertébrés non amniotes (des Cyclostomes aux Lissamphibiens) , Mammifères / Diapsides : Lépidosauriens Chéloniens, Archosauriens : Oiseaux/Crocodiliens 

Travaux dirigés  :  Cladistique ; Observation de la biodiversité animale au travers de divers clades.  

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 

SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)

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Stage de 1 semaine de découverte d’un milieu professionnel en relation avec le projet  professionnel des étudiant.e.s souhaitant suivre cette option

Stage en laboratoires publics ou privés, dans différents secteurs d’activités en lien avec les sciences du vivant, de l’environnement, de la santé, dans des parcs naturels, musées, exploitations viticoles, au CHU, ….

Recherche du stage suite à des démarches personnelles de l’étudiant.e, puis signature d’une convention de stage avant fin novembre, la convention de stage est remplie via l’application Pstage

Déroulement du stage durant la semaine de janvier suivant la semaine d’examens de CT du S3 de  L2SV qui a lieu la première semaine de rentrée

Préparation d’une soutenance orale et d’un rapport écrit

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